超级军网《日军大本营》 （日） 森松俊夫著(ZT)
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《日军大本营》 （日） 森松俊夫著
第一章、军队中央机构的设立和扩充
第一节、明治建军初期军队的中枢机构
德川幕府将国家大政归还天皇之后，于庆应3年12月9日（1868年1月3日）宣布恢复王政成立明治新政府，军事大权归还天皇。
翌年1月，仁和寺宫嘉彰亲王（明治3年改名东伏见宫，明治15年改名小松宫彰仁）被任命为军事总裁、征讨大将军，在乌羽、伏见讨伐了拥戴德川庆喜的会津和桑名的藩兵。接着于2月有栖川宫炽仁亲王被任命为东征大总督，进行了戊辰之役。由此可见，天皇的军事权是委任大将军或大总督行使的。但是，这个时期天皇还没有直属部队，总督也只能指挥控制各藩的军队，而且中央军事机构也十分软弱。
军队的中央机构
庆应4年（1868年）1月，新政府的中央军事机构，按三职（总裁、议定、参与）七科的职制，设立了海陆军务科，议定岩仓具视、仁和寺宫嘉彰亲王、岛津忠义被任命为诲陆军务总督，统管海陆军的训练、守卫和军务。这就是明治建军时期中央军事机构的雏形。
此后不久于2月又改为三职八事务局。八事务局中设立了军防事务局。军防事务局首脑称为军防事务局督，由嘉彰亲王任此职。这一职务与脑海军科基本相同，军务处理机关的组织系统终于就给。
但是这一年的闰四月又进行了官制改革，规定了太政官制。太政官包括七个官职：议定、行政、神邸、会计、军务、外国、刑法。确立了强有力的中央集权，规定了司法、立法、行政三权的分立。军务官下辖海军局、陆军局两个局和筑城司、兵船司、兵器司、马政司四个司，嘉彰亲王继续担任长官-军务官知事处理海陆军的军务。
庆应4年（1868年）9月8日，改年号为明治，10月13日天皇把皇居设于东京城（江户城）。
明治2年（1869年）7月，修改了太政官制，废除了三权分立制度，平行设置了神邸官和太政官。太政官实行二官六省制，即设左大臣、右大臣各一人，以及民部、大藏、兵部、刑部、宫内、外务六个省。太政官直接辅佐天皇处理国政，各省则是分组业务的实施机关。
兵部省下设卿、大辅、少辅、大丞及其他职员，海陆军分别设上、中、少将，其首脑兵部卿负责处理海陆军一切军务。第一任兵部卿是嘉彰亲王。兵部省最初设在京都，明治2年12月迁至东京，地址在皇居和田仓门外鸟取藩邸（三宅坂）。
明治3年（187O年）2月，兵部省内设置海军局、陆军局。海军局负责处理有关军舰、运输船、各藩舰船、海军操练所、海军设施等事务；陆军局负责处理有关陆军的一切军务。从此海陆军实质上已各成系统。
明治4年（1871年）7月，对太政官制进行了大幅度的改革，太政官由正院、友院、右院组成，正院由太政大臣、左右大臣和参议构成，总揽立法、司法和行政大权，位居各省长官之上辅佐天皇。三条实美任太政大臣，总揽政治、军事大权是天皇的最高辅佐者。
太政宫下辖大藏、工部、兵部、司法、宫内、外务、文部等七个省，各省的组织机构进行了整顿和扩充。兵部省长官仍是兵部卿，负责处理“陆海军兵力的扩充、海防、守备、讨伐、派遣、兵学、操练”等事务，并进一步明确规定了其职权范围包括军政和军令两个方面。还第一次明文规定担任兵部卿者其“原军衔需为少将以上”，并实行武官专任制。炽仁亲王取代益彰亲王就任兵部卿。
兵部省内分别设立了海陆军专管军务的机构。海军部设有秘史局、军务局、造船局、水路局、会计局，陆军部设有秘史局、军务局、炮兵局、筑造局、会计局。
当时兵部省办公厅设在皇宫和田仓门外，而海军的有关部局多数在筑地地区，这里是德川幕府海军设施旧址。兵部省分为海陆军省的主要原因是，海陆军军务不断扩大和复杂化两者合在一起不方便，以及当时诲陆军独立的趋势所迫。
陆军省和海军省的分立：
明治5年（1872年）3月，撤销兵部省，设立了陆军省和海军省。这两个省除均设有卿和大辅之外，基本上承袭了兵部省陆军部和海军部的组织机构。
陆军省和海军省成立时，陆海军卿的职位本来空缺，胜安芳为第一任海军大辅，不久就成为第一任海军卿。原兵部大辅山县有朋转任陆军大辅，接着出任第一任陆军卿。这个时期陆海军卿的任用资格无明确规定，就任时，胜安芳是文官，山县有朋是陆军中将。
陆海军省分立是为适应陆海军扩充发展的要求和提高工作效率。但在它的背景中，却有当政者重视军事的思想和藩阀等陆海军中坚势力的对立情绪起着潜在的作用。
一直沿用的“海陆军”也改称为“陆海军”了。此后，陆军省和海军省都在逐步地改革和整顿自己的机构。根据明治9年（1876年）1月制定的陆军省官职及事务章程，“陆军省管理有关陆军兵马的一切事务”，规定陆军卿“由将官担任”，其职权是“统率陆军所属的军人和文职人员，总管一切事务。”
根据海军省官职及事务章程，海军省“管理有关海军战舰的一切事务”，海军卿的资格无明文规定，其职权是“统率海军所属的军人和文职人员，总管一切事务。”
这一时期天皇直辖的军队寥寥无几。戊辰之役之后，军权实际上仍在藩主手中。明治4年（1871年）2月才由萨摩、长州、土佐三个藩提供的1万名兵士编成天皇直辖的陆军军队。同年撤销藩设置县，并建立了东京、大阪、镇西、东北4个镇台。明治6年（1873年）1月又增投了两个镇台，同年末兵力已达31680人。
另外还组建了一支舰队，由各藩奉献、购入和接收德川幕府的军舰编成。明治5年（1872年）2月海军省设置之日，它管理的大小舰船共17艘，13837吨，明治8年（1875年）6月已有23艘舰艇，约1.8万吨。
讨伐总督：
如上所述，陆海军的军政、军令是通达各自的一元化组织机构实的，天皇的军事大权又在太政大臣辅佐下行使。但是、在佐贺之乱、远征台湾和西南战争中，陆海军一切军事事务以及将官以下人事安排均交由文官讨伐总督承办。
明治7年（1874年）2月，前参议江藤新平等发动佐贺叛乱，参议内务卿大久保利通立即被派往现处于以镇压。这一时期，大久保不仅握有司法和行政大权，而且天皇还赋予他在军政、军令上也可发号施令的权限。此后，东伏见官嘉彰亲王被任命为讨伐总督，有关讨伐的陆海军一切军事事务以至人事、募兵、编制等均委任总督承办。
明治10年（1877年）2月，西乡隆盛等人在鹿儿岛举兵北上，讨伐总督有栖川宫炽仁亲王也受权承办陆海军有关讨伐的一切军事以及人事事务。此次战争期间，天皇赴京都，由陆军中将鸟尾小弥太指挥了行宫的军人。
讨伐总督的这种军事行为，在上述权限内，不需要太政大臣的铺佐，也不允许陆海军卿干预。这件事实表明，征发生事变以及战时，将新产生一个独立于太政大臣和陆海军卿的军事机关，造成政治和军事一元化组织的破坏，这是需要重新研究以往的军事组织的一个原因。
第二节 参谋部的独立
陆军参谋局：
在明治4年（1871年）7月改革兵部省编制体制过程中，设立了陆军参谋局，作为省内的一个特别局。参谋局是掌管军令的专门机构，它“以大辅为都督”，“参与筹划机密事务，编辑兵要地志以及管理谍报事宜”，它的成立表明专管军令的机构出现了独立的萌芽。
明治5年（1872年）2月陆海军省分立时，陆军参谋局这—组织仍保留了下来。但在翌年4月陆军省机构改革中，被列为陆军省的内局，即第六局，成为一个主管陆军文库的军事研究机关，而不再是掌管军令的机关。大多数军令事务由第一局负责。
这一时期，军令、军政的区分尚不明确，处于政令合或混淆状态因而军制上也出现徘徊不定的局面。
明治7年（1874年）2月，第六局撤消，设立了参谋局，作为陆军省的外局。这是这一时期随着改变名称而采取的临时性措施。其职权仍是管理陆军文库。但到6月，又新制订了参谋局条例，重新规定它是掌管军令的机关，从而向陆军二元他军事组织体制迈出了第一步。
参谋局条例规定，参谋局长隶属于陆军卿，“要熟悉日本全陆军的法规制度，明确军事战略以负责参与对机密事务的筹划；平时熟悉地理，了解地志，战时运筹帷幄，确定部署，限定路程，区分战略”。
随之于9月制定了陆军省组织章程，规定参谋局的职责是“管理陆军参谋科事务和陆军文库。”
如上所述，在佐贸之乱和西南战争中，讨伐总督受权处理了陆海军一切军事事务。但是，此种情况促使当局重新考虑对文官总督同时授予军政两种权限的弊病。鉴于此次作战的经验，痛感确立作战部队的指挥系统，提高参谋能力的必要。从而认识到，在军事上必须从平时就确立军令系统建立，提高其地位的相应组织，并使之制度化。
德国军制引入日本，给认为军事一元化组织体制不适当的人以很大影响，日本陆军自创建以来，一直抄袭法国军队。但到这一时期当德国在1871年普法战争中打败法国成为强国以后，出现了要仿效德国军制的倾向。德国军队在国家中的地位很高，其军制是军政、军令各成体系。日本热心倡导这种军制的，是多年留学德国、研究该国军制的桂太郎，大力推行这种军制的是山县有朋。
除上述军事上的理由之外，还有另外一种考虑，为防止当时迅速发展的自由民权运动波及到军队，必须把军队以及军人和政治分开，确立军队政治上的中立。当时的政府首脑们对军队现状感到忧虑，为迅速改编和加强军队，确立天皇对军队的实际统率权，他们赞同军令机关的独立。
明治新政府虽采取政治和军事一体化的组织形式，但实际上却是两者混淆，军政不分的状态因而有一种潜在的势力要求迅速把政权和兵权分开，确立各自的主体性。尤其在军队的领导者中，有强烈要求提高军队地位的倾向。
由于上述原因，要求设立天皇直辖的军令机关的意见占据了上风，但这种意见还不够具体，以致在尚未充分研究设立一个什么样的组织的情况下就决定了成立新机构。
天皇直辖的参谋部的设立：
明治11年（1878年）10月，陆军省以陆军卿西乡从道的名义把扩充参谋局的建议呈交太政官。该建议主张首先把陆军的军务分为军政和军令，军政归陆军省，军令由参谋局负责，参谋局的任务极为重要，因而必须扩充参谋局，把它从陆军省独立出来，置于政府行政范围之外。这一要求得到认可，遂于12月5日撤销参谋局，设立了天皇直辖的参谋部。
参谋部的独立，意味着只有陆军军令机关脱离了当时以太政大臣为最高领导的政府机构。这是继陆海军省分立之后的又一项重大改革。
当时制定的参谋部条例规定，参谋部统帅近卫部队和各镇台的参谋部（第一条），参谋长根据赦命由一名将官担任，统管部务，参与筹划机密事务”（第二条），作为天皇在陆军军令方面的最高参谋长负责处理规定的军令事项。
条例还规定了参谋长平时和战时的任务（第四至六条）．特别要求战时在一切有关军令事务上直接辅佐天皇。所谓一切军令即包括整个陆海军。这意味着参谋长就是战时天皇的参谋长。但由于条文不完备这一点没有明文规定，以致给后来造成了麻烦。
参谋部下没—个科和两个局，即总务科、管东局、管西局。
参谋部独立后，不仅要明确参谋部和陆军省的权限，防止发生争议，同时还必须圆满解决两者的协调问题。为此陆军省制定了《本省与本部权限之大略》，作了内部规定。
12月24日，陆军中将兼陆军卿、参议山县有朋被免去陆军卿职务，任命为第一任参谋长但仍继续兼任参议，借以加强政府与参谋部的联系。这时陆军中将西乡从道任陆军卿。在成立参谋部时，陆军中将大山岩任副参谋长作了人事上的协调。
明治12年（1879年）10月，陆军组织体制进行了全面改革。规范参谋长“管辖陆军参谋科的军官，并统管关于军事战略方面的兵要地志，凡与军令有关者，均由参谋长筹划，上奏天皇裁决后，由陆军卿负责实施。”从而明确了参谋长的职责、天皇与陆军卿之间的关系。
监军总部：
参谋部成立后不久，于同年12月13日在东京新设立了由天皇直辖的监军总部，负责全陆军的监督及军令事项的贯彻监军总部也是在军令机关独立形势的影响下而一举创设的，它的前身是陆军三兵部（1871-1873年设置）。
监军总部未任命部长，下设东部监军部、中部监军部、西部监军部，各监军部长隶属于天皇，平时分管两个军管区（管辖两个镇台）的监督和军令事项，熟悉其管辖地区的地理，战时作为师司令官（师长）统率两个镇台（常备现役2个旅和1个后备队）。
监军部长也独立于太政大臣、陆军卿和参谋长。因此，参谋长、监军部长所管辖的军令事项无需太政大臣的辅佐便可实施。但监军部长所执行的事项，则全部由天皇在参谋长辅佐下行使军令大权，因而在军令方面已确立了比以往更加明确和系统的体制。
监军总部成立时，任命了陆军中将谷干城为东部监军部长，陆军中将野律镇维为中部监军部长，陆军中将三浦梧楼任西部监军部长，从而完善了统帅机构。
海军的中央军令机关：
明治4年（1871年）7月陆军参谋局作为兵部省内的一个特别局成立时，海军还没有与此相当的机构。军令方面的业务由兵部省海军部内的海军军务局负责。明治5年（1872年）2月设立海军省的时候及其以后，仍然如此。同年12月颁布海军省条例，这个条例规定，军务局“掌管海军文武官员的调查和军事上的各种事务”。
军务局在明治7年（1874年）5月至明治9年（1876年）8月撤销，在这一时期先后由海军省军事科和海军省事务科履行海军中央军令机构的职能。
明治11年（1878年）12月，陆军的参谋部脱离陆军省而独立。而海军却仍然由海军卿负责并掌握军政和军令全部大权，末进行这方面的机构改革。这个时期，海军舰艇还很少，海军组建专门的中央军令机关的必要性不大。《日军大本营》 （日） 森松俊夫著
第一章、军队中央机构的设立和扩充
第一节、明治建军初期军队的中枢机构
德川幕府将国家大政归还天皇之后，于庆应3年12月9日（1868年1月3日）宣布恢复王政成立明治新政府，军事大权归还天皇。
翌年1月，仁和寺宫嘉彰亲王（明治3年改名东伏见宫，明治15年改名小松宫彰仁）被任命为军事总裁、征讨大将军，在乌羽、伏见讨伐了拥戴德川庆喜的会津和桑名的藩兵。接着于2月有栖川宫炽仁亲王被任命为东征大总督，进行了戊辰之役。由此可见，天皇的军事权是委任大将军或大总督行使的。但是，这个时期天皇还没有直属部队，总督也只能指挥控制各藩的军队，而且中央军事机构也十分软弱。
军队的中央机构
庆应4年（1868年）1月，新政府的中央军事机构，按三职（总裁、议定、参与）七科的职制，设立了海陆军务科，议定岩仓具视、仁和寺宫嘉彰亲王、岛津忠义被任命为诲陆军务总督，统管海陆军的训练、守卫和军务。这就是明治建军时期中央军事机构的雏形。
此后不久于2月又改为三职八事务局。八事务局中设立了军防事务局。军防事务局首脑称为军防事务局督，由嘉彰亲王任此职。这一职务与脑海军科基本相同，军务处理机关的组织系统终于就给。
但是这一年的闰四月又进行了官制改革，规定了太政官制。太政官包括七个官职：议定、行政、神邸、会计、军务、外国、刑法。确立了强有力的中央集权，规定了司法、立法、行政三权的分立。军务官下辖海军局、陆军局两个局和筑城司、兵船司、兵器司、马政司四个司，嘉彰亲王继续担任长官-军务官知事处理海陆军的军务。
庆应4年（1868年）9月8日，改年号为明治，10月13日天皇把皇居设于东京城（江户城）。
明治2年（1869年）7月，修改了太政官制，废除了三权分立制度，平行设置了神邸官和太政官。太政官实行二官六省制，即设左大臣、右大臣各一人，以及民部、大藏、兵部、刑部、宫内、外务六个省。太政官直接辅佐天皇处理国政，各省则是分组业务的实施机关。
兵部省下设卿、大辅、少辅、大丞及其他职员，海陆军分别设上、中、少将，其首脑兵部卿负责处理海陆军一切军务。第一任兵部卿是嘉彰亲王。兵部省最初设在京都，明治2年12月迁至东京，地址在皇居和田仓门外鸟取藩邸（三宅坂）。
明治3年（187O年）2月，兵部省内设置海军局、陆军局。海军局负责处理有关军舰、运输船、各藩舰船、海军操练所、海军设施等事务；陆军局负责处理有关陆军的一切军务。从此海陆军实质上已各成系统。
明治4年（1871年）7月，对太政官制进行了大幅度的改革，太政官由正院、友院、右院组成，正院由太政大臣、左右大臣和参议构成，总揽立法、司法和行政大权，位居各省长官之上辅佐天皇。三条实美任太政大臣，总揽政治、军事大权是天皇的最高辅佐者。
太政宫下辖大藏、工部、兵部、司法、宫内、外务、文部等七个省，各省的组织机构进行了整顿和扩充。兵部省长官仍是兵部卿，负责处理“陆海军兵力的扩充、海防、守备、讨伐、派遣、兵学、操练”等事务，并进一步明确规定了其职权范围包括军政和军令两个方面。还第一次明文规定担任兵部卿者其“原军衔需为少将以上”，并实行武官专任制。炽仁亲王取代益彰亲王就任兵部卿。
兵部省内分别设立了海陆军专管军务的机构。海军部设有秘史局、军务局、造船局、水路局、会计局，陆军部设有秘史局、军务局、炮兵局、筑造局、会计局。
当时兵部省办公厅设在皇宫和田仓门外，而海军的有关部局多数在筑地地区，这里是德川幕府海军设施旧址。兵部省分为海陆军省的主要原因是，海陆军军务不断扩大和复杂化两者合在一起不方便，以及当时诲陆军独立的趋势所迫。
陆军省和海军省的分立：
明治5年（1872年）3月，撤销兵部省，设立了陆军省和海军省。这两个省除均设有卿和大辅之外，基本上承袭了兵部省陆军部和海军部的组织机构。
陆军省和海军省成立时，陆海军卿的职位本来空缺，胜安芳为第一任海军大辅，不久就成为第一任海军卿。原兵部大辅山县有朋转任陆军大辅，接着出任第一任陆军卿。这个时期陆海军卿的任用资格无明确规定，就任时，胜安芳是文官，山县有朋是陆军中将。
陆海军省分立是为适应陆海军扩充发展的要求和提高工作效率。但在它的背景中，却有当政者重视军事的思想和藩阀等陆海军中坚势力的对立情绪起着潜在的作用。
一直沿用的“海陆军”也改称为“陆海军”了。此后，陆军省和海军省都在逐步地改革和整顿自己的机构。根据明治9年（1876年）1月制定的陆军省官职及事务章程，“陆军省管理有关陆军兵马的一切事务”，规定陆军卿“由将官担任”，其职权是“统率陆军所属的军人和文职人员，总管一切事务。”
根据海军省官职及事务章程，海军省“管理有关海军战舰的一切事务”，海军卿的资格无明文规定，其职权是“统率海军所属的军人和文职人员，总管一切事务。”
这一时期天皇直辖的军队寥寥无几。戊辰之役之后，军权实际上仍在藩主手中。明治4年（1871年）2月才由萨摩、长州、土佐三个藩提供的1万名兵士编成天皇直辖的陆军军队。同年撤销藩设置县，并建立了东京、大阪、镇西、东北4个镇台。明治6年（1873年）1月又增投了两个镇台，同年末兵力已达31680人。
另外还组建了一支舰队，由各藩奉献、购入和接收德川幕府的军舰编成。明治5年（1872年）2月海军省设置之日，它管理的大小舰船共17艘，13837吨，明治8年（1875年）6月已有23艘舰艇，约1.8万吨。
讨伐总督：
如上所述，陆海军的军政、军令是通达各自的一元化组织机构实的，天皇的军事大权又在太政大臣辅佐下行使。但是、在佐贺之乱、远征台湾和西南战争中，陆海军一切军事事务以及将官以下人事安排均交由文官讨伐总督承办。
明治7年（1874年）2月，前参议江藤新平等发动佐贺叛乱，参议内务卿大久保利通立即被派往现处于以镇压。这一时期，大久保不仅握有司法和行政大权，而且天皇还赋予他在军政、军令上也可发号施令的权限。此后，东伏见官嘉彰亲王被任命为讨伐总督，有关讨伐的陆海军一切军事事务以至人事、募兵、编制等均委任总督承办。
明治10年（1877年）2月，西乡隆盛等人在鹿儿岛举兵北上，讨伐总督有栖川宫炽仁亲王也受权承办陆海军有关讨伐的一切军事以及人事事务。此次战争期间，天皇赴京都，由陆军中将鸟尾小弥太指挥了行宫的军人。
讨伐总督的这种军事行为，在上述权限内，不需要太政大臣的铺佐，也不允许陆海军卿干预。这件事实表明，征发生事变以及战时，将新产生一个独立于太政大臣和陆海军卿的军事机关，造成政治和军事一元化组织的破坏，这是需要重新研究以往的军事组织的一个原因。
第二节 参谋部的独立
陆军参谋局：
在明治4年（1871年）7月改革兵部省编制体制过程中，设立了陆军参谋局，作为省内的一个特别局。参谋局是掌管军令的专门机构，它“以大辅为都督”，“参与筹划机密事务，编辑兵要地志以及管理谍报事宜”，它的成立表明专管军令的机构出现了独立的萌芽。
明治5年（1872年）2月陆海军省分立时，陆军参谋局这—组织仍保留了下来。但在翌年4月陆军省机构改革中，被列为陆军省的内局，即第六局，成为一个主管陆军文库的军事研究机关，而不再是掌管军令的机关。大多数军令事务由第一局负责。
这一时期，军令、军政的区分尚不明确，处于政令合或混淆状态因而军制上也出现徘徊不定的局面。
明治7年（1874年）2月，第六局撤消，设立了参谋局，作为陆军省的外局。这是这一时期随着改变名称而采取的临时性措施。其职权仍是管理陆军文库。但到6月，又新制订了参谋局条例，重新规定它是掌管军令的机关，从而向陆军二元他军事组织体制迈出了第一步。
参谋局条例规定，参谋局长隶属于陆军卿，“要熟悉日本全陆军的法规制度，明确军事战略以负责参与对机密事务的筹划；平时熟悉地理，了解地志，战时运筹帷幄，确定部署，限定路程，区分战略”。
随之于9月制定了陆军省组织章程，规定参谋局的职责是“管理陆军参谋科事务和陆军文库。”
如上所述，在佐贸之乱和西南战争中，讨伐总督受权处理了陆海军一切军事事务。但是，此种情况促使当局重新考虑对文官总督同时授予军政两种权限的弊病。鉴于此次作战的经验，痛感确立作战部队的指挥系统，提高参谋能力的必要。从而认识到，在军事上必须从平时就确立军令系统建立，提高其地位的相应组织，并使之制度化。
德国军制引入日本，给认为军事一元化组织体制不适当的人以很大影响，日本陆军自创建以来，一直抄袭法国军队。但到这一时期当德国在1871年普法战争中打败法国成为强国以后，出现了要仿效德国军制的倾向。德国军队在国家中的地位很高，其军制是军政、军令各成体系。日本热心倡导这种军制的，是多年留学德国、研究该国军制的桂太郎，大力推行这种军制的是山县有朋。
除上述军事上的理由之外，还有另外一种考虑，为防止当时迅速发展的自由民权运动波及到军队，必须把军队以及军人和政治分开，确立军队政治上的中立。当时的政府首脑们对军队现状感到忧虑，为迅速改编和加强军队，确立天皇对军队的实际统率权，他们赞同军令机关的独立。
明治新政府虽采取政治和军事一体化的组织形式，但实际上却是两者混淆，军政不分的状态因而有一种潜在的势力要求迅速把政权和兵权分开，确立各自的主体性。尤其在军队的领导者中，有强烈要求提高军队地位的倾向。
由于上述原因，要求设立天皇直辖的军令机关的意见占据了上风，但这种意见还不够具体，以致在尚未充分研究设立一个什么样的组织的情况下就决定了成立新机构。
天皇直辖的参谋部的设立：
明治11年（1878年）10月，陆军省以陆军卿西乡从道的名义把扩充参谋局的建议呈交太政官。该建议主张首先把陆军的军务分为军政和军令，军政归陆军省，军令由参谋局负责，参谋局的任务极为重要，因而必须扩充参谋局，把它从陆军省独立出来，置于政府行政范围之外。这一要求得到认可，遂于12月5日撤销参谋局，设立了天皇直辖的参谋部。
参谋部的独立，意味着只有陆军军令机关脱离了当时以太政大臣为最高领导的政府机构。这是继陆海军省分立之后的又一项重大改革。
当时制定的参谋部条例规定，参谋部统帅近卫部队和各镇台的参谋部（第一条），参谋长根据赦命由一名将官担任，统管部务，参与筹划机密事务”（第二条），作为天皇在陆军军令方面的最高参谋长负责处理规定的军令事项。
条例还规定了参谋长平时和战时的任务（第四至六条）．特别要求战时在一切有关军令事务上直接辅佐天皇。所谓一切军令即包括整个陆海军。这意味着参谋长就是战时天皇的参谋长。但由于条文不完备这一点没有明文规定，以致给后来造成了麻烦。
参谋部下没—个科和两个局，即总务科、管东局、管西局。
参谋部独立后，不仅要明确参谋部和陆军省的权限，防止发生争议，同时还必须圆满解决两者的协调问题。为此陆军省制定了《本省与本部权限之大略》，作了内部规定。
12月24日，陆军中将兼陆军卿、参议山县有朋被免去陆军卿职务，任命为第一任参谋长但仍继续兼任参议，借以加强政府与参谋部的联系。这时陆军中将西乡从道任陆军卿。在成立参谋部时，陆军中将大山岩任副参谋长作了人事上的协调。
明治12年（1879年）10月，陆军组织体制进行了全面改革。规范参谋长“管辖陆军参谋科的军官，并统管关于军事战略方面的兵要地志，凡与军令有关者，均由参谋长筹划，上奏天皇裁决后，由陆军卿负责实施。”从而明确了参谋长的职责、天皇与陆军卿之间的关系。
监军总部：
参谋部成立后不久，于同年12月13日在东京新设立了由天皇直辖的监军总部，负责全陆军的监督及军令事项的贯彻监军总部也是在军令机关独立形势的影响下而一举创设的，它的前身是陆军三兵部（1871-1873年设置）。
监军总部未任命部长，下设东部监军部、中部监军部、西部监军部，各监军部长隶属于天皇，平时分管两个军管区（管辖两个镇台）的监督和军令事项，熟悉其管辖地区的地理，战时作为师司令官（师长）统率两个镇台（常备现役2个旅和1个后备队）。
监军部长也独立于太政大臣、陆军卿和参谋长。因此，参谋长、监军部长所管辖的军令事项无需太政大臣的辅佐便可实施。但监军部长所执行的事项，则全部由天皇在参谋长辅佐下行使军令大权，因而在军令方面已确立了比以往更加明确和系统的体制。
监军总部成立时，任命了陆军中将谷干城为东部监军部长，陆军中将野律镇维为中部监军部长，陆军中将三浦梧楼任西部监军部长，从而完善了统帅机构。
海军的中央军令机关：
明治4年（1871年）7月陆军参谋局作为兵部省内的一个特别局成立时，海军还没有与此相当的机构。军令方面的业务由兵部省海军部内的海军军务局负责。明治5年（1872年）2月设立海军省的时候及其以后，仍然如此。同年12月颁布海军省条例，这个条例规定，军务局“掌管海军文武官员的调查和军事上的各种事务”。
军务局在明治7年（1874年）5月至明治9年（1876年）8月撤销，在这一时期先后由海军省军事科和海军省事务科履行海军中央军令机构的职能。
明治11年（1878年）12月，陆军的参谋部脱离陆军省而独立。而海军却仍然由海军卿负责并掌握军政和军令全部大权，末进行这方面的机构改革。这个时期，海军舰艇还很少，海军组建专门的中央军令机关的必要性不大。
第一章、军队中央机构的设立和扩充
第一节、明治建军初期军队的中枢机构
德川幕府将国家大政归还天皇之后，于庆应3年12月9日（1868年1月3日）宣布恢复王政成立明治新政府，军事大权归还天皇。
翌年1月，仁和寺宫嘉彰亲王（明治3年改名东伏见宫，明治15年改名小松宫彰仁）被任命为军事总裁、征讨大将军，在乌羽、伏见讨伐了拥戴德川庆喜的会津和桑名的藩兵。接着于2月有栖川宫炽仁亲王被任命为东征大总督，进行了戊辰之役。由此可见，天皇的军事权是委任大将军或大总督行使的。但是，这个时期天皇还没有直属部队，总督也只能指挥控制各藩的军队，而且中央军事机构也十分软弱。
军队的中央机构
庆应4年（1868年）1月，新政府的中央军事机构，按三职（总裁、议定、参与）七科的职制，设立了海陆军务科，议定岩仓具视、仁和寺宫嘉彰亲王、岛津忠义被任命为诲陆军务总督，统管海陆军的训练、守卫和军务。这就是明治建军时期中央军事机构的雏形。
此后不久于2月又改为三职八事务局。八事务局中设立了军防事务局。军防事务局首脑称为军防事务局督，由嘉彰亲王任此职。这一职务与脑海军科基本相同，军务处理机关的组织系统终于就给。
但是这一年的闰四月又进行了官制改革，规定了太政官制。太政官包括七个官职：议定、行政、神邸、会计、军务、外国、刑法。确立了强有力的中央集权，规定了司法、立法、行政三权的分立。军务官下辖海军局、陆军局两个局和筑城司、兵船司、兵器司、马政司四个司，嘉彰亲王继续担任长官-军务官知事处理海陆军的军务。
庆应4年（1868年）9月8日，改年号为明治，10月13日天皇把皇居设于东京城（江户城）。
明治2年（1869年）7月，修改了太政官制，废除了三权分立制度，平行设置了神邸官和太政官。太政官实行二官六省制，即设左大臣、右大臣各一人，以及民部、大藏、兵部、刑部、宫内、外务六个省。太政官直接辅佐天皇处理国政，各省则是分组业务的实施机关。
兵部省下设卿、大辅、少辅、大丞及其他职员，海陆军分别设上、中、少将，其首脑兵部卿负责处理海陆军一切军务。第一任兵部卿是嘉彰亲王。兵部省最初设在京都，明治2年12月迁至东京，地址在皇居和田仓门外鸟取藩邸（三宅坂）。
明治3年（187O年）2月，兵部省内设置海军局、陆军局。海军局负责处理有关军舰、运输船、各藩舰船、海军操练所、海军设施等事务；陆军局负责处理有关陆军的一切军务。从此海陆军实质上已各成系统。
明治4年（1871年）7月，对太政官制进行了大幅度的改革，太政官由正院、友院、右院组成，正院由太政大臣、左右大臣和参议构成，总揽立法、司法和行政大权，位居各省长官之上辅佐天皇。三条实美任太政大臣，总揽政治、军事大权是天皇的最高辅佐者。
太政宫下辖大藏、工部、兵部、司法、宫内、外务、文部等七个省，各省的组织机构进行了整顿和扩充。兵部省长官仍是兵部卿，负责处理“陆海军兵力的扩充、海防、守备、讨伐、派遣、兵学、操练”等事务，并进一步明确规定了其职权范围包括军政和军令两个方面。还第一次明文规定担任兵部卿者其“原军衔需为少将以上”，并实行武官专任制。炽仁亲王取代益彰亲王就任兵部卿。
兵部省内分别设立了海陆军专管军务的机构。海军部设有秘史局、军务局、造船局、水路局、会计局，陆军部设有秘史局、军务局、炮兵局、筑造局、会计局。
当时兵部省办公厅设在皇宫和田仓门外，而海军的有关部局多数在筑地地区，这里是德川幕府海军设施旧址。兵部省分为海陆军省的主要原因是，海陆军军务不断扩大和复杂化两者合在一起不方便，以及当时诲陆军独立的趋势所迫。
陆军省和海军省的分立：
明治5年（1872年）3月，撤销兵部省，设立了陆军省和海军省。这两个省除均设有卿和大辅之外，基本上承袭了兵部省陆军部和海军部的组织机构。
陆军省和海军省成立时，陆海军卿的职位本来空缺，胜安芳为第一任海军大辅，不久就成为第一任海军卿。原兵部大辅山县有朋转任陆军大辅，接着出任第一任陆军卿。这个时期陆海军卿的任用资格无明确规定，就任时，胜安芳是文官，山县有朋是陆军中将。
陆海军省分立是为适应陆海军扩充发展的要求和提高工作效率。但在它的背景中，却有当政者重视军事的思想和藩阀等陆海军中坚势力的对立情绪起着潜在的作用。
一直沿用的“海陆军”也改称为“陆海军”了。此后，陆军省和海军省都在逐步地改革和整顿自己的机构。根据明治9年（1876年）1月制定的陆军省官职及事务章程，“陆军省管理有关陆军兵马的一切事务”，规定陆军卿“由将官担任”，其职权是“统率陆军所属的军人和文职人员，总管一切事务。”
根据海军省官职及事务章程，海军省“管理有关海军战舰的一切事务”，海军卿的资格无明文规定，其职权是“统率海军所属的军人和文职人员，总管一切事务。”
这一时期天皇直辖的军队寥寥无几。戊辰之役之后，军权实际上仍在藩主手中。明治4年（1871年）2月才由萨摩、长州、土佐三个藩提供的1万名兵士编成天皇直辖的陆军军队。同年撤销藩设置县，并建立了东京、大阪、镇西、东北4个镇台。明治6年（1873年）1月又增投了两个镇台，同年末兵力已达31680人。
另外还组建了一支舰队，由各藩奉献、购入和接收德川幕府的军舰编成。明治5年（1872年）2月海军省设置之日，它管理的大小舰船共17艘，13837吨，明治8年（1875年）6月已有23艘舰艇，约1.8万吨。
讨伐总督：
如上所述，陆海军的军政、军令是通达各自的一元化组织机构实的，天皇的军事大权又在太政大臣辅佐下行使。但是、在佐贺之乱、远征台湾和西南战争中，陆海军一切军事事务以及将官以下人事安排均交由文官讨伐总督承办。
明治7年（1874年）2月，前参议江藤新平等发动佐贺叛乱，参议内务卿大久保利通立即被派往现处于以镇压。这一时期，大久保不仅握有司法和行政大权，而且天皇还赋予他在军政、军令上也可发号施令的权限。此后，东伏见官嘉彰亲王被任命为讨伐总督，有关讨伐的陆海军一切军事事务以至人事、募兵、编制等均委任总督承办。
明治10年（1877年）2月，西乡隆盛等人在鹿儿岛举兵北上，讨伐总督有栖川宫炽仁亲王也受权承办陆海军有关讨伐的一切军事以及人事事务。此次战争期间，天皇赴京都，由陆军中将鸟尾小弥太指挥了行宫的军人。
讨伐总督的这种军事行为，在上述权限内，不需要太政大臣的铺佐，也不允许陆海军卿干预。这件事实表明，征发生事变以及战时，将新产生一个独立于太政大臣和陆海军卿的军事机关，造成政治和军事一元化组织的破坏，这是需要重新研究以往的军事组织的一个原因。
第二节 参谋部的独立
陆军参谋局：
在明治4年（1871年）7月改革兵部省编制体制过程中，设立了陆军参谋局，作为省内的一个特别局。参谋局是掌管军令的专门机构，它“以大辅为都督”，“参与筹划机密事务，编辑兵要地志以及管理谍报事宜”，它的成立表明专管军令的机构出现了独立的萌芽。
明治5年（1872年）2月陆海军省分立时，陆军参谋局这—组织仍保留了下来。但在翌年4月陆军省机构改革中，被列为陆军省的内局，即第六局，成为一个主管陆军文库的军事研究机关，而不再是掌管军令的机关。大多数军令事务由第一局负责。
这一时期，军令、军政的区分尚不明确，处于政令合或混淆状态因而军制上也出现徘徊不定的局面。
明治7年（1874年）2月，第六局撤消，设立了参谋局，作为陆军省的外局。这是这一时期随着改变名称而采取的临时性措施。其职权仍是管理陆军文库。但到6月，又新制订了参谋局条例，重新规定它是掌管军令的机关，从而向陆军二元他军事组织体制迈出了第一步。
参谋局条例规定，参谋局长隶属于陆军卿，“要熟悉日本全陆军的法规制度，明确军事战略以负责参与对机密事务的筹划；平时熟悉地理，了解地志，战时运筹帷幄，确定部署，限定路程，区分战略”。
随之于9月制定了陆军省组织章程，规定参谋局的职责是“管理陆军参谋科事务和陆军文库。”
如上所述，在佐贸之乱和西南战争中，讨伐总督受权处理了陆海军一切军事事务。但是，此种情况促使当局重新考虑对文官总督同时授予军政两种权限的弊病。鉴于此次作战的经验，痛感确立作战部队的指挥系统，提高参谋能力的必要。从而认识到，在军事上必须从平时就确立军令系统建立，提高其地位的相应组织，并使之制度化。
德国军制引入日本，给认为军事一元化组织体制不适当的人以很大影响，日本陆军自创建以来，一直抄袭法国军队。但到这一时期当德国在1871年普法战争中打败法国成为强国以后，出现了要仿效德国军制的倾向。德国军队在国家中的地位很高，其军制是军政、军令各成体系。日本热心倡导这种军制的，是多年留学德国、研究该国军制的桂太郎，大力推行这种军制的是山县有朋。
除上述军事上的理由之外，还有另外一种考虑，为防止当时迅速发展的自由民权运动波及到军队，必须把军队以及军人和政治分开，确立军队政治上的中立。当时的政府首脑们对军队现状感到忧虑，为迅速改编和加强军队，确立天皇对军队的实际统率权，他们赞同军令机关的独立。
明治新政府虽采取政治和军事一体化的组织形式，但实际上却是两者混淆，军政不分的状态因而有一种潜在的势力要求迅速把政权和兵权分开，确立各自的主体性。尤其在军队的领导者中，有强烈要求提高军队地位的倾向。
由于上述原因，要求设立天皇直辖的军令机关的意见占据了上风，但这种意见还不够具体，以致在尚未充分研究设立一个什么样的组织的情况下就决定了成立新机构。
天皇直辖的参谋部的设立：
明治11年（1878年）10月，陆军省以陆军卿西乡从道的名义把扩充参谋局的建议呈交太政官。该建议主张首先把陆军的军务分为军政和军令，军政归陆军省，军令由参谋局负责，参谋局的任务极为重要，因而必须扩充参谋局，把它从陆军省独立出来，置于政府行政范围之外。这一要求得到认可，遂于12月5日撤销参谋局，设立了天皇直辖的参谋部。
参谋部的独立，意味着只有陆军军令机关脱离了当时以太政大臣为最高领导的政府机构。这是继陆海军省分立之后的又一项重大改革。
当时制定的参谋部条例规定，参谋部统帅近卫部队和各镇台的参谋部（第一条），参谋长根据赦命由一名将官担任，统管部务，参与筹划机密事务”（第二条），作为天皇在陆军军令方面的最高参谋长负责处理规定的军令事项。
条例还规定了参谋长平时和战时的任务（第四至六条）．特别要求战时在一切有关军令事务上直接辅佐天皇。所谓一切军令即包括整个陆海军。这意味着参谋长就是战时天皇的参谋长。但由于条文不完备这一点没有明文规定，以致给后来造成了麻烦。
参谋部下没—个科和两个局，即总务科、管东局、管西局。
参谋部独立后，不仅要明确参谋部和陆军省的权限，防止发生争议，同时还必须圆满解决两者的协调问题。为此陆军省制定了《本省与本部权限之大略》，作了内部规定。
12月24日，陆军中将兼陆军卿、参议山县有朋被免去陆军卿职务，任命为第一任参谋长但仍继续兼任参议，借以加强政府与参谋部的联系。这时陆军中将西乡从道任陆军卿。在成立参谋部时，陆军中将大山岩任副参谋长作了人事上的协调。
明治12年（1879年）10月，陆军组织体制进行了全面改革。规范参谋长“管辖陆军参谋科的军官，并统管关于军事战略方面的兵要地志，凡与军令有关者，均由参谋长筹划，上奏天皇裁决后，由陆军卿负责实施。”从而明确了参谋长的职责、天皇与陆军卿之间的关系。
监军总部：
参谋部成立后不久，于同年12月13日在东京新设立了由天皇直辖的监军总部，负责全陆军的监督及军令事项的贯彻监军总部也是在军令机关独立形势的影响下而一举创设的，它的前身是陆军三兵部（1871-1873年设置）。
监军总部未任命部长，下设东部监军部、中部监军部、西部监军部，各监军部长隶属于天皇，平时分管两个军管区（管辖两个镇台）的监督和军令事项，熟悉其管辖地区的地理，战时作为师司令官（师长）统率两个镇台（常备现役2个旅和1个后备队）。
监军部长也独立于太政大臣、陆军卿和参谋长。因此，参谋长、监军部长所管辖的军令事项无需太政大臣的辅佐便可实施。但监军部长所执行的事项，则全部由天皇在参谋长辅佐下行使军令大权，因而在军令方面已确立了比以往更加明确和系统的体制。
监军总部成立时，任命了陆军中将谷干城为东部监军部长，陆军中将野律镇维为中部监军部长，陆军中将三浦梧楼任西部监军部长，从而完善了统帅机构。
海军的中央军令机关：
明治4年（1871年）7月陆军参谋局作为兵部省内的一个特别局成立时，海军还没有与此相当的机构。军令方面的业务由兵部省海军部内的海军军务局负责。明治5年（1872年）2月设立海军省的时候及其以后，仍然如此。同年12月颁布海军省条例，这个条例规定，军务局“掌管海军文武官员的调查和军事上的各种事务”。
军务局在明治7年（1874年）5月至明治9年（1876年）8月撤销，在这一时期先后由海军省军事科和海军省事务科履行海军中央军令机构的职能。
明治11年（1878年）12月，陆军的参谋部脱离陆军省而独立。而海军却仍然由海军卿负责并掌握军政和军令全部大权，末进行这方面的机构改革。这个时期，海军舰艇还很少，海军组建专门的中央军令机关的必要性不大。《日军大本营》 （日） 森松俊夫著
第一章、军队中央机构的设立和扩充
第一节、明治建军初期军队的中枢机构
德川幕府将国家大政归还天皇之后，于庆应3年12月9日（1868年1月3日）宣布恢复王政成立明治新政府，军事大权归还天皇。
翌年1月，仁和寺宫嘉彰亲王（明治3年改名东伏见宫，明治15年改名小松宫彰仁）被任命为军事总裁、征讨大将军，在乌羽、伏见讨伐了拥戴德川庆喜的会津和桑名的藩兵。接着于2月有栖川宫炽仁亲王被任命为东征大总督，进行了戊辰之役。由此可见，天皇的军事权是委任大将军或大总督行使的。但是，这个时期天皇还没有直属部队，总督也只能指挥控制各藩的军队，而且中央军事机构也十分软弱。
军队的中央机构
庆应4年（1868年）1月，新政府的中央军事机构，按三职（总裁、议定、参与）七科的职制，设立了海陆军务科，议定岩仓具视、仁和寺宫嘉彰亲王、岛津忠义被任命为诲陆军务总督，统管海陆军的训练、守卫和军务。这就是明治建军时期中央军事机构的雏形。
此后不久于2月又改为三职八事务局。八事务局中设立了军防事务局。军防事务局首脑称为军防事务局督，由嘉彰亲王任此职。这一职务与脑海军科基本相同，军务处理机关的组织系统终于就给。
但是这一年的闰四月又进行了官制改革，规定了太政官制。太政官包括七个官职：议定、行政、神邸、会计、军务、外国、刑法。确立了强有力的中央集权，规定了司法、立法、行政三权的分立。军务官下辖海军局、陆军局两个局和筑城司、兵船司、兵器司、马政司四个司，嘉彰亲王继续担任长官-军务官知事处理海陆军的军务。
庆应4年（1868年）9月8日，改年号为明治，10月13日天皇把皇居设于东京城（江户城）。
明治2年（1869年）7月，修改了太政官制，废除了三权分立制度，平行设置了神邸官和太政官。太政官实行二官六省制，即设左大臣、右大臣各一人，以及民部、大藏、兵部、刑部、宫内、外务六个省。太政官直接辅佐天皇处理国政，各省则是分组业务的实施机关。
兵部省下设卿、大辅、少辅、大丞及其他职员，海陆军分别设上、中、少将，其首脑兵部卿负责处理海陆军一切军务。第一任兵部卿是嘉彰亲王。兵部省最初设在京都，明治2年12月迁至东京，地址在皇居和田仓门外鸟取藩邸（三宅坂）。
明治3年（187O年）2月，兵部省内设置海军局、陆军局。海军局负责处理有关军舰、运输船、各藩舰船、海军操练所、海军设施等事务；陆军局负责处理有关陆军的一切军务。从此海陆军实质上已各成系统。
明治4年（1871年）7月，对太政官制进行了大幅度的改革，太政官由正院、友院、右院组成，正院由太政大臣、左右大臣和参议构成，总揽立法、司法和行政大权，位居各省长官之上辅佐天皇。三条实美任太政大臣，总揽政治、军事大权是天皇的最高辅佐者。
太政宫下辖大藏、工部、兵部、司法、宫内、外务、文部等七个省，各省的组织机构进行了整顿和扩充。兵部省长官仍是兵部卿，负责处理“陆海军兵力的扩充、海防、守备、讨伐、派遣、兵学、操练”等事务，并进一步明确规定了其职权范围包括军政和军令两个方面。还第一次明文规定担任兵部卿者其“原军衔需为少将以上”，并实行武官专任制。炽仁亲王取代益彰亲王就任兵部卿。
兵部省内分别设立了海陆军专管军务的机构。海军部设有秘史局、军务局、造船局、水路局、会计局，陆军部设有秘史局、军务局、炮兵局、筑造局、会计局。
当时兵部省办公厅设在皇宫和田仓门外，而海军的有关部局多数在筑地地区，这里是德川幕府海军设施旧址。兵部省分为海陆军省的主要原因是，海陆军军务不断扩大和复杂化两者合在一起不方便，以及当时诲陆军独立的趋势所迫。
陆军省和海军省的分立：
明治5年（1872年）3月，撤销兵部省，设立了陆军省和海军省。这两个省除均设有卿和大辅之外，基本上承袭了兵部省陆军部和海军部的组织机构。
陆军省和海军省成立时，陆海军卿的职位本来空缺，胜安芳为第一任海军大辅，不久就成为第一任海军卿。原兵部大辅山县有朋转任陆军大辅，接着出任第一任陆军卿。这个时期陆海军卿的任用资格无明确规定，就任时，胜安芳是文官，山县有朋是陆军中将。
陆海军省分立是为适应陆海军扩充发展的要求和提高工作效率。但在它的背景中，却有当政者重视军事的思想和藩阀等陆海军中坚势力的对立情绪起着潜在的作用。
一直沿用的“海陆军”也改称为“陆海军”了。此后，陆军省和海军省都在逐步地改革和整顿自己的机构。根据明治9年（1876年）1月制定的陆军省官职及事务章程，“陆军省管理有关陆军兵马的一切事务”，规定陆军卿“由将官担任”，其职权是“统率陆军所属的军人和文职人员，总管一切事务。”
根据海军省官职及事务章程，海军省“管理有关海军战舰的一切事务”，海军卿的资格无明文规定，其职权是“统率海军所属的军人和文职人员，总管一切事务。”
这一时期天皇直辖的军队寥寥无几。戊辰之役之后，军权实际上仍在藩主手中。明治4年（1871年）2月才由萨摩、长州、土佐三个藩提供的1万名兵士编成天皇直辖的陆军军队。同年撤销藩设置县，并建立了东京、大阪、镇西、东北4个镇台。明治6年（1873年）1月又增投了两个镇台，同年末兵力已达31680人。
另外还组建了一支舰队，由各藩奉献、购入和接收德川幕府的军舰编成。明治5年（1872年）2月海军省设置之日，它管理的大小舰船共17艘，13837吨，明治8年（1875年）6月已有23艘舰艇，约1.8万吨。
讨伐总督：
如上所述，陆海军的军政、军令是通达各自的一元化组织机构实的，天皇的军事大权又在太政大臣辅佐下行使。但是、在佐贺之乱、远征台湾和西南战争中，陆海军一切军事事务以及将官以下人事安排均交由文官讨伐总督承办。
明治7年（1874年）2月，前参议江藤新平等发动佐贺叛乱，参议内务卿大久保利通立即被派往现处于以镇压。这一时期，大久保不仅握有司法和行政大权，而且天皇还赋予他在军政、军令上也可发号施令的权限。此后，东伏见官嘉彰亲王被任命为讨伐总督，有关讨伐的陆海军一切军事事务以至人事、募兵、编制等均委任总督承办。
明治10年（1877年）2月，西乡隆盛等人在鹿儿岛举兵北上，讨伐总督有栖川宫炽仁亲王也受权承办陆海军有关讨伐的一切军事以及人事事务。此次战争期间，天皇赴京都，由陆军中将鸟尾小弥太指挥了行宫的军人。
讨伐总督的这种军事行为，在上述权限内，不需要太政大臣的铺佐，也不允许陆海军卿干预。这件事实表明，征发生事变以及战时，将新产生一个独立于太政大臣和陆海军卿的军事机关，造成政治和军事一元化组织的破坏，这是需要重新研究以往的军事组织的一个原因。
第二节 参谋部的独立
陆军参谋局：
在明治4年（1871年）7月改革兵部省编制体制过程中，设立了陆军参谋局，作为省内的一个特别局。参谋局是掌管军令的专门机构，它“以大辅为都督”，“参与筹划机密事务，编辑兵要地志以及管理谍报事宜”，它的成立表明专管军令的机构出现了独立的萌芽。
明治5年（1872年）2月陆海军省分立时，陆军参谋局这—组织仍保留了下来。但在翌年4月陆军省机构改革中，被列为陆军省的内局，即第六局，成为一个主管陆军文库的军事研究机关，而不再是掌管军令的机关。大多数军令事务由第一局负责。
这一时期，军令、军政的区分尚不明确，处于政令合或混淆状态因而军制上也出现徘徊不定的局面。
明治7年（1874年）2月，第六局撤消，设立了参谋局，作为陆军省的外局。这是这一时期随着改变名称而采取的临时性措施。其职权仍是管理陆军文库。但到6月，又新制订了参谋局条例，重新规定它是掌管军令的机关，从而向陆军二元他军事组织体制迈出了第一步。
参谋局条例规定，参谋局长隶属于陆军卿，“要熟悉日本全陆军的法规制度，明确军事战略以负责参与对机密事务的筹划；平时熟悉地理，了解地志，战时运筹帷幄，确定部署，限定路程，区分战略”。
随之于9月制定了陆军省组织章程，规定参谋局的职责是“管理陆军参谋科事务和陆军文库。”
如上所述，在佐贸之乱和西南战争中，讨伐总督受权处理了陆海军一切军事事务。但是，此种情况促使当局重新考虑对文官总督同时授予军政两种权限的弊病。鉴于此次作战的经验，痛感确立作战部队的指挥系统，提高参谋能力的必要。从而认识到，在军事上必须从平时就确立军令系统建立，提高其地位的相应组织，并使之制度化。
德国军制引入日本，给认为军事一元化组织体制不适当的人以很大影响，日本陆军自创建以来，一直抄袭法国军队。但到这一时期当德国在1871年普法战争中打败法国成为强国以后，出现了要仿效德国军制的倾向。德国军队在国家中的地位很高，其军制是军政、军令各成体系。日本热心倡导这种军制的，是多年留学德国、研究该国军制的桂太郎，大力推行这种军制的是山县有朋。
除上述军事上的理由之外，还有另外一种考虑，为防止当时迅速发展的自由民权运动波及到军队，必须把军队以及军人和政治分开，确立军队政治上的中立。当时的政府首脑们对军队现状感到忧虑，为迅速改编和加强军队，确立天皇对军队的实际统率权，他们赞同军令机关的独立。
明治新政府虽采取政治和军事一体化的组织形式，但实际上却是两者混淆，军政不分的状态因而有一种潜在的势力要求迅速把政权和兵权分开，确立各自的主体性。尤其在军队的领导者中，有强烈要求提高军队地位的倾向。
由于上述原因，要求设立天皇直辖的军令机关的意见占据了上风，但这种意见还不够具体，以致在尚未充分研究设立一个什么样的组织的情况下就决定了成立新机构。
天皇直辖的参谋部的设立：
明治11年（1878年）10月，陆军省以陆军卿西乡从道的名义把扩充参谋局的建议呈交太政官。该建议主张首先把陆军的军务分为军政和军令，军政归陆军省，军令由参谋局负责，参谋局的任务极为重要，因而必须扩充参谋局，把它从陆军省独立出来，置于政府行政范围之外。这一要求得到认可，遂于12月5日撤销参谋局，设立了天皇直辖的参谋部。
参谋部的独立，意味着只有陆军军令机关脱离了当时以太政大臣为最高领导的政府机构。这是继陆海军省分立之后的又一项重大改革。
当时制定的参谋部条例规定，参谋部统帅近卫部队和各镇台的参谋部（第一条），参谋长根据赦命由一名将官担任，统管部务，参与筹划机密事务”（第二条），作为天皇在陆军军令方面的最高参谋长负责处理规定的军令事项。
条例还规定了参谋长平时和战时的任务（第四至六条）．特别要求战时在一切有关军令事务上直接辅佐天皇。所谓一切军令即包括整个陆海军。这意味着参谋长就是战时天皇的参谋长。但由于条文不完备这一点没有明文规定，以致给后来造成了麻烦。
参谋部下没—个科和两个局，即总务科、管东局、管西局。
参谋部独立后，不仅要明确参谋部和陆军省的权限，防止发生争议，同时还必须圆满解决两者的协调问题。为此陆军省制定了《本省与本部权限之大略》，作了内部规定。
12月24日，陆军中将兼陆军卿、参议山县有朋被免去陆军卿职务，任命为第一任参谋长但仍继续兼任参议，借以加强政府与参谋部的联系。这时陆军中将西乡从道任陆军卿。在成立参谋部时，陆军中将大山岩任副参谋长作了人事上的协调。
明治12年（1879年）10月，陆军组织体制进行了全面改革。规范参谋长“管辖陆军参谋科的军官，并统管关于军事战略方面的兵要地志，凡与军令有关者，均由参谋长筹划，上奏天皇裁决后，由陆军卿负责实施。”从而明确了参谋长的职责、天皇与陆军卿之间的关系。
监军总部：
参谋部成立后不久，于同年12月13日在东京新设立了由天皇直辖的监军总部，负责全陆军的监督及军令事项的贯彻监军总部也是在军令机关独立形势的影响下而一举创设的，它的前身是陆军三兵部（1871-1873年设置）。
监军总部未任命部长，下设东部监军部、中部监军部、西部监军部，各监军部长隶属于天皇，平时分管两个军管区（管辖两个镇台）的监督和军令事项，熟悉其管辖地区的地理，战时作为师司令官（师长）统率两个镇台（常备现役2个旅和1个后备队）。
监军部长也独立于太政大臣、陆军卿和参谋长。因此，参谋长、监军部长所管辖的军令事项无需太政大臣的辅佐便可实施。但监军部长所执行的事项，则全部由天皇在参谋长辅佐下行使军令大权，因而在军令方面已确立了比以往更加明确和系统的体制。
监军总部成立时，任命了陆军中将谷干城为东部监军部长，陆军中将野律镇维为中部监军部长，陆军中将三浦梧楼任西部监军部长，从而完善了统帅机构。
海军的中央军令机关：
明治4年（1871年）7月陆军参谋局作为兵部省内的一个特别局成立时，海军还没有与此相当的机构。军令方面的业务由兵部省海军部内的海军军务局负责。明治5年（1872年）2月设立海军省的时候及其以后，仍然如此。同年12月颁布海军省条例，这个条例规定，军务局“掌管海军文武官员的调查和军事上的各种事务”。
军务局在明治7年（1874年）5月至明治9年（1876年）8月撤销，在这一时期先后由海军省军事科和海军省事务科履行海军中央军令机构的职能。
明治11年（1878年）12月，陆军的参谋部脱离陆军省而独立。而海军却仍然由海军卿负责并掌握军政和军令全部大权，末进行这方面的机构改革。这个时期，海军舰艇还很少，海军组建专门的中央军令机关的必要性不大。
第三节 陆海军军令机关的统一
陆海军军令机关的扩充：
参谋部在明治11年（1878年）成立之后，进行过数次改革，扩充了机构。明治15年（1882年）1月设立了海防局。海防局“负责研究海岸防御的方战拟制海防会议的议案，并监督炮台的构筑。”
从明治8年（1875年）起，陆海军省一直在讨论海岸防御问题，明治11年（1878年）至明治16年（1883年）还设立了“海岸防御调查委员会”。但在作为一个常设机构的问题上，陆海军没有就其管辖范围达成协议。因而陆军首先在参谋部内设立海防局，开始研究全国海岸防御的方法。
当时陆军已经着手东京湾的设防；海军也设置了镇守府，调整了海上防御的装备器材，调查了海防要点等。因此，陆海军有必要对海岸防御问题进行共同研究，根据统一计划采取措施。
鉴于上述情况，陆海军卿于明治17年（1884年）11月把新设“国防会议”的必要性上奏天皇。次年4月得到批准并颁布了国防会议条例。
国防会议“置于帷幄之中，审议关于国土防御之利害得失”，由皇族任议长，由陆海军老资格的将官组成。条例中规定陆海军卿列席本会议，但末明确与参谋长的关系。
这个会议的名称为“国防会议”，实际上是研究关于国土防御的问题。可能审议了全国防线的计划，镇台、营地、镇守府和军港等的设置，永备工事的构筑或撤销，铁路、电信、公路、河港的新建和改建等，但并末做出多大成绩。
国防会议的设置表明了密切协调陆海军的关系，统一军令机构的必要性。但并未维持多时，明治19年（1886年）3月设立陆海军联合参谋部之后，于同年12月就撤销了国防会议。
海军随着军备和各军事机构的扩大，于明治17年（1884年）2月撤销海军省军务局，作为海军省的一个外局又成立了军事部。至此第一次在海军卿之下成立了海军的专门军令机关。海军省军事部负责研究海军军事制度、舰队编制、海岸防御方法、舰船枪炮、水雷的利弊、水路情况等，还掌管军令、军事战略方面的有关事项。
关于军事部长的条款中规定，“部长由一名将官担论统管所属人员，总理部务”，“凡涉及军令或与军事战略有关之事宜，部长参与海军卿的筹划。”
军事部实质上是军务局的改组，但它作为负责军令的机关其性质有所变化。军务局负责军令、军政事务，而军事部的主要任务则是研究军事，负责军令和军事战略。另外军事部是海军省的外局，其地位和权限有所扩大和加强。它相当于明治7年（1874年）新成立的陆军参谋局，正如陆军参谋局后来发展为参谋部一样，军事部也具有将来独立的军令机关的性质。
军事部第一任部长仁礼景范少将，副部长内井上良馨大佐担任。
同年12月新制定的条例规定，军事部负责拟制军事计划，军事部将以往仅有的某些军政职能移交给新成立的总务局，使军事部作为军令机关的性质更加明确了。
军备的扩充和加强：
明治4年（1871年）日本制定新军事政策后，陆海军便把俄国作为假想敌国努力加强军备。由于国内各种紧迫问题的牵制，未能很快见到成效。而且这种军备是基于遭到俄国进攻时保卫本土的设想进行的，实际上当时日本还没有能力与外国军队较量，只保持在维持国内治安的水平上。
可是明治7年（1874年）台湾事件以来，开始与中国发生种种摩擦，特别是争夺朝鲜的市场控制权和政治上的势力范围。明治15年（1882年）汉城之变（反日政变。日中两国派兵镇压，此后中国对朝鲜的控制权得到加强）给日本政府以强烈刺激。从此，原来的对俄战备转为对华战备。
陆军于明治15年（1882年）制定了军备扩充计划，规定到明治18年（1885年）扩充至28个步兵团、7个骑兵营、7个野战炮兵团、7个工兵营、7个轻重兵营，并发展屯田兵的兵力。
海军于明治16年（1883年）以后8年间，着手装备42艘（其中新造32艘）舰艇，包括6艘大型舰（其中新造5艘）、12艘中型舰（其中新造8艘）、12艘小型舰（其中新造7艘）、12艘水雷炮舰（全部为新造）。
陆军在加强兵力的同肘，于明治18年（1885年）5月修改了镇台条例，把全国划分为7个军管区，各军管区设镇台。各军管区的常备部队，战时编成战列队和补充队，因此，战时兵力将增加一倍。
随着镇台条例的修改，监军总部撤消改称监军部，并制定了相应的条例。监军部由东部、中部、西部三个部组成，各部设监军。监军战时担任军长指挥2个常备师，平时直属天皇，管辖两个军管区，负责管辖范围内的军令、出兵准备和军队的点验等。
在进行上述军备扩充的同时，日本致力于调整国内政治体制，振兴工业。这个时期一些国家对日本的威胁日益严重。明治18年（1885年），法国舰队侵占了台湾的澎湖岛，英国舰队占领了朝鲜的巨文岛，俄国舰队时常出没于朝鲜近海，中国对日本的态度也使人感到忧虑。
为此于明治19年（1886年）在对马岛设立了警备队，开始在各地构筑炮台，布设水雷等，加紧进行海岸防御的准备。随着国际危机的加剧，日本也在认真地致力于国防建设。
内阁制度的建立：
政府力图建立一种行政机构，这种行政机构要适应未来立宪体制下责任制的政治体制，能处理复杂化的现代国家的一切事务。明治17年（1884年）3月以来，在伊藤博文领导下进行了研究并为此制定了行政机构的组织改革方案。
根据这一方案自明治4年（1871年）以来任职14年的太政大臣三条实美，于明治18年（1885年）12月22日上奏天皇，自行辞职，并奏请改变太政官制，采取内阁制。
奏章的中心内容是在太政官制度下，虽然参议在决定实际国策中起主要作用，但在制度上规定太政大臣和左右大臣是辅佐天皇的责任者，实际负责执行政务时各省卿只不过是隶属于太政大臣的副官，因而在执行政务的必须接受太政官的指示，逐渐地与现代国家的政务处理不相适应。因此应改变太政官居于各省之上的制度，组织内阁，在内阁中讨论政务并上奏天皇。各大臣直接辅佐天皇，同时又作为各省的长官而各就其职。各大臣中由一人负责内外事务，秉承天皇旨意，进行综合平衡和统一，强调了采取由天皇亲自裁决的体制。
上述奏章立即得到天皇批准，同—天废除太政大臣、左右大臣、参议和各省卿等官制，在宫内设置内大臣、宫内大臣和宫内顾问官，并由内阁总理大臣以及外务、内务、大藏、陆军、海军、司法、文部、农商务、通信等十位大臣组成内阁。
在建立内阁制度的同时，规定了《内阁职权》作为新内阁机构开展工作的准则。它主要规定了内阁总理大臣的职责。其中第一条规定，内阁总理大臣在各大臣中位居首席，负责上奏机要事务，秉承天皇旨意，指示大政方针，统管各行政部。第二条规定，内阁总理大臣可分析各行政部之成绩，要求其说明，并进行核实。太政大臣对各省长官有完全的指挥监督权，而内阁总理大臣却没有这样大的权力。
更重要的是，第六条对于参谋长的上奏（称“帷幄上奏”）作了如下阐述，规定了与统帅权的关系：各省大臣应经常向内阁总理大臣报告其主管事务的情况，如事关军事机密，可由参谋长立即上奏，但陆军大臣须将此事报告内阁总理大臣。
参谋长不是内阁中的成员，有关陆军的军令（统帅）事项，直接铺佐天皇。《内阁职权》在法制上也承认这一事项，并规定总理大臣通过上述方法，掌握情况。海军的军令事项，则可听取海军大臣的报高，与其他大臣的报告并无不同。
第一任内阁总理大臣伊藤博文。在新内阁成立后的明治18年（1885年）12月23日，向各大臣下达了“关于建立内阁制度的诏书”。诏书的宗旨是提高各省大臣的职责和地位，灵活有效地治理国家。后世人们将广泛议论实行内阁制度是否正确，但内阁成立时的想法即如上所述。
陆、海军省的改组：
基于内阁制度的建立，明治19年（1886年）2月，制定了各省的官制，作为各省的通则，同时制定了陆、海军省的官制。
陆军省由大臣官房、总务局、骑兵局、炮兵局、工兵局、会计局、医务局组成。陆军省官制第一条规定，陆军大臣的任务是“管理陆军军政，统辖军人和文职人员及雇员，监督所属各部”。
