超级军网炉火纯青的习仲勋（中）
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1936年9月，中共中央召开了政治局扩大会议，习仲勋奉召首次列席了中央会议。此时陕北形势已发生了变化，陕西军阀杨虎城和被蒋介石派到陕西“剿共”的东北军首领张学良都不愿意再和红军为敌，已与中共中央进行了秘密接触，双方商定停止交战，互通信息。在这种背景下，作为陕甘宁边区南大门的关中特区地位越发重要起来，其领导人要担负起与张杨搞统一战线的艰巨责任。毛泽东慧眼识人，挑中熟悉陕西情况，年轻有为的习仲勋再赴关中，担任关中特委书记。10月，习仲勋回到关中特区上任。此后，习仲勋领导关中特委积极整理扩大游击队，争取中间势力的民团、保甲武装，尽可能地进行统一战线工作，整理各地党的工作，健全党的组织生活，恢复各县苏维埃政权，并在敌后开辟新区等，做了大量卓有成效的工作。
西安事变后，国共开始谈判，抗日民族统一战线日益形成。这时关中特区的工作就显得更加重要而敏感。根据中央制定的方针政策，习仲勋致力于将关中特区建设成为模范的抗日民主根据地，及时调整党政军群各级组织机构和工作任务，以尽快适应革命新形势，并成立了关中特区司令部，由习仲勋兼任政委，统一领导全区武装斗争。抗战爆发后，中共中央将中共陕甘宁特区改为中共陕甘宁边区，并成立了边区政府，关中特区也相应更名为关中分区。习仲勋大刀阔斧开展工作，深得干部和群众拥护，因而再次当选为关中分区分委书记，并兼任分区专员和分区保安司令部政委。
值得一提的是，习仲勋非常重视知识分子，大力吸收投奔延安的青年知识分子进队伍，并提拔其中的优秀人员为干部，将他们放到重要岗位上去，注意发挥他们的能力。在习仲勋的选才任用下，关中特区的区委书记以上干部基本都拥有初中或初中以上文化程度，因此在政策的掌握和执行上水平较高，有力推动了关中特区的工作。当时党内普遍对知识分子存在一些偏见，有人就提醒习仲勋这样做会不会有点“右倾”。习仲勋则干脆地说：“怕什么！只要为了革命，为了抗日，右倾又算得了什么？”不愧是经历过陕北肃反的硬骨头！
习仲勋在关中分区一干就是6年，其间还担任了陕甘宁边区中央局委员、陕甘宁边区第二师范学校校长等职务。他领导全区军民在党的建设、政权建设、统一战线、武装斗争等方面都取得了很大成绩，将关中分区建设成了陕甘宁边区坚固的南大门。1942年7月，习仲勋奉调担任中共西北局党校校长，并参加了延安整风运动。毛泽东非常欣赏习仲勋的工作能力，曾亲笔题词“党的利益在第一位”，对他予以表彰。
1943年2月，习仲勋调任中共绥德地委书记兼绥（德）米（脂）警备司令部政委。绥德地区人口五倍于关中分区，而且政治、经济、军事情况都比较复杂。习仲勋担心自己挑不起这副担子，毛泽东则鼓励他说：“一个人在一个地方呆久了，就没那么敏感了，到新的地方去也是锻炼嘛！”于是习仲勋欣然赴任，成为了绥德分区党政军最高领导人。
习仲勋上任后的头一件事就是抓“整风学习运动”。此时整风运动已从思想整风转入了审查干部阶段。中央总学委副主任康生主抓全边区的“抢救失足者运动”，指责绥德地区的整风工作不得力，导致“红旗党”（即所谓“打着红旗反红旗”）猖獗，要求必须改变这一形势。在这一指示下，绥德地区的“抢救运动”便轰轰烈烈地推开了。一时间到处都在忙着“抢救失足者”，“逼供信”齐下，闹腾得特务如麻，冤狱遍地。其中灾情最重的是绥德师范学校和米脂中学，有大批青年学生和教师被打成了“敌探奸细”、“军统中统”、“CC分子”、“复兴社”、“三青团”等敌特分子，出了很多荒唐事。习仲勋这时的表现如何呢？著名作家韦君宜和丈夫杨述当时在绥德地委的《抗战报》工作，也被网罗进了“红旗党”中。韦君宜后来在其所著的《思痛录》中写道：“那时，地委书记天天拍桌子大发雷霆……”韦君宜所说的地委书记就是习仲勋。由此可见，在绥德地区“抢救运动”之初，习仲勋也是非常积极，大加推行的。
不过，习仲勋毕竟是经历过陕北肃反的优秀领导干部，他很快察觉了这场“抢救运动”的荒唐之处，开始转向实事求是。他下令对运动进行降温，制止乱打乱抓，并对“逼供信”行为进行了遏制。由于大势所趋，习仲勋不可能单方面停止“抢救运动”，于是采取了和缓过渡的办法，先减轻被整同志们的压力。同时，他将自己调查研究得来的意见写成报告，上呈毛泽东，提出了对“抢救运动”扩大化问题的看法。好在毛泽东这时也发现“抢救运动”已经失控，伤害了大批好同志，事情发展走向了反面，于是决定进行纠偏。在中央指示下，各地区的“抢救运动”全面停止，开始进行甄别平反工作。由于习仲勋的审慎把握和及时上书，绥德地区的“抢救运动”只持续了两个多月时间，比延安和陇东等分区的时间都短。习仲勋又亲自出马，到灾情最重的绥德师范去收拾人心，召开学生家长和干部、群众参加的3000人大会，宣传党的防奸政策，并向被错整的人公开赔礼道歉。在他的领导下，绥德地区的整风审干转入平稳阶段，被错整的人基本都获得平反并恢复了名誉。
由于陕甘宁边区长期遭到日寇和国民党的经济封锁，要供养中央各级机关、学校和守备部队，边区财政非常困难，人民的负担也很沉重。习仲勋上任后深入基层调查研究，几个月时间就走遍了全区六个县几十个乡镇，深刻了解了人民的疾苦。他响应中央号召组织绥德全区军民参加大生产运动，并发展手工业、运输业和商业，使得机关和部队的经费自给率大大提高，有力缓解了经济困难，减轻了人民负担。1944年召开了陕甘宁边区劳模大会，习仲勋领导绥德区发展生产的成绩受到了毛泽东的表彰。《解放日报》还为此专门发表社论，号召所有边区军民向习仲勋和领导南泥湾大生产的八路军359旅旅长王震学习。
1945年4月，习仲勋参加了中共七大，并当选为中共七届中央委员会候补委员。在这届中央委员会所有的正式委员和候补委员中，32岁的习仲勋是最年轻的一位。
1945年7月，国民党第一战区代司令长官胡宗南奉蒋介石命令调集9个师兵力，先后进占了陕甘宁边区关中分区的大片地域，明目张胆搞起了摩擦。为了迅速收复失地，中共中央指示贺龙指挥的陕甘宁晋绥联防军成立南线临时指挥部，任命张宗逊为司令员，习仲勋为政委，统一指挥南线部队向敌人进行反击。张宗逊、习仲勋等人到任后，决心在敌立足未稳之际，集中优势兵力，全歼军事要点爷台山守敌，严厉打击敌人的气焰。8月8日，爷台山反击作战开始。参战部队采取集中优势兵力，近战夜战歼敌的打法，勇猛攻击，仅两天多时间就收复了爷台山等阵地，歼灭守敌5个连及1个营部，并缴获了大量武器弹药，痛快淋漓地取得了胜利。与此同时，其他反击部队也相继击溃了敌人。张宗逊、习仲勋命令全线乘胜追击，一鼓作气将进犯的国民党军队驱逐出边区，收复了全部失地。
爷台山反击作战后，习仲勋便调到中央组织部任副部长。抗战胜利后，由于国内形势变化很快，中共中央紧急调整了各战略区的布局。当时一度主持中央工作的刘少奇曾想让习仲勋和高岗一同去东北，或是随陈毅去华东。然而毛泽东考虑再三，认为西北地方领导人中以高岗和习仲勋最为根基深厚，已决定高岗去东北工作，习仲勋要是再走恐怕会对西北工作产生不利影响。因此，决定将习仲勋留下，领导中共西北局工作。在原中共西北局书记高岗赴东北工作后，中央改组了西北局，由彭德怀、习仲勋分任正副书记。由于彭德怀身兼中央军委副主席和军委总参谋长职务，军务繁重，故西北局工作主要由习仲勋主持。同时，习仲勋还兼任了陕甘宁晋绥联防军代政委职务。
解放战争初期，习仲勋主持西北局和陕甘宁晋绥联防军工作，保卫边区，保卫党中央，牵制胡宗南部对陕甘宁边区的进犯，起到了非常重要的作用。1946年10月，习仲勋还成功策动驻守波罗堡的国民党陕北保安指挥部副指挥胡景铎率部起义，改编为陕甘宁晋绥联防军骑兵第6师，并开赴延安整训。毛泽东非常高兴，还在习仲勋的陪同下接见了骑兵第6师营以上干部。1947年2月，中央军委决定以晋绥军区和陕甘宁晋绥联防军各一部组成陕甘宁野战集团军，由张宗逊任司令员，习仲勋任政委，以适应新的斗争形势。
3月，胡宗南指挥20多万国民党军队向陕甘宁边区发动大规模进攻。为保存力量，牵制敌人，中共中央决定主动撤离延安，毛泽东、周恩来、任弼时等中央领导人继续留在陕北转战。同时，中央军委下令边区一切部队统归彭德怀、习仲勋指挥，并撤销陕甘宁野战集团军，成立新的西北野战兵团，由彭德怀任司令员兼政委，张宗逊任副司令员，习仲勋任副政委，西北局和边区政府机关也分前后方行动。此后，习仲勋协助彭德怀指挥部队作战，连续取得了西北战场上著名的青化砭、羊马河、蟠龙镇战役的胜利，并进军陇东、三边地区，连续吃掉国民党军4个旅部、13个团和2个保安队，缴获了大批武器弹药和粮食物资，沉重打击了胡宗南所部的进攻气焰。彭德怀的领导风格向来是大包大揽，因此中央也长期让他司令政委一肩挑。然而对于比他小15岁的小老弟习仲勋，彭德怀却是非常尊敬和倚重。据时任西北野战兵团副参谋长的王政柱回忆：“我经常看到，彭总制订的作战计划，在交付讨论之前，总要先同仲勋交换意见；彭总草拟的命令、指示，在送交电台发出之前，总要让仲勋再作推敲和修改；收到中央重要文电，彭总看后立即同仲勋一起商量贯彻意见。”由于战事紧张，条件简陋，彭德怀和习仲勋还常常挤在一个土炕上睡觉。对于习仲勋所起的重要作用，彭德怀是心知肚明。1947年7月，部队在靖边休整时，他曾当面对习仲勋表示：“我们合作共事，你帮了大忙。你和刘景范同志熟悉边区情况，使我能够集中精力考虑作战方面的问题。”
当初毛泽东坚持将习仲勋留在西北工作，确实显示出了远大的目光。毛泽东给西北野战兵团乃至后来的西北野战军、第一野战军发电报，长期都是彭德怀、习仲勋并列，有时还以“彭习军”代指。日后坊间所传的“彭习大军”，就是这么来的。当然历史地来看，与口口相传的“刘邓大军”、“陈粟大军”相比较，“彭习大军”的实际意义就不足了，习仲勋在部队中所起的作用也远远比不上邓小平、粟裕。不过，习仲勋在军队中的历史地位，却也由此而奠定。
由于西北自然环境恶劣，经济情况差，西北野战兵团的生活条件非常艰苦，指战员们长期饿着肚子打仗。1947年7月，中共中央在靖边县小河村召开了中央前委扩大会议，研究解放战争由战略防御转入战略进攻和各个战场的配合作战，以及全国解放战争第二年的战略任务、方针与部署。为了进一步支持西北战场，中央决定给晋绥区压担子，由陕甘宁晋绥联防军司令员贺龙统一领导陕甘宁、晋绥两区的工作，集中一切人力、物力、财力支援西北解放战争。会上决定成立西北野战兵团前委，由彭德怀任书记。会后又决定西北野战兵团正式定名为西北野战军，彭德怀、张宗逊、习仲勋等人职务不变。同时决定习仲勋兼任陕甘宁晋绥联防军政委，领导西北局与贺龙共同负责后方的党政军民学工作。贺龙是招兵买马、搞财经的好手，习仲勋则熟悉西北情况，二人配合默契，对两区的党政军和财经工作实行统一领导，采取开展土地改革，统一生产建设，统筹财政收支，加强金融贸易等措施，筹粮筹兵，生产节约，支援前线，有效保障了战争的需要。
当土地改革运动全面展开后，由于以康生、陈伯达为首的中央土改考察团在晋绥区的试点成果带有严重的“左”的偏向，而在中央负责全国土改的刘少奇又急于求成，指示将康、陈的土改试点经验大加贯彻，导致晋绥区土改运动出现了乱整、乱划、打人、杀人成风的混乱局面。并且这一趋势逐渐向陕甘宁边区漫延，闹得陕甘宁也是鸡飞狗跳。习仲勋很快在工作中发现了这一问题，感到情况严重，非常忧虑。土地改革运动是中共中央的一项伟大决策，关系到争取占全国百分之九十以上人口的农民为同盟军的成败大业，一旦出了问题，影响是全局性的。但是群众运动已经起来，政治气氛非常狂热，“贫雇农打江山坐江山”、“贫雇农要怎么办就怎么办”，很多党员干部都被当场打杀，贸然提出反对意见是颇有风险的。然而出于对党的事业负责的精神，习仲勋毅然上书毛泽东，明确指出：“由于晋绥的直接影响，土改一到农村，就发生极左偏向”“一有左的偏向，不要半月，就可以把一切破坏得精光”。习仲勋提出应当实事求是，严格掌握划定成分的界限，不搞扩大化。1948年1月9日，毛泽东批示和转发了习仲勋的这份报告，采纳了他的意见并向全党发出指示，此后各解放区土改运动中的极“左”现象得到了逐步纠正。
进入1948年后，解放战争形势全面向好，西北战场也取得了节节胜利，彭德怀指挥西北野战军收复了延安，并乘胜打向外线。1948年5月，西北局机关迁回延安，驻王家坪办公。由于彭德怀主要领导西北野战军工作，根据中央决定，由习仲勋接任西北局书记，马明方任副书记。这一时期，陕甘宁晋绥联防军改称为陕甘宁晋绥联防军区，贺龙任司令员，习仲勋任政委。1949年2月，陕甘宁晋绥联防军区又改称西北军区，贺龙任司令员，习仲勋任政委。3月，习仲勋赴西柏坡出席了中共七届二中全会，后随中央机关进驻北平。
