超级军网金戈铁马，气吞万里如虎------刘裕ZT
来源：百度文库 编辑：超级军网 时间：2024/04/28 16:50:30
]]
当初，刘裕家贫，一次刘裕与刁逵赌博，结果输了三万，刘裕还不起赌债，竟被刁逵缚在马桩上，受尽了耻辱。时王谧到刁逵家中拜访，见刘裕不凡，便对刘裕说：“卿当为一代英雄”(《资治通鉴•卷第一百一十三》)。王谧替刘裕还了债，刁逵才放了刘裕。从此刘裕便和王谧交上了朋友，由于和王谧的这层关系，所以王谧虽为桓玄佐命之臣，刘裕并没有加害王谧。刘裕称帝后，对王氏家族甚厚，以至其几代不衰。
当时，也有一些人瞧不起刘裕，认为他出身布衣，地位卑贱，例如尚书左仆射王愉的儿子王绥，本是江左冠族。王绥少有重名，他对刘裕颇不服气，对这一类人，刘裕都相继予以铲除。
桓玄兵败后，逃至寻阳(今江西九江东北)。当月，挟持晋安帝继续西奔。刘裕、刘毅、何无忌、刘道规等率诸军追讨(参见刘裕击桓玄之战)。桓玄留将领何澹之等守湓口(今江西九江西北)。四月，刘裕加督江州诸军事。是月，桓玄进至江陵(今属湖北)，增派将领庾稚祖、桓道恭率数千人与何澹之共守湓口。何无忌、刘道规兵至桑落洲(今江西九江东北)。何澹之随即率水师迎战。何无忌自知兵寡，遂采取集中兵力击敌之弱的方略，大破何澹之，一举攻克湓口，进占寻阳。桓玄集荆州兵力2万余人，率军东进，以梁州刺史苻宏为前锋，又派散骑常侍徐放先行，劝降刘裕。刘毅、何无忌、刘道规等率众不足万人，自寻阳西上。五月，与桓玄遭遇于峥嵘洲(今湖北黄冈西北)，刘毅等以少击众，又因风纵火，击败桓玄主力，其余部溃不成军，夜烧辎重而逃。
义熙元年(405年)正月，刘毅等到达江津，破桓谦、桓振，收复了江陵。三月，晋安帝司马德宗也到达江陵，并下诏书：
“古称大者天地，其次君臣，所以列贯三辰，神人代序，谅理本于造昧，而运周于万叶。故盈否时袭，四灵通其变；王道或昧，贞贤拯其危。天命所以永固，人心所以攸穆。虽夏、周中倾，赖靡、申之绩，莽、伦载窃，实二代是维，或乘资藉号，或业隆异世，犹诗书以之休咏，记策用为美谈。未有因心抚民，而诚发理应，援神器于已沦，若在今之盛者也。朕以寡昧，遭家不造，越自遘闵，属当屯极。逆臣桓玄，乘衅纵慝，穷凶恣虐，滔天猾夏。遂诬罔人神，肆其篡乱。祖宗之基既湮，七庙之飨胥殄，若坠渊谷，未足斯譬。
皇度有晋，天纵英哲，使持节、都督扬徐兗豫青冀幽并江九州诸军事、镇军将军、徐青二州刺史，忠诚天亮，神武命世，用能贞明协契，义夫响臻。故顺声一唱，二溟卷波；英风振路，宸居清翳。暨冠军将军毅、辅国将军无忌、振武将军道规，舟旗遄迈，而元凶传首；回戈叠挥，则荆、汉雾廓。俾宣、元之祚，永固于嵩、岱；倾基重造，再集于朕躬。宗庙歆七百之祜，皇基融载新之命。念功惟德，永言铭怀。固已道冠开辟，独绝终古，书契以来，未之前闻矣。虽则功高靡尚，理至难文，而崇庸命德，哲王攸先者，将以弘道制治，深关盛衰。故伊、望膺殊命之锡，桓、文飨备物之礼，况宏征不世，顾邈百代者，宜极名器之隆，以光大国之盛。而镇军谦虚自衷，诚旨屡显。朕重逆仲父，乃所以愈彰德美也。镇军可进位侍中、车骑将军、都督中外诸军事，使持节、徐青二州刺史如故。显祚大邦，启兹疆宇”(《宋书•武帝本纪》)。
诏书历数桓玄罪状，竭力称赞刘裕平定桓玄之乱中所立下的功绩，并封刘裕侍中、车骑将军，都督中外诸军事，使持节、徐青二州刺史如故。这样一来，刘裕的权力大增强。四月，刘裕镇守京口，改授都督荆、司等十六州诸军事，加领兖州刺史。
此时，卢循已攻下番禺(今广州市)，番禺地扼郁水(今珠江)入海口，华南军事重镇和政治经济中心。卢循自称平南将军，摄广州事。遣骁将徐道覆率军北上攻占始兴(今广东韶关西南)。卢循企图割据岭南，遂向东晋妥协，遣使称臣纳贡，以求得到晋廷承认。由于刘裕正全力消灭桓玄残余势力，无暇南顾，遂于四月，委任卢循为广州刺史，徐道覆为始兴相。
义熙二年(406)十月，刘裕被封为豫章郡公。
义熙五年(409年)正月，南燕帝慕容超嫌宫廷乐师不够，欲对东晋用兵掠取。二月，慕容超轻启边衅，进击东晋宿豫(今江苏宿迁东南)，掠走百姓2500人。
三月，刘裕上书请伐南燕，一是为抗击南燕，二是外扬声威。刘裕知道，要想取晋而代之，仅仅靠立功于东晋境内还不足以服众，要树立更高的威信只有北伐。东晋历史上，北伐向来是权臣立功业的好机会，除祖逖北伐没有私心，一心只想收复失地，统一河山外，其余的庾亮、庾翼和殷浩、桓温的北伐都带有借此建功立业，扩大势力影响的意图，刘裕当然也不例外。
四月，刘裕自建康(今南京)率舟师溯淮水入泗水(参见刘裕灭南燕之战)。五月，进抵下邳(今江苏睢宁西北)，留船舰、辎重，改由陆路进至琅邪(今山东临沂北)。为防南燕以奇兵断其后，所过皆筑城垒，留兵防守。时有人对刘裕说：“燕人若塞大岘之险，或坚壁清野，大军深入，不唯无功，将不能自归，奈何？”刘裕说：“吾虑之熟矣。鲜卑贪婪，不知远计，进利虏获，退惜禾苗，谓我孤军远入，不能持久，不过进据临朐，退守广固，必不能守险清野，敢为诸君保之”(《资治通鉴•卷第一百一十五》)。
南燕主慕容超闻刘裕率军北伐，召群臣商讨对策。征虏将军公孙五楼认为：“吴兵轻果，利在速战，不可争锋。宜据大岘，使不得入，旷日延时，沮其锐气，然后徐简精骑二千，循海而南，绝其粮道，别敕段晖帅兗州之众，缘山东下，腹背击之，此上策也。各命守宰依险自固，校其资储之外，馀悉焚荡，芟除禾苗，使敌无所资，彼侨军无食，求战不得，旬月之间，可以坐制，此中策也。纵贼入岘，出城逆战，此下策也。”公孙五楼这几条建议都是知己知彼的可行之策，但慕容超没有采纳，还将其建议逐一驳斥说：“今岁星居齐，以天道推之，不战自克。客主势殊，以人事言之，彼远来疲弊，势不能久。吾据五州之地，拥富庶之民，铁骑万群，麦禾布野，奈何芟苗徙民，鲜自蹙弱乎！不如纵使入岘，以精骑蹂之，何忧不克”(《资治通鉴•卷第一百一十五》)！辅国将军广宁王贺赖卢苦谏不从。太尉桂林王慕容镇说：“陛下必以骑兵利平地者，宜出岘逆战，战而不胜，犹可退守，不宜纵敌为岘，自弃险固也”(《资治通鉴•卷第一百一十五》)。慕容超仍是不从。
六月，刘裕未遇抵抗，过莒县(今属山东)，越大岘山。刘裕见燕兵不出，举手指天，喜形于色。部下不解，问：“公未见敌而先喜，何也？”，刘裕说：“兵已过险，士有必死之志；余粮栖亩，人无匮乏之忧。虏已入吾掌中矣”(《资治通鉴•卷第一百一十五》)。
慕容超先遣公孙五楼、贺赖卢及左将军段晖等，率步、骑兵5万进据临朐(今属山东)。慕容超得知晋兵已过大岘山，自率步骑4万继后。燕军至临朐，待刘裕军至，便留老弱之兵守广固(今山东青州西北)，余者皆出。临朐城南有巨蔑水(今山东弥河)，城大约有四十里。慕容超对公孙五楼说：“急往据之，晋军得水，则难击也”(《宋书•武帝本纪》)。公孙五楼率骑前出，欲控制巨蔑水(今山东弥河)。与晋军前锋孟龙符遭遇，公孙五楼战败退走。
刘裕以战车4000辆分左右翼，兵、车相间，骑兵在后，向前推进。军令严肃，行伍齐整。晋军进抵临朐南，慕容超派精骑前后夹击。两军力战，胜负未决。参军胡籓献计说：“燕悉兵出战，临朐城中留守必寡，愿以奇兵从间道取其城，此韩信所以破赵也”(《资治通鉴•卷第一百一十五》)。刘裕纳其策，遣胡藩及谘议参军檀韶、建威将军向弥率军绕至燕军之后，乘虚攻克临朐，当日即克。刘裕还声言轻兵自海道而至，慕容超大惊，单骑逃往城南左将军段晖营中。刘裕纵兵追击，大败燕军，段晖等十余将被斩。慕容超逃还广固。其良马、辇车、玉玺、豹尾等皆被晋军缴获，送往京师。刘裕乘胜追击北上，第二天进至广固，克其外城。慕容超退守内城。刘裕筑长围困之，围高三丈，穿堑三重。刘裕招降纳叛，争取民心，并就地取粮养战。慕容超被困于广固内城，先后遣尚书郎张钢、尚书令韩范，驰往后秦求援。
七月，刘裕被加北青、冀二州刺史。南燕尚书垣遵、其弟京兆太守垣苗也率众前来归顺。刘裕治攻城器具，城中燕军说：“汝不得张纲，何能为也”(《宋书•武帝本纪》)。刘裕部下也对其说：“张纲有巧思，若得纲使为攻具，广固必可拔也”(《资治通鉴•卷第一百一十五》)。时张纲正从后秦返回，被泰山太守申宣抓住送给了刘裕。刘裕把张纲囚在车中，让慕容超守城的将士看，并说：“刘勃勃大破秦军，无兵相救”(《资治通鉴•卷第一百一十五》)。城内守军莫不失色。北方人民也荷戈负粮，前来援助晋军。
是月，后秦主姚兴派卫将军姚强率步、骑兵1万，与洛阳(河南洛阳东北)守将姚绍汇合，统兵共救南燕。并遣使对刘裕说：“慕容见与邻好，又以穷告急，今当遣铁骑十万，径据洛阳。晋军若不退者，便当遣铁骑长驱而进。”刘裕识破姚兴虚张声势，不以为然地说：“语汝姚兴，我定燕之后，息甲三年，当平关、洛。今能自送，便可速来”(《宋书•武帝本纪》)！时刘穆之闻有秦使至，急忙来见刘裕，但使者已回。刘裕将所言之事告诉刘穆之，刘穆之担心地说：“常日事无大小，必赐与谋之。此宜善详之，云何卒尔便答？公所答兴言，未能威敌，正足怒彼耳。若燕未可拔，羌救奄至，不审何以待之？”刘裕笑着说：“此是兵机，非卿所解，故不语耳。夫兵贵神速，彼若审能遣救，必畏我知，宁容先遣信命。此是其见我伐燕，内已怀惧，自张之辞耳”(《宋书•武帝本纪》)。不久，姚兴被夏主刘勃勃击败于贰城(今陕西黄陵西北)，遂令姚强撤周长安(今西安西北)。慕容超久困于广固，不见后秦援兵，欲割大岘山以南与东晋、献良马千匹为条件，称藩于东晋，刘裕不允，日夜加紧攻城。南燕大臣张华、封恺、封融及尚书张俊相继降晋。
九月，晋廷加刘裕为太尉、中书监，刘裕固辞。是月，刘裕又截获为借兵去后秦的韩范，使其绕城而行，以示后秦救兵无望，城内南燕守军惊恐。十月，张纲制成飞楼、冲车等各种攻城器具，“设诸奇巧，飞楼木幔之属，莫不毕备，城上火石弓矢，无所用之”(《宋书•武帝本纪》)。
义熙六年(410年)二月，南燕贺赖卢、公孙五楼率军挖地道出击晋军，被击败，退回内城。刘裕率全军攻城，有人说：“今日往亡，不利行师。”刘裕说：“我往彼亡，何为不利”(《资治通鉴•卷第一百一十五》)！遂四面攻城，南燕尚书悦寿打开城门迎降，晋军攻入广固内城。慕容超率数十骑突围而走，被晋军追获，送至建康斩首，南燕灭亡。
此战，刘裕善于料敌，利用燕军恃强弃险的失误，乘机攻击，以车制骑，在广固内城攻坚战中，又采取久围待其疲而后攻之的方略，将军事进攻与政治攻心相结合，稳扎稳打，掌握主动，一举获胜。
刘裕在破城后，怒广固久攻不下，欲屠城，将守军妻女赏给将士。韩范劝阻说：“晋室南迁，中原鼎沸，士民无援，强则附之，既为君臣，必须为之尽力。彼皆衣冠旧族，先帝遗民；今王师吊伐而尽坑之，使安所归乎！窃恐西北之人无复来苏之望矣”(《资治通鉴•卷第一百一十五》)。刘裕改容谢之，但仍杀王公以下三千人，没入家口万余，
史学家司马光对刘裕此举很不满：“晋自济江以来，威灵不竞，戎狄横骛，虎噬中原。刘裕始劝王师剪平东夏，不于此际旌礼贤俊，慰抚疲民，宣恺悌之风，涤残秽之政，使群士向风，遗黎企踵，而更恣行屠戮以快忿心。迹其施设，曾苻、姚之不如，宜其不能荡壹四海，成美大之业，岂非虽有智勇而无仁义使之然哉”(《资治通鉴•卷第一百一十五》)！
其实刘裕诛杀慕容氏还是有一定的道理的。慕容氏在当时素以反叛称著，符坚就是前车之鉴，所以刘裕只杀燕国王公，而赦其民，免去了分裂之忧。司马光在评价符坚时，称其是妇人之仁，而此时又把刘裕“不能荡壹四海，成美大之业”说成是因为滥杀无辜，实在是没有道理。
当时，也有一些人瞧不起刘裕，认为他出身布衣，地位卑贱，例如尚书左仆射王愉的儿子王绥，本是江左冠族。王绥少有重名，他对刘裕颇不服气，对这一类人，刘裕都相继予以铲除。