海军省由大臣官房、军务局、舰政局、会计局组成。海军省官制第一条规定，海军大臣“管理海军军政，统辖军人和文职人员及雇员，监督所属各部”。
此后，官制虽展屡改变，但上述关于陆海军大臣任务的条款却只是在字句上有少许修改，一直维持到太平洋战争结束时为止。内阁组织编制实行后，第一任陆军大臣陆军中将大山岩，海军大臣陆军中将西乡从道。
另外此次制定的陆海军官制第二条分别规定：“陆军省职员由军官任之”，“海军省职员除翻译官外均由军官任之”。如把大臣也解释为职员，那么可以说这一组官制规定了大臣的任职资格，采用了大臣武官制。但是，当时只规定为武备至于陆海军的区别、军衔等等均末作规定。大臣的任职资格，在后来的国家政治生活中成了一个很大的问题，不过当时并不是什么大问题。关于陆军卿，明治8年（1875年）规定为“将官”，明治12年（1879年）规定为“陆军将官”。到明治14年（1881年）便无明文规定了，这一次又规定为“武官”。关于海军卿，本来没有任职资格的规定，这一次才规定为“武官”（这一规定也于189O年3月修改海军省官制时删去）。
陆海军联合参谋部：
参谋部历来是陆军的中央军令机关，但明治19年（1886年）3月进行了根本的重大改革，成为陆海军联合的中央军令掌管机关。该机关在皇族参谋长之下，由陆海军将官各一人任副参谋长，辅佐参谋长，其下并列设置了陆军部和海军部。新参谋部条例的主要条款如下。
第一条 参谋部负责制定陆海军军事计划，统管各监军部、近卫、各镇台、各镇守府、各舰队的参谋部以及陆军大学、军用电信队。
第二条 根据敕命由一名皇族人士担任参谋长，统管部务，负责参与对机密事务的筹划。
第三条 两名副参谋长由陆海军将官担任，辅佐参谋长，分担部务。
第七条 战时，凡有关军令事宜均由参谋长参与筹划，天皇裁决之后，向监军即军长、舰队司令官、镇守府长官下达。
第八条 参谋部分为陆军部和海军部各部设置三个局，均由一名上校参谋任局长监督和管理其主管事务。
参谋长由旧参谋部的参谋长陆军上将有栖川官炽仁亲王担任，陆军中将曾我佑准、海军中将仁礼景范任副参谋长。参谋部陆军部代替了旧参谋部的职能，仍设在三宅坂，参谋部海军部代替了海军省军事部的职能，最初设在芝公园内的海军省旧地，不久就迁至赤坂葵町海军省院内的旧建筑物里，后又迁入海军省院内的新楼里。
从此，陆军部和海军部完全分开办公。参谋长经常在三宅坂工作，在葵町办公的时候也不少。
然而通过这次机构改革，一举实现了海军军令统辖机关的独立和陆海军军令统辖机关的联合。就是说，这时的军事组织，作为军政统辖机关是陆军省和海军省两个省，而军令统辖机关则两军合并实现了一元化。
海军采用军政、军令分开的组织形式是海军扩充军备和与之相应的各机关的膨胀所造成的。但也是要与陆军平起平坐的“陆海军并立”思想起作用的结果。
从用兵的角度看，陆海军军令统辖机关的联合，是一种理想的组织形式，从而进一步加强了统帅权独立的体制。但是，由于很难使参谋部内的陆海军取得统一和协调，因而便超越陆海军，任命不规定军人及军衔等资格的皇族出身的人担任参谋长，企图以此来达到统—的目的。这也是打算更加密切天皇和军队关系的一种表现。但是为了维持这一制度，就牵涉到必须找到胜任这一职务的皇族的问题。
军令和军政问题密切相关，实际上在很多方面是重复的，因而必须明确陆海军省和参谋部间的权限和责任。为比在设立新的参谋部的同时，伊藤博文首相就这一问题向参谋长以及陆相和海相下达了“省部权限概要”的通令。
海军军令机关独立尚属首次，因此于明治19年（1886年）4月，根据敕命制定了如下海军条例。
第一条 凡有关军令事宜，均由参谋长筹划上奏，天皇裁决后，由海军大臣实施。
第二条 战时，天皇裁决的军令，应立即向镇守府司令长官或特别任命的司令官下达并与统帅部相互通报，保持不间断的联系。
第三条 海军的军政，根据海军省官制由海军大臣掌管。
这是一个很重要的条例，它明确规定了过去海军大臣所掌管的军令事项均转交参谋长管理。从此，海军也采用了与陆军同样的体制。
军事参议官：
明治20年（1887年）5月，新制定了军事参议会条例，规定军事参议官“置于帷幄之中，审议有关军事的利害得失。”即军事参议官是直属天皇的军事审议机关，它象前边提到的国防会议一样没有把审议结果直接付诸实施的权力。国防会议负责审议有关国土防御的利害得失，而军事参议官负责审议整个军事方面的利害得失，因而它的权限比国防会议大得多。它的作用如果发挥得当，是会有利于陆海军的统一的。
军事参议官是现职的陆海军大臣、参谋长和监军，并不是另行任命军事参议官。也末确定议长和副仅长。这一点与国防会议不同。它是在军政、军令方面负责辅佐天皇的最高当权者的联络会议。
在设置上述军事参议官的5月31日，制定了监军部条例。规定监军部设监军一人，由上将或中将担任，宜扇天皇，负责统—“规划陆军军队的训练”。此时的监军部是以后的教育总监部的前身，其性质与过去的监军部大相径庭。
监军由内务大臣、陆军中将山县有朋兼任。这样一来，陆军省、参谋部、监军部同成为陆军最高的三大机关。
参军有栖川宫：
在参谋部成立两年多以后，于明治21年（1889年）5月，制定了使这些机构升格的参军制。历来的参谋长不仅是参谋部的长官，而已是天皇的总参谋长，因此把这一名称改为“参军”，把参谋部陆、海军部分别升格为陆军参谋部、海军参谋部，各由一名陆、海军将官担任参谋长，辅佐参军管理部务。
参军是“帝国全军的参谋长”，“由一名皇族上、中将担任”，直属天皇，“运筹于帷幄之中；负责拟定出兵计划、国防和作战计划。”参与计划战略上的一切军令，天皇裁决后平时立即向陆、海军大臣下达，战时由参军向师长、舰队司令官、镇守府司令长官或特别任命的司令官传达督促其实施。
在制定参军制的同时，还制定了陆军参谋部条例和海军参谋部条例，规定陆军参谋部负责制定陆军军事计划，海军参谋部负责制定海军军事计划，各参谋长统管部内的一切事务，并对参军负责。陆军上将有栖川宫炽仁亲王担任参军，陆军中将小泽武雄和海军中将仁礼景范分别担任陆军参谋长和海军参谋长。
在制定上述参军制的5月14日，陆军制定了师司令部条例，撤销镇台，设置了师。师长直属天皇，统帅师防区内的军队，处理军事方面的各种事务。因此，他负责师防区内军队的出动准备、征兵、属下部队的培训等一切有关军政、军令、教育等军事工作。
陆军先前设立了监军部，鉴于改革师的编制和整顿财政的必要性，对参谋部的组织改革问题进行了研究。其间组织机构又升格，便形成了上述的组织体系。而《参谋部历史草案》（参谋部文书）中，对改变职务名称的理由如下如下记述：
“大元帅的参谋总长即参军，作为军事参议官之—，参与最高统帅部机密事务的筹划。他所负贡范围内的事务涉及到陆军和海军，因而必须设置各部自己的办事处。管理各部事务、辅佐参军的，是现在的副参谋长。故把副参谋长的名称改为参谋长使其分担陆海军各参谋部的事务。
在参军制下，设立了陆军和海军参谋部，为精简机构，内部组织由三个局改为两个局，但其职能并没有多大变化。由于改变了职称和升格，两个参谋部的责任更重了。这也可以看作陆海军对立的萌芽。
为了避免这种内部对立，参军制明文规定由一名“皇族上、中将”任参军负有“帝国全军参谋长”的职克并树立了其权威地位。为使陆海军协调统一，规定了由“皇族”任首席长官的附加任职条件。迄今，
国防会议议长、参谋长、参军等职就是这种军制的体现。幸而这些职务均有适宜的人选。但其缺点是，没有合适的人选，这一制度就无法实行。在任命参军之后，这种制度再没有继续下去。
参军这一名称是从法军教范中抄袭来的。法军把统帅数军的指挥官的参谋长叫作参军。
陆海军军令机关的扩充：
参谋部在明治11年（1878年）成立之后，进行过数次改革，扩充了机构。明治15年（1882年）1月设立了海防局。海防局“负责研究海岸防御的方战拟制海防会议的议案，并监督炮台的构筑。”
从明治8年（1875年）起，陆海军省一直在讨论海岸防御问题，明治11年（1878年）至明治16年（1883年）还设立了“海岸防御调查委员会”。但在作为一个常设机构的问题上，陆海军没有就其管辖范围达成协议。因而陆军首先在参谋部内设立海防局，开始研究全国海岸防御的方法。
当时陆军已经着手东京湾的设防；海军也设置了镇守府，调整了海上防御的装备器材，调查了海防要点等。因此，陆海军有必要对海岸防御问题进行共同研究，根据统一计划采取措施。
鉴于上述情况，陆海军卿于明治17年（1884年）11月把新设“国防会议”的必要性上奏天皇。次年4月得到批准并颁布了国防会议条例。
国防会议“置于帷幄之中，审议关于国土防御之利害得失”，由皇族任议长，由陆海军老资格的将官组成。条例中规定陆海军卿列席本会议，但末明确与参谋长的关系。
这个会议的名称为“国防会议”，实际上是研究关于国土防御的问题。可能审议了全国防线的计划，镇台、营地、镇守府和军港等的设置，永备工事的构筑或撤销，铁路、电信、公路、河港的新建和改建等，但并末做出多大成绩。
国防会议的设置表明了密切协调陆海军的关系，统一军令机构的必要性。但并未维持多时，明治19年（1886年）3月设立陆海军联合参谋部之后，于同年12月就撤销了国防会议。
海军随着军备和各军事机构的扩大，于明治17年（1884年）2月撤销海军省军务局，作为海军省的一个外局又成立了军事部。至此第一次在海军卿之下成立了海军的专门军令机关。海军省军事部负责研究海军军事制度、舰队编制、海岸防御方法、舰船枪炮、水雷的利弊、水路情况等，还掌管军令、军事战略方面的有关事项。
关于军事部长的条款中规定，“部长由一名将官担论统管所属人员，总理部务”，“凡涉及军令或与军事战略有关之事宜，部长参与海军卿的筹划。”
军事部实质上是军务局的改组，但它作为负责军令的机关其性质有所变化。军务局负责军令、军政事务，而军事部的主要任务则是研究军事，负责军令和军事战略。另外军事部是海军省的外局，其地位和权限有所扩大和加强。它相当于明治7年（1874年）新成立的陆军参谋局，正如陆军参谋局后来发展为参谋部一样，军事部也具有将来独立的军令机关的性质。
军事部第一任部长仁礼景范少将，副部长内井上良馨大佐担任。
同年12月新制定的条例规定，军事部负责拟制军事计划，军事部将以往仅有的某些军政职能移交给新成立的总务局，使军事部作为军令机关的性质更加明确了。
军备的扩充和加强：
明治4年（1871年）日本制定新军事政策后，陆海军便把俄国作为假想敌国努力加强军备。由于国内各种紧迫问题的牵制，未能很快见到成效。而且这种军备是基于遭到俄国进攻时保卫本土的设想进行的，实际上当时日本还没有能力与外国军队较量，只保持在维持国内治安的水平上。
可是明治7年（1874年）台湾事件以来，开始与中国发生种种摩擦，特别是争夺朝鲜的市场控制权和政治上的势力范围。明治15年（1882年）汉城之变（反日政变。日中两国派兵镇压，此后中国对朝鲜的控制权得到加强）给日本政府以强烈刺激。从此，原来的对俄战备转为对华战备。
陆军于明治15年（1882年）制定了军备扩充计划，规定到明治18年（1885年）扩充至28个步兵团、7个骑兵营、7个野战炮兵团、7个工兵营、7个轻重兵营，并发展屯田兵的兵力。
海军于明治16年（1883年）以后8年间，着手装备42艘（其中新造32艘）舰艇，包括6艘大型舰（其中新造5艘）、12艘中型舰（其中新造8艘）、12艘小型舰（其中新造7艘）、12艘水雷炮舰（全部为新造）。
陆军在加强兵力的同肘，于明治18年（1885年）5月修改了镇台条例，把全国划分为7个军管区，各军管区设镇台。各军管区的常备部队，战时编成战列队和补充队，因此，战时兵力将增加一倍。
随着镇台条例的修改，监军总部撤消改称监军部，并制定了相应的条例。监军部由东部、中部、西部三个部组成，各部设监军。监军战时担任军长指挥2个常备师，平时直属天皇，管辖两个军管区，负责管辖范围内的军令、出兵准备和军队的点验等。
在进行上述军备扩充的同时，日本致力于调整国内政治体制，振兴工业。这个时期一些国家对日本的威胁日益严重。明治18年（1885年），法国舰队侵占了台湾的澎湖岛，英国舰队占领了朝鲜的巨文岛，俄国舰队时常出没于朝鲜近海，中国对日本的态度也使人感到忧虑。
为此于明治19年（1886年）在对马岛设立了警备队，开始在各地构筑炮台，布设水雷等，加紧进行海岸防御的准备。随着国际危机的加剧，日本也在认真地致力于国防建设。
内阁制度的建立：
政府力图建立一种行政机构，这种行政机构要适应未来立宪体制下责任制的政治体制，能处理复杂化的现代国家的一切事务。明治17年（1884年）3月以来，在伊藤博文领导下进行了研究并为此制定了行政机构的组织改革方案。
根据这一方案自明治4年（1871年）以来任职14年的太政大臣三条实美，于明治18年（1885年）12月22日上奏天皇，自行辞职，并奏请改变太政官制，采取内阁制。
奏章的中心内容是在太政官制度下，虽然参议在决定实际国策中起主要作用，但在制度上规定太政大臣和左右大臣是辅佐天皇的责任者，实际负责执行政务时各省卿只不过是隶属于太政大臣的副官，因而在执行政务的必须接受太政官的指示，逐渐地与现代国家的政务处理不相适应。因此应改变太政官居于各省之上的制度，组织内阁，在内阁中讨论政务并上奏天皇。各大臣直接辅佐天皇，同时又作为各省的长官而各就其职。各大臣中由一人负责内外事务，秉承天皇旨意，进行综合平衡和统一，强调了采取由天皇亲自裁决的体制。
上述奏章立即得到天皇批准，同—天废除太政大臣、左右大臣、参议和各省卿等官制，在宫内设置内大臣、宫内大臣和宫内顾问官，并由内阁总理大臣以及外务、内务、大藏、陆军、海军、司法、文部、农商务、通信等十位大臣组成内阁。
在建立内阁制度的同时，规定了《内阁职权》作为新内阁机构开展工作的准则。它主要规定了内阁总理大臣的职责。其中第一条规定，内阁总理大臣在各大臣中位居首席，负责上奏机要事务，秉承天皇旨意，指示大政方针，统管各行政部。第二条规定，内阁总理大臣可分析各行政部之成绩，要求其说明，并进行核实。太政大臣对各省长官有完全的指挥监督权，而内阁总理大臣却没有这样大的权力。
更重要的是，第六条对于参谋长的上奏（称“帷幄上奏”）作了如下阐述，规定了与统帅权的关系：各省大臣应经常向内阁总理大臣报告其主管事务的情况，如事关军事机密，可由参谋长立即上奏，但陆军大臣须将此事报告内阁总理大臣。
参谋长不是内阁中的成员，有关陆军的军令（统帅）事项，直接铺佐天皇。《内阁职权》在法制上也承认这一事项，并规定总理大臣通过上述方法，掌握情况。海军的军令事项，则可听取海军大臣的报高，与其他大臣的报告并无不同。
第一任内阁总理大臣伊藤博文。在新内阁成立后的明治18年（1885年）12月23日，向各大臣下达了“关于建立内阁制度的诏书”。诏书的宗旨是提高各省大臣的职责和地位，灵活有效地治理国家。后世人们将广泛议论实行内阁制度是否正确，但内阁成立时的想法即如上所述。
陆、海军省的改组：
基于内阁制度的建立，明治19年（1886年）2月，制定了各省的官制，作为各省的通则，同时制定了陆、海军省的官制。
陆军省由大臣官房、总务局、骑兵局、炮兵局、工兵局、会计局、医务局组成。陆军省官制第一条规定，陆军大臣的任务是“管理陆军军政，统辖军人和文职人员及雇员，监督所属各部”。
海军省由大臣官房、军务局、舰政局、会计局组成。海军省官制第一条规定，海军大臣“管理海军军政，统辖军人和文职人员及雇员，监督所属各部”。
此后，官制虽展屡改变，但上述关于陆海军大臣任务的条款却只是在字句上有少许修改，一直维持到太平洋战争结束时为止。内阁组织编制实行后，第一任陆军大臣陆军中将大山岩，海军大臣陆军中将西乡从道。
另外此次制定的陆海军官制第二条分别规定：“陆军省职员由军官任之”，“海军省职员除翻译官外均由军官任之”。如把大臣也解释为职员，那么可以说这一组官制规定了大臣的任职资格，采用了大臣武官制。但是，当时只规定为武备至于陆海军的区别、军衔等等均末作规定。大臣的任职资格，在后来的国家政治生活中成了一个很大的问题，不过当时并不是什么大问题。关于陆军卿，明治8年（1875年）规定为“将官”，明治12年（1879年）规定为“陆军将官”。到明治14年（1881年）便无明文规定了，这一次又规定为“武官”。关于海军卿，本来没有任职资格的规定，这一次才规定为“武官”（这一规定也于189O年3月修改海军省官制时删去）。
陆海军联合参谋部：
参谋部历来是陆军的中央军令机关，但明治19年（1886年）3月进行了根本的重大改革，成为陆海军联合的中央军令掌管机关。该机关在皇族参谋长之下，由陆海军将官各一人任副参谋长，辅佐参谋长，其下并列设置了陆军部和海军部。新参谋部条例的主要条款如下。
第一条 参谋部负责制定陆海军军事计划，统管各监军部、近卫、各镇台、各镇守府、各舰队的参谋部以及陆军大学、军用电信队。
第二条 根据敕命由一名皇族人士担任参谋长，统管部务，负责参与对机密事务的筹划。
第三条 两名副参谋长由陆海军将官担任，辅佐参谋长，分担部务。
第七条 战时，凡有关军令事宜均由参谋长参与筹划，天皇裁决之后，向监军即军长、舰队司令官、镇守府长官下达。
第八条 参谋部分为陆军部和海军部各部设置三个局，均由一名上校参谋任局长监督和管理其主管事务。
参谋长由旧参谋部的参谋长陆军上将有栖川官炽仁亲王担任，陆军中将曾我佑准、海军中将仁礼景范任副参谋长。参谋部陆军部代替了旧参谋部的职能，仍设在三宅坂，参谋部海军部代替了海军省军事部的职能，最初设在芝公园内的海军省旧地，不久就迁至赤坂葵町海军省院内的旧建筑物里，后又迁入海军省院内的新楼里。
从此，陆军部和海军部完全分开办公。参谋长经常在三宅坂工作，在葵町办公的时候也不少。
然而通过这次机构改革，一举实现了海军军令统辖机关的独立和陆海军军令统辖机关的联合。就是说，这时的军事组织，作为军政统辖机关是陆军省和海军省两个省，而军令统辖机关则两军合并实现了一元化。
海军采用军政、军令分开的组织形式是海军扩充军备和与之相应的各机关的膨胀所造成的。但也是要与陆军平起平坐的“陆海军并立”思想起作用的结果。
从用兵的角度看，陆海军军令统辖机关的联合，是一种理想的组织形式，从而进一步加强了统帅权独立的体制。但是，由于很难使参谋部内的陆海军取得统一和协调，因而便超越陆海军，任命不规定军人及军衔等资格的皇族出身的人担任参谋长，企图以此来达到统—的目的。这也是打算更加密切天皇和军队关系的一种表现。但是为了维持这一制度，就牵涉到必须找到胜任这一职务的皇族的问题。
军令和军政问题密切相关，实际上在很多方面是重复的，因而必须明确陆海军省和参谋部间的权限和责任。为比在设立新的参谋部的同时，伊藤博文首相就这一问题向参谋长以及陆相和海相下达了“省部权限概要”的通令。
海军军令机关独立尚属首次，因此于明治19年（1886年）4月，根据敕命制定了如下海军条例。
第一条 凡有关军令事宜，均由参谋长筹划上奏，天皇裁决后，由海军大臣实施。
第二条 战时，天皇裁决的军令，应立即向镇守府司令长官或特别任命的司令官下达并与统帅部相互通报，保持不间断的联系。
第三条 海军的军政，根据海军省官制由海军大臣掌管。
这是一个很重要的条例，它明确规定了过去海军大臣所掌管的军令事项均转交参谋长管理。从此，海军也采用了与陆军同样的体制。
军事参议官：
明治20年（1887年）5月，新制定了军事参议会条例，规定军事参议官“置于帷幄之中，审议有关军事的利害得失。”即军事参议官是直属天皇的军事审议机关，它象前边提到的国防会议一样没有把审议结果直接付诸实施的权力。国防会议负责审议有关国土防御的利害得失，而军事参议官负责审议整个军事方面的利害得失，因而它的权限比国防会议大得多。它的作用如果发挥得当，是会有利于陆海军的统一的。
军事参议官是现职的陆海军大臣、参谋长和监军，并不是另行任命军事参议官。也末确定议长和副仅长。这一点与国防会议不同。它是在军政、军令方面负责辅佐天皇的最高当权者的联络会议。
在设置上述军事参议官的5月31日，制定了监军部条例。规定监军部设监军一人，由上将或中将担任，宜扇天皇，负责统—“规划陆军军队的训练”。此时的监军部是以后的教育总监部的前身，其性质与过去的监军部大相径庭。
监军由内务大臣、陆军中将山县有朋兼任。这样一来，陆军省、参谋部、监军部同成为陆军最高的三大机关。
参军有栖川宫：
在参谋部成立两年多以后，于明治21年（1889年）5月，制定了使这些机构升格的参军制。历来的参谋长不仅是参谋部的长官，而已是天皇的总参谋长，因此把这一名称改为“参军”，把参谋部陆、海军部分别升格为陆军参谋部、海军参谋部，各由一名陆、海军将官担任参谋长，辅佐参军管理部务。
参军是“帝国全军的参谋长”，“由一名皇族上、中将担任”，直属天皇，“运筹于帷幄之中；负责拟定出兵计划、国防和作战计划。”参与计划战略上的一切军令，天皇裁决后平时立即向陆、海军大臣下达，战时由参军向师长、舰队司令官、镇守府司令长官或特别任命的司令官传达督促其实施。
在制定参军制的同时，还制定了陆军参谋部条例和海军参谋部条例，规定陆军参谋部负责制定陆军军事计划，海军参谋部负责制定海军军事计划，各参谋长统管部内的一切事务，并对参军负责。陆军上将有栖川宫炽仁亲王担任参军，陆军中将小泽武雄和海军中将仁礼景范分别担任陆军参谋长和海军参谋长。
在制定上述参军制的5月14日，陆军制定了师司令部条例，撤销镇台，设置了师。师长直属天皇，统帅师防区内的军队，处理军事方面的各种事务。因此，他负责师防区内军队的出动准备、征兵、属下部队的培训等一切有关军政、军令、教育等军事工作。
陆军先前设立了监军部，鉴于改革师的编制和整顿财政的必要性，对参谋部的组织改革问题进行了研究。其间组织机构又升格，便形成了上述的组织体系。而《参谋部历史草案》（参谋部文书）中，对改变职务名称的理由如下如下记述：
“大元帅的参谋总长即参军，作为军事参议官之—，参与最高统帅部机密事务的筹划。他所负贡范围内的事务涉及到陆军和海军，因而必须设置各部自己的办事处。管理各部事务、辅佐参军的，是现在的副参谋长。故把副参谋长的名称改为参谋长使其分担陆海军各参谋部的事务。
在参军制下，设立了陆军和海军参谋部，为精简机构，内部组织由三个局改为两个局，但其职能并没有多大变化。由于改变了职称和升格，两个参谋部的责任更重了。这也可以看作陆海军对立的萌芽。
为了避免这种内部对立，参军制明文规定由一名“皇族上、中将”任参军负有“帝国全军参谋长”的职克并树立了其权威地位。为使陆海军协调统一，规定了由“皇族”任首席长官的附加任职条件。迄今，
国防会议议长、参谋长、参军等职就是这种军制的体现。幸而这些职务均有适宜的人选。但其缺点是，没有合适的人选，这一制度就无法实行。在任命参军之后，这种制度再没有继续下去。
参军这一名称是从法军教范中抄袭来的。法军把统帅数军的指挥官的参谋长叫作参军。
明治宪法下的内阁制度：
明治22年（1889年）2月11日，颁布了《大日本帝国宪法》（明治宪法）。这部宪法规定，在天皇独榄统治大权的前提下，立法、司法、行政三大机构原则上各自独立，帝国议会、法院、国务大臣分别处于决策地位。
宪法中未使用内阁这一称呼，只是在第55条中规定，“各国务大臣辅强天皇，各负其责”，“凡有关法律敕命及其他国务方面的诏书需再经国务大臣签字”。关于大臣的条款，更加强调他们是天皇的辅佐者，而不仅是行使行政权的责任者。但是关于国务大臣的辅佐问题，宪法并不是否定谋求统一和协调的机构，而是在与规定这一组织机构的《内阁官制》相关联的情况下产生的。
在即将施行宪法时，可能任下届首相的山县有朋与三条实美总理以及各国务大臣联合署名，提出了改革内阁制度的奏章。这是因为，上届内阁（首相黑田清隆）时，曾因条约修改方针问题，国内爆发了激烈的反对运动，政府内部也产生严重的意见分歧，首相无法控制局势，内阁不统一，造成了内阁总辞职。上述奏章为的是削弱总理的权限，相应地加强各省大臣的职责．发挥天皇的裁决作用，借助天皇的力量达到内阁的统一。
奏章被批准，明治22年（1889年）12月4日颁布了《内阁官制》。其中规定：
第一条 内阁由国务大臣组成。
第二条 内阁总理大臣为各大臣中之首席，负责上奏机要事务，秉承天皇旨意，保持行政各部之统一。
第四条 凡有关法律及一般行政上的诏书需再经内阁总理大臣和主任大臣署名；属于各省专管的行政事务的诏书，需经各省主任大臣署名。
建立内阁时制定的《内阁职权》中规定，首相“…秉承天皇旨意，指示大政方针，统管行政各部。”但此次改为“…秉承天皇旨意，保持行政各部之统一。”还则掉了首相可要求各省“…予以说明，并可进行核实”的条款。这意味着首相对各省大臣的权限削弱了，而天皇的直接影响则相对加强了。
与此同时，由于修改后规定属于各省专管的行政事务的诏书，需经各省主任大臣署名，因而各省大臣的责任加重了。第五条中列举了提交内阁会议讨论的事项，以下各条是为了内阁顺利开展工作而作的规定。
这种内阁官制，此后只有一些小的修改，一直与明治宪法同时并存。但问题是，后来在国家现代化特别是与战争有关的问题上，内阁和首相的权限对保持国家政治上的统一无能为力。
统帅权的独立：《大日本帝国宪法》中有下述条款：
第十一条 天皇统帅陆海军。
第十二条 天皇决定陆海军的编制和常备兵额。
这两条是军制的基础，第11条称为军令大权、统帅大权或“帷幄之大权”；第12条是规定天皇的军事大权的，称为编制大权或军政大权。
天皇行使军令大权，不受国务大臣的辅佐，主要由军令机关长官（颁布宪法时为参军，他是帝国全军的参谋长，明治22年3月陆海军联合的军令机关解体之后为参谋总长和管辖海军参谋部的海军大臣）进行帷幄辅佐，国务大臣不负其责（纯属军队指挥运用等统帅问题，称为狭义的统帅权独立）。
国务大臣的辅佐，宪法中有明文规定，但帷幄辅佐在宪法中却没有规定。因而这种轴佐只是一种内部关系，而对外，大权的行使则是以独立于一般国务的天皇亲自裁决的形式体现的。
关于编制大权的内容，伊藤博文在他的《宪法解说》中写道：“军队舰队的编制以及由管区负责的武器储备、供应、军人教育、点验、纪律、礼仪、服装规定、卫戍、城防及海防、港口守卫以及出兵准备等项。”但是，军令（单纯的统帅）和编制（军政）密切相关，并没有明确的界限，其中大部分被称为军令、军政相关事项，或共同事项。
《宪法解说》也谈到编制大权的行使主要由陆海军大臣（军部大臣）辅佐。但是在军令、军政的共同事项中，明显带有军事机密和军令性质的事项，不内政府负责而由军部大臣直接上奏天皇（即军部大臣的“帷幄上奏”），进行辅佐（包括单纯的统帅在内，称为广义的统帅权独立）。
颁布宪法的明治22年（1889年）末，即上述的12月24日，公布了《内阁官制》。其中第七条规定：“凡有关军事机密和军令问题上奏天皇，除按天皇旨意下发内阁之文书外，均需由陆军大臣、海军大臣向内阁总理大臣报告。”
在上述的《内阁职权》中规定，“凡有关军事机执由参谋长直接上奏，但陆军大臣需将其事向内阁总理大臣报告。”这个时期海军大臣掌管着军令和军政两方面的事务，而陆军则是参谋长直属于天皇。
军令和军政机关在组织上的关系，在制定《内阁官制》时也与上述情况一样，虽条文不同，但文意没有变化。在官制的条文中没有记载由谁负责就“军事机密和军令问题上奏天皇”，但“帷幄上奏”者是参谋总长和军部大臣，这一点却是明确的。
在宪法实行之前，统帅权独立被确认为国法上的一条原则，政府和统帅部相互独立，统帅权的行使由统帅机关掌握。《内阁官制》表明，宪法实际上承认这种事实。但是，《内阁官制》中所规定的“军事机密和军令事项”的范围不明确，因而在对它的解释上包含着将来发生问题的危险。
如上所述，明治宪法的基本精神是在天皇亲政下，实行国务和统帅两套马车的制度。因而国务和统帅在天皇统治下，如何保持协调一致这样一个政略和战略的统—问题是极为重要的。
陆海军军令机关的分离：
宪法颁布后不久即明治33年（1889年）3月7日，参军以及陆、海军两个参谋部被撤销，陆海军的军令机关分开，形成参谋部和海军参谋部两套组织，海军参谋部重归海军大臣管辖。这样—改，海军二元化的军政、军令组织恢复了一元化。
苦心经营了大约三年的联合中央军令机关为何解体，原因还不明确。但可能是，一名参军难以领导内容和性质显著不同的陆海军军令业务；海军对陆主海从的主导思想不满，海军参谋长不想在陆军出身的参军管辖之下；陆海两军的军令机关所在地相距甚远，不便于处理事务；海军的军令业务还很简单，加强与海军省的密切联系比设立独立的军令机关更必要。特别是海军方面强烈希望予以撤销。
海军参谋部在海军大臣领导下负责制定军事计划。因而，海军大臣除负责海军省官制中规定的业务之外，还“参与最高统帅部门对机密事务的筹划制定出兵、作战和海防计划”，管辖海军军政和军令两个机关。
当时的海军大臣西乡从道中将，伊藤绍吉少将任海军参谋长。
海军参谋部分离出去之后，陆军方面修改了参军官制，改称参谋部条例。其中规定，参谋部“设于东京，负责出兵、国防、作战计划并统管陆军参谋军备监督其教育，管辖陆军大学、陆地测量部。”参军改称为参谋总长把陆军参谋部前边的“陆军”二字去掉，恢复旧称。还规定参谋总长“是帝国全军的参谋总长，直属天皇，参与最高统帅部门对军务的筹划，管理参谋部的事务”。所谓“帝国全军的参谋总长”，是因为他履行“参军”的职责，是表明担任战时大本营参谋长的将官平时的职务名执而不是特意表明从手脚既管辖海军参谋部的。
条例规定“凡战略上有关军令事项，专由参谋总长掌管，运筹计划，经天皇裁决后，平时立即转交陆军大臣，战时由参谋总长向师长或特别任命的司令官下达，令其实行。”
从“凡战略上有关军令事宜…”这句话参毫无例外地涉及到陆海军一切军令问题，参谋总长在陆海军作战计划等重要军令问题上直接辅佐天皇，实施时则按陆海军各自的统帅系统进行。
这在法制上也存在不完善之处，表现在陆军方面把担任战时大本营参谋长的将官平时的职务名称在明治11年（1878年）定为参谋长，明治21年（1888年）称为参军，明治22年（1889年）以后又称为参谋总长。这是因为当时存在这样一种基本想法：必须由一个人担任战时大本营的参谋长来制定陆海军作战的重大计划和辅佐天皇，否则就无法实施领导。
但是，陆海军对这一解择的不同理解却为后来双方发生对立和纠纷埋下了一条祸根。
另外还规定参谋总长由“一名陆军上将或陆军中将”担任，则去了“皇族”这一资格的规定。其主要目的是把陆海军的军令机关分开，改变长期统一管理陆海军军令的制度，并纠正作为一种制度限定皇族这一身份的弊病，广泛地从老练杰出的将官中选拔称职者。
第一任参谋总长陆军上将有栖川宫炽仁亲王，副总参谋长陆军少将川上操六。
明治22年（1889年）2月11日，颁布了《大日本帝国宪法》（明治宪法）。这部宪法规定，在天皇独榄统治大权的前提下，立法、司法、行政三大机构原则上各自独立，帝国议会、法院、国务大臣分别处于决策地位。
宪法中未使用内阁这一称呼，只是在第55条中规定，“各国务大臣辅强天皇，各负其责”，“凡有关法律敕命及其他国务方面的诏书需再经国务大臣签字”。关于大臣的条款，更加强调他们是天皇的辅佐者，而不仅是行使行政权的责任者。但是关于国务大臣的辅佐问题，宪法并不是否定谋求统一和协调的机构，而是在与规定这一组织机构的《内阁官制》相关联的情况下产生的。
在即将施行宪法时，可能任下届首相的山县有朋与三条实美总理以及各国务大臣联合署名，提出了改革内阁制度的奏章。这是因为，上届内阁（首相黑田清隆）时，曾因条约修改方针问题，国内爆发了激烈的反对运动，政府内部也产生严重的意见分歧，首相无法控制局势，内阁不统一，造成了内阁总辞职。上述奏章为的是削弱总理的权限，相应地加强各省大臣的职责．发挥天皇的裁决作用，借助天皇的力量达到内阁的统一。
奏章被批准，明治22年（1889年）12月4日颁布了《内阁官制》。其中规定：
第一条 内阁由国务大臣组成。
第二条 内阁总理大臣为各大臣中之首席，负责上奏机要事务，秉承天皇旨意，保持行政各部之统一。
第四条 凡有关法律及一般行政上的诏书需再经内阁总理大臣和主任大臣署名；属于各省专管的行政事务的诏书，需经各省主任大臣署名。
建立内阁时制定的《内阁职权》中规定，首相“…秉承天皇旨意，指示大政方针，统管行政各部。”但此次改为“…秉承天皇旨意，保持行政各部之统一。”还则掉了首相可要求各省“…予以说明，并可进行核实”的条款。这意味着首相对各省大臣的权限削弱了，而天皇的直接影响则相对加强了。
与此同时，由于修改后规定属于各省专管的行政事务的诏书，需经各省主任大臣署名，因而各省大臣的责任加重了。第五条中列举了提交内阁会议讨论的事项，以下各条是为了内阁顺利开展工作而作的规定。
这种内阁官制，此后只有一些小的修改，一直与明治宪法同时并存。但问题是，后来在国家现代化特别是与战争有关的问题上，内阁和首相的权限对保持国家政治上的统一无能为力。
统帅权的独立：《大日本帝国宪法》中有下述条款：
第十一条 天皇统帅陆海军。
第十二条 天皇决定陆海军的编制和常备兵额。
这两条是军制的基础，第11条称为军令大权、统帅大权或“帷幄之大权”；第12条是规定天皇的军事大权的，称为编制大权或军政大权。
天皇行使军令大权，不受国务大臣的辅佐，主要由军令机关长官（颁布宪法时为参军，他是帝国全军的参谋长，明治22年3月陆海军联合的军令机关解体之后为参谋总长和管辖海军参谋部的海军大臣）进行帷幄辅佐，国务大臣不负其责（纯属军队指挥运用等统帅问题，称为狭义的统帅权独立）。
国务大臣的辅佐，宪法中有明文规定，但帷幄辅佐在宪法中却没有规定。因而这种轴佐只是一种内部关系，而对外，大权的行使则是以独立于一般国务的天皇亲自裁决的形式体现的。
关于编制大权的内容，伊藤博文在他的《宪法解说》中写道：“军队舰队的编制以及由管区负责的武器储备、供应、军人教育、点验、纪律、礼仪、服装规定、卫戍、城防及海防、港口守卫以及出兵准备等项。”但是，军令（单纯的统帅）和编制（军政）密切相关，并没有明确的界限，其中大部分被称为军令、军政相关事项，或共同事项。
《宪法解说》也谈到编制大权的行使主要由陆海军大臣（军部大臣）辅佐。但是在军令、军政的共同事项中，明显带有军事机密和军令性质的事项，不内政府负责而由军部大臣直接上奏天皇（即军部大臣的“帷幄上奏”），进行辅佐（包括单纯的统帅在内，称为广义的统帅权独立）。
颁布宪法的明治22年（1889年）末，即上述的12月24日，公布了《内阁官制》。其中第七条规定：“凡有关军事机密和军令问题上奏天皇，除按天皇旨意下发内阁之文书外，均需由陆军大臣、海军大臣向内阁总理大臣报告。”
在上述的《内阁职权》中规定，“凡有关军事机执由参谋长直接上奏，但陆军大臣需将其事向内阁总理大臣报告。”这个时期海军大臣掌管着军令和军政两方面的事务，而陆军则是参谋长直属于天皇。
军令和军政机关在组织上的关系，在制定《内阁官制》时也与上述情况一样，虽条文不同，但文意没有变化。在官制的条文中没有记载由谁负责就“军事机密和军令问题上奏天皇”，但“帷幄上奏”者是参谋总长和军部大臣，这一点却是明确的。
在宪法实行之前，统帅权独立被确认为国法上的一条原则，政府和统帅部相互独立，统帅权的行使由统帅机关掌握。《内阁官制》表明，宪法实际上承认这种事实。但是，《内阁官制》中所规定的“军事机密和军令事项”的范围不明确，因而在对它的解释上包含着将来发生问题的危险。
如上所述，明治宪法的基本精神是在天皇亲政下，实行国务和统帅两套马车的制度。因而国务和统帅在天皇统治下，如何保持协调一致这样一个政略和战略的统—问题是极为重要的。
陆海军军令机关的分离：
宪法颁布后不久即明治33年（1889年）3月7日，参军以及陆、海军两个参谋部被撤销，陆海军的军令机关分开，形成参谋部和海军参谋部两套组织，海军参谋部重归海军大臣管辖。这样—改，海军二元化的军政、军令组织恢复了一元化。
苦心经营了大约三年的联合中央军令机关为何解体，原因还不明确。但可能是，一名参军难以领导内容和性质显著不同的陆海军军令业务；海军对陆主海从的主导思想不满，海军参谋长不想在陆军出身的参军管辖之下；陆海两军的军令机关所在地相距甚远，不便于处理事务；海军的军令业务还很简单，加强与海军省的密切联系比设立独立的军令机关更必要。特别是海军方面强烈希望予以撤销。
海军参谋部在海军大臣领导下负责制定军事计划。因而，海军大臣除负责海军省官制中规定的业务之外，还“参与最高统帅部门对机密事务的筹划制定出兵、作战和海防计划”，管辖海军军政和军令两个机关。
当时的海军大臣西乡从道中将，伊藤绍吉少将任海军参谋长。
海军参谋部分离出去之后，陆军方面修改了参军官制，改称参谋部条例。其中规定，参谋部“设于东京，负责出兵、国防、作战计划并统管陆军参谋军备监督其教育，管辖陆军大学、陆地测量部。”参军改称为参谋总长把陆军参谋部前边的“陆军”二字去掉，恢复旧称。还规定参谋总长“是帝国全军的参谋总长，直属天皇，参与最高统帅部门对军务的筹划，管理参谋部的事务”。所谓“帝国全军的参谋总长”，是因为他履行“参军”的职责，是表明担任战时大本营参谋长的将官平时的职务名执而不是特意表明从手脚既管辖海军参谋部的。
条例规定“凡战略上有关军令事项，专由参谋总长掌管，运筹计划，经天皇裁决后，平时立即转交陆军大臣，战时由参谋总长向师长或特别任命的司令官下达，令其实行。”
从“凡战略上有关军令事宜…”这句话参毫无例外地涉及到陆海军一切军令问题，参谋总长在陆海军作战计划等重要军令问题上直接辅佐天皇，实施时则按陆海军各自的统帅系统进行。
这在法制上也存在不完善之处，表现在陆军方面把担任战时大本营参谋长的将官平时的职务名称在明治11年（1878年）定为参谋长，明治21年（1888年）称为参军，明治22年（1889年）以后又称为参谋总长。这是因为当时存在这样一种基本想法：必须由一个人担任战时大本营的参谋长来制定陆海军作战的重大计划和辅佐天皇，否则就无法实施领导。
但是，陆海军对这一解择的不同理解却为后来双方发生对立和纠纷埋下了一条祸根。
另外还规定参谋总长由“一名陆军上将或陆军中将”担任，则去了“皇族”这一资格的规定。其主要目的是把陆海军的军令机关分开，改变长期统一管理陆海军军令的制度，并纠正作为一种制度限定皇族这一身份的弊病，广泛地从老练杰出的将官中选拔称职者。
第一任参谋总长陆军上将有栖川宫炽仁亲王，副总参谋长陆军少将川上操六。
第二章 日中甲午战争和战时大本营
第一节 战时大本营条例的制定
成立海军参谋部的建议：
明治25年（1893年），日中两国之间乌云密布，陆军很快拟定了战时的各种编制，还对“战时大本营”的条例进行了研究。可是，同年11月，海军大臣仁礼景范向伊藤博文首相提交了一份意见书，要求撤销海军大臣管辖下的海军参谋部成立独立于海军省的“海军参谋部”。这份意见书的主要内容是，在军令的性质上，关于军事机密、军事战略问题，必须有一个与军事中的一般行政不同的规划。近时期，随着海军军备的扩充和加强，军令事务日趋复杂。因而，当务之急是将海军军令机关置于独立地位，扩大其职权．使之尽其职责，与军政密切协调，巩固海军军务的基础。
如上所述，海军这次要把军令、军政一元化组织恢复为二元化组织的主要动机是，海军兵力不断增加，军令事务日益繁杂。但从军事上说，大概有这样几条理由：根据近几年的经验，认为分设军令和军政两个机关在军事行政上比较适当；从宪法的条文上看，海军大臣也负责纯军令事务是处于特殊地位，采取与陆军的二元化组织相应的组织形式以发展与陆军相对等的机构和势力，等等。
当时，政府和政党间一直存在着严重的对立，政党把攻击的矛头指向海军提出了削减造舰费和改革海军的建议等各种问题。从这些事件中可以看出，海军为了摆脱议会干预其军令权，避免政治上的压力，促进了军政、军令机关分立的趋势。
明治26年（1893年），海军把海军参谋部条例草案提交陆军方面进行协商，末取得一致意见便提交内阁。内阁将这份条例草案上奏天皇，请求敕决。
由于海军参谋长的任务与参谋总长相同，因而明治天皇特别担心战时会发生纠葛，便垂问参谋总长有栖川宫炽仁亲王，要他以皇族中元老的身份陈述意见。炽仁亲王立即回奏说：“目前在设有参谋总长的情况下，如果再设一名海军参谋长直属于天皇，参与筹划最高统帅部门的军务，显然有时会因两个人的意图不一致，破坏陆海军作战计划统一。特别是在战时大本营中，设两个参谋长更有可能发生上述情况。或者说如果在大本营中要确定其中的一人为首席参谋长，那么平时设两名参谋长就毫无意义。陆海军平时的编制必然考虑战时的情况而定。在战时大本营中拟制陆海军作战计划的参谋长，如果不由历来规定的参谋总长担任，将导致难以预料的后患。”
这份意见书呈送数日后，天皇再次垂问有栖川宫。于是有栖川宫又呈递第二份意见书回奏天皇：
“陆海军必须协调一致，在一个方针的指导下行动。有一种说法要陆海军平起平坐地负责国防，可是这是难以实现的。为达到协调一致的目的，必须明确以陆海军中的某一方为主。从我国国防需要上说，显而易见应确定陆主海从的原则。从平时起就按这一原则整理军备，战时大本营的参谋长，必须是陆军的参谋总长。”
参谋总长有栖川宫的这种意见与上述仁礼海军大臣的建议是针锋相对的。因而天皇越发感到问题的严重性，于是下达敕令，让以下各位长官开会协商“海军参谋部”的设置问题。参谋总长有栖川宫炽仁上将、副总长川上操六中将、陆军大臣大山岩上将、陆军次官儿玉源太郎少将、海军大臣西乡从道中将、海军次官伊藤售吉少将、司法大臣山县有朋上将（根据天皇旨意任命）。以上七人会集于有栖川宫宅邸，反复研究数日后，作出以下决议，上奏天皇：
“平时必须拟定出兵、国防和作战计划，达一点海军与陆军也并无不同，因此，海军有必要设立高级参谋部。然而，本来参谋总长在战时就是大本营的参谋长，如果海军参谋长平时的职责与参谋总长一样，战时大本营参谋长必将有两名人选，临到战时，究竞由谁担任参谋长可能发生争议。因而应另行制定战时大本营条例，预先规定战时大本营参谋长由参谋总长担任。”
天皇采纳了这一决议。参谋总长立即起草《战时大本营条例》（草案），陆海军大臣协商奏请天皇批准。详情后述。
海军军令部的独立：
关于海军军令机关的独立问题，陆海军双方达成协议，海军把先前提出的条例草案中的海军参谋部改称海军军令部，奏请天皇。与此同时也提出了《战时大本营条例》、《军事参议官条例》，明治26年（1893年）5月19日，天皇均予批堆，同时颁布。这样，海军军令部即成为独立于海军省的机关。
海军军令部“负责拟定出兵、作战、沿海防御计划，监督镇守府及舰队的参谋军备并监督海军训练”海军军令部长直属于天皇，参与最高统帅部门对机密事务的筹划，负责管理部务。还规定战略上凡有关海军军令的问题，均由海军军令部长管辖并参与筹划，天皇裁决后，平时转交海军大臣，战时直接传达给镇守府司令长官以及舰队司令长官。
中牟田仓之助中将为第一任海军军令部长。这样就形成了海军军令部和参谋部两套马车的形势。要从当时的《参谋部条例》（1889年3月制定）找—找它们之间的不同，可以归纳以下三条：
一、条例中规定，参谋总长和海军军令部长均直属于天皇，参与最高统帅部门对军事事务的筹划，但参谋总长为帝国全军的参谋总长。
二、参谋部负责“出兵、国防、作战”，肩负“国防”之职责，海军军令部则负责计划“出兵、作战、沿海防御”。
三、参谋总长掌管和参与筹划有关战略上的军令事项。这里的军令既末限定陆军也末限定海军，而海军军令部长所负责的“有关战路上的海军军令”事则，则只限定海军。
在海军军令部新成立的当日，修改了明治25年（1892年）2月制定的《军事参议官条例》，军事参议官中又新增加了海军军令部长。还把旧条例中规定的“军事参议官置于最高统帅部中，审议关于军事问题的利害得失”修改为“…参与研究有关军事机密事务”。
明治23年（189O年）12月，对《参谋部条例》进行了部分修改，把历来只规定“任参谋总长”改为“天皇亲自任命参谋总长”。之后，随着《战时大本营条例》的制定，于明治26年（1893年）10月，对《参谋部条例》进行了全面修改，删除了与战时作战直接有关的部分明确了平时参谋部的本职业务。
条例第一条规定：参谋部“负责国防和用兵”，从而扩大了其职权范围。第二条规定：参谋总长“直属于天皇，参与最高统帅部门对军事事务的筹划并管辖参谋部”，删去了过去的“帝国全军的参谋总长”中的“帝国全军的”几个字。
以下第三条改为：参谋总长“拟定国防计划以及关于用兵的条例，天皇批准后，居于军令之事项交由陆军大臣付诸实施。”这里只规定了平时的措施，而战时规定则归入大本营条例中。
另外，为便于陆海军平时进行协调，在制定《参谋部条例》的同时，对《海军军令部条例》作了部分修改，参谋部的两名参谋兼任海军军令部工作人员，海军军令部的两名参谋兼任参谋部的工作人员。
战时大本营条例：
明治36年（1893年）2月，天皇在批准新设海军军令机关的同时，命令起草《战时大本营条例》。所谓战时大本营，就是战时天皇指挥国军的最高统帅部。制定这一条例是想规定各自为政的陆海军军令机关战时的关系，因而可以说是十分正确的措施。参谋总长有栖川宫根据事先的研究，很快草拟了条风全文如下。
第一条 在天皇之大麾下，设置最高统帅部称为大本营。
第二条 在大本营中，参谋总长参与筹划最高统帅部的军事机密事项，负责拟定帝国全军即陆海军的重大作战行动计划。
第三条 参谋由陆海军武官充任，其人员另行规定。
第四条 在大本营中设置各机关的高等部，根据重大作战行动计划管理其事务。
在该条例中，第二条成为设置海军军令部的前提条件。就是说担心设置海军军令部，将来会对陆海军作战计划产生分歧，因此想通过平时制定《战时大本营条例》，规定参谋总长以大本营参谋长的身份，平时拟制帝国陆海军的重大作战行动计划，达到陆海军协调一致的目的。
这份条例草案于2月7日转交给大山陆军大臣，该大臣又同西乡海军大臣进行了协商。海军大臣于3月17日回答说：除应则去第二条中的“全军即”3个字外，同意原草案，无其他异议。因此，第二条改为：在大本营中，参谋总长参与筹划最高统帅部的军事机密事项，负责拟定帝国陆海军的重大作战行动计划。
随后陆海军大臣联名签署了这一条例草案并奏请天皇批淮，于5月19日正式制定。“全军即”三个字在条文内容上并无多大意义，陆军方面想更明确地规定是帝国全军的参谋长，而海军方面则是由于对参谋部强调其权限感到不满。
从该条例中可以看出，它的特点首先是在军制上明确地规定了陆主海从的传统思想。参谋总长和海军军令部长虽都直属天皇，但战时设置大本营时，参谋总长就成了天皇的参谋长，而海军军令部长则在参谋总长之下，受其指挥，其地位与副总长相平行。海军接受这一现状的直接原因，是同年3月遵照敕命召开的陆海军首脑会议作出的决议。但不容忽视的是，陆海军是在当时政党持反军态度、日中两国关系日趋紧张等国内外形势逼迫的背景下促成合作和统一的。
另外还明确了大本营的参谋由陆海军武官充任，文官不当参谋。即是说，战时大本营是纯统帅机关，参与作战计划和作战指导的是陆海军武官，非武官人员即使是国务大臣也不得参加。
这件事表明，认为战争大都以武力战为主体的思想占了上风。在制定大本营条例的同时，还修改了《军事参议官条例》，就陆海军统一问题采取了措施，但末做出协调政治和军事的新规定。
陆海军交涉中的僵局：
在制定大水营条例的同时，参谋总长有栖川宫还起草了该条例的两个附件《陆海军交涉程序》和《战时大本营编制》，并同陆军大臣进行了内部协商。陆军大臣大山首先在2月7日把条例交给了海军大臣，并进行了讨论天皇批准之后，才于5月24日把另外两个附件作为内部讨论草案交给海军大臣西乡。
《陆海军交涉程序》是规定“海军与参谋总长平时的关系”的文件，其全文如下。
第一条 为使陆海军协调一致地行动，参谋总长平时应详细了解陆海军军务之要领，避免发生矛盾。
第二条 海军军令部长应定期或在必要时向参谋总长书面通报关于海军军令部第一局所负责的事项及谍报。
第三条 参谋总长亦应如前条所述，向海军军令部长书面通报关于国防及陆军出兵计划。
第四条 参谋总长在必要时就直接关系到沿海防御、出兵计划和战时陆海军之事项，同海军军令部长协商将其决议上奏天皇，批准后移交陆海军大臣。
根据《战时大本营条例》规定，参谋总长负责制定帝国陆海军的重大作战行动计划。但陆海军的重大作战行动计划要平时着手准备而不是临到战时才制定的。另一方面，《战时大本营条例》又只能到战时才生效，因此就需要预先作出上述的平时业务规定。
然而海军方面对于这部规定参谋总长的职位平时就高于好军军令部长的条例，立即表示了不满和反对。尽管参谋部和陆军省再三催促海军军令部，但一直末得到答复。
陆军方面催促海军进行交涉，认为没有这种交涉程序的规定，平时陆海军便不能密切协作，没有平时的准备，即使规定参谋总长是战时陆海军重大作战行动的计划者，也无法对国家安危尽重要职责，有愧于国家。
对比海军大臣西乡在—年后的明治27年（1894年）5月16日将海军拟定的一份草案递交陆军大臣大山。海军提出的草案对规定“参谋总长与海军军令部长平时的关系”的条文，作了如下修改。
第一条 为使陆海军协调一致地行动，参谋总长与海军军令部长平时应详细了解陆海军军务之要领避免发生矛盾。
第二条 海军军令部长应定期或在必要时向参谋总长书面通报关于沿海防御、海军出兵作战的计划及谍报。
第三条 参谋总长亦应如前条所述向海军军令部长书面通报关于国防及陆军出兵计划。
第四条
参谋总长及海军军令部长应在必要时，根据以上各条规定就直接关系到陆海军之事宜进行协商，联名将决议上奏天皇，批准后移交陆海军各大臣。
这份草案是想在平时让两位统帅部的首脑平起平坐。这是历来强调统帅机构一元化的参谋部所不能同意的。陆军大臣答复海军大臣说，另择日期协商。因而这一交诊程序未能赶在日中战争之前达成协议；决定留待战后解决。另外，把沿海防御解释为海军的主要任务，也成了后来的一个大问题。
大本营的编制：
参谋总长有栖川宫起草的《战时大本营编制》，包括第—章“定员”和第二章“任务”。
规定为大本营定员的，是侍从武官、军事内局、大本营参谋、兵站总监部、大本营管理部、陆海军大臣。
其中核心成员是大本营参谋，由参谋总长任长官，由陆军参谋官、海军参谋官、陆军副官、海军副官组成。陆海军参谋官的名额双方各占一半：各一名将官、一名少将或上校、二名校官、二名上尉，另各设二名书记，编制少而精。其中的一名将官称为“首席将官参谋”，预定由副总长和海军军令部长担任。
军事内局长和兵站总监通常分别由老资格的侍从将官和陆军首席将官参谋兼任，经理局长任野战监督长官，医务局长任野战卫生长官。在任务一章中规定的主要内容如下。
参谋总长应“拟定、上奏陆海军战略战役计划（此时陆海军首席将官参谋应陪同，陆海军大臣在场时亦应陪同），天皇批准后，履行向陆海军各独立指挥官下达命令的程序”，“总长应负责使下属各机关尽力完成各自分担的任务，协调一致地达成全军之目的。”陆海军首席将官参谋“负责协助参谋总长，参与计划机密事务，按各参谋官的工作性质划分业务科，并监督其工作。”
军事内局是负责处理军官及高级文职和雇员的人事业务的机构。工作人员由陆、海军省的人事科长和科员担任。
兵站总监部下辖运输通信长官部、野战监督长官部、野战卫生长官部；运输通信长官部下设铁路船舶运输委员、野战高等电信部、野战高等邮政部。以上全为陆军的机构，海军的卫生长官、会计总监等均末参加。兵站总监负责兵站、运输通信、野战经理、野战卫生等事务；管理部长负责大本营的宿营设备．伙食、大本营一般警卫、军风纪的维护、行军警戒勤务。
陆海军大臣的任务是，“陪同参谋总长上奏全军战略战役计划，根据裁决情况，了解掌握军队的现状与发展，以便进行两位大臣所负责的各项补给准备，为此两位大臣应对陆、海军省及战地以外的各经理部下达必要的命令，指定区分的场地。”
在大山陆军大臣约请西乡海军大臣协商大本营编制方案时（1893年5月24日），海军方面为了对海军军令部长地位低、陆军编制定员大大超过海军表示不服，很久没有答复。本来，兵站总监部是陆军的机构，陆军的人员当然就多了。但海军也没有提出具体修改方案。
翌年5月16日，海军方面总算同意了陆军提出的方案中的大部分条款，并要求从定员中去掉陆海军大臣。这是因为，按当时海军的用兵思想，认为政府是负责组织军队，承担补给任务的，大本营只是指挥军队行动的统帅机关。然而陆军方面认为，即使海军大臣从定员中去掉，不编入大本营编制内，陆军大臣也要留在大本营编制中，这是至关重要的。其理由是陆军大臣必须在大本营始终了解重大作战行动计划，根据现在和将来的情况，不间断地保证军队的补给，准备军需品，避免在补给上影响军队的作战，保障军队行动自由。主张根据这一精神，规定陆军的各项条款与海军方面协商。
这个时期日中两国间的形势很紧张，因而陆军方面催促海军作出答复。6月4日，海军方面答复说，可以只让陆军大臣参加大本营，海军大臣不想参加。6月5日晨，参谋总长携带编制方案进见天皇。但海军为保持与陆军平等，改变了主意，突然通知陆军要把海军大臣列入编制之内。于是，正在上奏的参谋总长只得先退下，接受海军的建议，重新上奏后被批准。
在制定这部条例时，把陆海军大臣列入大本营编制以达到政略和战略一致的愿望并不强烈。尤其是海军只是为了争取编制上的平等。
第一节 战时大本营条例的制定
成立海军参谋部的建议：
明治25年（1893年），日中两国之间乌云密布，陆军很快拟定了战时的各种编制，还对“战时大本营”的条例进行了研究。可是，同年11月，海军大臣仁礼景范向伊藤博文首相提交了一份意见书，要求撤销海军大臣管辖下的海军参谋部成立独立于海军省的“海军参谋部”。这份意见书的主要内容是，在军令的性质上，关于军事机密、军事战略问题，必须有一个与军事中的一般行政不同的规划。近时期，随着海军军备的扩充和加强，军令事务日趋复杂。因而，当务之急是将海军军令机关置于独立地位，扩大其职权．使之尽其职责，与军政密切协调，巩固海军军务的基础。
如上所述，海军这次要把军令、军政一元化组织恢复为二元化组织的主要动机是，海军兵力不断增加，军令事务日益繁杂。但从军事上说，大概有这样几条理由：根据近几年的经验，认为分设军令和军政两个机关在军事行政上比较适当；从宪法的条文上看，海军大臣也负责纯军令事务是处于特殊地位，采取与陆军的二元化组织相应的组织形式以发展与陆军相对等的机构和势力，等等。
当时，政府和政党间一直存在着严重的对立，政党把攻击的矛头指向海军提出了削减造舰费和改革海军的建议等各种问题。从这些事件中可以看出，海军为了摆脱议会干预其军令权，避免政治上的压力，促进了军政、军令机关分立的趋势。
明治26年（1893年），海军把海军参谋部条例草案提交陆军方面进行协商，末取得一致意见便提交内阁。内阁将这份条例草案上奏天皇，请求敕决。
由于海军参谋长的任务与参谋总长相同，因而明治天皇特别担心战时会发生纠葛，便垂问参谋总长有栖川宫炽仁亲王，要他以皇族中元老的身份陈述意见。炽仁亲王立即回奏说：“目前在设有参谋总长的情况下，如果再设一名海军参谋长直属于天皇，参与筹划最高统帅部门的军务，显然有时会因两个人的意图不一致，破坏陆海军作战计划统一。特别是在战时大本营中，设两个参谋长更有可能发生上述情况。或者说如果在大本营中要确定其中的一人为首席参谋长，那么平时设两名参谋长就毫无意义。陆海军平时的编制必然考虑战时的情况而定。在战时大本营中拟制陆海军作战计划的参谋长，如果不由历来规定的参谋总长担任，将导致难以预料的后患。”
这份意见书呈送数日后，天皇再次垂问有栖川宫。于是有栖川宫又呈递第二份意见书回奏天皇：
“陆海军必须协调一致，在一个方针的指导下行动。有一种说法要陆海军平起平坐地负责国防，可是这是难以实现的。为达到协调一致的目的，必须明确以陆海军中的某一方为主。从我国国防需要上说，显而易见应确定陆主海从的原则。从平时起就按这一原则整理军备，战时大本营的参谋长，必须是陆军的参谋总长。”
参谋总长有栖川宫的这种意见与上述仁礼海军大臣的建议是针锋相对的。因而天皇越发感到问题的严重性，于是下达敕令，让以下各位长官开会协商“海军参谋部”的设置问题。参谋总长有栖川宫炽仁上将、副总长川上操六中将、陆军大臣大山岩上将、陆军次官儿玉源太郎少将、海军大臣西乡从道中将、海军次官伊藤售吉少将、司法大臣山县有朋上将（根据天皇旨意任命）。以上七人会集于有栖川宫宅邸，反复研究数日后，作出以下决议，上奏天皇：
“平时必须拟定出兵、国防和作战计划，达一点海军与陆军也并无不同，因此，海军有必要设立高级参谋部。然而，本来参谋总长在战时就是大本营的参谋长，如果海军参谋长平时的职责与参谋总长一样，战时大本营参谋长必将有两名人选，临到战时，究竞由谁担任参谋长可能发生争议。因而应另行制定战时大本营条例，预先规定战时大本营参谋长由参谋总长担任。”
天皇采纳了这一决议。参谋总长立即起草《战时大本营条例》（草案），陆海军大臣协商奏请天皇批准。详情后述。
海军军令部的独立：
关于海军军令机关的独立问题，陆海军双方达成协议，海军把先前提出的条例草案中的海军参谋部改称海军军令部，奏请天皇。与此同时也提出了《战时大本营条例》、《军事参议官条例》，明治26年（1893年）5月19日，天皇均予批堆，同时颁布。这样，海军军令部即成为独立于海军省的机关。
海军军令部“负责拟定出兵、作战、沿海防御计划，监督镇守府及舰队的参谋军备并监督海军训练”海军军令部长直属于天皇，参与最高统帅部门对机密事务的筹划，负责管理部务。还规定战略上凡有关海军军令的问题，均由海军军令部长管辖并参与筹划，天皇裁决后，平时转交海军大臣，战时直接传达给镇守府司令长官以及舰队司令长官。
中牟田仓之助中将为第一任海军军令部长。这样就形成了海军军令部和参谋部两套马车的形势。要从当时的《参谋部条例》（1889年3月制定）找—找它们之间的不同，可以归纳以下三条：
一、条例中规定，参谋总长和海军军令部长均直属于天皇，参与最高统帅部门对军事事务的筹划，但参谋总长为帝国全军的参谋总长。
二、参谋部负责“出兵、国防、作战”，肩负“国防”之职责，海军军令部则负责计划“出兵、作战、沿海防御”。
三、参谋总长掌管和参与筹划有关战略上的军令事项。这里的军令既末限定陆军也末限定海军，而海军军令部长所负责的“有关战路上的海军军令”事则，则只限定海军。
在海军军令部新成立的当日，修改了明治25年（1892年）2月制定的《军事参议官条例》，军事参议官中又新增加了海军军令部长。还把旧条例中规定的“军事参议官置于最高统帅部中，审议关于军事问题的利害得失”修改为“…参与研究有关军事机密事务”。
明治23年（189O年）12月，对《参谋部条例》进行了部分修改，把历来只规定“任参谋总长”改为“天皇亲自任命参谋总长”。之后，随着《战时大本营条例》的制定，于明治26年（1893年）10月，对《参谋部条例》进行了全面修改，删除了与战时作战直接有关的部分明确了平时参谋部的本职业务。
条例第一条规定：参谋部“负责国防和用兵”，从而扩大了其职权范围。第二条规定：参谋总长“直属于天皇，参与最高统帅部门对军事事务的筹划并管辖参谋部”，删去了过去的“帝国全军的参谋总长”中的“帝国全军的”几个字。
以下第三条改为：参谋总长“拟定国防计划以及关于用兵的条例，天皇批准后，居于军令之事项交由陆军大臣付诸实施。”这里只规定了平时的措施，而战时规定则归入大本营条例中。
另外，为便于陆海军平时进行协调，在制定《参谋部条例》的同时，对《海军军令部条例》作了部分修改，参谋部的两名参谋兼任海军军令部工作人员，海军军令部的两名参谋兼任参谋部的工作人员。