1949年6月，中共中央为统一西北党政军的领导，改组了中共西北局，由彭德怀、贺龙、习仲勋分任第一、二、三书记，习仲勋负责西北局日常工作。1949年11月，中央军委决定，第一野战军与西北军区合并，称中国人民解放军第一野战军暨西北军区，彭德怀任司令员，习仲勋任政委，张宗逊、赵寿山任副司令员。同时成立了西北军政委员会，彭德怀任主席，习仲勋任副主席。不久贺龙奉命率领第十八兵团入川作战，并与刘伯承、邓小平等人共同筹组中共西南局及西南军政委委员会。而彭德怀也指挥第一野战军横扫西北，相继解放了陕西、甘肃、宁夏、青海、新疆五省，胜利结束了西北解放战争。根据中共中央指示，1950年2月再次改组了中共西北局，由彭德怀任第一书记，习仲勋任第二书记，马明方任第三书记。
至此，习仲勋以中共西北党政军第二领导人的身份，协助彭德怀经营西北，肃匪反霸，实行土改，团结各民族力量，医治战争疮伤，改善人民生活，做了大量卓有成效的工作。中华人民共和国建立后，成立了中央人民政府人民革命军事委员会，统一管辖和指挥人民解放军及其他武装力量，习仲勋被选为军委委员。由于朝鲜战争爆发，彭德怀于1950年10月率领志愿军入朝作战，习仲勋又代理了西北军政委员会主席职务，全面接管大西北的建设工作。在当时的大区中央局书记中，习仲勋是最年轻的一位。
西北地区幅员辽阔，民族众多，宗教信仰情况复杂，历朝历代统治者在进行治理时均不得不慎之又慎。按照中共在内地时的治理经验，通常情况下须实行群众路线，直接团结和争取广大群众，分化、孤立、改造和打击、消灭少数上层及反动势力。对于边疆民族地区，则实行党的民族政策，要求尊重少数民族的宗教信仰和民族习惯，以此来达到民族团结和政权巩固。具体到西北地区，广大下层农牧民生活贫苦，文化很低，觉悟不高，又笃信宗教，对其进行教育和改造非一日之功。而上层官绅、宗教人物、农牧主阶层的人数虽不多，却掌握了绝大部分社会资源，影响非常大。对于这样的地区，直接实行群众路线，搞阶级对立，势必会严重损害上层利益，导致他们可能走向对抗和反叛，造成社会震动，迁延日久，后果无法逆料。而对于边疆群众的争取，却又因为主要宗教人物都在上层，群众信教而不敢反对上层，有可能陷于事倍功半之困境。面对这种情况，历朝历代的统治者无不以首先争取上层为己用，减少最大的阻力，尔后才能推开对全区的统治。但是根据阶级斗争理论，统一战线工作必须重视并从下层入手，要明确区分阶级界限和敌我关系。对于上层，那是明明白白的阶级敌人，做统一战线工作只是对其加以利用，最后还是要限制和消灭他们。如果谁要是非常重视上层的统战工作，那就是“上层勾结”，是混淆阶级界限的“机会主义”，是脱离群众的严重“右倾”。在中共历史上，上述教训可以说是数不胜数。
至中共建国时，情况已为之一变。为了彰显中共顺应历史潮流统一国家的执政合法性，在政权的组织形式上采用了各党派联合政府的形式，上层统战工作已不再是敏感禁区，反而大行其道。因此，对于边疆地区民族、宗教问题的治理解决，也要在这一历史背景下进行考察。习仲勋就明确提出，对于西北工作要以“谨慎稳进”的方针来推动实施。他指出：“绝不能用强制的办法、命令的办法来强行让人家不信（宗教）。当少数民族的觉悟尚未提高时，不能过急，要善于等待他们觉悟……绝不能脱离群众……但也不能犯狭隘民族主义的毛病。”对于如何贯彻“谨慎稳进”的方针，习仲勋认为：“一定要先做好争取各民族上层、争取宗教方面人物的统一战线工作”，“先通过他们，减少阻力，增加助力”。
根据上述方针，习仲勋领导西北局稳步有序地推动西北工作，首先通过团结上层，孤立和打击顽固势力，最大程度地减少了阻力，为党和军队顺利进驻西北全境创造了条件。在建立统一战线的基础上，先后对起义部队进行改造，打击清剿叛乱武装与匪特，教育和发动群众，发展生产，减租反霸，实行土改，慎重稳进，成绩卓著，在短短几年间就使西北的面貌发生了翻天覆地的变化。值得一提的是，习仲勋很好地处理了青海昂拉部落头领项谦叛乱事件，不轻易采取过激手段，而是攻心为上，反复耐心进行政治争取，并辅以军事进剿的手段，终于迫其归顺投诚。后来项谦还参加了西北军政委员会，特别对习仲勋表示：“习书记救了我一命，也拯救了成千上万的藏族同胞，不然的话，将会有多少人头落地！”毛泽东知道此事后，以中共中央的名义表扬了西北局，并称赞习仲勋说：“仲勋，你真厉害，诸葛亮七擒孟获，你比诸葛亮还厉害。”
1952年夏天，西北出了一件影响很大的事。中共新疆分局第一书记、新疆军区代司令员兼政委王震主持新疆分局工作时，领导分局发出了《关于北疆牧区镇压反革命的指示》，并准备在北疆牧区进行基层政权改造，这就违反了中共中央、西北局关于“应集中力量在农业地区进行土地改革，游牧区暂时维持现状，半农半牧区暂时不搞土改”的指示，犯了无组织无纪律的错误。为此中共中央电令新疆分局立即停止执行在北疆牧区进行镇反及若干改革的指示，并调王震和习仲勋、张邦英、包尔汉、赛福鼎、王恩茂等人到北京参加中央会议。6月28日，在北京召开了中共新疆分局常委会议，会议由刘少奇主持并作总结。作为西北局主要领导人，习仲勋在会上作了发言，严厉批评了王震：“王震同志为首的新疆分局犯的错误，特别是王震同志犯的错误，违反慎重稳进的方针，用向西北局斗争的方法，强迫西北局就范。粗暴、强词夺理，企图把中央和西北局分开，说中央正确，西北局右倾，发展到无法无天，无中央之天、党纪之法”，“王震同志在牧区工作上所犯的严重错误，是其一系列错误发展的总暴露。新疆有严重的民族问题而没有民族工作，有严重的宗教问题而没有宗教工作”等等。与会的其他人员也纷纷批评了新疆分局和王震的错误。最后刘少奇作了总结，批评了王震为首的新疆分局在牧区改革工作上所犯的错误，指出“把农业区的经验机械地搬到牧区是错误的”，还对新疆的土地改革、宗教工作指出应当注意的一些问题，强调在新疆实行民主改革，应当采取慎重稳进的方针等。
会议还作出了组织处理，决定改组中共新疆分局，免去王震的中共新疆分局第一书记、新疆军区政委和新疆省财委主任职务，仍担任分局常委、军区副司令员代理司令员和省财委副主任。由王恩茂任中共新疆分局第一书记兼新疆军区政委、新疆财委主任。
1952年7月15日至8月5日，为了贯彻北京的中共新疆分局常委会议精神，西北局、新疆分局召开了中国共产党新疆省第二届代表会议，由习仲勋主持会议。会上王震遭到了严厉批判，他领导新疆分局工作中发生的错误也被不适当地夸大。会议甚至提出了这样的要求：“参加会议的全体同志毫无保留地揭发和批判王震同志和分局领导工作中的错误”，“不怕多讲，不怕态度不好或语言不恰当，也不怕事实有出入，只要有意见能讲出来就是好的。他们的意见，对的接受，不对的一律不去反驳”。结果就造成了对王震和新疆分局的过火批判，将许多工作成绩也都否定了，严重挫伤了新疆干部的工作积极性。王震虽然不服，也只得低头承担责任，作出了检查。此后中央指示对新疆的财经工作进行了整顿，在政策掌握上又发生了矫枉过正的偏差，致使新疆的生产建设发生了反复，工作受到损失。此后王震就被边缘化，因气致病，不得不离开了新疆。
回头再看这一事件，双方的是非应该是比较清楚的。首先从历史大背景上说，进入1952年后，新中国的政权已基本稳定，国民经济也得到了恢复，毛泽东的政治考虑已从巩固新民主主义秩序转向提前向社会主义改造迈进。这时，加强中央的集中统一领导，克服地方的“分散主义”，实现“全国一盘棋”，统一步调共同行动，就成为了时下政治的重中之重。也就是在这一背景下，才出现了针对全国各大行政区的裁撤和“五马进京”等历史事件。就这个意义上说，王震领导新疆分局公然违背中央和西北局指示，擅自在牧区搞镇反和若干改革，正触犯了中央的政治忌讳，所谓“枪打出头鸟”，其遭到严厉批判和处理也是必然的。从党的组织原则上说，王震有错在先。
其次，就对于王震及新疆分局进行批判的程度上来说，从中央的指导思想到西北局的实际举措，都带有一定的“左”的倾向，缺乏实事求是的具体分析，是脱离了实际的过度批判与过度处理。习仲勋作为西北局主要领导人，尽管是秉承中央的指示，但对于过度批判造成的实际后果亦须负有相应的领导责任。从这里也可以看出，在很长一段历史时期中，党内对于批判某个人或某件事是有相应的政治逻辑的：一旦上面定了性，各级党组织就必须集中火力对其进行批判，不仅对事也要对人，目的成为了一切，过程只是为目的服务，无限上纲、牵强附会，甚至弄虚作假都成了政治正确，只有达到批倒批臭的目的，才算完成了上级交代的政治任务，这是每一个党员必须尽到的光荣义务。在这一政治逻辑下，下级领导人的政治品质是高是低已经不重要，在这里不起决定作用，起决定作用的是上级的指示，必须加以执行，还要甚而焉之。这就是党的规则，也是很多历史事件令人扼腕叹息的根本原因。
综上所述，王震和新疆分局的擅自而为不能说没有道理，但在组织原则上也确实犯有错误。然而中央和西北局对其的批判却又脱离事实过度夸大，并处理过重，这是不适当的。1979年3月17日，中共中央对当年新疆省第二届党代会的问题作出了纠正，指出：“……会议对王震同志和新疆分局的批判是不符合实际的，中央当时撤销王震同志中共中央新疆分局书记、军区政委及财委主任，是不公正的。”其时习仲勋已复出担任广东省委第一书记，他在广东省干部会议上公开表示：我反过王震同志，反对错了。后来王震到广东去，习仲勋还当面对他说：“过去整你整错了。”王震则大度地说：“已经解决的问题，不用再提它了。”
在这一事件中，毛泽东的态度颇可玩味。新疆出问题后，他第一时间下达指示要求新疆分局立即停止执行在北疆牧区进行镇反及若干改革的指示，并调一干领导人到北京开会。对于新疆分局的领导改组，正是在毛泽东的指示下作出的。不过等到王震被批判撤职之后，毛泽东却对王震说：“你的错误只是一个指头的问题，是小指头，而且是半个小指头，不是路线错误，不是政策错误，就是粗暴，不适宜在少数民族地区工作。”那么毛泽东为什么不在会上说这番话呢？即使让人传达一下也好，会议局面就完全不一样了，王震也不用再感叹“新疆问题是对我一生中最大的打击”了。由此可见，毛泽东一面下令严厉批判处理了王震，一面又对其进行了安抚，既照顾了当下的政治局面，又考虑了将来重新起用王震的问题，确实政治手腕老到。
值得一提的是，王震等人到北京开会后，留在新疆主持工作的新疆分局委员兼宣传部长邓力群知道了会议情况，还致电中央，表示关于在牧区进行镇反的决定是他作出的，责任不在王震。毛泽东大怒，严厉指责了邓力群，并两次指示习仲勋将邓力群开除出党。不过习仲勋对此事因“特殊原因”作了冷处理，并未将邓力群开除出党，而只是暂时降级了事。后来王震对于邓力群仗义执言的行为非常感激，二人成为了密友。到了80年代时，王震还鼎力推荐邓力群出任中共中央总书记。
1952年7月，根据毛泽东的指示，刘少奇批转《关于加强党中央办事机构的意见》，决定将各大区中央局书记调到中央以加强领导。于是，东北局书记高岗、西南局第一书记邓小平、西北局第二书记习仲勋、中南局第二书记邓子恢、华东局第一书记饶漱石相继进京任职，时称“五马进京”。习仲勋是当年9月奉召进京的，在毛泽东的亲点下调任中共中央宣传部部长兼政务院文化教育委员会副主任、党组书记。习仲勋时年39岁的，在进京的“五马”中，他是最年轻的一位。此前的中宣部长是陆定一，习仲勋来了之后便降职为副部长。陆定一在党内资格较老，长期管宣传工作。然而毛泽东对陆定一不太满意，坚持中宣部的班子要动一动。习仲勋觉得自己的资历比较浅，而且没有专门负责过宣传工作，当陆定一的上级不妥，因此当面向毛泽东表达了自己的顾虑。然而毛泽东早已看好习仲勋。他曾特意向时任中央财政经济委员会第一副主任的薄一波问过对习仲勋的看法。薄一波当时回答：“年轻有为。”毛泽东则肯定地说：“如今（习仲勋）已经炉火纯青。”因此，毛泽东要求习仲勋挑起中宣部长的担子，并鼓励说：“你没有做过宣传工作，做上一段，掌握了宣传工作的规律，不就可以当了嘛！而且还能够做得好。”
习仲勋走马上任后，对副部长陆定一很尊重，而陆定一也对自己的地位处之泰然，积极配合习仲勋的工作。这一时期，习仲勋主持制定了“整顿提高、重点发展、提高质量、稳步前进”的16字方针，规划指导了建国初期的文教工作。1953年9月，习仲勋又调任中央人民政府政务院（后为国务院）秘书长，协助总理周恩来工作。
1954年初，“高饶事件”爆发，中央人民政府计划委员会主席高岗和中共中央组织部部长饶漱石被打成“反党联盟”，就此倒台。关于“高饶事件”相关著作汗牛充栋，在此就不赘述了。这个事件不但恶化了建国初期的政治生态，还牵连错整了一批东北和华东的干部，影响相当深远。习仲勋作为高岗的亲密战友和西北革命现存的主要代表人物之一，在当时的处境是很敏感的。不过毛泽东刻意保护了习仲勋，将他与高岗切割开来，并让习仲勋代表中央去和高岗接触。后来高岗熬不住而自杀身亡，中央还布置习仲勋向高岗的亲属和身边工作人员收集揭发材料。对于高岗之死，习仲勋是同情的，感到中央处理过重，他曾对刘景范和高岗的遗孀李力群说了一句话：“把高岗问题处理的那么严重，看他给陕北人民咋交待！”在李力群被迫写揭发材料时，习仲勋还向她强调要尽可能少牵连他人，并把其已经写好的上有彭德怀、贺龙等人名字的材料撕毁。到了十几年后的文革期间，习仲勋被打成“三反分子”，上述行为也被揭发出来，自然是罪加一等，再踏上了一只脚。