桓玄兵败后，逃至寻阳(今江西九江东北)。当月，挟持晋安帝继续西奔。刘裕、刘毅、何无忌、刘道规等率诸军追讨(参见刘裕击桓玄之战)。桓玄留将领何澹之等守湓口(今江西九江西北)。四月，刘裕加督江州诸军事。是月，桓玄进至江陵(今属湖北)，增派将领庾稚祖、桓道恭率数千人与何澹之共守湓口。何无忌、刘道规兵至桑落洲(今江西九江东北)。何澹之随即率水师迎战。何无忌自知兵寡，遂采取集中兵力击敌之弱的方略，大破何澹之，一举攻克湓口，进占寻阳。桓玄集荆州兵力2万余人，率军东进，以梁州刺史苻宏为前锋，又派散骑常侍徐放先行，劝降刘裕。刘毅、何无忌、刘道规等率众不足万人，自寻阳西上。五月，与桓玄遭遇于峥嵘洲(今湖北黄冈西北)，刘毅等以少击众，又因风纵火，击败桓玄主力，其余部溃不成军，夜烧辎重而逃。
义熙元年(405年)正月，刘毅等到达江津，破桓谦、桓振，收复了江陵。三月，晋安帝司马德宗也到达江陵，并下诏书：
“古称大者天地，其次君臣，所以列贯三辰，神人代序，谅理本于造昧，而运周于万叶。故盈否时袭，四灵通其变；王道或昧，贞贤拯其危。天命所以永固，人心所以攸穆。虽夏、周中倾，赖靡、申之绩，莽、伦载窃，实二代是维，或乘资藉号，或业隆异世，犹诗书以之休咏，记策用为美谈。未有因心抚民，而诚发理应，援神器于已沦，若在今之盛者也。朕以寡昧，遭家不造，越自遘闵，属当屯极。逆臣桓玄，乘衅纵慝，穷凶恣虐，滔天猾夏。遂诬罔人神，肆其篡乱。祖宗之基既湮，七庙之飨胥殄，若坠渊谷，未足斯譬。
皇度有晋，天纵英哲，使持节、都督扬徐兗豫青冀幽并江九州诸军事、镇军将军、徐青二州刺史，忠诚天亮，神武命世，用能贞明协契，义夫响臻。故顺声一唱，二溟卷波；英风振路，宸居清翳。暨冠军将军毅、辅国将军无忌、振武将军道规，舟旗遄迈，而元凶传首；回戈叠挥，则荆、汉雾廓。俾宣、元之祚，永固于嵩、岱；倾基重造，再集于朕躬。宗庙歆七百之祜，皇基融载新之命。念功惟德，永言铭怀。固已道冠开辟，独绝终古，书契以来，未之前闻矣。虽则功高靡尚，理至难文，而崇庸命德，哲王攸先者，将以弘道制治，深关盛衰。故伊、望膺殊命之锡，桓、文飨备物之礼，况宏征不世，顾邈百代者，宜极名器之隆，以光大国之盛。而镇军谦虚自衷，诚旨屡显。朕重逆仲父，乃所以愈彰德美也。镇军可进位侍中、车骑将军、都督中外诸军事，使持节、徐青二州刺史如故。显祚大邦，启兹疆宇”(《宋书•武帝本纪》)。
诏书历数桓玄罪状，竭力称赞刘裕平定桓玄之乱中所立下的功绩，并封刘裕侍中、车骑将军，都督中外诸军事，使持节、徐青二州刺史如故。这样一来，刘裕的权力大增强。四月，刘裕镇守京口，改授都督荆、司等十六州诸军事，加领兖州刺史。
此时，卢循已攻下番禺(今广州市)，番禺地扼郁水(今珠江)入海口，华南军事重镇和政治经济中心。卢循自称平南将军，摄广州事。遣骁将徐道覆率军北上攻占始兴(今广东韶关西南)。卢循企图割据岭南，遂向东晋妥协，遣使称臣纳贡，以求得到晋廷承认。由于刘裕正全力消灭桓玄残余势力，无暇南顾，遂于四月，委任卢循为广州刺史，徐道覆为始兴相。
义熙二年(406)十月，刘裕被封为豫章郡公。
义熙五年(409年)正月，南燕帝慕容超嫌宫廷乐师不够，欲对东晋用兵掠取。二月，慕容超轻启边衅，进击东晋宿豫(今江苏宿迁东南)，掠走百姓2500人。
三月，刘裕上书请伐南燕，一是为抗击南燕，二是外扬声威。刘裕知道，要想取晋而代之，仅仅靠立功于东晋境内还不足以服众，要树立更高的威信只有北伐。东晋历史上，北伐向来是权臣立功业的好机会，除祖逖北伐没有私心，一心只想收复失地，统一河山外，其余的庾亮、庾翼和殷浩、桓温的北伐都带有借此建功立业，扩大势力影响的意图，刘裕当然也不例外。
四月，刘裕自建康(今南京)率舟师溯淮水入泗水(参见刘裕灭南燕之战)。五月，进抵下邳(今江苏睢宁西北)，留船舰、辎重，改由陆路进至琅邪(今山东临沂北)。为防南燕以奇兵断其后，所过皆筑城垒，留兵防守。时有人对刘裕说：“燕人若塞大岘之险，或坚壁清野，大军深入，不唯无功，将不能自归，奈何？”刘裕说：“吾虑之熟矣。鲜卑贪婪，不知远计，进利虏获，退惜禾苗，谓我孤军远入，不能持久，不过进据临朐，退守广固，必不能守险清野，敢为诸君保之”(《资治通鉴•卷第一百一十五》)。
南燕主慕容超闻刘裕率军北伐，召群臣商讨对策。征虏将军公孙五楼认为：“吴兵轻果，利在速战，不可争锋。宜据大岘，使不得入，旷日延时，沮其锐气，然后徐简精骑二千，循海而南，绝其粮道，别敕段晖帅兗州之众，缘山东下，腹背击之，此上策也。各命守宰依险自固，校其资储之外，馀悉焚荡，芟除禾苗，使敌无所资，彼侨军无食，求战不得，旬月之间，可以坐制，此中策也。纵贼入岘，出城逆战，此下策也。”公孙五楼这几条建议都是知己知彼的可行之策，但慕容超没有采纳，还将其建议逐一驳斥说：“今岁星居齐，以天道推之，不战自克。客主势殊，以人事言之，彼远来疲弊，势不能久。吾据五州之地，拥富庶之民，铁骑万群，麦禾布野，奈何芟苗徙民，鲜自蹙弱乎！不如纵使入岘，以精骑蹂之，何忧不克”(《资治通鉴•卷第一百一十五》)！辅国将军广宁王贺赖卢苦谏不从。太尉桂林王慕容镇说：“陛下必以骑兵利平地者，宜出岘逆战，战而不胜，犹可退守，不宜纵敌为岘，自弃险固也”(《资治通鉴•卷第一百一十五》)。慕容超仍是不从。
六月，刘裕未遇抵抗，过莒县(今属山东)，越大岘山。刘裕见燕兵不出，举手指天，喜形于色。部下不解，问：“公未见敌而先喜，何也？”，刘裕说：“兵已过险，士有必死之志；余粮栖亩，人无匮乏之忧。虏已入吾掌中矣”(《资治通鉴•卷第一百一十五》)。
慕容超先遣公孙五楼、贺赖卢及左将军段晖等，率步、骑兵5万进据临朐(今属山东)。慕容超得知晋兵已过大岘山，自率步骑4万继后。燕军至临朐，待刘裕军至，便留老弱之兵守广固(今山东青州西北)，余者皆出。临朐城南有巨蔑水(今山东弥河)，城大约有四十里。慕容超对公孙五楼说：“急往据之，晋军得水，则难击也”(《宋书•武帝本纪》)。公孙五楼率骑前出，欲控制巨蔑水(今山东弥河)。与晋军前锋孟龙符遭遇，公孙五楼战败退走。
刘裕以战车4000辆分左右翼，兵、车相间，骑兵在后，向前推进。军令严肃，行伍齐整。晋军进抵临朐南，慕容超派精骑前后夹击。两军力战，胜负未决。参军胡籓献计说：“燕悉兵出战，临朐城中留守必寡，愿以奇兵从间道取其城，此韩信所以破赵也”(《资治通鉴•卷第一百一十五》)。刘裕纳其策，遣胡藩及谘议参军檀韶、建威将军向弥率军绕至燕军之后，乘虚攻克临朐，当日即克。刘裕还声言轻兵自海道而至，慕容超大惊，单骑逃往城南左将军段晖营中。刘裕纵兵追击，大败燕军，段晖等十余将被斩。慕容超逃还广固。其良马、辇车、玉玺、豹尾等皆被晋军缴获，送往京师。刘裕乘胜追击北上，第二天进至广固，克其外城。慕容超退守内城。刘裕筑长围困之，围高三丈，穿堑三重。刘裕招降纳叛，争取民心，并就地取粮养战。慕容超被困于广固内城，先后遣尚书郎张钢、尚书令韩范，驰往后秦求援。
七月，刘裕被加北青、冀二州刺史。南燕尚书垣遵、其弟京兆太守垣苗也率众前来归顺。刘裕治攻城器具，城中燕军说：“汝不得张纲，何能为也”(《宋书•武帝本纪》)。刘裕部下也对其说：“张纲有巧思，若得纲使为攻具，广固必可拔也”(《资治通鉴•卷第一百一十五》)。时张纲正从后秦返回，被泰山太守申宣抓住送给了刘裕。刘裕把张纲囚在车中，让慕容超守城的将士看，并说：“刘勃勃大破秦军，无兵相救”(《资治通鉴•卷第一百一十五》)。城内守军莫不失色。北方人民也荷戈负粮，前来援助晋军。
是月，后秦主姚兴派卫将军姚强率步、骑兵1万，与洛阳(河南洛阳东北)守将姚绍汇合，统兵共救南燕。并遣使对刘裕说：“慕容见与邻好，又以穷告急，今当遣铁骑十万，径据洛阳。晋军若不退者，便当遣铁骑长驱而进。”刘裕识破姚兴虚张声势，不以为然地说：“语汝姚兴，我定燕之后，息甲三年，当平关、洛。今能自送，便可速来”(《宋书•武帝本纪》)！时刘穆之闻有秦使至，急忙来见刘裕，但使者已回。刘裕将所言之事告诉刘穆之，刘穆之担心地说：“常日事无大小，必赐与谋之。此宜善详之，云何卒尔便答？公所答兴言，未能威敌，正足怒彼耳。若燕未可拔，羌救奄至，不审何以待之？”刘裕笑着说：“此是兵机，非卿所解，故不语耳。夫兵贵神速，彼若审能遣救，必畏我知，宁容先遣信命。此是其见我伐燕，内已怀惧，自张之辞耳”(《宋书•武帝本纪》)。不久，姚兴被夏主刘勃勃击败于贰城(今陕西黄陵西北)，遂令姚强撤周长安(今西安西北)。慕容超久困于广固，不见后秦援兵，欲割大岘山以南与东晋、献良马千匹为条件，称藩于东晋，刘裕不允，日夜加紧攻城。南燕大臣张华、封恺、封融及尚书张俊相继降晋。
九月，晋廷加刘裕为太尉、中书监，刘裕固辞。是月，刘裕又截获为借兵去后秦的韩范，使其绕城而行，以示后秦救兵无望，城内南燕守军惊恐。十月，张纲制成飞楼、冲车等各种攻城器具，“设诸奇巧，飞楼木幔之属，莫不毕备，城上火石弓矢，无所用之”(《宋书•武帝本纪》)。
义熙六年(410年)二月，南燕贺赖卢、公孙五楼率军挖地道出击晋军，被击败，退回内城。刘裕率全军攻城，有人说：“今日往亡，不利行师。”刘裕说：“我往彼亡，何为不利”(《资治通鉴•卷第一百一十五》)！遂四面攻城，南燕尚书悦寿打开城门迎降，晋军攻入广固内城。慕容超率数十骑突围而走，被晋军追获，送至建康斩首，南燕灭亡。
此战，刘裕善于料敌，利用燕军恃强弃险的失误，乘机攻击，以车制骑，在广固内城攻坚战中，又采取久围待其疲而后攻之的方略，将军事进攻与政治攻心相结合，稳扎稳打，掌握主动，一举获胜。
刘裕在破城后，怒广固久攻不下，欲屠城，将守军妻女赏给将士。韩范劝阻说：“晋室南迁，中原鼎沸，士民无援，强则附之，既为君臣，必须为之尽力。彼皆衣冠旧族，先帝遗民；今王师吊伐而尽坑之，使安所归乎！窃恐西北之人无复来苏之望矣”(《资治通鉴•卷第一百一十五》)。刘裕改容谢之，但仍杀王公以下三千人，没入家口万余，
史学家司马光对刘裕此举很不满：“晋自济江以来，威灵不竞，戎狄横骛，虎噬中原。刘裕始劝王师剪平东夏，不于此际旌礼贤俊，慰抚疲民，宣恺悌之风，涤残秽之政，使群士向风，遗黎企踵，而更恣行屠戮以快忿心。迹其施设，曾苻、姚之不如，宜其不能荡壹四海，成美大之业，岂非虽有智勇而无仁义使之然哉”(《资治通鉴•卷第一百一十五》)！
其实刘裕诛杀慕容氏还是有一定的道理的。慕容氏在当时素以反叛称著，符坚就是前车之鉴，所以刘裕只杀燕国王公，而赦其民，免去了分裂之忧。司马光在评价符坚时，称其是妇人之仁，而此时又把刘裕“不能荡壹四海，成美大之业”说成是因为滥杀无辜，实在是没有道理。
在刘裕伐燕之时，义军名将徐道覆便劝卢循乘虚而出，卢循不从。徐道覆便亲至番禺劝说卢循：“本住岭外，岂以理极于此，正以刘公难与为敌故也。今方顿兵坚城之下，未有旋日。以此思归死士，掩袭何、刘之徒，如反掌耳。不乘此机而保一日之安，若平齐之后，小息甲养众，不过一二年间，必玺书征君。若刘公自率众至豫章，遣锐师过岭，虽复将军神武，恐必不能当也。今日之机，万不可失。既克都邑，倾其根本。刘公虽还，无能为也”(《宋书•武帝本纪》)。卢循纳其言。
义熙六年(410年)二月，卢循义军乘晋都城建康兵力空虚之机，在始兴(今广东韶关西南)会合后，兵分两路北上进攻东晋都城建康(今江苏南京)。东路由徐道覆率领，取道赣水(今赣江)而下，向寻阳(今江西九江西南)进军。西路由卢循率领，攻破桂阳(今湖南郴州)、湘东(今湖南衡阳)、长沙(今属湖南)诸郡，进至巴陵(今湖南岳阳)。义军北征之初进军顺利，徐道覆军连克南康(今江西赣州)、庐陵(今江西吉水北)。