战时大本营条例：
明治36年（1893年）2月，天皇在批准新设海军军令机关的同时，命令起草《战时大本营条例》。所谓战时大本营，就是战时天皇指挥国军的最高统帅部。制定这一条例是想规定各自为政的陆海军军令机关战时的关系，因而可以说是十分正确的措施。参谋总长有栖川宫根据事先的研究，很快草拟了条风全文如下。
第一条 在天皇之大麾下，设置最高统帅部称为大本营。
第二条 在大本营中，参谋总长参与筹划最高统帅部的军事机密事项，负责拟定帝国全军即陆海军的重大作战行动计划。
第三条 参谋由陆海军武官充任，其人员另行规定。
第四条 在大本营中设置各机关的高等部，根据重大作战行动计划管理其事务。
在该条例中，第二条成为设置海军军令部的前提条件。就是说担心设置海军军令部，将来会对陆海军作战计划产生分歧，因此想通过平时制定《战时大本营条例》，规定参谋总长以大本营参谋长的身份，平时拟制帝国陆海军的重大作战行动计划，达到陆海军协调一致的目的。
这份条例草案于2月7日转交给大山陆军大臣，该大臣又同西乡海军大臣进行了协商。海军大臣于3月17日回答说：除应则去第二条中的“全军即”3个字外，同意原草案，无其他异议。因此，第二条改为：在大本营中，参谋总长参与筹划最高统帅部的军事机密事项，负责拟定帝国陆海军的重大作战行动计划。
随后陆海军大臣联名签署了这一条例草案并奏请天皇批淮，于5月19日正式制定。“全军即”三个字在条文内容上并无多大意义，陆军方面想更明确地规定是帝国全军的参谋长，而海军方面则是由于对参谋部强调其权限感到不满。
从该条例中可以看出，它的特点首先是在军制上明确地规定了陆主海从的传统思想。参谋总长和海军军令部长虽都直属天皇，但战时设置大本营时，参谋总长就成了天皇的参谋长，而海军军令部长则在参谋总长之下，受其指挥，其地位与副总长相平行。海军接受这一现状的直接原因，是同年3月遵照敕命召开的陆海军首脑会议作出的决议。但不容忽视的是，陆海军是在当时政党持反军态度、日中两国关系日趋紧张等国内外形势逼迫的背景下促成合作和统一的。
另外还明确了大本营的参谋由陆海军武官充任，文官不当参谋。即是说，战时大本营是纯统帅机关，参与作战计划和作战指导的是陆海军武官，非武官人员即使是国务大臣也不得参加。
这件事表明，认为战争大都以武力战为主体的思想占了上风。在制定大本营条例的同时，还修改了《军事参议官条例》，就陆海军统一问题采取了措施，但末做出协调政治和军事的新规定。
陆海军交涉中的僵局：
在制定大水营条例的同时，参谋总长有栖川宫还起草了该条例的两个附件《陆海军交涉程序》和《战时大本营编制》，并同陆军大臣进行了内部协商。陆军大臣大山首先在2月7日把条例交给了海军大臣，并进行了讨论天皇批准之后，才于5月24日把另外两个附件作为内部讨论草案交给海军大臣西乡。
《陆海军交涉程序》是规定“海军与参谋总长平时的关系”的文件，其全文如下。
第一条 为使陆海军协调一致地行动，参谋总长平时应详细了解陆海军军务之要领，避免发生矛盾。
第二条 海军军令部长应定期或在必要时向参谋总长书面通报关于海军军令部第一局所负责的事项及谍报。
第三条 参谋总长亦应如前条所述，向海军军令部长书面通报关于国防及陆军出兵计划。
第四条 参谋总长在必要时就直接关系到沿海防御、出兵计划和战时陆海军之事项，同海军军令部长协商将其决议上奏天皇，批准后移交陆海军大臣。
根据《战时大本营条例》规定，参谋总长负责制定帝国陆海军的重大作战行动计划。但陆海军的重大作战行动计划要平时着手准备而不是临到战时才制定的。另一方面，《战时大本营条例》又只能到战时才生效，因此就需要预先作出上述的平时业务规定。
然而海军方面对于这部规定参谋总长的职位平时就高于好军军令部长的条例，立即表示了不满和反对。尽管参谋部和陆军省再三催促海军军令部，但一直末得到答复。
陆军方面催促海军进行交涉，认为没有这种交涉程序的规定，平时陆海军便不能密切协作，没有平时的准备，即使规定参谋总长是战时陆海军重大作战行动的计划者，也无法对国家安危尽重要职责，有愧于国家。
对比海军大臣西乡在—年后的明治27年（1894年）5月16日将海军拟定的一份草案递交陆军大臣大山。海军提出的草案对规定“参谋总长与海军军令部长平时的关系”的条文，作了如下修改。
第一条 为使陆海军协调一致地行动，参谋总长与海军军令部长平时应详细了解陆海军军务之要领避免发生矛盾。
第二条 海军军令部长应定期或在必要时向参谋总长书面通报关于沿海防御、海军出兵作战的计划及谍报。
第三条 参谋总长亦应如前条所述向海军军令部长书面通报关于国防及陆军出兵计划。
第四条
参谋总长及海军军令部长应在必要时，根据以上各条规定就直接关系到陆海军之事宜进行协商，联名将决议上奏天皇，批准后移交陆海军各大臣。
这份草案是想在平时让两位统帅部的首脑平起平坐。这是历来强调统帅机构一元化的参谋部所不能同意的。陆军大臣答复海军大臣说，另择日期协商。因而这一交诊程序未能赶在日中战争之前达成协议；决定留待战后解决。另外，把沿海防御解释为海军的主要任务，也成了后来的一个大问题。
大本营的编制：
参谋总长有栖川宫起草的《战时大本营编制》，包括第—章“定员”和第二章“任务”。
规定为大本营定员的，是侍从武官、军事内局、大本营参谋、兵站总监部、大本营管理部、陆海军大臣。
其中核心成员是大本营参谋，由参谋总长任长官，由陆军参谋官、海军参谋官、陆军副官、海军副官组成。陆海军参谋官的名额双方各占一半：各一名将官、一名少将或上校、二名校官、二名上尉，另各设二名书记，编制少而精。其中的一名将官称为“首席将官参谋”，预定由副总长和海军军令部长担任。
军事内局长和兵站总监通常分别由老资格的侍从将官和陆军首席将官参谋兼任，经理局长任野战监督长官，医务局长任野战卫生长官。在任务一章中规定的主要内容如下。
参谋总长应“拟定、上奏陆海军战略战役计划（此时陆海军首席将官参谋应陪同，陆海军大臣在场时亦应陪同），天皇批准后，履行向陆海军各独立指挥官下达命令的程序”，“总长应负责使下属各机关尽力完成各自分担的任务，协调一致地达成全军之目的。”陆海军首席将官参谋“负责协助参谋总长，参与计划机密事务，按各参谋官的工作性质划分业务科，并监督其工作。”
军事内局是负责处理军官及高级文职和雇员的人事业务的机构。工作人员由陆、海军省的人事科长和科员担任。
兵站总监部下辖运输通信长官部、野战监督长官部、野战卫生长官部；运输通信长官部下设铁路船舶运输委员、野战高等电信部、野战高等邮政部。以上全为陆军的机构，海军的卫生长官、会计总监等均末参加。兵站总监负责兵站、运输通信、野战经理、野战卫生等事务；管理部长负责大本营的宿营设备．伙食、大本营一般警卫、军风纪的维护、行军警戒勤务。
陆海军大臣的任务是，“陪同参谋总长上奏全军战略战役计划，根据裁决情况，了解掌握军队的现状与发展，以便进行两位大臣所负责的各项补给准备，为此两位大臣应对陆、海军省及战地以外的各经理部下达必要的命令，指定区分的场地。”
在大山陆军大臣约请西乡海军大臣协商大本营编制方案时（1893年5月24日），海军方面为了对海军军令部长地位低、陆军编制定员大大超过海军表示不服，很久没有答复。本来，兵站总监部是陆军的机构，陆军的人员当然就多了。但海军也没有提出具体修改方案。
翌年5月16日，海军方面总算同意了陆军提出的方案中的大部分条款，并要求从定员中去掉陆海军大臣。这是因为，按当时海军的用兵思想，认为政府是负责组织军队，承担补给任务的，大本营只是指挥军队行动的统帅机关。然而陆军方面认为，即使海军大臣从定员中去掉，不编入大本营编制内，陆军大臣也要留在大本营编制中，这是至关重要的。其理由是陆军大臣必须在大本营始终了解重大作战行动计划，根据现在和将来的情况，不间断地保证军队的补给，准备军需品，避免在补给上影响军队的作战，保障军队行动自由。主张根据这一精神，规定陆军的各项条款与海军方面协商。
这个时期日中两国间的形势很紧张，因而陆军方面催促海军作出答复。6月4日，海军方面答复说，可以只让陆军大臣参加大本营，海军大臣不想参加。6月5日晨，参谋总长携带编制方案进见天皇。但海军为保持与陆军平等，改变了主意，突然通知陆军要把海军大臣列入编制之内。于是，正在上奏的参谋总长只得先退下，接受海军的建议，重新上奏后被批准。
在制定这部条例时，把陆海军大臣列入大本营编制以达到政略和战略一致的愿望并不强烈。尤其是海军只是为了争取编制上的平等。
第二节 战时大本营的设置及其活动
大本营的设置
明治27年（1894年），日中两国间的对立已发展到即将爆发战争的地步。中国在积极采取行动以取得它对朝鲜的统治权。而日本政府则在致力于修改它同各国的不平等条约，稳定国内政局，对华外交明显地处于和平和协调的状态。
但是，日本陆军却是强烈的主战派。特别是副参谋长川上操六中将，断定日中两国必将一战，因而锐意改革军队，积极扩充军备并亲自出访中国和朝鲜，了解实情，—意进行对华战争准备。在他被召参加内阁会议肘，也总是持强硬态度。
海军内部并不象陆军那样主动地讨论开战的是非。这大概是因为海军军备步伐迟缓，还没有在日中海战中必胜的信心。
明治27年（1894年）5月，朝鲜爆发了东学党之乱（在民族宗教团体“东学党”领导下反对外国侵略和李氏王朝腐败政治的农民起义），中国认为时机已到，于是在镇压这一起义的名义下决定向朝鲜派遣3千人的军队。这一准确情报传到日本，是在5月28日。当时，众议院正在开会，政党激烈地谴责和攻击了政府的内政和外交政策。
政府认为事态很严重，遂决定于6月2日召开内阁会议，并奏请解散议会；同时要求参谋总长和副参谋长出席，内部协商出兵朝鲜的问题，伊藤博文首相立即上奏，并得到批准。出兵的目的是保护侨民，派遣的兵力为一个混成旅和若干艘军舰。
当天，天皇特别召见了陆海军大臣、参谋总长、海军军令部长并指示说，在派遣军队之际“卿等宜充分协商，适当处置”。还命参谋总长“总裁陆海军之事宜”，“总裁应以陆海军军官及与此相当者总管所需要的机关”。
6月4日，陆海军两位大臣、两位次官、参谋总长、副总长、局长、海军军令部长、局长在陆军大臣官邸开会，协商出兵程序等问题。参谋部认为，派兵与中国军队交战，不能象平时那样按部就班地办事，因而提议设特别总裁。但是海军方面表示反对，会上议论纷纷未能达成协议。经过一天的讨论海军大臣提议成立去年已决定设置的大本营，最后全体一致通过。
第二天，参谋总长就设置大本营的问题上奏天皇，立即得以批准，随之在参谋部正式设置了大本营。当天，动员了第5师的部分兵力，组成由陆军少将大岛义昌指挥的混成旅，派往朝鲜。
本来，参谋部打算任命特别总督，负责战地陆海军的协调，而西乡海军大臣则希望，也应考虑海军需在广阔的战场上发挥强大机动力的特点，因而莫如使陆海军在最高统帅部中求得行动的统一。双方的想法各有利弊，为做好这次准备最后还是在决定开战之前成立了大本营。
大本营御前会议6月5日在参谋部内设置了战时大本营，由陆海军武官编成。其主要成员有：侍从武官长兼军事内局长陆军少将冈泽精、参谋长陆军上将有栖川宫炽仁亲王（参谋总长）、陆军首席参谋陆军中将川上操六（副总长）、海军首席参谋海军中将中牟田仓之助（海军军令部长）、兵站总监川上中将（兼任）、运输通信长官陆军步兵上校寺内正毅、野战监督长官陆军监督长野田豁通、野战卫生长官陆军军医总监石黑忠德。陆军大臣陆军上将大山岩、海军大臣海军上将西乡从道。7月17日，枢密顾问官海军中将桦山资纪恢复现役，担任海军军令部长，取代中牟田中将任海军首席参谋。
6月13日，大岛混成旅逐次在仁川登陆，并进驻汉城。此时判明中国军队已在汉城以南的牙山上陆，后续大部队陆续向平壤集结，舰队在进行战斗准备。
7月17日，皇宫内首次召开大本营御前会战天皇驾临，大本营首脑出席，会上定下被迫一战的重大决策。受天皇之命，抠密院议长山县有朋列席了这次会议。会上还决定，今后每周星朗二、五举行例会。
7月19日，政府要求中国政府限期谈判，同时对中国政府向朝鲜增兵发出警告。这是日本的最后通牒。大本营命令大岛混成旅，如中国军队增兵可自行处置，并命令联合舰队阻止中国军队增兵。
25日，联合舰队之一部在丰岛近海好战中取得大胜，大岛混成旅也于29日占领牙山。8月1日，日中两国终于正式宣战进入战争状态。
在此之前于7月26日，天皇命总理大臣伊藤博文出席大本营御前会议，因为考虑到外交、政略、内政上的需要，首相必须了解军事行动的详细情况。
根据战时大本营条例，大本营的参谋只由陆海军军官担任，但为密切政府与统帅部的联系而采取这种措施是值得提倡的。此后，外务大臣陆奥宗光也按御命列席了大本营会议。
8月5日，大本营迁入皇宫内，参谋总长将日本陆海军作战的基本方针上奏天皇，得到批被。其中规定此次作战的目的是将陆军主力输送过渤海湾，在直隶平原（今河北省）与中国军队决战，由于决战的结局首先取决于海战的胜败，因而在作战计划中把此次作战分为两个阶段。
第一阶段首先把第5师派往朝鲜，在这一方向上牵制中国军队，国内陆海军坚守要地准备出征．舰队在海上歼灭中国海军，夺取黄海和渤海湾的制海权。
第二阶段视海战结果如何，分为甲、乙、丙三种情况。
在掌握了制海权的情况下（甲），将陆军主力逐次输送过渤海湾，与中国野战军在直隶平原进行决战。在不能掌握渤海湾的制海权中国海军也无法控制日本近海的情况下（乙），陆军主力进驻并保卫朝鲜；在完全丧失制海权的情况下（丙），在日本国内设防，歼灭来犯之敌。虽然这是在设想发生各种情况时作出相应处置而制定的总计划，但却是一个十分坚实而慎重的方案。
中国决定开战是在7月中旬。当时中国的作战设想是：
（一）海军将主力集结于黄海北部控制渤海湾口，同时掩护陆军的海上航渡，并策应在朝鲜的陆军的行动；（二）陆军首先在平壤附近集结，尔后，击退在朝鲜的日军。这完全是一个防御性计划，而不是一个积极的战略，因为尽管中国有优势的海军，但在运用上却并不准备夺取黄海乃至日本近海的制海权。
广岛大本营
大本营命令第5师逐次开进朝鲜，担任牵制作战的任务，并命令由海军精锐部队编成的联合舰队，寻求中国北洋舰队进行决战。但是，联合舰队未能与敌舰队遭遇。直到8月中旬还无法估计舰队决战的时间，因而年内在直隶平原寻求决战的希望完全破灭。
为此，大本营首先决之当年的作战按照作战计划中的乙方案实施，目的是把中国军队驱逐出朝鲜半岛，为第二年春天的大决战抢占有利地位。
于是决定将第3师逐次派往朝鲜，以在朝鲜的陆军师为基干，组成第1集团军，祖任朝鲜半岛的作战任务。8月29日制定了冬季作战力针，下达了第1集团军的战斗序列（天皇命令的战时作战军队的编组）。集团军司令官陆军上将山县有朋，参谋长陆军少将小川又次。
这个冬季作战方针，是为第二年春天直隶平原的大决战作准备而于当年冬天实施的作战方针。将来以部分兵力占领旅顺半岛（金州以南地区），令第—集团军在此将中国军队牵制在奉天方向，决战兵力集中在平地附近。还计划视情况以一部兵力占领台湾。
8月30日，天皇召见整装持发的山县集团军司令官及其参谋，还特别召见了伊藤首相向他们下达了以下内容的诏令。
在中央，文武各方要周密协商国家的大计划；在军事上，大本营与远征军，现地的陆海两军要紧密协调，远征军指挥官与现地外交官要互通情况；特别要取得政略和战略的统一，不可始误战争终结之大计。据说这是根据伊藤首相的提议做的，召见中天皇提出了在今后战争指导上应做的一些重要思想准备。
9月13日，大本营从东京出发，15日到达广岛，开设在第5师司令部内。广岛是靠近战场的水陆交通要冲。大本营前移至广岛是为了更灵活地指挥出征的陆海军，便于组织内地各部队出动，达到由天皇亲自统帅陆海全军之目的。天皇在师司令部会议室超居，每天除参加大本营会议外，还处理一般政务。
9月16日，即大本营转移至广岛的第二天，第1集团军击破在平壤的中国军队，占领了该城。17日联合舰队在黄海海战中取得大胜，基本上掌握了黄海的制悔权。
大本营的作战指导
为了夺占旅顺半岛，作为第二年在山海关附近登陆的根据地。大本营于10月3日下达丁关于第2集团军战斗序列的命令。集团军司令官为陆军上将大山岩（为此，陆军大臣由西乡海军大臣临时兼任）。
11月上旬第1集团军在鸭绿江附近取得胜利。同月下旬第2集团军占领了旅顺。
53
第1集团军司令官山县因病于12月18日将指挥权移交第5师师长野律道贯。第二年1月24日，参谋总长有栖川宫炽仁亲王去世，26日，天皇任命近卫师长陆军上将小松宫彰仁亲王继任参谋总长。
在此之前，大本营于12月16日给第2集团军增加兵力，命令其赴山东半岛作战。第2集团军与联合舰队协同，2月上旬占领了威海卫，联合舰队迫使中国北洋舰队降服，夺取了渤海湾的制海权。此次作战大都是根据伊藤首相的献策实施的。
另—方面，第1集团军主力和第2集团军一部北进，3月上旬击退了辽河口附近的中国军队。而联合级队主力和陆军的一个支队于3月下旬占领了台湾的澎湖岛。
大本营于3月上旬拟定了企图在直隶平原决战的第二阶段作战计划。计划中预定从内地派出2个师，大本营也先前出至旅顺，尔后推进到山海关附近指挥战地的作战。但由于对天皇健康的担心，3月16日任命参谋总长小松官彰仁亲王担任“讨华大总督”，并决定从大本营中分出作战上必要的各个机构隶属于“讨华大总督”（总参谋长川上中将、海军首席参谋桦山中将），统帅全体远征军。“讨华大总督”于4月13日从宇品出发，18日到达旅顺。
另一方面自3月中旬开始在下关举行了议和谈判，媾和条约于4月17日签字，21日被批准。然而，俄、德、法三国插手干涉，要求日本归还从中国手中得到的辽东半岛。
政府和军队首脑在广岛大本营召开御前会议，经进一步慎重研究之后，决定接受三国的劝告，将辽东半岛归还中国，并于5月5日通知了有关各国。
陆军大臣山县（3月7日就任）赴旅顺，在讨华大总督府传达了有关上述决定的沼令，慰勉和说服了再战论者。大总督府于5月22日迁回京都。
大本营于4月17日转移至京都接着于5月30日迁回东京。
媾和条约规定，台湾成为日本的领土。因社会治安混乱，自5月起派去2个师的兵力，直到翌年3月治安情况才稳定下来。
鉴于以上情况，大本营于明治29年（1896年）4月1日奉命解散。大本营设置后，历时22个月，不仅作为最高统帅部，而且作为战争指导机构出色地发挥了它的作用，收到了天皇亲自实施政治领导和军事统率之实效。
大本营的设置
明治27年（1894年），日中两国间的对立已发展到即将爆发战争的地步。中国在积极采取行动以取得它对朝鲜的统治权。而日本政府则在致力于修改它同各国的不平等条约，稳定国内政局，对华外交明显地处于和平和协调的状态。
但是，日本陆军却是强烈的主战派。特别是副参谋长川上操六中将，断定日中两国必将一战，因而锐意改革军队，积极扩充军备并亲自出访中国和朝鲜，了解实情，—意进行对华战争准备。在他被召参加内阁会议肘，也总是持强硬态度。
海军内部并不象陆军那样主动地讨论开战的是非。这大概是因为海军军备步伐迟缓，还没有在日中海战中必胜的信心。
明治27年（1894年）5月，朝鲜爆发了东学党之乱（在民族宗教团体“东学党”领导下反对外国侵略和李氏王朝腐败政治的农民起义），中国认为时机已到，于是在镇压这一起义的名义下决定向朝鲜派遣3千人的军队。这一准确情报传到日本，是在5月28日。当时，众议院正在开会，政党激烈地谴责和攻击了政府的内政和外交政策。
政府认为事态很严重，遂决定于6月2日召开内阁会议，并奏请解散议会；同时要求参谋总长和副参谋长出席，内部协商出兵朝鲜的问题，伊藤博文首相立即上奏，并得到批准。出兵的目的是保护侨民，派遣的兵力为一个混成旅和若干艘军舰。
当天，天皇特别召见了陆海军大臣、参谋总长、海军军令部长并指示说，在派遣军队之际“卿等宜充分协商，适当处置”。还命参谋总长“总裁陆海军之事宜”，“总裁应以陆海军军官及与此相当者总管所需要的机关”。
6月4日，陆海军两位大臣、两位次官、参谋总长、副总长、局长、海军军令部长、局长在陆军大臣官邸开会，协商出兵程序等问题。参谋部认为，派兵与中国军队交战，不能象平时那样按部就班地办事，因而提议设特别总裁。但是海军方面表示反对，会上议论纷纷未能达成协议。经过一天的讨论海军大臣提议成立去年已决定设置的大本营，最后全体一致通过。
第二天，参谋总长就设置大本营的问题上奏天皇，立即得以批准，随之在参谋部正式设置了大本营。当天，动员了第5师的部分兵力，组成由陆军少将大岛义昌指挥的混成旅，派往朝鲜。
本来，参谋部打算任命特别总督，负责战地陆海军的协调，而西乡海军大臣则希望，也应考虑海军需在广阔的战场上发挥强大机动力的特点，因而莫如使陆海军在最高统帅部中求得行动的统一。双方的想法各有利弊，为做好这次准备最后还是在决定开战之前成立了大本营。
大本营御前会议6月5日在参谋部内设置了战时大本营，由陆海军武官编成。其主要成员有：侍从武官长兼军事内局长陆军少将冈泽精、参谋长陆军上将有栖川宫炽仁亲王（参谋总长）、陆军首席参谋陆军中将川上操六（副总长）、海军首席参谋海军中将中牟田仓之助（海军军令部长）、兵站总监川上中将（兼任）、运输通信长官陆军步兵上校寺内正毅、野战监督长官陆军监督长野田豁通、野战卫生长官陆军军医总监石黑忠德。陆军大臣陆军上将大山岩、海军大臣海军上将西乡从道。7月17日，枢密顾问官海军中将桦山资纪恢复现役，担任海军军令部长，取代中牟田中将任海军首席参谋。
6月13日，大岛混成旅逐次在仁川登陆，并进驻汉城。此时判明中国军队已在汉城以南的牙山上陆，后续大部队陆续向平壤集结，舰队在进行战斗准备。
7月17日，皇宫内首次召开大本营御前会战天皇驾临，大本营首脑出席，会上定下被迫一战的重大决策。受天皇之命，抠密院议长山县有朋列席了这次会议。会上还决定，今后每周星朗二、五举行例会。
7月19日，政府要求中国政府限期谈判，同时对中国政府向朝鲜增兵发出警告。这是日本的最后通牒。大本营命令大岛混成旅，如中国军队增兵可自行处置，并命令联合舰队阻止中国军队增兵。
25日，联合舰队之一部在丰岛近海好战中取得大胜，大岛混成旅也于29日占领牙山。8月1日，日中两国终于正式宣战进入战争状态。
在此之前于7月26日，天皇命总理大臣伊藤博文出席大本营御前会议，因为考虑到外交、政略、内政上的需要，首相必须了解军事行动的详细情况。
根据战时大本营条例，大本营的参谋只由陆海军军官担任，但为密切政府与统帅部的联系而采取这种措施是值得提倡的。此后，外务大臣陆奥宗光也按御命列席了大本营会议。
8月5日，大本营迁入皇宫内，参谋总长将日本陆海军作战的基本方针上奏天皇，得到批被。其中规定此次作战的目的是将陆军主力输送过渤海湾，在直隶平原（今河北省）与中国军队决战，由于决战的结局首先取决于海战的胜败，因而在作战计划中把此次作战分为两个阶段。
第一阶段首先把第5师派往朝鲜，在这一方向上牵制中国军队，国内陆海军坚守要地准备出征．舰队在海上歼灭中国海军，夺取黄海和渤海湾的制海权。
第二阶段视海战结果如何，分为甲、乙、丙三种情况。
在掌握了制海权的情况下（甲），将陆军主力逐次输送过渤海湾，与中国野战军在直隶平原进行决战。在不能掌握渤海湾的制海权中国海军也无法控制日本近海的情况下（乙），陆军主力进驻并保卫朝鲜；在完全丧失制海权的情况下（丙），在日本国内设防，歼灭来犯之敌。虽然这是在设想发生各种情况时作出相应处置而制定的总计划，但却是一个十分坚实而慎重的方案。
中国决定开战是在7月中旬。当时中国的作战设想是：
（一）海军将主力集结于黄海北部控制渤海湾口，同时掩护陆军的海上航渡，并策应在朝鲜的陆军的行动；（二）陆军首先在平壤附近集结，尔后，击退在朝鲜的日军。这完全是一个防御性计划，而不是一个积极的战略，因为尽管中国有优势的海军，但在运用上却并不准备夺取黄海乃至日本近海的制海权。
广岛大本营
大本营命令第5师逐次开进朝鲜，担任牵制作战的任务，并命令由海军精锐部队编成的联合舰队，寻求中国北洋舰队进行决战。但是，联合舰队未能与敌舰队遭遇。直到8月中旬还无法估计舰队决战的时间，因而年内在直隶平原寻求决战的希望完全破灭。
为此，大本营首先决之当年的作战按照作战计划中的乙方案实施，目的是把中国军队驱逐出朝鲜半岛，为第二年春天的大决战抢占有利地位。
于是决定将第3师逐次派往朝鲜，以在朝鲜的陆军师为基干，组成第1集团军，祖任朝鲜半岛的作战任务。8月29日制定了冬季作战力针，下达了第1集团军的战斗序列（天皇命令的战时作战军队的编组）。集团军司令官陆军上将山县有朋，参谋长陆军少将小川又次。
这个冬季作战方针，是为第二年春天直隶平原的大决战作准备而于当年冬天实施的作战方针。将来以部分兵力占领旅顺半岛（金州以南地区），令第—集团军在此将中国军队牵制在奉天方向，决战兵力集中在平地附近。还计划视情况以一部兵力占领台湾。
8月30日，天皇召见整装持发的山县集团军司令官及其参谋，还特别召见了伊藤首相向他们下达了以下内容的诏令。
在中央，文武各方要周密协商国家的大计划；在军事上，大本营与远征军，现地的陆海两军要紧密协调，远征军指挥官与现地外交官要互通情况；特别要取得政略和战略的统一，不可始误战争终结之大计。据说这是根据伊藤首相的提议做的，召见中天皇提出了在今后战争指导上应做的一些重要思想准备。
9月13日，大本营从东京出发，15日到达广岛，开设在第5师司令部内。广岛是靠近战场的水陆交通要冲。大本营前移至广岛是为了更灵活地指挥出征的陆海军，便于组织内地各部队出动，达到由天皇亲自统帅陆海全军之目的。天皇在师司令部会议室超居，每天除参加大本营会议外，还处理一般政务。
9月16日，即大本营转移至广岛的第二天，第1集团军击破在平壤的中国军队，占领了该城。17日联合舰队在黄海海战中取得大胜，基本上掌握了黄海的制悔权。
大本营的作战指导
为了夺占旅顺半岛，作为第二年在山海关附近登陆的根据地。大本营于10月3日下达丁关于第2集团军战斗序列的命令。集团军司令官为陆军上将大山岩（为此，陆军大臣由西乡海军大臣临时兼任）。
11月上旬第1集团军在鸭绿江附近取得胜利。同月下旬第2集团军占领了旅顺。
53
第1集团军司令官山县因病于12月18日将指挥权移交第5师师长野律道贯。第二年1月24日，参谋总长有栖川宫炽仁亲王去世，26日，天皇任命近卫师长陆军上将小松宫彰仁亲王继任参谋总长。
在此之前，大本营于12月16日给第2集团军增加兵力，命令其赴山东半岛作战。第2集团军与联合舰队协同，2月上旬占领了威海卫，联合舰队迫使中国北洋舰队降服，夺取了渤海湾的制海权。此次作战大都是根据伊藤首相的献策实施的。
另—方面，第1集团军主力和第2集团军一部北进，3月上旬击退了辽河口附近的中国军队。而联合级队主力和陆军的一个支队于3月下旬占领了台湾的澎湖岛。
大本营于3月上旬拟定了企图在直隶平原决战的第二阶段作战计划。计划中预定从内地派出2个师，大本营也先前出至旅顺，尔后推进到山海关附近指挥战地的作战。但由于对天皇健康的担心，3月16日任命参谋总长小松官彰仁亲王担任“讨华大总督”，并决定从大本营中分出作战上必要的各个机构隶属于“讨华大总督”（总参谋长川上中将、海军首席参谋桦山中将），统帅全体远征军。“讨华大总督”于4月13日从宇品出发，18日到达旅顺。
另一方面自3月中旬开始在下关举行了议和谈判，媾和条约于4月17日签字，21日被批准。然而，俄、德、法三国插手干涉，要求日本归还从中国手中得到的辽东半岛。
政府和军队首脑在广岛大本营召开御前会议，经进一步慎重研究之后，决定接受三国的劝告，将辽东半岛归还中国，并于5月5日通知了有关各国。
陆军大臣山县（3月7日就任）赴旅顺，在讨华大总督府传达了有关上述决定的沼令，慰勉和说服了再战论者。大总督府于5月22日迁回京都。
大本营于4月17日转移至京都接着于5月30日迁回东京。
媾和条约规定，台湾成为日本的领土。因社会治安混乱，自5月起派去2个师的兵力，直到翌年3月治安情况才稳定下来。
鉴于以上情况，大本营于明治29年（1896年）4月1日奉命解散。大本营设置后，历时22个月，不仅作为最高统帅部，而且作为战争指导机构出色地发挥了它的作用，收到了天皇亲自实施政治领导和军事统率之实效。
第三章 日俄战争和大本营
第一节 对俄战备的加强
俄国染指满洲和朝鲜
日中甲午战争剐结束，俄国便与中国政府签订了俄中密约，企图染指满洲。明治31年（1898年）取得了中东铁路的修筑权，进而缔结了它梦寐以求的旅顺、大连租借协定。
欧美列强的战略矛头也指向了中国，德国、法国和英国分别租借了胶州湾、广州湾和威海卫，并开始了索取铁路修筑权的争夺。而且欧美列强将其势力范围扩大到夏威夷以及菲律宾、南洋群岛、萨摩亚群岛、澳大利亚等整个太平洋地区。
俄国在这以后集个力量经营旅顺和大连，在进入朝鲜的问题上，对日本采取调和态度。但到明治33年（190O年），俄国逼近朝鲜，租借了马山附近作为舰队停泊地。还缔结了俄朝密约，规定巨济岛及其对岸的陆地不得租借给俄国以外的国家。俄国还取得了开发鸭绿江畔资源的特权，其势力在逐渐沿朝鲜半岛向南扩展。因此，一直在卧薪尝胆、挤命加强国力的日本便与明目张胆地企图侵略远东的俄国，以朝鲜为舞台，形成了尖锐的对立。
另一方面列强的侵略激起了中国人民的愤慨，明治33年（19OO年）5月，爆发了义和团起久随即发展为八国联军之役。
日、英、美、法、意、德、奥、俄等在中国享有特权的八国联合出兵进攻天津和北京，救援公使馆，保护了侨民。
此时，日本首先派出陆战队于6月3日警卫驻北京的公使馆，尔后参加各国联合组成的陆战队，占领了大沽炮台。接着任命参谋部第二部长福岛安正少将为中国临时派遣队司令官，派遣第5师的一部于7月14日占领了天津。
但因局势进一步恶化，又把第5师（师长山口素臣中将）主力派往天津，山口中将任各派遣队的指挥官。
在此期间副参谋长寺内正毅中将被派往天津与各国联军的指挥官员们协商，研究联合攻打北京的作战计划。稻岛少将在山口中将到达后，担任联军的参谋。联军与中国军队边战斗边前进，8月14日占领北京。媾和谈判虽进展困难，但最后于明治34年（1901年）9月7日签订了条约。
在八国联军之役期间，俄国以保卫中东铁路为借口，大举出兵，很快占领了整个满洲。而且其势力又扩张到朝鲜土地上。
对比日本很难依靠自己的力量把俄国从朝鲜赶出去。因而，日本在考底要么寻求与俄国签订协定的途径，缓和它的侵略政策，要么与欧洲其他国家联合抗俄。但形势促使日本与积极联日的英国携起手来，明治34年（1901年）6月组成的桂太郎内阁大力促进了日英同盟的缔结。终于在明治35年（1902年）1月30日签订了盟约。这一同盟后来对日英双方都成了一种巨大的力量。
八国联军之役期间的统帅命令
八国联军之役开始时，第5师已经动员并开始了行动。但在战时或发生事变时尚末设置大本营期间，对于动员的各部分队下达及其受领的命令、报告，历来没有明确的规定，因而在处理上有时无所适从。
于是，参谋总长于7月20日上奏天皇，要求在战时或发生事变时尚未设置大本营期间，动员的各部分队的各种勤务按以下规定实施，并得以批推。
一、所有被动员的部队，其各种勤务均按战时诸勤务之规定实施。
二、对动员的部队下达的军电由参谋总长拟定，经天皇批准，由参谋总长按御命实行，同时通报陆军大臣。
三、动员的部队致大本营的信件，均按战时高等司令部勤务令第20条规定，在参谋部受理。
军队的行动自不待言，凡有关作战的问题，历来都事无巨细地上奏，请求批准。然而凡事均分纲和目，在军务繁杂的今天，事无巨细地上奏会给天皇的政务增加负担，因而于7月24日上奏天皇提出今后除主要作战命令外，附属于作战命令的一些具体事项只事先经侍从武官长向天皇报告，其实施由参谋总长负责这一要求得到了批准。
由此。参谋总长取得了临机处置权，从而使指挥统帅更加灵活。
对俄军备的实施
日中甲午战争快要结束时，陆海军研究和计划了扩充对俄军备的问题。伊藤内阁的明治29年（1896年）度预算，主要是战后付诸实行的一个预算。它的大纲就是要加强陆海军，议会赞同并通过了这个预算。
陆军计划新组建第7至第12师共6个师和2个骑兵旅、2个炮兵旅。明治29年（1896年）3月，修改陆军的平时编制，明治30年（1897年）12月着手组建新的师，大约在三年后组建完毕。
海军战胜中国海军，缴获了17艘中国舰艇，但对俄战备工作并不充分，因而计划在从明治29年（1896年）
度开始的十年计划中新建造铁甲战舰4艘以及大小舰艇94艘，另外建造杂船584艘。这个计划的目标是组建“六六舰队”（以6艘战列舰、6艘装甲巡洋舰为主力的联合舰队）。建造计划逐年有进展，明治35年（1902年）基本全部完工，并进一步加紧战备。
陆军为适应扩充军备的新形势，于明治29年（1896年）8月设置了东部（东京）、中部（大阪）、西部（小仓）都督部。都督直属于天皇，负责拟定管区内的防御计划，加强教育训练，战时担任集团军司令官。
一直负责整个陆军教育的是监军部，但明治31年（1898年）1月撤消，由陆军大臣负责，大臣之下设立了教育总监部。然而，明治33年（19OO年）4月规定，设立直属于天皇的教育总监部，负责计划整个陆军的教育，使之协调发展（都督的军队教育职责被取消，成为教育总监的职责）。这一时期教育总监的地位还很低，但他作为天皇直属机关的长官，后来与陆军大臣、参谋总长同被称为陆军三长官。
海军也把历来由海军省军务局负责的教育事务分离出来，新设立了隶属于海军大臣的海军教育部，主要管辖海军各学校，并负责海军军事教育的统一发展。
以实现陆海军平等为目标 根据日中甲午战争中的战果，明治29年（1896年）3月，对《海军军令部条例》作了如下修改。
第一条 海军军令部设于东京，负责制定国防及用兵计划，监督教育训练。
第二条 海军军令部设部长，由海军上将或中将担任，直属于天皇，参与筹划最高统帅部的机密事务，并管理部务。
第三条 海军军令部长掌管有关海军军令事宜，并参与制定计划，天皇批准后移交海军大臣。
这次修改是对明治26年（1893年）10月修改的《参谋部条例》中的条文和字句的综合整理，其目的是要明确平时陆海军两个统帅部是平等的。这部条例除在明治31年（1898年）1月的修改中删除了第一条的‘监督教育训练”几个字之外，未作其他变动，一直使用到昭和8年（1932年）制定《军令部令》时为止。
明治29年（1896年）5月，《海军军令部条例》修改一个多月之后，又修改了《参谋部条例》。修改的理由是，根据日中甲午战争的经验需扩大参谋部的组织，以适应将来最高统帅部对重大作战行动的策划和领导。其主要条文如下。
第一条 参谋部负责有关国防和用兵之—切事宜。
第二条
参谋总长由陆军上将或陆军中将担任，由天皇任命并直属于天皇，参与计划最高统帅部的军务，负责国防和用兵方面的一切计划，并统管参谋部。
第三条 参谋总长负责拟定有关国防计划和用兵命令及条规，天皇批准后移交陆军大臣。
新条例与旧条例基本上一样。第一条中“负责国防和用兵”改为“负责有关国防和用兵之—切事宜”，仍然表明了陆主海从的指导思想。
关于扩充组织、增加定员问题，列举的理由是：参谋勒务专业化，保障战时司令部的人员，以及为掌握各国军事形势增加驻外军官等等。
明治38年（1905年）12月，又对《参谋部条例》条文中的个别字句进行了修改，在明治41年（1908年）12月的修改中删除了第五条，这一条被写进了《陆军省、参谋部有关业务责任规定》中。昭和11年（1936年）虽又进行了修改，但其主要任务并没有变化。
元帅府的设立
明治31年（1898年）1月19日设立了元帅府作为在军务上辅佐天皇的最高机关。天皇为此下达的御命中称：“朕为在军务上得到辅佐，特设元帅府，在陆海军上将中挑选功劳卓著者担任联之军务顾问。同日制定的《元帅府条例》主要条款如下。
第一条 对列入元帅府的陆海军上将，特授元帅称号。
第二条 元帅府是军事上的最高顾问。
第三条 元帅应奉御命监督陆海军。
20日，陆军上将山县有朋、小松宫彰仁亲王、大山岩、海军上将西乡从道被授予元帅称号，列入元帅府（此前，虽在明治5年7月有西乡隆盛晋为陆军元帅之先风，但那是陆军组织制度中官职的名称，与此次的元帅称号完全不同）。
根据这部条例，元帅在国法上没有固定的职务，也没有定期的会议和办公的官厅。由于没有元帅会议这种综合意见的机关，因而，作为最高顾问的责任，其实就是每个元帅自负其责。而且元帅没有退休制，所以终身以陆军上将的军衔服现役。
元帅和明治26年（1893年）设置的军事参议官一样，都直属于天皇。但是，军事参议官参与研究军事方面的机密事务，而元帅则是天皇军事上的最高顾问，因而其职位高、权力大。
此外，军事参议官由军政、军令机关的现职长官担任，在它的会议上审议关于陆海军之事宜，或关于陆海两军事宜，而元帅府则是一个超越陆海军的机构，比军事参议官有高得多的权力和权威。
设立这种元帅府，是适应军事上的需及为对俄作战做准备。但在内部，山县有朋等军队领导人似乎有针对伊藤博文等文官派和新兴政党势力、巩固军队地位的企图。
实际上，元帅府只是在刚设立时居于军政、军令之上，有很大的权威；后来到大正、昭和年代，就逐渐改变了当初的性质，似乎成了对老将们的一种照顾。
《元帅府条例》制定以来，列入元帅府的人有陆军的山县有朋、小松宫彰仁亲王、大山岩、野津道贯、奥保巩，长谷川好道、伏见宫贞爱亲王、川村景明、闲院宫载仁亲王、寺内正毅、上原勇作、久弥宫邦彦王、梨本宫守正王、武藤信义、寺内寿一、杉山元、烟俊六等17人；海军的西乡从道、伊东佑亨、井上良馨、东乡平八郎、有栖川宫威仁亲王、伊集院五郎、东伏见宫依仁亲王、岛村速雄、加藤友三郎、伏见宫博恭王、山本五十六、永野修身、古贺峰一等13人。
第一节 对俄战备的加强
俄国染指满洲和朝鲜
日中甲午战争剐结束，俄国便与中国政府签订了俄中密约，企图染指满洲。明治31年（1898年）取得了中东铁路的修筑权，进而缔结了它梦寐以求的旅顺、大连租借协定。
欧美列强的战略矛头也指向了中国，德国、法国和英国分别租借了胶州湾、广州湾和威海卫，并开始了索取铁路修筑权的争夺。而且欧美列强将其势力范围扩大到夏威夷以及菲律宾、南洋群岛、萨摩亚群岛、澳大利亚等整个太平洋地区。
俄国在这以后集个力量经营旅顺和大连，在进入朝鲜的问题上，对日本采取调和态度。但到明治33年（190O年），俄国逼近朝鲜，租借了马山附近作为舰队停泊地。还缔结了俄朝密约，规定巨济岛及其对岸的陆地不得租借给俄国以外的国家。俄国还取得了开发鸭绿江畔资源的特权，其势力在逐渐沿朝鲜半岛向南扩展。因此，一直在卧薪尝胆、挤命加强国力的日本便与明目张胆地企图侵略远东的俄国，以朝鲜为舞台，形成了尖锐的对立。
另一方面列强的侵略激起了中国人民的愤慨，明治33年（19OO年）5月，爆发了义和团起久随即发展为八国联军之役。
日、英、美、法、意、德、奥、俄等在中国享有特权的八国联合出兵进攻天津和北京，救援公使馆，保护了侨民。
此时，日本首先派出陆战队于6月3日警卫驻北京的公使馆，尔后参加各国联合组成的陆战队，占领了大沽炮台。接着任命参谋部第二部长福岛安正少将为中国临时派遣队司令官，派遣第5师的一部于7月14日占领了天津。
但因局势进一步恶化，又把第5师（师长山口素臣中将）主力派往天津，山口中将任各派遣队的指挥官。
在此期间副参谋长寺内正毅中将被派往天津与各国联军的指挥官员们协商，研究联合攻打北京的作战计划。稻岛少将在山口中将到达后，担任联军的参谋。联军与中国军队边战斗边前进，8月14日占领北京。媾和谈判虽进展困难，但最后于明治34年（1901年）9月7日签订了条约。
在八国联军之役期间，俄国以保卫中东铁路为借口，大举出兵，很快占领了整个满洲。而且其势力又扩张到朝鲜土地上。
对比日本很难依靠自己的力量把俄国从朝鲜赶出去。因而，日本在考底要么寻求与俄国签订协定的途径，缓和它的侵略政策，要么与欧洲其他国家联合抗俄。但形势促使日本与积极联日的英国携起手来，明治34年（1901年）6月组成的桂太郎内阁大力促进了日英同盟的缔结。终于在明治35年（1902年）1月30日签订了盟约。这一同盟后来对日英双方都成了一种巨大的力量。
八国联军之役期间的统帅命令
八国联军之役开始时，第5师已经动员并开始了行动。但在战时或发生事变时尚末设置大本营期间，对于动员的各部分队下达及其受领的命令、报告，历来没有明确的规定，因而在处理上有时无所适从。
于是，参谋总长于7月20日上奏天皇，要求在战时或发生事变时尚未设置大本营期间，动员的各部分队的各种勤务按以下规定实施，并得以批推。
一、所有被动员的部队，其各种勤务均按战时诸勤务之规定实施。
二、对动员的部队下达的军电由参谋总长拟定，经天皇批准，由参谋总长按御命实行，同时通报陆军大臣。
三、动员的部队致大本营的信件，均按战时高等司令部勤务令第20条规定，在参谋部受理。
军队的行动自不待言，凡有关作战的问题，历来都事无巨细地上奏，请求批准。然而凡事均分纲和目，在军务繁杂的今天，事无巨细地上奏会给天皇的政务增加负担，因而于7月24日上奏天皇提出今后除主要作战命令外，附属于作战命令的一些具体事项只事先经侍从武官长向天皇报告，其实施由参谋总长负责这一要求得到了批准。
由此。参谋总长取得了临机处置权，从而使指挥统帅更加灵活。
对俄军备的实施
日中甲午战争快要结束时，陆海军研究和计划了扩充对俄军备的问题。伊藤内阁的明治29年（1896年）度预算，主要是战后付诸实行的一个预算。它的大纲就是要加强陆海军，议会赞同并通过了这个预算。
陆军计划新组建第7至第12师共6个师和2个骑兵旅、2个炮兵旅。明治29年（1896年）3月，修改陆军的平时编制，明治30年（1897年）12月着手组建新的师，大约在三年后组建完毕。
海军战胜中国海军，缴获了17艘中国舰艇，但对俄战备工作并不充分，因而计划在从明治29年（1896年）
度开始的十年计划中新建造铁甲战舰4艘以及大小舰艇94艘，另外建造杂船584艘。这个计划的目标是组建“六六舰队”（以6艘战列舰、6艘装甲巡洋舰为主力的联合舰队）。建造计划逐年有进展，明治35年（1902年）基本全部完工，并进一步加紧战备。
陆军为适应扩充军备的新形势，于明治29年（1896年）8月设置了东部（东京）、中部（大阪）、西部（小仓）都督部。都督直属于天皇，负责拟定管区内的防御计划，加强教育训练，战时担任集团军司令官。
一直负责整个陆军教育的是监军部，但明治31年（1898年）1月撤消，由陆军大臣负责，大臣之下设立了教育总监部。然而，明治33年（19OO年）4月规定，设立直属于天皇的教育总监部，负责计划整个陆军的教育，使之协调发展（都督的军队教育职责被取消，成为教育总监的职责）。这一时期教育总监的地位还很低，但他作为天皇直属机关的长官，后来与陆军大臣、参谋总长同被称为陆军三长官。
海军也把历来由海军省军务局负责的教育事务分离出来，新设立了隶属于海军大臣的海军教育部，主要管辖海军各学校，并负责海军军事教育的统一发展。
以实现陆海军平等为目标 根据日中甲午战争中的战果，明治29年（1896年）3月，对《海军军令部条例》作了如下修改。
第一条 海军军令部设于东京，负责制定国防及用兵计划，监督教育训练。
第二条 海军军令部设部长，由海军上将或中将担任，直属于天皇，参与筹划最高统帅部的机密事务，并管理部务。
第三条 海军军令部长掌管有关海军军令事宜，并参与制定计划，天皇批准后移交海军大臣。
这次修改是对明治26年（1893年）10月修改的《参谋部条例》中的条文和字句的综合整理，其目的是要明确平时陆海军两个统帅部是平等的。这部条例除在明治31年（1898年）1月的修改中删除了第一条的‘监督教育训练”几个字之外，未作其他变动，一直使用到昭和8年（1932年）制定《军令部令》时为止。
明治29年（1896年）5月，《海军军令部条例》修改一个多月之后，又修改了《参谋部条例》。修改的理由是，根据日中甲午战争的经验需扩大参谋部的组织，以适应将来最高统帅部对重大作战行动的策划和领导。其主要条文如下。
第一条 参谋部负责有关国防和用兵之—切事宜。
第二条
参谋总长由陆军上将或陆军中将担任，由天皇任命并直属于天皇，参与计划最高统帅部的军务，负责国防和用兵方面的一切计划，并统管参谋部。
第三条 参谋总长负责拟定有关国防计划和用兵命令及条规，天皇批准后移交陆军大臣。
新条例与旧条例基本上一样。第一条中“负责国防和用兵”改为“负责有关国防和用兵之—切事宜”，仍然表明了陆主海从的指导思想。
关于扩充组织、增加定员问题，列举的理由是：参谋勒务专业化，保障战时司令部的人员，以及为掌握各国军事形势增加驻外军官等等。
明治38年（1905年）12月，又对《参谋部条例》条文中的个别字句进行了修改，在明治41年（1908年）12月的修改中删除了第五条，这一条被写进了《陆军省、参谋部有关业务责任规定》中。昭和11年（1936年）虽又进行了修改，但其主要任务并没有变化。
元帅府的设立
明治31年（1898年）1月19日设立了元帅府作为在军务上辅佐天皇的最高机关。天皇为此下达的御命中称：“朕为在军务上得到辅佐，特设元帅府，在陆海军上将中挑选功劳卓著者担任联之军务顾问。同日制定的《元帅府条例》主要条款如下。
第一条 对列入元帅府的陆海军上将，特授元帅称号。
第二条 元帅府是军事上的最高顾问。
第三条 元帅应奉御命监督陆海军。
20日，陆军上将山县有朋、小松宫彰仁亲王、大山岩、海军上将西乡从道被授予元帅称号，列入元帅府（此前，虽在明治5年7月有西乡隆盛晋为陆军元帅之先风，但那是陆军组织制度中官职的名称，与此次的元帅称号完全不同）。
根据这部条例，元帅在国法上没有固定的职务，也没有定期的会议和办公的官厅。由于没有元帅会议这种综合意见的机关，因而，作为最高顾问的责任，其实就是每个元帅自负其责。而且元帅没有退休制，所以终身以陆军上将的军衔服现役。
元帅和明治26年（1893年）设置的军事参议官一样，都直属于天皇。但是，军事参议官参与研究军事方面的机密事务，而元帅则是天皇军事上的最高顾问，因而其职位高、权力大。
此外，军事参议官由军政、军令机关的现职长官担任，在它的会议上审议关于陆海军之事宜，或关于陆海两军事宜，而元帅府则是一个超越陆海军的机构，比军事参议官有高得多的权力和权威。
设立这种元帅府，是适应军事上的需及为对俄作战做准备。但在内部，山县有朋等军队领导人似乎有针对伊藤博文等文官派和新兴政党势力、巩固军队地位的企图。
实际上，元帅府只是在刚设立时居于军政、军令之上，有很大的权威；后来到大正、昭和年代，就逐渐改变了当初的性质，似乎成了对老将们的一种照顾。
《元帅府条例》制定以来，列入元帅府的人有陆军的山县有朋、小松宫彰仁亲王、大山岩、野津道贯、奥保巩，长谷川好道、伏见宫贞爱亲王、川村景明、闲院宫载仁亲王、寺内正毅、上原勇作、久弥宫邦彦王、梨本宫守正王、武藤信义、寺内寿一、杉山元、烟俊六等17人；海军的西乡从道、伊东佑亨、井上良馨、东乡平八郎、有栖川宫威仁亲王、伊集院五郎、东伏见宫依仁亲王、岛村速雄、加藤友三郎、伏见宫博恭王、山本五十六、永野修身、古贺峰一等13人。
第二节 统帅机构内陆海军的斗争
纠纷的开始
日中甲午战争前，在统帅部门，陆海军围绕建立在陆主海从思想基础上的参谋总长的权限问题发生了对立，因而，《陆海军交涉程序》等一直悬而末决，战争刚结束，这些问题就成了纠纷的祸根，陆海军间不和谐的倾向日趋严重。
明治29年（1896年）11月29日，小松宫参谋总长把《明治30年度大本营动员计划书》（草案）进交海军大臣西乡从道，要求在当年底之前通报参加大本营的海军军官的衔级、姓名。参谋部没有规定大本营的动员计划的负责人，长此以往会给工作带来不便，因而首先采取了内定由参谋总长负责制定明治30年度计划的措施。
对此海军大臣于12月22日答复说，在不设置大本营期间，没有规定大本营动员计划的负责人，因而只有陆海军各自制定计划，拒绝通报大本营参加者名单。
翌年9月18日，参谋总长说“虽有必要确定大本营的动员条文，但由于没有对平时动员谁备进行综合、计划的负责人，因而由本职负责”并把《大本营动员计划令》（草案）送交海军大臣，说是要呈请天皇批准，所以要迅速征求意见。27日，海军大臣回答说，陆军认为大本营动员计划主要由陆军负责，海军只不过处于辅助地位，因而海军不能同意。希望参加大本营的人员由陆海军各自计划待大本营成立时再联合编成。
对此，参谋总长认为根据规定，总长战时参与最高统帅部对机密事务的计划，负责制定陆海军的重大作战行动计划这些问题必须平时就着手计划准备。翌年度计划的时间已迫近，拟按原草案送上，请天皇批准。因而需同海军联系。10月30日向海军大臣送交了一份指定动员时海军方面派遣的职员之衔级、人数、配置的文书。
接着于11月11日，参谋总长通知海军大臣并与之协商：已将海军军令部长伊东佑亨、海军大臣西乡从道列作《明治31年度大本营职员》中的海军将官，拟呈请天皇批准。海军方面对此十分恼怒。
第二天即11月12日，西乡海军大臣把两份文书都退给了小松官参谋总长，并说，《战时大本营条例》是规定战时参谋总长的职责的，平时计划和准备陆海军的重大作战行动，不属于参谋总长的职权范围。此次只按贵职一个人的意见呈请批准的大本营动员计划令，在本大臣职务执行上有些不便。
要促使防海军剑拔弩张的是防务条例问题。防务条例是在日中甲午战争末期的明治28年（1895年）1月15日，为防守东京及全国沿海要地而规定陆肋海军责任区分．指挥系统等协同作战纲要的。
这部条例规定，东京防御总督（直属于天皇的陆军上将或中将）统一指挥要塞司令官、师长、横须贺镇守府司令长官，制定总的计划。矛盾的产生是从明治31年（1898年）年底开始的。
12月26日，东京防御总督陆军中将奥保巩向横须贺镇守府司令长官海军中将鲛岛具规发出训令：制定并报告明治32年度的《横须贺军港防御计划》和《东京湾口海上防御计划》。
但是，鲛岛司令长官却以平时没有受防御总督吩咐的规定为由，把训令退给了奥总督（海军方面主张防务条例只在战时才有效的根据并不明确）。此后，训令在总督和司令长官之间反复推来推去，情况越来越险恶。
围绕防务条例问题在统帅机构内也一直存在着分歧。明治31年（1898年）12月13日，陆军大臣桂太邮照会海军大臣山本权兵卫，希望他命令吴、佐世保各镇守府司令长官制定并报告要塞动员计划，海军大臣则以不应由镇守府司令长官制定这种计划为由予以拒绝，并把有关文件退给陆军大臣。
上述纠纷是双方未充分协商加引起的。其原因之一还是一个感情问题，即海军对把自己置于陆军指挥之下极端反感。此外，陆海军对于“动员”问题的想法大相径庭。在作战上，陆海军相比，海军具有移动、集中迅速的特点，情况变化也急剧；而陆军机动性小，情况变化也较缓慢。因而关于年度计划的问题，陆军重视划定一个现实的计划，即在战时基本上能将原计划付诸实施。而海军则强调平时只制定一个大纲性的计划，待战时再根据当时的情况进行具体研究。
陆海军围绕大本营问题的激烈争论
山本权兵卫于明治21年（1898年）11月就任海军大臣伊始，便急不可耐地修改体现陆主海从思想的各种条例，争取陆海军完全平等提高海军的地位。山本出生于萨藩，是个天才人物，很早就在军内发展他的势力，从军务局长一跃成为海军大臣，一直担任到明治39年（1906年）1月。他是培植对抗陆军山县有朋的势力的实权人物。
山本海军大臣于明治32年（1899年）1月19日将《战时大本营条例》和《防务条例》修正案交给陆军大臣桂太郎，并提议，如无异议，拟陆海军大臣联名提交内阁会议。
在《战时大本营条例》修正案中，是要把第二条规定的制定陆海军重大作战行动计划由“参谋总长”负责改为由“特别受权的将官”负责。其理由是，参谋总长和海军军令部长在国防用兵上的职责同样重要。战时，把海军军令部长的职责也归属于参谋总长会造成秩序上的混乱，因而必须指定按任免令担任这一职务的将宫。
《防务条例》修正案的主要修改条款是要把东京地区分成东京和东京湾口两个方向，横须贺镇守府司令长官脱离东京防御总督的指挥。
但是陆军省和参谋部不同意海军的修正案，特别是参谋总长川上操六坚决反对这种做法。其理由是，必须按平时的国防计划制定战时陆海军的重大作战行动计划。制定这一计划必须由一个人负责，还必须从平时就参与准备和计划工作。平时准备工作是否周密，决定着战时的胜负。临到战时再确定负责人是十分冒险的。必须平时根据盾担负的任务决定适宜的负责人。现在须立即着手研究的，不是修改《战时大本营条例》，而是制定该条条例规定的、悬沉未决的《陆海军交涉程序》。另外还认为，《防务条例》修正案中不能把东京湾的防御和陆上防御截然分开，因为两者是密切相关的。
在海军大臣提出建议7个月之后的9月30日，陆军大臣答复海军大臣说，不能同意海军的方案，还附带一份阐明上述理由的文件。
参谋总长川上操六虽是萨藩人，但派别观念薄弱，明治22年（1889年）以来，担任副总长职务，他全神贯注于日中甲午战争中的对华作战上，于明治30年（1898年）1月升为参谋总长，致力于对俄作战准备。翌年5月病故。大山岩上将继任参谋总长。
陆军大臣桂太郎是长藩人，在军政方面是仅次于山县有朋的实权人物。从明治31年（1898年）起担任了3年陆军大臣。他的后任是儿玉源太郎，也是长藩人。接着，由寺内正毅任陆军大臣。
海军大臣和陆军大臣单独“帷幄上奏”
陆军大臣正式答复后，陆海军间虽进行过口头交涉但意见并未能统一。因而，海军大臣山本于明治32年（1899年）10月26日向内阁会议提交了《战时大本营条例》和《防务条例》的修正案。与此同时提出的意见书的主要内容是，“战时作战的大计划需在平时制定，因而事先负责制定这种计划的参谋总长和海军军令部长，战时将立即成为大本营的各首席参谋，参与计划最高统帅部的机密事务，必要时制定陆海军的重大作战行动计划。除这两人之外，没有必要再设单一的制定计划的负责人。可由能预计陆海军在何种情况下将发生意见分歧，能协调和裁决陆海军当局者意见的德才兼备、办事果断的人，临时担任大本营参谋长。这个人不一定就是参谋总长或者海军军令部长，其人选出天皇圣断。”
当时的首相山县有朋，他反对这一修正案。但内阁会议之后，将实际情况报告了天皂，由于此事事关重大，因而决定由海军大臣“帷幄上奏”。山本海军大臣与陆军大臣的协商达成妥协无望，因而决定奏请天皇裁决，在通知首相和陆军大臣之后，于11月8日上奏天皇。
为此，陆军大臣桂太郎于11月13日通知海军大臣之后，也将不赞成海军大臣的修正案的理由上奏天皇。奏章中陈述了过去陆海军交涉的过程，反对海军大臣意见的理由，认为无需修改现行的《战时大本营条例》，应保持《防务条例》的原则等。其主要论点是：
（一）没有临时担任大本营参谋长的适当人选。就是说，海军大臣认为，参谋总长缺乏海军知识和经验，因而不能担任大本营参谋长，但却找不出陆海军知识相经验兼有的人材。而且海军大巨的意思并不是在参谋总长和海军军令部长两人中选一人。但除这两人之外，再没有平时致力于国防用兵计划研究的其他人选。
（二）制定陆海军的重大作战行动计划，是规定国防用兵的总方针，拟定陆海军重大作战行动的协同计划，无需高深的专门知识和经验，需要平时熟悉陆海军情况。
（三）战时如果由局外人临时担任参谋长，而他对平的拟定的计划持异议，就会造成极其危险的后果。平时制定战时大本营条例的目的就是为了平时由参谋总长进行战时的准备。
（四）从各国的情况看，很明显国家的防卫也都是以海军为主，所以，大本营参谋长由参谋总长担任是适宜的。
（五）为了明确平时和战时陆海军的关系，必须迅速协商《陆海军交涉程序》。
陆军方面认为，海军为了争取陆海军两位统帅部长的对等地位，首先要按与《参谋部条例》同样的标准逐步修改《海军军令部条例》，再以此为根据，修改他们早就要修改的大本营条例。他们虽然提出了许多修改理由，但关键还在于企图取得陆海军对等地位。
但是，当时的海军已不同于昔日的海军，它已经扩充和发展到不能屈居于陆军之下的地步。从国际形势看海军在国防上的地位也显著提高了。因而现在不是毫无意义地去争论陆主海从或陆海平等的问题，而是必须考虑如何使陆海军协调一致的措施的时候了。为了达到陆海军密切协同的目的，不是仅仅任命一个参谋长，而最好是平时在陆海军之下筹建设有参谋长的联合机构。
对元帅府的垂询
陆海军两位大臣间发生的意见分歧，最后只好奏请天皇裁决。天皇认为，“对日中甲午战争的处置也证明了现行条例并非完全不可行，今天两位大臣如意见不统一，可否时搁置起来。”于是命令将《战时大本营条例》修正案封起来搁置一旁，仅就《防务条例》的修改问题。向元帅府垂询。
山本海军大臣得知此事后，立即起草了一份很长的“申明书”，分送各位元帅以求最终实现修改条例的目的。“申明书”中激烈地攻击和反驳了陆军大臣上奏的《战时大本营条例》修改意见，还认为，在日中甲午战争今证明行之有效的现行大本营条例也必须适应时代的发展。海军在战略上、通商航海保护上和外交政策上显得越来越重要，再不能屈居于陆军之下了，陆海军两个统帅机关必须绝对平等（末发现修改《防务条例》的“申明书”）。
当时共有四名元帅。小松宫彰仁元帅两年前还担任参谋总长，大山元帅为现任参谋总长，山县元帅任总理，西乡元帅为前海军大臣，曾负责修改《海军军令部条例》。但据说，元帅们都脱离开个人的立场，而以元帅的身份进行了审议。
明治33年（19OO年）2月，四位元帅联名就《防务条例》的修改问题回奏天皇，内容包括：平时陆海军总的防御计划、战时各防御地区的指挥系统、在东京地区的防御中将东京湾口地区和陆上防御分开等。天皇特区—方案下发给陆海军大臣，命令他们进行磋商。然后陆海军之间进行协商，两位大臣联名上奏天皇下令对这一上奏方案进行修改，然后再次上奏，几经周折之后，才于明治34年（19O1年）1月颁布了新防务条例。
纠纷的开始
日中甲午战争前，在统帅部门，陆海军围绕建立在陆主海从思想基础上的参谋总长的权限问题发生了对立，因而，《陆海军交涉程序》等一直悬而末决，战争刚结束，这些问题就成了纠纷的祸根，陆海军间不和谐的倾向日趋严重。
明治29年（1896年）11月29日，小松宫参谋总长把《明治30年度大本营动员计划书》（草案）进交海军大臣西乡从道，要求在当年底之前通报参加大本营的海军军官的衔级、姓名。参谋部没有规定大本营的动员计划的负责人，长此以往会给工作带来不便，因而首先采取了内定由参谋总长负责制定明治30年度计划的措施。
对此海军大臣于12月22日答复说，在不设置大本营期间，没有规定大本营动员计划的负责人，因而只有陆海军各自制定计划，拒绝通报大本营参加者名单。
翌年9月18日，参谋总长说“虽有必要确定大本营的动员条文，但由于没有对平时动员谁备进行综合、计划的负责人，因而由本职负责”并把《大本营动员计划令》（草案）送交海军大臣，说是要呈请天皇批准，所以要迅速征求意见。27日，海军大臣回答说，陆军认为大本营动员计划主要由陆军负责，海军只不过处于辅助地位，因而海军不能同意。希望参加大本营的人员由陆海军各自计划待大本营成立时再联合编成。
对此，参谋总长认为根据规定，总长战时参与最高统帅部对机密事务的计划，负责制定陆海军的重大作战行动计划这些问题必须平时就着手计划准备。翌年度计划的时间已迫近，拟按原草案送上，请天皇批准。因而需同海军联系。10月30日向海军大臣送交了一份指定动员时海军方面派遣的职员之衔级、人数、配置的文书。
接着于11月11日，参谋总长通知海军大臣并与之协商：已将海军军令部长伊东佑亨、海军大臣西乡从道列作《明治31年度大本营职员》中的海军将官，拟呈请天皇批准。海军方面对此十分恼怒。