1955年解放军实行军衔制时，习仲勋因已转行政而与其擦肩而过。否则，以他1949年中央人民政府人民革命军事委员会委员的级别，授予上将都不能说高，恐怕要往大将堆里奔了。
1936年9月，中共中央召开了政治局扩大会议，习仲勋奉召首次列席了中央会议。此时陕北形势已发生了变化，陕西军阀杨虎城和被蒋介石派到陕西“剿共”的东北军首领张学良都不愿意再和红军为敌，已与中共中央进行了秘密接触，双方商定停止交战，互通信息。在这种背景下，作为陕甘宁边区南大门的关中特区地位越发重要起来，其领导人要担负起与张杨搞统一战线的艰巨责任。毛泽东慧眼识人，挑中熟悉陕西情况，年轻有为的习仲勋再赴关中，担任关中特委书记。10月，习仲勋回到关中特区上任。此后，习仲勋领导关中特委积极整理扩大游击队，争取中间势力的民团、保甲武装，尽可能地进行统一战线工作，整理各地党的工作，健全党的组织生活，恢复各县苏维埃政权，并在敌后开辟新区等，做了大量卓有成效的工作。
西安事变后，国共开始谈判，抗日民族统一战线日益形成。这时关中特区的工作就显得更加重要而敏感。根据中央制定的方针政策，习仲勋致力于将关中特区建设成为模范的抗日民主根据地，及时调整党政军群各级组织机构和工作任务，以尽快适应革命新形势，并成立了关中特区司令部，由习仲勋兼任政委，统一领导全区武装斗争。抗战爆发后，中共中央将中共陕甘宁特区改为中共陕甘宁边区，并成立了边区政府，关中特区也相应更名为关中分区。习仲勋大刀阔斧开展工作，深得干部和群众拥护，因而再次当选为关中分区分委书记，并兼任分区专员和分区保安司令部政委。
值得一提的是，习仲勋非常重视知识分子，大力吸收投奔延安的青年知识分子进队伍，并提拔其中的优秀人员为干部，将他们放到重要岗位上去，注意发挥他们的能力。在习仲勋的选才任用下，关中特区的区委书记以上干部基本都拥有初中或初中以上文化程度，因此在政策的掌握和执行上水平较高，有力推动了关中特区的工作。当时党内普遍对知识分子存在一些偏见，有人就提醒习仲勋这样做会不会有点“右倾”。习仲勋则干脆地说：“怕什么！只要为了革命，为了抗日，右倾又算得了什么？”不愧是经历过陕北肃反的硬骨头！
习仲勋在关中分区一干就是6年，其间还担任了陕甘宁边区中央局委员、陕甘宁边区第二师范学校校长等职务。他领导全区军民在党的建设、政权建设、统一战线、武装斗争等方面都取得了很大成绩，将关中分区建设成了陕甘宁边区坚固的南大门。1942年7月，习仲勋奉调担任中共西北局党校校长，并参加了延安整风运动。毛泽东非常欣赏习仲勋的工作能力，曾亲笔题词“党的利益在第一位”，对他予以表彰。
1943年2月，习仲勋调任中共绥德地委书记兼绥（德）米（脂）警备司令部政委。绥德地区人口五倍于关中分区，而且政治、经济、军事情况都比较复杂。习仲勋担心自己挑不起这副担子，毛泽东则鼓励他说：“一个人在一个地方呆久了，就没那么敏感了，到新的地方去也是锻炼嘛！”于是习仲勋欣然赴任，成为了绥德分区党政军最高领导人。
习仲勋上任后的头一件事就是抓“整风学习运动”。此时整风运动已从思想整风转入了审查干部阶段。中央总学委副主任康生主抓全边区的“抢救失足者运动”，指责绥德地区的整风工作不得力，导致“红旗党”（即所谓“打着红旗反红旗”）猖獗，要求必须改变这一形势。在这一指示下，绥德地区的“抢救运动”便轰轰烈烈地推开了。一时间到处都在忙着“抢救失足者”，“逼供信”齐下，闹腾得特务如麻，冤狱遍地。其中灾情最重的是绥德师范学校和米脂中学，有大批青年学生和教师被打成了“敌探奸细”、“军统中统”、“CC分子”、“复兴社”、“三青团”等敌特分子，出了很多荒唐事。习仲勋这时的表现如何呢？著名作家韦君宜和丈夫杨述当时在绥德地委的《抗战报》工作，也被网罗进了“红旗党”中。韦君宜后来在其所著的《思痛录》中写道：“那时，地委书记天天拍桌子大发雷霆……”韦君宜所说的地委书记就是习仲勋。由此可见，在绥德地区“抢救运动”之初，习仲勋也是非常积极，大加推行的。
不过，习仲勋毕竟是经历过陕北肃反的优秀领导干部，他很快察觉了这场“抢救运动”的荒唐之处，开始转向实事求是。他下令对运动进行降温，制止乱打乱抓，并对“逼供信”行为进行了遏制。由于大势所趋，习仲勋不可能单方面停止“抢救运动”，于是采取了和缓过渡的办法，先减轻被整同志们的压力。同时，他将自己调查研究得来的意见写成报告，上呈毛泽东，提出了对“抢救运动”扩大化问题的看法。好在毛泽东这时也发现“抢救运动”已经失控，伤害了大批好同志，事情发展走向了反面，于是决定进行纠偏。在中央指示下，各地区的“抢救运动”全面停止，开始进行甄别平反工作。由于习仲勋的审慎把握和及时上书，绥德地区的“抢救运动”只持续了两个多月时间，比延安和陇东等分区的时间都短。习仲勋又亲自出马，到灾情最重的绥德师范去收拾人心，召开学生家长和干部、群众参加的3000人大会，宣传党的防奸政策，并向被错整的人公开赔礼道歉。在他的领导下，绥德地区的整风审干转入平稳阶段，被错整的人基本都获得平反并恢复了名誉。
由于陕甘宁边区长期遭到日寇和国民党的经济封锁，要供养中央各级机关、学校和守备部队，边区财政非常困难，人民的负担也很沉重。习仲勋上任后深入基层调查研究，几个月时间就走遍了全区六个县几十个乡镇，深刻了解了人民的疾苦。他响应中央号召组织绥德全区军民参加大生产运动，并发展手工业、运输业和商业，使得机关和部队的经费自给率大大提高，有力缓解了经济困难，减轻了人民负担。1944年召开了陕甘宁边区劳模大会，习仲勋领导绥德区发展生产的成绩受到了毛泽东的表彰。《解放日报》还为此专门发表社论，号召所有边区军民向习仲勋和领导南泥湾大生产的八路军359旅旅长王震学习。
1945年4月，习仲勋参加了中共七大，并当选为中共七届中央委员会候补委员。在这届中央委员会所有的正式委员和候补委员中，32岁的习仲勋是最年轻的一位。
1945年7月，国民党第一战区代司令长官胡宗南奉蒋介石命令调集9个师兵力，先后进占了陕甘宁边区关中分区的大片地域，明目张胆搞起了摩擦。为了迅速收复失地，中共中央指示贺龙指挥的陕甘宁晋绥联防军成立南线临时指挥部，任命张宗逊为司令员，习仲勋为政委，统一指挥南线部队向敌人进行反击。张宗逊、习仲勋等人到任后，决心在敌立足未稳之际，集中优势兵力，全歼军事要点爷台山守敌，严厉打击敌人的气焰。8月8日，爷台山反击作战开始。参战部队采取集中优势兵力，近战夜战歼敌的打法，勇猛攻击，仅两天多时间就收复了爷台山等阵地，歼灭守敌5个连及1个营部，并缴获了大量武器弹药，痛快淋漓地取得了胜利。与此同时，其他反击部队也相继击溃了敌人。张宗逊、习仲勋命令全线乘胜追击，一鼓作气将进犯的国民党军队驱逐出边区，收复了全部失地。
爷台山反击作战后，习仲勋便调到中央组织部任副部长。抗战胜利后，由于国内形势变化很快，中共中央紧急调整了各战略区的布局。当时一度主持中央工作的刘少奇曾想让习仲勋和高岗一同去东北，或是随陈毅去华东。然而毛泽东考虑再三，认为西北地方领导人中以高岗和习仲勋最为根基深厚，已决定高岗去东北工作，习仲勋要是再走恐怕会对西北工作产生不利影响。因此，决定将习仲勋留下，领导中共西北局工作。在原中共西北局书记高岗赴东北工作后，中央改组了西北局，由彭德怀、习仲勋分任正副书记。由于彭德怀身兼中央军委副主席和军委总参谋长职务，军务繁重，故西北局工作主要由习仲勋主持。同时，习仲勋还兼任了陕甘宁晋绥联防军代政委职务。
解放战争初期，习仲勋主持西北局和陕甘宁晋绥联防军工作，保卫边区，保卫党中央，牵制胡宗南部对陕甘宁边区的进犯，起到了非常重要的作用。1946年10月，习仲勋还成功策动驻守波罗堡的国民党陕北保安指挥部副指挥胡景铎率部起义，改编为陕甘宁晋绥联防军骑兵第6师，并开赴延安整训。毛泽东非常高兴，还在习仲勋的陪同下接见了骑兵第6师营以上干部。1947年2月，中央军委决定以晋绥军区和陕甘宁晋绥联防军各一部组成陕甘宁野战集团军，由张宗逊任司令员，习仲勋任政委，以适应新的斗争形势。
3月，胡宗南指挥20多万国民党军队向陕甘宁边区发动大规模进攻。为保存力量，牵制敌人，中共中央决定主动撤离延安，毛泽东、周恩来、任弼时等中央领导人继续留在陕北转战。同时，中央军委下令边区一切部队统归彭德怀、习仲勋指挥，并撤销陕甘宁野战集团军，成立新的西北野战兵团，由彭德怀任司令员兼政委，张宗逊任副司令员，习仲勋任副政委，西北局和边区政府机关也分前后方行动。此后，习仲勋协助彭德怀指挥部队作战，连续取得了西北战场上著名的青化砭、羊马河、蟠龙镇战役的胜利，并进军陇东、三边地区，连续吃掉国民党军4个旅部、13个团和2个保安队，缴获了大批武器弹药和粮食物资，沉重打击了胡宗南所部的进攻气焰。彭德怀的领导风格向来是大包大揽，因此中央也长期让他司令政委一肩挑。然而对于比他小15岁的小老弟习仲勋，彭德怀却是非常尊敬和倚重。据时任西北野战兵团副参谋长的王政柱回忆：“我经常看到，彭总制订的作战计划，在交付讨论之前，总要先同仲勋交换意见；彭总草拟的命令、指示，在送交电台发出之前，总要让仲勋再作推敲和修改；收到中央重要文电，彭总看后立即同仲勋一起商量贯彻意见。”由于战事紧张，条件简陋，彭德怀和习仲勋还常常挤在一个土炕上睡觉。对于习仲勋所起的重要作用，彭德怀是心知肚明。1947年7月，部队在靖边休整时，他曾当面对习仲勋表示：“我们合作共事，你帮了大忙。你和刘景范同志熟悉边区情况，使我能够集中精力考虑作战方面的问题。”
当初毛泽东坚持将习仲勋留在西北工作，确实显示出了远大的目光。毛泽东给西北野战兵团乃至后来的西北野战军、第一野战军发电报，长期都是彭德怀、习仲勋并列，有时还以“彭习军”代指。日后坊间所传的“彭习大军”，就是这么来的。当然历史地来看，与口口相传的“刘邓大军”、“陈粟大军”相比较，“彭习大军”的实际意义就不足了，习仲勋在部队中所起的作用也远远比不上邓小平、粟裕。不过，习仲勋在军队中的历史地位，却也由此而奠定。
由于西北自然环境恶劣，经济情况差，西北野战兵团的生活条件非常艰苦，指战员们长期饿着肚子打仗。1947年7月，中共中央在靖边县小河村召开了中央前委扩大会议，研究解放战争由战略防御转入战略进攻和各个战场的配合作战，以及全国解放战争第二年的战略任务、方针与部署。为了进一步支持西北战场，中央决定给晋绥区压担子，由陕甘宁晋绥联防军司令员贺龙统一领导陕甘宁、晋绥两区的工作，集中一切人力、物力、财力支援西北解放战争。会上决定成立西北野战兵团前委，由彭德怀任书记。会后又决定西北野战兵团正式定名为西北野战军，彭德怀、张宗逊、习仲勋等人职务不变。同时决定习仲勋兼任陕甘宁晋绥联防军政委，领导西北局与贺龙共同负责后方的党政军民学工作。贺龙是招兵买马、搞财经的好手，习仲勋则熟悉西北情况，二人配合默契，对两区的党政军和财经工作实行统一领导，采取开展土地改革，统一生产建设，统筹财政收支，加强金融贸易等措施，筹粮筹兵，生产节约，支援前线，有效保障了战争的需要。
当土地改革运动全面展开后，由于以康生、陈伯达为首的中央土改考察团在晋绥区的试点成果带有严重的“左”的偏向，而在中央负责全国土改的刘少奇又急于求成，指示将康、陈的土改试点经验大加贯彻，导致晋绥区土改运动出现了乱整、乱划、打人、杀人成风的混乱局面。并且这一趋势逐渐向陕甘宁边区漫延，闹得陕甘宁也是鸡飞狗跳。习仲勋很快在工作中发现了这一问题，感到情况严重，非常忧虑。土地改革运动是中共中央的一项伟大决策，关系到争取占全国百分之九十以上人口的农民为同盟军的成败大业，一旦出了问题，影响是全局性的。但是群众运动已经起来，政治气氛非常狂热，“贫雇农打江山坐江山”、“贫雇农要怎么办就怎么办”，很多党员干部都被当场打杀，贸然提出反对意见是颇有风险的。然而出于对党的事业负责的精神，习仲勋毅然上书毛泽东，明确指出：“由于晋绥的直接影响，土改一到农村，就发生极左偏向”“一有左的偏向，不要半月，就可以把一切破坏得精光”。习仲勋提出应当实事求是，严格掌握划定成分的界限，不搞扩大化。1948年1月9日，毛泽东批示和转发了习仲勋的这份报告，采纳了他的意见并向全党发出指示，此后各解放区土改运动中的极“左”现象得到了逐步纠正。
进入1948年后，解放战争形势全面向好，西北战场也取得了节节胜利，彭德怀指挥西北野战军收复了延安，并乘胜打向外线。1948年5月，西北局机关迁回延安，驻王家坪办公。由于彭德怀主要领导西北野战军工作，根据中央决定，由习仲勋接任西北局书记，马明方任副书记。这一时期，陕甘宁晋绥联防军改称为陕甘宁晋绥联防军区，贺龙任司令员，习仲勋任政委。1949年2月，陕甘宁晋绥联防军区又改称西北军区，贺龙任司令员，习仲勋任政委。3月，习仲勋赴西柏坡出席了中共七届二中全会，后随中央机关进驻北平。