三月，晋镇南将军何无忌不听部下劝告，率军出战，结果于豫章(今南昌)当场战死，致使晋军全线崩溃，中外大震，晋廷一进准备北投刘裕，后知义军未至京城，才做罢。时刘裕已至下邳，以船载辎重，自率精锐南归。至山阳，闻何无忌战死，担心京城失守，遂昼夜兼行，并与数十人至淮上，向行人打听京城的消息。行人说：“贼尚未至，刘公若还，便无所忧也”(《宋书•武帝本纪》)。刘裕大喜。渡江时，风急浪大，部下都很担心，刘裕说：“若天命助国，风当自息；若其不然，覆溺何害”(《资治通鉴•卷第一百一十五》)！即命登舟，舟移而风止。刘裕过江，至京口，朝廷见刘裕回来，这才放心。
四月，刘裕至建康，京城戒严。时抚军将军刘毅准备南征。临行时，刘裕写信劝阻说：“吾往习击妖贼，晓其变态。贼新获奸利，其锋不可轻。今修船垂毕，当与弟同举。克平之日，上流之任，皆以相委”(《资治通鉴•卷第一百一十五》)。还派刘毅从弟刘籓去劝阻。刘裕不但不从，反而大怒，对刘籓说：“往以一时之功相推耳，汝便谓我真不及刘裕邪”(《资治通鉴•卷第一百一十五》)！于是投书于地，率舟师2万自姑孰溯江而上，进兵寻阳。
徐道覆闻刘毅至，急告示卢循说：“毅兵众甚盛，成败事系之于此，宜并力摧之。若此克捷，天下无复事矣。根本既定，不忧上面不平也”(《宋书•武帝本纪》)。卢循接受徐道覆建议，停止进攻江陵，顺江而下，与徐道覆联兵共击刘毅军。
五月，卢、徐率义军10万、战船千艘与刘毅军战于桑落洲(今江西九江东北)，晋军大败，部众多被义军俘获，刘毅带从数百人陆上逃走，所弃辎重堆积如山，义军乘胜直逼建康(今南京市)。此时，北归将士多有伤病，建康守军不过数千，而义军则“战士十余万，舟车百里不绝。奔败还者，并声其雄盛”(《宋书•武帝本纪》)。处绝对优势。但卢循得知刘裕已回师建康，心中惧怕，便动摇了直攻建康的决心。徐道覆坚持己见，当卢循采纳徐道覆的意见，率兵东下进攻建康时，战机已被贻误。
此时，刘裕在京城招募新兵，强了兵力，并调整了部署，增强了防卫。时有人建议分兵防守各个要塞，刘裕认为不可，他说：“贼众我寡，若分兵屯，则人测虚实。且一处失利，则沮三军之心。今聚众石头，随宜应赴，既令贼无以测多少，又于众力不分。若徒旅转集，徐更论之耳”(《宋书•武帝本纪》)。
晋廷闻刘毅战败，人情恟惧。孟昶、诸葛长民准备让皇帝过江，刘裕不从。当初何无忌、刘毅出兵时，孟昶便说二人必败，后果然应其言。如今又说刘裕抵抗不了义军的进攻，所以很多人都相信。但也有一些人不同意孟昶做法，中兵参军王仲德便对刘裕说：“明公命世作辅，新建大功，威震六合，妖贼乘虚入寇，既闻凯还，自当奔溃。若先自遁逃，则势同匹夫，匹夫号令，何以威物！此谋若立，请从此辞”(《资治通鉴•卷第一百一十五》)。刘裕听后很是高兴。后孟昶固请不止，刘裕说：“今重镇外倾，强寇内逼，人情危骇，莫有固志。若一旦迁动，便自瓦解土崩，江北亦岂可得至！设令得至，不过延日月耳。今兵士虽少，自足以一战。若其克济，则臣主同休；苟厄运必至，我当以死卫社稷，横尸庙门，遂其由来以身许国之志，不能远窜于草间求活也。我既决矣，卿勿复言”(《宋书•武帝本纪》)！孟昶恐晋军必败，便请死，刘裕怒道：“卿且申一战，死复何晚”(《资治通鉴•卷第一百一十五》)！孟昶刘裕不能用其言，便上表说：“臣裕北讨，众并不同，唯臣赞裕行计，致使强贼乘间，社稷危逼，臣之罪也。今谨引分以谢天下”(《宋书•武帝本纪》)。然后饮毒而死。
卢循至淮口，见百姓隔水望义军，刘裕奇怪，问参军张劭，张劭说：“若节钺未反，民奔散之不暇，亦何能观望？今当无复恐耳。贼若于新亭直进，其锋不可当，宜且回避，胜负之事未可量也；若回泊西岸，此成禽耳”(《资治通鉴•卷第一百一十五》)。时徐道覆便劝卢循“于新亭至白石，焚舟而上，数道攻之”(《晋书•卢循传》)。但卢循多谋少断，做事求万无一失，便对徐道覆说：“大军未至，孟昶便望风自裁；以大势言之，自当计日溃乱。今决胜负于一朝，乾没求利，既非必克之道，且杀伤士卒，不如按兵待之。”徐道覆见卢循如此，叹息道：“我终为卢公所误，事必无成；使我得为英雄驱驰，天下不足定也”(《资治通鉴•卷第一百一十五》)。
时刘裕登石头城望卢循军，初见引军向新亭，刘裕大惊失色。不久又回到蔡洲，刘裕这才放心。又用虞丘之计，伐树栅石头淮口，修治越城，筑查浦、药园、廷尉三垒，皆以兵守之。冠军将军刘敬宣屯北郊，辅国将军孟怀玉屯丹阳郡西，建武将军王仲德屯越城，广武将军刘默屯建阳门外。
六月，晋廷以刘裕为太尉、中书监、加黄钺，刘裕受黄钺，其余固辞。
义军兵临建康两月，屡遭挫败，兵疲粮乏。七月初，卢循放弃攻取建康计划，决定退回寻阳，西进江陵。刘裕派辅国将军王仲德、广川太守刘钟、河间内史兰陵蒯恩、中军咨议参军孟怀玉等率军追击。
八月，刘裕还东府，大治水军，并建“皆舰重楼，高者十余丈”(《宋书•武帝本纪》)。遣建威将军会稽孙处、振武将军沈田子率3000人自海上袭番禺。众人认为“海道艰远，必至为难，且分撤见力，非目前之急。”刘裕不从，并对孙处说：“大军十二月之交必破妖虏，卿至时，先倾其巢窟，使彼走无所归也”(《资治通鉴•卷第一百一十五》)。
十月，裕帅兗州刺史刘籓、宁朔将军檀韶、冠军将军刘敬宣等南击卢循。是月，徐道覆所率3万义军攻江陵，遭晋军夹击，损兵万余人，退还湓口(今江西九江境)。
十一月，孙处等所率军水军从海道至番禺，趁大雾四面而攻之，当日即克其城，完成了对义军的战略包围。是月，刘裕至雷池，卢循扬声不攻雷池，但被刘裕识破，并派王仲德率水师于吉阳断其后路。
十二月，刘裕进军大雷(今安徽望江)。卢循、徐道覆率数万义军沿江而下，“前后相抗，莫见舳舻之际”(《宋书•武帝本纪》)。刘裕率轻利斗舰出战，又以步骑屯于西岸，投火焚船，大败义军。卢循等回寻阳，准备逃往豫章，故在左里(今江西都昌西北左蠡山下)做栅。刘裕进至左里，不得进，遂率军力战，再破义军，卢循单舸而逃，义军投水死者达万余人。刘裕遣刘籓、孟怀玉率军追击。卢循、徐道覆得分率残兵数千向始兴和番禺撤退。
义熙七年(411)正月，刘裕回到京城。改授大将军、扬州牧，给班剑二十人，本官悉如故，刘裕固辞。
二月，刘藩、孟怀玉所部至岭南，攻破始兴城，徐道覆战死。三月，卢循率义军攻番禺，晋将孙处据城固守，相持20余日不克。四月，刘藩、沈田子所部晋军南下救援番禺，内外夹击，大破攻城义军，杀义军万余人。卢循率众西走，沈田子、孙处率军追之，又破卢循于苍悟(今广西梧州)、郁林(今广西桂平)、宁浦(今广西横县西)，晋军穷追不舍，连破义军。卢循率残部3000余人袭取合浦(今广西境)，与在九真(今越南清化)起兵抗晋的李逊、李脱所领导的俚、僚等少数民族5000余人联合进攻交州(今越南北宁仙游东)与晋交州刺史杜慧度激战，遭火攻溃败，卢循投河自尽，坚持十余年的孙恩、卢循起义彻底失败。
刘裕在镇压孙恩、卢循起义中，凭其卓越的军事才能，从一名普通的军官升到晋军的最高军事统帅，并多次救廷于危难之中，使他获取了足够的政治资本，也为将来取代晋室打下了坚实的基础。
三月，刘裕始受太尉、中书监，执掌晋廷大权。晋朝自中兴以来，“治纲大弛，权门并兼，强弱相凌，百姓流离，不得保其产业。桓玄颇欲厘改，竟不能行”(《宋书•武帝本纪》)。刘裕当权后，“大示轨则，豪强肃然，远近知禁”(《宋书•武帝本纪》)。
义熙八年(412年)四月，晋廷以刘裕为豫州刺史，以后将军豫州刺史刘毅为卫将军、都督荆、宁、秦、雍四州诸军事、荆州刺史。此时，刘裕权倾朝野，只有豫州刺史刘毅对刘裕有很大危胁，刘毅与刘裕共同起兵兴复晋室，屡立战功，威名仅次于刘裕。刘毅不像刘裕那样不学无术，颇涉文雅，所归附他的清望之士也非常多。内乱平息后，二人的矛盾也就更加尖锐。刘毅性刚愎，不甘屈居太尉刘裕之下，但自从桑落洲败于义军后，一蹶不振，便暗中积蓄实力，图谋朝权。
刘毅任荆州刺史后，便对想拉拢左卫将军刘敬宣，对其说：“吾忝西任，欲屈卿为长史南蛮，岂有见辅意乎？”刘敬宣害怕，便告诉了刘裕，刘裕笑着说：“但令老兄平安，必无过虑”(《资治通鉴•卷第一百一十六》)。
不久，刘毅又想兼督交、广二州，刘裕同意。刘毅又以党羽郗僧施为南蛮校尉后军司马，毛修之为南郡太守，刘裕也同意。时宁远将军胡籓提醒刘裕：“公谓刘卫军终能为公下乎？”刘裕默然，良久不语，问：“卿谓何如？”胡籓说：“连百万之众，攻必取，战必克，毅固以此服公。至于涉猎传记，一谈一咏，自许以为雄豪；以是搢绅白面之士辐凑归之。恐终不为公下，不如因会取之。”但刘裕认为时机尚未成熟，便说：“吾与毅俱有克复之功，其过未彰，不可自相图也”(《资治通鉴•卷第一百一十六》)。
九月，刘毅至江陵，偶染疾病，郗僧施等恐刘毅死后，不能自保，便劝刘毅上书请调其堂弟、兖州刺史刘藩为副手，刘裕假意应允。刘藩自广陵(今江苏扬州西北)入建康(今南京)。刘裕借机以皇帝诏书，陈列刘毅反叛之罪，指出刘藩与之共谋不轨，勒令刘藩及刘毅党羽尚书仆射谢混自杀。
十五日，刘裕率诸军自建康出发，以参军王镇恶、龙骧将军蒯恩为前锋。二十九日至姑孰(今安徽当涂)，刘裕调整部署后，还告诫王镇恶说：“若贼知吾上，比军至，亦当少日耳。政当岸上作军，未办便下船也。卿至彼，深加筹量，可击，便烧其船舰，且浮舸水侧，以待吾至。慰劳百姓，宣扬诏旨并赦文、及吾与卫军府文武书。罪止一人，其余一无所问。若贼都不知消息，未有备防，可袭便袭。今去，但云刘兖州上”(《宋书•王镇恶列传》)。
王镇恶昼夜兼程，并伪称是刘藩西上。十月二十二日，王镇恶抵达豫章口(今湖北江陵东南)，距江陵城20里，弃船步行进军。船上留少数人竖旗击鼓，显示大军在后。又遣人烧毁江津(今湖北沙市东南)刘毅船舰，断其退路。王镇恶则率军突进江陵城。两军混战。刘毅军得知刘裕兵到，战无斗志，溃散逃走。王镇恶遣人送诏书及赦文与刘毅，刘毅焚而不视，与司马毛惰之等督士卒力战。王镇恶恐其作困兽斗，遂引军出围金城(今内城)，故网开南门。刘毅恐有埋伏，乘夜率300余人由北门突围，投奔牛牧佛寺，为僧人所拒，遂自缢而死。自此，刘裕除掉了身边最大的隐患。
十一月，刘裕至江陵，杀郗僧施。为安抚人心，刘裕下书：“夫去弊拯民，必存简恕，舍网修纲，虽烦易理。江、荆凋残，刑政多阙；顷年事故，绥抚未周。遂令百姓疲匮，岁月滋甚，财伤役困，虑不幸生。凋残之余，而不减旧，刻剥征求，不循政道。宰莅之司，或非良干，未能菲躬俭，苟求盈给，积习生常，渐不知改。近因戎役，来涉二州，践境亲民，愈见其瘼；思欲振其所急，恤其所苦。凡租税调役，悉宜以见户为正。州郡县屯田池塞，诸非军国所资，利人守宰者，今一切除之。州郡县吏，皆依尚书定制实户置。台调癸卯梓材，庚子皮毛，可悉停省，别量所出。巴陵均折度支，依旧兵运。原五岁刑已下，凡所质录贼家余口，亦悉原放”(《宋书•武帝本纪》)。果然效果甚好。
除掉刘毅后，刘裕又除掉了诸葛长民。诸葛长民也是与刘裕一同起兵抗击桓玄的，所以资格很高。刘毅被杀后，诸葛长民感到自己处境危险。十一月，对自己亲信感慨道：“昔年醢彭越，今年诛韩信，祸其至矣”(《宋书•武帝本纪》)。于是开始密谋作乱，刘裕召他到建康，他托故不行。后来刘裕设计，将诸葛长民和其弟诸葛黎民一起杀死，又解除了一隐患。
十二月，晋太尉刘裕力排众议，任用资历尚轻的西阳太守朱龄石为益州刺史，率宁朔将军臧熹、河间太守蒯恩、下邳太守刘钟等2万人，自江陵(今属湖北)征讨蜀地割据势力谯纵。在与朱龄石商讨军情时，刘裕说：“刘敬宣往年出黄虎，无功而退。贼谓我今应从外水往，而料我当出其不意犹从内水来也。如此，必以重兵守涪城以备内道。若向黄虎，正堕其计。今以大众自外水取成都，疑兵出内水，此制敌之奇也”(《资治通鉴•卷第一百一十六》)。并交给朱龄石一封书函，认其至白帝城(今四川奉节东)后再打开。是月，刘裕被加为太傅、扬州牧。
义熙六年(410年)二月，卢循义军乘晋都城建康兵力空虚之机，在始兴(今广东韶关西南)会合后，兵分两路北上进攻东晋都城建康(今江苏南京)。东路由徐道覆率领，取道赣水(今赣江)而下，向寻阳(今江西九江西南)进军。西路由卢循率领，攻破桂阳(今湖南郴州)、湘东(今湖南衡阳)、长沙(今属湖南)诸郡，进至巴陵(今湖南岳阳)。义军北征之初进军顺利，徐道覆军连克南康(今江西赣州)、庐陵(今江西吉水北)。