第二天即11月12日，西乡海军大臣把两份文书都退给了小松官参谋总长，并说，《战时大本营条例》是规定战时参谋总长的职责的，平时计划和准备陆海军的重大作战行动，不属于参谋总长的职权范围。此次只按贵职一个人的意见呈请批准的大本营动员计划令，在本大臣职务执行上有些不便。
要促使防海军剑拔弩张的是防务条例问题。防务条例是在日中甲午战争末期的明治28年（1895年）1月15日，为防守东京及全国沿海要地而规定陆肋海军责任区分．指挥系统等协同作战纲要的。
这部条例规定，东京防御总督（直属于天皇的陆军上将或中将）统一指挥要塞司令官、师长、横须贺镇守府司令长官，制定总的计划。矛盾的产生是从明治31年（1898年）年底开始的。
12月26日，东京防御总督陆军中将奥保巩向横须贺镇守府司令长官海军中将鲛岛具规发出训令：制定并报告明治32年度的《横须贺军港防御计划》和《东京湾口海上防御计划》。
但是，鲛岛司令长官却以平时没有受防御总督吩咐的规定为由，把训令退给了奥总督（海军方面主张防务条例只在战时才有效的根据并不明确）。此后，训令在总督和司令长官之间反复推来推去，情况越来越险恶。
围绕防务条例问题在统帅机构内也一直存在着分歧。明治31年（1898年）12月13日，陆军大臣桂太邮照会海军大臣山本权兵卫，希望他命令吴、佐世保各镇守府司令长官制定并报告要塞动员计划，海军大臣则以不应由镇守府司令长官制定这种计划为由予以拒绝，并把有关文件退给陆军大臣。
上述纠纷是双方未充分协商加引起的。其原因之一还是一个感情问题，即海军对把自己置于陆军指挥之下极端反感。此外，陆海军对于“动员”问题的想法大相径庭。在作战上，陆海军相比，海军具有移动、集中迅速的特点，情况变化也急剧；而陆军机动性小，情况变化也较缓慢。因而关于年度计划的问题，陆军重视划定一个现实的计划，即在战时基本上能将原计划付诸实施。而海军则强调平时只制定一个大纲性的计划，待战时再根据当时的情况进行具体研究。
陆海军围绕大本营问题的激烈争论
山本权兵卫于明治21年（1898年）11月就任海军大臣伊始，便急不可耐地修改体现陆主海从思想的各种条例，争取陆海军完全平等提高海军的地位。山本出生于萨藩，是个天才人物，很早就在军内发展他的势力，从军务局长一跃成为海军大臣，一直担任到明治39年（1906年）1月。他是培植对抗陆军山县有朋的势力的实权人物。
山本海军大臣于明治32年（1899年）1月19日将《战时大本营条例》和《防务条例》修正案交给陆军大臣桂太郎，并提议，如无异议，拟陆海军大臣联名提交内阁会议。
在《战时大本营条例》修正案中，是要把第二条规定的制定陆海军重大作战行动计划由“参谋总长”负责改为由“特别受权的将官”负责。其理由是，参谋总长和海军军令部长在国防用兵上的职责同样重要。战时，把海军军令部长的职责也归属于参谋总长会造成秩序上的混乱，因而必须指定按任免令担任这一职务的将宫。
《防务条例》修正案的主要修改条款是要把东京地区分成东京和东京湾口两个方向，横须贺镇守府司令长官脱离东京防御总督的指挥。
但是陆军省和参谋部不同意海军的修正案，特别是参谋总长川上操六坚决反对这种做法。其理由是，必须按平时的国防计划制定战时陆海军的重大作战行动计划。制定这一计划必须由一个人负责，还必须从平时就参与准备和计划工作。平时准备工作是否周密，决定着战时的胜负。临到战时再确定负责人是十分冒险的。必须平时根据盾担负的任务决定适宜的负责人。现在须立即着手研究的，不是修改《战时大本营条例》，而是制定该条条例规定的、悬沉未决的《陆海军交涉程序》。另外还认为，《防务条例》修正案中不能把东京湾的防御和陆上防御截然分开，因为两者是密切相关的。
在海军大臣提出建议7个月之后的9月30日，陆军大臣答复海军大臣说，不能同意海军的方案，还附带一份阐明上述理由的文件。
参谋总长川上操六虽是萨藩人，但派别观念薄弱，明治22年（1889年）以来，担任副总长职务，他全神贯注于日中甲午战争中的对华作战上，于明治30年（1898年）1月升为参谋总长，致力于对俄作战准备。翌年5月病故。大山岩上将继任参谋总长。
陆军大臣桂太郎是长藩人，在军政方面是仅次于山县有朋的实权人物。从明治31年（1898年）起担任了3年陆军大臣。他的后任是儿玉源太郎，也是长藩人。接着，由寺内正毅任陆军大臣。
海军大臣和陆军大臣单独“帷幄上奏”
陆军大臣正式答复后，陆海军间虽进行过口头交涉但意见并未能统一。因而，海军大臣山本于明治32年（1899年）10月26日向内阁会议提交了《战时大本营条例》和《防务条例》的修正案。与此同时提出的意见书的主要内容是，“战时作战的大计划需在平时制定，因而事先负责制定这种计划的参谋总长和海军军令部长，战时将立即成为大本营的各首席参谋，参与计划最高统帅部的机密事务，必要时制定陆海军的重大作战行动计划。除这两人之外，没有必要再设单一的制定计划的负责人。可由能预计陆海军在何种情况下将发生意见分歧，能协调和裁决陆海军当局者意见的德才兼备、办事果断的人，临时担任大本营参谋长。这个人不一定就是参谋总长或者海军军令部长，其人选出天皇圣断。”
当时的首相山县有朋，他反对这一修正案。但内阁会议之后，将实际情况报告了天皂，由于此事事关重大，因而决定由海军大臣“帷幄上奏”。山本海军大臣与陆军大臣的协商达成妥协无望，因而决定奏请天皇裁决，在通知首相和陆军大臣之后，于11月8日上奏天皇。
为此，陆军大臣桂太郎于11月13日通知海军大臣之后，也将不赞成海军大臣的修正案的理由上奏天皇。奏章中陈述了过去陆海军交涉的过程，反对海军大臣意见的理由，认为无需修改现行的《战时大本营条例》，应保持《防务条例》的原则等。其主要论点是：
（一）没有临时担任大本营参谋长的适当人选。就是说，海军大臣认为，参谋总长缺乏海军知识和经验，因而不能担任大本营参谋长，但却找不出陆海军知识相经验兼有的人材。而且海军大巨的意思并不是在参谋总长和海军军令部长两人中选一人。但除这两人之外，再没有平时致力于国防用兵计划研究的其他人选。
（二）制定陆海军的重大作战行动计划，是规定国防用兵的总方针，拟定陆海军重大作战行动的协同计划，无需高深的专门知识和经验，需要平时熟悉陆海军情况。
（三）战时如果由局外人临时担任参谋长，而他对平的拟定的计划持异议，就会造成极其危险的后果。平时制定战时大本营条例的目的就是为了平时由参谋总长进行战时的准备。
（四）从各国的情况看，很明显国家的防卫也都是以海军为主，所以，大本营参谋长由参谋总长担任是适宜的。
（五）为了明确平时和战时陆海军的关系，必须迅速协商《陆海军交涉程序》。
陆军方面认为，海军为了争取陆海军两位统帅部长的对等地位，首先要按与《参谋部条例》同样的标准逐步修改《海军军令部条例》，再以此为根据，修改他们早就要修改的大本营条例。他们虽然提出了许多修改理由，但关键还在于企图取得陆海军对等地位。
但是，当时的海军已不同于昔日的海军，它已经扩充和发展到不能屈居于陆军之下的地步。从国际形势看海军在国防上的地位也显著提高了。因而现在不是毫无意义地去争论陆主海从或陆海平等的问题，而是必须考虑如何使陆海军协调一致的措施的时候了。为了达到陆海军密切协同的目的，不是仅仅任命一个参谋长，而最好是平时在陆海军之下筹建设有参谋长的联合机构。
对元帅府的垂询
陆海军两位大臣间发生的意见分歧，最后只好奏请天皇裁决。天皇认为，“对日中甲午战争的处置也证明了现行条例并非完全不可行，今天两位大臣如意见不统一，可否时搁置起来。”于是命令将《战时大本营条例》修正案封起来搁置一旁，仅就《防务条例》的修改问题。向元帅府垂询。
山本海军大臣得知此事后，立即起草了一份很长的“申明书”，分送各位元帅以求最终实现修改条例的目的。“申明书”中激烈地攻击和反驳了陆军大臣上奏的《战时大本营条例》修改意见，还认为，在日中甲午战争今证明行之有效的现行大本营条例也必须适应时代的发展。海军在战略上、通商航海保护上和外交政策上显得越来越重要，再不能屈居于陆军之下了，陆海军两个统帅机关必须绝对平等（末发现修改《防务条例》的“申明书”）。
当时共有四名元帅。小松宫彰仁元帅两年前还担任参谋总长，大山元帅为现任参谋总长，山县元帅任总理，西乡元帅为前海军大臣，曾负责修改《海军军令部条例》。但据说，元帅们都脱离开个人的立场，而以元帅的身份进行了审议。
明治33年（19OO年）2月，四位元帅联名就《防务条例》的修改问题回奏天皇，内容包括：平时陆海军总的防御计划、战时各防御地区的指挥系统、在东京地区的防御中将东京湾口地区和陆上防御分开等。天皇特区—方案下发给陆海军大臣，命令他们进行磋商。然后陆海军之间进行协商，两位大臣联名上奏天皇下令对这一上奏方案进行修改，然后再次上奏，几经周折之后，才于明治34年（19O1年）1月颁布了新防务条例。
第三节 战时大本营的设置及其活动
元帅府的上奏
明治33年（19OO年）10月，山县内阁下台后，第四次伊藤内阁组成，桂太郎和山本权兵卫分别留任陆军大臣和海军大臣。但桂太郎不久便辞去陆军大臣职务，由台湾总督儿玉源太郎兼任。翌年6月，桂内阁成立，取代了伊藤内阁。此时，桂太郎对海军反政府、反陆军的态度感到忧虑，在他的恳求飞山本才留任海军大臣。
但是，自陆军大臣桂太郎和海军大臣山本发生严重分歧以来，《战时大本营条例》的修改问题，一直是陆海军间的一个棘手的问题。然而，围绕着俄国在满洲非法驻军问题，日俄之间形势恶化，日俄一战大势所趋，这个时候，山县和大山两位元帅对此感到忧虑。遂于明治36年（19O3年）12月呈递了奏章（西乡从道和小松宫分别于1903年7月和1903年1月去世）。
奏章中说，陆海军之统帅实现一元化很重要。但是在日本，必须把陆军和海军部作为保卫国家的军事力量，而置于同等重要的地位。因而参谋总长、海军军令部长同样都应参与最高统帅部对军事机密事务的计划，如果他们没有除天皇外任何人不得限制其行动的职权，就会为他们执行职务造成严重影响。因而，当务之急是在大本营也应废除陆海军统帅部历来的主从关系。在国防用兵上，参谋总长专门制定陆军的、海军军令部长专门制定海军的计划，消除一直存在于两者之间的意见分歧．使之感情融洽。然而仅仅如此，还可能不适应陆海军合同作战的新战法。因而，与此同时，如能设立由陆海两军高级指挥官组成的参议组织，对陆海两军的计划和行动组织协同配合就可能使陆海军双方的计划得到协调，感情得以融洽。
但在战时或发生事变时，在因时间紧急而不能等待开会做出决议的情况下，应御命会议的议长不经全体讨论向天皇陈述意见。
现在的军事参议官，不具有协调统一每个人意见的性质。而且在没有元帅的适当人选时，有时不设元帅府。因而，不论平时还是战时，均应设置参议机关，负责就重要的军事问题回奏天皇的垂询。参议官由元帅、陆海军大臣、陆海军两位统帅部长、战时任集团军司令官和舰队司令长官的将官、以及陆海军的战功卓著的将官充任。在《军事参议院条例》草案和《战时大本营条例》修正案呈送天皇后，立即得到批准。
大本营条例的修改和军事参议院的成立
明治36年（1903年）12月28日，颁布了下述《战时大本营条例》，规定参谋总长和海军军令部长同为大本营的参谋长，共同处理最高统帅部的军事机密事务。
第一条 在天皇之大麾下，设置最高统帅部称之为大本营。
第二条 大本营设参谋及各机关的高等部，其编制另行规定。
第三条 参谋总长及海军军令部长为各自的参谋之长，参与最高统帅部军事机密事务的处理，计划作战并根据最终目的负责使陆海两军的计划协调统一。
第四条 陆海军的参谋受各自参谋长的指挥，负责有关计划及军令事务。
第五条 各机关的高等部受各自参谋长的指挥，统一处理与之有关的事务。
同一天颁布了下述《军事参议院条例》，废除了《军事参议官条例》。
第一条 军事参议院在最高统帅部领导下，负责重要军事事务的咨询。
第二条 军事参议院接受咨询后．召开参议会，提出意见并上奏天皇。
第三条 军事参议院设议长、参议官、干事长及干事。
第四条 军事参议官包括以下人员：元帅、陆军大臣、海军大臣、参谋总长、海军军令部长、天皇特别任命为军事参议官的陆海军将宫。
第五条 军事参议院议长由参议官中高级的资深者担任。
第六条 必要时，可由身居要职的长官担任临时参议官，列席参议会，但要在有关的讨论事项商讨完毕后，立即解除这一职务。
第七条 有关陆海两军的事项，要审核其规划，以国防用兵为主调整双方的协同关系。
第八条 对于陆海军互不相关的事项，可召开仅由陆军或海军的参议官参加的参议会。
第九条 对于紧急问题，议长可不经参议院讨论，答复咨询。
第十条 干事长由侍从武官长或其他将官担任，负责军事参议院的总务。
军事参议院并不主动召开会议，只有在接受天皇咨询后才召集参议会。但按上述条文规定它有极大的权限。参议院要有效地发挥作用，主要靠天皇和干事长的积极性和参议官、尤其是议长的人选。
最初，组成军事参议院的有两位元帅、陆海军的四位首脑（寺内、山本、大山、伊藤）、特别任命的陆军的野津道贯、黑木为侦、奥保巩、海军的井上良馨等各位上将。从络果看，这一条例是在日俄战争爆发的四五天前制定的，战争爆发时，特别任命的陆军的三位将军均出任集团军司令官奔赴前线，参议院的阵容立时受到削弱。
大本营的编制和条令
在颁布新《战时大本营条例》的同时，陆海军就《大本营编制》修正案进行了协商。海军方面从日中甲午战争的经验中悟出一个道理：军令的实行不可没有军政的配合，而且在阵容上也要保持与陆军对等的格局。海军从这一愿望出发，要求将军政各机关列入大本营。陆军方面则认为，平常的业务应继续由陆军省、参谋部等处理，大本营编制应尽量精简，以保持大本营工作的灵活性。陆军根据这一想法提出了《战时大本着编制》和《战时大本营条令》两套方案。经陆海军协商之后，两个方案均于明治37年（1904年）2月6日得以批准。
大本营编制中包括：大本营陆军参谋（参谋部、副官部）、大本营陆军各机关（兵站总监部、大本营陆军管理部）、陆军参加大本营的其他人员（陆军大臣）、大本营海军参谋（参谋部、副官部）、海军参加大本营的其他人员和单位（海军大臣、海军军事总监部）。此后根据天皇的旨意，侍从武官被列入大本营编制（军事内局被撤销）。
从这一编制看，在机构上陆海军完全处于对等地位，是一个以武官为中心的统帅机关，但也间杂许多军政因索。具体认陆军参谋是从参谋部抽调的少量必要的人员，陆军各机关的大部分是在副总长兼任的兵站总监领导下的军令机关；而海军参谋是从海军军令部抽调的，海军各机关则是为海军大臣处理有关军政事务而设置的。海军具有与陆军不同的特点；海军省保持着比海军军令部优越得多的地位，海军大臣的权限很大。
根据《战时大本营条令》，参谋总长“负责统辖大本营陆军参谋及陆军各机关履行最高统帅部的职务，参与拟制、上奏陆军作战计划，天皇批准后由陆军各独立指挥官传达。对于陆海军的联合作战，在与海军军令部长协商、计划之后一起上奏，仅与陆军相关的作战计划，在天皇批准后，通报海军军令部长，以利于陆海军的协同配合。”海军军令部长“负责统辖海军参谋……”下文除“陆军”改成“海军”凡还规定海军军令部长的职责与参谋总长相同。随着总长和部长在地位上的平等，更具体地强调了陆海军间的协同。
陆军大臣“列席大本营会议，陪同参谋总长上奏作战计划，处理军政方面的一切事务”，海军大臣“列席大本营会队陪同海军军令部长上奏作战计划，处理军政方面的—切事务”，以期政略和战略协调一致。
新设的海军军事总监部下辖海军军事部、人事部、医务部、经理部，并规定军事总监“受海军大臣之命进行工作，井在军令部长指示下负责答复军事计划的咨询。”这些机关均由海军省的职员组成。
决定对俄政策的御前会议
八国联军之役后，俄国拒不执行俄中条约中关于从满洲撤兵的规定，并于明治26年（1893年）4月占领了鸭绿江下游的龙岩浦，建立了军事设施。这里和辽东半岛同为远东的重要军事基地。
对此，日本政府（首相桂太郎）打算作出让步，承认大大有利于俄国的—种方案，即把满洲作为俄国的势力范围，以此作为保障日本在朝鲜的权利的交换条件，并决心在这个时候通过谈判解决日俄长期悬而末决的问题。但是在朝鲜问题上—步也不退让，这里将对俄国企图控制的辽东半岛的侧后构成威胁，因而必须作好谈判破裂的思想准备。
陆军态度强硬，明治26年（19O3年）5月12日，大山参谋总长就东亚形势、俄国的行动问题上奏天皇，认为当前的战略关系于日本有利，但日久天长形势会发生逆转。如果朝鲜被纳入俄国的势力范围，日本的安全将受到成胁，因而必须迅速充实和如强军备。
接着大山参谋总长打算和伊东佑亨海军军令部长联名提出建议：当前即使付诸武力也要迅速解决朝鲜问题。但是海军军令部长末予同意，因而参谋总长于6月12日单独向内阁提交了意见书，并上奏天皇以资圣断。
山木海军大臣及其他海军首脑的主张，即使失掉朝鲜也要保卫日本的固有领土，因而反对上述上奏。
另一方面，桂首相为确定上述对俄政策首先取得了元老山县有朋和伊藤博文的谅解，尔后召开内阁会议，进一步与各元老磋商，并就6月23日的御前会议奏请天皇。这次会议有伊藤博文、山县有朋、大山岩、松方正义、井上馨等五位元老以及桂首相、小村外相、寺内陆军大臣、山本海军大臣等四位政府首脑列席，会议决定，即使赴汤蹈火也不能拱手让出朝鲜（元老既不是官名也不是职名，而是天皇为优待国家元勋任命的特别辅佐天皇者。1889年11月首先对伊藤博文和黑田清隆下达了这种诏书）。
在决定这一重大国策的御前会议上，元老的地位根高，海军的反对意见也未能扭转大局。而且陆海军统帅部未“正面交锋”，这同后来的情况相比是个值得注目的特点。
当时的陆海军作战计划是以守势作战为根本方针，而对攻势作战仅停留在一般研究上。然而，占有朝鲜对日本的国防来说是绝对必要的，因而开始具体地研究了出兵朝鲜的计划。
恰在这个时候，副总长田村恰与造少将于10月1日去世。鉴于时局的严重性，10月12日进行了异常的人事变动：免去台湾总督儿玉源太郎兼任的内务大臣职务，在继续担任台湾总督的情况下，任命他为副总长。对俄强硬派的儿玉中将出任副总长，表明了陆军决心的坚定性。
决定开战的御前会议
7月以来，政府—直同俄国谈判，力图解决满洲和朝鲜问题，但末获任何进展。此期间，俄国在满洲加强战备，增加了对朝鲜边境的压力。
这一时期，对俄国持最强硬态度的是陆军，政府内部分鹰派和鸽派，元老中也有人始终很谨慎坚持和平解决问题。因而处于军部和元老中间的政府，处境最困难。桂首相适时地召开元老会议，协商对俄方针，负责进行交涉，这种元老会议，并没有法制上的规定，而是在惯例上通过各种形式举行。大致可分为，由首相奏请，天皇作出决定的御前会议；根据天皇的咨询，元老举行的会议；首相要求元老参加的会议，召开内阁会议时要求元老出席的会议等。但首相为事前进行磋商，事后取得谅解而举行的会议为最多。
各位元老在这次元老会议上撇开现职务，陈述了立足于大局的判断。大山元帅是参谋总长但完全以另一种身份列席了会议。他不以总长的身份发表意见而且据说会议的结果也末向副总长以下人员泄漏。
12月16日在首相官邸举行的元老会议，决定进一步要求俄国答应保障满洲领土完整和我国在朝鲜问题上的要求。21日，儿玉副总长要求桂首相着手进行军事上的各种准备。首相比同意了这一要求，但伊藤和山县二位元老出于慎重末轻易作出决定，到29日，政府才向统帅部发出出兵准备的通告。
在这样的形势下，于28日完成了《战时大本营条例》的修改并制定了《军事参议院条例》。30日，统帅部在参谋部召开了第一次关于陆海军协同作战的会议。
明治37年（1904年）1月7日，参谋总长和诲军军令部长由副总长和副部长陪同第一次列席了内阁会议。这次会议是为研究于前一天收到的俄国的复电而举行的。在这份复电中，俄国态度强硬，没有妥协的余地。
11日，在元老参加下召开了内阁会议，在21日的御前会议上，讨论了决定战还是和的重大问题。伊藤、山县、松方、井上各位元老，政府各大臣，陆海军两统帅部长、副部长列席了这次御前会议，在天皇亲自主持下进行了热烈的讨论。但当天并未决定开战，暂由政府出面要求俄国重新考虑。
直到1月底，俄国还未予答复。据判断此期间俄国是在争取战争准备的时间。大山参谋总长于3月1日晋见天皇，汇报了军事形势，并上奏说，当务之急是迅速同俄国开战以获得先机制敌之利。但是据报2月3日俄国旅顺舰队突然出路去向不明。因而立即召集元老会议决定4日上午召开内阁会议，下午召开御前会议讨论开战问题。
五位元老和五位内阁成员（首相、外相、陆相、海相、藏相）参加了4日的御前会议，统帅部末参爪会上为财政问题展开了深入的讨论，日落后才做出决定。
此次会议决定：日本今后将断续地与俄国谈判并通告俄国，为了自卫和保护既得利益，日本将采取它认为必要的单方面的行动。终于定下了日俄开战的决心。
御前会议一结束，海军就向联合舰队司令长官发出了命令：昨夜从旅顾出港的俄国舰队，如采取敌对行动立即予以歼灭。陆军电令由第12师编成的朝鲜临时派遣队立即出动。为在开战时确保作战上的先机主动地位，迅速开始了行动。
设置大本营
2月5日，首先为朝鲜方向的作战，向第1集团军各部队和沿海各要塞下达了动员和紧急部署的命令。海军于6日开始了作战行动，8日在旅顺袭击敌舰，9日夜仁川近海海战中击伤两艘敌舰。
2月6日，政府向俄国政府递交断绝外交关系的公文，10日对俄宣战。6日，大山参谋总长受命组建大本营。但寺内陆军大臣以宣战前组建大本营不适当为由，拒绝立即组建。因而，组建大本营的命令于11日正式下达，13日组建完毕。
大本营设在皇宫内，陆海军有关人员分别在平时工作的官厅，即陆军部和海军部各自在参谋部和海军军令部办公，需要开会后再会集于皇宫内。
此次天皇把陆海军有关作战及其他军队、舰艇的出动和撤退等详细事项，都委任参谋总长和海军军令部长处理，因而大本营的事务分工具体，责任明确。在日中甲午战争中，大本营曾转移到广岛；今天通信和交通都很发达，同时也为了与政府保持密切的联系，使政略和战略协调一致，大本营始终没有离开东京。
大本营会议分御前会议和一般会议。一般会议天皇不出席，每周举行二至三次。在大本营御前会议上，陆海军发表议论，由天皇作出决定的情况很少（只有一次，即在1904年4月15日的会议上，讨论过关于第2集团军登陆中的陆海军协同作战问题），多数情况是报告作战经过或战况（作战计划和训令等，由各统帅部眨在这种会议之外另行奏请天皇批准）。
大本营御前会议由大本营陆军部（参谋总长、副总长、有关作战参谋、运输通信长官、野战卫生长官、野战经理长官、陆军大臣、其他必要的职员），大本营海军部（海军军令部长、副部长、有关作战参谋、海军大臣、副大臣、其他必要的职员），元老，内阁大臣（首相、外相、藏相），皇太子以及有军籍的皇族列席。也有许多人不是大本营成员，但为了解军情，进行正确的战争知道，根据天皇的意旨，必要的人员在必要时出席。
这种御前会议从明治37年（1904年）3月至10月，每月召开一至二次．仅5月份召开了4次。以后在第二年的3、6、10、12月各召开了一次。但是，会议召开的次数，比后来的日中战争和太平洋战争时期要多得多。
对于军事上的重大事件，天皇不只是等待召开会议和上奏，而是经常首先征求山县元帅的意见。据说后来在山县元帅担任参谋总长之后经常咨询桂太郎上将（首相）。
在执行大本营业务中，既没有惯例，各种规章制度也不健全。之所以能够克服这种缺点，顺利地处理了大本营业务，关键在于人事安排和协调情神。陆军在决定重大问题时，通常都要与山县元帅进行内部协商，然后在由山县元帅、桂太郎上将（陆军的长老）、寺内陆军大臣、参谋总长、副总长组成的每周例行会议上作出决定，尔后有关海军的问题，同海军进行内部协商，有关财务、外交的问题，同财务、外交部门进行内部协协商，最后把协商的结果提交大本营会议。在人事安排上，陆军有山县、大山、桂、寺内、儿玉；海军则有山本海军大臣和伊东军令部长一班人。因而可以说，大本营事实上是由一群有实权的首脑入物构成的。
元帅府的上奏
明治33年（19OO年）10月，山县内阁下台后，第四次伊藤内阁组成，桂太郎和山本权兵卫分别留任陆军大臣和海军大臣。但桂太郎不久便辞去陆军大臣职务，由台湾总督儿玉源太郎兼任。翌年6月，桂内阁成立，取代了伊藤内阁。此时，桂太郎对海军反政府、反陆军的态度感到忧虑，在他的恳求飞山本才留任海军大臣。
但是，自陆军大臣桂太郎和海军大臣山本发生严重分歧以来，《战时大本营条例》的修改问题，一直是陆海军间的一个棘手的问题。然而，围绕着俄国在满洲非法驻军问题，日俄之间形势恶化，日俄一战大势所趋，这个时候，山县和大山两位元帅对此感到忧虑。遂于明治36年（19O3年）12月呈递了奏章（西乡从道和小松宫分别于1903年7月和1903年1月去世）。
奏章中说，陆海军之统帅实现一元化很重要。但是在日本，必须把陆军和海军部作为保卫国家的军事力量，而置于同等重要的地位。因而参谋总长、海军军令部长同样都应参与最高统帅部对军事机密事务的计划，如果他们没有除天皇外任何人不得限制其行动的职权，就会为他们执行职务造成严重影响。因而，当务之急是在大本营也应废除陆海军统帅部历来的主从关系。在国防用兵上，参谋总长专门制定陆军的、海军军令部长专门制定海军的计划，消除一直存在于两者之间的意见分歧．使之感情融洽。然而仅仅如此，还可能不适应陆海军合同作战的新战法。因而，与此同时，如能设立由陆海两军高级指挥官组成的参议组织，对陆海两军的计划和行动组织协同配合就可能使陆海军双方的计划得到协调，感情得以融洽。
但在战时或发生事变时，在因时间紧急而不能等待开会做出决议的情况下，应御命会议的议长不经全体讨论向天皇陈述意见。
现在的军事参议官，不具有协调统一每个人意见的性质。而且在没有元帅的适当人选时，有时不设元帅府。因而，不论平时还是战时，均应设置参议机关，负责就重要的军事问题回奏天皇的垂询。参议官由元帅、陆海军大臣、陆海军两位统帅部长、战时任集团军司令官和舰队司令长官的将官、以及陆海军的战功卓著的将官充任。在《军事参议院条例》草案和《战时大本营条例》修正案呈送天皇后，立即得到批准。
大本营条例的修改和军事参议院的成立
明治36年（1903年）12月28日，颁布了下述《战时大本营条例》，规定参谋总长和海军军令部长同为大本营的参谋长，共同处理最高统帅部的军事机密事务。
第一条 在天皇之大麾下，设置最高统帅部称之为大本营。
第二条 大本营设参谋及各机关的高等部，其编制另行规定。
第三条 参谋总长及海军军令部长为各自的参谋之长，参与最高统帅部军事机密事务的处理，计划作战并根据最终目的负责使陆海两军的计划协调统一。
第四条 陆海军的参谋受各自参谋长的指挥，负责有关计划及军令事务。
第五条 各机关的高等部受各自参谋长的指挥，统一处理与之有关的事务。
同一天颁布了下述《军事参议院条例》，废除了《军事参议官条例》。
第一条 军事参议院在最高统帅部领导下，负责重要军事事务的咨询。
第二条 军事参议院接受咨询后．召开参议会，提出意见并上奏天皇。
第三条 军事参议院设议长、参议官、干事长及干事。
第四条 军事参议官包括以下人员：元帅、陆军大臣、海军大臣、参谋总长、海军军令部长、天皇特别任命为军事参议官的陆海军将宫。
第五条 军事参议院议长由参议官中高级的资深者担任。
第六条 必要时，可由身居要职的长官担任临时参议官，列席参议会，但要在有关的讨论事项商讨完毕后，立即解除这一职务。
第七条 有关陆海两军的事项，要审核其规划，以国防用兵为主调整双方的协同关系。
第八条 对于陆海军互不相关的事项，可召开仅由陆军或海军的参议官参加的参议会。
第九条 对于紧急问题，议长可不经参议院讨论，答复咨询。
第十条 干事长由侍从武官长或其他将官担任，负责军事参议院的总务。
军事参议院并不主动召开会议，只有在接受天皇咨询后才召集参议会。但按上述条文规定它有极大的权限。参议院要有效地发挥作用，主要靠天皇和干事长的积极性和参议官、尤其是议长的人选。
最初，组成军事参议院的有两位元帅、陆海军的四位首脑（寺内、山本、大山、伊藤）、特别任命的陆军的野津道贯、黑木为侦、奥保巩、海军的井上良馨等各位上将。从络果看，这一条例是在日俄战争爆发的四五天前制定的，战争爆发时，特别任命的陆军的三位将军均出任集团军司令官奔赴前线，参议院的阵容立时受到削弱。
大本营的编制和条令
在颁布新《战时大本营条例》的同时，陆海军就《大本营编制》修正案进行了协商。海军方面从日中甲午战争的经验中悟出一个道理：军令的实行不可没有军政的配合，而且在阵容上也要保持与陆军对等的格局。海军从这一愿望出发，要求将军政各机关列入大本营。陆军方面则认为，平常的业务应继续由陆军省、参谋部等处理，大本营编制应尽量精简，以保持大本营工作的灵活性。陆军根据这一想法提出了《战时大本着编制》和《战时大本营条令》两套方案。经陆海军协商之后，两个方案均于明治37年（1904年）2月6日得以批准。
大本营编制中包括：大本营陆军参谋（参谋部、副官部）、大本营陆军各机关（兵站总监部、大本营陆军管理部）、陆军参加大本营的其他人员（陆军大臣）、大本营海军参谋（参谋部、副官部）、海军参加大本营的其他人员和单位（海军大臣、海军军事总监部）。此后根据天皇的旨意，侍从武官被列入大本营编制（军事内局被撤销）。
从这一编制看，在机构上陆海军完全处于对等地位，是一个以武官为中心的统帅机关，但也间杂许多军政因索。具体认陆军参谋是从参谋部抽调的少量必要的人员，陆军各机关的大部分是在副总长兼任的兵站总监领导下的军令机关；而海军参谋是从海军军令部抽调的，海军各机关则是为海军大臣处理有关军政事务而设置的。海军具有与陆军不同的特点；海军省保持着比海军军令部优越得多的地位，海军大臣的权限很大。
根据《战时大本营条令》，参谋总长“负责统辖大本营陆军参谋及陆军各机关履行最高统帅部的职务，参与拟制、上奏陆军作战计划，天皇批准后由陆军各独立指挥官传达。对于陆海军的联合作战，在与海军军令部长协商、计划之后一起上奏，仅与陆军相关的作战计划，在天皇批准后，通报海军军令部长，以利于陆海军的协同配合。”海军军令部长“负责统辖海军参谋……”下文除“陆军”改成“海军”凡还规定海军军令部长的职责与参谋总长相同。随着总长和部长在地位上的平等，更具体地强调了陆海军间的协同。
陆军大臣“列席大本营会议，陪同参谋总长上奏作战计划，处理军政方面的一切事务”，海军大臣“列席大本营会队陪同海军军令部长上奏作战计划，处理军政方面的—切事务”，以期政略和战略协调一致。
新设的海军军事总监部下辖海军军事部、人事部、医务部、经理部，并规定军事总监“受海军大臣之命进行工作，井在军令部长指示下负责答复军事计划的咨询。”这些机关均由海军省的职员组成。
决定对俄政策的御前会议
八国联军之役后，俄国拒不执行俄中条约中关于从满洲撤兵的规定，并于明治26年（1893年）4月占领了鸭绿江下游的龙岩浦，建立了军事设施。这里和辽东半岛同为远东的重要军事基地。
对此，日本政府（首相桂太郎）打算作出让步，承认大大有利于俄国的—种方案，即把满洲作为俄国的势力范围，以此作为保障日本在朝鲜的权利的交换条件，并决心在这个时候通过谈判解决日俄长期悬而末决的问题。但是在朝鲜问题上—步也不退让，这里将对俄国企图控制的辽东半岛的侧后构成威胁，因而必须作好谈判破裂的思想准备。
陆军态度强硬，明治26年（19O3年）5月12日，大山参谋总长就东亚形势、俄国的行动问题上奏天皇，认为当前的战略关系于日本有利，但日久天长形势会发生逆转。如果朝鲜被纳入俄国的势力范围，日本的安全将受到成胁，因而必须迅速充实和如强军备。
接着大山参谋总长打算和伊东佑亨海军军令部长联名提出建议：当前即使付诸武力也要迅速解决朝鲜问题。但是海军军令部长末予同意，因而参谋总长于6月12日单独向内阁提交了意见书，并上奏天皇以资圣断。
山木海军大臣及其他海军首脑的主张，即使失掉朝鲜也要保卫日本的固有领土，因而反对上述上奏。
另一方面，桂首相为确定上述对俄政策首先取得了元老山县有朋和伊藤博文的谅解，尔后召开内阁会议，进一步与各元老磋商，并就6月23日的御前会议奏请天皇。这次会议有伊藤博文、山县有朋、大山岩、松方正义、井上馨等五位元老以及桂首相、小村外相、寺内陆军大臣、山本海军大臣等四位政府首脑列席，会议决定，即使赴汤蹈火也不能拱手让出朝鲜（元老既不是官名也不是职名，而是天皇为优待国家元勋任命的特别辅佐天皇者。1889年11月首先对伊藤博文和黑田清隆下达了这种诏书）。
在决定这一重大国策的御前会议上，元老的地位根高，海军的反对意见也未能扭转大局。而且陆海军统帅部未“正面交锋”，这同后来的情况相比是个值得注目的特点。
当时的陆海军作战计划是以守势作战为根本方针，而对攻势作战仅停留在一般研究上。然而，占有朝鲜对日本的国防来说是绝对必要的，因而开始具体地研究了出兵朝鲜的计划。
恰在这个时候，副总长田村恰与造少将于10月1日去世。鉴于时局的严重性，10月12日进行了异常的人事变动：免去台湾总督儿玉源太郎兼任的内务大臣职务，在继续担任台湾总督的情况下，任命他为副总长。对俄强硬派的儿玉中将出任副总长，表明了陆军决心的坚定性。
决定开战的御前会议
7月以来，政府—直同俄国谈判，力图解决满洲和朝鲜问题，但末获任何进展。此期间，俄国在满洲加强战备，增加了对朝鲜边境的压力。
这一时期，对俄国持最强硬态度的是陆军，政府内部分鹰派和鸽派，元老中也有人始终很谨慎坚持和平解决问题。因而处于军部和元老中间的政府，处境最困难。桂首相适时地召开元老会议，协商对俄方针，负责进行交涉，这种元老会议，并没有法制上的规定，而是在惯例上通过各种形式举行。大致可分为，由首相奏请，天皇作出决定的御前会议；根据天皇的咨询，元老举行的会议；首相要求元老参加的会议，召开内阁会议时要求元老出席的会议等。但首相为事前进行磋商，事后取得谅解而举行的会议为最多。
各位元老在这次元老会议上撇开现职务，陈述了立足于大局的判断。大山元帅是参谋总长但完全以另一种身份列席了会议。他不以总长的身份发表意见而且据说会议的结果也末向副总长以下人员泄漏。
12月16日在首相官邸举行的元老会议，决定进一步要求俄国答应保障满洲领土完整和我国在朝鲜问题上的要求。21日，儿玉副总长要求桂首相着手进行军事上的各种准备。首相比同意了这一要求，但伊藤和山县二位元老出于慎重末轻易作出决定，到29日，政府才向统帅部发出出兵准备的通告。
在这样的形势下，于28日完成了《战时大本营条例》的修改并制定了《军事参议院条例》。30日，统帅部在参谋部召开了第一次关于陆海军协同作战的会议。
明治37年（1904年）1月7日，参谋总长和诲军军令部长由副总长和副部长陪同第一次列席了内阁会议。这次会议是为研究于前一天收到的俄国的复电而举行的。在这份复电中，俄国态度强硬，没有妥协的余地。
11日，在元老参加下召开了内阁会议，在21日的御前会议上，讨论了决定战还是和的重大问题。伊藤、山县、松方、井上各位元老，政府各大臣，陆海军两统帅部长、副部长列席了这次御前会议，在天皇亲自主持下进行了热烈的讨论。但当天并未决定开战，暂由政府出面要求俄国重新考虑。
直到1月底，俄国还未予答复。据判断此期间俄国是在争取战争准备的时间。大山参谋总长于3月1日晋见天皇，汇报了军事形势，并上奏说，当务之急是迅速同俄国开战以获得先机制敌之利。但是据报2月3日俄国旅顺舰队突然出路去向不明。因而立即召集元老会议决定4日上午召开内阁会议，下午召开御前会议讨论开战问题。
五位元老和五位内阁成员（首相、外相、陆相、海相、藏相）参加了4日的御前会议，统帅部末参爪会上为财政问题展开了深入的讨论，日落后才做出决定。
此次会议决定：日本今后将断续地与俄国谈判并通告俄国，为了自卫和保护既得利益，日本将采取它认为必要的单方面的行动。终于定下了日俄开战的决心。
御前会议一结束，海军就向联合舰队司令长官发出了命令：昨夜从旅顾出港的俄国舰队，如采取敌对行动立即予以歼灭。陆军电令由第12师编成的朝鲜临时派遣队立即出动。为在开战时确保作战上的先机主动地位，迅速开始了行动。
设置大本营
2月5日，首先为朝鲜方向的作战，向第1集团军各部队和沿海各要塞下达了动员和紧急部署的命令。海军于6日开始了作战行动，8日在旅顺袭击敌舰，9日夜仁川近海海战中击伤两艘敌舰。
2月6日，政府向俄国政府递交断绝外交关系的公文，10日对俄宣战。6日，大山参谋总长受命组建大本营。但寺内陆军大臣以宣战前组建大本营不适当为由，拒绝立即组建。因而，组建大本营的命令于11日正式下达，13日组建完毕。
大本营设在皇宫内，陆海军有关人员分别在平时工作的官厅，即陆军部和海军部各自在参谋部和海军军令部办公，需要开会后再会集于皇宫内。
此次天皇把陆海军有关作战及其他军队、舰艇的出动和撤退等详细事项，都委任参谋总长和海军军令部长处理，因而大本营的事务分工具体，责任明确。在日中甲午战争中，大本营曾转移到广岛；今天通信和交通都很发达，同时也为了与政府保持密切的联系，使政略和战略协调一致，大本营始终没有离开东京。
大本营会议分御前会议和一般会议。一般会议天皇不出席，每周举行二至三次。在大本营御前会议上，陆海军发表议论，由天皇作出决定的情况很少（只有一次，即在1904年4月15日的会议上，讨论过关于第2集团军登陆中的陆海军协同作战问题），多数情况是报告作战经过或战况（作战计划和训令等，由各统帅部眨在这种会议之外另行奏请天皇批准）。
大本营御前会议由大本营陆军部（参谋总长、副总长、有关作战参谋、运输通信长官、野战卫生长官、野战经理长官、陆军大臣、其他必要的职员），大本营海军部（海军军令部长、副部长、有关作战参谋、海军大臣、副大臣、其他必要的职员），元老，内阁大臣（首相、外相、藏相），皇太子以及有军籍的皇族列席。也有许多人不是大本营成员，但为了解军情，进行正确的战争知道，根据天皇的意旨，必要的人员在必要时出席。
这种御前会议从明治37年（1904年）3月至10月，每月召开一至二次．仅5月份召开了4次。以后在第二年的3、6、10、12月各召开了一次。但是，会议召开的次数，比后来的日中战争和太平洋战争时期要多得多。
对于军事上的重大事件，天皇不只是等待召开会议和上奏，而是经常首先征求山县元帅的意见。据说后来在山县元帅担任参谋总长之后经常咨询桂太郎上将（首相）。
在执行大本营业务中，既没有惯例，各种规章制度也不健全。之所以能够克服这种缺点，顺利地处理了大本营业务，关键在于人事安排和协调情神。陆军在决定重大问题时，通常都要与山县元帅进行内部协商，然后在由山县元帅、桂太郎上将（陆军的长老）、寺内陆军大臣、参谋总长、副总长组成的每周例行会议上作出决定，尔后有关海军的问题，同海军进行内部协商，有关财务、外交的问题，同财务、外交部门进行内部协协商，最后把协商的结果提交大本营会议。在人事安排上，陆军有山县、大山、桂、寺内、儿玉；海军则有山本海军大臣和伊东军令部长一班人。因而可以说，大本营事实上是由一群有实权的首脑入物构成的。
对俄作战方针的制定
战争开始以及陆军是以下述方针来指导作战的：（一）以3个师先敌占领朝鲜。即使在不能掌握制海权的情况下，也要首先以一个师占领汉城；（二）满洲为主要作战地区，为在此地投入陆军主力，寻歼敌野战军，要首先向辽阳方向作战；（三）乌苏里地区为次要作战地区，以一个师把敌人牵制在这一方向上。作战进展很顺利。
第1集团军在朝鲜登陆后北进，5月1日渡过鸭绿江，将敌军主力牵制在这个方向，同时为尔后的北进做好了准备。随着第一集团军的前进，为保卫朝鲜，3月11日编成了朝鲜驻扎军。第2集团军5月5日在盐大澳附近上陆，并为在大连湾附近确立将来作战的根据地，而对金州附近之敌发起进攻，23日占领南山，尔后准备向辽阳进攻。独立第10师为同第1、2集团军相配合，5月19日在大孤山附近上陆，并向北发展进攻。6月4日，新编第3集团军准备攻取旅顺。
6月10日，山县元帅、桂首相、寺内陆军大臣、大山参谋总长、儿玉副总长等，会集大本营协商今后对俄作战的方针，确定了作战指导大纲，其要点如下。
（一）以大连湾作为在满洲地区作战的各部队之根据地。
（二）第一和第二集团军以及独立第10师向辽阳前进。此时，第1集团军从右翼实施迂回包围。
（三）预期在辽阳附近的会战达成目的后，下一个作战目标选在哈尔该。
（四）第3集团军负责攻占旅顺，占领要塞后转用于野战。
（五）在切实封锁旅顺，并能以部分舰队对付符拉迪沃斯托克之敌时，今独立第8师在北朝鲜罗津上陆，把敌人牵制在这一方向，可能时，攻占符拉迪沃斯托克。
（六）在适当时期准备编成混成旅，以便攻占库页岛。
（七）随着补给线的延伸，准备逐次组建后备旅，用以保护补给线。
战争爆发4个月，几乎动员了全部常备师，并逐次组建了后备部队。人员补充、物资补给都比较困难、从当时的国力来看这是—个宏大的作战计划，但又是一个切实而慎重的方案。
另一方面海军采取了如下方针：乘敌舰队分散在符拉迪沃斯托克和旅顺两个地区，又未完成作战准备之机，实施突然袭击予以歼灭，以获得远东的制海权。为此，明治36年（1903年）12月编成了联合舰队。下辖以战列舰为主的第1舰队和以一等巡洋舰为主的第2舰队，战争爆发后的3月，又把以旧式军舰为主的第3舰队编入联合舰队，2月9日在仁川近海湾战中击伤敌舰二艘。2月下旬以后，开始实施封锁旅顺的作战，力求取得黄海的制海权。
满洲方面军总司令部的编成和派遣
3月6日向预定在辽东半岛南部沿海登陆的第2集团军下达了动员令。这个时候，参谋部产生了组建满洲方面军总司令部的想法。儿玉副总长对松川敏风第一部长说，“在向辽东半岛派遣数支部队之后，计划将大本营之一部向前方转移。为此如皇太子殿下能出来供职是最理想的”。此后不久，于3月7日，皇太子和山县元帅即属大本营成员。
3月13日夜儿玉副总长把井口省吾、松川敏风两位部长召到参谋部居室，对他们说，“将来大本营要分为战地和本国两部分，现在参谋部的大部分要转移至战地。在本国，预定由山县元帅任总长，长冈外史少将和大岛健—少将任两人中选一人任副总长，兵站总监由宇佐川一正少将担任。”从而设想了大本营分设方案的基础。
按着又改变设想，拟将大总督府派往满洲，4月7日参谋部起草《陆军大总督府编成要领》及其条令，并同陆军省进行了内部磋商。
陆军省对此答复说，“参谋部建议设置的陆军大总督府是要指挥统辖出征的陆军，有关后方勤务问题由参谋总长按大总督的计划去处理，还要处理将官以下的人事工作。这样，大总督几乎都包揽了大本营的全部权利从而架空了大本营，有颠倒军令系统之嫌。还是不要赋予本方案中规定的那么大权利，把名称也改为陆军总督府为宜。”
5月13日，大山参煤总长就指挥出征各部队的陆军总督的设置问题秘密上奏，其主要内容是：“今天，在陆军各部队要相互配合行动的情况下，大本营转移到战地由大元帅亲由指挥最为恰当。但天皇身居海外，对内政、外交等方面会造成强大影响。因此希望任命一位总督负责对各部队的临时指挥”。
对于这一上奏，天皇征求了山县元帅的意见。山县元帅在答复中提出了以下方案：“在野战军和大本营之间设置一个中间机构，负责指挥野战军的作战（兵站、经理、人事除外）。”
儿玉副总长了解这一情况后表示了强硬的态度：“有关作战机构的编成，属于总长的责任，不能另搞—套，如若做不到，就该辞职。”为此，按首相、寺内陆军大臣、山县元帅和儿玉副总长进行了复杂的交涉，长冈少将（4月3日任大本营陆军参谋）负责进行了调停。
参谋总长及其他参谋部的首脑则主张把战地总司令部搞成一个庞大的机构，两首相、陆军大臣、山县元助以及山本海军大臣则主张机构要精干。但基本上倾向于按后者的意见办。此事变化了多次：先是战地大本营方案，后又提出大总督府方案和大司令部方案，最后改为高等司令部方案，其权限逐次受到了局限。
5月25日，参谋总长和陆军大臣被召到垒官，天皇表明了自己的意图：“为指挥出征陆军中在满洲行动的各部队，设置高等司令部并转移至战地。”由此，两派的主张在很大程度上得到了调和。但是尚存在第3集团军和乌苏里集团军的指挥系统、满洲方面军的兵站和后方机关等问题，两派继续进行了交涉。
6月20日，下达了满洲方面军总司令部的编成命令，任命了大山总司令官，儿玉总参谋长（6月7日晋升为上将）、山县参谋总长、长冈副总长。
满洲方面军总司令部的编制规模很小，军官只有25人。总司令官接到“歼灭满洲地区之敌，深入清剿敌军”的命令。7月6日从东京出发，31日到达盖平。
大本营的作战指导
7月，在辽阳会战准备过程中，当面俄军陆续增加兵力，我方只在内地留下2个师。
7月下旬查明俄国波罗的海舰队在向东航行。大本营经陆海军协商后决定，为迅速攻陷旅顺决心放弃乌苏里战役，首先派出第8师。
对于旅顺要塞，第3集团军于7月下旬占领了外围阵地，8月下旬实施了第一次总攻，只夺占了部分炮台，进攻受挫。在另一方向上，满洲方面军从8月下旬至9月上旬期间，实施辽阳会战，击馈了俄军，但由于消耗了兵力和缺乏弹药而未进行追击，错过了捕捉敌军的时机。
关于第8师的使用问题，大本营和满洲方面军反复协商是用于旅顺方向还是用于辽阳方向。最后按天皇的裁决加强了辽阳方向。乘有利战机，该师参加沙河会战并取得了胜利。尔底满洲方面军决定待来年春天解冻期转入攻势，并在沙河附近摆开了纵长的阵势。
此期间，一直在旅顺港外进行监视的联合舰队8月10日在黄海击溃了乘机逃出港外的俄国旅顺舰队，残余的俄国舰队又返回旅顺。接着于8月14日进行了蔚山海战，日本舰队取得了黄海的制海权。
现在，攻占旅顺要塞已成为在我陆海军兵力运用上取得自由的关键。但是，10月末第二次发起的总攻击又以失败告终。根据满洲方面军的强烈要求，大本营把内地唯一的战赂兵团第7师增派给第3集团军。第3集团军自11月下旬起又发起第三次总攻，但仍末奏效。因而把主攻转向203高地。经艰苦奋战，才占领了这—高地。此后战况大有进展，翌年1月1日终于攻占旅顺要塞。
大本营变更了满洲方面军的战斗序列，增加和充实了兵力。满洲方面军在1月击退俄军攻势（黑沟台战斗）之后，3月在奉天会战中获得大路过在该地附近开始调整部署。
大本营陆军部根据以往的研究研究于3月11日制定了以下作战方针：满洲方面军主力在铁岭附近采取防御态势，新编成一个集团军在乌苏里方向执行作战任务，由内地编成的一个师占领库页岛。
长冈副总长向桂首相和寺内陆军大臣阐明这一方针征得同意之后，呈报山县参谋总长、总长暂未作出决定。12日首先向儿玉总参谋长说明了内部意见，并征求对今后作战的意见。总参谋长另有考虑，只就鸭绿江集团军（由朝鲜驻扎军编成的部队）的使用方向，询问了大本营的意图。
政略和战略的—致
3月14日，大山总司令官向山县参谋总长建议：今后无论采取攻势作战还是持久作战，都必须与我们的政策相—致，并要求确立国策，迅速积校地开展外交活动。这是一次正确的意见申述，它估计了我方的战争能力，洞察了进攻作战的限度。
参谋总长当天将上述建议上奏天皇同时于15日复电大山总司令官：“关于政略和战略相一致的意见，已于10日上奏，也同政府当局充分讨论过。政府也会深谋远虑而不会坐失良机。”
参谋总长还于3月23日征得寺内陆军大臣同意后，向政府首脑们提交了一份意见书，中心内容是说，今后陆军实施新的作战时，必须估计到将是一场持续教年的持久战，因而希望政府妥善处理。
与此同时，总长就未来作战的意图向陆军参谋作了指示，制定了作战方针，并于5月31日秘密上奏。此作战方针阐述了满洲方面军的进攻作战、对符拉迪沃期托克和库页岛的占领、面临长期作战的各项方针措施。
2月27、28日，联合舰队在日本海海战中歼灭俄国波罗的海视队，给了俄国一次致命打击。俄国国内也出现了要求讲和的迹象。6月10日，美国总统建议日俄两国开始举行和谈。
为了促进和谈和创造有利条件，参谋总长于6月16日把各个方向都要采取攻势的作战方针上奏天皇。
朝鲜东北部和库页岛方向的作战进展顺利，满洲方面军准备相机给当面之敌以沉重打击。但是。俄军迅速增兵，因而大本营也给满洲方面军加强了一个师。8月，满洲方面军进一步要求新组建6个师增援。新组建6个师对国家财政来说是极为困难的。然而现实情况是，满洲方向的俄军兵力不断增加。据估计，至9月上旬，总兵力约为49个师为我方兵力的一倍半以上。
另一方面日俄全权委员自7月10日起在美国的朴次茅斯正式举行会谈，9月1日终于签订了停战协定。9月5日在讲和条约上签字。日俄战争开始以来历时20个月，至此宣告结束。
12月18日，和平已经恢复，各种战时工作也基本结束，因而天皇批准撤销大本营，20日下达了撤销令。大本营留下来的工作由参谋部和海军军令部处理，其他均恢复平时业务。
第四章 从日俄战争后到满洲事变
第一节 日俄战争后的经营
陆军的大陆扩张政策
明治38年（1905年）9月，设立了库页岛守备队，负责库页岛南部割让地区的防守。作为关东州守备机构，还设置了关东总督府。朝鲜驻扎军继续担任警备朝鲜的任务。在台湾、华北等其他海外地区驻扎一个集团军。日本的势力范围扩大了。
日俄战争以后，参谋部为防止俄国进行报复，仍以俄国为假想敌国，改变过去的守势作战，以攻势作战为基本方针，制定了《明治39年度帝国陆军作战计划》。大山参谋总长于2月16日将这一计划上奏天皇。
在
俄战争期间担任参谋总长的山县元帅，在明治38年末撤销大本营的同时，辞去了总长职务，由大山元帅继任。大山元帅在4月11日上述陆军作战计划被批准后也立即辞职。天皇亲自任命陆军所期望的儿玉源太郎上将接替他的职务。但儿玉于7月29日不幸去世，又由奥保巩上将继任参谋总长。
在儿玉任参谋总长、寺内任陆军大臣期间，陆军曾就战后经营问题进行过充分研究。总长和大臣的意见在方针上是一致的，即“战后的经营不只是从单纯的意义上决定陆海军兵力，而是确定与日本的国是相称的大政方针，即在海外拥有保护国和租借地，而且在结成日英攻守同盟（明治38年8月缔结）后，不能象过去那样只以守势作战作为国防的基本方针，必须以攻势作战作为国防的主要着眼点。”
当时参谋部作战科高级参谋田中义一中校为坚定陆军省首脑们的想法，拟定具体实施方案付出了努力。田中中校是长州人，受到山县元帅的青睐，他作为骨干参谋中的实力人物崭露头角，被看作是未来陆军的领导人。
田中中校在他的著书《随感杂录》中论述了决定国防方针的必要性，他说：“日本的国是应该始终如一，不因内阁交替等而变化，必须确立基于国是的政略。今后的政略应摆脱过去岛国的处境，要作为一个大陆国家去寻求国家前途，战略也不能与此背道而驰。”他还论述了与所谓国策相协调来确定国防上所需要的兵力问题，他说：“国家的军备要根据政略和战略来决定，政略和战略则要根据国家经济能力来确定。”“日本国军的作战应把俄国定为假想敌国，由守势转换为攻势。特别是必须迅速确定作为国军的作战方针，以便拟定陆海军协同作战计划。”
就是说，田中中校的企图在于，要政府在战后经营中确定国家的国防方针，使陆海军的意见取得一致，让政府和议会作为—项长期计划承认政略和战略的一致、以及与国防方针相适应的军备扩充方案。为此，首先要在陆海军统帅部之间统—意见。但是，事情并不那么容易。
战争开始以及陆军是以下述方针来指导作战的：（一）以3个师先敌占领朝鲜。即使在不能掌握制海权的情况下，也要首先以一个师占领汉城；（二）满洲为主要作战地区，为在此地投入陆军主力，寻歼敌野战军，要首先向辽阳方向作战；（三）乌苏里地区为次要作战地区，以一个师把敌人牵制在这一方向上。作战进展很顺利。
第1集团军在朝鲜登陆后北进，5月1日渡过鸭绿江，将敌军主力牵制在这个方向，同时为尔后的北进做好了准备。随着第一集团军的前进，为保卫朝鲜，3月11日编成了朝鲜驻扎军。第2集团军5月5日在盐大澳附近上陆，并为在大连湾附近确立将来作战的根据地，而对金州附近之敌发起进攻，23日占领南山，尔后准备向辽阳进攻。独立第10师为同第1、2集团军相配合，5月19日在大孤山附近上陆，并向北发展进攻。6月4日，新编第3集团军准备攻取旅顺。
6月10日，山县元帅、桂首相、寺内陆军大臣、大山参谋总长、儿玉副总长等，会集大本营协商今后对俄作战的方针，确定了作战指导大纲，其要点如下。
（一）以大连湾作为在满洲地区作战的各部队之根据地。
（二）第一和第二集团军以及独立第10师向辽阳前进。此时，第1集团军从右翼实施迂回包围。
（三）预期在辽阳附近的会战达成目的后，下一个作战目标选在哈尔该。
（四）第3集团军负责攻占旅顺，占领要塞后转用于野战。
（五）在切实封锁旅顺，并能以部分舰队对付符拉迪沃斯托克之敌时，今独立第8师在北朝鲜罗津上陆，把敌人牵制在这一方向，可能时，攻占符拉迪沃斯托克。
（六）在适当时期准备编成混成旅，以便攻占库页岛。
（七）随着补给线的延伸，准备逐次组建后备旅，用以保护补给线。
战争爆发4个月，几乎动员了全部常备师，并逐次组建了后备部队。人员补充、物资补给都比较困难、从当时的国力来看这是—个宏大的作战计划，但又是一个切实而慎重的方案。
另一方面海军采取了如下方针：乘敌舰队分散在符拉迪沃斯托克和旅顺两个地区，又未完成作战准备之机，实施突然袭击予以歼灭，以获得远东的制海权。为此，明治36年（1903年）12月编成了联合舰队。下辖以战列舰为主的第1舰队和以一等巡洋舰为主的第2舰队，战争爆发后的3月，又把以旧式军舰为主的第3舰队编入联合舰队，2月9日在仁川近海湾战中击伤敌舰二艘。2月下旬以后，开始实施封锁旅顺的作战，力求取得黄海的制海权。
满洲方面军总司令部的编成和派遣
3月6日向预定在辽东半岛南部沿海登陆的第2集团军下达了动员令。这个时候，参谋部产生了组建满洲方面军总司令部的想法。儿玉副总长对松川敏风第一部长说，“在向辽东半岛派遣数支部队之后，计划将大本营之一部向前方转移。为此如皇太子殿下能出来供职是最理想的”。此后不久，于3月7日，皇太子和山县元帅即属大本营成员。
3月13日夜儿玉副总长把井口省吾、松川敏风两位部长召到参谋部居室，对他们说，“将来大本营要分为战地和本国两部分，现在参谋部的大部分要转移至战地。在本国，预定由山县元帅任总长，长冈外史少将和大岛健—少将任两人中选一人任副总长，兵站总监由宇佐川一正少将担任。”从而设想了大本营分设方案的基础。
按着又改变设想，拟将大总督府派往满洲，4月7日参谋部起草《陆军大总督府编成要领》及其条令，并同陆军省进行了内部磋商。
陆军省对此答复说，“参谋部建议设置的陆军大总督府是要指挥统辖出征的陆军，有关后方勤务问题由参谋总长按大总督的计划去处理，还要处理将官以下的人事工作。这样，大总督几乎都包揽了大本营的全部权利从而架空了大本营，有颠倒军令系统之嫌。还是不要赋予本方案中规定的那么大权利，把名称也改为陆军总督府为宜。”
5月13日，大山参煤总长就指挥出征各部队的陆军总督的设置问题秘密上奏，其主要内容是：“今天，在陆军各部队要相互配合行动的情况下，大本营转移到战地由大元帅亲由指挥最为恰当。但天皇身居海外，对内政、外交等方面会造成强大影响。因此希望任命一位总督负责对各部队的临时指挥”。
对于这一上奏，天皇征求了山县元帅的意见。山县元帅在答复中提出了以下方案：“在野战军和大本营之间设置一个中间机构，负责指挥野战军的作战（兵站、经理、人事除外）。”
儿玉副总长了解这一情况后表示了强硬的态度：“有关作战机构的编成，属于总长的责任，不能另搞—套，如若做不到，就该辞职。”为此，按首相、寺内陆军大臣、山县元帅和儿玉副总长进行了复杂的交涉，长冈少将（4月3日任大本营陆军参谋）负责进行了调停。
参谋总长及其他参谋部的首脑则主张把战地总司令部搞成一个庞大的机构，两首相、陆军大臣、山县元助以及山本海军大臣则主张机构要精干。但基本上倾向于按后者的意见办。此事变化了多次：先是战地大本营方案，后又提出大总督府方案和大司令部方案，最后改为高等司令部方案，其权限逐次受到了局限。
5月25日，参谋总长和陆军大臣被召到垒官，天皇表明了自己的意图：“为指挥出征陆军中在满洲行动的各部队，设置高等司令部并转移至战地。”由此，两派的主张在很大程度上得到了调和。但是尚存在第3集团军和乌苏里集团军的指挥系统、满洲方面军的兵站和后方机关等问题，两派继续进行了交涉。
6月20日，下达了满洲方面军总司令部的编成命令，任命了大山总司令官，儿玉总参谋长（6月7日晋升为上将）、山县参谋总长、长冈副总长。
满洲方面军总司令部的编制规模很小，军官只有25人。总司令官接到“歼灭满洲地区之敌，深入清剿敌军”的命令。7月6日从东京出发，31日到达盖平。
大本营的作战指导
7月，在辽阳会战准备过程中，当面俄军陆续增加兵力，我方只在内地留下2个师。
7月下旬查明俄国波罗的海舰队在向东航行。大本营经陆海军协商后决定，为迅速攻陷旅顺决心放弃乌苏里战役，首先派出第8师。
对于旅顺要塞，第3集团军于7月下旬占领了外围阵地，8月下旬实施了第一次总攻，只夺占了部分炮台，进攻受挫。在另一方向上，满洲方面军从8月下旬至9月上旬期间，实施辽阳会战，击馈了俄军，但由于消耗了兵力和缺乏弹药而未进行追击，错过了捕捉敌军的时机。
关于第8师的使用问题，大本营和满洲方面军反复协商是用于旅顺方向还是用于辽阳方向。最后按天皇的裁决加强了辽阳方向。乘有利战机，该师参加沙河会战并取得了胜利。尔底满洲方面军决定待来年春天解冻期转入攻势，并在沙河附近摆开了纵长的阵势。
此期间，一直在旅顺港外进行监视的联合舰队8月10日在黄海击溃了乘机逃出港外的俄国旅顺舰队，残余的俄国舰队又返回旅顺。接着于8月14日进行了蔚山海战，日本舰队取得了黄海的制海权。
现在，攻占旅顺要塞已成为在我陆海军兵力运用上取得自由的关键。但是，10月末第二次发起的总攻击又以失败告终。根据满洲方面军的强烈要求，大本营把内地唯一的战赂兵团第7师增派给第3集团军。第3集团军自11月下旬起又发起第三次总攻，但仍末奏效。因而把主攻转向203高地。经艰苦奋战，才占领了这—高地。此后战况大有进展，翌年1月1日终于攻占旅顺要塞。
大本营变更了满洲方面军的战斗序列，增加和充实了兵力。满洲方面军在1月击退俄军攻势（黑沟台战斗）之后，3月在奉天会战中获得大路过在该地附近开始调整部署。
大本营陆军部根据以往的研究研究于3月11日制定了以下作战方针：满洲方面军主力在铁岭附近采取防御态势，新编成一个集团军在乌苏里方向执行作战任务，由内地编成的一个师占领库页岛。
长冈副总长向桂首相和寺内陆军大臣阐明这一方针征得同意之后，呈报山县参谋总长、总长暂未作出决定。12日首先向儿玉总参谋长说明了内部意见，并征求对今后作战的意见。总参谋长另有考虑，只就鸭绿江集团军（由朝鲜驻扎军编成的部队）的使用方向，询问了大本营的意图。
政略和战略的—致
3月14日，大山总司令官向山县参谋总长建议：今后无论采取攻势作战还是持久作战，都必须与我们的政策相—致，并要求确立国策，迅速积校地开展外交活动。这是一次正确的意见申述，它估计了我方的战争能力，洞察了进攻作战的限度。
参谋总长当天将上述建议上奏天皇同时于15日复电大山总司令官：“关于政略和战略相一致的意见，已于10日上奏，也同政府当局充分讨论过。政府也会深谋远虑而不会坐失良机。”
参谋总长还于3月23日征得寺内陆军大臣同意后，向政府首脑们提交了一份意见书，中心内容是说，今后陆军实施新的作战时，必须估计到将是一场持续教年的持久战，因而希望政府妥善处理。
与此同时，总长就未来作战的意图向陆军参谋作了指示，制定了作战方针，并于5月31日秘密上奏。此作战方针阐述了满洲方面军的进攻作战、对符拉迪沃期托克和库页岛的占领、面临长期作战的各项方针措施。
2月27、28日，联合舰队在日本海海战中歼灭俄国波罗的海视队，给了俄国一次致命打击。俄国国内也出现了要求讲和的迹象。6月10日，美国总统建议日俄两国开始举行和谈。
为了促进和谈和创造有利条件，参谋总长于6月16日把各个方向都要采取攻势的作战方针上奏天皇。
