糟了惨，土鳖国把生物科学也要搞成白菜化和夕阳化

CELL（双周刊）是生命科学最权威期刊，由于其长文性质，其声誉甚至略微过SCIENCE和NATURE的生命科学论文（多为短文）。以前中国年复一年的剃光头，直到2005年饶毅教授在上海神经所发表了一篇本土工作（后来饶毅全职归国了，现在北大生科院院长），当时被国内科学界引为骄傲。

随着土鳖国经济发展，基础科研的投入开始加大，科研条件和环境虽然还不够好，但是有了很大的进步。继今年早些时候北京生命科学所在同一期CELL中发表两篇文章之后，最新一期的CELL上15篇论文，11篇的第一作者是亚裔，其中中国人10个韩裔1个，中国人中的9个出身大陆。虽然多数来自中国在美留学生，但其中中国本土工作有多达三篇，其中两篇来自深圳华大基因，一篇出自陕西师范大学。而那一篇韩国留美学生为第一作者的论文，其指导教授和通讯作者也是中国人。
http://www.cell.com/current

这其中既有海归大牛，全职归国的北京生命科学研究所创办人王晓东教授（美国国家科学院院士，目前在中国本土全职工作学者中最有希望得诺贝尔奖的人，没有之一）；也有土生博士，深圳华大基因的王俊教授（名言是没有两弹一星，没有一声巨响，这个世界谁也不会理睬你）；也有在陕西师范大学兼职受聘长江学者讲座教授（每年国内工作3个月）的张遐教授的本土团队。

虽然这两期的中国文章高产还不是普遍现象，但是其趋势如何已经一目了然。在基础科学研究上，日本将不再是亚洲的孤星，中国在基础科学各领域权威期刊比如NATURE\SCIENCE\PRL\JACS等等的总产出已经跟日本相当（但日本规模比我们小），韩国虽然进步很快、以人均来说很不错，但是总的影响力跟中国还不能比。至于台湾。。。。。大概历史上台湾全岛所有大学和科学机构CELL文章数加总也就等于中国这两个月吧，科技岛这个绰号真的不要再自称了，亚洲的科技岛只有一个日本而已。印度则比台湾产出更少，亚洲除了中日韩以四国，其他可以忽略不计，或者再有个新加坡，新加坡最近几年开始有点成长了，考虑到其那么一点大，也算强手。



http://www.nibs.ac.cn/?act=view&id=3591
王晓东研究组两篇Cell文章揭示细胞坏死机制

与人们早期的认识不同，现在细胞坏死被认为是哺乳动物的发育和生理过程的重要组成部分。此外，细胞坏死还参与了人类的多种病理过程，如急性组织损伤以及许多免疫性疾病。许多研究结果显示细胞坏死是由复杂的分子信号通路所执行的。除RIP1以外，王晓东实验室之前的研究证实了RIP3的激酶活性是肿瘤坏死因子TNF-α诱导的细胞坏死过程中不可或缺的。当细胞坏死被诱导之后，RIP1、RIP3相互结合形成一个信号复合体，被称作“necrosome”。这一特殊的信号复合体怎样把坏死的信号传递下去并不清楚。

在这一期的Cell中，王晓东研究组同期发表了两篇文章阐述有关TNF-α诱导的细胞坏死信号传导通路中新的发现。他们发现一个名叫MLKL的蛋白在细胞坏死中起着关键性作用。这是有关这一蛋白研究的第一篇文章。研究表明在RIP3介导的细胞坏死信号通路中，MLKL扮演着RIP3激酶其中一个底物的角色。与此同时，他们还筛选得到一个抑制细胞坏死的小分子化合物，通过特异识别MLKL阻止坏死信号的传导。另外，MLKL将“necrosome”与线粒体磷酸酶PGAM5相联系起来。PGAM5的激活可以导致成串排列的线粒体发生线性断裂，这一现象在细胞坏死发生的早期起到了非常重要的作用。更有趣的是，PGAM5在多种原因造成的细胞坏死通路中占据枢纽的作用，参与例如氧自由基的过量增长和钙离子的过度渗漏等引起的细胞坏死。他们的工作呈现给我们有关细胞坏死更加详细的分子机制，并将细胞坏死与线粒体的故障联系了起来。这对于我们设计并开发针对细胞坏死相关疾病的药物起到了极大的提示和推动作用。

文章的主要工作由孙丽明博士、汪志高博士和王华翌博士完成。何苏丹博士、汪来博士、蒋辉博士、杜凤荷博士和晏家骢参与了课题的相关部分。化学部分的工作由合作者雷晓光实验室的廖道红和刘伟龙完成。蛋白质组中心的陈涉提供了质谱分析。