三月，晋镇南将军何无忌不听部下劝告，率军出战，结果于豫章(今南昌)当场战死，致使晋军全线崩溃，中外大震，晋廷一进准备北投刘裕，后知义军未至京城，才做罢。时刘裕已至下邳，以船载辎重，自率精锐南归。至山阳，闻何无忌战死，担心京城失守，遂昼夜兼行，并与数十人至淮上，向行人打听京城的消息。行人说：“贼尚未至，刘公若还，便无所忧也”(《宋书•武帝本纪》)。刘裕大喜。渡江时，风急浪大，部下都很担心，刘裕说：“若天命助国，风当自息；若其不然，覆溺何害”(《资治通鉴•卷第一百一十五》)！即命登舟，舟移而风止。刘裕过江，至京口，朝廷见刘裕回来，这才放心。
四月，刘裕至建康，京城戒严。时抚军将军刘毅准备南征。临行时，刘裕写信劝阻说：“吾往习击妖贼，晓其变态。贼新获奸利，其锋不可轻。今修船垂毕，当与弟同举。克平之日，上流之任，皆以相委”(《资治通鉴•卷第一百一十五》)。还派刘毅从弟刘籓去劝阻。刘裕不但不从，反而大怒，对刘籓说：“往以一时之功相推耳，汝便谓我真不及刘裕邪”(《资治通鉴•卷第一百一十五》)！于是投书于地，率舟师2万自姑孰溯江而上，进兵寻阳。
徐道覆闻刘毅至，急告示卢循说：“毅兵众甚盛，成败事系之于此，宜并力摧之。若此克捷，天下无复事矣。根本既定，不忧上面不平也”(《宋书•武帝本纪》)。卢循接受徐道覆建议，停止进攻江陵，顺江而下，与徐道覆联兵共击刘毅军。
五月，卢、徐率义军10万、战船千艘与刘毅军战于桑落洲(今江西九江东北)，晋军大败，部众多被义军俘获，刘毅带从数百人陆上逃走，所弃辎重堆积如山，义军乘胜直逼建康(今南京市)。此时，北归将士多有伤病，建康守军不过数千，而义军则“战士十余万，舟车百里不绝。奔败还者，并声其雄盛”(《宋书•武帝本纪》)。处绝对优势。但卢循得知刘裕已回师建康，心中惧怕，便动摇了直攻建康的决心。徐道覆坚持己见，当卢循采纳徐道覆的意见，率兵东下进攻建康时，战机已被贻误。
此时，刘裕在京城招募新兵，强了兵力，并调整了部署，增强了防卫。时有人建议分兵防守各个要塞，刘裕认为不可，他说：“贼众我寡，若分兵屯，则人测虚实。且一处失利，则沮三军之心。今聚众石头，随宜应赴，既令贼无以测多少，又于众力不分。若徒旅转集，徐更论之耳”(《宋书•武帝本纪》)。
晋廷闻刘毅战败，人情恟惧。孟昶、诸葛长民准备让皇帝过江，刘裕不从。当初何无忌、刘毅出兵时，孟昶便说二人必败，后果然应其言。如今又说刘裕抵抗不了义军的进攻，所以很多人都相信。但也有一些人不同意孟昶做法，中兵参军王仲德便对刘裕说：“明公命世作辅，新建大功，威震六合，妖贼乘虚入寇，既闻凯还，自当奔溃。若先自遁逃，则势同匹夫，匹夫号令，何以威物！此谋若立，请从此辞”(《资治通鉴•卷第一百一十五》)。刘裕听后很是高兴。后孟昶固请不止，刘裕说：“今重镇外倾，强寇内逼，人情危骇，莫有固志。若一旦迁动，便自瓦解土崩，江北亦岂可得至！设令得至，不过延日月耳。今兵士虽少，自足以一战。若其克济，则臣主同休；苟厄运必至，我当以死卫社稷，横尸庙门，遂其由来以身许国之志，不能远窜于草间求活也。我既决矣，卿勿复言”(《宋书•武帝本纪》)！孟昶恐晋军必败，便请死，刘裕怒道：“卿且申一战，死复何晚”(《资治通鉴•卷第一百一十五》)！孟昶刘裕不能用其言，便上表说：“臣裕北讨，众并不同，唯臣赞裕行计，致使强贼乘间，社稷危逼，臣之罪也。今谨引分以谢天下”(《宋书•武帝本纪》)。然后饮毒而死。
卢循至淮口，见百姓隔水望义军，刘裕奇怪，问参军张劭，张劭说：“若节钺未反，民奔散之不暇，亦何能观望？今当无复恐耳。贼若于新亭直进，其锋不可当，宜且回避，胜负之事未可量也；若回泊西岸，此成禽耳”(《资治通鉴•卷第一百一十五》)。时徐道覆便劝卢循“于新亭至白石，焚舟而上，数道攻之”(《晋书•卢循传》)。但卢循多谋少断，做事求万无一失，便对徐道覆说：“大军未至，孟昶便望风自裁；以大势言之，自当计日溃乱。今决胜负于一朝，乾没求利，既非必克之道，且杀伤士卒，不如按兵待之。”徐道覆见卢循如此，叹息道：“我终为卢公所误，事必无成；使我得为英雄驱驰，天下不足定也”(《资治通鉴•卷第一百一十五》)。
时刘裕登石头城望卢循军，初见引军向新亭，刘裕大惊失色。不久又回到蔡洲，刘裕这才放心。又用虞丘之计，伐树栅石头淮口，修治越城，筑查浦、药园、廷尉三垒，皆以兵守之。冠军将军刘敬宣屯北郊，辅国将军孟怀玉屯丹阳郡西，建武将军王仲德屯越城，广武将军刘默屯建阳门外。
六月，晋廷以刘裕为太尉、中书监、加黄钺，刘裕受黄钺，其余固辞。
义军兵临建康两月，屡遭挫败，兵疲粮乏。七月初，卢循放弃攻取建康计划，决定退回寻阳，西进江陵。刘裕派辅国将军王仲德、广川太守刘钟、河间内史兰陵蒯恩、中军咨议参军孟怀玉等率军追击。
八月，刘裕还东府，大治水军，并建“皆舰重楼，高者十余丈”(《宋书•武帝本纪》)。遣建威将军会稽孙处、振武将军沈田子率3000人自海上袭番禺。众人认为“海道艰远，必至为难，且分撤见力，非目前之急。”刘裕不从，并对孙处说：“大军十二月之交必破妖虏，卿至时，先倾其巢窟，使彼走无所归也”(《资治通鉴•卷第一百一十五》)。
十月，裕帅兗州刺史刘籓、宁朔将军檀韶、冠军将军刘敬宣等南击卢循。是月，徐道覆所率3万义军攻江陵，遭晋军夹击，损兵万余人，退还湓口(今江西九江境)。
十一月，孙处等所率军水军从海道至番禺，趁大雾四面而攻之，当日即克其城，完成了对义军的战略包围。是月，刘裕至雷池，卢循扬声不攻雷池，但被刘裕识破，并派王仲德率水师于吉阳断其后路。
十二月，刘裕进军大雷(今安徽望江)。卢循、徐道覆率数万义军沿江而下，“前后相抗，莫见舳舻之际”(《宋书•武帝本纪》)。刘裕率轻利斗舰出战，又以步骑屯于西岸，投火焚船，大败义军。卢循等回寻阳，准备逃往豫章，故在左里(今江西都昌西北左蠡山下)做栅。刘裕进至左里，不得进，遂率军力战，再破义军，卢循单舸而逃，义军投水死者达万余人。刘裕遣刘籓、孟怀玉率军追击。卢循、徐道覆得分率残兵数千向始兴和番禺撤退。
义熙七年(411)正月，刘裕回到京城。改授大将军、扬州牧，给班剑二十人，本官悉如故，刘裕固辞。
二月，刘藩、孟怀玉所部至岭南，攻破始兴城，徐道覆战死。三月，卢循率义军攻番禺，晋将孙处据城固守，相持20余日不克。四月，刘藩、沈田子所部晋军南下救援番禺，内外夹击，大破攻城义军，杀义军万余人。卢循率众西走，沈田子、孙处率军追之，又破卢循于苍悟(今广西梧州)、郁林(今广西桂平)、宁浦(今广西横县西)，晋军穷追不舍，连破义军。卢循率残部3000余人袭取合浦(今广西境)，与在九真(今越南清化)起兵抗晋的李逊、李脱所领导的俚、僚等少数民族5000余人联合进攻交州(今越南北宁仙游东)与晋交州刺史杜慧度激战，遭火攻溃败，卢循投河自尽，坚持十余年的孙恩、卢循起义彻底失败。
刘裕在镇压孙恩、卢循起义中，凭其卓越的军事才能，从一名普通的军官升到晋军的最高军事统帅，并多次救廷于危难之中，使他获取了足够的政治资本，也为将来取代晋室打下了坚实的基础。
三月，刘裕始受太尉、中书监，执掌晋廷大权。晋朝自中兴以来，“治纲大弛，权门并兼，强弱相凌，百姓流离，不得保其产业。桓玄颇欲厘改，竟不能行”(《宋书•武帝本纪》)。刘裕当权后，“大示轨则，豪强肃然，远近知禁”(《宋书•武帝本纪》)。
义熙八年(412年)四月，晋廷以刘裕为豫州刺史，以后将军豫州刺史刘毅为卫将军、都督荆、宁、秦、雍四州诸军事、荆州刺史。此时，刘裕权倾朝野，只有豫州刺史刘毅对刘裕有很大危胁，刘毅与刘裕共同起兵兴复晋室，屡立战功，威名仅次于刘裕。刘毅不像刘裕那样不学无术，颇涉文雅，所归附他的清望之士也非常多。内乱平息后，二人的矛盾也就更加尖锐。刘毅性刚愎，不甘屈居太尉刘裕之下，但自从桑落洲败于义军后，一蹶不振，便暗中积蓄实力，图谋朝权。
刘毅任荆州刺史后，便对想拉拢左卫将军刘敬宣，对其说：“吾忝西任，欲屈卿为长史南蛮，岂有见辅意乎？”刘敬宣害怕，便告诉了刘裕，刘裕笑着说：“但令老兄平安，必无过虑”(《资治通鉴•卷第一百一十六》)。
不久，刘毅又想兼督交、广二州，刘裕同意。刘毅又以党羽郗僧施为南蛮校尉后军司马，毛修之为南郡太守，刘裕也同意。时宁远将军胡籓提醒刘裕：“公谓刘卫军终能为公下乎？”刘裕默然，良久不语，问：“卿谓何如？”胡籓说：“连百万之众，攻必取，战必克，毅固以此服公。至于涉猎传记，一谈一咏，自许以为雄豪；以是搢绅白面之士辐凑归之。恐终不为公下，不如因会取之。”但刘裕认为时机尚未成熟，便说：“吾与毅俱有克复之功，其过未彰，不可自相图也”(《资治通鉴•卷第一百一十六》)。
九月，刘毅至江陵，偶染疾病，郗僧施等恐刘毅死后，不能自保，便劝刘毅上书请调其堂弟、兖州刺史刘藩为副手，刘裕假意应允。刘藩自广陵(今江苏扬州西北)入建康(今南京)。刘裕借机以皇帝诏书，陈列刘毅反叛之罪，指出刘藩与之共谋不轨，勒令刘藩及刘毅党羽尚书仆射谢混自杀。
十五日，刘裕率诸军自建康出发，以参军王镇恶、龙骧将军蒯恩为前锋。二十九日至姑孰(今安徽当涂)，刘裕调整部署后，还告诫王镇恶说：“若贼知吾上，比军至，亦当少日耳。政当岸上作军，未办便下船也。卿至彼，深加筹量，可击，便烧其船舰，且浮舸水侧，以待吾至。慰劳百姓，宣扬诏旨并赦文、及吾与卫军府文武书。罪止一人，其余一无所问。若贼都不知消息，未有备防，可袭便袭。今去，但云刘兖州上”(《宋书•王镇恶列传》)。
王镇恶昼夜兼程，并伪称是刘藩西上。十月二十二日，王镇恶抵达豫章口(今湖北江陵东南)，距江陵城20里，弃船步行进军。船上留少数人竖旗击鼓，显示大军在后。又遣人烧毁江津(今湖北沙市东南)刘毅船舰，断其退路。王镇恶则率军突进江陵城。两军混战。刘毅军得知刘裕兵到，战无斗志，溃散逃走。王镇恶遣人送诏书及赦文与刘毅，刘毅焚而不视，与司马毛惰之等督士卒力战。王镇恶恐其作困兽斗，遂引军出围金城(今内城)，故网开南门。刘毅恐有埋伏，乘夜率300余人由北门突围，投奔牛牧佛寺，为僧人所拒，遂自缢而死。自此，刘裕除掉了身边最大的隐患。
十一月，刘裕至江陵，杀郗僧施。为安抚人心，刘裕下书：“夫去弊拯民，必存简恕，舍网修纲，虽烦易理。江、荆凋残，刑政多阙；顷年事故，绥抚未周。遂令百姓疲匮，岁月滋甚，财伤役困，虑不幸生。凋残之余，而不减旧，刻剥征求，不循政道。宰莅之司，或非良干，未能菲躬俭，苟求盈给，积习生常，渐不知改。近因戎役，来涉二州，践境亲民，愈见其瘼；思欲振其所急，恤其所苦。凡租税调役，悉宜以见户为正。州郡县屯田池塞，诸非军国所资，利人守宰者，今一切除之。州郡县吏，皆依尚书定制实户置。台调癸卯梓材，庚子皮毛，可悉停省，别量所出。巴陵均折度支，依旧兵运。原五岁刑已下，凡所质录贼家余口，亦悉原放”(《宋书•武帝本纪》)。果然效果甚好。
除掉刘毅后，刘裕又除掉了诸葛长民。诸葛长民也是与刘裕一同起兵抗击桓玄的，所以资格很高。刘毅被杀后，诸葛长民感到自己处境危险。十一月，对自己亲信感慨道：“昔年醢彭越，今年诛韩信，祸其至矣”(《宋书•武帝本纪》)。于是开始密谋作乱，刘裕召他到建康，他托故不行。后来刘裕设计，将诸葛长民和其弟诸葛黎民一起杀死，又解除了一隐患。
十二月，晋太尉刘裕力排众议，任用资历尚轻的西阳太守朱龄石为益州刺史，率宁朔将军臧熹、河间太守蒯恩、下邳太守刘钟等2万人，自江陵(今属湖北)征讨蜀地割据势力谯纵。在与朱龄石商讨军情时，刘裕说：“刘敬宣往年出黄虎，无功而退。贼谓我今应从外水往，而料我当出其不意犹从内水来也。如此，必以重兵守涪城以备内道。若向黄虎，正堕其计。今以大众自外水取成都，疑兵出内水，此制敌之奇也”(《资治通鉴•卷第一百一十六》)。并交给朱龄石一封书函，认其至白帝城(今四川奉节东)后再打开。是月，刘裕被加为太傅、扬州牧。