朝鲜东北部和库页岛方向的作战进展顺利，满洲方面军准备相机给当面之敌以沉重打击。但是。俄军迅速增兵，因而大本营也给满洲方面军加强了一个师。8月，满洲方面军进一步要求新组建6个师增援。新组建6个师对国家财政来说是极为困难的。然而现实情况是，满洲方向的俄军兵力不断增加。据估计，至9月上旬，总兵力约为49个师为我方兵力的一倍半以上。
另一方面日俄全权委员自7月10日起在美国的朴次茅斯正式举行会谈，9月1日终于签订了停战协定。9月5日在讲和条约上签字。日俄战争开始以来历时20个月，至此宣告结束。
12月18日，和平已经恢复，各种战时工作也基本结束，因而天皇批准撤销大本营，20日下达了撤销令。大本营留下来的工作由参谋部和海军军令部处理，其他均恢复平时业务。
第四章 从日俄战争后到满洲事变
第一节 日俄战争后的经营
陆军的大陆扩张政策
明治38年（1905年）9月，设立了库页岛守备队，负责库页岛南部割让地区的防守。作为关东州守备机构，还设置了关东总督府。朝鲜驻扎军继续担任警备朝鲜的任务。在台湾、华北等其他海外地区驻扎一个集团军。日本的势力范围扩大了。
日俄战争以后，参谋部为防止俄国进行报复，仍以俄国为假想敌国，改变过去的守势作战，以攻势作战为基本方针，制定了《明治39年度帝国陆军作战计划》。大山参谋总长于2月16日将这一计划上奏天皇。
在
俄战争期间担任参谋总长的山县元帅，在明治38年末撤销大本营的同时，辞去了总长职务，由大山元帅继任。大山元帅在4月11日上述陆军作战计划被批准后也立即辞职。天皇亲自任命陆军所期望的儿玉源太郎上将接替他的职务。但儿玉于7月29日不幸去世，又由奥保巩上将继任参谋总长。
在儿玉任参谋总长、寺内任陆军大臣期间，陆军曾就战后经营问题进行过充分研究。总长和大臣的意见在方针上是一致的，即“战后的经营不只是从单纯的意义上决定陆海军兵力，而是确定与日本的国是相称的大政方针，即在海外拥有保护国和租借地，而且在结成日英攻守同盟（明治38年8月缔结）后，不能象过去那样只以守势作战作为国防的基本方针，必须以攻势作战作为国防的主要着眼点。”
当时参谋部作战科高级参谋田中义一中校为坚定陆军省首脑们的想法，拟定具体实施方案付出了努力。田中中校是长州人，受到山县元帅的青睐，他作为骨干参谋中的实力人物崭露头角，被看作是未来陆军的领导人。
田中中校在他的著书《随感杂录》中论述了决定国防方针的必要性，他说：“日本的国是应该始终如一，不因内阁交替等而变化，必须确立基于国是的政略。今后的政略应摆脱过去岛国的处境，要作为一个大陆国家去寻求国家前途，战略也不能与此背道而驰。”他还论述了与所谓国策相协调来确定国防上所需要的兵力问题，他说：“国家的军备要根据政略和战略来决定，政略和战略则要根据国家经济能力来确定。”“日本国军的作战应把俄国定为假想敌国，由守势转换为攻势。特别是必须迅速确定作为国军的作战方针，以便拟定陆海军协同作战计划。”
就是说，田中中校的企图在于，要政府在战后经营中确定国家的国防方针，使陆海军的意见取得一致，让政府和议会作为—项长期计划承认政略和战略的一致、以及与国防方针相适应的军备扩充方案。为此，首先要在陆海军统帅部之间统—意见。但是，事情并不那么容易。
陆海军战略思想的对立
伊东佑亨上将自明治28年（1895年）5月以来，当了十年海军军令部长，明治38年（1905年）12月由东乡平八郎上将接替。自明治32年（1899年）11月至明治39年（1906年）1月，山本海军大臣也充分发挥了他的作用，后由斋藤实中将接替了他的职位。
因此，海军体现了政策的连续性，但它却具有与陆军不同的特点；即使预先详细制定了作战计划，遇事也很难按计划实行，就避免拟定详细方案。这一时期，海军的目标并不明确，这一点也可能缺乏史料依据，但下述客实可以说充分体现了海军的意向。
海军有一位佐藤铁太郎中校被称为国防论的权威人士。明治35年（1902年）已经出版了他的著作《帝国国防论》。他和田中中校一样在结论中叙述了制定《帝国国防方针》的必要性。但他强调“帝国国防应以防守自卫为宗旨，把关系到获得制海权的军备放在首位，”“军备要确保帝国及其领土安全，不让敌人踏人国内一步，还要保护海上交通，有事时迅速由和平状态转入战时体制，保障战争的最后胜利。”同年11月，这本《帝国国防论》由山本海军大臣呈送天皇，又由水交社印刷出版广泛发行。
日俄战争后，佐藤中校是海军大学的教官，讲授过《帝国国防史论》。但据说并末根据战争的经验改变其见解，只是就假想敌国问题做了新的论说，把德国作为主要敌人，对美、英、法则持极为温和的态度。至于对陆军所确定的假想敌国俄国，他说：“如果俄国确立侵略别国的国策，实际上就是亡国的征兆。”他还说，“日本不能以和平的手段来维护它在大陆所拥有的权益，不能削减在国防上为维护这种权益所必需的海上武装力量。”
佐藤中校的论点是“海主陆从”。的确他的著作给海军内部以极大影响，这一点刺激了陆军方面。当然，田中中校和佐藤中校的看法均属个人见解，但它表达了当时陆海军统帅部的意见，也表明陆海军之间存在着根本的分歧。一方面是陆军的大陆进攻论，另—方面是海军的海上防守论，二者是完全相反的两种理论。
在这种情况下很难对在维持陆海军建设的根本问题上的有关决定进行协商。因而田中中校便拟定了一个秘密方案：“在一切国务中，再也没有比制定帝国陆海军作战的统一纲领更重要的了。但是要达成一个圆满的协定却很困难。此时，最好的处理方法就是要求天皇对协定的动机问题进行干预，内阁及陆海军的计划起草当局遵奉圣旨促进协定的达成。”
当时的枢密院议长、军界资历最深的山县有朋元帅负责要求天皇出面干预。
山县有朋的上奏
明治39年（1906年）8月，山县有朋接到寺内陆军大臣递交的准备上奏的《帝国国防方针原案》。原案是田中中校负责起草的。元帅根据这一原案起草了《帝国国防方针草案》，并把该草案作为附件，于同年10月，以元师的身份，就国防方针的拟定要点上奏天皇。其主要内容是：平时要制定陆海军协同作战计划，规定双方担负的任务；陆海军的军备要按国防方针的要求实施，为执行日英同盟问的军事协定也必须制定作战计划；以俄国为第一假想敌国，中国为第二假想敌国，也要估计到把俄中两国同时作为敌国的情况，…．”等等。并表示希望就这一国防方针向元帅府提出咨询。
天皇把山县元帅的奏章压了约2个月之后，于12月14日向元帅府提出了咨询。当时的元帅有山县有朋、大山岩、野津道贯、伊东佑亨。当天的元帅会议决定把山县元帅拟定的草案作为参考资料，分发有关当局，由陆海军共同起草《帝国国防方针》，并把这一情况再次上奏。
经上述重新上奏之后，奥参谋总长、东乡海军军令部长受天皇之命开始商讨《帝国国防方针》的制定问题。当时统帅部的阵容如下：副总长福岛安正中将、第一部长松川敏风少将、第二部长松石安治上校、军令部副部长三须宗太郎中将、第一班长川岛令次郎上校。从商讨问题的性质来看，似乎陆军省和海军省都应参加研究，但两统帅部已按受天皇之命，因而任命了以下主要负责人参与上述研究：参谋部的松川少将和田中义一中校，海军军令部的川岛上校和财部彪上校。
研究工作在进行，明治40年（1907年）1月26日参谋总长和海军军令部长分别同陆军大臣和海军大臣进行协商，29日两位大臣答复说没有意见分歧。
2月1日，奥参谋总长、三须代理海军军令部长拟定了《帝国国防方针》、《国防所需兵力》、《帝国军队用兵纲领》，再次上奏，并提出，由于其中《帝国国防方针》与政策有重大关系，因此希望征询总理大臣的意见，并使之付诸审议，关于《国防所需兵力》，也希望在必要时要总理大臣过目。
接受御命的总理大臣西园寺公望于同年3月在回奏天皇肘说：“帝国国防方针以帝国之国是为依据，是非常正确的。国防所需兵力要从国家财政状况出发，逐步予以加强。”
此后于4月3日，侍从武官长冈泽精上将秉承天皇旨意，向山县元帅传达了总理大臣回奏的内容。于是，山县元帅向天皇提出，必须使《帝国国防方针》等三个文体尽快生效。
4月4日，天皇批准了上述三个文件。冈泽上将在皇宫向两位统帅部长（陆军由副总长代理）传达了“御批”的主旨。接着，冈泽上将在4月16日按御命把全部有关文件交给山县元帅。4月19日召开元帅会议，当天，山县元帅代表四位元帅再次上奏说：“我们认为，《帝国国防方针》适应国内外形势，符合帝国之国是，根据这一方针确定的《国防所需兵力》以及《帝国军队用兵纲领》是万全之策，它考虑了我国的财政情况，成功地找到了保护帝国利益之途径。”4月20日和22日，侍从武官长分别向寺内陆军大臣和斋藤海军大臣传达了“御批”之情况。
根据这一方针政策制定的经过，元帅府在统帅部和军政机关以及一般国务方面所起的作用便可见一斑。但是必须注意的是，在军部特别是统帅部主导下产生的这一重要国防国策，已成为今后的国防方针和国策的指南。
帝国国防方针
在天皇批准的《日本帝国之国防方针》中规定，“以开国进取之国是为准则，以伸张国家权力、增进国家利益和国民幸福为施政之根本方针”，分析世界形势得出了如下结论：
（一）帝国之国防以攻势为其特点。
（二）以俄国为未来的头号假想敌，美、德、法各国次之。
针对日英同盟，可能会结成俄德联盟、俄法联盟、俄中联盟等。因而必须在确实保持日英同盟的同时，尽量阻止其他同盟的结成和活动。
（三）国防所需之帝国军备标准，以能在东亚对用兵上最应重视的俄美兵力发动攻势为限度。
这里值得注意的是把俄国作为头号假想敌国，但它并非是陆海军共同的头号假想敌。在该国防方针的军备项目中，陆军的军备是针对俄国的，而海军的军备则是针对美国的。陆海军的主要假想敌国完全不同。这不仅未能达到要制定陆海军和政府一致的国防方针的根本目的，反而带来了加深陆海军分歧和对立的相反的结果。
以下是把美国作为假想敌的原因。美国一方面根据门罗主义的原则，采取不被欧洲干涉中南美政治的政策，另一方面又企图在亚洲扩张势力，日俄战争以后，日美关系急转直下，由合作转向对立。美国根据它对亚洲的国策，以建设仅次于英国的第二大海军为目标，积极地推行它的海军政策。
日本陆军对于把美国作为假想敌国感到意外。然而海军却认为，在美国和德国的海军扩张面前，首要的是海军军备不能落后。从我国国力来看，很明显，要么陆主海从，要么海主陆从，否则很难承受其负担。但是，这一方针却以陆海军对等的形式提出了决定兵力的指标，即各自要求政府保证他们的军备。
而且，防海军对于假想敌国的俄国和美国有着不同看法。陆军认为与俄国再战的可能性很大，相信陆海军必定合力予以防备。而海军则认为与俄国再战的可能性不大，倒不如以回避为上策。此外，与其说海军估计到日美必战，毋宁说是企图以美国为目标加强海军军备并以此作为政策的动力。
国防所需兵力和用兵纲领
天皇批准的《国防所需兵力》中规定在国防上陆军必须平时保持25个常备师，战时拥有：（一）野战部队（50个师为基干）；（二）攻城部队；（三）后备部队；（四）守备部队；（五）特种部队；（六）留守部队；（七）国民部队。但是由于财政上的原因暂时还不能着手发展这些兵力，因而首先从明治40年（1907年）度起，着手组建19个师及其相应的各种部队，其余的6个常备师，待以后财政情况得到缓和时再着手组建，在常备师组建完毕后，以17年发展战时所需兵力。
海军设想，始终保持一个最新式的即最精锐的舰队，其兵力至少要以8艘战列舰、8艘装甲巡洋规为主，辅之以若干艘巡洋舰和驱逐舰等。以这些兵力作为国防上的第一线舰队（所谓“八八舰队”）。装甲舰的25年有效舰令分为三期：竣工后的8年为第一期，第9年至第16年为第二期，第17年以后为第三期。属于第一期的舰艇编入第一线舰队，第二第三期的舰艇编为预备队。
《帝国军队用兵纲领》中首先谈到用兵的重点，“帝国军队以攻势为其特点”，接着谈到了陆海军针对俄国的作战要领大纲。还论述了日英同盟条约所规定的军事行动的大纲。但只谈到在与美、德、法各国中的一国作战时，其重点是首先歼灭对方的海上力量，尔后的作战临时决定。然而，以此为转机，海军便可以研究今后对美作战计划了，在这方面，其意义非同小可。
用兵纲领的最后一项规定：“帝国陆海两军依据本纲领制定每年的作战计划，参谋总长和军令部长互相磋商申述意见奏请批准。”实际上，陆海军制定正规的年度作战计划并得到天皇批准，是在大正2年（1913年）（当时的参谋总长长谷川好道上将，海军军令部长伊集院五郎上将），平时陆海军合作拟定年度作战计划，是划时代的进步。
《军令》的制定
明治40年（1907年）9月13日，制定了《军令》，它是“对陆海军的统帅部按御命作出的规定。”其中决定：“对于军令，凡需公布者，应附上谕，由天皇签署后铃盖玉玺，再由主任陆军大臣和海军大臣记入年月日并签字。”
过去，有关军机军令问题，按《内阁官制》第七条由陆海军大臣“帷幄上奏”，请天皇裁决。需向陆海军外部发表者，按公文式（旧令）在天皇署名下，只由陆海军大臣签字即予公布；但在这一年的2月颁布了《公式令》，规定御命均需内阁总理大臣署名。
但是有关军机军令问题，是由宪法第11和第12条“统帅大权的行使”而产生的，与普通的行政命令性质完全不同，不允许非专门的立法机关或行政机关干预，这是建军的关键。其理由是关于统帅问题的规定需以特别的形式即以“军令”予以公布，只由主任大臣在天皇署名下签字，以此同属于行政问题的命令完全区别开，以明确统帅大权的行使。
由于《军令》的制定，统帅权独立的法律根据比以前更加明确了。《军令》中区分为公布和不公布两类。两者加在一起涉及的范围相当广泛。对于这种特殊领域的问题，陆海军大臣可不经法制局审查和抠密院讨论，也无需总理大臣过问，按自己的判断直接辅佐天皇，履行发布命令的手续。
这一时期的首相西园寺公望，陆军大臣寺内正毅，海军大臣斋藤实。据说首先倡导制定《军令》的人是山县有朋。此外，在日俄战争后，对参谋部条例、陆海军省编制体制等作了修改，但无本质的变化，故不再赘述。
伊东佑亨上将自明治28年（1895年）5月以来，当了十年海军军令部长，明治38年（1905年）12月由东乡平八郎上将接替。自明治32年（1899年）11月至明治39年（1906年）1月，山本海军大臣也充分发挥了他的作用，后由斋藤实中将接替了他的职位。
因此，海军体现了政策的连续性，但它却具有与陆军不同的特点；即使预先详细制定了作战计划，遇事也很难按计划实行，就避免拟定详细方案。这一时期，海军的目标并不明确，这一点也可能缺乏史料依据，但下述客实可以说充分体现了海军的意向。
海军有一位佐藤铁太郎中校被称为国防论的权威人士。明治35年（1902年）已经出版了他的著作《帝国国防论》。他和田中中校一样在结论中叙述了制定《帝国国防方针》的必要性。但他强调“帝国国防应以防守自卫为宗旨，把关系到获得制海权的军备放在首位，”“军备要确保帝国及其领土安全，不让敌人踏人国内一步，还要保护海上交通，有事时迅速由和平状态转入战时体制，保障战争的最后胜利。”同年11月，这本《帝国国防论》由山本海军大臣呈送天皇，又由水交社印刷出版广泛发行。
日俄战争后，佐藤中校是海军大学的教官，讲授过《帝国国防史论》。但据说并末根据战争的经验改变其见解，只是就假想敌国问题做了新的论说，把德国作为主要敌人，对美、英、法则持极为温和的态度。至于对陆军所确定的假想敌国俄国，他说：“如果俄国确立侵略别国的国策，实际上就是亡国的征兆。”他还说，“日本不能以和平的手段来维护它在大陆所拥有的权益，不能削减在国防上为维护这种权益所必需的海上武装力量。”
佐藤中校的论点是“海主陆从”。的确他的著作给海军内部以极大影响，这一点刺激了陆军方面。当然，田中中校和佐藤中校的看法均属个人见解，但它表达了当时陆海军统帅部的意见，也表明陆海军之间存在着根本的分歧。一方面是陆军的大陆进攻论，另—方面是海军的海上防守论，二者是完全相反的两种理论。
在这种情况下很难对在维持陆海军建设的根本问题上的有关决定进行协商。因而田中中校便拟定了一个秘密方案：“在一切国务中，再也没有比制定帝国陆海军作战的统一纲领更重要的了。但是要达成一个圆满的协定却很困难。此时，最好的处理方法就是要求天皇对协定的动机问题进行干预，内阁及陆海军的计划起草当局遵奉圣旨促进协定的达成。”
当时的枢密院议长、军界资历最深的山县有朋元帅负责要求天皇出面干预。
山县有朋的上奏
明治39年（1906年）8月，山县有朋接到寺内陆军大臣递交的准备上奏的《帝国国防方针原案》。原案是田中中校负责起草的。元帅根据这一原案起草了《帝国国防方针草案》，并把该草案作为附件，于同年10月，以元师的身份，就国防方针的拟定要点上奏天皇。其主要内容是：平时要制定陆海军协同作战计划，规定双方担负的任务；陆海军的军备要按国防方针的要求实施，为执行日英同盟问的军事协定也必须制定作战计划；以俄国为第一假想敌国，中国为第二假想敌国，也要估计到把俄中两国同时作为敌国的情况，…．”等等。并表示希望就这一国防方针向元帅府提出咨询。
天皇把山县元帅的奏章压了约2个月之后，于12月14日向元帅府提出了咨询。当时的元帅有山县有朋、大山岩、野津道贯、伊东佑亨。当天的元帅会议决定把山县元帅拟定的草案作为参考资料，分发有关当局，由陆海军共同起草《帝国国防方针》，并把这一情况再次上奏。
经上述重新上奏之后，奥参谋总长、东乡海军军令部长受天皇之命开始商讨《帝国国防方针》的制定问题。当时统帅部的阵容如下：副总长福岛安正中将、第一部长松川敏风少将、第二部长松石安治上校、军令部副部长三须宗太郎中将、第一班长川岛令次郎上校。从商讨问题的性质来看，似乎陆军省和海军省都应参加研究，但两统帅部已按受天皇之命，因而任命了以下主要负责人参与上述研究：参谋部的松川少将和田中义一中校，海军军令部的川岛上校和财部彪上校。
研究工作在进行，明治40年（1907年）1月26日参谋总长和海军军令部长分别同陆军大臣和海军大臣进行协商，29日两位大臣答复说没有意见分歧。
2月1日，奥参谋总长、三须代理海军军令部长拟定了《帝国国防方针》、《国防所需兵力》、《帝国军队用兵纲领》，再次上奏，并提出，由于其中《帝国国防方针》与政策有重大关系，因此希望征询总理大臣的意见，并使之付诸审议，关于《国防所需兵力》，也希望在必要时要总理大臣过目。
接受御命的总理大臣西园寺公望于同年3月在回奏天皇肘说：“帝国国防方针以帝国之国是为依据，是非常正确的。国防所需兵力要从国家财政状况出发，逐步予以加强。”
此后于4月3日，侍从武官长冈泽精上将秉承天皇旨意，向山县元帅传达了总理大臣回奏的内容。于是，山县元帅向天皇提出，必须使《帝国国防方针》等三个文体尽快生效。
4月4日，天皇批准了上述三个文件。冈泽上将在皇宫向两位统帅部长（陆军由副总长代理）传达了“御批”的主旨。接着，冈泽上将在4月16日按御命把全部有关文件交给山县元帅。4月19日召开元帅会议，当天，山县元帅代表四位元帅再次上奏说：“我们认为，《帝国国防方针》适应国内外形势，符合帝国之国是，根据这一方针确定的《国防所需兵力》以及《帝国军队用兵纲领》是万全之策，它考虑了我国的财政情况，成功地找到了保护帝国利益之途径。”4月20日和22日，侍从武官长分别向寺内陆军大臣和斋藤海军大臣传达了“御批”之情况。
根据这一方针政策制定的经过，元帅府在统帅部和军政机关以及一般国务方面所起的作用便可见一斑。但是必须注意的是，在军部特别是统帅部主导下产生的这一重要国防国策，已成为今后的国防方针和国策的指南。
帝国国防方针
在天皇批准的《日本帝国之国防方针》中规定，“以开国进取之国是为准则，以伸张国家权力、增进国家利益和国民幸福为施政之根本方针”，分析世界形势得出了如下结论：
（一）帝国之国防以攻势为其特点。
（二）以俄国为未来的头号假想敌，美、德、法各国次之。
针对日英同盟，可能会结成俄德联盟、俄法联盟、俄中联盟等。因而必须在确实保持日英同盟的同时，尽量阻止其他同盟的结成和活动。
（三）国防所需之帝国军备标准，以能在东亚对用兵上最应重视的俄美兵力发动攻势为限度。
这里值得注意的是把俄国作为头号假想敌国，但它并非是陆海军共同的头号假想敌。在该国防方针的军备项目中，陆军的军备是针对俄国的，而海军的军备则是针对美国的。陆海军的主要假想敌国完全不同。这不仅未能达到要制定陆海军和政府一致的国防方针的根本目的，反而带来了加深陆海军分歧和对立的相反的结果。
以下是把美国作为假想敌的原因。美国一方面根据门罗主义的原则，采取不被欧洲干涉中南美政治的政策，另一方面又企图在亚洲扩张势力，日俄战争以后，日美关系急转直下，由合作转向对立。美国根据它对亚洲的国策，以建设仅次于英国的第二大海军为目标，积极地推行它的海军政策。
日本陆军对于把美国作为假想敌国感到意外。然而海军却认为，在美国和德国的海军扩张面前，首要的是海军军备不能落后。从我国国力来看，很明显，要么陆主海从，要么海主陆从，否则很难承受其负担。但是，这一方针却以陆海军对等的形式提出了决定兵力的指标，即各自要求政府保证他们的军备。
而且，防海军对于假想敌国的俄国和美国有着不同看法。陆军认为与俄国再战的可能性很大，相信陆海军必定合力予以防备。而海军则认为与俄国再战的可能性不大，倒不如以回避为上策。此外，与其说海军估计到日美必战，毋宁说是企图以美国为目标加强海军军备并以此作为政策的动力。
国防所需兵力和用兵纲领
天皇批准的《国防所需兵力》中规定在国防上陆军必须平时保持25个常备师，战时拥有：（一）野战部队（50个师为基干）；（二）攻城部队；（三）后备部队；（四）守备部队；（五）特种部队；（六）留守部队；（七）国民部队。但是由于财政上的原因暂时还不能着手发展这些兵力，因而首先从明治40年（1907年）度起，着手组建19个师及其相应的各种部队，其余的6个常备师，待以后财政情况得到缓和时再着手组建，在常备师组建完毕后，以17年发展战时所需兵力。
海军设想，始终保持一个最新式的即最精锐的舰队，其兵力至少要以8艘战列舰、8艘装甲巡洋规为主，辅之以若干艘巡洋舰和驱逐舰等。以这些兵力作为国防上的第一线舰队（所谓“八八舰队”）。装甲舰的25年有效舰令分为三期：竣工后的8年为第一期，第9年至第16年为第二期，第17年以后为第三期。属于第一期的舰艇编入第一线舰队，第二第三期的舰艇编为预备队。
《帝国军队用兵纲领》中首先谈到用兵的重点，“帝国军队以攻势为其特点”，接着谈到了陆海军针对俄国的作战要领大纲。还论述了日英同盟条约所规定的军事行动的大纲。但只谈到在与美、德、法各国中的一国作战时，其重点是首先歼灭对方的海上力量，尔后的作战临时决定。然而，以此为转机，海军便可以研究今后对美作战计划了，在这方面，其意义非同小可。
用兵纲领的最后一项规定：“帝国陆海两军依据本纲领制定每年的作战计划，参谋总长和军令部长互相磋商申述意见奏请批准。”实际上，陆海军制定正规的年度作战计划并得到天皇批准，是在大正2年（1913年）（当时的参谋总长长谷川好道上将，海军军令部长伊集院五郎上将），平时陆海军合作拟定年度作战计划，是划时代的进步。
《军令》的制定
明治40年（1907年）9月13日，制定了《军令》，它是“对陆海军的统帅部按御命作出的规定。”其中决定：“对于军令，凡需公布者，应附上谕，由天皇签署后铃盖玉玺，再由主任陆军大臣和海军大臣记入年月日并签字。”
过去，有关军机军令问题，按《内阁官制》第七条由陆海军大臣“帷幄上奏”，请天皇裁决。需向陆海军外部发表者，按公文式（旧令）在天皇署名下，只由陆海军大臣签字即予公布；但在这一年的2月颁布了《公式令》，规定御命均需内阁总理大臣署名。
但是有关军机军令问题，是由宪法第11和第12条“统帅大权的行使”而产生的，与普通的行政命令性质完全不同，不允许非专门的立法机关或行政机关干预，这是建军的关键。其理由是关于统帅问题的规定需以特别的形式即以“军令”予以公布，只由主任大臣在天皇署名下签字，以此同属于行政问题的命令完全区别开，以明确统帅大权的行使。
由于《军令》的制定，统帅权独立的法律根据比以前更加明确了。《军令》中区分为公布和不公布两类。两者加在一起涉及的范围相当广泛。对于这种特殊领域的问题，陆海军大臣可不经法制局审查和抠密院讨论，也无需总理大臣过问，按自己的判断直接辅佐天皇，履行发布命令的手续。
这一时期的首相西园寺公望，陆军大臣寺内正毅，海军大臣斋藤实。据说首先倡导制定《军令》的人是山县有朋。此外，在日俄战争后，对参谋部条例、陆海军省编制体制等作了修改，但无本质的变化，故不再赘述。
陆海军的军备竞争
陆军在日俄战争初现曾动员约13个师投入战争。此后临时编成了4个野战师及其他许多部队。
后来，在日俄战争后解散了后备部队，但野战师仍原封未动。而且又增建了2个师，平时师和近卫师合计共19个师。此外还增建了2个骑兵旅、1个野战炮兵旅、3个山炮营、1个交通兵旅、2个重炮兵旅。
军备的扩充是逐步实现的，至明治40年（1907年）已初具规模。然后继续组建，计划保持25个常备师和25个战时特设师，这也是战时可动员的第一线兵力的大体界限。
但是，明治43年（191O年）8月，韩国被日本吞并，改称朝鲜。这样，为保卫朝鲜和难备对俄作战需要尽快派出二个师常驻朝鲜。
另一方面，海军针对英、德、美建造舰艇的激烈竞争，期望为争取世界海军的均势而充实海军力量。明治39年（1906年）末制定了建造大小舰艇31艘的计划，明治40年度起，以7年的连续拨款着手推行这一计划。
但是由于英国新式大型军舰的出现和世界形势的变化，既定计划终归不能满足，于是海军又制定了明治44年（1911年）度以后8年间建造51艘大小舰艇的计划，并问内阁会议提出了预算要求。但内阁会议末完全接受这一要求，除决定提前实行既定计划外，将此次计划作为第二次充实海军力量的方案暂予搁置。
日俄战争后政局不稳，内阁相继更迭。主要因财政困难，政策无法贯彻，以及党派势力扩大所致。因而只得由桂太郎和西园寺公望交替组阁。为此，军备扩充的要求，使政府如牛负重，而且陆海军互相竞争，要实现计划困难重重。例如陆军增建2个师。实际上在大正9年（1920年）才得以实现。
现役将官任军部大臣制度的影响
陆海军省设置以来，关于担任长官者的资格规定屡屡改变。除设置初期外，没有非武官担任大臣的。明治33年（19OO年）5月，山县内阁（陆军大臣桂太郎、海军大臣山木权兵卫）时现陆海军均采用由武官专任大臣和总务长官（次官）的制度，而且限定大臣由“现役上、中将”、总务长官由“观役中、少将”担任。“现役”的字样出现在法律条文上尚属首次。这是由于当时政党和反政府派的预备役和后备役将官的势力不断增长，因而想通过阻挠对政党有利的陆海军大臣上台，来对付政党和政党内阁，保护军部势力。
陆海军大臣身兼数职，首先是国务大臣职务。这一职务与其他国务大臣一样都以国务大臣的身份分别负责辅佐天皇，这是宪法规定的原则，也是根据内阁官制应负的共同的责任。但军部大臣与其他内阁成员不同，在政党的一贯政策上有不承担责任的惯例，内阁更迭也往往留任。
其次是各省长官的职务。陆海军大臣负责军政管理，统辖军人和军内文职人员，监督所辖各部队，’掌管立法和预算方面的事务。比外负责辅佐天皇行使编制大权，这是与其他内阁成员不同的重要方面。
陆海军大臣还任军事参汉官，在最高统帅部门担负答复重要军务咨询的职官，还规定可列席大本营会议。即陆海军大臣担负着需要同陆海军两统帅部密切协调的职务，负有使国务与军政、战略和政略相一致的责任，可以说他们正是处在统帅部与政府之间的“衔接点”的地位上。
出于这种想法，便形成了军事行政具有与一般行政不同的特殊性，陆海军大臣根据军部本身的意志决定取舍的惯例。此次又限定由“现投”任军部大臣，从而使当时军部所不喜欢的“非现役”将官无法再任此职。
因此，只要服从军方意志的现役将官不被选拔为军部大臣，那么任何大政治家、政党都不可能组阁。而且当内阁的政策和军事政策不一致，又得不到调整时就孕育着内阁垮台的危险。即使改组内阁，如果没有继任的军部大臣，也只得总辞职。因此，军部逐渐保持了对抗政府的势力，军事政策在国家政策中的比重增大了。
明治45年（1912年）4月在西园寺内阁中任陆军大臣的上原勇作中将逼迫内阁将陆军早已提出的增建2个师的要求付诸实施。但是由于这届内阁把整理行政作为首要政策，想把海军扩充军备放在优先地位，因而拒绝了陆军的要求。于是上原陆军大臣于大正元年（1912年）12月2日，单独提出辞呈，内阁因没有继任的陆军大臣而总辞职。自此以后包括军部大臣为现役将官制的问题在内，政党和军部之间的对立和斗争更加激化了。
在西园寺之后负责组阁的桂太郎，对海军大臣的起用问题也感到十分棘手。因为前内阁海军大臣斋藤实留任的条件是，要桂太郎对实现海军的补充计划事先作出保证。
山本内阁对现役将官任军部大臣制度的修改
大正2年（1913年）2月，组成了以政友会为执政党的山本权兵卫内阁。陆军大臣木越安纲、海军大臣斋藤实均为从前届内阁留任的。军部大臣的任职资格，从前届内阁开始就是议会中悬而末决的问题，现已发展到在野党强烈要求山本内阁改变由现役将官任陆海军大臣的制度，废除武官制，采用文官制的地步。
山本首相从与政党的关系上考虑，在议会答应“持慎重审议后予以更改”。对此，陆军省、参谋部全力进行了反对。
陆军反对的理由是，陆军大臣统辖军人和文职人民管理军机军令方面的行政事务，参与国防用兵等军事机密的筹划，因而如不是具有陆军专门知识和经验、又通晓军务实情的现役将官就很难期求军务的统一。
参谋总长长谷川好道再三会晤山本首相，强调其反对的主张。当发现首相末予采纳时，便通过“帷幄上奏”，申述统帅部的反对理由，要求天皇不予批准。
但是大正2年（1913年）6月13日，山本内阁召开会议，决定废除现役将官任军部大臣的制度并在上奏之后履行修改手续。最后废除“大臣、次官由现役将官担任”的规定，只保留了对大臣、次官军衔的规定。这样，只要陆海军大臣是上、中将，预备役将官也有担任这一职务的机会了。
木越陆军大臣最初极力反对，但他的实力总不及山本首相那么大。陆军大臣末同任何人商量便个人决定同意这一修改。这是出于以下考虑，即避免内阁垮台，顺利地在议会通过，不让政党阻挠将来增建2个陆军师的计划的实施。
木越陆军大臣在内阁会议作出决定的10天后单独提出辞呈。山本首相提名由楠濑幸彦中将继任陆军大臣。山本首相的实力已强大到足以制服陆军首脑们的程度。
海军方面对于修改这一制度的意见是：“担任海军大臣者，需具备专门的军事知识和经验，以及作为国务大臣的政治远见，因而任命的范围以扩大到预备役为宜以避免埋没人材。”
明治33年（19OO年）在制定现役将官任军部大臣制度的时候，山本上将曾担任海军大臣，然而今天他却以首相的身份断然修改了这一制度。
参谋部权限的强化
陆军对于在有政党影响的预备役将官担任大臣、次官时，如何保持统帅权的独立问题，采取了对策。大正2年（1913年）7月8日，陆军大臣、参谋总长、教育总监等陆军三长官对《陆军省、参谋部、教育总监部有关业务分工规定》作了修改并上奏天皇，10日得到批准。其内容是规定与三大官厅有关的平时分担的主管业务和主管事项间的协商及手续。根据此次的规定，动员计划、维持国内治安的兵力使用等许多过去属陆军大臣主管的事项，移交参谋总长主管。这次修改还增加了协商事项如军官和相当于军官者的人事，由陆军大医与参谋总长和教育总监协商后，由大臣处理等以制约陆军大臣的职责权限。
这样一来虽然陆军大臣历来处于优越的地位，保持着对陆军的控制权，但今后参谋总长的地位将逐步提高，以致产生了后人称之为统帅部独断独好的弊端。
现役将官任陆海军大臣的制度虽作了上述修改，但实际上修改以后仍末见非现役者任陆海军大臣的情况，而且对陆海军大臣的选择仍象以往一样常常感到棘手。
大正3年（1914年）3月，清浦变吾组阁时，商请加藤友三郎出任海军大臣，但加藤把悬而末决的海军补充计划作为就任的条件致使清浦内阁流产。清浦估计，加藤的要求就是海军的要求因而即使让预备役将官担任大臣，也会遭到整个海军的反对，难以保住他的地位。
陆军由三长官协商决定人事，也是在选择大臣的斗争中的有力武器。按三长官的推荐来任命大臣和因拒绝他们的推荐而不得不放弃组阁的情况曾屡屡发生。
时代在前进，昭和11年（1936年）5月，对陆海军省官制进行了修改，重新规定陆海军大臣、次官只限“现役”将官担任。其理由是二.二六事件以后进行军队整理革新。翌年1月，在广田弘毅内阁提出辞呈，字垣一成负责组阁时，也曾发生过宇垣内阁流产的事件，原因是陆军强烈反对宇垣内阁的成立，三长官拒绝推荐陆军大臣。
海军对于现役将官任军部大臣的问题持灵活态度。昭和19年（1944年）7月21日小矶内阁成立时，预备役上将米内光政是在天皇下达只让他任职期间转为现役的圣旨后，就任海军大臣的。
陆军在日俄战争初现曾动员约13个师投入战争。此后临时编成了4个野战师及其他许多部队。
后来，在日俄战争后解散了后备部队，但野战师仍原封未动。而且又增建了2个师，平时师和近卫师合计共19个师。此外还增建了2个骑兵旅、1个野战炮兵旅、3个山炮营、1个交通兵旅、2个重炮兵旅。
军备的扩充是逐步实现的，至明治40年（1907年）已初具规模。然后继续组建，计划保持25个常备师和25个战时特设师，这也是战时可动员的第一线兵力的大体界限。
但是，明治43年（191O年）8月，韩国被日本吞并，改称朝鲜。这样，为保卫朝鲜和难备对俄作战需要尽快派出二个师常驻朝鲜。
另一方面，海军针对英、德、美建造舰艇的激烈竞争，期望为争取世界海军的均势而充实海军力量。明治39年（1906年）末制定了建造大小舰艇31艘的计划，明治40年度起，以7年的连续拨款着手推行这一计划。
但是由于英国新式大型军舰的出现和世界形势的变化，既定计划终归不能满足，于是海军又制定了明治44年（1911年）度以后8年间建造51艘大小舰艇的计划，并问内阁会议提出了预算要求。但内阁会议末完全接受这一要求，除决定提前实行既定计划外，将此次计划作为第二次充实海军力量的方案暂予搁置。
日俄战争后政局不稳，内阁相继更迭。主要因财政困难，政策无法贯彻，以及党派势力扩大所致。因而只得由桂太郎和西园寺公望交替组阁。为此，军备扩充的要求，使政府如牛负重，而且陆海军互相竞争，要实现计划困难重重。例如陆军增建2个师。实际上在大正9年（1920年）才得以实现。
现役将官任军部大臣制度的影响
陆海军省设置以来，关于担任长官者的资格规定屡屡改变。除设置初期外，没有非武官担任大臣的。明治33年（19OO年）5月，山县内阁（陆军大臣桂太郎、海军大臣山木权兵卫）时现陆海军均采用由武官专任大臣和总务长官（次官）的制度，而且限定大臣由“现役上、中将”、总务长官由“观役中、少将”担任。“现役”的字样出现在法律条文上尚属首次。这是由于当时政党和反政府派的预备役和后备役将官的势力不断增长，因而想通过阻挠对政党有利的陆海军大臣上台，来对付政党和政党内阁，保护军部势力。
陆海军大臣身兼数职，首先是国务大臣职务。这一职务与其他国务大臣一样都以国务大臣的身份分别负责辅佐天皇，这是宪法规定的原则，也是根据内阁官制应负的共同的责任。但军部大臣与其他内阁成员不同，在政党的一贯政策上有不承担责任的惯例，内阁更迭也往往留任。
其次是各省长官的职务。陆海军大臣负责军政管理，统辖军人和军内文职人员，监督所辖各部队，’掌管立法和预算方面的事务。比外负责辅佐天皇行使编制大权，这是与其他内阁成员不同的重要方面。
陆海军大臣还任军事参汉官，在最高统帅部门担负答复重要军务咨询的职官，还规定可列席大本营会议。即陆海军大臣担负着需要同陆海军两统帅部密切协调的职务，负有使国务与军政、战略和政略相一致的责任，可以说他们正是处在统帅部与政府之间的“衔接点”的地位上。
出于这种想法，便形成了军事行政具有与一般行政不同的特殊性，陆海军大臣根据军部本身的意志决定取舍的惯例。此次又限定由“现投”任军部大臣，从而使当时军部所不喜欢的“非现役”将官无法再任此职。
因此，只要服从军方意志的现役将官不被选拔为军部大臣，那么任何大政治家、政党都不可能组阁。而且当内阁的政策和军事政策不一致，又得不到调整时就孕育着内阁垮台的危险。即使改组内阁，如果没有继任的军部大臣，也只得总辞职。因此，军部逐渐保持了对抗政府的势力，军事政策在国家政策中的比重增大了。
明治45年（1912年）4月在西园寺内阁中任陆军大臣的上原勇作中将逼迫内阁将陆军早已提出的增建2个师的要求付诸实施。但是由于这届内阁把整理行政作为首要政策，想把海军扩充军备放在优先地位，因而拒绝了陆军的要求。于是上原陆军大臣于大正元年（1912年）12月2日，单独提出辞呈，内阁因没有继任的陆军大臣而总辞职。自此以后包括军部大臣为现役将官制的问题在内，政党和军部之间的对立和斗争更加激化了。
在西园寺之后负责组阁的桂太郎，对海军大臣的起用问题也感到十分棘手。因为前内阁海军大臣斋藤实留任的条件是，要桂太郎对实现海军的补充计划事先作出保证。
山本内阁对现役将官任军部大臣制度的修改
大正2年（1913年）2月，组成了以政友会为执政党的山本权兵卫内阁。陆军大臣木越安纲、海军大臣斋藤实均为从前届内阁留任的。军部大臣的任职资格，从前届内阁开始就是议会中悬而末决的问题，现已发展到在野党强烈要求山本内阁改变由现役将官任陆海军大臣的制度，废除武官制，采用文官制的地步。
山本首相从与政党的关系上考虑，在议会答应“持慎重审议后予以更改”。对此，陆军省、参谋部全力进行了反对。
陆军反对的理由是，陆军大臣统辖军人和文职人民管理军机军令方面的行政事务，参与国防用兵等军事机密的筹划，因而如不是具有陆军专门知识和经验、又通晓军务实情的现役将官就很难期求军务的统一。
参谋总长长谷川好道再三会晤山本首相，强调其反对的主张。当发现首相末予采纳时，便通过“帷幄上奏”，申述统帅部的反对理由，要求天皇不予批准。
但是大正2年（1913年）6月13日，山本内阁召开会议，决定废除现役将官任军部大臣的制度并在上奏之后履行修改手续。最后废除“大臣、次官由现役将官担任”的规定，只保留了对大臣、次官军衔的规定。这样，只要陆海军大臣是上、中将，预备役将官也有担任这一职务的机会了。
木越陆军大臣最初极力反对，但他的实力总不及山本首相那么大。陆军大臣末同任何人商量便个人决定同意这一修改。这是出于以下考虑，即避免内阁垮台，顺利地在议会通过，不让政党阻挠将来增建2个陆军师的计划的实施。
木越陆军大臣在内阁会议作出决定的10天后单独提出辞呈。山本首相提名由楠濑幸彦中将继任陆军大臣。山本首相的实力已强大到足以制服陆军首脑们的程度。
海军方面对于修改这一制度的意见是：“担任海军大臣者，需具备专门的军事知识和经验，以及作为国务大臣的政治远见，因而任命的范围以扩大到预备役为宜以避免埋没人材。”
明治33年（19OO年）在制定现役将官任军部大臣制度的时候，山本上将曾担任海军大臣，然而今天他却以首相的身份断然修改了这一制度。
参谋部权限的强化
陆军对于在有政党影响的预备役将官担任大臣、次官时，如何保持统帅权的独立问题，采取了对策。大正2年（1913年）7月8日，陆军大臣、参谋总长、教育总监等陆军三长官对《陆军省、参谋部、教育总监部有关业务分工规定》作了修改并上奏天皇，10日得到批准。其内容是规定与三大官厅有关的平时分担的主管业务和主管事项间的协商及手续。根据此次的规定，动员计划、维持国内治安的兵力使用等许多过去属陆军大臣主管的事项，移交参谋总长主管。这次修改还增加了协商事项如军官和相当于军官者的人事，由陆军大医与参谋总长和教育总监协商后，由大臣处理等以制约陆军大臣的职责权限。
这样一来虽然陆军大臣历来处于优越的地位，保持着对陆军的控制权，但今后参谋总长的地位将逐步提高，以致产生了后人称之为统帅部独断独好的弊端。
现役将官任陆海军大臣的制度虽作了上述修改，但实际上修改以后仍末见非现役者任陆海军大臣的情况，而且对陆海军大臣的选择仍象以往一样常常感到棘手。
大正3年（1914年）3月，清浦变吾组阁时，商请加藤友三郎出任海军大臣，但加藤把悬而末决的海军补充计划作为就任的条件致使清浦内阁流产。清浦估计，加藤的要求就是海军的要求因而即使让预备役将官担任大臣，也会遭到整个海军的反对，难以保住他的地位。
陆军由三长官协商决定人事，也是在选择大臣的斗争中的有力武器。按三长官的推荐来任命大臣和因拒绝他们的推荐而不得不放弃组阁的情况曾屡屡发生。
时代在前进，昭和11年（1936年）5月，对陆海军省官制进行了修改，重新规定陆海军大臣、次官只限“现役”将官担任。其理由是二.二六事件以后进行军队整理革新。翌年1月，在广田弘毅内阁提出辞呈，字垣一成负责组阁时，也曾发生过宇垣内阁流产的事件，原因是陆军强烈反对宇垣内阁的成立，三长官拒绝推荐陆军大臣。
海军对于现役将官任军部大臣的问题持灵活态度。昭和19年（1944年）7月21日小矶内阁成立时，预备役上将米内光政是在天皇下达只让他任职期间转为现役的圣旨后，就任海军大臣的。
第二节 大正时代的军备和战争
参加对德作战
大正3年（1914年）8月1日，欧洲焕发了大战。4日，日本公开表示“严守中立”，但在8日的元老、大臣会议上却根据“日英同盟的友谊”作出了参加对德作战的决定。这时，日本参战的立场并不是履行日英同盟条约明文规定的义务，而是企图以对英友好的形式排除德国在东方的势力，提高日本的地位。8月15日，日本向德国发出最后通牒，23日对德宣战。独立第18师（师长神尾光臣中将）和第2舰队（司令长官加藤定吉中将）对德国在中国的基地青岛要塞发起攻击，11月7日占领胶州湾、青岛以及山东铁路全线。此时，英陆军的一个营在我指挥下实施了联合作战。
在此之时海军派出第1、2南遣支队，负责搜索德国舰队并占领了赤道以北的德属南洋诸岛。此外还派出了遣美支队负责保护北美西海岸航线。大正6年（1917年），随着德国实施无限制的潜艇战，又向开普敦方向派出第1特务舰队，向地中海方向派出第二特务舰队，向澳大利亚方向派出第三特务舰队以保护同盟的海上交通。海军未同英国舰队确定指挥关系，始终进行协同作战。
在日本决定参加对德作战时，海军就有设置大本营的想法，并着手作了准备。而且为了在《战时大本营编制》中充实海军人员，在《战时大本营条令》中扩大海军军令部长的命令传达范围，还企图修改这两个文件。在得到陆军省和参谋部同意后于8月20日得到天皇批准。
这次修改的结果，使海军参谋部的人员超过了陆军参谋部，在海军大臣领导下的各军政机关的阵容也得到了加强。海军军令部长不仅可以对出征的军队，而且也可以对在内地的各独立指挥官传达命令了。
但是陆军认为，“此役属于部分动员，不必设置大本营”，因此设置大本营的计划未能实现。
在不设大本营的情况下，海军采取由军令部计划作战由海军大臣传达圣旨的形式。为此，大正3年（1914年）8月23日，对《海军军令部条例》进行了部分修改，规定“战时不设大本营时，有关作战的问题由海军军令部长传达。”
陆军不存在这方面的问题，因为对明治33年（19OO年）末设置大本营期间动员的各部队的各种勤务，都已作了有关规定。
防务会议的成立
陆军增建2个师的问题和海军的扩充方案都是经历了数次类似政变的重大悬案。因而，第三次桂内阁和第一次山本内阁时代就曾提出了要调和以陆海军为中心的国内对立的意见。
大正3年（1914年）4月成立的大隈重信内阁．于6月22日设置了防务会议。防务会议在内阁总理大臣的监督之下，负责审议陆海军军备设施方面的重要事项，由内阁总理大臣、外务大臣、大藏大臣、陆军大臣、海军大臣、参谋总长、海军军令部长组成。议长和干事长分别由总理大臣和内阁书记长担任。
大隈首相在谈到设置防务会议的目的时说，这是为谋求重要的国防和外交、内政问题协调一致，从调查研究陆海军军备问题的必要性出发设置的。在首相监督下又有陆海军统帅部长参加来审议军备的基本问题，在主张统帅权独立的日本是划时代的一件大事。
大正3年（1914年）7月，向首相提出了关于充实海军的所谓组建“八四舰队”的建议。防务会议认为这—主张是正确的，并同意在国力允许的情况下推行充实舰队的方针。此外对陆军军备问题也进行了调整，大正4年（1915年）5月的特别议会同意了增建3个陆军师所需要的连续拨款。
这样实现‘八八舰队”这一目标的第一步—组建“八四舰队”，以及多年悬而末决的增建常驻朝鲜的2个师的问题总算得到了解决。
防务会议在缓和陆海军的竞争方面，执行了十分正确的政策。但是在大正11年（1922年），进入裁减陆海军军备时期之后它就完全徒有虚名了。同年9月即被撤销。因为在扩充军备时队它虽是一项有效的制度但却缺乏统一陆海军对国防方针的信念和调整陆海军统帅部政策的权威。
《帝国国防方针》等的修改
大正7年（1918年）
6月29日，修改了《帝国国防方针》、《国防所需兵力》和《帝国军队用兵纲领》。当时的首相寺内正毅、参谋总长上原勇作、海军军令部长岛村速雄、陆军大臣大岛健一、海军大臣加藤友三郎。
明治40年（1907年），《帝国国防方针》等制定之后，形势发今了很大变化。首先是同中国的关系。明治40年时的中国，虽然被当作在与俄国结盟情况下的假想敌国，但并末被单独列为假想敌。然而，参谋部于明治45年（1912年）拟定了对华作战计划，又在第一次世界大战期间，提出了《对华21条要求》（1915年5月9日中国方面承认），从此，日中两国关系变得极为紧张。此后中国国内的排日情绪日趋高涨。于是参煤部就决定自大正6年（1917年）度战把对华作战计划作为帝国陆军作战计划的一部分。
加之也有必要对陆海军扩军竞争进行协商，因而自大正4年（1915年）起，便提出了所《帝国国防方针》等进行修改的问题。但是，世界形势瞬息万变，过去的假想敌国俄、美、法成了自己的同盟军，对于想新加入协约国的中国也进行了签订《日中陆军共同防敌协定》（1918年5月签字）的谈判。只是由于俄国爆发革命，与德国单独磺和，才开始出现必须对村俄德势力向东扩张的形势。此外，美国也以惊人的速度加紧扩充军备，致力于建设大规模的海军力量。
副总长田中义一早就主张修改《帝国国防方针》等文件，最后终于作出了正式决定。大正6年（1917年）3月着手进行修改在履行与当初制定该方针时相同的手续于6月得到了天皇批准。
由于没有留下当时修改过的国防方针等文件的原件，因而其内容尚不明确，但据认为在《帝国国防方针》中，把假想敌国定为俄国、美国和中国。在《国防所需兵力》中，陆军根抿第一次世界大战的经验把军队的现代化，即加紧装备机枪、火炮、坦克、飞机、通信器材、汽车等作为当务之急。考虑到财政情况，师的数量减少了10个，把战时所需兵力定为40个师。
海军比当初的规定又增加了八艘主力舰，其兵力以所谓“八八舰队”为基干。
《帝国军队用兵纲领》的修改内容还不清楚，但从明治末年多次研究的对美作战方法的情况看，此次修改的《帝国军队用兵纲领》可能包括以下设想：（一）战争初期歼灭敌在东洋的舰队；（二）陆海军协同攻占吕宋岛；（三）在东洋海面歼灭来袭的美国舰队主力。
参加对德作战
大正3年（1914年）8月1日，欧洲焕发了大战。4日，日本公开表示“严守中立”，但在8日的元老、大臣会议上却根据“日英同盟的友谊”作出了参加对德作战的决定。这时，日本参战的立场并不是履行日英同盟条约明文规定的义务，而是企图以对英友好的形式排除德国在东方的势力，提高日本的地位。8月15日，日本向德国发出最后通牒，23日对德宣战。独立第18师（师长神尾光臣中将）和第2舰队（司令长官加藤定吉中将）对德国在中国的基地青岛要塞发起攻击，11月7日占领胶州湾、青岛以及山东铁路全线。此时，英陆军的一个营在我指挥下实施了联合作战。
在此之时海军派出第1、2南遣支队，负责搜索德国舰队并占领了赤道以北的德属南洋诸岛。此外还派出了遣美支队负责保护北美西海岸航线。大正6年（1917年），随着德国实施无限制的潜艇战，又向开普敦方向派出第1特务舰队，向地中海方向派出第二特务舰队，向澳大利亚方向派出第三特务舰队以保护同盟的海上交通。海军未同英国舰队确定指挥关系，始终进行协同作战。
在日本决定参加对德作战时，海军就有设置大本营的想法，并着手作了准备。而且为了在《战时大本营编制》中充实海军人员，在《战时大本营条令》中扩大海军军令部长的命令传达范围，还企图修改这两个文件。在得到陆军省和参谋部同意后于8月20日得到天皇批准。
这次修改的结果，使海军参谋部的人员超过了陆军参谋部，在海军大臣领导下的各军政机关的阵容也得到了加强。海军军令部长不仅可以对出征的军队，而且也可以对在内地的各独立指挥官传达命令了。
但是陆军认为，“此役属于部分动员，不必设置大本营”，因此设置大本营的计划未能实现。
在不设大本营的情况下，海军采取由军令部计划作战由海军大臣传达圣旨的形式。为此，大正3年（1914年）8月23日，对《海军军令部条例》进行了部分修改，规定“战时不设大本营时，有关作战的问题由海军军令部长传达。”
陆军不存在这方面的问题，因为对明治33年（19OO年）末设置大本营期间动员的各部队的各种勤务，都已作了有关规定。
防务会议的成立
陆军增建2个师的问题和海军的扩充方案都是经历了数次类似政变的重大悬案。因而，第三次桂内阁和第一次山本内阁时代就曾提出了要调和以陆海军为中心的国内对立的意见。
大正3年（1914年）4月成立的大隈重信内阁．于6月22日设置了防务会议。防务会议在内阁总理大臣的监督之下，负责审议陆海军军备设施方面的重要事项，由内阁总理大臣、外务大臣、大藏大臣、陆军大臣、海军大臣、参谋总长、海军军令部长组成。议长和干事长分别由总理大臣和内阁书记长担任。
大隈首相在谈到设置防务会议的目的时说，这是为谋求重要的国防和外交、内政问题协调一致，从调查研究陆海军军备问题的必要性出发设置的。在首相监督下又有陆海军统帅部长参加来审议军备的基本问题，在主张统帅权独立的日本是划时代的一件大事。
大正3年（1914年）7月，向首相提出了关于充实海军的所谓组建“八四舰队”的建议。防务会议认为这—主张是正确的，并同意在国力允许的情况下推行充实舰队的方针。此外对陆军军备问题也进行了调整，大正4年（1915年）5月的特别议会同意了增建3个陆军师所需要的连续拨款。
这样实现‘八八舰队”这一目标的第一步—组建“八四舰队”，以及多年悬而末决的增建常驻朝鲜的2个师的问题总算得到了解决。
防务会议在缓和陆海军的竞争方面，执行了十分正确的政策。但是在大正11年（1922年），进入裁减陆海军军备时期之后它就完全徒有虚名了。同年9月即被撤销。因为在扩充军备时队它虽是一项有效的制度但却缺乏统一陆海军对国防方针的信念和调整陆海军统帅部政策的权威。
《帝国国防方针》等的修改
大正7年（1918年）
6月29日，修改了《帝国国防方针》、《国防所需兵力》和《帝国军队用兵纲领》。当时的首相寺内正毅、参谋总长上原勇作、海军军令部长岛村速雄、陆军大臣大岛健一、海军大臣加藤友三郎。
明治40年（1907年），《帝国国防方针》等制定之后，形势发今了很大变化。首先是同中国的关系。明治40年时的中国，虽然被当作在与俄国结盟情况下的假想敌国，但并末被单独列为假想敌。然而，参谋部于明治45年（1912年）拟定了对华作战计划，又在第一次世界大战期间，提出了《对华21条要求》（1915年5月9日中国方面承认），从此，日中两国关系变得极为紧张。此后中国国内的排日情绪日趋高涨。于是参煤部就决定自大正6年（1917年）度战把对华作战计划作为帝国陆军作战计划的一部分。
加之也有必要对陆海军扩军竞争进行协商，因而自大正4年（1915年）起，便提出了所《帝国国防方针》等进行修改的问题。但是，世界形势瞬息万变，过去的假想敌国俄、美、法成了自己的同盟军，对于想新加入协约国的中国也进行了签订《日中陆军共同防敌协定》（1918年5月签字）的谈判。只是由于俄国爆发革命，与德国单独磺和，才开始出现必须对村俄德势力向东扩张的形势。此外，美国也以惊人的速度加紧扩充军备，致力于建设大规模的海军力量。
副总长田中义一早就主张修改《帝国国防方针》等文件，最后终于作出了正式决定。大正6年（1917年）3月着手进行修改在履行与当初制定该方针时相同的手续于6月得到了天皇批准。
由于没有留下当时修改过的国防方针等文件的原件，因而其内容尚不明确，但据认为在《帝国国防方针》中，把假想敌国定为俄国、美国和中国。在《国防所需兵力》中，陆军根抿第一次世界大战的经验把军队的现代化，即加紧装备机枪、火炮、坦克、飞机、通信器材、汽车等作为当务之急。考虑到财政情况，师的数量减少了10个，把战时所需兵力定为40个师。
海军比当初的规定又增加了八艘主力舰，其兵力以所谓“八八舰队”为基干。
《帝国军队用兵纲领》的修改内容还不清楚，但从明治末年多次研究的对美作战方法的情况看，此次修改的《帝国军队用兵纲领》可能包括以下设想：（一）战争初期歼灭敌在东洋的舰队；（二）陆海军协同攻占吕宋岛；（三）在东洋海面歼灭来袭的美国舰队主力。
出兵西伯利亚
大正6年（1917年）11月，俄国爆发了革命，其无政府状态的混乱局面也逐步波及到远东领土，参谋部为在必要时派遣部分兵力维持俄国远东领土的治安，同时为适应将来可能发生的对俄德作战的需要，进行了必要的准备。
大正7年（1918年）1月，海军为保护符拉迪沃斯托克的侨民，与美英两国同时派出了第5舰艇支队。
大正7年3月，俄德单独达成媾和，过激派的势力日趋扩大。陆军省和参谋部组成了“军事协同委员会”，由副总长田中义一任委员长，陆军省和参谋部的部局长任委员，秘密进行正式出兵的准备（该机构后来扩充为“时局委员会”，实质上是代替大本营陆军部的一个机构）。
但是，直至出兵前的整个过程是复杂的。英法两国希望日本西进西西伯利亚，牵制德军，日本政府和美国政府反对。但美国为救援俄国国内的捷克军队于7月8日提议日美联合出兵符拉迪沃斯托克。于是，寺内内阁在7月12日的内阁会议上决定了出兵的方针，元老会议和外交调查会（审议最高国策的天皇直属机关，首相任委员长，主要内阁成员、贵族院和众议院的实权者任委员）同意后，又就派遣兵力等问题同美国磋商，8月2日，关于出兵问题得到了天皇批准。
8月2日以后，陆续派出各部队。8月10日，符拉迪沃斯托克派遣军司令官大谷喜久藏上将统一指挥日军和盟国的联军。9月，派遣军占领贝加尔湖以东阿穆尔铁路全线地区，负责防范过激派，维持社会治安。
此后，日本企图在远东建立亲日政权向整个满洲扩张势力；美英等国也另有打算。由于出兵目的各异。因而，联军的共同军事行动末收到实际效果。
西伯利亚的形势日趋恶化，大正8年（1919年）末到大正9年初，英美两国撤军。英美撤军后，派遣军调整守备地区为防止欧俄过激派势力渗透远东俄国领土，进行了全力以赴的战斗。但是由于远东各地的过激派势力强大，加之输送捷克军队回国的工作已取得进展，因而自大正9年（192O年）3月起缩小了守备地区，致力于防范过激派对朝鲜和满洲方向可能采取的话动。
这个时候发生了尼古拉耶夫斯克守备队和侨民约7百余人遭过激派枪杀的事件，为此，紧急派出了萨哈林派遣军。
此后，在远东建立亲日政权已无望。派遣军也已驻扎很久暴露的问题越来越多，因而，政府终于在大正11年（1922年）6月24日声明撤军。派遣军开始陆续撤退，10月撤退完毕。大正7年（1918年）8月出兵以来，历时4年2个月。
日本企图抓住欧洲大战的机会，使自己在对美战略态势上处于有利地位，加强大陆国防态势，然而适得其反，却更加深了同各国之间的鸿沟。
华盛领会议
大正8年（1919年）6月签订凡尔赛和约以后，世界各地的动乱仍然不断。但另一方面，也出现了促进各国之间的国际协调的形势。大正10年（1921年）7月，美国建议有关各国召开华盛顿国际会议，以讨论限制海军军备以及太平洋和远东问题等。
当时召开这一会议的动机在于，包括英美在内的各海军国都苦于海军预算的负担太重。日本也因造舰竞争而难以承受国家财政上的困难，于是接受邀请并于9月任命海军大臣加藤友三郎、贵族院议长德川家达、驻美大使币原喜重郎为全权委员。
对于即将召开的会议，日本的方针是不再坚持组建“八八规队”，要保持相当于美英各国十分之七以上的海军力量。但是日本这个十分之七的主张未能通过，主力舰（战列舰、巡洋战舰）和航空母舰定为美英的十分之六，辅助舰的限制未达成协议。
另地作为日本同意十分之六这一比例的代价，确定美国对菲律宾、关岛、阿留申群岛，英国对香港，日本对千岛群岛、小笠原群岛、奄美大岛、台湾、澎湖列岛的防守继续维持现状。日本海军认为维持在菲律宾和香港的设施的现状特别有利。南洋委任统治地的防守则为《国际联盟盟约》所禁止。
大正11年（1922年）2月6日，条约签字。从国力来看，可以说裁军是有利的，但海军内部仍有一种势力认为同意十分之六是一种耻辱，这股势力成了后来发生问题的根源。
经过这次会议日本极力加强了它同美英两国的友好关系。
大正10年（1921年）12月13日，废除了历时20年的日英同盟，缔结了关于维持太平洋和平的日、美、英、法四国条约。但这并不是取代日英同盟的密切的国家间的联合。
在裁军条约签字的同一天，还缔结了日、英、美．法、意、荷、比、葡和中国之间的九国公约，其目的是尊重中国的主权、门户开放和机会均等。该公约构成了企图染指中国的美国远东政策的核心，也是后来发生日美冲突的一个原因。
此外日中还缔结了关于山东半岛的条约，解决二十一条要求签字后的各种问题。对日本从西伯利亚撤军的问题也作为一个国际问题进行了讨论。
这样，在华盛顿会议上签订了许多条约形成了以美英为首的华盛顿体制。废除了日英同盟的日本，从此走日趋孤立于东方世界的道路。
《帝国国防方针》等的第三次修改
鉴于俄国崩溃、华盛顿条约签订等第一次世界大战后的形势，对《帝国国防方针》等进行了修改。参谋部和海军军令部自大正11年（1922年）3月以来使开始修改工作，经过与过去大体相同的手续后，于大正12（1923年）2月28日得到天皇批准。此次修改特别注意保密，这是因为国防方针同现实的外交政策有些矛盾，避免成为议会争论的问题。
当时的总理大臣加藤友三郎（海军上将），陆军大臣山梨半造，海军大臣财部彪，参谋总长上原勇作，海军军令部长山下源太郎。
《帝国国防方针》在结论中写道：“总而言之，在不久的将来，帝国之国防要以美国为目标，重点予以防备，它同我国发生冲突的可能性最大，且有强大的国力和军备，对同我国接壤的中俄两国，以亲善为宗旨，力求为我所用，同时要始终保持威震它们的实力”。
值得注意的是，陆海军都把头号假想敌国判定为美国，日美之战大势所趋。而且在强烈主张采取历来的攻势作战和速战速决方针的同时，从重视根据第一次世界大战的教训而总结出的总体战和经济战的立场，强调确保从海外进口的物资，准备坚持长期战争。
国防所需兵力陆海军均末增加。陆军把作战初期的基于兵力定为40个师，这是考虑到国际性裁军的倾向和历来的主要假想敌俄国的崩溃确定的。另—方面也是为了改善陆军陈旧的编制装备，重点提高质量而不是增加数量。
海军也取消了建立大舰队的计划为保持一支以“六四舰队”为主力的舰队，在全力加强海军的实力。
在《帝国军队用兵纲领》中，按对假想敌国的判定，以美、俄、中的顺序规定了对一国作战的要领。陆军主张，如不以对数国发生战争为前提进行各种计划和准备则不能适应实际情况。然而，要以对数国作战为前提来建设国防，从我国国力上看，又几乎是不可能的。因此，对数国作战的要领只是空谈而已。
山梨裁军和宁垣裁军
鉴于军队现代化的需要和国际动向、国内舆论，陆军在精简整顿、筹措经费以改善编制装备，防止降低战斗力的方针指导下，进行了调查。为此，陆军大臣田中义一在大正8年（1919年）3月，设立了以陆军次官为委员长的“制度调查委员会”，对整个制度进行了调查研究。