1949年6月，中共中央为统一西北党政军的领导，改组了中共西北局，由彭德怀、贺龙、习仲勋分任第一、二、三书记，习仲勋负责西北局日常工作。1949年11月，中央军委决定，第一野战军与西北军区合并，称中国人民解放军第一野战军暨西北军区，彭德怀任司令员，习仲勋任政委，张宗逊、赵寿山任副司令员。同时成立了西北军政委员会，彭德怀任主席，习仲勋任副主席。不久贺龙奉命率领第十八兵团入川作战，并与刘伯承、邓小平等人共同筹组中共西南局及西南军政委委员会。而彭德怀也指挥第一野战军横扫西北，相继解放了陕西、甘肃、宁夏、青海、新疆五省，胜利结束了西北解放战争。根据中共中央指示，1950年2月再次改组了中共西北局，由彭德怀任第一书记，习仲勋任第二书记，马明方任第三书记。
至此，习仲勋以中共西北党政军第二领导人的身份，协助彭德怀经营西北，肃匪反霸，实行土改，团结各民族力量，医治战争疮伤，改善人民生活，做了大量卓有成效的工作。中华人民共和国建立后，成立了中央人民政府人民革命军事委员会，统一管辖和指挥人民解放军及其他武装力量，习仲勋被选为军委委员。由于朝鲜战争爆发，彭德怀于1950年10月率领志愿军入朝作战，习仲勋又代理了西北军政委员会主席职务，全面接管大西北的建设工作。在当时的大区中央局书记中，习仲勋是最年轻的一位。
西北地区幅员辽阔，民族众多，宗教信仰情况复杂，历朝历代统治者在进行治理时均不得不慎之又慎。按照中共在内地时的治理经验，通常情况下须实行群众路线，直接团结和争取广大群众，分化、孤立、改造和打击、消灭少数上层及反动势力。对于边疆民族地区，则实行党的民族政策，要求尊重少数民族的宗教信仰和民族习惯，以此来达到民族团结和政权巩固。具体到西北地区，广大下层农牧民生活贫苦，文化很低，觉悟不高，又笃信宗教，对其进行教育和改造非一日之功。而上层官绅、宗教人物、农牧主阶层的人数虽不多，却掌握了绝大部分社会资源，影响非常大。对于这样的地区，直接实行群众路线，搞阶级对立，势必会严重损害上层利益，导致他们可能走向对抗和反叛，造成社会震动，迁延日久，后果无法逆料。而对于边疆群众的争取，却又因为主要宗教人物都在上层，群众信教而不敢反对上层，有可能陷于事倍功半之困境。面对这种情况，历朝历代的统治者无不以首先争取上层为己用，减少最大的阻力，尔后才能推开对全区的统治。但是根据阶级斗争理论，统一战线工作必须重视并从下层入手，要明确区分阶级界限和敌我关系。对于上层，那是明明白白的阶级敌人，做统一战线工作只是对其加以利用，最后还是要限制和消灭他们。如果谁要是非常重视上层的统战工作，那就是“上层勾结”，是混淆阶级界限的“机会主义”，是脱离群众的严重“右倾”。在中共历史上，上述教训可以说是数不胜数。
至中共建国时，情况已为之一变。为了彰显中共顺应历史潮流统一国家的执政合法性，在政权的组织形式上采用了各党派联合政府的形式，上层统战工作已不再是敏感禁区，反而大行其道。因此，对于边疆地区民族、宗教问题的治理解决，也要在这一历史背景下进行考察。习仲勋就明确提出，对于西北工作要以“谨慎稳进”的方针来推动实施。他指出：“绝不能用强制的办法、命令的办法来强行让人家不信（宗教）。当少数民族的觉悟尚未提高时，不能过急，要善于等待他们觉悟……绝不能脱离群众……但也不能犯狭隘民族主义的毛病。”对于如何贯彻“谨慎稳进”的方针，习仲勋认为：“一定要先做好争取各民族上层、争取宗教方面人物的统一战线工作”，“先通过他们，减少阻力，增加助力”。
根据上述方针，习仲勋领导西北局稳步有序地推动西北工作，首先通过团结上层，孤立和打击顽固势力，最大程度地减少了阻力，为党和军队顺利进驻西北全境创造了条件。在建立统一战线的基础上，先后对起义部队进行改造，打击清剿叛乱武装与匪特，教育和发动群众，发展生产，减租反霸，实行土改，慎重稳进，成绩卓著，在短短几年间就使西北的面貌发生了翻天覆地的变化。值得一提的是，习仲勋很好地处理了青海昂拉部落头领项谦叛乱事件，不轻易采取过激手段，而是攻心为上，反复耐心进行政治争取，并辅以军事进剿的手段，终于迫其归顺投诚。后来项谦还参加了西北军政委员会，特别对习仲勋表示：“习书记救了我一命，也拯救了成千上万的藏族同胞，不然的话，将会有多少人头落地！”毛泽东知道此事后，以中共中央的名义表扬了西北局，并称赞习仲勋说：“仲勋，你真厉害，诸葛亮七擒孟获，你比诸葛亮还厉害。”
1952年夏天，西北出了一件影响很大的事。中共新疆分局第一书记、新疆军区代司令员兼政委王震主持新疆分局工作时，领导分局发出了《关于北疆牧区镇压反革命的指示》，并准备在北疆牧区进行基层政权改造，这就违反了中共中央、西北局关于“应集中力量在农业地区进行土地改革，游牧区暂时维持现状，半农半牧区暂时不搞土改”的指示，犯了无组织无纪律的错误。为此中共中央电令新疆分局立即停止执行在北疆牧区进行镇反及若干改革的指示，并调王震和习仲勋、张邦英、包尔汉、赛福鼎、王恩茂等人到北京参加中央会议。6月28日，在北京召开了中共新疆分局常委会议，会议由刘少奇主持并作总结。作为西北局主要领导人，习仲勋在会上作了发言，严厉批评了王震：“王震同志为首的新疆分局犯的错误，特别是王震同志犯的错误，违反慎重稳进的方针，用向西北局斗争的方法，强迫西北局就范。粗暴、强词夺理，企图把中央和西北局分开，说中央正确，西北局右倾，发展到无法无天，无中央之天、党纪之法”，“王震同志在牧区工作上所犯的严重错误，是其一系列错误发展的总暴露。新疆有严重的民族问题而没有民族工作，有严重的宗教问题而没有宗教工作”等等。与会的其他人员也纷纷批评了新疆分局和王震的错误。最后刘少奇作了总结，批评了王震为首的新疆分局在牧区改革工作上所犯的错误，指出“把农业区的经验机械地搬到牧区是错误的”，还对新疆的土地改革、宗教工作指出应当注意的一些问题，强调在新疆实行民主改革，应当采取慎重稳进的方针等。
会议还作出了组织处理，决定改组中共新疆分局，免去王震的中共新疆分局第一书记、新疆军区政委和新疆省财委主任职务，仍担任分局常委、军区副司令员代理司令员和省财委副主任。由王恩茂任中共新疆分局第一书记兼新疆军区政委、新疆财委主任。
1952年7月15日至8月5日，为了贯彻北京的中共新疆分局常委会议精神，西北局、新疆分局召开了中国共产党新疆省第二届代表会议，由习仲勋主持会议。会上王震遭到了严厉批判，他领导新疆分局工作中发生的错误也被不适当地夸大。会议甚至提出了这样的要求：“参加会议的全体同志毫无保留地揭发和批判王震同志和分局领导工作中的错误”，“不怕多讲，不怕态度不好或语言不恰当，也不怕事实有出入，只要有意见能讲出来就是好的。他们的意见，对的接受，不对的一律不去反驳”。结果就造成了对王震和新疆分局的过火批判，将许多工作成绩也都否定了，严重挫伤了新疆干部的工作积极性。王震虽然不服，也只得低头承担责任，作出了检查。此后中央指示对新疆的财经工作进行了整顿，在政策掌握上又发生了矫枉过正的偏差，致使新疆的生产建设发生了反复，工作受到损失。此后王震就被边缘化，因气致病，不得不离开了新疆。
回头再看这一事件，双方的是非应该是比较清楚的。首先从历史大背景上说，进入1952年后，新中国的政权已基本稳定，国民经济也得到了恢复，毛泽东的政治考虑已从巩固新民主主义秩序转向提前向社会主义改造迈进。这时，加强中央的集中统一领导，克服地方的“分散主义”，实现“全国一盘棋”，统一步调共同行动，就成为了时下政治的重中之重。也就是在这一背景下，才出现了针对全国各大行政区的裁撤和“五马进京”等历史事件。就这个意义上说，王震领导新疆分局公然违背中央和西北局指示，擅自在牧区搞镇反和若干改革，正触犯了中央的政治忌讳，所谓“枪打出头鸟”，其遭到严厉批判和处理也是必然的。从党的组织原则上说，王震有错在先。
其次，就对于王震及新疆分局进行批判的程度上来说，从中央的指导思想到西北局的实际举措，都带有一定的“左”的倾向，缺乏实事求是的具体分析，是脱离了实际的过度批判与过度处理。习仲勋作为西北局主要领导人，尽管是秉承中央的指示，但对于过度批判造成的实际后果亦须负有相应的领导责任。从这里也可以看出，在很长一段历史时期中，党内对于批判某个人或某件事是有相应的政治逻辑的：一旦上面定了性，各级党组织就必须集中火力对其进行批判，不仅对事也要对人，目的成为了一切，过程只是为目的服务，无限上纲、牵强附会，甚至弄虚作假都成了政治正确，只有达到批倒批臭的目的，才算完成了上级交代的政治任务，这是每一个党员必须尽到的光荣义务。在这一政治逻辑下，下级领导人的政治品质是高是低已经不重要，在这里不起决定作用，起决定作用的是上级的指示，必须加以执行，还要甚而焉之。这就是党的规则，也是很多历史事件令人扼腕叹息的根本原因。
综上所述，王震和新疆分局的擅自而为不能说没有道理，但在组织原则上也确实犯有错误。然而中央和西北局对其的批判却又脱离事实过度夸大，并处理过重，这是不适当的。1979年3月17日，中共中央对当年新疆省第二届党代会的问题作出了纠正，指出：“……会议对王震同志和新疆分局的批判是不符合实际的，中央当时撤销王震同志中共中央新疆分局书记、军区政委及财委主任，是不公正的。”其时习仲勋已复出担任广东省委第一书记，他在广东省干部会议上公开表示：我反过王震同志，反对错了。后来王震到广东去，习仲勋还当面对他说：“过去整你整错了。”王震则大度地说：“已经解决的问题，不用再提它了。”
在这一事件中，毛泽东的态度颇可玩味。新疆出问题后，他第一时间下达指示要求新疆分局立即停止执行在北疆牧区进行镇反及若干改革的指示，并调一干领导人到北京开会。对于新疆分局的领导改组，正是在毛泽东的指示下作出的。不过等到王震被批判撤职之后，毛泽东却对王震说：“你的错误只是一个指头的问题，是小指头，而且是半个小指头，不是路线错误，不是政策错误，就是粗暴，不适宜在少数民族地区工作。”那么毛泽东为什么不在会上说这番话呢？即使让人传达一下也好，会议局面就完全不一样了，王震也不用再感叹“新疆问题是对我一生中最大的打击”了。由此可见，毛泽东一面下令严厉批判处理了王震，一面又对其进行了安抚，既照顾了当下的政治局面，又考虑了将来重新起用王震的问题，确实政治手腕老到。
值得一提的是，王震等人到北京开会后，留在新疆主持工作的新疆分局委员兼宣传部长邓力群知道了会议情况，还致电中央，表示关于在牧区进行镇反的决定是他作出的，责任不在王震。毛泽东大怒，严厉指责了邓力群，并两次指示习仲勋将邓力群开除出党。不过习仲勋对此事因“特殊原因”作了冷处理，并未将邓力群开除出党，而只是暂时降级了事。后来王震对于邓力群仗义执言的行为非常感激，二人成为了密友。到了80年代时，王震还鼎力推荐邓力群出任中共中央总书记。
1952年7月，根据毛泽东的指示，刘少奇批转《关于加强党中央办事机构的意见》，决定将各大区中央局书记调到中央以加强领导。于是，东北局书记高岗、西南局第一书记邓小平、西北局第二书记习仲勋、中南局第二书记邓子恢、华东局第一书记饶漱石相继进京任职，时称“五马进京”。习仲勋是当年9月奉召进京的，在毛泽东的亲点下调任中共中央宣传部部长兼政务院文化教育委员会副主任、党组书记。习仲勋时年39岁的，在进京的“五马”中，他是最年轻的一位。此前的中宣部长是陆定一，习仲勋来了之后便降职为副部长。陆定一在党内资格较老，长期管宣传工作。然而毛泽东对陆定一不太满意，坚持中宣部的班子要动一动。习仲勋觉得自己的资历比较浅，而且没有专门负责过宣传工作，当陆定一的上级不妥，因此当面向毛泽东表达了自己的顾虑。然而毛泽东早已看好习仲勋。他曾特意向时任中央财政经济委员会第一副主任的薄一波问过对习仲勋的看法。薄一波当时回答：“年轻有为。”毛泽东则肯定地说：“如今（习仲勋）已经炉火纯青。”因此，毛泽东要求习仲勋挑起中宣部长的担子，并鼓励说：“你没有做过宣传工作，做上一段，掌握了宣传工作的规律，不就可以当了嘛！而且还能够做得好。”
习仲勋走马上任后，对副部长陆定一很尊重，而陆定一也对自己的地位处之泰然，积极配合习仲勋的工作。这一时期，习仲勋主持制定了“整顿提高、重点发展、提高质量、稳步前进”的16字方针，规划指导了建国初期的文教工作。1953年9月，习仲勋又调任中央人民政府政务院（后为国务院）秘书长，协助总理周恩来工作。
1954年初，“高饶事件”爆发，中央人民政府计划委员会主席高岗和中共中央组织部部长饶漱石被打成“反党联盟”，就此倒台。关于“高饶事件”相关著作汗牛充栋，在此就不赘述了。这个事件不但恶化了建国初期的政治生态，还牵连错整了一批东北和华东的干部，影响相当深远。习仲勋作为高岗的亲密战友和西北革命现存的主要代表人物之一，在当时的处境是很敏感的。不过毛泽东刻意保护了习仲勋，将他与高岗切割开来，并让习仲勋代表中央去和高岗接触。后来高岗熬不住而自杀身亡，中央还布置习仲勋向高岗的亲属和身边工作人员收集揭发材料。对于高岗之死，习仲勋是同情的，感到中央处理过重，他曾对刘景范和高岗的遗孀李力群说了一句话：“把高岗问题处理的那么严重，看他给陕北人民咋交待！”在李力群被迫写揭发材料时，习仲勋还向她强调要尽可能少牵连他人，并把其已经写好的上有彭德怀、贺龙等人名字的材料撕毁。到了十几年后的文革期间，习仲勋被打成“三反分子”，上述行为也被揭发出来，自然是罪加一等，再踏上了一只脚。