义熙九年(413年)六月，朱龄石兵至白帝城，打开刘裕密令，上面写道：“众军悉从外水取成都。臧熹从中水取广汉，老弱乘高舰十馀，从内水向黄虎”(《资治通鉴•卷第一百一十六》)。朱龄石遂按刘裕之令，以主力从外水(今四川成都市府河及其下游岷江)攻取益州(今成都)；臧熹从中水(今四川沱江)攻取广汉(今四川射洪南)，老弱者乘战舰十余艘从内水(今涪江及其下游嘉陵江)向黄虎(今四川射洪境)，各军倍道兼行。成都王谯纵果然如刘裕所料，命谯道福率重兵镇守涪城(今四川三台西北)，以备内水。在部署上，谯纵败局已定。朱龄石兵抵平模(今四川彭山东)，离成都200里，谯纵命秦州刺史侯晖、尚书仆射谯诜率兵万余扎营平模，夹岷江岸筑垒拒守。
七月，朱龄石听从刘钟建议，不失战机，力克北城，斩侯晖、谯诜，转攻南城，南城自溃。朱龄石率军舍船登陆前进；臧熹至牛脾(今四川简阳西)，击斩蜀大将谯抚之。谯小苟率军自打鼻山(今彭山南岷江西岸)溃退。谯纵军诸营望风而走。尚书令马耽，封存府库，以待晋军接攻。谯纵弃城投奔谯道福，被谯道福斥责，走投无路，自杀。朱龄石进入益州。谯道福无奈之际，投奔僚人部落，后被晋军俘斩。三月，
刘裕不仅以武功显赫于当时，而且在一些政治措施上，他也很有建树，这些为他日后称帝打下了基础。当时晋朝“山湖川泽，皆为豪强作专，小民薪采渔钓，皆责税直”(《宋书•武帝本纪》)。刘裕认为这对百姓不利，于是“禁断之”。
时民居未一，刘裕便于是年三月上表：“臣闻先王制治，九土攸序；分境画疆，各安其居；在昔盛世，人无迁业，故井田之制，三代以隆。秦革斯政，汉遂不改；富强兼并，于是为弊。然九服弗扰，所托成旧，在汉西京，大迁田、景之族，以实关中，即以三辅为乡闾，不复系之于齐、楚。自永嘉播越，爰托淮、海，朝有匡复之算，民怀思本之心，经略之图，日不暇给。是以宁民绥治，犹有未遑。及至大司马桓温，以民无定本，伤治为深，庚戌土断，以一其业。于时财阜国丰，实由于此。自兹迄今，弥历年载，画一之制，渐用颓弛。杂居流寓，闾伍弗修，王化所以未纯，民瘼所以犹在。臣荷重任，耻责实深，自非改调解张，无以济治。夫人情滞常，难与虑始，所谓父母之邦以为桑梓者，诚以生焉终焉，敬爱所托耳。今所居累世，坟垄成行，敬恭之诚，岂不与事而至。请准庚戌土断之科，庶子本所弘，稍与事著。然后率之以仁义，鼓之以威武，超大江而跨黄河，抚九州而复旧土，则恋本之志，乃速由于当年，在始暂勤，要终所以能易。伏惟陛下，垂矜万民，怜其所失，永怀《鸿雁》之诗，思隆中兴之业。既委臣以国重，期臣以宁济，若所启合允，请付外施行”(《宋书•武帝本纪》)。于是依界土断。这些措施，使刘裕在百姓心中，留下了较好的印象。
义熙十年(414年)时，荆州刺史司马休之在江陵，颇得江、汉民心，遭到刘裕妒恨。刘裕还又厌恶其子谯王司马文思在京都建康(今南京)惹事，遂于义熙十一年(415年)正月，逮捕司马休之次子司马文宝等，命其自杀。同时以纵子凶暴为名，发兵西上，征伐司马休之。二十七日，兵出建康。
二月，司马休之上书陈述刘裕罪状，举兵迎战。雍州刺史鲁宗之与其子竟陵太守鲁轨，起兵响应。刘裕命参军檀道济、朱超石率步、骑兵出襄阳，以江夏太守刘虔之屯兵三连(今湖北安陆西)，架桥筹粮以待檀道济。鲁轨乘虚袭杀刘虔之。刘裕以女婿、振威将军徐逵之，统领参军蒯恩、王允之、沈渊子为前锋，出江夏口(江水夏水合口处，今湖北监利西)。于破冢(今湖北江陵东南)中鲁轨埋伏，兵败，徐逵之、王允之、沈渊子相继战死，鲁轨再攻蒯恩，不克退走。刘裕军抵马头(今湖北公安西北)，闻徐逵之战死，于三月率诸军渡江。鲁轨及司马休之子司马文思率兵4万，据岸列阵。刘裕逼迫建武将军胡藩强行沿悬崖攀登上岸，后续部众奋勇力战，击退司马文思，刘裕率军乘胜猛攻，大败司马休之，继克江陵。五月，鲁轨在石城(今湖北钟祥)被刘裕部将阆中侯赵伦之、太尉参军沈林子击败。司马休之、鲁宗之救援不及，遂与鲁轨逃奔后秦。武陵内史王镇恶等追至国境而还。
是月，加刘裕太傅、扬州牧，剑履上殿，入朝不趋，赞拜不名。以其弟兖、青二州刺史刘道怜为都督荆、湘、益、秦、宁、雍七州诸军事、骠骑将军、荆州刺史。刘道怜为人贪鄙，无才能，刘裕便以中军长史晋陵太守谢方明为骠骑长史、南郡相，刘道怜府中之事皆咨决于谢方明。八月，刘裕回建康，固辞太傅、州牧，其余受命。以长子刘义符为兖州刺史。
义熙十二年(416年)正月，加刘裕平北将军、兖州刺史，增都督南秦州，共计二十二州，以刘义符为豫州刺史。二月，又加刘裕中外大都督。
刘裕自灭南燕后，便有进图关中、洛阳之志，后因内忧不断，便没有完成自己的愿望。此时，内乱已平，后方无忧，便准备北伐后秦。后秦是由羌族贵族姚苌建立的，历来威胁东晋。刘裕在攻灭南燕和益州割据势力后，谋伐后秦。正月，后秦国主姚兴派兵攻东晋雍州（治今湖北襄阳)，被雍州刺史赵伦之击败。为晋提供了北伐的借口。二月，后秦国主姚兴病死，太子姚泓即位，兄弟争位相杀，关中骚乱。四月，西秦主乞伏炽磐侵犯秦边。六月，并州(治今山西太原西北)匈奴部落聚众叛乱。同时，夏国赫连勃勃乘机起兵扰秦边境。后秦因此内外交困，国力大减。
八月，刘裕兴师伐秦(参见刘裕灭后秦之战)。以其长子刘义符和亲信刘穆之等留守建康(今南京)，亲率大军，兵分五路征讨后秦。龙骧将军王镇恶、冠军将军檀道济率步兵为前锋，自淮、肥一带向许昌、洛阳(今河南许昌东、洛阳东北)方向进攻；建武将军沈林子、彭城内史刘遵考率水军，趋石门(今河南荥阳北)，自汴水入河水(今黄河)；直指洛阳；新野太守朱超石、宁朔将军胡藩率部由襄阳赴阳城(今河南登封东南)，策应洛前锋主力，从南面进攻洛阳；振武将军沈田子、建威将军傅弘之率部由襄阳趋武关(今陕西商南西南)，牵制关中的后秦军；冀州刺史王仲德统领前锋诸军，经泗水开巨野泽(今山东巨野北)入河水(今黄河)。
九月，刘裕率大军至彭城(今江苏徐州)，各路晋军进展顺利。刘裕加领徐州刺史。当时，后秦于潼关(今陕西潼关东北)以东置有豫，徐、兖三州，屯兵薄弱，且缺乏防备。晋将王镇恶、檀道济进入后秦境，连战告捷。秦将王苟生献漆丘(今河南商丘东北)降王镇恶，徐州刺史姚掌以项城(今河南沈立)降檀道济。其它要点屯守兵力，亦望风降附。檀道济又破新蔡(今属河南)，执杀太守董遵，进克中原重镇许昌，擒获秦颍川太守姚垣及大将杨业。沈林子自汴入黄河，攻克仓垣(今河南开封西北)，击降后秦兖州刺史韦华。王仲德率水军入黄河，借道北魏滑台(今河南滑县东)，守将尉建率众弃城北渡黄河西走。王仲德进屯滑台。
十月，王镇恶、檀道济会师成皋(今荥阳西北)。后秦阳城、荥阳(今荥阳东北)二城皆降。镇守洛阳的后秦征南将军姚洸求救于长安。后秦主姚泓派越骑校尉阎生率骑兵3000人，武卫将军姚益男率步兵1万前往助守。同时遣并州牧姚懿自蒲坂(今山西水济西南)进屯陕津(即茅津，今河南三门峡市西黄河上)为后援。洛阳守将姚洸拒纳部将赵玄集中兵力，固守金墉(今洛阳东北)，以待援军建议，分兵扼守各处险要：命宁朔将军赵玄率千余人南守柏谷坞(今河南偃师东南)，广武将军石无讳东守巩城(今河南巩县西南)。不久，成皋、虎牢(今河南荥阳西北)守军相继降晋。王镇恶、檀道济、沈林子等长驱而进。石无讳退还洛阳，赵玄战死。檀道济进逼洛阳，姚洸出降，秦军4000余人被俘。后秦援军阎生、姚益男等得知洛阳失陷，不敢往援。晋军占领洛阳。西秦主乞伏炽磐遣秦州刺史王松寿据马头(今甘肃礼县东北)，紧逼后秦上邦(今甘肃天水)。
这时刘裕认为自己功劳甚高，便于十一月派左长史王弘还建康，“讽朝廷求九锡”(《资治通鉴•卷第一百一十七》)。时刘裕的心腹刘穆之在建康掌留任，看见刘裕居然如此无赖，感到为他羞愧，因之发病。
十二月，晋廷见刘裕功高难治，只好下诏以刘裕为相国，总百揆、扬州牧，封十郡为宋公，备九锡之礼，位在诸侯王上，领征西将军，司、豫、北徐、雍四州刺史。刘裕原先让王弘还建康求九锡用意大概是想探探朝廷态度，现朝廷果然能如他的意，他反倒感到自己有些操之过急了，所以没有敢接受朝廷之封。
是月，西秦主乞伏炽磐遣使至刘裕处求击后秦以自效。刘裕封乞伏炽磐为平西将军、河南公。后秦在洛阳被占后，正准备派兵增援潼关，未想到接连发生两起内乱，只得将兵抽回。
义熙十三年(417年)正月，刘裕留子彭城公刘义隆镇守彭城，亲率水军自彭城西进。刘裕原令前锋诸军到达洛阳后，等待后续大军会合再前进；但王镇恶见后秦内乱，潼关空虚，便机断而行，于二月乘胜进击渑池(今河南洛宁西)，遣毛德祖攻蠡吾城(今河南洛宁西北)、引兵疾趋潼关。檀道济、沈林子则从陕县(今属河南)以北渡黄河，攻拔襄邑堡(今山西平陵境)，再攻秦并州刺史尹昭于蒲阪，不克，转攻匈奴堡(今山西临汾一带)，为姚成都所败。蒲阪城坚兵多，一时难下。檀道济等挥师南下，与王镇恶会师并力攻潼关。
三月，晋军夺取潼关，乘胜追击。后秦姚绍引兵出战失利，损兵千余，退驻定城(今潼关西)，依险拒守。后秦军先后两次派兵断晋军粮道，封锁水路，均被沈林子部所败。是月，刘裕率水军自淮、泗入清河，准备逆黄河西上，北魏因滑台丢失而倍防刘裕。魏帝拓跋嗣不听谋臣崔浩之言，不肯借道，反以司徒长孙嵩督山东诸军事，遣振威将军娥洁、冀州刺史阿薄干，率步骑兵10万屯黄河北岸。北魏还以数千骑兵，缘黄河北岸随刘裕军西行，不时袭扰，迟滞晋军西进。
四月，刘裕令部分军队渡过黄河，为了对抗北魏的精锐骑兵，在此摆成了军事史上著名的“却月阵”。史书上对“却月阵”的记载如下：“裕遣白直队主丁旿帅仗士七百人、车百乘，渡北岸，去水百馀步，为却月阵，两端抱河，车置七仗士，事毕，使竖一白毦；魏人不解其意，皆未动。裕先命宁朔将军朱超石戒严，白毦既举，超石帅二千人驰往赴之，赍大弩百张，一车益二十人，设彭排于辕上。魏人见营阵既立，乃进围之；长孙嵩帅三万骑助之，四面肉薄攻营，弩不能制。时超石别赍大锤乃槊千馀张，乃断槊长三四尺，以锤锤之，一槊辄洞贯三四人。魏兵不能当，一时奔溃，死者相积；临陈斩阿薄干，魏人退还畔城。超石帅宁朔将军胡籓、宁远将军刘荣祖追击，又破之，杀获千计”(《资治通鉴•卷第一百一十八》)。
“高祖乃遣白直队主丁旿，率七百人，及车百乘，于河北岸上，去水百余步，为却月阵，两头抱河，车置七仗士，事毕，使竖一白毦。虏见数百人步牵车上，不解其意，并未动。高祖先命超石驰往赴之，并赍大弩百张，一车益二十人，设彭排于辕上。虏见营阵既立，乃进围营。超石先以软弓小箭射虏，虏以众少兵弱，四面俱至。嗣又遣南平公托跋嵩三万骑至，遂内薄攻营。于是百弩俱发，又选善射者丛箭射之，虏众既多，弩不能制。超石初行，别赍大锤并千余张槊，乃断槊长三四尺，以锤锤之，一槊辄洞贯三四虏，虏众不能当，一时奔溃。临阵斩阿薄干首，虏退还半城。超石率胡籓、刘荣祖等追之，复为虏所围，奋击尽日，杀虏千计，虏乃退走。高祖又遣振武将军徐猗之五千人向越骑城，虏围猗之，以长戟结阵。超石赴之，未至，悉奔走”(《宋书•朱超石列传》)。
刘裕凭“却月阵”，以2000步兵破魏军3万精锐骑兵，显示了强大的威力，是军事史上以步制骑的著名战例。其实，刘裕并不是第一次摆阵，在北伐南燕时，刘裕“有车四千两，分车为两翼，方轨徐行，车悉张幔，御者执槊，又以轻骑为游军。军令严肃，行伍齐整”(《宋书•武帝本纪》)。燕军骑兵来袭，无功而返。
魏帝拓跋嗣闻魏军大败，方信崔浩之言，便按兵以待，只监视晋军行动。在潼关方向，后秦姚绍再一次遣长史姚洽、宁朔将军安鸾、护军姚墨蠡、河东太守唐小方率众2000进趋黄河以北九原(今山西新绛北)，设立河防，以断绝檀道济、王镇恶之粮援，被沈林子击破，将士被杀殆尽。姚绍闻姚洽败死，发病身亡。东平公姚瓒代姚绍行使兵权，引兵攻袭沈林子，被沈林子击败。不久，刘裕抵达洛阳。