大正11年（1922年）7月，施行《大正11年军备整理要领》，精简人员5.7万人，马匹1.3万头。因当时的陆军大臣是山梨半造上将，所以称这次精简为“第一次军备理”或“山梨裁军”。作为此次精简的代价，陆军要求并取得了制造新式武器所需要的约9千万日元的预算。
大正12年（1923年）3月，又制定和施行了《大正12年军备整理要领》。这一次新编、改编和撤销的部队均较少（“第二次军备整理”）。
大正12年9月，关东大地震使国家财政陷于困境，因而加紧装备新式武器，改善军队现状的计划终末实现。陆军大臣宇垣—成制定了修改平时编制的根本方针，大正13年（1924年）1月，加强了军制调查会，并进行了研究。研究结果，准备进行大规模的军备裁减，中心内容是裁减4个常设师。
7月，在得出结论后，曾三次召开元帅、军事参议官的会议进行审议。虽遭到强烈反对，但仍于大正14年（1925年）5月，强行制定和施行了《大正14年军备整理要领》，称为“第三次军备整理”（也叫“宇垣裁军”）。此次规定精减人员约3.3万人，马匹约6千头，把由此节约下来的经费用于军备现代化。但由于后来经济萧条，财政上发生困难，因而实现这—计划花了相当长的时间。到昭和6年（1931年）的满洲事变时，基本上还是用旧式武器装备作战。直到昭和12年（1937年）以后才真正开始充实军备推行现代化。
在制定上述军备整理要领的同时还于大正11年（1922年）和14年（1925年）修改了《陆军战时编制》。
修改大本营统制困难重重
日俄战争后打算对大本营编制和条令进行修改，并进行了种种研究。明治43年（191O年），随着战时编制和各种制度的修改，参谋部在调整各官员的职责，明确业务联系的同时，为把修改兵站条令后的兵站统辖部业务移入大本营条令，拟制了草案。在大正4年（1915年）前的一段时间里，虽根据同样精神多次拟定修正案，但均末付诸实施。
如上历述，大正3年（1914年）8月，海军对大本营海军部的编制、条令作了修改。当时虽然陆军也在酝酿修改，但其内部意见未统一。
此后参谋部又进行过研究，目的是探讨战时增加作战兵力后中央统辖机关的扩充、平时的参谋部与大本营相应视关如何密切业务联系。大正4年（1915年）10月、大正6年8月和大正7年3月，总结出了研究成果，但尚未进行修改。
大正11年（1933年），参谋部随着战时编制的修改，着手起草战时各种条令。此时，开始对修改大本营编制问题进行研究，经多次起草，于大正15年（1926年）6月拟制了一个草案。但在陆军省内部提出不少异议，末能统一看法。这一草案是一个相当深刻的修正案，它甚至认真地考虑了在大本营和内阁之上，设置负责指导战争的战时国家最高机构的问题。
此后在做必要的最小限度修改的方针指导下进行了研究。最后于昭和2年（1927年）2月才上奏天皇并得到批准。其中经过修改的只有一项，即设置由陆军省兵器局长担任的野战兵器长官，负责掌管兵器业务。看来当时的陆海军部受到裁军激流的冲击，萎靡不振到了极点，因而缺乏遇事迅速作出反应的气概。
大正6年（1917年）11月，俄国爆发了革命，其无政府状态的混乱局面也逐步波及到远东领土，参谋部为在必要时派遣部分兵力维持俄国远东领土的治安，同时为适应将来可能发生的对俄德作战的需要，进行了必要的准备。
大正7年（1918年）1月，海军为保护符拉迪沃斯托克的侨民，与美英两国同时派出了第5舰艇支队。
大正7年3月，俄德单独达成媾和，过激派的势力日趋扩大。陆军省和参谋部组成了“军事协同委员会”，由副总长田中义一任委员长，陆军省和参谋部的部局长任委员，秘密进行正式出兵的准备（该机构后来扩充为“时局委员会”，实质上是代替大本营陆军部的一个机构）。
但是，直至出兵前的整个过程是复杂的。英法两国希望日本西进西西伯利亚，牵制德军，日本政府和美国政府反对。但美国为救援俄国国内的捷克军队于7月8日提议日美联合出兵符拉迪沃斯托克。于是，寺内内阁在7月12日的内阁会议上决定了出兵的方针，元老会议和外交调查会（审议最高国策的天皇直属机关，首相任委员长，主要内阁成员、贵族院和众议院的实权者任委员）同意后，又就派遣兵力等问题同美国磋商，8月2日，关于出兵问题得到了天皇批准。
8月2日以后，陆续派出各部队。8月10日，符拉迪沃斯托克派遣军司令官大谷喜久藏上将统一指挥日军和盟国的联军。9月，派遣军占领贝加尔湖以东阿穆尔铁路全线地区，负责防范过激派，维持社会治安。
此后，日本企图在远东建立亲日政权向整个满洲扩张势力；美英等国也另有打算。由于出兵目的各异。因而，联军的共同军事行动末收到实际效果。
西伯利亚的形势日趋恶化，大正8年（1919年）末到大正9年初，英美两国撤军。英美撤军后，派遣军调整守备地区为防止欧俄过激派势力渗透远东俄国领土，进行了全力以赴的战斗。但是由于远东各地的过激派势力强大，加之输送捷克军队回国的工作已取得进展，因而自大正9年（192O年）3月起缩小了守备地区，致力于防范过激派对朝鲜和满洲方向可能采取的话动。
这个时候发生了尼古拉耶夫斯克守备队和侨民约7百余人遭过激派枪杀的事件，为此，紧急派出了萨哈林派遣军。
此后，在远东建立亲日政权已无望。派遣军也已驻扎很久暴露的问题越来越多，因而，政府终于在大正11年（1922年）6月24日声明撤军。派遣军开始陆续撤退，10月撤退完毕。大正7年（1918年）8月出兵以来，历时4年2个月。
日本企图抓住欧洲大战的机会，使自己在对美战略态势上处于有利地位，加强大陆国防态势，然而适得其反，却更加深了同各国之间的鸿沟。
华盛领会议
大正8年（1919年）6月签订凡尔赛和约以后，世界各地的动乱仍然不断。但另一方面，也出现了促进各国之间的国际协调的形势。大正10年（1921年）7月，美国建议有关各国召开华盛顿国际会议，以讨论限制海军军备以及太平洋和远东问题等。
当时召开这一会议的动机在于，包括英美在内的各海军国都苦于海军预算的负担太重。日本也因造舰竞争而难以承受国家财政上的困难，于是接受邀请并于9月任命海军大臣加藤友三郎、贵族院议长德川家达、驻美大使币原喜重郎为全权委员。
对于即将召开的会议，日本的方针是不再坚持组建“八八规队”，要保持相当于美英各国十分之七以上的海军力量。但是日本这个十分之七的主张未能通过，主力舰（战列舰、巡洋战舰）和航空母舰定为美英的十分之六，辅助舰的限制未达成协议。
另地作为日本同意十分之六这一比例的代价，确定美国对菲律宾、关岛、阿留申群岛，英国对香港，日本对千岛群岛、小笠原群岛、奄美大岛、台湾、澎湖列岛的防守继续维持现状。日本海军认为维持在菲律宾和香港的设施的现状特别有利。南洋委任统治地的防守则为《国际联盟盟约》所禁止。
大正11年（1922年）2月6日，条约签字。从国力来看，可以说裁军是有利的，但海军内部仍有一种势力认为同意十分之六是一种耻辱，这股势力成了后来发生问题的根源。
经过这次会议日本极力加强了它同美英两国的友好关系。
大正10年（1921年）12月13日，废除了历时20年的日英同盟，缔结了关于维持太平洋和平的日、美、英、法四国条约。但这并不是取代日英同盟的密切的国家间的联合。
在裁军条约签字的同一天，还缔结了日、英、美．法、意、荷、比、葡和中国之间的九国公约，其目的是尊重中国的主权、门户开放和机会均等。该公约构成了企图染指中国的美国远东政策的核心，也是后来发生日美冲突的一个原因。
此外日中还缔结了关于山东半岛的条约，解决二十一条要求签字后的各种问题。对日本从西伯利亚撤军的问题也作为一个国际问题进行了讨论。
这样，在华盛顿会议上签订了许多条约形成了以美英为首的华盛顿体制。废除了日英同盟的日本，从此走日趋孤立于东方世界的道路。
《帝国国防方针》等的第三次修改
鉴于俄国崩溃、华盛顿条约签订等第一次世界大战后的形势，对《帝国国防方针》等进行了修改。参谋部和海军军令部自大正11年（1922年）3月以来使开始修改工作，经过与过去大体相同的手续后，于大正12（1923年）2月28日得到天皇批准。此次修改特别注意保密，这是因为国防方针同现实的外交政策有些矛盾，避免成为议会争论的问题。
当时的总理大臣加藤友三郎（海军上将），陆军大臣山梨半造，海军大臣财部彪，参谋总长上原勇作，海军军令部长山下源太郎。
《帝国国防方针》在结论中写道：“总而言之，在不久的将来，帝国之国防要以美国为目标，重点予以防备，它同我国发生冲突的可能性最大，且有强大的国力和军备，对同我国接壤的中俄两国，以亲善为宗旨，力求为我所用，同时要始终保持威震它们的实力”。
值得注意的是，陆海军都把头号假想敌国判定为美国，日美之战大势所趋。而且在强烈主张采取历来的攻势作战和速战速决方针的同时，从重视根据第一次世界大战的教训而总结出的总体战和经济战的立场，强调确保从海外进口的物资，准备坚持长期战争。
国防所需兵力陆海军均末增加。陆军把作战初期的基于兵力定为40个师，这是考虑到国际性裁军的倾向和历来的主要假想敌俄国的崩溃确定的。另—方面也是为了改善陆军陈旧的编制装备，重点提高质量而不是增加数量。
海军也取消了建立大舰队的计划为保持一支以“六四舰队”为主力的舰队，在全力加强海军的实力。
在《帝国军队用兵纲领》中，按对假想敌国的判定，以美、俄、中的顺序规定了对一国作战的要领。陆军主张，如不以对数国发生战争为前提进行各种计划和准备则不能适应实际情况。然而，要以对数国作战为前提来建设国防，从我国国力上看，又几乎是不可能的。因此，对数国作战的要领只是空谈而已。
山梨裁军和宁垣裁军
鉴于军队现代化的需要和国际动向、国内舆论，陆军在精简整顿、筹措经费以改善编制装备，防止降低战斗力的方针指导下，进行了调查。为此，陆军大臣田中义一在大正8年（1919年）3月，设立了以陆军次官为委员长的“制度调查委员会”，对整个制度进行了调查研究。
大正11年（1922年）7月，施行《大正11年军备整理要领》，精简人员5.7万人，马匹1.3万头。因当时的陆军大臣是山梨半造上将，所以称这次精简为“第一次军备理”或“山梨裁军”。作为此次精简的代价，陆军要求并取得了制造新式武器所需要的约9千万日元的预算。
大正12年（1923年）3月，又制定和施行了《大正12年军备整理要领》。这一次新编、改编和撤销的部队均较少（“第二次军备整理”）。
大正12年9月，关东大地震使国家财政陷于困境，因而加紧装备新式武器，改善军队现状的计划终末实现。陆军大臣宇垣—成制定了修改平时编制的根本方针，大正13年（1924年）1月，加强了军制调查会，并进行了研究。研究结果，准备进行大规模的军备裁减，中心内容是裁减4个常设师。
7月，在得出结论后，曾三次召开元帅、军事参议官的会议进行审议。虽遭到强烈反对，但仍于大正14年（1925年）5月，强行制定和施行了《大正14年军备整理要领》，称为“第三次军备整理”（也叫“宇垣裁军”）。此次规定精减人员约3.3万人，马匹约6千头，把由此节约下来的经费用于军备现代化。但由于后来经济萧条，财政上发生困难，因而实现这—计划花了相当长的时间。到昭和6年（1931年）的满洲事变时，基本上还是用旧式武器装备作战。直到昭和12年（1937年）以后才真正开始充实军备推行现代化。
在制定上述军备整理要领的同时还于大正11年（1922年）和14年（1925年）修改了《陆军战时编制》。
修改大本营统制困难重重
日俄战争后打算对大本营编制和条令进行修改，并进行了种种研究。明治43年（191O年），随着战时编制和各种制度的修改，参谋部在调整各官员的职责，明确业务联系的同时，为把修改兵站条令后的兵站统辖部业务移入大本营条令，拟制了草案。在大正4年（1915年）前的一段时间里，虽根据同样精神多次拟定修正案，但均末付诸实施。
如上历述，大正3年（1914年）8月，海军对大本营海军部的编制、条令作了修改。当时虽然陆军也在酝酿修改，但其内部意见未统一。
此后参谋部又进行过研究，目的是探讨战时增加作战兵力后中央统辖机关的扩充、平时的参谋部与大本营相应视关如何密切业务联系。大正4年（1915年）10月、大正6年8月和大正7年3月，总结出了研究成果，但尚未进行修改。
大正11年（1933年），参谋部随着战时编制的修改，着手起草战时各种条令。此时，开始对修改大本营编制问题进行研究，经多次起草，于大正15年（1926年）6月拟制了一个草案。但在陆军省内部提出不少异议，末能统一看法。这一草案是一个相当深刻的修正案，它甚至认真地考虑了在大本营和内阁之上，设置负责指导战争的战时国家最高机构的问题。
此后在做必要的最小限度修改的方针指导下进行了研究。最后于昭和2年（1927年）2月才上奏天皇并得到批准。其中经过修改的只有一项，即设置由陆军省兵器局长担任的野战兵器长官，负责掌管兵器业务。看来当时的陆海军部受到裁军激流的冲击，萎靡不振到了极点，因而缺乏遇事迅速作出反应的气概。
第三节 满洲事变前后
出兵山东
明治44年（1911年）辛亥革命以来，中国国内动乱不止，这是新中国诞生前的征兆。大正15年（1926年），标榜国民革命的蒋介石国民政府军，对北方军阀张作霖所率部队开始了旨在谋求国家统一的北伐战争。
昭和2年（1937年）5月27日，田中义一内阁（陆军大臣白川义则）为保护侨民决定出兵青岛（称为“政略出兵”）。陆军派出第10师之一部，海军派出第三遣华舰队担任沿海警备。但因北伐军在徐州败北，因而于9月份平安撤军（第一次出兵山东）。
翌年4月，蒋介石再次北伐，战乱即将波及华北。为此日本政府决定第二次出兵山东，迅速派出了第6师等部队。5月2日，日中双方在济南发生冲突（济南事件），因而又增派了第3师。为保护侨民而向中国派兵的国家不仅是日本。本来不该企图对一个独立国家采取行动，因而，频繁的出兵更激起了中国军民的排外情绪。
日本政府估计将出现蒋介石北伐战争顾利进展，张作霖部队败退和战乱波及满蒙的形势，因而于5月18日作出决定，无论对蒋介石还是张作霖的武装部队都坚决阻止其进入满洲。陆军命令关东军准备向锦州出动。但根据后来形势的变化，政府不同意出兵锦州，所以关东军将其主力集结于奉天附近，负责南满铁路附属地区一带的警备任务。
6月4日，从北京退回奉天的张作霖的专列被炸，张作霖不久便死去。以后查明其主谋是关东军参谋河本大作上校。这是—个严重的政治问题，在军内助长了“下克上”的风气。
伦敦海军条约
华盛领会议未能就限制辅助舰艇问题达成协议，因而世界各海军国家竞相发展辅助舰艇，尤其对建造条约所允许的一万吨级、装备203毫米炮的大型巡洋舰和潜艇更为积极，各国感到有必要对此加以限制。昭和2年（1927年）6月，日、英、美三国代表在日内瓦会议，讨论了海军裁军问题但末取得一致意见。
昭和5年（193O年）1月，日、英、美、法、意五国代表在伦敦召开了第三次海军裁军会议。日本任命前首相若规礼次郎、海军大臣财部彪、驻英大使松平恒雄为全权代表。会前日本确定了重大原则：（一）铺助舰总吨位为美国的十分之七；（二）大型巡洋舰为美国的十分之七；（三）潜艇保持7.8万吨。会议最后规定；（一）辅助舰总吨位为十分之六点九七五；（二）大型巡样十为十分之六点O二；
（三）潜艇为十成，总吨位5.2万吨。4月22日条约签定，但海军军令部对大型巡洋舰的比例和潜艇的数量表示了不满。
对于条约的签认，滨口雄幸首相和海军省首脑认为，缔结条约是政府的责任和权限，海军军令部的意见可做“参考”，无需明确表示同意，于是便指示在条约上签字。而海军军令部长加藤宽治，次长末次信正则认为，不待军令部长的意见上奏天皇，政府便发出签字的指示是干预“统帅权”。当时的在野党政友会企图利用这一问题打倒民政党内阁，政府、海军省和海军军令部之间的对立与政治斗争相纠缠，给后来的海军内部带来了深刻的影响。
加藤海军军令部长于6月11日辞职，由谷口尚真上将继任。谷口军令部长就伦敦条约问题向军事参议院提出的咨询上奏天皇。海军军事参议官于7月23日召开参议会并回奏天皇：“如按该条约的规定，海军在维持和实行作战计划中将产生兵力不足的问题，因而有在协约的范围内最大限度地充实海军力量”的必要和对策。
10月3日，财部海军大臣辞职，由安保清种上将继任，他上任伊始，便向内阁会议提出了《海军主要兵力发展及实力充实计划草案》。据说这是一个从昭和6年（1931年）度到昭和11年（1936年）度的《第—次海军军备扩充计划》。这一计划被列入预算遇到重重因难，但于11月得以通过，并付诸实施。
满洲事变
张作霖被炸死后，日中在满洲问题上的对立更加激化形势日趋严重。陆军和关东军企图以武力解决，并秘密进行准备。昭和6年（1931年）9月18日夜，部分关东军参谋挑起了柳条沟事件，以此为开端，关东军（司令官本庄繁中将）对南满铁路附属地带的中国军队开始了“扫荡”。与此同时，朝鲜派遣军（司令官林铣十郎中将）准备派出部分兵力增援关东军。
在19日上午的内阁会议（首相若规礼次郎）上，以及当天下午的陆军三长官（陆军大臣南次郎、参谋总长金谷范三、教育总监武藤信义三位上将）会议上均决定了不再进一步扩大事态的方针，并将这一决定通知了关东军和朝鲜派遣军。
但是，21日晨关东军以保护侨民和自卫为名。独自决定进攻吉林。朝鲜派遣军也于当天下午独自决定以在国境附近待命的部分兵力进入满洲增援关东军。
朝鲜派遣军越境的独断行为是个严重的问题，但22日内阁会议却同意这种作法，参谋总长上奏天皇，得到批准。但中央的指挥控制却因此而削弱，现地军队以独断专行，造成既成事实。然后让中央承认的形式取得了尔后作战的进展。为加强与关东军司令部的联系，参谋部派出了以第二部部长桥本虎之助少将为首的派遣组，但末获成效，—个月之后撤回。
另一方面，事变发生后中国向国联提出了控诉。国联理事会作出决议，要“日本军队谈复原态势”。可是，现地的关东军却迅速采取行动11月越过中东铁路推进到齐齐哈尔。
12月13日，无力收拾局面的若规内阁垮台，犬养毅内阁（陆军大臣荒木贞夫中将、海军大臣大角岑生上将）成立。12月23日，陆军的最高长老闲院官载仁亲王就任参谋总长，提高了总长的威望。翌年1月，真崎甚三郎中将任副总长。此外，作战参谋的阵容也焕然一新。中央统帅部的威信也因此而逐渐恢复，统帅活动逐步趋于积极主动。
昭和7年（1933年）1月27日，战火扩大到上海，我陆战队开始同中国军队交战。海军新编并派出第3舰队（司令长官野村吉三郎中将），陆军出动了上海派遣军（司令官白川义则上将），陆海军进行了协同作战在尽早结束冲突的方针指导下，采取了正确的政略和战略，因而于5月5日签订了停战协定。
昭和7年3月，“满洲国”成立。9月，日本予以承认。昭和8年（1933年）2月，开始热河作战，关东军越过长城线进入关内（河北省），5月31日签订塘沽停战协定。至此满洲事变暂告终结。但关东军在关内夺得了立足之地，可以说为它侵占华北地区奠定了基础，也是爆发芦沟桥事变的前奏。
强化海军军令部的一步
海军省和海军军令部对满洲事变都从内心反对，但并末出面坚决阻止。这期间海军内部围绕军令和军政机关的权限问题进行了磋商。从历来陆海军统帅部对于陆海军省的关系上看，海军军令部的地位大大低于参谋部，因而，扩大军令部权限的活动从大正时代起就普多次表面化。但海军省方面实力很强，军令部的努力每次都半途而废。
本来是由大臣还是统帅部长辅佐天皇并对其负责，在明治宪法规定的统帅大权和编制大权中，并没有明确的根据。陆军的传统作法是，对于统帅权，专由参谋总长，对于编制权，由陆军大臣和参谋总长共同负责。而海军的传统则是，对于统帅权，不仅海军军令部长，而且海军大臣也负责，对于编制机只由海军大臣负责。但是昭和5年（193O年），围绕伦敦会议决定兵力数量的问题就对统帅权的合理规定和省、部之间的权限展开了讨论。
此前陆军由闲院宫裁仁亲王担任了参谋总长，对此，海军于昭和7年（1932年）2月2日由伏见官博恭王就任海军军令部长。这一时期任副部长高桥三吉中将在军事参议官加藤宽治上将的支持下，企图加强海军军令部的权限。但这是他的最终目标，而企图修改《大本营编制》和《大本营条令》则是实现这一目标的前提。从3月份开始进行研究。修正案的要点是，撤销历来在海军大臣领导下的“海军军事总监部”以下各军政机关，通过新设“大本营海军战备考察部”，将大臣以外的海军省首脑囊括于一个机构中，作为军令部长领导下的军令机关，并新设“大本营海军报道部”，实质上要军令部来负责宣传报道。对于这一缩小大臣权限的修正案，海军省方面未轻易地表示同意。
陆军也采取了同样的步伐增加陆军参谋及兵站总监部的人员，制定了报道部和谍报机关等的设置方案，似乎想使参谋部编制之大部达到大本营的标准。因未留下这方面的史料，具体俏况不清楚。
此后，在海军省与海军军令部进特磋商的同时，还进行了陆海军间的协调，达方面的重新想法直至昭和8年（1933年）4月28日才正式公布。
海军军令部组织的扩充
作为修改《海军军令部条例》的前提，高桥中将在大本营有关规定修改之后，推动了对军令部编制的修改和加强。他于昭和7年（1932年）6月份着手此项工作。
修正案中大幅度地变更了机构定员也一举增加百分之五十。机构变更中具有代表性的是军令部直接负责战争指导的第1班，以及统管综合海外情报的第3班，并新设包括海军省电信科在内的第9班。这种变更是企图使海军军令部不仅在战时，而且在平时也能在实际事务上发挥强有力的指导作用。
对此，海军省的大臣以下各局长、科长都持反对态度。但是当时对海军军令部内的编制、各科的任务和定员问题，除增加定员一项之外，海军军令部长都可独自发布命令付诸实施。因而昭和7年（1932年）10月10日以海军军令部长的权限发布了改组的命令。
因为增加定员问题未得到同意，所以只好把现有的定员广泛分散到新设的机构中，但还有的科尚无定员，此类科的业务处理均由其他机构兼顾。以后，在修改《海军军令部条例》的同时，定员立即得到了增加。
从“海军军令部”到“军令部”
昭和8年（1933年）3月2日，海军军令部将军令部条例和省、部交涉规定的修正案提交海军省方面。毫无疑间，这是背着海军省进行准备，并企图以实力排除异议。条例的修改要点大体有如下三点。
第一，变更名称，将“海军军令部”改为“军令部”，“海军军令部长”改称“军令部总长”。这是联想到了陆军的参谋部和参谋总长，企图与陆军方面取得一致。
第二，把条例中海军军令部长“参与筹划国防用兵问题，天皇裁决后，移交海军大臣。但战时在不设大本营的情况下，有关作战的问题由海军军令部长传达。”改为由总长“负责制定国防用兵的计划，传达用兵之事宜”。企图始终由总长负责传达用兵、作战行动的诏令。
第三，条例第六条规定的海军军令部参谋分管的事项全部删去，把海军军令部负责的事项具体地写在更低一级的《省、部交涉规程》、《事务分科规定》或《服务规定》中。
对比海军省方面表示反对，认为现在没有必要改变有光辉传统的名称；关于总长“传达用兵事宜”—项，，可能因用兵定义不明确而扩大解释范围；参谋的分管事项是确定海军军令部负责范围的，则掉后会使权限不明确。
当时，海军省方面主要存在以下想法：海军大臣在宪法上是负有明确责任的国务大臣，而海军军令部长则既不是大臣的部下，又不是宪法上明文规定的机关，因而不负宪法上的责任，如给予不受大臣监督权约束的军令部长以很大的权限，将违反宪法政治的原则，是危险的。
《省、部交涉规定》的修正案，企图将过去属于海军省权限和负责的事项中相当的一部分纳入军令部的权限内。
首先是把关于兵力数量的主管事务明确移交军令部。这件事自伦敦条约签字批示问题以来就在海军上层争论不休，结果于昭和5年（193O年）7月2日，由财部海军大臣奏请批准，决定“有关海军兵力的事项按过去的惯例予以处理，在这种情况下，海军大臣和海军军令部长之间应取得一致意见。”但由于“过去的惯例”意义不明确，因而，后来仍是个悬而末决的问题。军令部的实力逐渐占据了优势，接着于昭和8年（1933年）1月23日，由大角海军大臣、伏见宫海军军令部长、荒木陆军大臣、闲院宫参谋总长拟制并签署了《关于兵力数量的决定》的备忘录。其中规定，“兵力数量是国防用兵所绝对必要的因素，因而应由作为统帅之参谋的参谋总长和海军军令部长起草，通过这一最高统帅机关作出决定。”这样，问题使明确了。
另外还存在许多其他问题例如人事行政、警备舰艇的派遣、教育、特命视察等主管事务由谁负责等。
省、部事务当局间的交涉于6月末陷入僵局，7月初开始，副部长和次官、副部长和大臣进行了协商，但有些问题还远末得到解决。大角海军大臣又从7月11日与伏见宫军令部长进行了磋商，结果到17日基本上同意了军令部的修正案。当时人们评论说，大角海军大臣是屈从于皇族的压力。
此后，由事务当局形成正式条文，确定了省、部的方案，9月25日海军大臣请求批准，天皇未立即批准，在进行种种垂问之后，于26日才批推。天皇提出的最重要的一个问题是“根据这一修正案担心在运用中稍有错误，军令部会过分干预政府职权范围内的预算和入事。海军大臣有无把握避免发生此种情况？必须立即写成文书上报。”
新条例在同一天作为军令部令而制定，其内容如下：
第一条 军令部负责国防用兵之事宜。
第二条 军令部设总长，由天皇任命，总长直属天皇，参与最高统帅部机密事务的筹划，统辖军令部。
第三条 总长负责拟定国防用兵计划，传达用兵之事宜。
《省、部交涉规定》改名为《海军省、军令部业务交涉规定》于10月1日须发命令。
这样，军令部的权限无论在平时还是战时，均得到了大幅度的扩大，海军省和军令部之间围绕伦敦条约而产生的对立，以军令部占上风而告终结。然而，在现代的国家总体战时代，加强很少接触政治的统帅部的权限究竟能不能适应形势，还是个问题。
出兵山东
明治44年（1911年）辛亥革命以来，中国国内动乱不止，这是新中国诞生前的征兆。大正15年（1926年），标榜国民革命的蒋介石国民政府军，对北方军阀张作霖所率部队开始了旨在谋求国家统一的北伐战争。
昭和2年（1937年）5月27日，田中义一内阁（陆军大臣白川义则）为保护侨民决定出兵青岛（称为“政略出兵”）。陆军派出第10师之一部，海军派出第三遣华舰队担任沿海警备。但因北伐军在徐州败北，因而于9月份平安撤军（第一次出兵山东）。
翌年4月，蒋介石再次北伐，战乱即将波及华北。为此日本政府决定第二次出兵山东，迅速派出了第6师等部队。5月2日，日中双方在济南发生冲突（济南事件），因而又增派了第3师。为保护侨民而向中国派兵的国家不仅是日本。本来不该企图对一个独立国家采取行动，因而，频繁的出兵更激起了中国军民的排外情绪。
日本政府估计将出现蒋介石北伐战争顾利进展，张作霖部队败退和战乱波及满蒙的形势，因而于5月18日作出决定，无论对蒋介石还是张作霖的武装部队都坚决阻止其进入满洲。陆军命令关东军准备向锦州出动。但根据后来形势的变化，政府不同意出兵锦州，所以关东军将其主力集结于奉天附近，负责南满铁路附属地区一带的警备任务。
6月4日，从北京退回奉天的张作霖的专列被炸，张作霖不久便死去。以后查明其主谋是关东军参谋河本大作上校。这是—个严重的政治问题，在军内助长了“下克上”的风气。
伦敦海军条约
华盛领会议未能就限制辅助舰艇问题达成协议，因而世界各海军国家竞相发展辅助舰艇，尤其对建造条约所允许的一万吨级、装备203毫米炮的大型巡洋舰和潜艇更为积极，各国感到有必要对此加以限制。昭和2年（1927年）6月，日、英、美三国代表在日内瓦会议，讨论了海军裁军问题但末取得一致意见。
昭和5年（193O年）1月，日、英、美、法、意五国代表在伦敦召开了第三次海军裁军会议。日本任命前首相若规礼次郎、海军大臣财部彪、驻英大使松平恒雄为全权代表。会前日本确定了重大原则：（一）铺助舰总吨位为美国的十分之七；（二）大型巡洋舰为美国的十分之七；（三）潜艇保持7.8万吨。会议最后规定；（一）辅助舰总吨位为十分之六点九七五；（二）大型巡样十为十分之六点O二；
（三）潜艇为十成，总吨位5.2万吨。4月22日条约签定，但海军军令部对大型巡洋舰的比例和潜艇的数量表示了不满。
对于条约的签认，滨口雄幸首相和海军省首脑认为，缔结条约是政府的责任和权限，海军军令部的意见可做“参考”，无需明确表示同意，于是便指示在条约上签字。而海军军令部长加藤宽治，次长末次信正则认为，不待军令部长的意见上奏天皇，政府便发出签字的指示是干预“统帅权”。当时的在野党政友会企图利用这一问题打倒民政党内阁，政府、海军省和海军军令部之间的对立与政治斗争相纠缠，给后来的海军内部带来了深刻的影响。
加藤海军军令部长于6月11日辞职，由谷口尚真上将继任。谷口军令部长就伦敦条约问题向军事参议院提出的咨询上奏天皇。海军军事参议官于7月23日召开参议会并回奏天皇：“如按该条约的规定，海军在维持和实行作战计划中将产生兵力不足的问题，因而有在协约的范围内最大限度地充实海军力量”的必要和对策。
10月3日，财部海军大臣辞职，由安保清种上将继任，他上任伊始，便向内阁会议提出了《海军主要兵力发展及实力充实计划草案》。据说这是一个从昭和6年（1931年）度到昭和11年（1936年）度的《第—次海军军备扩充计划》。这一计划被列入预算遇到重重因难，但于11月得以通过，并付诸实施。
满洲事变
张作霖被炸死后，日中在满洲问题上的对立更加激化形势日趋严重。陆军和关东军企图以武力解决，并秘密进行准备。昭和6年（1931年）9月18日夜，部分关东军参谋挑起了柳条沟事件，以此为开端，关东军（司令官本庄繁中将）对南满铁路附属地带的中国军队开始了“扫荡”。与此同时，朝鲜派遣军（司令官林铣十郎中将）准备派出部分兵力增援关东军。
在19日上午的内阁会议（首相若规礼次郎）上，以及当天下午的陆军三长官（陆军大臣南次郎、参谋总长金谷范三、教育总监武藤信义三位上将）会议上均决定了不再进一步扩大事态的方针，并将这一决定通知了关东军和朝鲜派遣军。
但是，21日晨关东军以保护侨民和自卫为名。独自决定进攻吉林。朝鲜派遣军也于当天下午独自决定以在国境附近待命的部分兵力进入满洲增援关东军。
朝鲜派遣军越境的独断行为是个严重的问题，但22日内阁会议却同意这种作法，参谋总长上奏天皇，得到批准。但中央的指挥控制却因此而削弱，现地军队以独断专行，造成既成事实。然后让中央承认的形式取得了尔后作战的进展。为加强与关东军司令部的联系，参谋部派出了以第二部部长桥本虎之助少将为首的派遣组，但末获成效，—个月之后撤回。
另一方面，事变发生后中国向国联提出了控诉。国联理事会作出决议，要“日本军队谈复原态势”。可是，现地的关东军却迅速采取行动11月越过中东铁路推进到齐齐哈尔。
12月13日，无力收拾局面的若规内阁垮台，犬养毅内阁（陆军大臣荒木贞夫中将、海军大臣大角岑生上将）成立。12月23日，陆军的最高长老闲院官载仁亲王就任参谋总长，提高了总长的威望。翌年1月，真崎甚三郎中将任副总长。此外，作战参谋的阵容也焕然一新。中央统帅部的威信也因此而逐渐恢复，统帅活动逐步趋于积极主动。
昭和7年（1933年）1月27日，战火扩大到上海，我陆战队开始同中国军队交战。海军新编并派出第3舰队（司令长官野村吉三郎中将），陆军出动了上海派遣军（司令官白川义则上将），陆海军进行了协同作战在尽早结束冲突的方针指导下，采取了正确的政略和战略，因而于5月5日签订了停战协定。
昭和7年3月，“满洲国”成立。9月，日本予以承认。昭和8年（1933年）2月，开始热河作战，关东军越过长城线进入关内（河北省），5月31日签订塘沽停战协定。至此满洲事变暂告终结。但关东军在关内夺得了立足之地，可以说为它侵占华北地区奠定了基础，也是爆发芦沟桥事变的前奏。
强化海军军令部的一步
海军省和海军军令部对满洲事变都从内心反对，但并末出面坚决阻止。这期间海军内部围绕军令和军政机关的权限问题进行了磋商。从历来陆海军统帅部对于陆海军省的关系上看，海军军令部的地位大大低于参谋部，因而，扩大军令部权限的活动从大正时代起就普多次表面化。但海军省方面实力很强，军令部的努力每次都半途而废。
本来是由大臣还是统帅部长辅佐天皇并对其负责，在明治宪法规定的统帅大权和编制大权中，并没有明确的根据。陆军的传统作法是，对于统帅权，专由参谋总长，对于编制权，由陆军大臣和参谋总长共同负责。而海军的传统则是，对于统帅权，不仅海军军令部长，而且海军大臣也负责，对于编制机只由海军大臣负责。但是昭和5年（193O年），围绕伦敦会议决定兵力数量的问题就对统帅权的合理规定和省、部之间的权限展开了讨论。
此前陆军由闲院宫裁仁亲王担任了参谋总长，对此，海军于昭和7年（1932年）2月2日由伏见官博恭王就任海军军令部长。这一时期任副部长高桥三吉中将在军事参议官加藤宽治上将的支持下，企图加强海军军令部的权限。但这是他的最终目标，而企图修改《大本营编制》和《大本营条令》则是实现这一目标的前提。从3月份开始进行研究。修正案的要点是，撤销历来在海军大臣领导下的“海军军事总监部”以下各军政机关，通过新设“大本营海军战备考察部”，将大臣以外的海军省首脑囊括于一个机构中，作为军令部长领导下的军令机关，并新设“大本营海军报道部”，实质上要军令部来负责宣传报道。对于这一缩小大臣权限的修正案，海军省方面未轻易地表示同意。
陆军也采取了同样的步伐增加陆军参谋及兵站总监部的人员，制定了报道部和谍报机关等的设置方案，似乎想使参谋部编制之大部达到大本营的标准。因未留下这方面的史料，具体俏况不清楚。
此后，在海军省与海军军令部进特磋商的同时，还进行了陆海军间的协调，达方面的重新想法直至昭和8年（1933年）4月28日才正式公布。
海军军令部组织的扩充
作为修改《海军军令部条例》的前提，高桥中将在大本营有关规定修改之后，推动了对军令部编制的修改和加强。他于昭和7年（1932年）6月份着手此项工作。
修正案中大幅度地变更了机构定员也一举增加百分之五十。机构变更中具有代表性的是军令部直接负责战争指导的第1班，以及统管综合海外情报的第3班，并新设包括海军省电信科在内的第9班。这种变更是企图使海军军令部不仅在战时，而且在平时也能在实际事务上发挥强有力的指导作用。
对此，海军省的大臣以下各局长、科长都持反对态度。但是当时对海军军令部内的编制、各科的任务和定员问题，除增加定员一项之外，海军军令部长都可独自发布命令付诸实施。因而昭和7年（1932年）10月10日以海军军令部长的权限发布了改组的命令。
因为增加定员问题未得到同意，所以只好把现有的定员广泛分散到新设的机构中，但还有的科尚无定员，此类科的业务处理均由其他机构兼顾。以后，在修改《海军军令部条例》的同时，定员立即得到了增加。
从“海军军令部”到“军令部”
昭和8年（1933年）3月2日，海军军令部将军令部条例和省、部交涉规定的修正案提交海军省方面。毫无疑间，这是背着海军省进行准备，并企图以实力排除异议。条例的修改要点大体有如下三点。
第一，变更名称，将“海军军令部”改为“军令部”，“海军军令部长”改称“军令部总长”。这是联想到了陆军的参谋部和参谋总长，企图与陆军方面取得一致。
第二，把条例中海军军令部长“参与筹划国防用兵问题，天皇裁决后，移交海军大臣。但战时在不设大本营的情况下，有关作战的问题由海军军令部长传达。”改为由总长“负责制定国防用兵的计划，传达用兵之事宜”。企图始终由总长负责传达用兵、作战行动的诏令。
第三，条例第六条规定的海军军令部参谋分管的事项全部删去，把海军军令部负责的事项具体地写在更低一级的《省、部交涉规程》、《事务分科规定》或《服务规定》中。
对比海军省方面表示反对，认为现在没有必要改变有光辉传统的名称；关于总长“传达用兵事宜”—项，，可能因用兵定义不明确而扩大解释范围；参谋的分管事项是确定海军军令部负责范围的，则掉后会使权限不明确。
当时，海军省方面主要存在以下想法：海军大臣在宪法上是负有明确责任的国务大臣，而海军军令部长则既不是大臣的部下，又不是宪法上明文规定的机关，因而不负宪法上的责任，如给予不受大臣监督权约束的军令部长以很大的权限，将违反宪法政治的原则，是危险的。
《省、部交涉规定》的修正案，企图将过去属于海军省权限和负责的事项中相当的一部分纳入军令部的权限内。
首先是把关于兵力数量的主管事务明确移交军令部。这件事自伦敦条约签字批示问题以来就在海军上层争论不休，结果于昭和5年（193O年）7月2日，由财部海军大臣奏请批准，决定“有关海军兵力的事项按过去的惯例予以处理，在这种情况下，海军大臣和海军军令部长之间应取得一致意见。”但由于“过去的惯例”意义不明确，因而，后来仍是个悬而末决的问题。军令部的实力逐渐占据了优势，接着于昭和8年（1933年）1月23日，由大角海军大臣、伏见宫海军军令部长、荒木陆军大臣、闲院宫参谋总长拟制并签署了《关于兵力数量的决定》的备忘录。其中规定，“兵力数量是国防用兵所绝对必要的因素，因而应由作为统帅之参谋的参谋总长和海军军令部长起草，通过这一最高统帅机关作出决定。”这样，问题使明确了。
另外还存在许多其他问题例如人事行政、警备舰艇的派遣、教育、特命视察等主管事务由谁负责等。
省、部事务当局间的交涉于6月末陷入僵局，7月初开始，副部长和次官、副部长和大臣进行了协商，但有些问题还远末得到解决。大角海军大臣又从7月11日与伏见宫军令部长进行了磋商，结果到17日基本上同意了军令部的修正案。当时人们评论说，大角海军大臣是屈从于皇族的压力。
此后，由事务当局形成正式条文，确定了省、部的方案，9月25日海军大臣请求批准，天皇未立即批准，在进行种种垂问之后，于26日才批推。天皇提出的最重要的一个问题是“根据这一修正案担心在运用中稍有错误，军令部会过分干预政府职权范围内的预算和入事。海军大臣有无把握避免发生此种情况？必须立即写成文书上报。”
新条例在同一天作为军令部令而制定，其内容如下：
第一条 军令部负责国防用兵之事宜。
第二条 军令部设总长，由天皇任命，总长直属天皇，参与最高统帅部机密事务的筹划，统辖军令部。
第三条 总长负责拟定国防用兵计划，传达用兵之事宜。
《省、部交涉规定》改名为《海军省、军令部业务交涉规定》于10月1日须发命令。
这样，军令部的权限无论在平时还是战时，均得到了大幅度的扩大，海军省和军令部之间围绕伦敦条约而产生的对立，以军令部占上风而告终结。然而，在现代的国家总体战时代，加强很少接触政治的统帅部的权限究竟能不能适应形势，还是个问题。
第五章 日中战争与大本营
第一节 战前的国防政策
走向孤立之途
华盛顿条约的有效期截止到昭和11年（1936年）底，伦敦条约的期限也与华盛顿条约一致。以满洲事变为契机，在海军内部和国民中间，对外强硬论都占支配地位，这样，日本摆脱裁军会议的约束己成定局。
要在期满时废除华盛额条约，必须在两午前发出通告。昭和9年（1934年）12月29日，日本政府通知美国，要单方面废除该条约。
昭和9年10月，召开了研究下期条约的第二次伦敦会议的预备会议（山本五十六少将出席），但以个别磋商而告终。此期间，天皇敦促海军首脑们注意：“不管协约是否成功，军备的扩充都不要太过分。”
昭和10年（1935年）12月，召开了正式会议。全权代表永野修身坚持撇开传统比例的“共同最大限度方案”，未被接受，便于翌年1月退出了会议。这样，从昭和13年（1937年）初，终于进入海军无条约时代。海军为适应这一形式，计划建造装备有457毫米舰炮的“大和”号、“武藏”号，发挥氧气鱼雷的威力等，以“质”来与其他国家的“量”招抗衡。
当时海军正在实施条约允许范围内的第二次海军军备补充计划（1934-1937年），预计在计划完成的昭和12年（1937年）初将拥有10艘主力舰，6艘航空母舰，4.5个甲型巡洋舰支队，1.5个乙型巡洋舰支队、5个水雷舰艇支队，5个潜艇支队、39个常备基地航空队。
北进还是南进
陆军以大正年代的军备状况迎接了满洲事变的爆发。为适应形势的变化，从昭和7年（1932年）度起，以四年计划进行了旨在充实驻满洲兵力、改善装备等应急的军备建设。
但是，苏军从昭和8年（1933年）春开始构筑坚固的边境阵地同时迅速增兵。据估计，昭和9年（1934年）6月份远东苏军已有11个步兵师、2个骑兵师、650辆坦克、5百架飞机，总兵力约23万，在符拉迪沃斯托克还有十几艘潜艇。而我驻满兵力只有3个师、1个机械化旅、骑兵集团、3个独立守备队，约80架飞机，兵力约5万人，即使加上驻朝兵力，也不及远东苏军的十分之三。
日苏战备上的均衡濒于破灭，重建我大陆国防成为当务之急。因而，参谋部认为在与苏军远东兵力的对比上，驻满洲和朝鲜的兵力至少要始终保持相当于苏军的十分之八，并尽早将航空兵力增强到相当于苏军十分之八的水平。以此为目标，迅速扩充军备。由于必要的军需工业对日军的整个作战必不可少。因而，必须着手扩充旨在加强国防力量的日本和满洲的经济实力。特别是昭和10年（1935年）8月，担任参谋部作战科长的石原莞尔上校认为现在不是仅靠军备便可保障国防安全的时代，必须迅速拟定战争计划制定国防国策大纲，并积极设法加以贯彻。
石原上校认为“从我国国力上说，不可能同时针对世界最强的陆军国家苏联和世界最大的海军国家美国，来加强我们的陆海军军备，仅仅军备得到加强而不具备战争的物质力量—资源及生产能力也是不可能支持长期的战争的。现在的形势发展下去，可能会陷于把苏、美、英、中同时都作为敌国对待的困境。为此必须把对苏战备作为重点，排除来自北方的威胁，防止与中国的关系破裂，尽力保持同美、英的合作，此期间还要培植满洲国。”
为实现这一目标，先决条件是在国防国策上与海军取得思想上的一致。昭和10年（1935年）12月17日，开始同军令部作战科长福富繁上校等进行了讨论。
参谋部的这一设想必然是重视优先加强当前陆军的军备，因而遭到海军方面的反对。海军自昭和11年（1936年）末已处于无条约状态，因而，已有必要着手加强在国防上可充满信心的海军军备。而且对满洲事变以后陆军在华北和内蒙的活动中毫无控制的做法，持强烈的不信任态度。为此，海军主张，“北守南进”，即北方维持现状，把日本将来的发展方向指向南方。
陆海军的协商未能取得顺利的进展。
《帝国国防方针》等的第三次修改
昭和11年（1936年）1月23日，军令部提议：当前应对《帝国国防方针》等进行第三次修改，不要再讨论国防国策问题。其理由是自大正12年（1923年）修改以后，国际形势发生了很大变化，海军处于无裁军条约的地位，有必要确定国防所需兵力。
参谋部也承认由于日苏间的军事形势发生了变化用兵纲领失去了它的现实性，在拟制年度作战计划时反映每年的形势。但对于修改态度并不积极。他们的意见是，说是帝国国防方针，也只是军部的国防，是与国策不相关的“时代产物”，已失去了权威，因此，适应当前形势的国防国策更为实际。
在这方面，双方的意见也不一致，不过参谋部向军令部妥协了，同意国防国策由政府和统帅部决定，并从以此为依据的军部的狭义国防的立场来修改国防方针，于是便开始研究和讨论。
因当年发生了“二．二六事件”，曾一度中断，时间过后又继续进行了研究。主要假想敌国还是未能确定为一国，而是确定为苏、美两国。但是以苏、美的顺序，还是美、苏的顾序，仍是陆海军争执的一个大问题。最后商定：“以美国、俄国的记述顺序，并不表示国防目标的重要与次要”，问题才得到解决。
最后形成了—个调和陆军的主张和海军的要求的折衷方案。这一最后修正案中规定：“鉴于帝国国防之本义，帝国之国防以同我发生冲突可能性最大，且有强大国力，特别是有强大军备的美国、俄国为目标，同时应防备中国和英国。”还规定：“未来战争可能是长期战争，为此，必须有适应这一情况的决心和准备。”其中还论述了增强国力的必要性。
主要假想敌国已按上述原则确定下来，因而陆海军在国防上就需保持能控制东亚大陆和西太平佯地区的兵力。关于这一兵力问题，陆海军各自拟定方案末发生争论。
陆军确定，战争初期所需兵力大体以50个师为基干，特别需要立即完成的主要事项是：
（一）航空兵力 战时要保持约140个中队；
（二）平时驻满洲兵力至少要以6个高满员率师为基干；
（三）20个常备师。
海军决定保持12艘主力舰、10艘航空母舰、28艘巡洋舰、6个水雷舰艇支队和7个潜艇支队为基干的海外作战部队，此外尤其想发展65个队的常务基地航空兵力。由此判断，在今后约10年的时间里，估计将能保持相当于美国的十分之七到十分之八的兵力。
在用兵纲领中，是按美国、俄国，还是按俄国、美国的顺序记述，是一个不影响实质的形式上的问题，陆海军为此争论不休。结果决定，国防方针按“美、俄”，用兵纲领按“俄、美”的顺序记述，双方才达成了妥协。
当时参谋总长闲院宫裁仁亲王，军令部总长伏见宫博恭王，因而有关《帝国国防方针》等三个问题的具体业务处理由参谋副总长西尾寿造和军令部副总长鸠田繁太郎负责。这些问题经过例行的手续，于6月3日被批准，在上奏及元帅回奏时，天皇曾垂询“新增加对英作战的理由、国防所需兵力特别是造舰费与财政的关系、对美英大规模造舰的对策”等。天皇通常以垂询的形式来表达他的忧虑，敦促注意，要求三思这已是惯例。
获审议上述决定日本发展方向的三个文件时，总理大臣广田弘毅在天皇垂询关于《帝国国防方针》修正案时，回奏道：“国防方针的修改十分正确，将尽力付诸实行。”
昭和时代的元帅府
明治31年（1898年）和明治36年（19O3年）分别设立了元帅府和军率参议院，作为协调陆海军军务的机构。
元帅府作为天皇军事上的最高顾问，在明治时代曾经发探过极其重要的作用。但是自大正时代后期起，元帅府的活动力明显减弱。昭和初期担任元帅的只有陆军的闲院官载仁亲王、上原勇作（1933年11月8日去世），海军的井上良馨（1929年3月22日去世）、东乡平八郎（1934年5月30日去世），他们虽有作为长老的权威，但已经丧失了活力。
昭和7年（1932年），伏见宫博恭王（海军）和梨本宫守正王（陆军），翌年，武藤信义（陆军）被任命为元帅，但武藤元帅不久便去世，闲院宫、伏见宫就任两统帅部的总长后，元帅府的实体基本上就不复存在了。
太平洋战争期间，陆军的寺内寿一、杉山元、烟俊六，海军的永野修身等各位元帅曾任总司令官或大臣、总长等职务。山水五十六和古贺峰一两位元帅则是在他们战死后为表彰其功绩而授予元帅称号的。
军事参议院的情况也一样。军事参议官由元帅、陆海军大臣、参谋总长、军令部总长，以及天皇特别任命的陆海军将官组成，昭和11年（1936年）初，陆军由荒木贞夫、真崎甚三郎、林铣十郎、阿部信行、西义一、植田谦吉、寺内寿一等上将和朝香宫鸠彦王、东久祢宫捻彦王等中将专任军事参议官。海军有山本英辅、小林蛴造、野村吉三郎、中村良三、末次信正、永野修身6位上将专任这一职务。
军事参议院是重要军务的咨询机构。但是，专任的军事参议官时最高统帅部的机密事务却了解甚少，因而在达成军事参议院设置的最重要目的，即在陆海军间进行协调方面末能充分发挥其作用。另见在专任军事参议官中，为使其了解作为战时集团军司令官、舰队司令长官等应指挥的兵团之能力，而让其担任视察和演习的总监这一意图，以前也末严格贯彻执行。
陆军或海军单方的军事参议官会此时常举行，但陆海军联合的参议会却很少召开。军事参汉官这一职务，成了一直坐等下一期任命的闲差事或名誉职务。
“国策之基准”
在制定《帝国国防方针》的同时，只陆海军双方在秘密的情况下，对国防国策进行了研究。海军中央部门于昭和11年（1936年）3月组成了以长谷川清海军次官为首，由海军省、军令部首脑参加的“海军政策及制度研究调查委员会”，其目的是为了同满洲事变以来政治影响力逐步增大的陆军顺利地进行磋商，以及对付陆军强调向北方发展的思想。
4月16日，委员会编写的《帝国国策之纲要》中规定，“以对内更张庶政，对外确保帝国在大陆之地位，同时向南方发展作为根本方针。”
陆军中央部门在“二.
二六事件”以后，省、部首脑更迭一新，紧密团结，努力推行国防国策。6月上旬，修改了参谋部的编制，新设第二科，主要负责战争指导和形势判断，由石原上校任科长。第二科起草了《国防国策大纲》，并得到闲院官参谋总长的批准。该草案是以上述石原设想为基础的，其基本想法是“首先竭尽全力使苏联降服，尔后以实力驱逐英国在东亚的势力，谋求日中亲善联备与美决战”。
陆海军的争论并未顺利达成妥协。但最后对对方的主张，双方对对方认可确定了“南北并进”的方针，于6月30日，由海军方面负责把《帝国国策之纲要》和《国防国策大纲》捏和在一起，制定出《国策大纲》。
7月开始举行关于国策问题的内阁会议，8月7日，在广田弘毅首相、有田八郎外相、马场英一藏相、寺内寿一陆相、永野修身海相参加的“五相会议”上决定把《国策大纲》作为《国策之基准》。与此同时还在当天的首相、外相、陆相、海相的“四相会议”上决定了陆、海、外相一直在协商的《帝国外交方针》。
在制定这些方针政策时，海军的态度异常积极，他们主要是同参谋部进行协商拟定和通过的。其主要目的是为海军扩充军备打下基础。但特别值得注意是，在制定国策时，表现出一种明显的倾向，即陆海军部站在主动的立场要求政府采取行动。
此后，海军取得了昭和12年（1937年）度海军补充计划的预算，以昭和12年度以后6个年度的8亿多日元的连续拨款着手实施第三次补充计划。陆军也制定了昭和12年度以后为期6年的陆军军备扩充计划，并为实现这一目标大步迈进。计划内容如国防所需兵力项中所述。
对中国的形势的判断
昭和11年（1936年）前后，陆军军备现状极为落后。当时对苏战略态势相对减弱，即使投入陆军的全部兵力也难以保障国防安全，因而，陆军认为应竭力避免战争，力求加强日、满国防体制。
当时同中国的关系很不融洽，存在着重重困难，形势日趋紧张。但是参谋部采取的方针是竭力避免对中国作战。即使万不得己，也要把作战限定在一个方向上。军令部的意图是，由于中国的统一和军备不断发展，因而仅以过去那种局部的作战行动就有可能达不成政略目的，考虑到万一，制定一个能适应全面战争的计划是必要的。但恳参谋部把促进对苏作战准备放在首位，因而企图把对中国的作战始终局限为局部战争，其用兵纲领中也规定：“根据形势以歼灭华北、华中、华南地区中必要方向上的敌人，占领诸要地为目的。”
据此，起草了陆海军的昭和12年（1937年）度作战计划。但在根本上，陆海军间还存在着上述形势判断上的分歧。即使在陆军内部用兵思想也不统一。陆军省和参谋部的大部，尤其是参谋部第三部（情报）以及关东军等，对中国用兵的问题依然考虑轻率，仍末抛弃满洲事变以来积极进取的思想，即为了保障我国权益保护侨民，或者为了挫败日益高涨的抗日、排日之锐气，必要时不得不使用部分兵力。
第一节 战前的国防政策
走向孤立之途
华盛顿条约的有效期截止到昭和11年（1936年）底，伦敦条约的期限也与华盛顿条约一致。以满洲事变为契机，在海军内部和国民中间，对外强硬论都占支配地位，这样，日本摆脱裁军会议的约束己成定局。
要在期满时废除华盛额条约，必须在两午前发出通告。昭和9年（1934年）12月29日，日本政府通知美国，要单方面废除该条约。
昭和9年10月，召开了研究下期条约的第二次伦敦会议的预备会议（山本五十六少将出席），但以个别磋商而告终。此期间，天皇敦促海军首脑们注意：“不管协约是否成功，军备的扩充都不要太过分。”
昭和10年（1935年）12月，召开了正式会议。全权代表永野修身坚持撇开传统比例的“共同最大限度方案”，未被接受，便于翌年1月退出了会议。这样，从昭和13年（1937年）初，终于进入海军无条约时代。海军为适应这一形式，计划建造装备有457毫米舰炮的“大和”号、“武藏”号，发挥氧气鱼雷的威力等，以“质”来与其他国家的“量”招抗衡。
当时海军正在实施条约允许范围内的第二次海军军备补充计划（1934-1937年），预计在计划完成的昭和12年（1937年）初将拥有10艘主力舰，6艘航空母舰，4.5个甲型巡洋舰支队，1.5个乙型巡洋舰支队、5个水雷舰艇支队，5个潜艇支队、39个常备基地航空队。
北进还是南进
陆军以大正年代的军备状况迎接了满洲事变的爆发。为适应形势的变化，从昭和7年（1932年）度起，以四年计划进行了旨在充实驻满洲兵力、改善装备等应急的军备建设。
但是，苏军从昭和8年（1933年）春开始构筑坚固的边境阵地同时迅速增兵。据估计，昭和9年（1934年）6月份远东苏军已有11个步兵师、2个骑兵师、650辆坦克、5百架飞机，总兵力约23万，在符拉迪沃斯托克还有十几艘潜艇。而我驻满兵力只有3个师、1个机械化旅、骑兵集团、3个独立守备队，约80架飞机，兵力约5万人，即使加上驻朝兵力，也不及远东苏军的十分之三。
日苏战备上的均衡濒于破灭，重建我大陆国防成为当务之急。因而，参谋部认为在与苏军远东兵力的对比上，驻满洲和朝鲜的兵力至少要始终保持相当于苏军的十分之八，并尽早将航空兵力增强到相当于苏军十分之八的水平。以此为目标，迅速扩充军备。由于必要的军需工业对日军的整个作战必不可少。因而，必须着手扩充旨在加强国防力量的日本和满洲的经济实力。特别是昭和10年（1935年）8月，担任参谋部作战科长的石原莞尔上校认为现在不是仅靠军备便可保障国防安全的时代，必须迅速拟定战争计划制定国防国策大纲，并积极设法加以贯彻。
石原上校认为“从我国国力上说，不可能同时针对世界最强的陆军国家苏联和世界最大的海军国家美国，来加强我们的陆海军军备，仅仅军备得到加强而不具备战争的物质力量—资源及生产能力也是不可能支持长期的战争的。现在的形势发展下去，可能会陷于把苏、美、英、中同时都作为敌国对待的困境。为此必须把对苏战备作为重点，排除来自北方的威胁，防止与中国的关系破裂，尽力保持同美、英的合作，此期间还要培植满洲国。”
为实现这一目标，先决条件是在国防国策上与海军取得思想上的一致。昭和10年（1935年）12月17日，开始同军令部作战科长福富繁上校等进行了讨论。
参谋部的这一设想必然是重视优先加强当前陆军的军备，因而遭到海军方面的反对。海军自昭和11年（1936年）末已处于无条约状态，因而，已有必要着手加强在国防上可充满信心的海军军备。而且对满洲事变以后陆军在华北和内蒙的活动中毫无控制的做法，持强烈的不信任态度。为此，海军主张，“北守南进”，即北方维持现状，把日本将来的发展方向指向南方。
陆海军的协商未能取得顺利的进展。
《帝国国防方针》等的第三次修改
昭和11年（1936年）1月23日，军令部提议：当前应对《帝国国防方针》等进行第三次修改，不要再讨论国防国策问题。其理由是自大正12年（1923年）修改以后，国际形势发生了很大变化，海军处于无裁军条约的地位，有必要确定国防所需兵力。
参谋部也承认由于日苏间的军事形势发生了变化用兵纲领失去了它的现实性，在拟制年度作战计划时反映每年的形势。但对于修改态度并不积极。他们的意见是，说是帝国国防方针，也只是军部的国防，是与国策不相关的“时代产物”，已失去了权威，因此，适应当前形势的国防国策更为实际。
在这方面，双方的意见也不一致，不过参谋部向军令部妥协了，同意国防国策由政府和统帅部决定，并从以此为依据的军部的狭义国防的立场来修改国防方针，于是便开始研究和讨论。
因当年发生了“二．二六事件”，曾一度中断，时间过后又继续进行了研究。主要假想敌国还是未能确定为一国，而是确定为苏、美两国。但是以苏、美的顺序，还是美、苏的顾序，仍是陆海军争执的一个大问题。最后商定：“以美国、俄国的记述顺序，并不表示国防目标的重要与次要”，问题才得到解决。
最后形成了—个调和陆军的主张和海军的要求的折衷方案。这一最后修正案中规定：“鉴于帝国国防之本义，帝国之国防以同我发生冲突可能性最大，且有强大国力，特别是有强大军备的美国、俄国为目标，同时应防备中国和英国。”还规定：“未来战争可能是长期战争，为此，必须有适应这一情况的决心和准备。”其中还论述了增强国力的必要性。
主要假想敌国已按上述原则确定下来，因而陆海军在国防上就需保持能控制东亚大陆和西太平佯地区的兵力。关于这一兵力问题，陆海军各自拟定方案末发生争论。
陆军确定，战争初期所需兵力大体以50个师为基干，特别需要立即完成的主要事项是：
（一）航空兵力 战时要保持约140个中队；
（二）平时驻满洲兵力至少要以6个高满员率师为基干；
（三）20个常备师。
海军决定保持12艘主力舰、10艘航空母舰、28艘巡洋舰、6个水雷舰艇支队和7个潜艇支队为基干的海外作战部队，此外尤其想发展65个队的常务基地航空兵力。由此判断，在今后约10年的时间里，估计将能保持相当于美国的十分之七到十分之八的兵力。
在用兵纲领中，是按美国、俄国，还是按俄国、美国的顺序记述，是一个不影响实质的形式上的问题，陆海军为此争论不休。结果决定，国防方针按“美、俄”，用兵纲领按“俄、美”的顺序记述，双方才达成了妥协。
当时参谋总长闲院宫裁仁亲王，军令部总长伏见宫博恭王，因而有关《帝国国防方针》等三个问题的具体业务处理由参谋副总长西尾寿造和军令部副总长鸠田繁太郎负责。这些问题经过例行的手续，于6月3日被批准，在上奏及元帅回奏时，天皇曾垂询“新增加对英作战的理由、国防所需兵力特别是造舰费与财政的关系、对美英大规模造舰的对策”等。天皇通常以垂询的形式来表达他的忧虑，敦促注意，要求三思这已是惯例。
获审议上述决定日本发展方向的三个文件时，总理大臣广田弘毅在天皇垂询关于《帝国国防方针》修正案时，回奏道：“国防方针的修改十分正确，将尽力付诸实行。”
昭和时代的元帅府
明治31年（1898年）和明治36年（19O3年）分别设立了元帅府和军率参议院，作为协调陆海军军务的机构。
元帅府作为天皇军事上的最高顾问，在明治时代曾经发探过极其重要的作用。但是自大正时代后期起，元帅府的活动力明显减弱。昭和初期担任元帅的只有陆军的闲院官载仁亲王、上原勇作（1933年11月8日去世），海军的井上良馨（1929年3月22日去世）、东乡平八郎（1934年5月30日去世），他们虽有作为长老的权威，但已经丧失了活力。
昭和7年（1932年），伏见宫博恭王（海军）和梨本宫守正王（陆军），翌年，武藤信义（陆军）被任命为元帅，但武藤元帅不久便去世，闲院宫、伏见宫就任两统帅部的总长后，元帅府的实体基本上就不复存在了。
太平洋战争期间，陆军的寺内寿一、杉山元、烟俊六，海军的永野修身等各位元帅曾任总司令官或大臣、总长等职务。山水五十六和古贺峰一两位元帅则是在他们战死后为表彰其功绩而授予元帅称号的。
军事参议院的情况也一样。军事参议官由元帅、陆海军大臣、参谋总长、军令部总长，以及天皇特别任命的陆海军将官组成，昭和11年（1936年）初，陆军由荒木贞夫、真崎甚三郎、林铣十郎、阿部信行、西义一、植田谦吉、寺内寿一等上将和朝香宫鸠彦王、东久祢宫捻彦王等中将专任军事参议官。海军有山本英辅、小林蛴造、野村吉三郎、中村良三、末次信正、永野修身6位上将专任这一职务。
军事参议院是重要军务的咨询机构。但是，专任的军事参议官时最高统帅部的机密事务却了解甚少，因而在达成军事参议院设置的最重要目的，即在陆海军间进行协调方面末能充分发挥其作用。另见在专任军事参议官中，为使其了解作为战时集团军司令官、舰队司令长官等应指挥的兵团之能力，而让其担任视察和演习的总监这一意图，以前也末严格贯彻执行。
陆军或海军单方的军事参议官会此时常举行，但陆海军联合的参议会却很少召开。军事参汉官这一职务，成了一直坐等下一期任命的闲差事或名誉职务。
“国策之基准”
在制定《帝国国防方针》的同时，只陆海军双方在秘密的情况下，对国防国策进行了研究。海军中央部门于昭和11年（1936年）3月组成了以长谷川清海军次官为首，由海军省、军令部首脑参加的“海军政策及制度研究调查委员会”，其目的是为了同满洲事变以来政治影响力逐步增大的陆军顺利地进行磋商，以及对付陆军强调向北方发展的思想。
4月16日，委员会编写的《帝国国策之纲要》中规定，“以对内更张庶政，对外确保帝国在大陆之地位，同时向南方发展作为根本方针。”
陆军中央部门在“二.