1955年解放军实行军衔制时，习仲勋因已转行政而与其擦肩而过。否则，以他1949年中央人民政府人民革命军事委员会委员的级别，授予上将都不能说高，恐怕要往大将堆里奔了。
西安事变后，国共开始谈判，抗日民族统一战线日益形成。这时关中特区的工作就显得更加重要而敏感。根据中央制定的方针政策，习仲勋致力于将关中特区建设成为模范的抗日民主根据地，及时调整党政军群各级组织机构和工作任务，以尽快适应革命新形势，并成立了关中特区司令部，由习仲勋兼任政委，统一领导全区武装斗争。抗战爆发后，中共中央将中共陕甘宁特区改为中共陕甘宁边区，并成立了边区政府，关中特区也相应更名为关中分区。习仲勋大刀阔斧开展工作，深得干部和群众拥护，因而再次当选为关中分区分委书记，并兼任分区专员和分区保安司令部政委。
值得一提的是，习仲勋非常重视知识分子，大力吸收投奔延安的青年知识分子进队伍，并提拔其中的优秀人员为干部，将他们放到重要岗位上去，注意发挥他们的能力。在习仲勋的选才任用下，关中特区的区委书记以上干部基本都拥有初中或初中以上文化程度，因此在政策的掌握和执行上水平较高，有力推动了关中特区的工作。当时党内普遍对知识分子存在一些偏见，有人就提醒习仲勋这样做会不会有点“右倾”。习仲勋则干脆地说：“怕什么！只要为了革命，为了抗日，右倾又算得了什么？”不愧是经历过陕北肃反的硬骨头！
习仲勋在关中分区一干就是6年，其间还担任了陕甘宁边区中央局委员、陕甘宁边区第二师范学校校长等职务。他领导全区军民在党的建设、政权建设、统一战线、武装斗争等方面都取得了很大成绩，将关中分区建设成了陕甘宁边区坚固的南大门。1942年7月，习仲勋奉调担任中共西北局党校校长，并参加了延安整风运动。毛泽东非常欣赏习仲勋的工作能力，曾亲笔题词“党的利益在第一位”，对他予以表彰。
1943年2月，习仲勋调任中共绥德地委书记兼绥（德）米（脂）警备司令部政委。绥德地区人口五倍于关中分区，而且政治、经济、军事情况都比较复杂。习仲勋担心自己挑不起这副担子，毛泽东则鼓励他说：“一个人在一个地方呆久了，就没那么敏感了，到新的地方去也是锻炼嘛！”于是习仲勋欣然赴任，成为了绥德分区党政军最高领导人。
习仲勋上任后的头一件事就是抓“整风学习运动”。此时整风运动已从思想整风转入了审查干部阶段。中央总学委副主任康生主抓全边区的“抢救失足者运动”，指责绥德地区的整风工作不得力，导致“红旗党”（即所谓“打着红旗反红旗”）猖獗，要求必须改变这一形势。在这一指示下，绥德地区的“抢救运动”便轰轰烈烈地推开了。一时间到处都在忙着“抢救失足者”，“逼供信”齐下，闹腾得特务如麻，冤狱遍地。其中灾情最重的是绥德师范学校和米脂中学，有大批青年学生和教师被打成了“敌探奸细”、“军统中统”、“CC分子”、“复兴社”、“三青团”等敌特分子，出了很多荒唐事。习仲勋这时的表现如何呢？著名作家韦君宜和丈夫杨述当时在绥德地委的《抗战报》工作，也被网罗进了“红旗党”中。韦君宜后来在其所著的《思痛录》中写道：“那时，地委书记天天拍桌子大发雷霆……”韦君宜所说的地委书记就是习仲勋。由此可见，在绥德地区“抢救运动”之初，习仲勋也是非常积极，大加推行的。
不过，习仲勋毕竟是经历过陕北肃反的优秀领导干部，他很快察觉了这场“抢救运动”的荒唐之处，开始转向实事求是。他下令对运动进行降温，制止乱打乱抓，并对“逼供信”行为进行了遏制。由于大势所趋，习仲勋不可能单方面停止“抢救运动”，于是采取了和缓过渡的办法，先减轻被整同志们的压力。同时，他将自己调查研究得来的意见写成报告，上呈毛泽东，提出了对“抢救运动”扩大化问题的看法。好在毛泽东这时也发现“抢救运动”已经失控，伤害了大批好同志，事情发展走向了反面，于是决定进行纠偏。在中央指示下，各地区的“抢救运动”全面停止，开始进行甄别平反工作。由于习仲勋的审慎把握和及时上书，绥德地区的“抢救运动”只持续了两个多月时间，比延安和陇东等分区的时间都短。习仲勋又亲自出马，到灾情最重的绥德师范去收拾人心，召开学生家长和干部、群众参加的3000人大会，宣传党的防奸政策，并向被错整的人公开赔礼道歉。在他的领导下，绥德地区的整风审干转入平稳阶段，被错整的人基本都获得平反并恢复了名誉。
由于陕甘宁边区长期遭到日寇和国民党的经济封锁，要供养中央各级机关、学校和守备部队，边区财政非常困难，人民的负担也很沉重。习仲勋上任后深入基层调查研究，几个月时间就走遍了全区六个县几十个乡镇，深刻了解了人民的疾苦。他响应中央号召组织绥德全区军民参加大生产运动，并发展手工业、运输业和商业，使得机关和部队的经费自给率大大提高，有力缓解了经济困难，减轻了人民负担。1944年召开了陕甘宁边区劳模大会，习仲勋领导绥德区发展生产的成绩受到了毛泽东的表彰。《解放日报》还为此专门发表社论，号召所有边区军民向习仲勋和领导南泥湾大生产的八路军359旅旅长王震学习。
1945年4月，习仲勋参加了中共七大，并当选为中共七届中央委员会候补委员。在这届中央委员会所有的正式委员和候补委员中，32岁的习仲勋是最年轻的一位。
1945年7月，国民党第一战区代司令长官胡宗南奉蒋介石命令调集9个师兵力，先后进占了陕甘宁边区关中分区的大片地域，明目张胆搞起了摩擦。为了迅速收复失地，中共中央指示贺龙指挥的陕甘宁晋绥联防军成立南线临时指挥部，任命张宗逊为司令员，习仲勋为政委，统一指挥南线部队向敌人进行反击。张宗逊、习仲勋等人到任后，决心在敌立足未稳之际，集中优势兵力，全歼军事要点爷台山守敌，严厉打击敌人的气焰。8月8日，爷台山反击作战开始。参战部队采取集中优势兵力，近战夜战歼敌的打法，勇猛攻击，仅两天多时间就收复了爷台山等阵地，歼灭守敌5个连及1个营部，并缴获了大量武器弹药，痛快淋漓地取得了胜利。与此同时，其他反击部队也相继击溃了敌人。张宗逊、习仲勋命令全线乘胜追击，一鼓作气将进犯的国民党军队驱逐出边区，收复了全部失地。
爷台山反击作战后，习仲勋便调到中央组织部任副部长。抗战胜利后，由于国内形势变化很快，中共中央紧急调整了各战略区的布局。当时一度主持中央工作的刘少奇曾想让习仲勋和高岗一同去东北，或是随陈毅去华东。然而毛泽东考虑再三，认为西北地方领导人中以高岗和习仲勋最为根基深厚，已决定高岗去东北工作，习仲勋要是再走恐怕会对西北工作产生不利影响。因此，决定将习仲勋留下，领导中共西北局工作。在原中共西北局书记高岗赴东北工作后，中央改组了西北局，由彭德怀、习仲勋分任正副书记。由于彭德怀身兼中央军委副主席和军委总参谋长职务，军务繁重，故西北局工作主要由习仲勋主持。同时，习仲勋还兼任了陕甘宁晋绥联防军代政委职务。
解放战争初期，习仲勋主持西北局和陕甘宁晋绥联防军工作，保卫边区，保卫党中央，牵制胡宗南部对陕甘宁边区的进犯，起到了非常重要的作用。1946年10月，习仲勋还成功策动驻守波罗堡的国民党陕北保安指挥部副指挥胡景铎率部起义，改编为陕甘宁晋绥联防军骑兵第6师，并开赴延安整训。毛泽东非常高兴，还在习仲勋的陪同下接见了骑兵第6师营以上干部。1947年2月，中央军委决定以晋绥军区和陕甘宁晋绥联防军各一部组成陕甘宁野战集团军，由张宗逊任司令员，习仲勋任政委，以适应新的斗争形势。
3月，胡宗南指挥20多万国民党军队向陕甘宁边区发动大规模进攻。为保存力量，牵制敌人，中共中央决定主动撤离延安，毛泽东、周恩来、任弼时等中央领导人继续留在陕北转战。同时，中央军委下令边区一切部队统归彭德怀、习仲勋指挥，并撤销陕甘宁野战集团军，成立新的西北野战兵团，由彭德怀任司令员兼政委，张宗逊任副司令员，习仲勋任副政委，西北局和边区政府机关也分前后方行动。此后，习仲勋协助彭德怀指挥部队作战，连续取得了西北战场上著名的青化砭、羊马河、蟠龙镇战役的胜利，并进军陇东、三边地区，连续吃掉国民党军4个旅部、13个团和2个保安队，缴获了大批武器弹药和粮食物资，沉重打击了胡宗南所部的进攻气焰。彭德怀的领导风格向来是大包大揽，因此中央也长期让他司令政委一肩挑。然而对于比他小15岁的小老弟习仲勋，彭德怀却是非常尊敬和倚重。据时任西北野战兵团副参谋长的王政柱回忆：“我经常看到，彭总制订的作战计划，在交付讨论之前，总要先同仲勋交换意见；彭总草拟的命令、指示，在送交电台发出之前，总要让仲勋再作推敲和修改；收到中央重要文电，彭总看后立即同仲勋一起商量贯彻意见。”由于战事紧张，条件简陋，彭德怀和习仲勋还常常挤在一个土炕上睡觉。对于习仲勋所起的重要作用，彭德怀是心知肚明。1947年7月，部队在靖边休整时，他曾当面对习仲勋表示：“我们合作共事，你帮了大忙。你和刘景范同志熟悉边区情况，使我能够集中精力考虑作战方面的问题。”
当初毛泽东坚持将习仲勋留在西北工作，确实显示出了远大的目光。毛泽东给西北野战兵团乃至后来的西北野战军、第一野战军发电报，长期都是彭德怀、习仲勋并列，有时还以“彭习军”代指。日后坊间所传的“彭习大军”，就是这么来的。当然历史地来看，与口口相传的“刘邓大军”、“陈粟大军”相比较，“彭习大军”的实际意义就不足了，习仲勋在部队中所起的作用也远远比不上邓小平、粟裕。不过，习仲勋在军队中的历史地位，却也由此而奠定。
由于西北自然环境恶劣，经济情况差，西北野战兵团的生活条件非常艰苦，指战员们长期饿着肚子打仗。1947年7月，中共中央在靖边县小河村召开了中央前委扩大会议，研究解放战争由战略防御转入战略进攻和各个战场的配合作战，以及全国解放战争第二年的战略任务、方针与部署。为了进一步支持西北战场，中央决定给晋绥区压担子，由陕甘宁晋绥联防军司令员贺龙统一领导陕甘宁、晋绥两区的工作，集中一切人力、物力、财力支援西北解放战争。会上决定成立西北野战兵团前委，由彭德怀任书记。会后又决定西北野战兵团正式定名为西北野战军，彭德怀、张宗逊、习仲勋等人职务不变。同时决定习仲勋兼任陕甘宁晋绥联防军政委，领导西北局与贺龙共同负责后方的党政军民学工作。贺龙是招兵买马、搞财经的好手，习仲勋则熟悉西北情况，二人配合默契，对两区的党政军和财经工作实行统一领导，采取开展土地改革，统一生产建设，统筹财政收支，加强金融贸易等措施，筹粮筹兵，生产节约，支援前线，有效保障了战争的需要。
当土地改革运动全面展开后，由于以康生、陈伯达为首的中央土改考察团在晋绥区的试点成果带有严重的“左”的偏向，而在中央负责全国土改的刘少奇又急于求成，指示将康、陈的土改试点经验大加贯彻，导致晋绥区土改运动出现了乱整、乱划、打人、杀人成风的混乱局面。并且这一趋势逐渐向陕甘宁边区漫延，闹得陕甘宁也是鸡飞狗跳。习仲勋很快在工作中发现了这一问题，感到情况严重，非常忧虑。土地改革运动是中共中央的一项伟大决策，关系到争取占全国百分之九十以上人口的农民为同盟军的成败大业，一旦出了问题，影响是全局性的。但是群众运动已经起来，政治气氛非常狂热，“贫雇农打江山坐江山”、“贫雇农要怎么办就怎么办”，很多党员干部都被当场打杀，贸然提出反对意见是颇有风险的。然而出于对党的事业负责的精神，习仲勋毅然上书毛泽东，明确指出：“由于晋绥的直接影响，土改一到农村，就发生极左偏向”“一有左的偏向，不要半月，就可以把一切破坏得精光”。习仲勋提出应当实事求是，严格掌握划定成分的界限，不搞扩大化。1948年1月9日，毛泽东批示和转发了习仲勋的这份报告，采纳了他的意见并向全党发出指示，此后各解放区土改运动中的极“左”现象得到了逐步纠正。
进入1948年后，解放战争形势全面向好，西北战场也取得了节节胜利，彭德怀指挥西北野战军收复了延安，并乘胜打向外线。1948年5月，西北局机关迁回延安，驻王家坪办公。由于彭德怀主要领导西北野战军工作，根据中央决定，由习仲勋接任西北局书记，马明方任副书记。这一时期，陕甘宁晋绥联防军改称为陕甘宁晋绥联防军区，贺龙任司令员，习仲勋任政委。1949年2月，陕甘宁晋绥联防军区又改称西北军区，贺龙任司令员，习仲勋任政委。3月，习仲勋赴西柏坡出席了中共七届二中全会，后随中央机关进驻北平。
1949年6月，中共中央为统一西北党政军的领导，改组了中共西北局，由彭德怀、贺龙、习仲勋分任第一、二、三书记，习仲勋负责西北局日常工作。1949年11月，中央军委决定，第一野战军与西北军区合并，称中国人民解放军第一野战军暨西北军区，彭德怀任司令员，习仲勋任政委，张宗逊、赵寿山任副司令员。同时成立了西北军政委员会，彭德怀任主席，习仲勋任副主席。不久贺龙奉命率领第十八兵团入川作战，并与刘伯承、邓小平等人共同筹组中共西南局及西南军政委委员会。而彭德怀也指挥第一野战军横扫西北，相继解放了陕西、甘肃、宁夏、青海、新疆五省，胜利结束了西北解放战争。根据中共中央指示，1950年2月再次改组了中共西北局，由彭德怀任第一书记，习仲勋任第二书记，马明方任第三书记。