在达拉斯的研究工作由霍华德休斯医学研究所和美国国家肿瘤研究所（NCI）(PO1 CA95471)资助。在北京的研究工作由科技部863(2008AA022318)和973(2010CB835400)项目和北京市科委资助。



http://www.genomics.cn/navigation/show_news.action?newsContent.id=100434

华大基因单细胞测序成果登Cell研究新亮点，引领癌症研究新时代
发布日期：2012-3-2
                          ——华大基因两篇Cell文章同期发表
    2012年3月2日，深圳华大基因研究院在肿瘤研究上获得突破性进展，于国际著名学术期刊《细胞》（Cell）上同时发表两篇研究论文。该团队研发了一种解析单细胞基因组的新方法，并将该方法应用于原发性血小板增多症（一种血癌）和肾透明细胞癌（一种肾癌）的肿瘤内部遗传特征研究。此新方法解决了之前在用组织样本测序时无法解决的肿瘤高异质性难题，为从单核苷酸水平深入研究癌症发生、发展机制及其诊断、治疗提供了新的研究思路并开辟了新的研究方向。此外，这一新方法还可被广泛用于其他重要的生物研究领域，如组织器官内细胞基因组的异质性研究、干细胞的异质性研究、生殖细胞的遗传重组研究、胚胎的植入前遗传学诊断研究等。

目前，高通量测序技术已经被广泛应用于各种生物学研究中，然而，由于多细胞组织中广泛存在的细胞异质性，使得研究人员难以通过组织样品测序来揭示一些复杂的生物现象，如在肿瘤演化研究中，肿瘤组织的异质性使得研究人员难以分析肿瘤内细胞的遗传结构并识别在肿瘤演化中的重要变化，除非进行额外的细胞分选实验，否则研究人员很难鉴定出癌症发展中具有重要影响的遗传突变。2011年，来自冷泉港实验室的研究人员运用一种单细胞测序，通过基于拷贝数变异（CNV）的数据结果分析了乳腺癌的癌细胞种群结构，指出肿瘤的进化可能是间断性的（Navin et al., 2011, Nature），挑战了传统的肿瘤渐进式演化模型。这一发现成为了癌症研究中的一次重大突破，但是此方法的局限是不能从单个核苷酸水平了解单个癌细胞的遗传特性。

为了攻克这个难题，来自深圳华大基因研究院的研究人员建立了一种基于多重置换扩增（MDA）的单细胞测序新方法，并对该方法的扩增均一性、灵敏度、特异性等方面进行了全面评估。华大基因该项目负责人宋卢挺说：“这种将多重置换扩增（MDA）和测序技术相结合的单细胞测序方法不仅具有更高的分辨率和基因组覆盖度，而且具有更好的敏感性和特异性。该方法从单核苷酸水平上为各种复杂疾病和生物学过程的研究开辟了新思路。”

为了探究肿瘤的演化及遗传特性，研究人员对取自一例典型的JAK2阴性ET病人的90个单细胞进行了全外显子测序，通过诸多分析，研究人员揭示了此ET在肿瘤发生中遵循单克隆演化模型，并鉴定了一些与ET的发生、发展相关的突变基因。

在第二篇文章中，为了更好地解析肾癌内部的遗传变异情况，研究人员运用此新方法对一例肾癌进行了研究。他们发现此例肾癌并非由常见的两个突变基因VHL和PBRM1导致，这说明在病人群体中所鉴定的频发突变（recurrent mutation）可能与肿瘤个体无关，同时也强调了在癌症分析和诊断过程中进行个性化治疗的重要性。通过遗传学定量分析，研究人员发现在此肾癌中不存在明显的克隆（细胞）亚群，而且在肿瘤细胞群体内不同细胞突变频率的突变之间也存在差异明显的碱基突变谱，研究人员推测这可能与肿瘤演化过程中的选择紧密相关。此外，研究人员还发现了一些与此肾癌发生相关的重要功能基因。

深圳华大基因研究院副院长徐讯说：“我们对所有数据进行分析后，发现此肾癌内的遗传结构比我们之前预想的要复杂得多。单细胞测序为实体肿瘤研究开拓了一个新的研究视角，并对促进开发更有效的细胞靶向治疗方法具有十分重要的意义。同时，我们的研究也为其他研究人员利用单细胞测序研究肿瘤提供了一个很好的参照。”

深圳华大基因研究院副院长李英睿指出：“我们的两项研究表明，单细胞测序新方法为遗传异质性肿瘤的高精度、全面评估提供了一个非常优秀的研究工具。这种新方法和产生的数据为鉴定与肿瘤发展相关的候选基因提供了科学依据，也必将会推动癌症的遗传机理和生物学过程更深入的研究。”