二六事件”以后，省、部首脑更迭一新，紧密团结，努力推行国防国策。6月上旬，修改了参谋部的编制，新设第二科，主要负责战争指导和形势判断，由石原上校任科长。第二科起草了《国防国策大纲》，并得到闲院官参谋总长的批准。该草案是以上述石原设想为基础的，其基本想法是“首先竭尽全力使苏联降服，尔后以实力驱逐英国在东亚的势力，谋求日中亲善联备与美决战”。
陆海军的争论并未顺利达成妥协。但最后对对方的主张，双方对对方认可确定了“南北并进”的方针，于6月30日，由海军方面负责把《帝国国策之纲要》和《国防国策大纲》捏和在一起，制定出《国策大纲》。
7月开始举行关于国策问题的内阁会议，8月7日，在广田弘毅首相、有田八郎外相、马场英一藏相、寺内寿一陆相、永野修身海相参加的“五相会议”上决定把《国策大纲》作为《国策之基准》。与此同时还在当天的首相、外相、陆相、海相的“四相会议”上决定了陆、海、外相一直在协商的《帝国外交方针》。
在制定这些方针政策时，海军的态度异常积极，他们主要是同参谋部进行协商拟定和通过的。其主要目的是为海军扩充军备打下基础。但特别值得注意是，在制定国策时，表现出一种明显的倾向，即陆海军部站在主动的立场要求政府采取行动。
此后，海军取得了昭和12年（1937年）度海军补充计划的预算，以昭和12年度以后6个年度的8亿多日元的连续拨款着手实施第三次补充计划。陆军也制定了昭和12年度以后为期6年的陆军军备扩充计划，并为实现这一目标大步迈进。计划内容如国防所需兵力项中所述。
对中国的形势的判断
昭和11年（1936年）前后，陆军军备现状极为落后。当时对苏战略态势相对减弱，即使投入陆军的全部兵力也难以保障国防安全，因而，陆军认为应竭力避免战争，力求加强日、满国防体制。
当时同中国的关系很不融洽，存在着重重困难，形势日趋紧张。但是参谋部采取的方针是竭力避免对中国作战。即使万不得己，也要把作战限定在一个方向上。军令部的意图是，由于中国的统一和军备不断发展，因而仅以过去那种局部的作战行动就有可能达不成政略目的，考虑到万一，制定一个能适应全面战争的计划是必要的。但恳参谋部把促进对苏作战准备放在首位，因而企图把对中国的作战始终局限为局部战争，其用兵纲领中也规定：“根据形势以歼灭华北、华中、华南地区中必要方向上的敌人，占领诸要地为目的。”
据此，起草了陆海军的昭和12年（1937年）度作战计划。但在根本上，陆海军间还存在着上述形势判断上的分歧。即使在陆军内部用兵思想也不统一。陆军省和参谋部的大部，尤其是参谋部第三部（情报）以及关东军等，对中国用兵的问题依然考虑轻率，仍末抛弃满洲事变以来积极进取的思想，即为了保障我国权益保护侨民，或者为了挫败日益高涨的抗日、排日之锐气，必要时不得不使用部分兵力。
第二节 日中战争期间的大本营
战火蔓延到华北
昭和12年（1937年）7月8日晨，陆军中央部门收到爆发芦构桥事件的报告后，大体分成了两派：一派是主张诉诸武力来解决悬而末决的华北诸问题的激进派；另一派是主张尽早收拾事态的慎重派。参谋部第一部部长石原莞尔少将、第二科（战争指导）、陆军省军务科等属于后者，其他部局属于前者或中间派。但第一部（作战）立即确定了不扩大事态的方针，同日傍晚，闲院宫参谋总长指示现地的驻华军队避免诉诸武力。
政府（首相近卫文磨、外相广田弘毅、陆相杉山元、海相米内光政、藏相贺屋兴宣）也在同日午后的内阁会议上决定了“不扩大事态，局部问题局部解决的方针”。
然而，根据以后中国军队增加兵力等形势的变化，认为有必要增强驻华军队的兵力，进于7月11日将关东军和朝鲜派遣军之一部派住华北。
与此同时在华北，为争取就地解决，一直同中国方面进行谈判。7月17日起，在南京也开始了外交谈判。但全局势在时好时坏中逐步恶化了。陆军内部的激进派强烈主张动员派遣内地师，而石原少将等慎重派对此持克制态度，始终寄希望于不扩大事态和就地解决。
但是，25日和26日相继发生廊坊事件和广安门事件，看来已无就地解决的可能。为保护侨民和权益，参谋总长允许驻华军队司令官行使武力。27日，内阁会议决定动员3个内地师，参谋总长传达了派遣这些师的命令。28日，驻华军队向北平、天津附近的中国军队发起了攻击。这样当初不扩大事态的方针遭到了破坏。
海军从事变发生前，由第3舰队负责保护中国沿海的权益和侨民，事变发生后，进一步加强了警备。7月28日，第2舰队担任华北，第3舰队担任华中、华南沿海的警备。政府从8月1日起决定将长江沿岸的日侨逐决撤向上海，由第3舰队负责保护。
战线在大陆猛伸
进入8月以后，上海方向的形势急剧恶化。令人担心的长江流域侨民的撤退工作于9日顺利结束。但当天傍晚，突然发生大山事件（陆战队的大山勇夫海军中尉等被中国保安队枪杀），局势立时趋于紧张。
军令部早就要求米内海军大臣作出派遣陆军部队的决定，但海军大臣期待着外交谈判取得进展，对此采取了忍耐和克制的态度。为把事变限定在华北地区，参谋部也不同意向上海方向派遣陆军部队。
但是，形势日趋紧迫，在13日午后的内阁会议上终于做出了为保护侨民而派遣陆军部队的决定。同日夜，海军陆战队与中国军队发生冲突，14日，形势发展到双方航空部队反复进行轰炸的地步。海军发表声明，决定发起大规模的作战行动，并将采取必要而有效的各种手段。
15日，政府发表《帝国政府声明》，在叙述处理这次事变的目的时说：“此次出兵之目的是惩罚中国军队之暴民，促使南京政府作出反省。日本所期望的是日中合作，为此，应杜绝排日、抗日运动，取得日、满、中团结合作之成果。”显然，达比事件当初“保障权益，保护侨民”的目的更进了一步。但是其真正的意图是不使事件进一步扩大，谋求尽早解决。
陆军于14日动员两个师编成上海派遣军并于18日以后陆续地紧急派往上海加入战斗，战线不断地向上海北方地区扩大。
18日，天皇向参谋总长和军令部总长垂询关于收拾时局的方案问题。当时参谋部的设想是：（一）增加华北的兵力，占领河北省北部和察哈尔的主要地区，阻击敌人向北进攻；（二）将陆军兵力之一部派往上海，必要时派往青岛，负责保护当地侨民；（三）以上述布势迎接可能出现的持久战，等待议和时机；
（四）为寻求战争的终结，期待着海军强大空袭取得成果。
而军令部则认为：“眼下的重点是确保上海。使用必要的兵力，在上海作战中迅速获得重大战果，以便在防止各国干涉、破坏经济枢纽、实施大规模要地空袭、消磨中国的志气等方面取得重大成效。”
两统帅部都同陆、海军省进行了协商，21日回奏天皇。其内容是两种方案的调和：一是军令部方案，主张在迅速使用武力获取成功，力求尽早解决事变问题的方针指导下，以上海为重点，实施短期决战。一是参谋部方案主张以华北为重点，预计将进行一场长期的持久战。这样的妥协不会产生英明果断的统帅。
不宣而战
关于是否宣战的问题从事变发生初期就进行过反复研究。上海战役开始后，陆军省、部的部分人主张宣战，以保障作战行动的自由，但大部分人持慎重观点。在9月4日第72届帝国议会的开院式语中阐明了日本方面的坚强决心，用以代替了宣战书。
9月中旬近卫首相认为从—个国家应采取正当行动看，还是宣战为好，并试探了陆海军方面的意向。但陆海军次官都提出：“陆海军的一致意见是希望暂不宣战。”他们的理由是“一宣战，就会妨碍中国同第三国之间的贸易，而日本从外国进口军需物资也会受到相当的限制，从而将大大地影响国防力量，产生严重后果”，并以数字作了详细说明。
与中央的这种态度相反，10月份现地军队的总的意见是，多数人主张“如不宣战就不能接收海关（海港税关），并给邮政、金融等占领地区的行政带来诸多不便。作战将受到限制不能彻底实施。亲日派的中国领导人对日本的决心有疑虑，因而对建立政权的运动缺乏热情。应果断地宣战明确日本的正当理由和基本立场。”
政府为了研究宣战之利弊，内阁于11月1日组成第4委员会（会长为企划院总裁）。除此之外，在陆军省、海军省、外务省中间也进行了研究，但到11月上句，都得出了宣战对日本不利的结论。
设置大本营的经过
设置大本营的问题，实际上从发动上海战役之后就开始议论了，并由两统帅部事务当局联系宣战问题进行了研究、但陆军省首脑反对在不宣战的情况下设置“战时大本营”，因而只得暂时作罢。
10月21日，参谋部的领导者们决定立即设置大本营，急忙着手进行事务性交涉。陆军次官也表示同意，因而，陆军省、部的研究取得了很大进展。此事起因于9月中旬近卫首相为使政略、战略一元化起见，曾提起过把首相作为其成员之—的大本营的设置问题。
根据11月2日陆军省军务局制定的方案，设想把大本营作为谋求政略和战略一致的机关，也可以说是最高战争“指导机关，而不是单纯的统帅机关。这一设想是要“在大本营陆军部内设立省、部首脑合一的中枢机关，省、部各机关作为执行机构。对于政略和战略上的紧急重大的政务问题，需召开大本营御前会议。参加会议者包括主要内阁大臣、两统帅部长、枢密院议长。”
参谋部及海军省、部首脑想把大本营作为单纯的统帅机关，因而反对上述方案。海军次官山本五十六也持这样的意见：“海军并不认为有必要设置大本营，但如果始终在狭义国防的意义上作为海陆协同作战的指导机关也并不反时。”关于设置的时间，米内海军大臣认为应在上海战役的战局告—段落之后根据形势决定。
此后，大本营的设置问题取得了逐步的具体的进展，并进行了频繁的磋商。11月15日，陆军省军务局长来到海军省提出：（一）对于统帅事项应加强中央的统一控制；（二）为便于统一陆军省各局长的意见，只军务局长和人事局长，其他局为科长以下参加大本营；（三）要便于陆军间协调。为此希望迅速设立大本营。海军大臣认为，如果是出于统帅上的理由是可以的，对此表示同意。
大本营的设置
过去由御命决定的《战时大本营条例》只适用于战时，因此，在11月16日的内阁会议上废除了这一条例，制定了在战时或者发生事变时可根据需要设立大本营的《大本营令》，而且为使编制能适用于现实情况，决定发布军令加以修改。
17日，在奏请批准时，闲院官参谋总长、伏见宫军令部总长上奏道：“此次在设置大本营之际，统帅部与政府之间，要始终保持密切联系和会作，努力实现政略和战略之—致。为此，陆海军大臣在分别作为国务大臣出席内阁会议的同时，还以统帅部成员的身份参加大本营，负责双方的密切联系。对于同政略和战略相关的重要问题，还应根据需要举行有关内阁大臣和统帅首脑间的会谈，对于特别重要的议棠，应奏请召开御前会议，请求天皇圣断。”
昭和12年（1937年）11月17日，作为第—号军令，制定了《大本营令》，其条文如下。
第一条 在天皇之大麾下，设置最高统帅部，称为大本营。大本营在战时或发生事变时根据需要设立。
第二条
参谋总长及军令部总长分别作为各自参谋之首长，为最高统帅部之机密事务而尽力，参与作战的计划，并根据最终目的，负责陆海军间的协同配合。
第三条 大本营的编制及勤务另行规定。
大本营令于18日公布，同日发布动员令，20日动员完毕，大本营设在皇宫内。新的《大本营编制》和《大本营条令》20日制定。
大本营陆军部的组成如下：大本营陆军参谋（大本营陆军参谋部、大本营陆军副官部），大本营陆军各机关（隶属于参谋总长，包括兵站总监部[下辖运输通信长官部、野战兵器长官部、野战航空兵器长官部、野战经理长官部、野战卫少长官部]、大本营陆军报道部、大本营附属陆军谍报机关、大本营陆军管理部），以及陆军中参加大本营的陆军大臣，包括处理有关军政事务的必要的随从人员）。
大本营海军部也同陆军部一样，由大本营海军参谋、大本营海军各机关（明确指示隶属军令部总长，包括大本营海军通信部、大本营海军报道部．大本营海军战备考察部、大本营附属海军谍报机关）、海军大臣组成。
此外规定，侍从武官随从天皇参加大本营。
《大本营条令》同过去的《战时大本营条令》相比，其基本精神无多大差异。同时还制定了《大本营工作要领》以及陆军部和海军部各自的《工作要领》。根据这一要领，“陆军部和海军部的工作，分别由参谋部和军令部进行。但参谋总长及军令部总长以下的参谋根据需要在皇宫内办公。”“陆军部按以下原则开展工作，不受平时省、部相互间业务分工的约束，确定以统帅部为核心的大本营陆军部的决定，省、部各机关是其执行机构。”（据认为，海军部工作方面的规定也是如此）力图使省、部融为一体；事务的处理迅速灵活。
大本营会议
大本营在组织上存在的最大问题是，参谋总长和军令部总长并立而形成的二元化。日俄战争时的战时大本营曾设立过军事参议院以协调陆海军间的矛盾，但如前历述，军事参议院在平时也未有效地发挥作用。
此次企图通过设“大本营会议”来寻求解决的办法。
《大本营工作要领》中规定：“与陆军部和海军部均有关系的重大议案，由两个部协商制定出一个大本营的方案，根据需要召开大本营会议予以研究。”
“大本营会议”由陆海军两统帅部长、陆海军两位大臣、两统帅部次长、两统帅部第一部长组成，此外，在讨论与军政有关的议案时，陆海军省两位次官参加，根据议案情况，在参谋部或军令部召开，或者在召开御前会议以及特别必要时，在皇宫内进行。
还决定设“大本营参谋会议”，由两统帅部次长以下人员，主要是负责作战的部、科长组成，根据议案情况陆海军省次官、必要的陆海军参谋、大臣随员参加会议。
第一次大本营御前会议于11月24日上午在皇宫内召开，出席会议的有：闲院宫参谋总长、杉山陆军大臣、多田骏参谋副总长、下村定第一部长、伏见宫军令部总长、米内海军大臣、鸠田繁太郎军令部副总长、近藤信竹第一部长。这次会议的目的并不是为了作出重要的决策，而是由于不久将要对军令部首脑进行部分人事变动，因此需在变动前对现在的作战计划作一说明。
首先，两位总长分别陈述了陆海军的作战方针，两位第一部长作了具体说明。下村第一部长介绍了最近将要决定的陆军《作战指导大纲》的要点。其内容包括对山东及南京方向实施积极的作战以及对华南航空基地的占领已在进行准备等，体现出比以往更加积极的意图。
大本营政府联席会议
由于首相未参加大本营，因而为协调国务和统帅，身兼这两方面职务的陆海军大臣将肩负起重要任务。但是，近卫内阁希望组成一个协议会，以进一步密切政府和大本营的联系。为此，同大本营达成了以下协议。
一、关于大本营与政府间的联系问题，决定在政府和大本营成员间组成“随时会谈”的协议会，随时召开会议。双方的这种会谈不特意规定名称，也不受什么编制体制的限制，而作为一个事实上的会议。
二、“随时会谈”由参谋总长、军令部总长以及陆海军大臣和必要的其他大臣参加。内阁大臣的人选，由内阁书记长、陆海军军务局长根据讨论的事项确定。但在实际活动中，参谋总长、军令部总长（均为皇族）都不出席，而主要由参谋副总长和军令部副总长参加。
三、在特别重要的情况下，奏请召开御前会议，参谋总长、军令部总长、陆海军大臣出席；以及奉御命，总理大臣列席，根据情况，有时内阁大臣也出席。
四、上述协议会的干事职务由内阁书记长和陆海军军务局长担当。
这一协议会召开的第一次会议于11月24日下午，在首相官邸进行。首相、陆海军两位大臣、两位副总长以及作为干事的两位军务局长、内阁书记长出席了会议。两位副总长分别介绍了作战现况。但多田副总长很重视对苏关系他说：“陆军必须时常考虑对付苏联的问题，因而在同中国的战争中使用兵力要有限度。”而鸠田副总长却强调对美关系，他认为：“应针对美英努力提南战术技术水平，以防万一。”这是陆海军战略的基本思想。
这种会议，本来“不特意规定名称”，但当初就通称为“大本营政府联席会议”，随着会议次数的增加，大本营和政府都开始重视起来。联席会议在法制上没有任何权威，严格地说，会议作出的决定也只不过是单纯的协议。必要的事项还要由内阁会议决定，政府和大本营都充分予以尊重，并努力付诸实现。因而联络会议也可以说是日本的战争指导机构。
另外，昭和时代的元老只有年迈的西园寺公望，再也没有人能起到明治、大正时代元老的作用了。
优柔寡断的大本营统帅
陆军统帅部虽想坚持尽量不扩大事态的方针，但受现地军队作战形势的左右，战线逐步扩大。在华中，12月13日占领了南京，在华北，12月下旬渡过黄河进攻到山东。海军负责协同地面作战，歼灭敌航空兵力，切断沿海航线等。
与此同时，在德国驻华大使陶德曼的斡旋下，自10月下旬开始和解活动。希望日中战争早日解决的陆军统帅部的主流派对和解取得成果富于很大希望。
进入12月底，大本营政府联络会议多次开会协商，确定了处理日中战争的目的，制定了议和谈判条件和在中国方面答应或不答应时决定持何种态度的《处理日中战争的根本方针》。统帅部从赋予其权威的必要性出发，希望御前会议作出正式决定。
召开联席会议和内阁会议之后，又于昭和13年（1938年）1月11日召开了审议上述《方针》的御前会议。闲院宫参谋总长、伏见宫军令部总长、多田参谋副总长、鸠田军令部副总长、近卫总理、杉山陆相、米内海相、广田外相、马场内相、贺屋藏相以及奉御命平沼枢密院议长出席了会议，外相对原案作了说明，两他总长陈述了意见，枢密院议长表示同意并提出了希望，会议作出决定后宣告结束。
平沼抠密院议长出席会议除以抠密院议长的资格外，还意味着他是重臣的代表。
御前会议审议的实施，由总理大臣负责，这是—种按预定顺序发言的极其形式主义的作法，预先未同枢密院议长协商，便进行了郑重其事的答辩。天皇一言未发，闭会后便批推了会上通过的议案。
直到15日，还未收到中国方面对要求在一定期限内就解决条件作出的答复。
为决定日本的态度大本营政府联席会议整整开了一天。政府坚决主张中止谈判，陆海军统帅部则认为中止谈判为时尚早，双方发生激烈争论。结果统帅部妥协，并表示完全由政府处理，这样，事情才算了结。然而，此后政府和大本营间却产生了思想上的隔阂。
政府于16日发表了“今后不以国民政府为对手”的声明。这是要把战争问题的解决寄托于培植加强现地政权上，堵死同国民政府之间的和平途径，进入长期战争。为此陆军统帅部的主流派决定今后停止积极的作战不扩大战争范围，充实军备以适应时局的变化。为使这一方针坚定而不动摇，2月16日召开了大本营御前会议并作了决定。
但是这一不扩大战争范围的方针也于4月破产了。整个军内外强烈主张实施积极的作战，大本营也改变了企图，要以武力降伏中国，并进行了徐州和以后的广东、武汉战役。
在上述战役进行的同时，又采取了再次以中国国民政府为对手的实现日中全面和平的政略措施。6月，改组内阁后的近卫首相没立了出首相、外相、陆相、海相和藏相组成的“五相会议”。设立这一会议不是为了审议特定事项。而是为了组成事实上的少数人的强有力内阁。
这一时期，大本营政府联席会议自3月以来一直末召开会议。鉴于在1月15日的那次联络会议上，政府特别是陆海军大臣与陆海军统帅部的意见尖锐对立的深刻教训，采取了首先确立陆海军省、部的意见，统帅部的措施通过陆海军大臣同政府协调后提出的方式。陆军采取的方式是，简单地召开陆军省、参谋部的各科长审议会，称为“十科长会议”，协调事务当局的意见，并将其提交部局长会议。昭和13年（1938年）11月上旬，召开了陆军省、部首脑会议，企图在处理日中战争的方针政策上统一思想。出席会议者有大臣、次官、军务局长、军事科长、军事科的高级工作人员及参谋副总长、作战部长、作战科长、战争指导班高级科员等。此后，直至昭和14年（1939年）秋，此种会议仍频繁地召开。
政府于11月3日发表关于“建立东亚新秩序”的声明，11月30日，召开御前会议，决定了《日中新关系调整方针》。这一方针是要结束“不以国民政府为对手”的局面，决定仍同国民政府来往，并表明为此而提出和平条件。但国民政府对此并不予理会，日本只是让国民党的一名领导人汪兆铭成功地逃脱出了重庆。
由于末召开大本营政府联席会议，因而陆海军大臣虽然担负起了相互联系的任务，但互不协调的现象并未轻易消除。
战火蔓延到华北
昭和12年（1937年）7月8日晨，陆军中央部门收到爆发芦构桥事件的报告后，大体分成了两派：一派是主张诉诸武力来解决悬而末决的华北诸问题的激进派；另一派是主张尽早收拾事态的慎重派。参谋部第一部部长石原莞尔少将、第二科（战争指导）、陆军省军务科等属于后者，其他部局属于前者或中间派。但第一部（作战）立即确定了不扩大事态的方针，同日傍晚，闲院宫参谋总长指示现地的驻华军队避免诉诸武力。
政府（首相近卫文磨、外相广田弘毅、陆相杉山元、海相米内光政、藏相贺屋兴宣）也在同日午后的内阁会议上决定了“不扩大事态，局部问题局部解决的方针”。
然而，根据以后中国军队增加兵力等形势的变化，认为有必要增强驻华军队的兵力，进于7月11日将关东军和朝鲜派遣军之一部派住华北。
与此同时在华北，为争取就地解决，一直同中国方面进行谈判。7月17日起，在南京也开始了外交谈判。但全局势在时好时坏中逐步恶化了。陆军内部的激进派强烈主张动员派遣内地师，而石原少将等慎重派对此持克制态度，始终寄希望于不扩大事态和就地解决。
但是，25日和26日相继发生廊坊事件和广安门事件，看来已无就地解决的可能。为保护侨民和权益，参谋总长允许驻华军队司令官行使武力。27日，内阁会议决定动员3个内地师，参谋总长传达了派遣这些师的命令。28日，驻华军队向北平、天津附近的中国军队发起了攻击。这样当初不扩大事态的方针遭到了破坏。
海军从事变发生前，由第3舰队负责保护中国沿海的权益和侨民，事变发生后，进一步加强了警备。7月28日，第2舰队担任华北，第3舰队担任华中、华南沿海的警备。政府从8月1日起决定将长江沿岸的日侨逐决撤向上海，由第3舰队负责保护。
战线在大陆猛伸
进入8月以后，上海方向的形势急剧恶化。令人担心的长江流域侨民的撤退工作于9日顺利结束。但当天傍晚，突然发生大山事件（陆战队的大山勇夫海军中尉等被中国保安队枪杀），局势立时趋于紧张。
军令部早就要求米内海军大臣作出派遣陆军部队的决定，但海军大臣期待着外交谈判取得进展，对此采取了忍耐和克制的态度。为把事变限定在华北地区，参谋部也不同意向上海方向派遣陆军部队。
但是，形势日趋紧迫，在13日午后的内阁会议上终于做出了为保护侨民而派遣陆军部队的决定。同日夜，海军陆战队与中国军队发生冲突，14日，形势发展到双方航空部队反复进行轰炸的地步。海军发表声明，决定发起大规模的作战行动，并将采取必要而有效的各种手段。
15日，政府发表《帝国政府声明》，在叙述处理这次事变的目的时说：“此次出兵之目的是惩罚中国军队之暴民，促使南京政府作出反省。日本所期望的是日中合作，为此，应杜绝排日、抗日运动，取得日、满、中团结合作之成果。”显然，达比事件当初“保障权益，保护侨民”的目的更进了一步。但是其真正的意图是不使事件进一步扩大，谋求尽早解决。
陆军于14日动员两个师编成上海派遣军并于18日以后陆续地紧急派往上海加入战斗，战线不断地向上海北方地区扩大。
18日，天皇向参谋总长和军令部总长垂询关于收拾时局的方案问题。当时参谋部的设想是：（一）增加华北的兵力，占领河北省北部和察哈尔的主要地区，阻击敌人向北进攻；（二）将陆军兵力之一部派往上海，必要时派往青岛，负责保护当地侨民；（三）以上述布势迎接可能出现的持久战，等待议和时机；
（四）为寻求战争的终结，期待着海军强大空袭取得成果。
而军令部则认为：“眼下的重点是确保上海。使用必要的兵力，在上海作战中迅速获得重大战果，以便在防止各国干涉、破坏经济枢纽、实施大规模要地空袭、消磨中国的志气等方面取得重大成效。”
两统帅部都同陆、海军省进行了协商，21日回奏天皇。其内容是两种方案的调和：一是军令部方案，主张在迅速使用武力获取成功，力求尽早解决事变问题的方针指导下，以上海为重点，实施短期决战。一是参谋部方案主张以华北为重点，预计将进行一场长期的持久战。这样的妥协不会产生英明果断的统帅。
不宣而战
关于是否宣战的问题从事变发生初期就进行过反复研究。上海战役开始后，陆军省、部的部分人主张宣战，以保障作战行动的自由，但大部分人持慎重观点。在9月4日第72届帝国议会的开院式语中阐明了日本方面的坚强决心，用以代替了宣战书。
9月中旬近卫首相认为从—个国家应采取正当行动看，还是宣战为好，并试探了陆海军方面的意向。但陆海军次官都提出：“陆海军的一致意见是希望暂不宣战。”他们的理由是“一宣战，就会妨碍中国同第三国之间的贸易，而日本从外国进口军需物资也会受到相当的限制，从而将大大地影响国防力量，产生严重后果”，并以数字作了详细说明。
与中央的这种态度相反，10月份现地军队的总的意见是，多数人主张“如不宣战就不能接收海关（海港税关），并给邮政、金融等占领地区的行政带来诸多不便。作战将受到限制不能彻底实施。亲日派的中国领导人对日本的决心有疑虑，因而对建立政权的运动缺乏热情。应果断地宣战明确日本的正当理由和基本立场。”
政府为了研究宣战之利弊，内阁于11月1日组成第4委员会（会长为企划院总裁）。除此之外，在陆军省、海军省、外务省中间也进行了研究，但到11月上句，都得出了宣战对日本不利的结论。
设置大本营的经过
设置大本营的问题，实际上从发动上海战役之后就开始议论了，并由两统帅部事务当局联系宣战问题进行了研究、但陆军省首脑反对在不宣战的情况下设置“战时大本营”，因而只得暂时作罢。
10月21日，参谋部的领导者们决定立即设置大本营，急忙着手进行事务性交涉。陆军次官也表示同意，因而，陆军省、部的研究取得了很大进展。此事起因于9月中旬近卫首相为使政略、战略一元化起见，曾提起过把首相作为其成员之—的大本营的设置问题。
根据11月2日陆军省军务局制定的方案，设想把大本营作为谋求政略和战略一致的机关，也可以说是最高战争“指导机关，而不是单纯的统帅机关。这一设想是要“在大本营陆军部内设立省、部首脑合一的中枢机关，省、部各机关作为执行机构。对于政略和战略上的紧急重大的政务问题，需召开大本营御前会议。参加会议者包括主要内阁大臣、两统帅部长、枢密院议长。”
参谋部及海军省、部首脑想把大本营作为单纯的统帅机关，因而反对上述方案。海军次官山本五十六也持这样的意见：“海军并不认为有必要设置大本营，但如果始终在狭义国防的意义上作为海陆协同作战的指导机关也并不反时。”关于设置的时间，米内海军大臣认为应在上海战役的战局告—段落之后根据形势决定。
此后，大本营的设置问题取得了逐步的具体的进展，并进行了频繁的磋商。11月15日，陆军省军务局长来到海军省提出：（一）对于统帅事项应加强中央的统一控制；（二）为便于统一陆军省各局长的意见，只军务局长和人事局长，其他局为科长以下参加大本营；（三）要便于陆军间协调。为此希望迅速设立大本营。海军大臣认为，如果是出于统帅上的理由是可以的，对此表示同意。
大本营的设置
过去由御命决定的《战时大本营条例》只适用于战时，因此，在11月16日的内阁会议上废除了这一条例，制定了在战时或者发生事变时可根据需要设立大本营的《大本营令》，而且为使编制能适用于现实情况，决定发布军令加以修改。
17日，在奏请批准时，闲院官参谋总长、伏见宫军令部总长上奏道：“此次在设置大本营之际，统帅部与政府之间，要始终保持密切联系和会作，努力实现政略和战略之—致。为此，陆海军大臣在分别作为国务大臣出席内阁会议的同时，还以统帅部成员的身份参加大本营，负责双方的密切联系。对于同政略和战略相关的重要问题，还应根据需要举行有关内阁大臣和统帅首脑间的会谈，对于特别重要的议棠，应奏请召开御前会议，请求天皇圣断。”
昭和12年（1937年）11月17日，作为第—号军令，制定了《大本营令》，其条文如下。
第一条 在天皇之大麾下，设置最高统帅部，称为大本营。大本营在战时或发生事变时根据需要设立。
第二条
参谋总长及军令部总长分别作为各自参谋之首长，为最高统帅部之机密事务而尽力，参与作战的计划，并根据最终目的，负责陆海军间的协同配合。
第三条 大本营的编制及勤务另行规定。
大本营令于18日公布，同日发布动员令，20日动员完毕，大本营设在皇宫内。新的《大本营编制》和《大本营条令》20日制定。
大本营陆军部的组成如下：大本营陆军参谋（大本营陆军参谋部、大本营陆军副官部），大本营陆军各机关（隶属于参谋总长，包括兵站总监部[下辖运输通信长官部、野战兵器长官部、野战航空兵器长官部、野战经理长官部、野战卫少长官部]、大本营陆军报道部、大本营附属陆军谍报机关、大本营陆军管理部），以及陆军中参加大本营的陆军大臣，包括处理有关军政事务的必要的随从人员）。
大本营海军部也同陆军部一样，由大本营海军参谋、大本营海军各机关（明确指示隶属军令部总长，包括大本营海军通信部、大本营海军报道部．大本营海军战备考察部、大本营附属海军谍报机关）、海军大臣组成。
此外规定，侍从武官随从天皇参加大本营。
《大本营条令》同过去的《战时大本营条令》相比，其基本精神无多大差异。同时还制定了《大本营工作要领》以及陆军部和海军部各自的《工作要领》。根据这一要领，“陆军部和海军部的工作，分别由参谋部和军令部进行。但参谋总长及军令部总长以下的参谋根据需要在皇宫内办公。”“陆军部按以下原则开展工作，不受平时省、部相互间业务分工的约束，确定以统帅部为核心的大本营陆军部的决定，省、部各机关是其执行机构。”（据认为，海军部工作方面的规定也是如此）力图使省、部融为一体；事务的处理迅速灵活。
大本营会议
大本营在组织上存在的最大问题是，参谋总长和军令部总长并立而形成的二元化。日俄战争时的战时大本营曾设立过军事参议院以协调陆海军间的矛盾，但如前历述，军事参议院在平时也未有效地发挥作用。
此次企图通过设“大本营会议”来寻求解决的办法。
《大本营工作要领》中规定：“与陆军部和海军部均有关系的重大议案，由两个部协商制定出一个大本营的方案，根据需要召开大本营会议予以研究。”
“大本营会议”由陆海军两统帅部长、陆海军两位大臣、两统帅部次长、两统帅部第一部长组成，此外，在讨论与军政有关的议案时，陆海军省两位次官参加，根据议案情况，在参谋部或军令部召开，或者在召开御前会议以及特别必要时，在皇宫内进行。
还决定设“大本营参谋会议”，由两统帅部次长以下人员，主要是负责作战的部、科长组成，根据议案情况陆海军省次官、必要的陆海军参谋、大臣随员参加会议。
第一次大本营御前会议于11月24日上午在皇宫内召开，出席会议的有：闲院宫参谋总长、杉山陆军大臣、多田骏参谋副总长、下村定第一部长、伏见宫军令部总长、米内海军大臣、鸠田繁太郎军令部副总长、近藤信竹第一部长。这次会议的目的并不是为了作出重要的决策，而是由于不久将要对军令部首脑进行部分人事变动，因此需在变动前对现在的作战计划作一说明。
首先，两位总长分别陈述了陆海军的作战方针，两位第一部长作了具体说明。下村第一部长介绍了最近将要决定的陆军《作战指导大纲》的要点。其内容包括对山东及南京方向实施积极的作战以及对华南航空基地的占领已在进行准备等，体现出比以往更加积极的意图。
大本营政府联席会议
由于首相未参加大本营，因而为协调国务和统帅，身兼这两方面职务的陆海军大臣将肩负起重要任务。但是，近卫内阁希望组成一个协议会，以进一步密切政府和大本营的联系。为此，同大本营达成了以下协议。
一、关于大本营与政府间的联系问题，决定在政府和大本营成员间组成“随时会谈”的协议会，随时召开会议。双方的这种会谈不特意规定名称，也不受什么编制体制的限制，而作为一个事实上的会议。
二、“随时会谈”由参谋总长、军令部总长以及陆海军大臣和必要的其他大臣参加。内阁大臣的人选，由内阁书记长、陆海军军务局长根据讨论的事项确定。但在实际活动中，参谋总长、军令部总长（均为皇族）都不出席，而主要由参谋副总长和军令部副总长参加。
三、在特别重要的情况下，奏请召开御前会议，参谋总长、军令部总长、陆海军大臣出席；以及奉御命，总理大臣列席，根据情况，有时内阁大臣也出席。
四、上述协议会的干事职务由内阁书记长和陆海军军务局长担当。
这一协议会召开的第一次会议于11月24日下午，在首相官邸进行。首相、陆海军两位大臣、两位副总长以及作为干事的两位军务局长、内阁书记长出席了会议。两位副总长分别介绍了作战现况。但多田副总长很重视对苏关系他说：“陆军必须时常考虑对付苏联的问题，因而在同中国的战争中使用兵力要有限度。”而鸠田副总长却强调对美关系，他认为：“应针对美英努力提南战术技术水平，以防万一。”这是陆海军战略的基本思想。
这种会议，本来“不特意规定名称”，但当初就通称为“大本营政府联席会议”，随着会议次数的增加，大本营和政府都开始重视起来。联席会议在法制上没有任何权威，严格地说，会议作出的决定也只不过是单纯的协议。必要的事项还要由内阁会议决定，政府和大本营都充分予以尊重，并努力付诸实现。因而联络会议也可以说是日本的战争指导机构。
另外，昭和时代的元老只有年迈的西园寺公望，再也没有人能起到明治、大正时代元老的作用了。
优柔寡断的大本营统帅
陆军统帅部虽想坚持尽量不扩大事态的方针，但受现地军队作战形势的左右，战线逐步扩大。在华中，12月13日占领了南京，在华北，12月下旬渡过黄河进攻到山东。海军负责协同地面作战，歼灭敌航空兵力，切断沿海航线等。
与此同时，在德国驻华大使陶德曼的斡旋下，自10月下旬开始和解活动。希望日中战争早日解决的陆军统帅部的主流派对和解取得成果富于很大希望。
进入12月底，大本营政府联络会议多次开会协商，确定了处理日中战争的目的，制定了议和谈判条件和在中国方面答应或不答应时决定持何种态度的《处理日中战争的根本方针》。统帅部从赋予其权威的必要性出发，希望御前会议作出正式决定。
召开联席会议和内阁会议之后，又于昭和13年（1938年）1月11日召开了审议上述《方针》的御前会议。闲院宫参谋总长、伏见宫军令部总长、多田参谋副总长、鸠田军令部副总长、近卫总理、杉山陆相、米内海相、广田外相、马场内相、贺屋藏相以及奉御命平沼枢密院议长出席了会议，外相对原案作了说明，两他总长陈述了意见，枢密院议长表示同意并提出了希望，会议作出决定后宣告结束。
平沼抠密院议长出席会议除以抠密院议长的资格外，还意味着他是重臣的代表。
御前会议审议的实施，由总理大臣负责，这是—种按预定顺序发言的极其形式主义的作法，预先未同枢密院议长协商，便进行了郑重其事的答辩。天皇一言未发，闭会后便批推了会上通过的议案。
直到15日，还未收到中国方面对要求在一定期限内就解决条件作出的答复。
为决定日本的态度大本营政府联席会议整整开了一天。政府坚决主张中止谈判，陆海军统帅部则认为中止谈判为时尚早，双方发生激烈争论。结果统帅部妥协，并表示完全由政府处理，这样，事情才算了结。然而，此后政府和大本营间却产生了思想上的隔阂。
政府于16日发表了“今后不以国民政府为对手”的声明。这是要把战争问题的解决寄托于培植加强现地政权上，堵死同国民政府之间的和平途径，进入长期战争。为此陆军统帅部的主流派决定今后停止积极的作战不扩大战争范围，充实军备以适应时局的变化。为使这一方针坚定而不动摇，2月16日召开了大本营御前会议并作了决定。
但是这一不扩大战争范围的方针也于4月破产了。整个军内外强烈主张实施积极的作战，大本营也改变了企图，要以武力降伏中国，并进行了徐州和以后的广东、武汉战役。
在上述战役进行的同时，又采取了再次以中国国民政府为对手的实现日中全面和平的政略措施。6月，改组内阁后的近卫首相没立了出首相、外相、陆相、海相和藏相组成的“五相会议”。设立这一会议不是为了审议特定事项。而是为了组成事实上的少数人的强有力内阁。
这一时期，大本营政府联席会议自3月以来一直末召开会议。鉴于在1月15日的那次联络会议上，政府特别是陆海军大臣与陆海军统帅部的意见尖锐对立的深刻教训，采取了首先确立陆海军省、部的意见，统帅部的措施通过陆海军大臣同政府协调后提出的方式。陆军采取的方式是，简单地召开陆军省、参谋部的各科长审议会，称为“十科长会议”，协调事务当局的意见，并将其提交部局长会议。昭和13年（1938年）11月上旬，召开了陆军省、部首脑会议，企图在处理日中战争的方针政策上统一思想。出席会议者有大臣、次官、军务局长、军事科长、军事科的高级工作人员及参谋副总长、作战部长、作战科长、战争指导班高级科员等。此后，直至昭和14年（1939年）秋，此种会议仍频繁地召开。
政府于11月3日发表关于“建立东亚新秩序”的声明，11月30日，召开御前会议，决定了《日中新关系调整方针》。这一方针是要结束“不以国民政府为对手”的局面，决定仍同国民政府来往，并表明为此而提出和平条件。但国民政府对此并不予理会，日本只是让国民党的一名领导人汪兆铭成功地逃脱出了重庆。
由于末召开大本营政府联席会议，因而陆海军大臣虽然担负起了相互联系的任务，但互不协调的现象并未轻易消除。
令人苦恼的中国战线
攻占武汉后，陆军决定首先努力加强军备，以准备对苏、中两国进行战争，同时作为暂时的对策，要以必要的最低限度的兵力确保占领地，并在必要时适时进行有限的进攻作战，以压制敌方势力抬头。
根据这一方针，昭和14年（1939年）在武汉周围地区进行了主动积极的作战，在占领区反复进行了“肃正作战”，此外还在华南进行了海南岛和南宁战役的每个，以切断补给线，加强封锁。但是中国军队的抗战力量方兴未艾，年底，中国军队在全线发起了大规模的冬季攻势，在华中，敌我形成决战的态势。
昭和14年（1939年）9月，欧洲爆发了第二次世界大战，世界形势发生了很大变化。为了保持适应国际形势转折的国防应变能力，必须全力充实和加强军备。为此，研究了在中国战场转入长期持久战的方法。但是也估计到在昭和15年（194O年）内如仍不能解决日中战争问题，日本将陷于严重的困境，因而决定在政略、战略、谋略上尽一切可能努力在年内解决日中战争问题。
昭和15年（194O年）3月，建立了汪兆铭政权，但对战争的解决并末起到作用。旨在谋求同国民政府和解的“桐工作”也末取得进展，只得罢手。5月开始的宜昌战役和陆海军航空兵对内地的进攻作战也末对战争的解决产生效果。到昭和15年底战争更明显地呈现出长期持久战的性质。
但是，大本营决定，在尚无解决战争问题的办法就被迫陷入大规模持久战之前，中国派遣军要维持现态势，继续对中国施加压力，在夏秋时节实施积极的作战，力求战争问题得以解决，待秋季以后转入长期持久状态。
到昭和16年（1941年），中国派遣军动员全部力量企图击溃和消灭中国军队的兵力，保障占领区的治安。2-5月，为实施经济封锁，在漫长的华南海岸各要地登陆，以切断其补给线。五、六月，在华北进行了中原会战，取得了很大战果，同时在占领区周围实施了积极的“肃正作战”。在华中，实施了保障占领区安定所必需的一系列战役，九、十月，实施了曾期望使战争得以解决的长沙战役。5-8月，陆海军航空兵还全力持续地进行了进攻内地的作战。
但是，这一系列武力行动也末成为解决战争问题的灵丹妙药。此期间，围绕日本的内外形势发生了很大变化。自战争爆发以来，英美特别是美国并不对日本持友好态度，昭和13年（1937年）10月5日，美国总统发表演说，指责日本为侵略者，昭和14年（1939年）7月26日，废除日美通商条约等行动，促使日美关系逐步恶化。
第六章 太平洋战争与大本营
第一节 战前的计划与准备
大本营政府联席座谈会
欧洲大战的爆发似乎使人感到解决日中战争的好机会到了。但并末立即促使时局好转，而是越发令人感到前途坎坷。昭和15年（194O年）7月22日，在人们期待改革内外体制和果断处理时局的情况下，组成了第二次近卫内阁。
对于同日中战争有关的重要国策即战争指导问题，近卫内阁认为必须同陆海军统帅部密切协调，7月28日，恢复了皇宫内的大本营政府联席会议，开始执行划时代的新政策。
此时，陆军大臣东条英机提出：“应时常召开联络会议，以便保持政略和战略之一致”。陆海军统帅部副总长也基本表示同意。但对政治不断地干预统帅问题保持警惕，因而经常召开联络会议的想法当时并末实现。
11月26日，根据统帅部方面的要求，决定在大本营和政府间设置“联席座谈会”。组成人员，暂确定政府方面为首相和陆、海、外三相，大本营方面为两统帅部总长和副总长，内阁书记长及陆海军省两军务局长以干事的身份出席。
“联席座谈会”设置的宗旨是，“本座谈会与历来的联席会议有若干不同之处，每周星期四将在首相官邸进行地举行简单的政府和统帅部联席座谈会，统帅部不列席‘四相会议’。本会议历决定的事项，比内阁会议所作的决定更有效力，在战争指导上可作为日本的国策得到强有力的贯彻。本会议设置后，过去不请求天皇驾临而在皇宫内举行的联席会议将自然减少，政府和统帅部协商决定的重要国策，将在天皇出席的联席会议即御前会议和本联席座谈会上作出决定。这一决定事项是否上奏，均在同一次会议上决定。”
该座谈会的宗旨虽然如上所述，但实际上它代替了过去联席会议的职能，通过它的活动，实施了尔后的战争指导。
大本营政府联席会议的恢复
昭和16年（1941年）6月，面临榻发德苏战争的非常事态，大本营机构改革便提到议程上。于是提出了一种方案，使陆海军统帅作到集中统—，让首相以及特定的国务大臣参加大本营，将大本营强化为国务和统帅相统一的机构。但总统帅部反对首相以及国务大臣参加大本营。
当时大本营虽设在皇宫内，但大本营陆海军部却分别在参谋部和军令部办公，因而称为宫内大本营也是有名无实的。于是在7月9日提出一项改革措施，要求今后陆海军两统帅部总长率特定参谋和副官，只在每天上午在皇宫内办公。这项措施对于沟通双方的思想大有裨益，但实际上大本营陆海军部内的事务处理反而受到了影晚因而没有坚持下去。
在进行上述改革的同时，还提出一种方案。即撤销大本营政府联席座谈会，在宫内大本营召开例行的大本营政府联席会议。这一方案得到通过，7月18日，第三次近卫内阁刚成立，便于21日召开联席会议，进行第一次碰头协商并达成了协议。即今后每周星期四在官内大本营召开联席会议，此外在星期一、三、四召开“大本营政府情报交换会“。出席会议者有杉山元、永野修身两位总长、近卫文磨首相、丰田贞次郎外相、东条英机陆相、乃川古志郎海相、平沼骐盟一郎国务相、铃木贞一国务相兼企划院总裁，此外，富田健治内阁书记长和武藤章、冈敬纯两位军务局长以干事身份参加会议。情报交换会除上述人员外，还有参谋部第二部长、军令部第三部长以及外务省有关局长们出席公布和介绍情报。
这种形式的联席会议，在以后的太平洋战争期间仍长期坚持举行。联席会议的议案根据需要，由政府或大本营随时提出。大本营提出的议案总是统一大本营陆海军部的意见，并经陆海军大臣同意的，称为陆海军统帅部和陆海军省的共同提案。但是，在许多情况下，必须由事务人员各自阐明其上司的意图，经长期热烈的争论才能取得这样的一致意见。争论结果达成一项目的各异的妥协案的情况也并不少见。
由此可见，日本的战争指导，其实际情况是在陆军、海军与政府协商后达成妥协的原则下实施的。因而往往缺乏思想上的绕—性，政策的果断性及一贯性。明治宪法的原则是，由天皇亲自发挥这种集中统一的作用，但这一点本来是很难作到的，在明治、大正时代是在干练的元老的辅佐下发挥其集中统一作用的。但到昭和时代机构、制度、权限固定而刻板，能比得上明治时期元老的辅佐者也很少，天皇也末行使权力进行协调。
天皇待各辅佐机关相互间达成协议之后再命令付诸实施，尤其在陆海军间的统帅、军政两方面发生分歧时，双方不取得一致意见就不发布命令。但在此期间，当国务大臣和统帅部长上奏时，天皇经常通过垂询、听取回奏加以鼓励、提请注意、给予暗示和启发等，间接提出他的想法。这样做具育很大的影响力和感化力，实际上，上奏者都是为实现天皇的意图而苦思焦虑。
但是对一旦在内阁会议和大本营政府联席会议上达成协议作出决定的国策方案等，天皇从来命令更改过。
乘机南进
昭和15年（194O年）5月，德国在西部战线发起了进攻，很快迫使荷兰、比利时、法国的军队投降。欧洲战局的急转直下，给法属印度支那、荷属东印度及其他南方地区带来了政治性的巨大变化。由此也联系到要解决日中战争的问题，日本朝野的注意力便自然集中到南方。美英对这些地区也虎视耽既。
近卫内阁刚刚成立就于7月26日召开内阁会议决定了《基本国策纲要》。它是以建成国防国家体制为目标、以对内政策为重点的国策。接着在7月27日，大本营政府联席会议决定了《世界形势的变化及时局处理纲要》。这些新政策的制定对于从日中战争向太平洋战争发展确实成了一个重大的转折点。
时局处理纲要中规定：“在迅速解决日中战争的同时，尤其要努力促使国内外形势好转，抓住有利时机解决南方问题。”为比要加强同德、意的政治联系，调整对苏邦交，强化国内战时态势，加强战备并作好各项准备工作。
新政策规定对南方地区诉诸武力，而且还预期把英国作为战争的对手。这种设想对于过去一心准备对中国作战和对苏防御的陆军来说是一个划时代的转折。
上述时局处理纲要是大本营陆海军部提出的，但由于陆海军大臣列席大本营会议，并事先表示同意。因此实际上它是陆海军的提案。军方对于国防政策的决定起到举足轻重的作用。时局处理纲要规定的具体政策中主要是签订日、德、意三国同盟条约、进驻法属印度支那北部、签订日华基本条约；。
昭和11年（1936年）日德防共协定签订以来，日德联合的倾向，作为以陆军为首的朝野中的潜在力量，根深蒂固地存在着，也有人反对这种倾向，因而长期悬而未决。此次不同于以苏联作为对手，而主要是以美国为对手，并在可能的情况下，力图扩大成日、德、意、苏四国同盟。海军过去连把同盟的对象扩大到英、法都要坚决反对，但这个时候也表示同意了。
9月19日的御前会议，在进行了长达3小时的讨论之后，决定了日本关于签订条约的态度（9月27日签订三国条约）。
9月23日，陆海军协同占领法属印度支那北部。这是为解决日中战争而建立对中国作战的基地以及以加强切断中国补给交通线的作战为目的的。原计划和平进驻，但由于中央缺乏控制能力以及大本营派遣参谋和现地部队参谋独断专行等原因，致使这一行动发展为武力占领，而且现地陆海军也缺乏密切协同，产生了种种分歧。
美国对日本进驻法属印度支那北部和签订三国同盟条约，立即作出了反应。9月26日宣布禁止向日本出口碎铁和钢铁，英国也宣告谈复援助中围的缅甸补给线。
11月13日，御前会议决定了《日华基本条约》和《日中战争处理纲要》。据此，进行了最后的和平工作，但末成功，因而，于11月30日承认以汪兆铭为首的新国民政府，缔结了《日华基本条约》。这样在中国便逐渐转入了长期大规模持久战，并为适应南方形势的发展而努力使国策保持灵活性。
海军于11月开始了出兵准备。所谓出兵准备是指从平时状态转入战时状态以及为保障其战时的行动历必需的准备工作。准备工作分为两步：在年度战时统制实施之前进行的必要的准备工作为第一步，尔后的准备工作为第二步。
海军一直为取得物资和预算而感到苦恼，第—步准备工作从8月份开始部分付诸实施，11月15日正式发布命令进入准备，第三步形备工作自昭和16年（1941年）8月起，部分付诸实施，同年11月5日正式发布命令。
攻占武汉后，陆军决定首先努力加强军备，以准备对苏、中两国进行战争，同时作为暂时的对策，要以必要的最低限度的兵力确保占领地，并在必要时适时进行有限的进攻作战，以压制敌方势力抬头。
根据这一方针，昭和14年（1939年）在武汉周围地区进行了主动积极的作战，在占领区反复进行了“肃正作战”，此外还在华南进行了海南岛和南宁战役的每个，以切断补给线，加强封锁。但是中国军队的抗战力量方兴未艾，年底，中国军队在全线发起了大规模的冬季攻势，在华中，敌我形成决战的态势。
昭和14年（1939年）9月，欧洲爆发了第二次世界大战，世界形势发生了很大变化。为了保持适应国际形势转折的国防应变能力，必须全力充实和加强军备。为此，研究了在中国战场转入长期持久战的方法。但是也估计到在昭和15年（194O年）内如仍不能解决日中战争问题，日本将陷于严重的困境，因而决定在政略、战略、谋略上尽一切可能努力在年内解决日中战争问题。
昭和15年（194O年）3月，建立了汪兆铭政权，但对战争的解决并末起到作用。旨在谋求同国民政府和解的“桐工作”也末取得进展，只得罢手。5月开始的宜昌战役和陆海军航空兵对内地的进攻作战也末对战争的解决产生效果。到昭和15年底战争更明显地呈现出长期持久战的性质。
但是，大本营决定，在尚无解决战争问题的办法就被迫陷入大规模持久战之前，中国派遣军要维持现态势，继续对中国施加压力，在夏秋时节实施积极的作战，力求战争问题得以解决，待秋季以后转入长期持久状态。
到昭和16年（1941年），中国派遣军动员全部力量企图击溃和消灭中国军队的兵力，保障占领区的治安。2-5月，为实施经济封锁，在漫长的华南海岸各要地登陆，以切断其补给线。五、六月，在华北进行了中原会战，取得了很大战果，同时在占领区周围实施了积极的“肃正作战”。在华中，实施了保障占领区安定所必需的一系列战役，九、十月，实施了曾期望使战争得以解决的长沙战役。5-8月，陆海军航空兵还全力持续地进行了进攻内地的作战。
但是，这一系列武力行动也末成为解决战争问题的灵丹妙药。此期间，围绕日本的内外形势发生了很大变化。自战争爆发以来，英美特别是美国并不对日本持友好态度，昭和13年（1937年）10月5日，美国总统发表演说，指责日本为侵略者，昭和14年（1939年）7月26日，废除日美通商条约等行动，促使日美关系逐步恶化。
第六章 太平洋战争与大本营
第一节 战前的计划与准备
大本营政府联席座谈会
欧洲大战的爆发似乎使人感到解决日中战争的好机会到了。但并末立即促使时局好转，而是越发令人感到前途坎坷。昭和15年（194O年）7月22日，在人们期待改革内外体制和果断处理时局的情况下，组成了第二次近卫内阁。
对于同日中战争有关的重要国策即战争指导问题，近卫内阁认为必须同陆海军统帅部密切协调，7月28日，恢复了皇宫内的大本营政府联席会议，开始执行划时代的新政策。
此时，陆军大臣东条英机提出：“应时常召开联络会议，以便保持政略和战略之一致”。陆海军统帅部副总长也基本表示同意。但对政治不断地干预统帅问题保持警惕，因而经常召开联络会议的想法当时并末实现。
11月26日，根据统帅部方面的要求，决定在大本营和政府间设置“联席座谈会”。组成人员，暂确定政府方面为首相和陆、海、外三相，大本营方面为两统帅部总长和副总长，内阁书记长及陆海军省两军务局长以干事的身份出席。
“联席座谈会”设置的宗旨是，“本座谈会与历来的联席会议有若干不同之处，每周星期四将在首相官邸进行地举行简单的政府和统帅部联席座谈会，统帅部不列席‘四相会议’。本会议历决定的事项，比内阁会议所作的决定更有效力，在战争指导上可作为日本的国策得到强有力的贯彻。本会议设置后，过去不请求天皇驾临而在皇宫内举行的联席会议将自然减少，政府和统帅部协商决定的重要国策，将在天皇出席的联席会议即御前会议和本联席座谈会上作出决定。这一决定事项是否上奏，均在同一次会议上决定。”
该座谈会的宗旨虽然如上所述，但实际上它代替了过去联席会议的职能，通过它的活动，实施了尔后的战争指导。
大本营政府联席会议的恢复
昭和16年（1941年）6月，面临榻发德苏战争的非常事态，大本营机构改革便提到议程上。于是提出了一种方案，使陆海军统帅作到集中统—，让首相以及特定的国务大臣参加大本营，将大本营强化为国务和统帅相统一的机构。但总统帅部反对首相以及国务大臣参加大本营。
当时大本营虽设在皇宫内，但大本营陆海军部却分别在参谋部和军令部办公，因而称为宫内大本营也是有名无实的。于是在7月9日提出一项改革措施，要求今后陆海军两统帅部总长率特定参谋和副官，只在每天上午在皇宫内办公。这项措施对于沟通双方的思想大有裨益，但实际上大本营陆海军部内的事务处理反而受到了影晚因而没有坚持下去。
在进行上述改革的同时，还提出一种方案。即撤销大本营政府联席座谈会，在宫内大本营召开例行的大本营政府联席会议。这一方案得到通过，7月18日，第三次近卫内阁刚成立，便于21日召开联席会议，进行第一次碰头协商并达成了协议。即今后每周星期四在官内大本营召开联席会议，此外在星期一、三、四召开“大本营政府情报交换会“。出席会议者有杉山元、永野修身两位总长、近卫文磨首相、丰田贞次郎外相、东条英机陆相、乃川古志郎海相、平沼骐盟一郎国务相、铃木贞一国务相兼企划院总裁，此外，富田健治内阁书记长和武藤章、冈敬纯两位军务局长以干事身份参加会议。情报交换会除上述人员外，还有参谋部第二部长、军令部第三部长以及外务省有关局长们出席公布和介绍情报。
这种形式的联席会议，在以后的太平洋战争期间仍长期坚持举行。联席会议的议案根据需要，由政府或大本营随时提出。大本营提出的议案总是统一大本营陆海军部的意见，并经陆海军大臣同意的，称为陆海军统帅部和陆海军省的共同提案。但是，在许多情况下，必须由事务人员各自阐明其上司的意图，经长期热烈的争论才能取得这样的一致意见。争论结果达成一项目的各异的妥协案的情况也并不少见。
由此可见，日本的战争指导，其实际情况是在陆军、海军与政府协商后达成妥协的原则下实施的。因而往往缺乏思想上的绕—性，政策的果断性及一贯性。明治宪法的原则是，由天皇亲自发挥这种集中统一的作用，但这一点本来是很难作到的，在明治、大正时代是在干练的元老的辅佐下发挥其集中统一作用的。但到昭和时代机构、制度、权限固定而刻板，能比得上明治时期元老的辅佐者也很少，天皇也末行使权力进行协调。
天皇待各辅佐机关相互间达成协议之后再命令付诸实施，尤其在陆海军间的统帅、军政两方面发生分歧时，双方不取得一致意见就不发布命令。但在此期间，当国务大臣和统帅部长上奏时，天皇经常通过垂询、听取回奏加以鼓励、提请注意、给予暗示和启发等，间接提出他的想法。这样做具育很大的影响力和感化力，实际上，上奏者都是为实现天皇的意图而苦思焦虑。
但是对一旦在内阁会议和大本营政府联席会议上达成协议作出决定的国策方案等，天皇从来命令更改过。
乘机南进
昭和15年（194O年）5月，德国在西部战线发起了进攻，很快迫使荷兰、比利时、法国的军队投降。欧洲战局的急转直下，给法属印度支那、荷属东印度及其他南方地区带来了政治性的巨大变化。由此也联系到要解决日中战争的问题，日本朝野的注意力便自然集中到南方。美英对这些地区也虎视耽既。
近卫内阁刚刚成立就于7月26日召开内阁会议决定了《基本国策纲要》。它是以建成国防国家体制为目标、以对内政策为重点的国策。接着在7月27日，大本营政府联席会议决定了《世界形势的变化及时局处理纲要》。这些新政策的制定对于从日中战争向太平洋战争发展确实成了一个重大的转折点。
时局处理纲要中规定：“在迅速解决日中战争的同时，尤其要努力促使国内外形势好转，抓住有利时机解决南方问题。”为比要加强同德、意的政治联系，调整对苏邦交，强化国内战时态势，加强战备并作好各项准备工作。
新政策规定对南方地区诉诸武力，而且还预期把英国作为战争的对手。这种设想对于过去一心准备对中国作战和对苏防御的陆军来说是一个划时代的转折。
上述时局处理纲要是大本营陆海军部提出的，但由于陆海军大臣列席大本营会议，并事先表示同意。因此实际上它是陆海军的提案。军方对于国防政策的决定起到举足轻重的作用。时局处理纲要规定的具体政策中主要是签订日、德、意三国同盟条约、进驻法属印度支那北部、签订日华基本条约；。
昭和11年（1936年）日德防共协定签订以来，日德联合的倾向，作为以陆军为首的朝野中的潜在力量，根深蒂固地存在着，也有人反对这种倾向，因而长期悬而未决。此次不同于以苏联作为对手，而主要是以美国为对手，并在可能的情况下，力图扩大成日、德、意、苏四国同盟。海军过去连把同盟的对象扩大到英、法都要坚决反对，但这个时候也表示同意了。
9月19日的御前会议，在进行了长达3小时的讨论之后，决定了日本关于签订条约的态度（9月27日签订三国条约）。
9月23日，陆海军协同占领法属印度支那北部。这是为解决日中战争而建立对中国作战的基地以及以加强切断中国补给交通线的作战为目的的。原计划和平进驻，但由于中央缺乏控制能力以及大本营派遣参谋和现地部队参谋独断专行等原因，致使这一行动发展为武力占领，而且现地陆海军也缺乏密切协同，产生了种种分歧。
美国对日本进驻法属印度支那北部和签订三国同盟条约，立即作出了反应。9月26日宣布禁止向日本出口碎铁和钢铁，英国也宣告谈复援助中围的缅甸补给线。
11月13日，御前会议决定了《日华基本条约》和《日中战争处理纲要》。据此，进行了最后的和平工作，但末成功，因而，于11月30日承认以汪兆铭为首的新国民政府，缔结了《日华基本条约》。这样在中国便逐渐转入了长期大规模持久战，并为适应南方形势的发展而努力使国策保持灵活性。
海军于11月开始了出兵准备。所谓出兵准备是指从平时状态转入战时状态以及为保障其战时的行动历必需的准备工作。准备工作分为两步：在年度战时统制实施之前进行的必要的准备工作为第一步，尔后的准备工作为第二步。
海军一直为取得物资和预算而感到苦恼，第—步准备工作从8月份开始部分付诸实施，11月15日正式发布命令进入准备，第三步形备工作自昭和16年（1941年）8月起，部分付诸实施，同年11月5日正式发布命令。
南进政策的推行
此后的欧洲战局，除德英进行的空战和潜艇战之外，均较平静。日本所关心的是取得荷属东印度的石油和向泰国、法属印度支那扩张势力。
昭和16年（1941年）1月31日，大本营政府座谈会决定了《对法属印度支那、泰国的政策纲要》，确定了在军事、政治、经济方面同法属印度支那、泰国密切联合的关系。为此决定施加必要的压力，不得已时对法属印度支那行使武力。本纲要于2月1日由两位总长和首相联名上奏得到批准。这个时期，进驻法属印度支那南部的基础已经作为国策而奠定下来。此后，大本营陆海军部在注视欧洲战局发展的同时，考虑到为解决包括荷属东印度在内的南方问题而可能需要使用武力的情况，又研究了实行的措施。
4月13日，签订了日苏中立条约。这是根据松冈洋右外相的没想，企图以日、德、意、苏四国合作为背景，使之有利于调整对美邦交而埋下的伏笔。
4月16日起日美通过正式的外交这径开始谈判。日本政府和大本营对这次谈判寄予极大的关注。
此期间，南方形势在恶化。去年9月以来同荷属东印度进行的经济谈判搁浅，6月中止谈判。美、英、荷致力于加强南方各地区的战备工作，对日本加重了政治、经济和军事压力。
为此大本营决心进驻部分兵力，以便把法属印度支那南部纳入自己的势力范围。6月中旬大本营政府座谈会经数次讨论之后，6月25日，决心不辞对美英一战，决定了《关于加紧推行南方政策的方案》，两位总长和首相联名上奏，得到批堆。
与法属印度支那的现地谈判于7月24日达成协议，28日，日本陆海军开始和平进驻法属印度支那南部。日法关于法属印度支那防卫问题的谈判29日达成协议。美国了解到这次谈判的情况之后，于25日宣布对日冻结资产，英、荷也立即仿效。8月1日美国决定全面禁止对日输出石油。日本最感到可怕的事态终于发生了。
德苏战争爆发后的新国策
6月22日德苏战争爆发，对日本政府和大本营造成了极大冲击。在此之前的6月6日，获得德苏爆发战争情报的陆军，对于武力南进与美英协商的同时解决北方问题、促进现状发展等三个方案进行了多次研究。会议基本倾向于“准备态势”
案，这一方案既未决定北进也未决定南进。陆军省对于武力解决北方向题持消极态度，海军也有想遏制陆军以武力解决北方向题的企图。
6月下旬接连召开大本营政府座谈会围绕对苏开战问题进行了争论，并决定了《形势的发展及帝国国策纲要》。纲要中规定的方针是：“帝国仍更致力于解决日中战争问题，并为奠定生存自卫的基础加快南进步伐，还应视形势的变化，解决北方向题。”
7月2日召开御前会议，政府和大本营首脑及极密院议长列席会议，会上批准了上述纲要。
“加诀南进步伐”，是对进驻法属印度支那南部的重新肯定。此地为“解决北方问题”作准备大本营企图进行大规模的对苏作战准备，陆军进行了前所未有的动员和集中。此举使用了一个机密代号，叫“关东军特种演习”，简称“关特演”。
除动员了关东军和朝鲜派遣军之外，还动员了驻内地的必要的部队，增派给关东军。关东军的总兵力因此而倍增，总计人员约80万、马匹约14万匹、飞机约6百架。
对北方的武力行动，确定在远东苏军西运参加德苏战争，时机成熟之后再开始。因而，我方之决断完全取决于德苏战争如何发展。但是由于西运的远东苏军人数很少，又受季节的限制，大本营遂于8月9日放弃了年度内解决北方问题的企图，采取了一心转向南方的方针e
御前会议--不惜一战
第三次近卫内阁于7月18日组成，丰田贞次郎接替了松冈洋右的外相职务，企图以此取得日美谈判的进展。8月7日，首相建议举行日美巨头会议并对此寄予很大希望。9月3日，由于美方拒绝而未果。大本营陆海军部也为如何打开局面而苦恼。历来多由陆军方面提出国策方案，然而陆军方面却认为，需要对美国定下重大决心的国策，海军应起主导作用因而不轻易发表意见。