至此，习仲勋以中共西北党政军第二领导人的身份，协助彭德怀经营西北，肃匪反霸，实行土改，团结各民族力量，医治战争疮伤，改善人民生活，做了大量卓有成效的工作。中华人民共和国建立后，成立了中央人民政府人民革命军事委员会，统一管辖和指挥人民解放军及其他武装力量，习仲勋被选为军委委员。由于朝鲜战争爆发，彭德怀于1950年10月率领志愿军入朝作战，习仲勋又代理了西北军政委员会主席职务，全面接管大西北的建设工作。在当时的大区中央局书记中，习仲勋是最年轻的一位。
西北地区幅员辽阔，民族众多，宗教信仰情况复杂，历朝历代统治者在进行治理时均不得不慎之又慎。按照中共在内地时的治理经验，通常情况下须实行群众路线，直接团结和争取广大群众，分化、孤立、改造和打击、消灭少数上层及反动势力。对于边疆民族地区，则实行党的民族政策，要求尊重少数民族的宗教信仰和民族习惯，以此来达到民族团结和政权巩固。具体到西北地区，广大下层农牧民生活贫苦，文化很低，觉悟不高，又笃信宗教，对其进行教育和改造非一日之功。而上层官绅、宗教人物、农牧主阶层的人数虽不多，却掌握了绝大部分社会资源，影响非常大。对于这样的地区，直接实行群众路线，搞阶级对立，势必会严重损害上层利益，导致他们可能走向对抗和反叛，造成社会震动，迁延日久，后果无法逆料。而对于边疆群众的争取，却又因为主要宗教人物都在上层，群众信教而不敢反对上层，有可能陷于事倍功半之困境。面对这种情况，历朝历代的统治者无不以首先争取上层为己用，减少最大的阻力，尔后才能推开对全区的统治。但是根据阶级斗争理论，统一战线工作必须重视并从下层入手，要明确区分阶级界限和敌我关系。对于上层，那是明明白白的阶级敌人，做统一战线工作只是对其加以利用，最后还是要限制和消灭他们。如果谁要是非常重视上层的统战工作，那就是“上层勾结”，是混淆阶级界限的“机会主义”，是脱离群众的严重“右倾”。在中共历史上，上述教训可以说是数不胜数。
至中共建国时，情况已为之一变。为了彰显中共顺应历史潮流统一国家的执政合法性，在政权的组织形式上采用了各党派联合政府的形式，上层统战工作已不再是敏感禁区，反而大行其道。因此，对于边疆地区民族、宗教问题的治理解决，也要在这一历史背景下进行考察。习仲勋就明确提出，对于西北工作要以“谨慎稳进”的方针来推动实施。他指出：“绝不能用强制的办法、命令的办法来强行让人家不信（宗教）。当少数民族的觉悟尚未提高时，不能过急，要善于等待他们觉悟……绝不能脱离群众……但也不能犯狭隘民族主义的毛病。”对于如何贯彻“谨慎稳进”的方针，习仲勋认为：“一定要先做好争取各民族上层、争取宗教方面人物的统一战线工作”，“先通过他们，减少阻力，增加助力”。
根据上述方针，习仲勋领导西北局稳步有序地推动西北工作，首先通过团结上层，孤立和打击顽固势力，最大程度地减少了阻力，为党和军队顺利进驻西北全境创造了条件。在建立统一战线的基础上，先后对起义部队进行改造，打击清剿叛乱武装与匪特，教育和发动群众，发展生产，减租反霸，实行土改，慎重稳进，成绩卓著，在短短几年间就使西北的面貌发生了翻天覆地的变化。值得一提的是，习仲勋很好地处理了青海昂拉部落头领项谦叛乱事件，不轻易采取过激手段，而是攻心为上，反复耐心进行政治争取，并辅以军事进剿的手段，终于迫其归顺投诚。后来项谦还参加了西北军政委员会，特别对习仲勋表示：“习书记救了我一命，也拯救了成千上万的藏族同胞，不然的话，将会有多少人头落地！”毛泽东知道此事后，以中共中央的名义表扬了西北局，并称赞习仲勋说：“仲勋，你真厉害，诸葛亮七擒孟获，你比诸葛亮还厉害。”
1952年夏天，西北出了一件影响很大的事。中共新疆分局第一书记、新疆军区代司令员兼政委王震主持新疆分局工作时，领导分局发出了《关于北疆牧区镇压反革命的指示》，并准备在北疆牧区进行基层政权改造，这就违反了中共中央、西北局关于“应集中力量在农业地区进行土地改革，游牧区暂时维持现状，半农半牧区暂时不搞土改”的指示，犯了无组织无纪律的错误。为此中共中央电令新疆分局立即停止执行在北疆牧区进行镇反及若干改革的指示，并调王震和习仲勋、张邦英、包尔汉、赛福鼎、王恩茂等人到北京参加中央会议。6月28日，在北京召开了中共新疆分局常委会议，会议由刘少奇主持并作总结。作为西北局主要领导人，习仲勋在会上作了发言，严厉批评了王震：“王震同志为首的新疆分局犯的错误，特别是王震同志犯的错误，违反慎重稳进的方针，用向西北局斗争的方法，强迫西北局就范。粗暴、强词夺理，企图把中央和西北局分开，说中央正确，西北局右倾，发展到无法无天，无中央之天、党纪之法”，“王震同志在牧区工作上所犯的严重错误，是其一系列错误发展的总暴露。新疆有严重的民族问题而没有民族工作，有严重的宗教问题而没有宗教工作”等等。与会的其他人员也纷纷批评了新疆分局和王震的错误。最后刘少奇作了总结，批评了王震为首的新疆分局在牧区改革工作上所犯的错误，指出“把农业区的经验机械地搬到牧区是错误的”，还对新疆的土地改革、宗教工作指出应当注意的一些问题，强调在新疆实行民主改革，应当采取慎重稳进的方针等。
会议还作出了组织处理，决定改组中共新疆分局，免去王震的中共新疆分局第一书记、新疆军区政委和新疆省财委主任职务，仍担任分局常委、军区副司令员代理司令员和省财委副主任。由王恩茂任中共新疆分局第一书记兼新疆军区政委、新疆财委主任。
1952年7月15日至8月5日，为了贯彻北京的中共新疆分局常委会议精神，西北局、新疆分局召开了中国共产党新疆省第二届代表会议，由习仲勋主持会议。会上王震遭到了严厉批判，他领导新疆分局工作中发生的错误也被不适当地夸大。会议甚至提出了这样的要求：“参加会议的全体同志毫无保留地揭发和批判王震同志和分局领导工作中的错误”，“不怕多讲，不怕态度不好或语言不恰当，也不怕事实有出入，只要有意见能讲出来就是好的。他们的意见，对的接受，不对的一律不去反驳”。结果就造成了对王震和新疆分局的过火批判，将许多工作成绩也都否定了，严重挫伤了新疆干部的工作积极性。王震虽然不服，也只得低头承担责任，作出了检查。此后中央指示对新疆的财经工作进行了整顿，在政策掌握上又发生了矫枉过正的偏差，致使新疆的生产建设发生了反复，工作受到损失。此后王震就被边缘化，因气致病，不得不离开了新疆。
回头再看这一事件，双方的是非应该是比较清楚的。首先从历史大背景上说，进入1952年后，新中国的政权已基本稳定，国民经济也得到了恢复，毛泽东的政治考虑已从巩固新民主主义秩序转向提前向社会主义改造迈进。这时，加强中央的集中统一领导，克服地方的“分散主义”，实现“全国一盘棋”，统一步调共同行动，就成为了时下政治的重中之重。也就是在这一背景下，才出现了针对全国各大行政区的裁撤和“五马进京”等历史事件。就这个意义上说，王震领导新疆分局公然违背中央和西北局指示，擅自在牧区搞镇反和若干改革，正触犯了中央的政治忌讳，所谓“枪打出头鸟”，其遭到严厉批判和处理也是必然的。从党的组织原则上说，王震有错在先。
其次，就对于王震及新疆分局进行批判的程度上来说，从中央的指导思想到西北局的实际举措，都带有一定的“左”的倾向，缺乏实事求是的具体分析，是脱离了实际的过度批判与过度处理。习仲勋作为西北局主要领导人，尽管是秉承中央的指示，但对于过度批判造成的实际后果亦须负有相应的领导责任。从这里也可以看出，在很长一段历史时期中，党内对于批判某个人或某件事是有相应的政治逻辑的：一旦上面定了性，各级党组织就必须集中火力对其进行批判，不仅对事也要对人，目的成为了一切，过程只是为目的服务，无限上纲、牵强附会，甚至弄虚作假都成了政治正确，只有达到批倒批臭的目的，才算完成了上级交代的政治任务，这是每一个党员必须尽到的光荣义务。在这一政治逻辑下，下级领导人的政治品质是高是低已经不重要，在这里不起决定作用，起决定作用的是上级的指示，必须加以执行，还要甚而焉之。这就是党的规则，也是很多历史事件令人扼腕叹息的根本原因。
综上所述，王震和新疆分局的擅自而为不能说没有道理，但在组织原则上也确实犯有错误。然而中央和西北局对其的批判却又脱离事实过度夸大，并处理过重，这是不适当的。1979年3月17日，中共中央对当年新疆省第二届党代会的问题作出了纠正，指出：“……会议对王震同志和新疆分局的批判是不符合实际的，中央当时撤销王震同志中共中央新疆分局书记、军区政委及财委主任，是不公正的。”其时习仲勋已复出担任广东省委第一书记，他在广东省干部会议上公开表示：我反过王震同志，反对错了。后来王震到广东去，习仲勋还当面对他说：“过去整你整错了。”王震则大度地说：“已经解决的问题，不用再提它了。”
在这一事件中，毛泽东的态度颇可玩味。新疆出问题后，他第一时间下达指示要求新疆分局立即停止执行在北疆牧区进行镇反及若干改革的指示，并调一干领导人到北京开会。对于新疆分局的领导改组，正是在毛泽东的指示下作出的。不过等到王震被批判撤职之后，毛泽东却对王震说：“你的错误只是一个指头的问题，是小指头，而且是半个小指头，不是路线错误，不是政策错误，就是粗暴，不适宜在少数民族地区工作。”那么毛泽东为什么不在会上说这番话呢？即使让人传达一下也好，会议局面就完全不一样了，王震也不用再感叹“新疆问题是对我一生中最大的打击”了。由此可见，毛泽东一面下令严厉批判处理了王震，一面又对其进行了安抚，既照顾了当下的政治局面，又考虑了将来重新起用王震的问题，确实政治手腕老到。
值得一提的是，王震等人到北京开会后，留在新疆主持工作的新疆分局委员兼宣传部长邓力群知道了会议情况，还致电中央，表示关于在牧区进行镇反的决定是他作出的，责任不在王震。毛泽东大怒，严厉指责了邓力群，并两次指示习仲勋将邓力群开除出党。不过习仲勋对此事因“特殊原因”作了冷处理，并未将邓力群开除出党，而只是暂时降级了事。后来王震对于邓力群仗义执言的行为非常感激，二人成为了密友。到了80年代时，王震还鼎力推荐邓力群出任中共中央总书记。
1952年7月，根据毛泽东的指示，刘少奇批转《关于加强党中央办事机构的意见》，决定将各大区中央局书记调到中央以加强领导。于是，东北局书记高岗、西南局第一书记邓小平、西北局第二书记习仲勋、中南局第二书记邓子恢、华东局第一书记饶漱石相继进京任职，时称“五马进京”。习仲勋是当年9月奉召进京的，在毛泽东的亲点下调任中共中央宣传部部长兼政务院文化教育委员会副主任、党组书记。习仲勋时年39岁的，在进京的“五马”中，他是最年轻的一位。此前的中宣部长是陆定一，习仲勋来了之后便降职为副部长。陆定一在党内资格较老，长期管宣传工作。然而毛泽东对陆定一不太满意，坚持中宣部的班子要动一动。习仲勋觉得自己的资历比较浅，而且没有专门负责过宣传工作，当陆定一的上级不妥，因此当面向毛泽东表达了自己的顾虑。然而毛泽东早已看好习仲勋。他曾特意向时任中央财政经济委员会第一副主任的薄一波问过对习仲勋的看法。薄一波当时回答：“年轻有为。”毛泽东则肯定地说：“如今（习仲勋）已经炉火纯青。”因此，毛泽东要求习仲勋挑起中宣部长的担子，并鼓励说：“你没有做过宣传工作，做上一段，掌握了宣传工作的规律，不就可以当了嘛！而且还能够做得好。”
习仲勋走马上任后，对副部长陆定一很尊重，而陆定一也对自己的地位处之泰然，积极配合习仲勋的工作。这一时期，习仲勋主持制定了“整顿提高、重点发展、提高质量、稳步前进”的16字方针，规划指导了建国初期的文教工作。1953年9月，习仲勋又调任中央人民政府政务院（后为国务院）秘书长，协助总理周恩来工作。
1954年初，“高饶事件”爆发，中央人民政府计划委员会主席高岗和中共中央组织部部长饶漱石被打成“反党联盟”，就此倒台。关于“高饶事件”相关著作汗牛充栋，在此就不赘述了。这个事件不但恶化了建国初期的政治生态，还牵连错整了一批东北和华东的干部，影响相当深远。习仲勋作为高岗的亲密战友和西北革命现存的主要代表人物之一，在当时的处境是很敏感的。不过毛泽东刻意保护了习仲勋，将他与高岗切割开来，并让习仲勋代表中央去和高岗接触。后来高岗熬不住而自杀身亡，中央还布置习仲勋向高岗的亲属和身边工作人员收集揭发材料。对于高岗之死，习仲勋是同情的，感到中央处理过重，他曾对刘景范和高岗的遗孀李力群说了一句话：“把高岗问题处理的那么严重，看他给陕北人民咋交待！”在李力群被迫写揭发材料时，习仲勋还向她强调要尽可能少牵连他人，并把其已经写好的上有彭德怀、贺龙等人名字的材料撕毁。到了十几年后的文革期间，习仲勋被打成“三反分子”，上述行为也被揭发出来，自然是罪加一等，再踏上了一只脚。
1955年解放军实行军衔制时，习仲勋因已转行政而与其擦肩而过。否则，以他1949年中央人民政府人民革命军事委员会委员的级别，授予上将都不能说高，恐怕要往大将堆里奔了。