五月，齐郡太守王懿降魏，便上书魏帝说：“刘裕在洛，宜发兵绝其归路，可不战而克”(《资治通鉴•卷第一百一十八》)。拓跋嗣觉得有理。时崔浩在魏帝旁边，魏帝便问崔浩：“刘裕伐姚泓，果能克乎？”崔浩回答说能。魏帝问其故，崔浩说：“昔姚兴好事虚名而少实用，子泓懦而多病，兄弟乖争。裕乘其危，兵精将勇，何故不克！”魏帝又问：“裕才何如慕容垂？”崔浩说：“胜之。垂藉父兄之资，修复旧业，国人归之，若夜虫之就火，少加倚仗，易以立功。刘裕奋起寒微，不阶尺土，讨灭桓玄，兴复晋室，北禽慕容超，南枭卢循，所向无前，非其才之过人，安能如是乎！”魏帝接着又问：“裕既入关，不能进退，我以精骑直捣彭城、寿春，裕将若之何？”崔浩说：“今西有屈丐，北有柔然，窥伺国隙。陛下既不可亲御六师，虽有精兵，未睹良将。长孙嵩长于治国，短于用兵，非刘裕敌也。兴兵远攻，未见其利，不如且安静以待之，裕克秦而归，必篡其主。关中华、戎杂错，风俗劲悍；裕欲以荆、扬之化施之函、秦，此无异解衣包火，张罗捕虎；虽留兵守之，人情未洽，趋尚不同，适足为寇敌之资耳。愿陛下按兵息民以观其变，秦地终为国家之有。可坐而守也”(《资治通鉴•卷第一百一十八》)。经崔浩一番精辟的分析，魏帝觉得言之有理，这才没有出兵攻晋。
七月，刘裕由洛阳到达陕城。沈田子、傅弘之入武关，秦守将弃城而走。沈田子进驻青泥(今陕西兰田)。秦主姚泓遣给事黄门侍郎姚和都屯蛲柳(今侠西兰田境)以拒沈、傅。
八月，刘裕到阌乡(今河南灵宝乡)。沈田子等将攻峣柳，姚泓欲率军击刘裕，恐沈田子等袭击其后，遂先击沈田子，然后以倾国之兵东出。姚泓率步骑数万人至青泥。沈田子军仅千余人，沈田子先发制敌，乘后秦营阵未立，首先出击，激励战士奋战，大败后秦兵，斩万余人。姚泓逃还灞上(今西安东)。不久，刘裕至潼关，命河东太守朱超石、振武将军徐猗之合攻蒲坂，被后秦平原公姚璞与姚和都重创，徐猗之战死。朱超石败退潼关。
此时，晋军进攻受阻，王镇恶请求率水军自黄河进入渭水，直逼长安，刘裕同决。王镇恶入渭水后，后秦恢武将军姚难自香城(今陕西朝邑东)回救长安。王镇恶率兵追击。姚泓从灞上引兵回屯石桥(今长安城洛门东北)，援接姚难。镇北将军姚强与姚难在泾上(今泾河入渭之口)汇合，共拒王镇恶。王镇恶遣毛德祖进击，破之。姚强战死，姚难逃往长安。姚瓒退守郑城(今陕西华县)。刘裕遂挥师进逼秦军。姚泓急遣姚丕守渭桥(今长安城北)，辅国将军胡翼度守城东北之石积，姚瓒守灞东(灞水以东)。姚泓则自屯逍遥园(长安城西)。八月二十三日，王镇恶军到达渭桥，弃舟上岸，攻姚丕，大破之。姚泓与姚瓒引兵来救，遇姚丕部败退，自相践踏，不战而溃。姚泓单骑还宫，王镇恶自平朔门(长安北门)攻入长安。姚泓出降。后秦灭亡。
此战，刘裕善择战机，部署周密，军事政治处置得当；攻长安时以偏师入武关，派水军溯渭水西进，配合主力，适时出击，水陆各军配合密切，终获全胜。
九月，刘裕至长安。当时长安城内物资丰富，币藏盈积。刘裕将一部分浑仪、土圭等献给朝廷，其余珍宝珠玉则分给将帅，他还在长安谒汉高祖刘邦陵，大会文武于未央殿。
十一月，留守江南的刘穆之病故，朝中空虚。当初，刘裕准备攻下关中后，在经略西北。此时，晋军将士都久战思归，都不想留下。刘裕也怕江南出事，便决议东反。留次子，年仅十二岁的桂阳公刘义真为安西将军，雍秦二州刺史，镇守长安；王镇恶以征虏将军领安西司马、冯翊太守。委以守御之任。
由于王镇恶的祖父王猛为前秦丞相多年，甚得人心，而王镇恶又新立大功，所以晋军皆忌之。沈田子素与王镇恶不和，便于傅弘之多次对刘裕说：“镇恶家在关中，不可保信。”刘裕说：“今留卿文武将士精兵万人，彼若欲为不善，正足自灭耳。勿复多言。”刘裕私下对沈田子说：“钟会不得遂其乱者，以有卫瓘故也。语曰：‘猛兽不如群狐’，卿等十馀人，何惧王镇恶”(《资治通鉴•卷第一百一十八》)！
史学家司马光在评论此事时说：“‘疑则勿任，任则勿疑。’裕既委镇恶以关中，而复与田子有后言，是斗之使为乱也。惜乎！百年之寇，千里之士，得之艰难，失之造次，使丰、鄗之都复输寇手。荀子曰：‘兼并易能也，坚凝之难。’信哉”(《资治通鉴•卷第一百一十八》)！
十二月，刘裕离开长安。刘裕此举，便关中百姓非常失望。因为长安自316年被匈奴人刘曜占领后，至今已经一百多年了。“三秦父老闻裕将还，诣门流涕诉曰：“残民不沾王化，于今百年，始睹衣冠，人人相贺。长安十陵是公家坟墓，咸阳宫殿是公家室宅，舍此欲何之乎’”(《资治通鉴•卷第一百一十八》)！但刘裕对夺取皇位已是急不可耐了。
七月，朱龄石听从刘钟建议，不失战机，力克北城，斩侯晖、谯诜，转攻南城，南城自溃。朱龄石率军舍船登陆前进；臧熹至牛脾(今四川简阳西)，击斩蜀大将谯抚之。谯小苟率军自打鼻山(今彭山南岷江西岸)溃退。谯纵军诸营望风而走。尚书令马耽，封存府库，以待晋军接攻。谯纵弃城投奔谯道福，被谯道福斥责，走投无路，自杀。朱龄石进入益州。谯道福无奈之际，投奔僚人部落，后被晋军俘斩。三月，
刘裕不仅以武功显赫于当时，而且在一些政治措施上，他也很有建树，这些为他日后称帝打下了基础。当时晋朝“山湖川泽，皆为豪强作专，小民薪采渔钓，皆责税直”(《宋书•武帝本纪》)。刘裕认为这对百姓不利，于是“禁断之”。
时民居未一，刘裕便于是年三月上表：“臣闻先王制治，九土攸序；分境画疆，各安其居；在昔盛世，人无迁业，故井田之制，三代以隆。秦革斯政，汉遂不改；富强兼并，于是为弊。然九服弗扰，所托成旧，在汉西京，大迁田、景之族，以实关中，即以三辅为乡闾，不复系之于齐、楚。自永嘉播越，爰托淮、海，朝有匡复之算，民怀思本之心，经略之图，日不暇给。是以宁民绥治，犹有未遑。及至大司马桓温，以民无定本，伤治为深，庚戌土断，以一其业。于时财阜国丰，实由于此。自兹迄今，弥历年载，画一之制，渐用颓弛。杂居流寓，闾伍弗修，王化所以未纯，民瘼所以犹在。臣荷重任，耻责实深，自非改调解张，无以济治。夫人情滞常，难与虑始，所谓父母之邦以为桑梓者，诚以生焉终焉，敬爱所托耳。今所居累世，坟垄成行，敬恭之诚，岂不与事而至。请准庚戌土断之科，庶子本所弘，稍与事著。然后率之以仁义，鼓之以威武，超大江而跨黄河，抚九州而复旧土，则恋本之志，乃速由于当年，在始暂勤，要终所以能易。伏惟陛下，垂矜万民，怜其所失，永怀《鸿雁》之诗，思隆中兴之业。既委臣以国重，期臣以宁济，若所启合允，请付外施行”(《宋书•武帝本纪》)。于是依界土断。这些措施，使刘裕在百姓心中，留下了较好的印象。
义熙十年(414年)时，荆州刺史司马休之在江陵，颇得江、汉民心，遭到刘裕妒恨。刘裕还又厌恶其子谯王司马文思在京都建康(今南京)惹事，遂于义熙十一年(415年)正月，逮捕司马休之次子司马文宝等，命其自杀。同时以纵子凶暴为名，发兵西上，征伐司马休之。二十七日，兵出建康。
二月，司马休之上书陈述刘裕罪状，举兵迎战。雍州刺史鲁宗之与其子竟陵太守鲁轨，起兵响应。刘裕命参军檀道济、朱超石率步、骑兵出襄阳，以江夏太守刘虔之屯兵三连(今湖北安陆西)，架桥筹粮以待檀道济。鲁轨乘虚袭杀刘虔之。刘裕以女婿、振威将军徐逵之，统领参军蒯恩、王允之、沈渊子为前锋，出江夏口(江水夏水合口处，今湖北监利西)。于破冢(今湖北江陵东南)中鲁轨埋伏，兵败，徐逵之、王允之、沈渊子相继战死，鲁轨再攻蒯恩，不克退走。刘裕军抵马头(今湖北公安西北)，闻徐逵之战死，于三月率诸军渡江。鲁轨及司马休之子司马文思率兵4万，据岸列阵。刘裕逼迫建武将军胡藩强行沿悬崖攀登上岸，后续部众奋勇力战，击退司马文思，刘裕率军乘胜猛攻，大败司马休之，继克江陵。五月，鲁轨在石城(今湖北钟祥)被刘裕部将阆中侯赵伦之、太尉参军沈林子击败。司马休之、鲁宗之救援不及，遂与鲁轨逃奔后秦。武陵内史王镇恶等追至国境而还。
是月，加刘裕太傅、扬州牧，剑履上殿，入朝不趋，赞拜不名。以其弟兖、青二州刺史刘道怜为都督荆、湘、益、秦、宁、雍七州诸军事、骠骑将军、荆州刺史。刘道怜为人贪鄙，无才能，刘裕便以中军长史晋陵太守谢方明为骠骑长史、南郡相，刘道怜府中之事皆咨决于谢方明。八月，刘裕回建康，固辞太傅、州牧，其余受命。以长子刘义符为兖州刺史。
义熙十二年(416年)正月，加刘裕平北将军、兖州刺史，增都督南秦州，共计二十二州，以刘义符为豫州刺史。二月，又加刘裕中外大都督。
刘裕自灭南燕后，便有进图关中、洛阳之志，后因内忧不断，便没有完成自己的愿望。此时，内乱已平，后方无忧，便准备北伐后秦。后秦是由羌族贵族姚苌建立的，历来威胁东晋。刘裕在攻灭南燕和益州割据势力后，谋伐后秦。正月，后秦国主姚兴派兵攻东晋雍州（治今湖北襄阳)，被雍州刺史赵伦之击败。为晋提供了北伐的借口。二月，后秦国主姚兴病死，太子姚泓即位，兄弟争位相杀，关中骚乱。四月，西秦主乞伏炽磐侵犯秦边。六月，并州(治今山西太原西北)匈奴部落聚众叛乱。同时，夏国赫连勃勃乘机起兵扰秦边境。后秦因此内外交困，国力大减。
八月，刘裕兴师伐秦(参见刘裕灭后秦之战)。以其长子刘义符和亲信刘穆之等留守建康(今南京)，亲率大军，兵分五路征讨后秦。龙骧将军王镇恶、冠军将军檀道济率步兵为前锋，自淮、肥一带向许昌、洛阳(今河南许昌东、洛阳东北)方向进攻；建武将军沈林子、彭城内史刘遵考率水军，趋石门(今河南荥阳北)，自汴水入河水(今黄河)；直指洛阳；新野太守朱超石、宁朔将军胡藩率部由襄阳赴阳城(今河南登封东南)，策应洛前锋主力，从南面进攻洛阳；振武将军沈田子、建威将军傅弘之率部由襄阳趋武关(今陕西商南西南)，牵制关中的后秦军；冀州刺史王仲德统领前锋诸军，经泗水开巨野泽(今山东巨野北)入河水(今黄河)。
九月，刘裕率大军至彭城(今江苏徐州)，各路晋军进展顺利。刘裕加领徐州刺史。当时，后秦于潼关(今陕西潼关东北)以东置有豫，徐、兖三州，屯兵薄弱，且缺乏防备。晋将王镇恶、檀道济进入后秦境，连战告捷。秦将王苟生献漆丘(今河南商丘东北)降王镇恶，徐州刺史姚掌以项城(今河南沈立)降檀道济。其它要点屯守兵力，亦望风降附。檀道济又破新蔡(今属河南)，执杀太守董遵，进克中原重镇许昌，擒获秦颍川太守姚垣及大将杨业。沈林子自汴入黄河，攻克仓垣(今河南开封西北)，击降后秦兖州刺史韦华。王仲德率水军入黄河，借道北魏滑台(今河南滑县东)，守将尉建率众弃城北渡黄河西走。王仲德进屯滑台。
十月，王镇恶、檀道济会师成皋(今荥阳西北)。后秦阳城、荥阳(今荥阳东北)二城皆降。镇守洛阳的后秦征南将军姚洸求救于长安。后秦主姚泓派越骑校尉阎生率骑兵3000人，武卫将军姚益男率步兵1万前往助守。同时遣并州牧姚懿自蒲坂(今山西水济西南)进屯陕津(即茅津，今河南三门峡市西黄河上)为后援。洛阳守将姚洸拒纳部将赵玄集中兵力，固守金墉(今洛阳东北)，以待援军建议，分兵扼守各处险要：命宁朔将军赵玄率千余人南守柏谷坞(今河南偃师东南)，广武将军石无讳东守巩城(今河南巩县西南)。不久，成皋、虎牢(今河南荥阳西北)守军相继降晋。王镇恶、檀道济、沈林子等长驱而进。石无讳退还洛阳，赵玄战死。檀道济进逼洛阳，姚洸出降，秦军4000余人被俘。后秦援军阎生、姚益男等得知洛阳失陷，不敢往援。晋军占领洛阳。西秦主乞伏炽磐遣秦州刺史王松寿据马头(今甘肃礼县东北)，紧逼后秦上邦(今甘肃天水)。
这时刘裕认为自己功劳甚高，便于十一月派左长史王弘还建康，“讽朝廷求九锡”(《资治通鉴•卷第一百一十七》)。时刘裕的心腹刘穆之在建康掌留任，看见刘裕居然如此无赖，感到为他羞愧，因之发病。
十二月，晋廷见刘裕功高难治，只好下诏以刘裕为相国，总百揆、扬州牧，封十郡为宋公，备九锡之礼，位在诸侯王上，领征西将军，司、豫、北徐、雍四州刺史。刘裕原先让王弘还建康求九锡用意大概是想探探朝廷态度，现朝廷果然能如他的意，他反倒感到自己有些操之过急了，所以没有敢接受朝廷之封。