华大基因执行院长王俊指出：“此单细胞测序技术使基因组学研究提升到了一个全新的层次和高度，使科学家们可以真正从生命活动的最基本单位——细胞这个层次去研究生物的生长、发育、生殖、遗传、变异等过程。”CELL（双周刊）是生命科学最权威期刊，由于其长文性质，其声誉甚至略微过SCIENCE和NATURE的生命科学论文（多为短文）。以前中国年复一年的剃光头，直到2005年饶毅教授在上海神经所发表了一篇本土工作（后来饶毅全职归国了，现在北大生科院院长），当时被国内科学界引为骄傲。

随着土鳖国经济发展，基础科研的投入开始加大，科研条件和环境虽然还不够好，但是有了很大的进步。继今年早些时候北京生命科学所在同一期CELL中发表两篇文章之后，最新一期的CELL上15篇论文，11篇的第一作者是亚裔，其中中国人10个韩裔1个，中国人中的9个出身大陆。虽然多数来自中国在美留学生，但其中中国本土工作有多达三篇，其中两篇来自深圳华大基因，一篇出自陕西师范大学。而那一篇韩国留美学生为第一作者的论文，其指导教授和通讯作者也是中国人。
http://www.cell.com/current

这其中既有海归大牛，全职归国的北京生命科学研究所创办人王晓东教授（美国国家科学院院士，目前在中国本土全职工作学者中最有希望得诺贝尔奖的人，没有之一）；也有土生博士，深圳华大基因的王俊教授（名言是没有两弹一星，没有一声巨响，这个世界谁也不会理睬你）；也有在陕西师范大学兼职受聘长江学者讲座教授（每年国内工作3个月）的张遐教授的本土团队。

虽然这两期的中国文章高产还不是普遍现象，但是其趋势如何已经一目了然。在基础科学研究上，日本将不再是亚洲的孤星，中国在基础科学各领域权威期刊比如NATURE\SCIENCE\PRL\JACS等等的总产出已经跟日本相当（但日本规模比我们小），韩国虽然进步很快、以人均来说很不错，但是总的影响力跟中国还不能比。至于台湾。。。。。大概历史上台湾全岛所有大学和科学机构CELL文章数加总也就等于中国这两个月吧，科技岛这个绰号真的不要再自称了，亚洲的科技岛只有一个日本而已。印度则比台湾产出更少，亚洲除了中日韩以四国，其他可以忽略不计，或者再有个新加坡，新加坡最近几年开始有点成长了，考虑到其那么一点大，也算强手。



http://www.nibs.ac.cn/?act=view&id=3591
王晓东研究组两篇Cell文章揭示细胞坏死机制

与人们早期的认识不同，现在细胞坏死被认为是哺乳动物的发育和生理过程的重要组成部分。此外，细胞坏死还参与了人类的多种病理过程，如急性组织损伤以及许多免疫性疾病。许多研究结果显示细胞坏死是由复杂的分子信号通路所执行的。除RIP1以外，王晓东实验室之前的研究证实了RIP3的激酶活性是肿瘤坏死因子TNF-α诱导的细胞坏死过程中不可或缺的。当细胞坏死被诱导之后，RIP1、RIP3相互结合形成一个信号复合体，被称作“necrosome”。这一特殊的信号复合体怎样把坏死的信号传递下去并不清楚。

在这一期的Cell中，王晓东研究组同期发表了两篇文章阐述有关TNF-α诱导的细胞坏死信号传导通路中新的发现。他们发现一个名叫MLKL的蛋白在细胞坏死中起着关键性作用。这是有关这一蛋白研究的第一篇文章。研究表明在RIP3介导的细胞坏死信号通路中，MLKL扮演着RIP3激酶其中一个底物的角色。与此同时，他们还筛选得到一个抑制细胞坏死的小分子化合物，通过特异识别MLKL阻止坏死信号的传导。另外，MLKL将“necrosome”与线粒体磷酸酶PGAM5相联系起来。PGAM5的激活可以导致成串排列的线粒体发生线性断裂，这一现象在细胞坏死发生的早期起到了非常重要的作用。更有趣的是，PGAM5在多种原因造成的细胞坏死通路中占据枢纽的作用，参与例如氧自由基的过量增长和钙离子的过度渗漏等引起的细胞坏死。他们的工作呈现给我们有关细胞坏死更加详细的分子机制，并将细胞坏死与线粒体的故障联系了起来。这对于我们设计并开发针对细胞坏死相关疾病的药物起到了极大的提示和推动作用。

文章的主要工作由孙丽明博士、汪志高博士和王华翌博士完成。何苏丹博士、汪来博士、蒋辉博士、杜凤荷博士和晏家骢参与了课题的相关部分。化学部分的工作由合作者雷晓光实验室的廖道红和刘伟龙完成。蛋白质组中心的陈涉提供了质谱分析。