1936年9月，中共中央召开了政治局扩大会议，习仲勋奉召首次列席了中央会议。此时陕北形势已发生了变化，陕西军阀杨虎城和被蒋介石派到陕西“剿共”的东北军首领张学良都不愿意再和红军为敌，已与中共中央进行了秘密接触，双方商定停止交战，互通信息。在这种背景下，作为陕甘宁边区南大门的关中特区地位越发重要起来，其领导人要担负起与张杨搞统一战线的艰巨责任。毛泽东慧眼识人，挑中熟悉陕西情况，年轻有为的习仲勋再赴关中，担任关中特委书记。10月，习仲勋回到关中特区上任。此后，习仲勋领导关中特委积极整理扩大游击队，争取中间势力的民团、保甲武装，尽可能地进行统一战线工作，整理各地党的工作，健全党的组织生活，恢复各县苏维埃政权，并在敌后开辟新区等，做了大量卓有成效的工作。
西安事变后，国共开始谈判，抗日民族统一战线日益形成。这时关中特区的工作就显得更加重要而敏感。根据中央制定的方针政策，习仲勋致力于将关中特区建设成为模范的抗日民主根据地，及时调整党政军群各级组织机构和工作任务，以尽快适应革命新形势，并成立了关中特区司令部，由习仲勋兼任政委，统一领导全区武装斗争。抗战爆发后，中共中央将中共陕甘宁特区改为中共陕甘宁边区，并成立了边区政府，关中特区也相应更名为关中分区。习仲勋大刀阔斧开展工作，深得干部和群众拥护，因而再次当选为关中分区分委书记，并兼任分区专员和分区保安司令部政委。
值得一提的是，习仲勋非常重视知识分子，大力吸收投奔延安的青年知识分子进队伍，并提拔其中的优秀人员为干部，将他们放到重要岗位上去，注意发挥他们的能力。在习仲勋的选才任用下，关中特区的区委书记以上干部基本都拥有初中或初中以上文化程度，因此在政策的掌握和执行上水平较高，有力推动了关中特区的工作。当时党内普遍对知识分子存在一些偏见，有人就提醒习仲勋这样做会不会有点“右倾”。习仲勋则干脆地说：“怕什么！只要为了革命，为了抗日，右倾又算得了什么？”不愧是经历过陕北肃反的硬骨头！
习仲勋在关中分区一干就是6年，其间还担任了陕甘宁边区中央局委员、陕甘宁边区第二师范学校校长等职务。他领导全区军民在党的建设、政权建设、统一战线、武装斗争等方面都取得了很大成绩，将关中分区建设成了陕甘宁边区坚固的南大门。1942年7月，习仲勋奉调担任中共西北局党校校长，并参加了延安整风运动。毛泽东非常欣赏习仲勋的工作能力，曾亲笔题词“党的利益在第一位”，对他予以表彰。
1943年2月，习仲勋调任中共绥德地委书记兼绥（德）米（脂）警备司令部政委。绥德地区人口五倍于关中分区，而且政治、经济、军事情况都比较复杂。习仲勋担心自己挑不起这副担子，毛泽东则鼓励他说：“一个人在一个地方呆久了，就没那么敏感了，到新的地方去也是锻炼嘛！”于是习仲勋欣然赴任，成为了绥德分区党政军最高领导人。
习仲勋上任后的头一件事就是抓“整风学习运动”。此时整风运动已从思想整风转入了审查干部阶段。中央总学委副主任康生主抓全边区的“抢救失足者运动”，指责绥德地区的整风工作不得力，导致“红旗党”（即所谓“打着红旗反红旗”）猖獗，要求必须改变这一形势。在这一指示下，绥德地区的“抢救运动”便轰轰烈烈地推开了。一时间到处都在忙着“抢救失足者”，“逼供信”齐下，闹腾得特务如麻，冤狱遍地。其中灾情最重的是绥德师范学校和米脂中学，有大批青年学生和教师被打成了“敌探奸细”、“军统中统”、“CC分子”、“复兴社”、“三青团”等敌特分子，出了很多荒唐事。习仲勋这时的表现如何呢？著名作家韦君宜和丈夫杨述当时在绥德地委的《抗战报》工作，也被网罗进了“红旗党”中。韦君宜后来在其所著的《思痛录》中写道：“那时，地委书记天天拍桌子大发雷霆……”韦君宜所说的地委书记就是习仲勋。由此可见，在绥德地区“抢救运动”之初，习仲勋也是非常积极，大加推行的。
不过，习仲勋毕竟是经历过陕北肃反的优秀领导干部，他很快察觉了这场“抢救运动”的荒唐之处，开始转向实事求是。他下令对运动进行降温，制止乱打乱抓，并对“逼供信”行为进行了遏制。由于大势所趋，习仲勋不可能单方面停止“抢救运动”，于是采取了和缓过渡的办法，先减轻被整同志们的压力。同时，他将自己调查研究得来的意见写成报告，上呈毛泽东，提出了对“抢救运动”扩大化问题的看法。好在毛泽东这时也发现“抢救运动”已经失控，伤害了大批好同志，事情发展走向了反面，于是决定进行纠偏。在中央指示下，各地区的“抢救运动”全面停止，开始进行甄别平反工作。由于习仲勋的审慎把握和及时上书，绥德地区的“抢救运动”只持续了两个多月时间，比延安和陇东等分区的时间都短。习仲勋又亲自出马，到灾情最重的绥德师范去收拾人心，召开学生家长和干部、群众参加的3000人大会，宣传党的防奸政策，并向被错整的人公开赔礼道歉。在他的领导下，绥德地区的整风审干转入平稳阶段，被错整的人基本都获得平反并恢复了名誉。
由于陕甘宁边区长期遭到日寇和国民党的经济封锁，要供养中央各级机关、学校和守备部队，边区财政非常困难，人民的负担也很沉重。习仲勋上任后深入基层调查研究，几个月时间就走遍了全区六个县几十个乡镇，深刻了解了人民的疾苦。他响应中央号召组织绥德全区军民参加大生产运动，并发展手工业、运输业和商业，使得机关和部队的经费自给率大大提高，有力缓解了经济困难，减轻了人民负担。1944年召开了陕甘宁边区劳模大会，习仲勋领导绥德区发展生产的成绩受到了毛泽东的表彰。《解放日报》还为此专门发表社论，号召所有边区军民向习仲勋和领导南泥湾大生产的八路军359旅旅长王震学习。
1945年4月，习仲勋参加了中共七大，并当选为中共七届中央委员会候补委员。在这届中央委员会所有的正式委员和候补委员中，32岁的习仲勋是最年轻的一位。
1945年7月，国民党第一战区代司令长官胡宗南奉蒋介石命令调集9个师兵力，先后进占了陕甘宁边区关中分区的大片地域，明目张胆搞起了摩擦。为了迅速收复失地，中共中央指示贺龙指挥的陕甘宁晋绥联防军成立南线临时指挥部，任命张宗逊为司令员，习仲勋为政委，统一指挥南线部队向敌人进行反击。张宗逊、习仲勋等人到任后，决心在敌立足未稳之际，集中优势兵力，全歼军事要点爷台山守敌，严厉打击敌人的气焰。8月8日，爷台山反击作战开始。参战部队采取集中优势兵力，近战夜战歼敌的打法，勇猛攻击，仅两天多时间就收复了爷台山等阵地，歼灭守敌5个连及1个营部，并缴获了大量武器弹药，痛快淋漓地取得了胜利。与此同时，其他反击部队也相继击溃了敌人。张宗逊、习仲勋命令全线乘胜追击，一鼓作气将进犯的国民党军队驱逐出边区，收复了全部失地。
爷台山反击作战后，习仲勋便调到中央组织部任副部长。抗战胜利后，由于国内形势变化很快，中共中央紧急调整了各战略区的布局。当时一度主持中央工作的刘少奇曾想让习仲勋和高岗一同去东北，或是随陈毅去华东。然而毛泽东考虑再三，认为西北地方领导人中以高岗和习仲勋最为根基深厚，已决定高岗去东北工作，习仲勋要是再走恐怕会对西北工作产生不利影响。因此，决定将习仲勋留下，领导中共西北局工作。在原中共西北局书记高岗赴东北工作后，中央改组了西北局，由彭德怀、习仲勋分任正副书记。由于彭德怀身兼中央军委副主席和军委总参谋长职务，军务繁重，故西北局工作主要由习仲勋主持。同时，习仲勋还兼任了陕甘宁晋绥联防军代政委职务。
解放战争初期，习仲勋主持西北局和陕甘宁晋绥联防军工作，保卫边区，保卫党中央，牵制胡宗南部对陕甘宁边区的进犯，起到了非常重要的作用。1946年10月，习仲勋还成功策动驻守波罗堡的国民党陕北保安指挥部副指挥胡景铎率部起义，改编为陕甘宁晋绥联防军骑兵第6师，并开赴延安整训。毛泽东非常高兴，还在习仲勋的陪同下接见了骑兵第6师营以上干部。1947年2月，中央军委决定以晋绥军区和陕甘宁晋绥联防军各一部组成陕甘宁野战集团军，由张宗逊任司令员，习仲勋任政委，以适应新的斗争形势。
3月，胡宗南指挥20多万国民党军队向陕甘宁边区发动大规模进攻。为保存力量，牵制敌人，中共中央决定主动撤离延安，毛泽东、周恩来、任弼时等中央领导人继续留在陕北转战。同时，中央军委下令边区一切部队统归彭德怀、习仲勋指挥，并撤销陕甘宁野战集团军，成立新的西北野战兵团，由彭德怀任司令员兼政委，张宗逊任副司令员，习仲勋任副政委，西北局和边区政府机关也分前后方行动。此后，习仲勋协助彭德怀指挥部队作战，连续取得了西北战场上著名的青化砭、羊马河、蟠龙镇战役的胜利，并进军陇东、三边地区，连续吃掉国民党军4个旅部、13个团和2个保安队，缴获了大批武器弹药和粮食物资，沉重打击了胡宗南所部的进攻气焰。彭德怀的领导风格向来是大包大揽，因此中央也长期让他司令政委一肩挑。然而对于比他小15岁的小老弟习仲勋，彭德怀却是非常尊敬和倚重。据时任西北野战兵团副参谋长的王政柱回忆：“我经常看到，彭总制订的作战计划，在交付讨论之前，总要先同仲勋交换意见；彭总草拟的命令、指示，在送交电台发出之前，总要让仲勋再作推敲和修改；收到中央重要文电，彭总看后立即同仲勋一起商量贯彻意见。”由于战事紧张，条件简陋，彭德怀和习仲勋还常常挤在一个土炕上睡觉。对于习仲勋所起的重要作用，彭德怀是心知肚明。1947年7月，部队在靖边休整时，他曾当面对习仲勋表示：“我们合作共事，你帮了大忙。你和刘景范同志熟悉边区情况，使我能够集中精力考虑作战方面的问题。”
当初毛泽东坚持将习仲勋留在西北工作，确实显示出了远大的目光。毛泽东给西北野战兵团乃至后来的西北野战军、第一野战军发电报，长期都是彭德怀、习仲勋并列，有时还以“彭习军”代指。日后坊间所传的“彭习大军”，就是这么来的。当然历史地来看，与口口相传的“刘邓大军”、“陈粟大军”相比较，“彭习大军”的实际意义就不足了，习仲勋在部队中所起的作用也远远比不上邓小平、粟裕。不过，习仲勋在军队中的历史地位，却也由此而奠定。
由于西北自然环境恶劣，经济情况差，西北野战兵团的生活条件非常艰苦，指战员们长期饿着肚子打仗。1947年7月，中共中央在靖边县小河村召开了中央前委扩大会议，研究解放战争由战略防御转入战略进攻和各个战场的配合作战，以及全国解放战争第二年的战略任务、方针与部署。为了进一步支持西北战场，中央决定给晋绥区压担子，由陕甘宁晋绥联防军司令员贺龙统一领导陕甘宁、晋绥两区的工作，集中一切人力、物力、财力支援西北解放战争。会上决定成立西北野战兵团前委，由彭德怀任书记。会后又决定西北野战兵团正式定名为西北野战军，彭德怀、张宗逊、习仲勋等人职务不变。同时决定习仲勋兼任陕甘宁晋绥联防军政委，领导西北局与贺龙共同负责后方的党政军民学工作。贺龙是招兵买马、搞财经的好手，习仲勋则熟悉西北情况，二人配合默契，对两区的党政军和财经工作实行统一领导，采取开展土地改革，统一生产建设，统筹财政收支，加强金融贸易等措施，筹粮筹兵，生产节约，支援前线，有效保障了战争的需要。
当土地改革运动全面展开后，由于以康生、陈伯达为首的中央土改考察团在晋绥区的试点成果带有严重的“左”的偏向，而在中央负责全国土改的刘少奇又急于求成，指示将康、陈的土改试点经验大加贯彻，导致晋绥区土改运动出现了乱整、乱划、打人、杀人成风的混乱局面。并且这一趋势逐渐向陕甘宁边区漫延，闹得陕甘宁也是鸡飞狗跳。习仲勋很快在工作中发现了这一问题，感到情况严重，非常忧虑。土地改革运动是中共中央的一项伟大决策，关系到争取占全国百分之九十以上人口的农民为同盟军的成败大业，一旦出了问题，影响是全局性的。但是群众运动已经起来，政治气氛非常狂热，“贫雇农打江山坐江山”、“贫雇农要怎么办就怎么办”，很多党员干部都被当场打杀，贸然提出反对意见是颇有风险的。然而出于对党的事业负责的精神，习仲勋毅然上书毛泽东，明确指出：“由于晋绥的直接影响，土改一到农村，就发生极左偏向”“一有左的偏向，不要半月，就可以把一切破坏得精光”。习仲勋提出应当实事求是，严格掌握划定成分的界限，不搞扩大化。1948年1月9日，毛泽东批示和转发了习仲勋的这份报告，采纳了他的意见并向全党发出指示，此后各解放区土改运动中的极“左”现象得到了逐步纠正。
进入1948年后，解放战争形势全面向好，西北战场也取得了节节胜利，彭德怀指挥西北野战军收复了延安，并乘胜打向外线。1948年5月，西北局机关迁回延安，驻王家坪办公。由于彭德怀主要领导西北野战军工作，根据中央决定，由习仲勋接任西北局书记，马明方任副书记。这一时期，陕甘宁晋绥联防军改称为陕甘宁晋绥联防军区，贺龙任司令员，习仲勋任政委。1949年2月，陕甘宁晋绥联防军区又改称西北军区，贺龙任司令员，习仲勋任政委。3月，习仲勋赴西柏坡出席了中共七届二中全会，后随中央机关进驻北平。
1949年6月，中共中央为统一西北党政军的领导，改组了中共西北局，由彭德怀、贺龙、习仲勋分任第一、二、三书记，习仲勋负责西北局日常工作。1949年11月，中央军委决定，第一野战军与西北军区合并，称中国人民解放军第一野战军暨西北军区，彭德怀任司令员，习仲勋任政委，张宗逊、赵寿山任副司令员。同时成立了西北军政委员会，彭德怀任主席，习仲勋任副主席。不久贺龙奉命率领第十八兵团入川作战，并与刘伯承、邓小平等人共同筹组中共西南局及西南军政委委员会。而彭德怀也指挥第一野战军横扫西北，相继解放了陕西、甘肃、宁夏、青海、新疆五省，胜利结束了西北解放战争。根据中共中央指示，1950年2月再次改组了中共西北局，由彭德怀任第一书记，习仲勋任第二书记，马明方任第三书记。