是月，西秦主乞伏炽磐遣使至刘裕处求击后秦以自效。刘裕封乞伏炽磐为平西将军、河南公。后秦在洛阳被占后，正准备派兵增援潼关，未想到接连发生两起内乱，只得将兵抽回。
义熙十三年(417年)正月，刘裕留子彭城公刘义隆镇守彭城，亲率水军自彭城西进。刘裕原令前锋诸军到达洛阳后，等待后续大军会合再前进；但王镇恶见后秦内乱，潼关空虚，便机断而行，于二月乘胜进击渑池(今河南洛宁西)，遣毛德祖攻蠡吾城(今河南洛宁西北)、引兵疾趋潼关。檀道济、沈林子则从陕县(今属河南)以北渡黄河，攻拔襄邑堡(今山西平陵境)，再攻秦并州刺史尹昭于蒲阪，不克，转攻匈奴堡(今山西临汾一带)，为姚成都所败。蒲阪城坚兵多，一时难下。檀道济等挥师南下，与王镇恶会师并力攻潼关。
三月，晋军夺取潼关，乘胜追击。后秦姚绍引兵出战失利，损兵千余，退驻定城(今潼关西)，依险拒守。后秦军先后两次派兵断晋军粮道，封锁水路，均被沈林子部所败。是月，刘裕率水军自淮、泗入清河，准备逆黄河西上，北魏因滑台丢失而倍防刘裕。魏帝拓跋嗣不听谋臣崔浩之言，不肯借道，反以司徒长孙嵩督山东诸军事，遣振威将军娥洁、冀州刺史阿薄干，率步骑兵10万屯黄河北岸。北魏还以数千骑兵，缘黄河北岸随刘裕军西行，不时袭扰，迟滞晋军西进。
四月，刘裕令部分军队渡过黄河，为了对抗北魏的精锐骑兵，在此摆成了军事史上著名的“却月阵”。史书上对“却月阵”的记载如下：“裕遣白直队主丁旿帅仗士七百人、车百乘，渡北岸，去水百馀步，为却月阵，两端抱河，车置七仗士，事毕，使竖一白毦；魏人不解其意，皆未动。裕先命宁朔将军朱超石戒严，白毦既举，超石帅二千人驰往赴之，赍大弩百张，一车益二十人，设彭排于辕上。魏人见营阵既立，乃进围之；长孙嵩帅三万骑助之，四面肉薄攻营，弩不能制。时超石别赍大锤乃槊千馀张，乃断槊长三四尺，以锤锤之，一槊辄洞贯三四人。魏兵不能当，一时奔溃，死者相积；临陈斩阿薄干，魏人退还畔城。超石帅宁朔将军胡籓、宁远将军刘荣祖追击，又破之，杀获千计”(《资治通鉴•卷第一百一十八》)。
“高祖乃遣白直队主丁旿，率七百人，及车百乘，于河北岸上，去水百余步，为却月阵，两头抱河，车置七仗士，事毕，使竖一白毦。虏见数百人步牵车上，不解其意，并未动。高祖先命超石驰往赴之，并赍大弩百张，一车益二十人，设彭排于辕上。虏见营阵既立，乃进围营。超石先以软弓小箭射虏，虏以众少兵弱，四面俱至。嗣又遣南平公托跋嵩三万骑至，遂内薄攻营。于是百弩俱发，又选善射者丛箭射之，虏众既多，弩不能制。超石初行，别赍大锤并千余张槊，乃断槊长三四尺，以锤锤之，一槊辄洞贯三四虏，虏众不能当，一时奔溃。临阵斩阿薄干首，虏退还半城。超石率胡籓、刘荣祖等追之，复为虏所围，奋击尽日，杀虏千计，虏乃退走。高祖又遣振武将军徐猗之五千人向越骑城，虏围猗之，以长戟结阵。超石赴之，未至，悉奔走”(《宋书•朱超石列传》)。
刘裕凭“却月阵”，以2000步兵破魏军3万精锐骑兵，显示了强大的威力，是军事史上以步制骑的著名战例。其实，刘裕并不是第一次摆阵，在北伐南燕时，刘裕“有车四千两，分车为两翼，方轨徐行，车悉张幔，御者执槊，又以轻骑为游军。军令严肃，行伍齐整”(《宋书•武帝本纪》)。燕军骑兵来袭，无功而返。
魏帝拓跋嗣闻魏军大败，方信崔浩之言，便按兵以待，只监视晋军行动。在潼关方向，后秦姚绍再一次遣长史姚洽、宁朔将军安鸾、护军姚墨蠡、河东太守唐小方率众2000进趋黄河以北九原(今山西新绛北)，设立河防，以断绝檀道济、王镇恶之粮援，被沈林子击破，将士被杀殆尽。姚绍闻姚洽败死，发病身亡。东平公姚瓒代姚绍行使兵权，引兵攻袭沈林子，被沈林子击败。不久，刘裕抵达洛阳。
五月，齐郡太守王懿降魏，便上书魏帝说：“刘裕在洛，宜发兵绝其归路，可不战而克”(《资治通鉴•卷第一百一十八》)。拓跋嗣觉得有理。时崔浩在魏帝旁边，魏帝便问崔浩：“刘裕伐姚泓，果能克乎？”崔浩回答说能。魏帝问其故，崔浩说：“昔姚兴好事虚名而少实用，子泓懦而多病，兄弟乖争。裕乘其危，兵精将勇，何故不克！”魏帝又问：“裕才何如慕容垂？”崔浩说：“胜之。垂藉父兄之资，修复旧业，国人归之，若夜虫之就火，少加倚仗，易以立功。刘裕奋起寒微，不阶尺土，讨灭桓玄，兴复晋室，北禽慕容超，南枭卢循，所向无前，非其才之过人，安能如是乎！”魏帝接着又问：“裕既入关，不能进退，我以精骑直捣彭城、寿春，裕将若之何？”崔浩说：“今西有屈丐，北有柔然，窥伺国隙。陛下既不可亲御六师，虽有精兵，未睹良将。长孙嵩长于治国，短于用兵，非刘裕敌也。兴兵远攻，未见其利，不如且安静以待之，裕克秦而归，必篡其主。关中华、戎杂错，风俗劲悍；裕欲以荆、扬之化施之函、秦，此无异解衣包火，张罗捕虎；虽留兵守之，人情未洽，趋尚不同，适足为寇敌之资耳。愿陛下按兵息民以观其变，秦地终为国家之有。可坐而守也”(《资治通鉴•卷第一百一十八》)。经崔浩一番精辟的分析，魏帝觉得言之有理，这才没有出兵攻晋。
七月，刘裕由洛阳到达陕城。沈田子、傅弘之入武关，秦守将弃城而走。沈田子进驻青泥(今陕西兰田)。秦主姚泓遣给事黄门侍郎姚和都屯蛲柳(今侠西兰田境)以拒沈、傅。
八月，刘裕到阌乡(今河南灵宝乡)。沈田子等将攻峣柳，姚泓欲率军击刘裕，恐沈田子等袭击其后，遂先击沈田子，然后以倾国之兵东出。姚泓率步骑数万人至青泥。沈田子军仅千余人，沈田子先发制敌，乘后秦营阵未立，首先出击，激励战士奋战，大败后秦兵，斩万余人。姚泓逃还灞上(今西安东)。不久，刘裕至潼关，命河东太守朱超石、振武将军徐猗之合攻蒲坂，被后秦平原公姚璞与姚和都重创，徐猗之战死。朱超石败退潼关。
此时，晋军进攻受阻，王镇恶请求率水军自黄河进入渭水，直逼长安，刘裕同决。王镇恶入渭水后，后秦恢武将军姚难自香城(今陕西朝邑东)回救长安。王镇恶率兵追击。姚泓从灞上引兵回屯石桥(今长安城洛门东北)，援接姚难。镇北将军姚强与姚难在泾上(今泾河入渭之口)汇合，共拒王镇恶。王镇恶遣毛德祖进击，破之。姚强战死，姚难逃往长安。姚瓒退守郑城(今陕西华县)。刘裕遂挥师进逼秦军。姚泓急遣姚丕守渭桥(今长安城北)，辅国将军胡翼度守城东北之石积，姚瓒守灞东(灞水以东)。姚泓则自屯逍遥园(长安城西)。八月二十三日，王镇恶军到达渭桥，弃舟上岸，攻姚丕，大破之。姚泓与姚瓒引兵来救，遇姚丕部败退，自相践踏，不战而溃。姚泓单骑还宫，王镇恶自平朔门(长安北门)攻入长安。姚泓出降。后秦灭亡。
此战，刘裕善择战机，部署周密，军事政治处置得当；攻长安时以偏师入武关，派水军溯渭水西进，配合主力，适时出击，水陆各军配合密切，终获全胜。
九月，刘裕至长安。当时长安城内物资丰富，币藏盈积。刘裕将一部分浑仪、土圭等献给朝廷，其余珍宝珠玉则分给将帅，他还在长安谒汉高祖刘邦陵，大会文武于未央殿。
十一月，留守江南的刘穆之病故，朝中空虚。当初，刘裕准备攻下关中后，在经略西北。此时，晋军将士都久战思归，都不想留下。刘裕也怕江南出事，便决议东反。留次子，年仅十二岁的桂阳公刘义真为安西将军，雍秦二州刺史，镇守长安；王镇恶以征虏将军领安西司马、冯翊太守。委以守御之任。
由于王镇恶的祖父王猛为前秦丞相多年，甚得人心，而王镇恶又新立大功，所以晋军皆忌之。沈田子素与王镇恶不和，便于傅弘之多次对刘裕说：“镇恶家在关中，不可保信。”刘裕说：“今留卿文武将士精兵万人，彼若欲为不善，正足自灭耳。勿复多言。”刘裕私下对沈田子说：“钟会不得遂其乱者，以有卫瓘故也。语曰：‘猛兽不如群狐’，卿等十馀人，何惧王镇恶”(《资治通鉴•卷第一百一十八》)！
史学家司马光在评论此事时说：“‘疑则勿任，任则勿疑。’裕既委镇恶以关中，而复与田子有后言，是斗之使为乱也。惜乎！百年之寇，千里之士，得之艰难，失之造次，使丰、鄗之都复输寇手。荀子曰：‘兼并易能也，坚凝之难。’信哉”(《资治通鉴•卷第一百一十八》)！
十二月，刘裕离开长安。刘裕此举，便关中百姓非常失望。因为长安自316年被匈奴人刘曜占领后，至今已经一百多年了。“三秦父老闻裕将还，诣门流涕诉曰：“残民不沾王化，于今百年，始睹衣冠，人人相贺。长安十陵是公家坟墓，咸阳宫殿是公家室宅，舍此欲何之乎’”(《资治通鉴•卷第一百一十八》)！但刘裕对夺取皇位已是急不可耐了。
时夏主赫连勃勃强盛，见刘裕至长安，不敢妄动，但仍秣马厉兵，训养士卒，进据安定(今甘肃泾川北)。后秦岭北诸郡县也皆降于夏国。等大军东还，赫连勃勃便问大臣王买德：“腾欲取关中，卿试言其方略。”王买德对刘裕进行了一番分析：“关中形胜之地，而裕以幼子守之。狼狈而归，正欲急成篡事耳，不暇复以中原为意。此天以关中赐我，不可失也。青泥、上洛，南北之险要，宜先遣游军断之；东塞潼关，绝其水陆之路；然后传檄三辅，施以威德，则义真在网罟之中，不足取也”(《资治通鉴•卷第一百一十八》)。
刘裕东还后，即以其子抚军大将军赫连瑞都督前锋诸军事，率骑兵2万，直奔长安；前将军赫连昌屯潼关(今陕西潼关东北)，切断晋军水陆通道；抚军右长史王买德进驻青泥(今陕西蓝田)，赫连勃勃率大军为后继。
晋义熙十三年(417年)正月，赫连瑞兵至渭水北岸，关中降民甚众。此时，晋大将间发生内讧，相互倾轧。沈田子杀王镇恶，王惰又杀沈田子。冠军将军毛惰之代王镇恶为安西司马。傅弘之于池阳(今陕西泾阳西北)大败赫连瑞军，追击至寡妇渡(今甘肃庆阳北)，斩俘甚众。夏军损失惨重，遂撤退。十月，东晋兼雍、东秦二州刺史刘义真受左右教唆，又杀王惰。王惰被杀，人心惊骇离散，局势难以控制。刘义真大为不安，把外地驻军调进长安防守。关中郡县均降夏国。赫连瑞乘夜袭长安，不克。赫连勃勃率大军进据咸阳，并断绝长安对外联系。长安陷于重围，刘裕召刘义真东归建康(今南京)，遣相国右司马朱龄石代镇长安。十一月，朱龄石至长安，刘义真携辎重东去。赫连瑞率兵3万追击刘义真。至青泥，晋军大败。傅弘之、蒯恩与毛惰之均被夏抚军右长史王买德所擒。刘义真只身逃回。朱龄石被长安百姓驱逐，逃奔潼关。赫连勃勃遂入长安。长安得而复失，仅一年时间，但此时的刘裕已无暇顾及了。
义熙十四年(418年)六月，刘裕受封为相国、宋公、九锡之命。这一次，刘裕没有推辞，因为刘裕认为自己各方面的条件已经成熟，取代晋室只是时间上的问题了。十二月，刘裕缢死晋安帝司马德宗，改立司马德宗的弟弟司马德文为帝。
元熙元年(419年)七月，刘裕受进爵之命，十二月，又加殊礼。
永初元年(420年)六月，刘裕迫使司马德文禅位给自己，正式称帝，国号为宋，改元永初，定都建康，史称宋武帝。中国历史也进入了一个暂新的时期——南北朝时期。
刘裕经过多年苦心经营，终于当上了皇帝，他深知帝位来之不易，所以即位后，采取了很多措施，巩固帝位，这也显示了这位创业之君的治国才能。由于刘裕出自寒门，深知这种人的优点，所以用人主要擢自寒门，所谓“网罗幽滞”(《宋书•武帝本纪》)。
刘裕还关心百姓生活，曾多次下令减免税役，如在同年八月“蠲租布二年”(《宋书•武帝本纪》)。在平定刘毅时，也曾下令减免税役。对于那些原来因战争需要被征发的奴隶也一律放还。
在吏治上，刘裕于永初二年(421)三月，规定“荆州府置将不得过二千人，吏不得过一万人；州置将不得过五百人，吏不得过五千人。兵士不在此限”(《宋书•武帝本纪》)。这是由于东晋末年，置官滥乱，给人民带来沉重负担，刘裕及时对此进行了制止。
在法制上，刘裕对东晋以来苛刻的刑法也进行了改革，永初三年(422)正月，下诏“刑罚无轻重，悉皆原降”(《宋书•武帝本纪》)。