在达拉斯的研究工作由霍华德休斯医学研究所和美国国家肿瘤研究所（NCI）(PO1 CA95471)资助。在北京的研究工作由科技部863(2008AA022318)和973(2010CB835400)项目和北京市科委资助。



http://www.genomics.cn/navigation/show_news.action?newsContent.id=100434

华大基因单细胞测序成果登Cell研究新亮点，引领癌症研究新时代
发布日期：2012-3-2
                          ——华大基因两篇Cell文章同期发表
    2012年3月2日，深圳华大基因研究院在肿瘤研究上获得突破性进展，于国际著名学术期刊《细胞》（Cell）上同时发表两篇研究论文。该团队研发了一种解析单细胞基因组的新方法，并将该方法应用于原发性血小板增多症（一种血癌）和肾透明细胞癌（一种肾癌）的肿瘤内部遗传特征研究。此新方法解决了之前在用组织样本测序时无法解决的肿瘤高异质性难题，为从单核苷酸水平深入研究癌症发生、发展机制及其诊断、治疗提供了新的研究思路并开辟了新的研究方向。此外，这一新方法还可被广泛用于其他重要的生物研究领域，如组织器官内细胞基因组的异质性研究、干细胞的异质性研究、生殖细胞的遗传重组研究、胚胎的植入前遗传学诊断研究等。

目前，高通量测序技术已经被广泛应用于各种生物学研究中，然而，由于多细胞组织中广泛存在的细胞异质性，使得研究人员难以通过组织样品测序来揭示一些复杂的生物现象，如在肿瘤演化研究中，肿瘤组织的异质性使得研究人员难以分析肿瘤内细胞的遗传结构并识别在肿瘤演化中的重要变化，除非进行额外的细胞分选实验，否则研究人员很难鉴定出癌症发展中具有重要影响的遗传突变。2011年，来自冷泉港实验室的研究人员运用一种单细胞测序，通过基于拷贝数变异（CNV）的数据结果分析了乳腺癌的癌细胞种群结构，指出肿瘤的进化可能是间断性的（Navin et al., 2011, Nature），挑战了传统的肿瘤渐进式演化模型。这一发现成为了癌症研究中的一次重大突破，但是此方法的局限是不能从单个核苷酸水平了解单个癌细胞的遗传特性。

为了攻克这个难题，来自深圳华大基因研究院的研究人员建立了一种基于多重置换扩增（MDA）的单细胞测序新方法，并对该方法的扩增均一性、灵敏度、特异性等方面进行了全面评估。华大基因该项目负责人宋卢挺说：“这种将多重置换扩增（MDA）和测序技术相结合的单细胞测序方法不仅具有更高的分辨率和基因组覆盖度，而且具有更好的敏感性和特异性。该方法从单核苷酸水平上为各种复杂疾病和生物学过程的研究开辟了新思路。”

为了探究肿瘤的演化及遗传特性，研究人员对取自一例典型的JAK2阴性ET病人的90个单细胞进行了全外显子测序，通过诸多分析，研究人员揭示了此ET在肿瘤发生中遵循单克隆演化模型，并鉴定了一些与ET的发生、发展相关的突变基因。

在第二篇文章中，为了更好地解析肾癌内部的遗传变异情况，研究人员运用此新方法对一例肾癌进行了研究。他们发现此例肾癌并非由常见的两个突变基因VHL和PBRM1导致，这说明在病人群体中所鉴定的频发突变（recurrent mutation）可能与肿瘤个体无关，同时也强调了在癌症分析和诊断过程中进行个性化治疗的重要性。通过遗传学定量分析，研究人员发现在此肾癌中不存在明显的克隆（细胞）亚群，而且在肿瘤细胞群体内不同细胞突变频率的突变之间也存在差异明显的碱基突变谱，研究人员推测这可能与肿瘤演化过程中的选择紧密相关。此外，研究人员还发现了一些与此肾癌发生相关的重要功能基因。

深圳华大基因研究院副院长徐讯说：“我们对所有数据进行分析后，发现此肾癌内的遗传结构比我们之前预想的要复杂得多。单细胞测序为实体肿瘤研究开拓了一个新的研究视角，并对促进开发更有效的细胞靶向治疗方法具有十分重要的意义。同时，我们的研究也为其他研究人员利用单细胞测序研究肿瘤提供了一个很好的参照。”

深圳华大基因研究院副院长李英睿指出：“我们的两项研究表明，单细胞测序新方法为遗传异质性肿瘤的高精度、全面评估提供了一个非常优秀的研究工具。这种新方法和产生的数据为鉴定与肿瘤发展相关的候选基因提供了科学依据，也必将会推动癌症的遗传机理和生物学过程更深入的研究。”

华大基因执行院长王俊指出：“此单细胞测序技术使基因组学研究提升到了一个全新的层次和高度，使科学家们可以真正从生命活动的最基本单位——细胞这个层次去研究生物的生长、发育、生殖、遗传、变异等过程。”