至此，习仲勋以中共西北党政军第二领导人的身份，协助彭德怀经营西北，肃匪反霸，实行土改，团结各民族力量，医治战争疮伤，改善人民生活，做了大量卓有成效的工作。中华人民共和国建立后，成立了中央人民政府人民革命军事委员会，统一管辖和指挥人民解放军及其他武装力量，习仲勋被选为军委委员。由于朝鲜战争爆发，彭德怀于1950年10月率领志愿军入朝作战，习仲勋又代理了西北军政委员会主席职务，全面接管大西北的建设工作。在当时的大区中央局书记中，习仲勋是最年轻的一位。
西北地区幅员辽阔，民族众多，宗教信仰情况复杂，历朝历代统治者在进行治理时均不得不慎之又慎。按照中共在内地时的治理经验，通常情况下须实行群众路线，直接团结和争取广大群众，分化、孤立、改造和打击、消灭少数上层及反动势力。对于边疆民族地区，则实行党的民族政策，要求尊重少数民族的宗教信仰和民族习惯，以此来达到民族团结和政权巩固。具体到西北地区，广大下层农牧民生活贫苦，文化很低，觉悟不高，又笃信宗教，对其进行教育和改造非一日之功。而上层官绅、宗教人物、农牧主阶层的人数虽不多，却掌握了绝大部分社会资源，影响非常大。对于这样的地区，直接实行群众路线，搞阶级对立，势必会严重损害上层利益，导致他们可能走向对抗和反叛，造成社会震动，迁延日久，后果无法逆料。而对于边疆群众的争取，却又因为主要宗教人物都在上层，群众信教而不敢反对上层，有可能陷于事倍功半之困境。面对这种情况，历朝历代的统治者无不以首先争取上层为己用，减少最大的阻力，尔后才能推开对全区的统治。但是根据阶级斗争理论，统一战线工作必须重视并从下层入手，要明确区分阶级界限和敌我关系。对于上层，那是明明白白的阶级敌人，做统一战线工作只是对其加以利用，最后还是要限制和消灭他们。如果谁要是非常重视上层的统战工作，那就是“上层勾结”，是混淆阶级界限的“机会主义”，是脱离群众的严重“右倾”。在中共历史上，上述教训可以说是数不胜数。
至中共建国时，情况已为之一变。为了彰显中共顺应历史潮流统一国家的执政合法性，在政权的组织形式上采用了各党派联合政府的形式，上层统战工作已不再是敏感禁区，反而大行其道。因此，对于边疆地区民族、宗教问题的治理解决，也要在这一历史背景下进行考察。习仲勋就明确提出，对于西北工作要以“谨慎稳进”的方针来推动实施。他指出：“绝不能用强制的办法、命令的办法来强行让人家不信（宗教）。当少数民族的觉悟尚未提高时，不能过急，要善于等待他们觉悟……绝不能脱离群众……但也不能犯狭隘民族主义的毛病。”对于如何贯彻“谨慎稳进”的方针，习仲勋认为：“一定要先做好争取各民族上层、争取宗教方面人物的统一战线工作”，“先通过他们，减少阻力，增加助力”。
根据上述方针，习仲勋领导西北局稳步有序地推动西北工作，首先通过团结上层，孤立和打击顽固势力，最大程度地减少了阻力，为党和军队顺利进驻西北全境创造了条件。在建立统一战线的基础上，先后对起义部队进行改造，打击清剿叛乱武装与匪特，教育和发动群众，发展生产，减租反霸，实行土改，慎重稳进，成绩卓著，在短短几年间就使西北的面貌发生了翻天覆地的变化。值得一提的是，习仲勋很好地处理了青海昂拉部落头领项谦叛乱事件，不轻易采取过激手段，而是攻心为上，反复耐心进行政治争取，并辅以军事进剿的手段，终于迫其归顺投诚。后来项谦还参加了西北军政委员会，特别对习仲勋表示：“习书记救了我一命，也拯救了成千上万的藏族同胞，不然的话，将会有多少人头落地！”毛泽东知道此事后，以中共中央的名义表扬了西北局，并称赞习仲勋说：“仲勋，你真厉害，诸葛亮七擒孟获，你比诸葛亮还厉害。”
1952年夏天，西北出了一件影响很大的事。中共新疆分局第一书记、新疆军区代司令员兼政委王震主持新疆分局工作时，领导分局发出了《关于北疆牧区镇压反革命的指示》，并准备在北疆牧区进行基层政权改造，这就违反了中共中央、西北局关于“应集中力量在农业地区进行土地改革，游牧区暂时维持现状，半农半牧区暂时不搞土改”的指示，犯了无组织无纪律的错误。为此中共中央电令新疆分局立即停止执行在北疆牧区进行镇反及若干改革的指示，并调王震和习仲勋、张邦英、包尔汉、赛福鼎、王恩茂等人到北京参加中央会议。6月28日，在北京召开了中共新疆分局常委会议，会议由刘少奇主持并作总结。作为西北局主要领导人，习仲勋在会上作了发言，严厉批评了王震：“王震同志为首的新疆分局犯的错误，特别是王震同志犯的错误，违反慎重稳进的方针，用向西北局斗争的方法，强迫西北局就范。粗暴、强词夺理，企图把中央和西北局分开，说中央正确，西北局右倾，发展到无法无天，无中央之天、党纪之法”，“王震同志在牧区工作上所犯的严重错误，是其一系列错误发展的总暴露。新疆有严重的民族问题而没有民族工作，有严重的宗教问题而没有宗教工作”等等。与会的其他人员也纷纷批评了新疆分局和王震的错误。最后刘少奇作了总结，批评了王震为首的新疆分局在牧区改革工作上所犯的错误，指出“把农业区的经验机械地搬到牧区是错误的”，还对新疆的土地改革、宗教工作指出应当注意的一些问题，强调在新疆实行民主改革，应当采取慎重稳进的方针等。
会议还作出了组织处理，决定改组中共新疆分局，免去王震的中共新疆分局第一书记、新疆军区政委和新疆省财委主任职务，仍担任分局常委、军区副司令员代理司令员和省财委副主任。由王恩茂任中共新疆分局第一书记兼新疆军区政委、新疆财委主任。
1952年7月15日至8月5日，为了贯彻北京的中共新疆分局常委会议精神，西北局、新疆分局召开了中国共产党新疆省第二届代表会议，由习仲勋主持会议。会上王震遭到了严厉批判，他领导新疆分局工作中发生的错误也被不适当地夸大。会议甚至提出了这样的要求：“参加会议的全体同志毫无保留地揭发和批判王震同志和分局领导工作中的错误”，“不怕多讲，不怕态度不好或语言不恰当，也不怕事实有出入，只要有意见能讲出来就是好的。他们的意见，对的接受，不对的一律不去反驳”。结果就造成了对王震和新疆分局的过火批判，将许多工作成绩也都否定了，严重挫伤了新疆干部的工作积极性。王震虽然不服，也只得低头承担责任，作出了检查。此后中央指示对新疆的财经工作进行了整顿，在政策掌握上又发生了矫枉过正的偏差，致使新疆的生产建设发生了反复，工作受到损失。此后王震就被边缘化，因气致病，不得不离开了新疆。
回头再看这一事件，双方的是非应该是比较清楚的。首先从历史大背景上说，进入1952年后，新中国的政权已基本稳定，国民经济也得到了恢复，毛泽东的政治考虑已从巩固新民主主义秩序转向提前向社会主义改造迈进。这时，加强中央的集中统一领导，克服地方的“分散主义”，实现“全国一盘棋”，统一步调共同行动，就成为了时下政治的重中之重。也就是在这一背景下，才出现了针对全国各大行政区的裁撤和“五马进京”等历史事件。就这个意义上说，王震领导新疆分局公然违背中央和西北局指示，擅自在牧区搞镇反和若干改革，正触犯了中央的政治忌讳，所谓“枪打出头鸟”，其遭到严厉批判和处理也是必然的。从党的组织原则上说，王震有错在先。
其次，就对于王震及新疆分局进行批判的程度上来说，从中央的指导思想到西北局的实际举措，都带有一定的“左”的倾向，缺乏实事求是的具体分析，是脱离了实际的过度批判与过度处理。习仲勋作为西北局主要领导人，尽管是秉承中央的指示，但对于过度批判造成的实际后果亦须负有相应的领导责任。从这里也可以看出，在很长一段历史时期中，党内对于批判某个人或某件事是有相应的政治逻辑的：一旦上面定了性，各级党组织就必须集中火力对其进行批判，不仅对事也要对人，目的成为了一切，过程只是为目的服务，无限上纲、牵强附会，甚至弄虚作假都成了政治正确，只有达到批倒批臭的目的，才算完成了上级交代的政治任务，这是每一个党员必须尽到的光荣义务。在这一政治逻辑下，下级领导人的政治品质是高是低已经不重要，在这里不起决定作用，起决定作用的是上级的指示，必须加以执行，还要甚而焉之。这就是党的规则，也是很多历史事件令人扼腕叹息的根本原因。
综上所述，王震和新疆分局的擅自而为不能说没有道理，但在组织原则上也确实犯有错误。然而中央和西北局对其的批判却又脱离事实过度夸大，并处理过重，这是不适当的。1979年3月17日，中共中央对当年新疆省第二届党代会的问题作出了纠正，指出：“……会议对王震同志和新疆分局的批判是不符合实际的，中央当时撤销王震同志中共中央新疆分局书记、军区政委及财委主任，是不公正的。”其时习仲勋已复出担任广东省委第一书记，他在广东省干部会议上公开表示：我反过王震同志，反对错了。后来王震到广东去，习仲勋还当面对他说：“过去整你整错了。”王震则大度地说：“已经解决的问题，不用再提它了。”
在这一事件中，毛泽东的态度颇可玩味。新疆出问题后，他第一时间下达指示要求新疆分局立即停止执行在北疆牧区进行镇反及若干改革的指示，并调一干领导人到北京开会。对于新疆分局的领导改组，正是在毛泽东的指示下作出的。不过等到王震被批判撤职之后，毛泽东却对王震说：“你的错误只是一个指头的问题，是小指头，而且是半个小指头，不是路线错误，不是政策错误，就是粗暴，不适宜在少数民族地区工作。”那么毛泽东为什么不在会上说这番话呢？即使让人传达一下也好，会议局面就完全不一样了，王震也不用再感叹“新疆问题是对我一生中最大的打击”了。由此可见，毛泽东一面下令严厉批判处理了王震，一面又对其进行了安抚，既照顾了当下的政治局面，又考虑了将来重新起用王震的问题，确实政治手腕老到。
值得一提的是，王震等人到北京开会后，留在新疆主持工作的新疆分局委员兼宣传部长邓力群知道了会议情况，还致电中央，表示关于在牧区进行镇反的决定是他作出的，责任不在王震。毛泽东大怒，严厉指责了邓力群，并两次指示习仲勋将邓力群开除出党。不过习仲勋对此事因“特殊原因”作了冷处理，并未将邓力群开除出党，而只是暂时降级了事。后来王震对于邓力群仗义执言的行为非常感激，二人成为了密友。到了80年代时，王震还鼎力推荐邓力群出任中共中央总书记。
1952年7月，根据毛泽东的指示，刘少奇批转《关于加强党中央办事机构的意见》，决定将各大区中央局书记调到中央以加强领导。于是，东北局书记高岗、西南局第一书记邓小平、西北局第二书记习仲勋、中南局第二书记邓子恢、华东局第一书记饶漱石相继进京任职，时称“五马进京”。习仲勋是当年9月奉召进京的，在毛泽东的亲点下调任中共中央宣传部部长兼政务院文化教育委员会副主任、党组书记。习仲勋时年39岁的，在进京的“五马”中，他是最年轻的一位。此前的中宣部长是陆定一，习仲勋来了之后便降职为副部长。陆定一在党内资格较老，长期管宣传工作。然而毛泽东对陆定一不太满意，坚持中宣部的班子要动一动。习仲勋觉得自己的资历比较浅，而且没有专门负责过宣传工作，当陆定一的上级不妥，因此当面向毛泽东表达了自己的顾虑。然而毛泽东早已看好习仲勋。他曾特意向时任中央财政经济委员会第一副主任的薄一波问过对习仲勋的看法。薄一波当时回答：“年轻有为。”毛泽东则肯定地说：“如今（习仲勋）已经炉火纯青。”因此，毛泽东要求习仲勋挑起中宣部长的担子，并鼓励说：“你没有做过宣传工作，做上一段，掌握了宣传工作的规律，不就可以当了嘛！而且还能够做得好。”
习仲勋走马上任后，对副部长陆定一很尊重，而陆定一也对自己的地位处之泰然，积极配合习仲勋的工作。这一时期，习仲勋主持制定了“整顿提高、重点发展、提高质量、稳步前进”的16字方针，规划指导了建国初期的文教工作。1953年9月，习仲勋又调任中央人民政府政务院（后为国务院）秘书长，协助总理周恩来工作。
1954年初，“高饶事件”爆发，中央人民政府计划委员会主席高岗和中共中央组织部部长饶漱石被打成“反党联盟”，就此倒台。关于“高饶事件”相关著作汗牛充栋，在此就不赘述了。这个事件不但恶化了建国初期的政治生态，还牵连错整了一批东北和华东的干部，影响相当深远。习仲勋作为高岗的亲密战友和西北革命现存的主要代表人物之一，在当时的处境是很敏感的。不过毛泽东刻意保护了习仲勋，将他与高岗切割开来，并让习仲勋代表中央去和高岗接触。后来高岗熬不住而自杀身亡，中央还布置习仲勋向高岗的亲属和身边工作人员收集揭发材料。对于高岗之死，习仲勋是同情的，感到中央处理过重，他曾对刘景范和高岗的遗孀李力群说了一句话：“把高岗问题处理的那么严重，看他给陕北人民咋交待！”在李力群被迫写揭发材料时，习仲勋还向她强调要尽可能少牵连他人，并把其已经写好的上有彭德怀、贺龙等人名字的材料撕毁。到了十几年后的文革期间，习仲勋被打成“三反分子”，上述行为也被揭发出来，自然是罪加一等，再踏上了一只脚。
1955年解放军实行军衔制时，习仲勋因已转行政而与其擦肩而过。否则，以他1949年中央人民政府人民革命军事委员会委员的级别，授予上将都不能说高，恐怕要往大将堆里奔了。
老习也算是建国后陕北山头上的大佬了