刘裕本虽是行伍出行，识字不多，但非常重视教育。永初三年(422)正月，下诏：“古之建国，教学为先，弘风训世，莫尚于此；发蒙启滞，咸必由之。故爰自盛王，迄于近代，莫不敦崇学艺，修建庠序。自昔多故，戎马在郊，旌旗卷舒，日不暇给。遂令学校荒废，讲诵蔑闻，军旅日陈，俎豆藏器，训诱之风，将坠于地。后生大惧于墙面，故老窃叹于子衿。此《国风》所以永思，《小雅》所以怀古。今王略远届，华域载清，仰风之士，日月以冀。便宜博延胄子，陶奖童蒙，选备儒官，弘振国学。主者考详旧典，以时施行”(《宋书•武帝本纪》)。从而巩固宋国的统治，同时也改善了社会风气。
刘裕身为皇帝，最大的优点是生活简朴。史书称他“清简寡欲，严整有法度，未尝视珠玉舆马之饰，后庭无纨绮丝竹之音。”“财帛皆在外府，内无私藏”(《宋书•武帝本纪》)。义熙十二年(416年)八月，刘裕北伐后秦时，宁州人献琥珀枕，光色甚丽。刘裕知献琥能治伤，便将琥珀枕捣碎分给将士。刘裕灭后秦后，得姚兴从女，刘裕对她非常宠爱，几乎误了政事。后来谢晦谏说此事，刘裕马上其赶走。宋台建好后，有人上奏要把东西堂施局脚床，钉银涂钉，刘裕听了认为浪费，只同意用直脚床，钉铁钉。刘裕衣着简朴，常常拖着连齿木屐，在神虎门散步，左右从者不过十余人。他的儿子早晨向他请安，也不拘于礼，常穿着平常衣服。他睡的床，床头挂的是土布做成的帐子，墙壁上挂着布做的灯笼，麻绳做的拂灰扫把。为告诫后人，他命人将年轻时耕田用过的耨耙之类的农具藏人宫中，以使后人知稼穑之艰难。大明年间(457年-464年)，孝武帝刘骏见此情景，与自己所追求的浮华豪奢有天壤之别，感到刘裕寒酸之极。说：“田舍公得此，以为过矣”(《宋书•武帝本纪》)。
宋武帝刘裕虽只做了两年多皇帝，但他能以天下为己任，体恤百姓，节俭治国，不愧为当时有所作为的君主。后宋文帝刘义隆在其父亲的基础上，继续推行了一些有利于人民的统治政策，终于出现了南北朝历史上第一个小康局面——元嘉之治。
永初三年(422年)五月癸亥(即公元422年6月26日)，刘裕去世，时年六十岁。
点评：刘裕是两晋南北朝时期两个最卓越的军事统帅之一(另一个是北魏太武帝拓跋焘)。与很多历史人物不同的是，刘裕是从一个社会底层的平民百姓，用二十年的时间，凭借其卓越的军事才能，建立了自己的国家，所以更令人钦佩。北魏谋臣崔浩在评价刘裕时说：“刘裕奋起寒微，不阶尺土，讨灭桓玄，兴复晋室，北禽慕容超，南枭卢循，所向无前，非其才之过人，安能如是乎！”何去非在《备论》中也说：“宋武帝以英特之姿，攘袂而起，平灵宝于旧楚，定刘毅于荆豫，灭南燕于二齐，克谯纵于庸蜀，殄卢循于交广，西执姚泓而灭后秦，盖举无遗策而天下惮服矣。北方之寇，独关东之拓跋，陇北之赫连耳。方其入关，魏人虽强，不敢南指西顾以议其后。”
刘裕的军事生涯生，指挥了无数次作战，最大的特点是以少胜多，而且作战中常身先士卒，所以能够赢得广大将士的尊敬。刘裕的北伐，也是中国战争史上最成功的北伐之一，就成就上而言，仅次于朱元璋北伐，所以辛弃疾用“金戈铁马，气吞万里如虎”的诗句来形容刘裕北伐时的气势。此外，刘裕还长于水战，水军在多次作战中都起了决定性的作用。
“汉氏载祀四百，比胙隆周，虽复四海横溃，而民系刘氏，惵惵黔首，未有迁奉之心。魏武直以兵威服众，故能坐移天历；鼎运虽改，而民未忘汉。及魏室衰孤，怨非结下。晋籍宰辅之柄，因皇族之微，世擅重权，用基王业。至于宋祖受命，义越前模。晋自社庙南迁，禄去王室，朝权国命，递归台辅。君道虽存，主威久谢。桓温雄才盖世，勋高一时，移鼎之业已成，天人之望将改。自斯以后，晋道弥昏，道子开其祸端，元显成其末衅，桓玄藉运乘时，加以先父之业，因基革命，人无异心。高祖地非桓、文，众无一旅，曾不浃旬，夷凶翦暴，祀晋配天，不失旧物，诛内清外，功格区宇。至于钟石变声，柴天改物，民已去晋，异于延康之初，功实静乱，又殊咸熙之末。所以恭皇高逊，殆均释负。若夫乐推所归，讴歌所集，魏、晋采其名，高祖收其实矣。盛哉”(《宋书•武帝本纪》)！
附1：孙恩、卢循起义作战图 刘裕灭南燕之战作战地图 刘裕灭后秦之战作战地图 宋与北魏形势图(449年)
附2：永遇乐•京口北固亭怀古 辛弃疾
千古江山，英雄无觅，孙仲谋处。舞榭歌台，风流总被、雨打风吹去。斜阳草树，寻常巷陌，人道寄奴曾住。想当年，金戈铁马，气吞万里如虎。
元嘉草草，封狼居胥，赢得仓皇北顾。四十三年，望中犹记，烽火扬州路。可堪回首，佛狸祠下，一片神鸦社鼓。凭谁问：廉颇老矣，尚能饭否？
书陶靖节桃源诗后 陆游
寄奴谈笑取秦燕，愚智皆知晋鼎迁。独为桃源人作传，固应不仕义熙年。
刘裕东还后，即以其子抚军大将军赫连瑞都督前锋诸军事，率骑兵2万，直奔长安；前将军赫连昌屯潼关(今陕西潼关东北)，切断晋军水陆通道；抚军右长史王买德进驻青泥(今陕西蓝田)，赫连勃勃率大军为后继。
晋义熙十三年(417年)正月，赫连瑞兵至渭水北岸，关中降民甚众。此时，晋大将间发生内讧，相互倾轧。沈田子杀王镇恶，王惰又杀沈田子。冠军将军毛惰之代王镇恶为安西司马。傅弘之于池阳(今陕西泾阳西北)大败赫连瑞军，追击至寡妇渡(今甘肃庆阳北)，斩俘甚众。夏军损失惨重，遂撤退。十月，东晋兼雍、东秦二州刺史刘义真受左右教唆，又杀王惰。王惰被杀，人心惊骇离散，局势难以控制。刘义真大为不安，把外地驻军调进长安防守。关中郡县均降夏国。赫连瑞乘夜袭长安，不克。赫连勃勃率大军进据咸阳，并断绝长安对外联系。长安陷于重围，刘裕召刘义真东归建康(今南京)，遣相国右司马朱龄石代镇长安。十一月，朱龄石至长安，刘义真携辎重东去。赫连瑞率兵3万追击刘义真。至青泥，晋军大败。傅弘之、蒯恩与毛惰之均被夏抚军右长史王买德所擒。刘义真只身逃回。朱龄石被长安百姓驱逐，逃奔潼关。赫连勃勃遂入长安。长安得而复失，仅一年时间，但此时的刘裕已无暇顾及了。
义熙十四年(418年)六月，刘裕受封为相国、宋公、九锡之命。这一次，刘裕没有推辞，因为刘裕认为自己各方面的条件已经成熟，取代晋室只是时间上的问题了。十二月，刘裕缢死晋安帝司马德宗，改立司马德宗的弟弟司马德文为帝。
元熙元年(419年)七月，刘裕受进爵之命，十二月，又加殊礼。
永初元年(420年)六月，刘裕迫使司马德文禅位给自己，正式称帝，国号为宋，改元永初，定都建康，史称宋武帝。中国历史也进入了一个暂新的时期——南北朝时期。
刘裕经过多年苦心经营，终于当上了皇帝，他深知帝位来之不易，所以即位后，采取了很多措施，巩固帝位，这也显示了这位创业之君的治国才能。由于刘裕出自寒门，深知这种人的优点，所以用人主要擢自寒门，所谓“网罗幽滞”(《宋书•武帝本纪》)。
刘裕还关心百姓生活，曾多次下令减免税役，如在同年八月“蠲租布二年”(《宋书•武帝本纪》)。在平定刘毅时，也曾下令减免税役。对于那些原来因战争需要被征发的奴隶也一律放还。
在吏治上，刘裕于永初二年(421)三月，规定“荆州府置将不得过二千人，吏不得过一万人；州置将不得过五百人，吏不得过五千人。兵士不在此限”(《宋书•武帝本纪》)。这是由于东晋末年，置官滥乱，给人民带来沉重负担，刘裕及时对此进行了制止。
在法制上，刘裕对东晋以来苛刻的刑法也进行了改革，永初三年(422)正月，下诏“刑罚无轻重，悉皆原降”(《宋书•武帝本纪》)。
刘裕本虽是行伍出行，识字不多，但非常重视教育。永初三年(422)正月，下诏：“古之建国，教学为先，弘风训世，莫尚于此；发蒙启滞，咸必由之。故爰自盛王，迄于近代，莫不敦崇学艺，修建庠序。自昔多故，戎马在郊，旌旗卷舒，日不暇给。遂令学校荒废，讲诵蔑闻，军旅日陈，俎豆藏器，训诱之风，将坠于地。后生大惧于墙面，故老窃叹于子衿。此《国风》所以永思，《小雅》所以怀古。今王略远届，华域载清，仰风之士，日月以冀。便宜博延胄子，陶奖童蒙，选备儒官，弘振国学。主者考详旧典，以时施行”(《宋书•武帝本纪》)。从而巩固宋国的统治，同时也改善了社会风气。
刘裕身为皇帝，最大的优点是生活简朴。史书称他“清简寡欲，严整有法度，未尝视珠玉舆马之饰，后庭无纨绮丝竹之音。”“财帛皆在外府，内无私藏”(《宋书•武帝本纪》)。义熙十二年(416年)八月，刘裕北伐后秦时，宁州人献琥珀枕，光色甚丽。刘裕知献琥能治伤，便将琥珀枕捣碎分给将士。刘裕灭后秦后，得姚兴从女，刘裕对她非常宠爱，几乎误了政事。后来谢晦谏说此事，刘裕马上其赶走。宋台建好后，有人上奏要把东西堂施局脚床，钉银涂钉，刘裕听了认为浪费，只同意用直脚床，钉铁钉。刘裕衣着简朴，常常拖着连齿木屐，在神虎门散步，左右从者不过十余人。他的儿子早晨向他请安，也不拘于礼，常穿着平常衣服。他睡的床，床头挂的是土布做成的帐子，墙壁上挂着布做的灯笼，麻绳做的拂灰扫把。为告诫后人，他命人将年轻时耕田用过的耨耙之类的农具藏人宫中，以使后人知稼穑之艰难。大明年间(457年-464年)，孝武帝刘骏见此情景，与自己所追求的浮华豪奢有天壤之别，感到刘裕寒酸之极。说：“田舍公得此，以为过矣”(《宋书•武帝本纪》)。
宋武帝刘裕虽只做了两年多皇帝，但他能以天下为己任，体恤百姓，节俭治国，不愧为当时有所作为的君主。后宋文帝刘义隆在其父亲的基础上，继续推行了一些有利于人民的统治政策，终于出现了南北朝历史上第一个小康局面——元嘉之治。
永初三年(422年)五月癸亥(即公元422年6月26日)，刘裕去世，时年六十岁。
点评：刘裕是两晋南北朝时期两个最卓越的军事统帅之一(另一个是北魏太武帝拓跋焘)。与很多历史人物不同的是，刘裕是从一个社会底层的平民百姓，用二十年的时间，凭借其卓越的军事才能，建立了自己的国家，所以更令人钦佩。北魏谋臣崔浩在评价刘裕时说：“刘裕奋起寒微，不阶尺土，讨灭桓玄，兴复晋室，北禽慕容超，南枭卢循，所向无前，非其才之过人，安能如是乎！”何去非在《备论》中也说：“宋武帝以英特之姿，攘袂而起，平灵宝于旧楚，定刘毅于荆豫，灭南燕于二齐，克谯纵于庸蜀，殄卢循于交广，西执姚泓而灭后秦，盖举无遗策而天下惮服矣。北方之寇，独关东之拓跋，陇北之赫连耳。方其入关，魏人虽强，不敢南指西顾以议其后。”
刘裕的军事生涯生，指挥了无数次作战，最大的特点是以少胜多，而且作战中常身先士卒，所以能够赢得广大将士的尊敬。刘裕的北伐，也是中国战争史上最成功的北伐之一，就成就上而言，仅次于朱元璋北伐，所以辛弃疾用“金戈铁马，气吞万里如虎”的诗句来形容刘裕北伐时的气势。此外，刘裕还长于水战，水军在多次作战中都起了决定性的作用。
“汉氏载祀四百，比胙隆周，虽复四海横溃，而民系刘氏，惵惵黔首，未有迁奉之心。魏武直以兵威服众，故能坐移天历；鼎运虽改，而民未忘汉。及魏室衰孤，怨非结下。晋籍宰辅之柄，因皇族之微，世擅重权，用基王业。至于宋祖受命，义越前模。晋自社庙南迁，禄去王室，朝权国命，递归台辅。君道虽存，主威久谢。桓温雄才盖世，勋高一时，移鼎之业已成，天人之望将改。自斯以后，晋道弥昏，道子开其祸端，元显成其末衅，桓玄藉运乘时，加以先父之业，因基革命，人无异心。高祖地非桓、文，众无一旅，曾不浃旬，夷凶翦暴，祀晋配天，不失旧物，诛内清外，功格区宇。至于钟石变声，柴天改物，民已去晋，异于延康之初，功实静乱，又殊咸熙之末。所以恭皇高逊，殆均释负。若夫乐推所归，讴歌所集，魏、晋采其名，高祖收其实矣。盛哉”(《宋书•武帝本纪》)！
附1：孙恩、卢循起义作战图 刘裕灭南燕之战作战地图 刘裕灭后秦之战作战地图 宋与北魏形势图(449年)
附2：永遇乐•京口北固亭怀古 辛弃疾
千古江山，英雄无觅，孙仲谋处。舞榭歌台，风流总被、雨打风吹去。斜阳草树，寻常巷陌，人道寄奴曾住。想当年，金戈铁马，气吞万里如虎。
元嘉草草，封狼居胥，赢得仓皇北顾。四十三年，望中犹记，烽火扬州路。可堪回首，佛狸祠下，一片神鸦社鼓。凭谁问：廉颇老矣，尚能饭否？
书陶靖节桃源诗后 陆游
寄奴谈笑取秦燕，愚智皆知晋鼎迁。独为桃源人作传，固应不仕义熙年。