8月16日海军方面提出的提案主张，“以10月下旬为期限，战争准备和外交活动同时并举，到10月中旬还达不成外交协议就动用武力。”自春季以来陆海军就抱定这样—种基本态度：在美、英、荷禁止出口而威胁日本的生存，又无法打开这种局面时就行使武力。此后，以海军的这一方案为基础，陆海军进行了讨论和协商，取得一致意见后，将下述的《帝国国策执行要领》提交9月3日的联络会议讨论。
一、帝国为保障生存自卫，在不辞与美（英、荷）一战的决心指导下，到10月下旬基本完成战争准备。
二、帝国在实施战争准备的同时，对美、英采取一切外交手段，力求帝国之要求得以贯彻（以下略）。
三、至10月上旬通过上述外交谈判仍达不成贯彻我之要求的目标时，立即决定对美（英、荷）开战。
关系国家生死存亡的这—重大国策，仅在一天的联络会议上便作出了决定。但是“不辞一战的决心”，只不过是表达坚强意志的修辞而已对“达不成目标时”中的“目标”，其判断则因人而异，因此与真正的国家意志的决定相差甚远。
4日召开内阁会议后，5日首相将议案秘密上奏。于是天皇召见陆海军两统帅部总长，强烈希望“战争准备和外交工作不要同时并举，要以外交工作为主。”天皇还对战争的估计表示极大的不安，特别告戒杉山参谋总长不要太乐观。
9月6日召开御前会议除原来的出席者外，田边治通内相和小仓正桓藏相也出席了会议。会上，总理、军令部总长、参谋总长、企划院总裁陈述了看法；接着原嘉道枢密院议长提出质询，质问大本营和政府的信念是什么。最后天皇读了明治天皇的和歌，强调爱好和平的精神，会议宣告结束。在进入昭和时代以后的御前会议上天皇的发言是破例的。
以后政府专心致力于日美谈判，但时间一天天过去，未见任何进展。另一方面陆海军也在努力促进战备的加强和作战准备。大本营鉴于各方面的情况，决定11月15日之前发起南方作战，并在9月25日的联络会议上要求政府在“10月15日”之前作出“和或战的决定”。为了真正地促进战争准备需要有决定和或战的国家意志。
但是，在决定和或战的问题上，政府首脑并没有那么容易地取得一致意见。丰田外相主张继续谈判，海相主张责成首相处理，东条陆相则反对美国的提案条件，近卫首相难以作出决断。由于内阁不统一，近卫内阁适于10月16日总辞职。
御前会议--决心开战
10月18日，东条内阁组成。东条英机中将晋升为陆军上将并保留现役担任首相。为谋求政略和战略的一致，他还兼任陆军大臣，自然是参加大本营的成员。
东条内阁秉承天皇关于9月6日决定的《帝国国策要领》应另作考虑的意旨，23日起，连日对今后的国策执行要领进行了重新研究。11月2日提出一个成熟方案。新的《帝国国策远行要领》内容如下。
一、帝国为打开当前的危局保障生存自卫，建立大东亚新秩序，现在决心对美、英、荷开战，并采取以下措施：
（一）发动武力进攻的时机定为12月上旬，陆海军要完成作战准备。
（二）与美谈判按附件规定实施。
（三）加强与德、意的合作。
（四）在武力进攻之前，在军事上与泰国建立密切的关系。
二、与美谈判如能在12月1日零时前达成协议，即停止行使武力。
（附件 与美谈判要领的甲案、乙案略）。
3日，首相和陆海军两统帅部总长联名上奏联络会议讨论的经过和结论。4日，召开有天皇出席的陆海军联合的军事参议院参议会（19人出席），天皇对《帝国国策执行要领中关于国防用兵的决定》提出咨询。闲院宫元帅为议长，他回奏说是在不得已的情况下通过的。这本不属于军事参议院所要处理的问题，但鉴于局势的严重性，从需要全体军事首脑齐心协力来推行这些措施考虑，由东条首相督促召开的。5日，召开了御前会议，《帝国国策运行要领》按原方案通过。
其后，日美谈判按甲、乙两种方案进行。但美国态度强硬，11月26日提出了《赫尔备忘录》，内容包括要日本立即从中国、法属印度支那撤军，除蒋介石政权外不承认其他中国政权，三国同盟实质上无效等。因而，一切便成了定局。29日，应天皇的更求，在皇宫内召开了政府和重臣（担任过首相者）的恳谈会。重臣们表示，同意政府的开战决心也是不得已的。12月1日，召开御前会议，终于作出了开战的决定。政府方面特意让全体内阁成员出席了这次会议。
战争指导计划
9月以来，大本营致力于研究和制定对美、英、荷战争的计划，但作为总合计划来不及提交联络会议讨论，各部分内容是单独地逐次决定的。
战争的目比如《帝留国策执行要领》中所规定，是为了保障日本的生存自卫，建立大东亚新秩序。两个目的中的重点是生存自卫，建立新秩序是产生于作战之后的从属性成果，两者具有表里关系。但是，在领导者中间，思想也未必都统一，天皇和海军强调生存自卫，而政府和陆军则倾向于更重视建立新秩序。特别是战争爆发后，当战局有利时往往强调新秩序的建立。
作为基本战略，武力进攻的范围和进攻顺序是个重要问题。攻占两方资源丰富地区准备战争发展为长期持久战，在政略和战略上立于长期不败之地，是其主要着眼点。因而，考虑到战略和经济等方面的需要，把进攻范围定为缅甸、马来亚、苏门答腊、瓜哇、苏拉威成西、婆罗洲、菲律宾、关岛、威克岛、拉包尔、香港等地区。进攻顺序，海军主张从菲律宾方向向右转向南方，陆军主张从马来亚方向绕向左方的方案。最后决定从菲律宾和马宋亚两个方向取得战争初期的突然性效果，并从两个方向同时向爪哇推进。
开战时机，主要考虑油料补给上的需要和统帅部作战上的要求而决定的。就是说，到昭和17年（1942年）3月以后，油料的储备员将会大大减少，日美军备的比例将更加悬殊，美、英、荷共同防御关系将得到加强，因而开战时机尽量提前是有利的。另外，如果苏联参加对日战争，为避免两线作战，要在不适于北方作战的冬季结束南方作成，进攻珍珠港时的海上状况，在马来亚实施登陆作战时，其近海的风浪状况，从季节上看，一、二月并不适宜，鉴于上述种种理由，按照统帅部主张的最大限度地发挥战路上先机制敌效果的企图，把开战时机选在12月上旬。
国家的物力特别是对舰船损失的预测和石油需求的估计是决定和或战的重要问题，对此早就进行过研究，但得出的结论是如果通过战争获得和利用南方资源则前途是光明的。
对于作战的估计，大本营相信，即使不能必胜，也有可能不败。
陆军认为，对南方的初期作战虽有相当的困难，但有必定成功的可能。尔后再有海军对海上交通线的保护，就有可能确保所需要的地域。海军执行初期作战和在现有兵力对比的情况下实施截击作战，有胜利的可能。如果初期作战得以正确实施，就可能确保西南太平洋上的战略要点，确立适应长期战争的态势。对美作战必须有在无法以武力战胜敌人时转为长期战争的思想准备。估计，如果转为长期战争，战局要看我是否能适当保持与美国的军备扩张相应的海军力量，并在很大程度上取决于包括有形无形的各种因素的国家总能力和世界形势。
但是预计初期作战用5个月的时间能完成对大部分南方重要地区时占领，从而使作战告一段落。
11月15日，联络会议决定了促使战争终结的腹案。这—腹案企图把战争的终结寄托于美国续战意志的丧失上。要捉毁美国的续战意志，只能是适时围歼美海军主力，使之丧失战斗意志而不是通过日本直接对美国施加积极的降伏手段来实现。就是说要依靠间接的方法让美国自己罢手。其中包括：（一）在西太平洋确立长期不败之态势，（二）采取积极措施促使中国国民政府投降；（三）与德、意合作促使英国投降。
大本营的作战计划
自昭和15年（194O年）底起，陆海军两统帅部保持密切联系，认真地致力于作战计划的制定。到昭和16年（1941年）8月己基本完成。尔后进行了图上作业，经最后研究确定下来，两总长于11月3日和5日，联名上奏，5日得到批推。11月15日，陆海军统帅部还在天皇面前进行了兵棋演习，介绍了南方作战计划。陆海军大臣也在场。
大本营陆军部的作战计划是以南方作战为主体的，目的是“消灭美国、英国其次是荷兰东印度在东亚的主要基地占领并确保南方重要地域”，它由被列为大本营的基本计划和据此而拟定的作战军队的作战计划组成。
大本营海军部按以下方针制定了作战计划：“迅速歼灭东洋的敌舰队和航空兵力，占领和确保南方的重要地区，确立长期不败之态势，此期间如敌舰队来袭，实施截击并予以歼灭，以摧毁敌人的战斗意志。”此外是否实施联合舰队司令长官山本主张的夏成夷作战是人们最为关心的，这一作战列入本计划是在9月末。
陆海军协同的重要问题，由大本营的《陆海军中央协定》所规定。它相当于联合作战计划，可以说是陆海军共同的作战计划。这一协定是在制定上述陆海军作战计划的同时拟定的，它包括《南方作战陆海军中央协定》和根据这一协定拟定的《南方作战陆海军航空中央协定》。陆海军各作战部队根据这一中央协定，再分别与协同的另一方制定更详细具体的《陆海军现地协定》。
此后的欧洲战局，除德英进行的空战和潜艇战之外，均较平静。日本所关心的是取得荷属东印度的石油和向泰国、法属印度支那扩张势力。
昭和16年（1941年）1月31日，大本营政府座谈会决定了《对法属印度支那、泰国的政策纲要》，确定了在军事、政治、经济方面同法属印度支那、泰国密切联合的关系。为此决定施加必要的压力，不得已时对法属印度支那行使武力。本纲要于2月1日由两位总长和首相联名上奏得到批准。这个时期，进驻法属印度支那南部的基础已经作为国策而奠定下来。此后，大本营陆海军部在注视欧洲战局发展的同时，考虑到为解决包括荷属东印度在内的南方问题而可能需要使用武力的情况，又研究了实行的措施。
4月13日，签订了日苏中立条约。这是根据松冈洋右外相的没想，企图以日、德、意、苏四国合作为背景，使之有利于调整对美邦交而埋下的伏笔。
4月16日起日美通过正式的外交这径开始谈判。日本政府和大本营对这次谈判寄予极大的关注。
此期间，南方形势在恶化。去年9月以来同荷属东印度进行的经济谈判搁浅，6月中止谈判。美、英、荷致力于加强南方各地区的战备工作，对日本加重了政治、经济和军事压力。
为此大本营决心进驻部分兵力，以便把法属印度支那南部纳入自己的势力范围。6月中旬大本营政府座谈会经数次讨论之后，6月25日，决心不辞对美英一战，决定了《关于加紧推行南方政策的方案》，两位总长和首相联名上奏，得到批堆。
与法属印度支那的现地谈判于7月24日达成协议，28日，日本陆海军开始和平进驻法属印度支那南部。日法关于法属印度支那防卫问题的谈判29日达成协议。美国了解到这次谈判的情况之后，于25日宣布对日冻结资产，英、荷也立即仿效。8月1日美国决定全面禁止对日输出石油。日本最感到可怕的事态终于发生了。
德苏战争爆发后的新国策
6月22日德苏战争爆发，对日本政府和大本营造成了极大冲击。在此之前的6月6日，获得德苏爆发战争情报的陆军，对于武力南进与美英协商的同时解决北方问题、促进现状发展等三个方案进行了多次研究。会议基本倾向于“准备态势”
案，这一方案既未决定北进也未决定南进。陆军省对于武力解决北方向题持消极态度，海军也有想遏制陆军以武力解决北方向题的企图。
6月下旬接连召开大本营政府座谈会围绕对苏开战问题进行了争论，并决定了《形势的发展及帝国国策纲要》。纲要中规定的方针是：“帝国仍更致力于解决日中战争问题，并为奠定生存自卫的基础加快南进步伐，还应视形势的变化，解决北方向题。”
7月2日召开御前会议，政府和大本营首脑及极密院议长列席会议，会上批准了上述纲要。
“加诀南进步伐”，是对进驻法属印度支那南部的重新肯定。此地为“解决北方问题”作准备大本营企图进行大规模的对苏作战准备，陆军进行了前所未有的动员和集中。此举使用了一个机密代号，叫“关东军特种演习”，简称“关特演”。
除动员了关东军和朝鲜派遣军之外，还动员了驻内地的必要的部队，增派给关东军。关东军的总兵力因此而倍增，总计人员约80万、马匹约14万匹、飞机约6百架。
对北方的武力行动，确定在远东苏军西运参加德苏战争，时机成熟之后再开始。因而，我方之决断完全取决于德苏战争如何发展。但是由于西运的远东苏军人数很少，又受季节的限制，大本营遂于8月9日放弃了年度内解决北方问题的企图，采取了一心转向南方的方针e
御前会议--不惜一战
第三次近卫内阁于7月18日组成，丰田贞次郎接替了松冈洋右的外相职务，企图以此取得日美谈判的进展。8月7日，首相建议举行日美巨头会议并对此寄予很大希望。9月3日，由于美方拒绝而未果。大本营陆海军部也为如何打开局面而苦恼。历来多由陆军方面提出国策方案，然而陆军方面却认为，需要对美国定下重大决心的国策，海军应起主导作用因而不轻易发表意见。
8月16日海军方面提出的提案主张，“以10月下旬为期限，战争准备和外交活动同时并举，到10月中旬还达不成外交协议就动用武力。”自春季以来陆海军就抱定这样—种基本态度：在美、英、荷禁止出口而威胁日本的生存，又无法打开这种局面时就行使武力。此后，以海军的这一方案为基础，陆海军进行了讨论和协商，取得一致意见后，将下述的《帝国国策执行要领》提交9月3日的联络会议讨论。
一、帝国为保障生存自卫，在不辞与美（英、荷）一战的决心指导下，到10月下旬基本完成战争准备。
二、帝国在实施战争准备的同时，对美、英采取一切外交手段，力求帝国之要求得以贯彻（以下略）。
三、至10月上旬通过上述外交谈判仍达不成贯彻我之要求的目标时，立即决定对美（英、荷）开战。
关系国家生死存亡的这—重大国策，仅在一天的联络会议上便作出了决定。但是“不辞一战的决心”，只不过是表达坚强意志的修辞而已对“达不成目标时”中的“目标”，其判断则因人而异，因此与真正的国家意志的决定相差甚远。
4日召开内阁会议后，5日首相将议案秘密上奏。于是天皇召见陆海军两统帅部总长，强烈希望“战争准备和外交工作不要同时并举，要以外交工作为主。”天皇还对战争的估计表示极大的不安，特别告戒杉山参谋总长不要太乐观。
9月6日召开御前会议除原来的出席者外，田边治通内相和小仓正桓藏相也出席了会议。会上，总理、军令部总长、参谋总长、企划院总裁陈述了看法；接着原嘉道枢密院议长提出质询，质问大本营和政府的信念是什么。最后天皇读了明治天皇的和歌，强调爱好和平的精神，会议宣告结束。在进入昭和时代以后的御前会议上天皇的发言是破例的。
以后政府专心致力于日美谈判，但时间一天天过去，未见任何进展。另一方面陆海军也在努力促进战备的加强和作战准备。大本营鉴于各方面的情况，决定11月15日之前发起南方作战，并在9月25日的联络会议上要求政府在“10月15日”之前作出“和或战的决定”。为了真正地促进战争准备需要有决定和或战的国家意志。
但是，在决定和或战的问题上，政府首脑并没有那么容易地取得一致意见。丰田外相主张继续谈判，海相主张责成首相处理，东条陆相则反对美国的提案条件，近卫首相难以作出决断。由于内阁不统一，近卫内阁适于10月16日总辞职。
御前会议--决心开战
10月18日，东条内阁组成。东条英机中将晋升为陆军上将并保留现役担任首相。为谋求政略和战略的一致，他还兼任陆军大臣，自然是参加大本营的成员。
东条内阁秉承天皇关于9月6日决定的《帝国国策要领》应另作考虑的意旨，23日起，连日对今后的国策执行要领进行了重新研究。11月2日提出一个成熟方案。新的《帝国国策远行要领》内容如下。
一、帝国为打开当前的危局保障生存自卫，建立大东亚新秩序，现在决心对美、英、荷开战，并采取以下措施：
（一）发动武力进攻的时机定为12月上旬，陆海军要完成作战准备。
（二）与美谈判按附件规定实施。
（三）加强与德、意的合作。
（四）在武力进攻之前，在军事上与泰国建立密切的关系。
二、与美谈判如能在12月1日零时前达成协议，即停止行使武力。
（附件 与美谈判要领的甲案、乙案略）。
3日，首相和陆海军两统帅部总长联名上奏联络会议讨论的经过和结论。4日，召开有天皇出席的陆海军联合的军事参议院参议会（19人出席），天皇对《帝国国策执行要领中关于国防用兵的决定》提出咨询。闲院宫元帅为议长，他回奏说是在不得已的情况下通过的。这本不属于军事参议院所要处理的问题，但鉴于局势的严重性，从需要全体军事首脑齐心协力来推行这些措施考虑，由东条首相督促召开的。5日，召开了御前会议，《帝国国策运行要领》按原方案通过。
其后，日美谈判按甲、乙两种方案进行。但美国态度强硬，11月26日提出了《赫尔备忘录》，内容包括要日本立即从中国、法属印度支那撤军，除蒋介石政权外不承认其他中国政权，三国同盟实质上无效等。因而，一切便成了定局。29日，应天皇的更求，在皇宫内召开了政府和重臣（担任过首相者）的恳谈会。重臣们表示，同意政府的开战决心也是不得已的。12月1日，召开御前会议，终于作出了开战的决定。政府方面特意让全体内阁成员出席了这次会议。
战争指导计划
9月以来，大本营致力于研究和制定对美、英、荷战争的计划，但作为总合计划来不及提交联络会议讨论，各部分内容是单独地逐次决定的。
战争的目比如《帝留国策执行要领》中所规定，是为了保障日本的生存自卫，建立大东亚新秩序。两个目的中的重点是生存自卫，建立新秩序是产生于作战之后的从属性成果，两者具有表里关系。但是，在领导者中间，思想也未必都统一，天皇和海军强调生存自卫，而政府和陆军则倾向于更重视建立新秩序。特别是战争爆发后，当战局有利时往往强调新秩序的建立。
作为基本战略，武力进攻的范围和进攻顺序是个重要问题。攻占两方资源丰富地区准备战争发展为长期持久战，在政略和战略上立于长期不败之地，是其主要着眼点。因而，考虑到战略和经济等方面的需要，把进攻范围定为缅甸、马来亚、苏门答腊、瓜哇、苏拉威成西、婆罗洲、菲律宾、关岛、威克岛、拉包尔、香港等地区。进攻顺序，海军主张从菲律宾方向向右转向南方，陆军主张从马来亚方向绕向左方的方案。最后决定从菲律宾和马宋亚两个方向取得战争初期的突然性效果，并从两个方向同时向爪哇推进。
开战时机，主要考虑油料补给上的需要和统帅部作战上的要求而决定的。就是说，到昭和17年（1942年）3月以后，油料的储备员将会大大减少，日美军备的比例将更加悬殊，美、英、荷共同防御关系将得到加强，因而开战时机尽量提前是有利的。另外，如果苏联参加对日战争，为避免两线作战，要在不适于北方作战的冬季结束南方作成，进攻珍珠港时的海上状况，在马来亚实施登陆作战时，其近海的风浪状况，从季节上看，一、二月并不适宜，鉴于上述种种理由，按照统帅部主张的最大限度地发挥战路上先机制敌效果的企图，把开战时机选在12月上旬。
国家的物力特别是对舰船损失的预测和石油需求的估计是决定和或战的重要问题，对此早就进行过研究，但得出的结论是如果通过战争获得和利用南方资源则前途是光明的。
对于作战的估计，大本营相信，即使不能必胜，也有可能不败。
陆军认为，对南方的初期作战虽有相当的困难，但有必定成功的可能。尔后再有海军对海上交通线的保护，就有可能确保所需要的地域。海军执行初期作战和在现有兵力对比的情况下实施截击作战，有胜利的可能。如果初期作战得以正确实施，就可能确保西南太平洋上的战略要点，确立适应长期战争的态势。对美作战必须有在无法以武力战胜敌人时转为长期战争的思想准备。估计，如果转为长期战争，战局要看我是否能适当保持与美国的军备扩张相应的海军力量，并在很大程度上取决于包括有形无形的各种因素的国家总能力和世界形势。
但是预计初期作战用5个月的时间能完成对大部分南方重要地区时占领，从而使作战告一段落。
11月15日，联络会议决定了促使战争终结的腹案。这—腹案企图把战争的终结寄托于美国续战意志的丧失上。要捉毁美国的续战意志，只能是适时围歼美海军主力，使之丧失战斗意志而不是通过日本直接对美国施加积极的降伏手段来实现。就是说要依靠间接的方法让美国自己罢手。其中包括：（一）在西太平洋确立长期不败之态势，（二）采取积极措施促使中国国民政府投降；（三）与德、意合作促使英国投降。
大本营的作战计划
自昭和15年（194O年）底起，陆海军两统帅部保持密切联系，认真地致力于作战计划的制定。到昭和16年（1941年）8月己基本完成。尔后进行了图上作业，经最后研究确定下来，两总长于11月3日和5日，联名上奏，5日得到批推。11月15日，陆海军统帅部还在天皇面前进行了兵棋演习，介绍了南方作战计划。陆海军大臣也在场。
大本营陆军部的作战计划是以南方作战为主体的，目的是“消灭美国、英国其次是荷兰东印度在东亚的主要基地占领并确保南方重要地域”，它由被列为大本营的基本计划和据此而拟定的作战军队的作战计划组成。
大本营海军部按以下方针制定了作战计划：“迅速歼灭东洋的敌舰队和航空兵力，占领和确保南方的重要地区，确立长期不败之态势，此期间如敌舰队来袭，实施截击并予以歼灭，以摧毁敌人的战斗意志。”此外是否实施联合舰队司令长官山本主张的夏成夷作战是人们最为关心的，这一作战列入本计划是在9月末。
陆海军协同的重要问题，由大本营的《陆海军中央协定》所规定。它相当于联合作战计划，可以说是陆海军共同的作战计划。这一协定是在制定上述陆海军作战计划的同时拟定的，它包括《南方作战陆海军中央协定》和根据这一协定拟定的《南方作战陆海军航空中央协定》。陆海军各作战部队根据这一中央协定，再分别与协同的另一方制定更详细具体的《陆海军现地协定》。
第二节 太平洋战争期间的大本营
南方进攻作战的成功
昭和16年（1941年）12月8日拂晓，与空袭夏威夷相呼应，果敢地发起了菲律宾航空歼灭战和马来半岛的奇袭登陆作战。进攻作战在各个方向上都比较顺利。
随着进攻作战的进展，大本营和政府逐次采取了相应的政略和战略措施。根据昭和17年（1942年）2月4日联络会议的决定，对于今后的战争指导将研究多方面的各种方略。
由于初期作战取得了出乎意料的成功，大本营陆海军部作出了如下形势判断：“为进行长期战争，过去一直估计要采取防守的战略态势，而现在却是转入进攻战略态势的极好时机。”然而一旦对今后的作战进行具体研究，陆海军之间在战略思想上便发生了很大分歧。
海军的思想是实施连续决战，即对澳大利亚、夏威夷、印度等外围重要地区，尽量在作战中逐次攻占，并通过此时双方发生的舰队决战击溃敌人，始终压制敌海军，使之不能发动进攻。陆军方面认为，既然攻占了预定范围内的地区，就应计划实施与国力特别是与战争能力相适应的切实可靠的战略持久战，歼灭进攻之敌，达成持久目的，这是开战时决定的战争和作战指导的基本方针，不应轻易改变。
由此可见，在战争期间，从微观的局部地区的作战到宏观的战争指导，陆海军战略思想经常发生分歧，并为解决这些分歧而感到棘手。这种思想上的分歧大概因地面作战和海上作战性质上的不同而产生的。争论的结果，对于海军主张的外围地区的作战，陆军统帅部只赞同：可以实施压制作战，但要避免战争中的大规模进攻作战。
在3月7日的联络会议上决定了《今后应采取的战争指导大纲》。其中第—项规定，“为使英国投降，促使美国丧失战斗意志，要继续扩大既得的战果，建立长期不败的政略、战略态势，并相机采取积极的措施。”规定相当含糊，陆军的着眼点放在“建立长期不败的战略态势”上，而海军则注重“扩大既得的战果”、“相机采取积极的措施”；虽经调整字句形成了条文，但双方仍然同床异梦。3月13日，首相和两统帅部总长联名将上述《大纲》上奏天皇。
根据《大纲》的规定，对外围地区实施了一系列作战，包括对锡兰岛的航空兵进攻作战，莫尔兹比港海路进攻作战和珊瑚海海战，斐济、萨摩亚、新喀里多尼亚作战（FS作战）准备，中途岛作战，阿留守作战。其中，6月6日中途岛作战的失败，给日本悔军带来重大影响，从此以后美国开始掌握了太平洋战争的主动权。另一方面日本在中国大陆还进行了为摧毁可能用来空袭日本本土的航空基地的浙赣作战、重庆进攻作战准备。此外，陆军在6月以后逐次采取措施，建立全面的防御态势，保持军备上的反击能力。
瓜达尔卡纳尔岛的失陷
8月7日，美军突然登陆瓜达尔卡纳尔岛开始了反攻。对此，大本营虽然逐次将陆海军部队派往所罗门方向，以求击退美军进攻但因补给输送极为困难不能充分发挥战斗力，始终进行着艰苦的战斗。
分散在浩瀚海洋中的岛屿作战在保持兵力和维持战斗力等方面，完全要依赖舰船。因而，统帅部强烈要求征用和拨给船只，以完成所罗门方向的作战任务。另一方面政府也需要船只以尽快把在南方地区开发和取得的战争中不可缺少约资源运回本土，使加强国力和战争能力的工作走上正轨。但是造船能力却无法弥补船舶的损失，做海军要求增加船舶的问题一直难以解决。
12月10日，大本营政府联席会议的御前会议审议通过了《关于当前在战争指导上对作战和国家物力的协调以及维持和增强国力的决定》，确立了当前的对策。但这并不能从根本上解决问题。敌人从东南太平洋实施反攻所造成的压力，有可能从根本上破坏我国国力和作战关系上的协调。
瓜达尔卡纳尔岛的战况始终没有好转，12月31日大本营御前会议决定从该岛撤退。此时整个战局已到紧要关头。刚进入昭和18年（1943年），掌握战略主动权的美澳联军就沿新几内亚北海岸一路指向菲律宾，一路由中太平洋实施中间突破，转入了大规模的反攻。进攻的速度之快、规模之大，远远超出我之预料。在欧洲，德、意的作战形势也每况愈下，日、德、意三国联合进行战争的基本构想也要破产了。
“绝对国防圈”的划定
为应付新的形势，大本营进行了研究。昭和18年（1943年）9月15日，决定对过去的作战方针作一次大的变更。新的作战构想的目的是，改变从瓜达尔卡纳尔岛撤退以后，由于继续在东南太平洋方向与敌人决战而形成的激烈消耗战的处境，果敢地抓住时机。在昭和19年（1944年）中期以前，划定“绝对国防圈”，确立不败的战略态势。此期间，力求使以航空兵为主的陆海军兵力得到较大的加强，主动地与美、英军的大反攻相执衡。“绝对国防圈”是指在战争中，日本在太平洋和印度洋方向需绝对扼守的重要地区。它的范围包括千岛群岛、小笠原群岛、内南洋群岛（中、西部）以及新几内亚西部、
他群岛、缅甸。
为推行这一新构想，必须扩充陆海军军备，向新防线部署陆海军兵力，大幅度增产飞机。要做到这—点，全靠生产能力的飞跃发展。为达此目的，必须采取政治、经济、产业等各方面的综合措施。
为此，大本营和政府进行了政略和战略的综合性研究，在9月25日的联络会议上取得了一致意见，在9月30日的御前会议上通过了《今后应采取的战争指导大纲》。这是开战后第一个划时代的战争指导方案。从此清除了战争开始以来一味追击的战争指导观念，同时扮弃了对德、意的依赖思想，定下了独立对付盟军大规模反攻的决心。
大本营方面有陆海军两总长、两副总长，政府方面有首相以及十名大臣，枢密院原嘉道议长出席了御前会议，进行了大约5小时的审议。
大本营根据新作战方针，向澳大利亚北部和中太平洋方向增兵，力求加强“国防圈”的防御。然而，此期间盟军的反攻仍末停止，“国防圈”的前沿防线逐次被突破。
大臣、总长兼于—身
昭和19年（1944年）1月9日，“国防圈”东翼马绍尔群岛我主要航空基地遭美特混舰队的突然袭击，立时被摧毁。接着在2月17日清晨，“绝对国防圈”的要冲特鲁克岛遭空袭，受到重大损失。
特鲁克空袭给东京也捞来了重大影响。2月21日，担任陆军大臣的东条上将和担任海军大臣的鸠田上将，分别被天皇任命为参谋总长和军令部总长。大臣兼总长是建军以来绝无仅有的。
事情的经过是这样的：东条陆军大臣于18日夜拜访木户幸一内大臣，表示面对这种严重战局，为了密切统帅和军政的关系，进一步加强陆海军的配备，自己想以陆军上将的资格兼任参谋总长。由于负担加重，参谋副总长由两人担任。欢迎更换军令部总长。要加强元帅府，使之发挥更显著的作用（现在的两总长均为元帅）。随后于19日要求中部集团军司令官后宫淳上将到东京，同时向鸠田海军大臣谈了自己的决心。鸠田海军大臣认为海军也采取同样的形式将有利于陆海军的协调。
当天上午，富永陆军次宫向杉山参谋总长转达了陆军大臣的意向，但总长表示绝对不能同意。他说，
“统帅和政务在本质上不能混为一谈。这是日本军队传统的、铁的法则。”当天夜里召开了陆军三长官会议。杉山参谋总长、山田乙三教育总监反对东条陆军大臣的意见双方进行了激烈争论。但陆军大臣最后说，天皇已私下答应，这样便一句话定了乾坤。总长、总监也只好以“临时特殊情况，同意兼任，下不为例”作为前提条件表示赞同。三长官会议在东条陆军大臣的意志的控制下闭会。
海军方面鸠田海军大臣在19日同永野军令部总长商谈时，永野军令部总长表示反对，他认为：
“大臣和总长由一人兼任，会使政治干预统帅，造成麻烦。”20日，海军大臣向伏见宫傅恭王元帅说明情况时，伏见宫回答说：“那要看谁，要是你能当总长就好了。”于是，海军大臣又同永野总长会谈，总长说：
“只好如此”这样才发布了上述任免命令。
与此同时，辅佐总长的副总长改由两人担任，陆军由后宫淳上将任首席副总长，秦彦三郎中将任第二副总长；海军由冢原二四三中将任第一副总长，伊藤整—中将任第二副总长。
现东条上将一人兼任首相、陆军大臣、参谋总长三职，鸠田上将身兼二职。这是一种非常措施，它企图通过国务和统帅的首脑人物在人事上的结合，达到国务和统帅一体化之目的。战争中力不胜任繁重工作的问题另当别论，从当时对宪法的解释上面这是一种可能的最高形式。
大臣、总长由一人兼任后，每周举行两次大本营作战磋商会，在一定程度上改善了陆海军间的业务。海军为使省、部一体化，决定由海军省内的必要的工作人员兼任大本营参谋，以加强双方的联系。
在此次采取措施之前，曾提出了陆海军联合的问题。陆海军对于消除统帅和军政的对立都付出了努力，但消除的手段各异。陆军企图从根本上解决，而海军则倾向于只在现有情况下改进。
昭和19年（1944年）初，为决定陆海军飞机的架数，围绕铝的分配问题，促使陆海军联合的空气甚浓。由于在事务上解决铝的分配问题遥遥无期，因而陆海军四巨头（两总长、两大臣）举行了数次会谈，但并末顺利得以解决。为了打开这一僵局，秦参谋副总长准备在2月10日的会谈中提出统—陆海军的提案。这一提案的内容是：（一）合并陆海军省设立国防省，（二）陆海军两大臣和两总长各由一人担任。
然而，由于铝的分配问题得到了解决，该提案末正式提出。但可以认为，出现这种想法的当时形势给大臣、总长由—人兼任的问题带来了影响。
因此大臣、总长由一人兼任的问题为更多的人所接受。但不管怎样，这还是一种完全破例的措施，因而遭到来自军内外的诸多批判。与其说它带来了好处，不如说权力和事务过分地集中到了一个人手里，还产生了使人们疑惑、不满以及政策不廉明、不彻底等弊端，随着形势的紧迫，逐渐表面化。当时在御殿场静养的失父宫曾三次表示不同意。
此期间，在中国大陆的一号作战进展顾利，但在缅甸，却在英帕尔作战中失败了。在中太平洋6月15日开始“阿号”作战，进行了史无前例的马里亚纳海空决战。我方遭到惨败。7月15日塞班岛落入美军手中。要冲塞班岛的失陷，意味着我在太平洋上的防波堤崩溃了。
随着战局的恶化对东条内阁不信任和准备更换内阁的空气很浓。东条首相企图改组内阁，但应邀商谈的木户内大臣提出了三项条件：（一）总长和大臣由两人担任，确立统帅；（二）海军大臣易人；（三）让重臣入阁，举国一致组织内阁，这些条件反映了重臣们的意向。
东条首相只得忍气吞声接受上述三条，并对陆军首脑的人事进行了变动，7月18日，天皇任命梅津美治郎上将为新参谋总长。海军大臣也圆满地进行了更换，17日，野村直邦上将任海军大臣，鸠田上将仍留任军令部总长。
南方进攻作战的成功
昭和16年（1941年）12月8日拂晓，与空袭夏威夷相呼应，果敢地发起了菲律宾航空歼灭战和马来半岛的奇袭登陆作战。进攻作战在各个方向上都比较顺利。
随着进攻作战的进展，大本营和政府逐次采取了相应的政略和战略措施。根据昭和17年（1942年）2月4日联络会议的决定，对于今后的战争指导将研究多方面的各种方略。
由于初期作战取得了出乎意料的成功，大本营陆海军部作出了如下形势判断：“为进行长期战争，过去一直估计要采取防守的战略态势，而现在却是转入进攻战略态势的极好时机。”然而一旦对今后的作战进行具体研究，陆海军之间在战略思想上便发生了很大分歧。
海军的思想是实施连续决战，即对澳大利亚、夏威夷、印度等外围重要地区，尽量在作战中逐次攻占，并通过此时双方发生的舰队决战击溃敌人，始终压制敌海军，使之不能发动进攻。陆军方面认为，既然攻占了预定范围内的地区，就应计划实施与国力特别是与战争能力相适应的切实可靠的战略持久战，歼灭进攻之敌，达成持久目的，这是开战时决定的战争和作战指导的基本方针，不应轻易改变。
由此可见，在战争期间，从微观的局部地区的作战到宏观的战争指导，陆海军战略思想经常发生分歧，并为解决这些分歧而感到棘手。这种思想上的分歧大概因地面作战和海上作战性质上的不同而产生的。争论的结果，对于海军主张的外围地区的作战，陆军统帅部只赞同：可以实施压制作战，但要避免战争中的大规模进攻作战。
在3月7日的联络会议上决定了《今后应采取的战争指导大纲》。其中第—项规定，“为使英国投降，促使美国丧失战斗意志，要继续扩大既得的战果，建立长期不败的政略、战略态势，并相机采取积极的措施。”规定相当含糊，陆军的着眼点放在“建立长期不败的战略态势”上，而海军则注重“扩大既得的战果”、“相机采取积极的措施”；虽经调整字句形成了条文，但双方仍然同床异梦。3月13日，首相和两统帅部总长联名将上述《大纲》上奏天皇。
根据《大纲》的规定，对外围地区实施了一系列作战，包括对锡兰岛的航空兵进攻作战，莫尔兹比港海路进攻作战和珊瑚海海战，斐济、萨摩亚、新喀里多尼亚作战（FS作战）准备，中途岛作战，阿留守作战。其中，6月6日中途岛作战的失败，给日本悔军带来重大影响，从此以后美国开始掌握了太平洋战争的主动权。另一方面日本在中国大陆还进行了为摧毁可能用来空袭日本本土的航空基地的浙赣作战、重庆进攻作战准备。此外，陆军在6月以后逐次采取措施，建立全面的防御态势，保持军备上的反击能力。
瓜达尔卡纳尔岛的失陷
8月7日，美军突然登陆瓜达尔卡纳尔岛开始了反攻。对此，大本营虽然逐次将陆海军部队派往所罗门方向，以求击退美军进攻但因补给输送极为困难不能充分发挥战斗力，始终进行着艰苦的战斗。
分散在浩瀚海洋中的岛屿作战在保持兵力和维持战斗力等方面，完全要依赖舰船。因而，统帅部强烈要求征用和拨给船只，以完成所罗门方向的作战任务。另一方面政府也需要船只以尽快把在南方地区开发和取得的战争中不可缺少约资源运回本土，使加强国力和战争能力的工作走上正轨。但是造船能力却无法弥补船舶的损失，做海军要求增加船舶的问题一直难以解决。
12月10日，大本营政府联席会议的御前会议审议通过了《关于当前在战争指导上对作战和国家物力的协调以及维持和增强国力的决定》，确立了当前的对策。但这并不能从根本上解决问题。敌人从东南太平洋实施反攻所造成的压力，有可能从根本上破坏我国国力和作战关系上的协调。
瓜达尔卡纳尔岛的战况始终没有好转，12月31日大本营御前会议决定从该岛撤退。此时整个战局已到紧要关头。刚进入昭和18年（1943年），掌握战略主动权的美澳联军就沿新几内亚北海岸一路指向菲律宾，一路由中太平洋实施中间突破，转入了大规模的反攻。进攻的速度之快、规模之大，远远超出我之预料。在欧洲，德、意的作战形势也每况愈下，日、德、意三国联合进行战争的基本构想也要破产了。
“绝对国防圈”的划定
为应付新的形势，大本营进行了研究。昭和18年（1943年）9月15日，决定对过去的作战方针作一次大的变更。新的作战构想的目的是，改变从瓜达尔卡纳尔岛撤退以后，由于继续在东南太平洋方向与敌人决战而形成的激烈消耗战的处境，果敢地抓住时机。在昭和19年（1944年）中期以前，划定“绝对国防圈”，确立不败的战略态势。此期间，力求使以航空兵为主的陆海军兵力得到较大的加强，主动地与美、英军的大反攻相执衡。“绝对国防圈”是指在战争中，日本在太平洋和印度洋方向需绝对扼守的重要地区。它的范围包括千岛群岛、小笠原群岛、内南洋群岛（中、西部）以及新几内亚西部、
他群岛、缅甸。
为推行这一新构想，必须扩充陆海军军备，向新防线部署陆海军兵力，大幅度增产飞机。要做到这—点，全靠生产能力的飞跃发展。为达此目的，必须采取政治、经济、产业等各方面的综合措施。
为此，大本营和政府进行了政略和战略的综合性研究，在9月25日的联络会议上取得了一致意见，在9月30日的御前会议上通过了《今后应采取的战争指导大纲》。这是开战后第一个划时代的战争指导方案。从此清除了战争开始以来一味追击的战争指导观念，同时扮弃了对德、意的依赖思想，定下了独立对付盟军大规模反攻的决心。
大本营方面有陆海军两总长、两副总长，政府方面有首相以及十名大臣，枢密院原嘉道议长出席了御前会议，进行了大约5小时的审议。
大本营根据新作战方针，向澳大利亚北部和中太平洋方向增兵，力求加强“国防圈”的防御。然而，此期间盟军的反攻仍末停止，“国防圈”的前沿防线逐次被突破。
大臣、总长兼于—身
昭和19年（1944年）1月9日，“国防圈”东翼马绍尔群岛我主要航空基地遭美特混舰队的突然袭击，立时被摧毁。接着在2月17日清晨，“绝对国防圈”的要冲特鲁克岛遭空袭，受到重大损失。
特鲁克空袭给东京也捞来了重大影响。2月21日，担任陆军大臣的东条上将和担任海军大臣的鸠田上将，分别被天皇任命为参谋总长和军令部总长。大臣兼总长是建军以来绝无仅有的。
事情的经过是这样的：东条陆军大臣于18日夜拜访木户幸一内大臣，表示面对这种严重战局，为了密切统帅和军政的关系，进一步加强陆海军的配备，自己想以陆军上将的资格兼任参谋总长。由于负担加重，参谋副总长由两人担任。欢迎更换军令部总长。要加强元帅府，使之发挥更显著的作用（现在的两总长均为元帅）。随后于19日要求中部集团军司令官后宫淳上将到东京，同时向鸠田海军大臣谈了自己的决心。鸠田海军大臣认为海军也采取同样的形式将有利于陆海军的协调。
当天上午，富永陆军次宫向杉山参谋总长转达了陆军大臣的意向，但总长表示绝对不能同意。他说，
“统帅和政务在本质上不能混为一谈。这是日本军队传统的、铁的法则。”当天夜里召开了陆军三长官会议。杉山参谋总长、山田乙三教育总监反对东条陆军大臣的意见双方进行了激烈争论。但陆军大臣最后说，天皇已私下答应，这样便一句话定了乾坤。总长、总监也只好以“临时特殊情况，同意兼任，下不为例”作为前提条件表示赞同。三长官会议在东条陆军大臣的意志的控制下闭会。
海军方面鸠田海军大臣在19日同永野军令部总长商谈时，永野军令部总长表示反对，他认为：
“大臣和总长由一人兼任，会使政治干预统帅，造成麻烦。”20日，海军大臣向伏见宫傅恭王元帅说明情况时，伏见宫回答说：“那要看谁，要是你能当总长就好了。”于是，海军大臣又同永野总长会谈，总长说：
“只好如此”这样才发布了上述任免命令。
与此同时，辅佐总长的副总长改由两人担任，陆军由后宫淳上将任首席副总长，秦彦三郎中将任第二副总长；海军由冢原二四三中将任第一副总长，伊藤整—中将任第二副总长。
现东条上将一人兼任首相、陆军大臣、参谋总长三职，鸠田上将身兼二职。这是一种非常措施，它企图通过国务和统帅的首脑人物在人事上的结合，达到国务和统帅一体化之目的。战争中力不胜任繁重工作的问题另当别论，从当时对宪法的解释上面这是一种可能的最高形式。
大臣、总长由一人兼任后，每周举行两次大本营作战磋商会，在一定程度上改善了陆海军间的业务。海军为使省、部一体化，决定由海军省内的必要的工作人员兼任大本营参谋，以加强双方的联系。
在此次采取措施之前，曾提出了陆海军联合的问题。陆海军对于消除统帅和军政的对立都付出了努力，但消除的手段各异。陆军企图从根本上解决，而海军则倾向于只在现有情况下改进。
昭和19年（1944年）初，为决定陆海军飞机的架数，围绕铝的分配问题，促使陆海军联合的空气甚浓。由于在事务上解决铝的分配问题遥遥无期，因而陆海军四巨头（两总长、两大臣）举行了数次会谈，但并末顺利得以解决。为了打开这一僵局，秦参谋副总长准备在2月10日的会谈中提出统—陆海军的提案。这一提案的内容是：（一）合并陆海军省设立国防省，（二）陆海军两大臣和两总长各由一人担任。
然而，由于铝的分配问题得到了解决，该提案末正式提出。但可以认为，出现这种想法的当时形势给大臣、总长由—人兼任的问题带来了影响。
因此大臣、总长由一人兼任的问题为更多的人所接受。但不管怎样，这还是一种完全破例的措施，因而遭到来自军内外的诸多批判。与其说它带来了好处，不如说权力和事务过分地集中到了一个人手里，还产生了使人们疑惑、不满以及政策不廉明、不彻底等弊端，随着形势的紧迫，逐渐表面化。当时在御殿场静养的失父宫曾三次表示不同意。
此期间，在中国大陆的一号作战进展顾利，但在缅甸，却在英帕尔作战中失败了。在中太平洋6月15日开始“阿号”作战，进行了史无前例的马里亚纳海空决战。我方遭到惨败。7月15日塞班岛落入美军手中。要冲塞班岛的失陷，意味着我在太平洋上的防波堤崩溃了。
随着战局的恶化对东条内阁不信任和准备更换内阁的空气很浓。东条首相企图改组内阁，但应邀商谈的木户内大臣提出了三项条件：（一）总长和大臣由两人担任，确立统帅；（二）海军大臣易人；（三）让重臣入阁，举国一致组织内阁，这些条件反映了重臣们的意向。
东条首相只得忍气吞声接受上述三条，并对陆军首脑的人事进行了变动，7月18日，天皇任命梅津美治郎上将为新参谋总长。海军大臣也圆满地进行了更换，17日，野村直邦上将任海军大臣，鸠田上将仍留任军令部总长。
最高战争指导会议的设置
昭和19年（1944年）7月18日，东条首相改组内阁失败而总辞职，随之天皇命令小矶国昭、米内光政（均为预备投）上将组阁。小矶上将组阁时，要陆海军采取措施，让首相参加大本营，并就陆海军大臣候选人问题提出了希望。而陆海军却答复说，他们都反对首相参加大本营，陆军三长官决议，推举杉山上将为陆军大臣候选人，海军同意米内上将恢复现役担任海军大臣。
这样，小矶内阁便于23日组成。8月4日，根据小矶内阁的提议，大本营政府联络会议决定设置“最高战争指导会议”。该会议“负责拟定战争指导的根本方针，协调统一政略和战略，在皇宫内召开会议，审议重要议案时奏请天皇出席。该会议由参谋总长、军令部总长、内阁总理大臣、外务大臣、陆军大臣、海军大臣组成，必要时，其他国务大臣、统帅部两副总长可列席。干事由内阁书记长以及陆海军省两军务局长担任。”该会议不是正式的国家机构。它与历来的联席会议虽无实质上的不同，但已商定，会议的决定要产生效力必须全体成员出席，以及在干事不参加的箔况下召开会议等，表明了战争指导者们的责任和决心。
在这之前，大本营研究了马里亚纳失陷后应采取的作战指导方针，7月21日确定了以下基本方针：（一）加强从菲律宾、台湾、西南诸岛、本土至千岛的海上第一线的防备；（二）敌人对上述任何地区发动进攻，都要随时集中陆海空兵力进行迎击并予粉碎；（三）这些作战行动称为“捷号”作战。大本营估计敌主力将于这一年后期发动进攻，并把日军决战方向预定为本土周围地区以及菲律宾方向。但是，如果从战争指导构想进行分析，如何调节为决战付出的努力和为长期战争付出的努力就是个需要解决的问题。对此，大本营决定将将兵力的十分之七用于决战，十分之三用于准备长期战争。
由于内阁的交替，耽误了对战争指导上的重大问题的研究。8月19日，在天皇出席的最高战争指导会议上决定了《今后应采取的战争指导大纲》，大本营和政府将在各自的负责范围内贯彻这一政策。
但是美军进攻菲律宾的作战已于10月中旬开始，以莱特岛为中心，展开了陆海空决战。日军在作战中遭到惨败，大本营于12月19日放弃了在莱特岛进行地面决战的方针，加紧本土的防御准备。昭和20年（1945年）1月20日，决定了《帝国陆海军作战计划大纲》。日本陆海军制定共同作战计划这还是第一次。新作战计划的基本构想是，在本土的外围地区（西南诸岛和小笠原方向）同进攻的美军进行你死我括的持久作战，同时在此期间加强本土的作战准备，在本土实施最后决战。3月30日，大本营陆军部制定了《“决号”作战准备纲要》，采取了促进本土作战准备的措施。
但是，小矶内阁组成以后，大本营和政府缺乏密切联系，在这方面远不如东条内阁时期，似乎大本营掌握着战争指导的主导权。小矶首相对于不能了解用兵作战情况，甚至连莱特岛战役的转换也不知道而感到不满。3月初，应小矶首相的要求大本营审议了首相和列席大本营会议以及由大本营实施战争指导等两个议案。
作为统帅府的大本营，要一跃成为战争指导机关，单靠修改《大本营令》是无法解决的，它还是一个牵扯到修改宪法的重大问题。最后在3月16日，总理和两总长联名上奏天皇：“为加强战争指导；小矶内阁总理大臣应按御命列席大本营会议，了解作战情况。”这一上奏得到批准。从此，首相开始列席大本营会议，但也只能在某种程度上接触作战的实际情况。
3月，天皇提出要听取关于战争指导的意见，根据这一要求，平沼、广田、近卫、若规、冈田、东条前首相以及牧野伸显，个别地秘密上奏了她们的意见。这几位重臣虽起不到象明治时期元老那么大的作用，但近一个时期，他们中也有人起到了木户内大臣适宜的商谈对象或者顾问的作用。
3月3日，天皇垂询陆海军大臣：陆海军是否可以联合。为实施本土决战准备，陆军希望尽早实现陆海军联合，而海军却主张首先合并大本营的陆海军部。要作到这一点，应先从陆、海军部搬到同一地点办公做起。结果把不能立即实现的意见回奏了天皇。
此期间，美军对日本本土的轰炸日益猛烈，进攻作战顾利进展，3月17日，硫黄岛守备队全军覆灭。4月1日，美军在冲绳登陆，开始了激战。
天皇表明和平意图
小矶内阁在战争指导上感到棘手，遂于昭和20年（1945年）4月5日总辞职。这时，小矶首相表示，下届内阁必须是“大本营内阁”。因为他深切体会到国务与统帅一体化的必要性。由于陆海军首脑的反对，大本营内阁的设想成了泡影。重臣会议选举枢密院议长铃木贯太郎海军上将担任新首相，并上奏天皇。一方面在表面上作出决心把战争进行到底的姿态，另一方面又希望成立尽早议和的内阁。4月7日，铃木内阁组成。
最高战争指导会议的活动，继承了前内阁时期的传统作法。但4月16日的最高战争指导会议把会议事项只限定为战争指导的根本问题。并决定，对于政略和战略相互协调的有关事项，在大本营和政府定下决心时，主要由陆海军大臣谋求双方的协调，不召开例行会议，会议只在必要时举行。过去甚至不太重要的问题也要经最高战争指导会议讨论，今后则强调内阁会议的作用。这就明确了陆海军大臣的地位。
4月19日，铃木首相仿效前例，受天皇之命列席了大本营会议。
5月11日起，召开了关于对苏开展工作的最高战争指导会议。为保密起见，参加会议的只有铃木首相、东乡茂德外相、阿南隈几陆相、米内海相、梅津参谋总长及川古志郎军令部总长等6名成员。没有干事参加的这种方式的最高战争指导会议成了以后的惯常作法。经三次讨论决定同苏联谈判，以便防止苏联参战，使苏联持友好中立立场并斡旋和俊；6月3日开始同苏联驻日大使马立克谈判。
另一方面，为迎接即将开始的本土决战，拟定了战争指导的基本政策。以早在4月中旬拟定的陆军方案为基础，由最高战争指导会议事务当局审议，经6月6日的最高战争指导会议讨论，在6月8日的御前会议上作出了决定。除6名成员和干事之外，平沼抠密院议长、丰田贞次郎军需相、石黑忠乌农相特地出席了御前会议。会上审议并决定了《今后应采取的战争指导的基本大纲》。这个大纲把重点限定为两方面，即保持国体和保卫皇上，并决定了为达此目的，要把战争进行到底的强硬立场。
但是，以木户内务大臣为首，采取了收拾残局的对策。6月22日，天皇召集六名最高战争指导会议成员，亲自表示：“关于结束战争的问题，要具体作好研究，努力实现这一目的。”他还听取了每个人的意见。在这天的会议上，天皇明确地表示自己的意见意味着日本向和平的道路迈出了决定性的一步。
结束战争的圣断
7月26日，在美、英、苏三国首脑举行会谈的柏林郊外波茨坦发表了敦促日本投降的美、英、中三国公告（8月9日苏联签字成为四国公告）。27日的最高战争指导会议确定，不拒绝三国公告，在弄清苏联的态度之后，再决定日本的态度。但铃木首相在28日的记者招持会上说。“不理睬波获坦公告”。这一席话通过海外广播网传向了全世界，同盟国把“不理睬”解释为“无视”或“拒绝”。因此美国于8月6日向广岛投了原子弹，9日，苏联赛加对日作战。
9日上午召开了最高战争指导会议，会议在接受波茨坦公告的原则下统一了意见。但对附加的四个条件--护持国体，由日本自己处理战犯，撤退并解散海外的军队，限制占领军的数量--没有得出结论，直到下午1点，只得暂时休会。在开会期间，美国把原子弹投到了长崎。
下午两点半召开了内阁会议。东乡外相提出按受公告只以护持国体作为条件，阿南陆相坚决主张如不接受四项条件就抗战到底，各位大臣先后都发表了意见。傍晚休息之后，继续举行内阁会议。晚上十点半已过，仍末作出任何决定而再次休会。
接着铃木首相上奏，根据破例召开御前会议的奏请，当天深夜11时50分起，在皇宫内的防空掩蔽部的一间屋子里召开了有天皇出席的最高战争指导会议，平沼抠密院议长也出席了会议。首相提出一个议案：“我们在了解到三国公告所列举的条件中，不包括要求改变天皇在国法上的地位的情况下，日本政府应予接受。”陆相和两统帅部总长坚决反对，他们认为，要接受公告，至少必须具备四项条体因而会议仍末取得—致意见。于是，铃木首相于10日上午2时30分要求天皇圣断。天皇同意接受波茨坦公合并说：“陆海军统帅部的计划，过去常发生错误，丧失了时机．说是要进行本土决战何以阻击敌人呢，空袭在猛烈进行，我不忍看到国民陷入更深的涂炭之苦境，使文化遭到破坏，给人类招致不幸。现在难忍也得忍。今天我当以明治天皇在三国干涉时的感情定下决心。”于是将上述议案作了若干字句上的修改之后作为此次会议的决议。在作出这一圣断之前，．水户内大臣作为天皇的宠信起了很大的作用。·
但是，围绕四国对日本打算接受被茨坦公告的通告作出的答复，再次发生争执，在12日的内阁会议和13日的最高战争指导会议上进行了再三的争论。为此在14日上午快到10点的时候，天皇命令全体大臣和两总长、枢密院议长、书记长、综合计划局长官、陆海军两军务局长于十时半进宫晋见天皇。另一方面，天皇召见杉山元、烟俊六、永野修身三位元帅向他们表示了结束战争的决心，并要求军队服从这一决定。
完全出乎意外地被天皇召见的首脑们，急忙赶拄皇宫，参加了最后的御前会议。铃木首相提出，由于在最高战争指导会议和内阁会议上全体人员意见不一致，希望天皇作出圣断。天皇在听取反对者的意见之后，作出了结束战争的最后决定。由此便决定了以日本投降来结束太平洋战争的结局。
15日发布了结束战争的诏书。
根据同盟国最高司令官的指令，大本营于9月12日解教。参谋部、军令部也于10月15日撤销。
附录：历任大臣、总长：
陆军大臣：1885.12大山岩、1891.5高岛柄之助、1892.8大山岩、1894.10西乡从道、1895.3山县有朋、1895.5大山岩、1896.9高岛柄之助、1898.1桂太郎、1900.12儿玉源太郎、1902.3寺内正毅、1911.8石本新六、1912.4上原勇作、1912.12木越安纲、1913.6楠濑幸彦、1914.4冈市之助、1916.8大岛健一、1918.9田中义一、1921.6山梨半造、1923.9田中义一、1924.1宇垣一成、1927.4白川义则、1929.7宇垣一成、1931.4南次郎、1932.12荒木贞夫、1934.1林铣十郎、1935.9川岛义之、1936.3寺内寿一、1937.2中村孝太郎、1937.2杉山元、1938.6板垣政四郎、1939.9细俊六、1940.7东条英机、1944.7杉山元、1945.4阿南维几、1945.8捻彦亲王、1945.8下村定。
海军大臣：1885.12西乡从道、1890.5桦山资纪、1892.8仁礼景范、1893.8西乡从道、1898.11山本权兵卫、1906.1斋藤实、1914.4八代六郎、1915.8加藤友三郎、1923.5财部彪、1927.4冈田启介、1929.7财部彪、1930.5安保清种、1931.12大角岑生、1932.5冈田启介、1933.3大角岑生、1936.3永野修身、1937.2米内光政、1939.8吉田善吾、1940.7及川古治郎、1941.10鸠田繁太郎、1944.7野村直邦、1944.7米内光政。
参谋总长：1885.12参谋长炽仁亲王、1898.5参军炽仁亲王、1889.3参谋总长炽仁亲王、1895.1彰仁亲王、1898.1川上操六、1905.12大山岩、1906.4儿玉源太郎、1909.7奥保巩、1912.1长谷川好道、1915.12上原勇作、1923.3河合操、1930.5金谷范三、1931.12载仁亲王、1940.10杉山元、1944.2东条英机、1944.7梅津美治郎。
军令部总长：1886.3参谋部副参谋长仁礼景范、1888.5参谋长仁礼景范、1889.3参谋部长伊藤携吉、1889.5参谋长有地品之允、1891.6参谋长井上良馨、1892.12参谋长中牟田仓之助、1894.7军令部长桦山资纪、1895.3军令部长伊东佑亨、1905.12军令部长东乡平八郎、1909.12伊集院五郎、1914.4军令部长岛村速雄、1920.12军令部长山下源太郎、1925.4军令部长铃木贯太郎、1929.1军令部长加藤宽治、1930.6军令部长谷口尚真、1932.2军令部长博恭亲王、1933.10军令部总长博恭亲王、1941.4永野修身、1944.2鸠田繁太郎、1944.3及川古治郎、1945.5丰田副武。
昭和19年（1944年）7月18日，东条首相改组内阁失败而总辞职，随之天皇命令小矶国昭、米内光政（均为预备投）上将组阁。小矶上将组阁时，要陆海军采取措施，让首相参加大本营，并就陆海军大臣候选人问题提出了希望。而陆海军却答复说，他们都反对首相参加大本营，陆军三长官决议，推举杉山上将为陆军大臣候选人，海军同意米内上将恢复现役担任海军大臣。
这样，小矶内阁便于23日组成。8月4日，根据小矶内阁的提议，大本营政府联络会议决定设置“最高战争指导会议”。该会议“负责拟定战争指导的根本方针，协调统一政略和战略，在皇宫内召开会议，审议重要议案时奏请天皇出席。该会议由参谋总长、军令部总长、内阁总理大臣、外务大臣、陆军大臣、海军大臣组成，必要时，其他国务大臣、统帅部两副总长可列席。干事由内阁书记长以及陆海军省两军务局长担任。”该会议不是正式的国家机构。它与历来的联席会议虽无实质上的不同，但已商定，会议的决定要产生效力必须全体成员出席，以及在干事不参加的箔况下召开会议等，表明了战争指导者们的责任和决心。
在这之前，大本营研究了马里亚纳失陷后应采取的作战指导方针，7月21日确定了以下基本方针：（一）加强从菲律宾、台湾、西南诸岛、本土至千岛的海上第一线的防备；（二）敌人对上述任何地区发动进攻，都要随时集中陆海空兵力进行迎击并予粉碎；（三）这些作战行动称为“捷号”作战。大本营估计敌主力将于这一年后期发动进攻，并把日军决战方向预定为本土周围地区以及菲律宾方向。但是，如果从战争指导构想进行分析，如何调节为决战付出的努力和为长期战争付出的努力就是个需要解决的问题。对此，大本营决定将将兵力的十分之七用于决战，十分之三用于准备长期战争。
由于内阁的交替，耽误了对战争指导上的重大问题的研究。8月19日，在天皇出席的最高战争指导会议上决定了《今后应采取的战争指导大纲》，大本营和政府将在各自的负责范围内贯彻这一政策。
但是美军进攻菲律宾的作战已于10月中旬开始，以莱特岛为中心，展开了陆海空决战。日军在作战中遭到惨败，大本营于12月19日放弃了在莱特岛进行地面决战的方针，加紧本土的防御准备。昭和20年（1945年）1月20日，决定了《帝国陆海军作战计划大纲》。日本陆海军制定共同作战计划这还是第一次。新作战计划的基本构想是，在本土的外围地区（西南诸岛和小笠原方向）同进攻的美军进行你死我括的持久作战，同时在此期间加强本土的作战准备，在本土实施最后决战。3月30日，大本营陆军部制定了《“决号”作战准备纲要》，采取了促进本土作战准备的措施。
但是，小矶内阁组成以后，大本营和政府缺乏密切联系，在这方面远不如东条内阁时期，似乎大本营掌握着战争指导的主导权。小矶首相对于不能了解用兵作战情况，甚至连莱特岛战役的转换也不知道而感到不满。3月初，应小矶首相的要求大本营审议了首相和列席大本营会议以及由大本营实施战争指导等两个议案。
作为统帅府的大本营，要一跃成为战争指导机关，单靠修改《大本营令》是无法解决的，它还是一个牵扯到修改宪法的重大问题。最后在3月16日，总理和两总长联名上奏天皇：“为加强战争指导；小矶内阁总理大臣应按御命列席大本营会议，了解作战情况。”这一上奏得到批准。从此，首相开始列席大本营会议，但也只能在某种程度上接触作战的实际情况。
3月，天皇提出要听取关于战争指导的意见，根据这一要求，平沼、广田、近卫、若规、冈田、东条前首相以及牧野伸显，个别地秘密上奏了她们的意见。这几位重臣虽起不到象明治时期元老那么大的作用，但近一个时期，他们中也有人起到了木户内大臣适宜的商谈对象或者顾问的作用。
3月3日，天皇垂询陆海军大臣：陆海军是否可以联合。为实施本土决战准备，陆军希望尽早实现陆海军联合，而海军却主张首先合并大本营的陆海军部。要作到这一点，应先从陆、海军部搬到同一地点办公做起。结果把不能立即实现的意见回奏了天皇。
此期间，美军对日本本土的轰炸日益猛烈，进攻作战顾利进展，3月17日，硫黄岛守备队全军覆灭。4月1日，美军在冲绳登陆，开始了激战。
天皇表明和平意图
小矶内阁在战争指导上感到棘手，遂于昭和20年（1945年）4月5日总辞职。这时，小矶首相表示，下届内阁必须是“大本营内阁”。因为他深切体会到国务与统帅一体化的必要性。由于陆海军首脑的反对，大本营内阁的设想成了泡影。重臣会议选举枢密院议长铃木贯太郎海军上将担任新首相，并上奏天皇。一方面在表面上作出决心把战争进行到底的姿态，另一方面又希望成立尽早议和的内阁。4月7日，铃木内阁组成。
最高战争指导会议的活动，继承了前内阁时期的传统作法。但4月16日的最高战争指导会议把会议事项只限定为战争指导的根本问题。并决定，对于政略和战略相互协调的有关事项，在大本营和政府定下决心时，主要由陆海军大臣谋求双方的协调，不召开例行会议，会议只在必要时举行。过去甚至不太重要的问题也要经最高战争指导会议讨论，今后则强调内阁会议的作用。这就明确了陆海军大臣的地位。
4月19日，铃木首相仿效前例，受天皇之命列席了大本营会议。
5月11日起，召开了关于对苏开展工作的最高战争指导会议。为保密起见，参加会议的只有铃木首相、东乡茂德外相、阿南隈几陆相、米内海相、梅津参谋总长及川古志郎军令部总长等6名成员。没有干事参加的这种方式的最高战争指导会议成了以后的惯常作法。经三次讨论决定同苏联谈判，以便防止苏联参战，使苏联持友好中立立场并斡旋和俊；6月3日开始同苏联驻日大使马立克谈判。
另一方面，为迎接即将开始的本土决战，拟定了战争指导的基本政策。以早在4月中旬拟定的陆军方案为基础，由最高战争指导会议事务当局审议，经6月6日的最高战争指导会议讨论，在6月8日的御前会议上作出了决定。除6名成员和干事之外，平沼抠密院议长、丰田贞次郎军需相、石黑忠乌农相特地出席了御前会议。会上审议并决定了《今后应采取的战争指导的基本大纲》。这个大纲把重点限定为两方面，即保持国体和保卫皇上，并决定了为达此目的，要把战争进行到底的强硬立场。
但是，以木户内务大臣为首，采取了收拾残局的对策。6月22日，天皇召集六名最高战争指导会议成员，亲自表示：“关于结束战争的问题，要具体作好研究，努力实现这一目的。”他还听取了每个人的意见。在这天的会议上，天皇明确地表示自己的意见意味着日本向和平的道路迈出了决定性的一步。
结束战争的圣断
7月26日，在美、英、苏三国首脑举行会谈的柏林郊外波茨坦发表了敦促日本投降的美、英、中三国公告（8月9日苏联签字成为四国公告）。27日的最高战争指导会议确定，不拒绝三国公告，在弄清苏联的态度之后，再决定日本的态度。但铃木首相在28日的记者招持会上说。“不理睬波获坦公告”。这一席话通过海外广播网传向了全世界，同盟国把“不理睬”解释为“无视”或“拒绝”。因此美国于8月6日向广岛投了原子弹，9日，苏联赛加对日作战。
9日上午召开了最高战争指导会议，会议在接受波茨坦公告的原则下统一了意见。但对附加的四个条件--护持国体，由日本自己处理战犯，撤退并解散海外的军队，限制占领军的数量--没有得出结论，直到下午1点，只得暂时休会。在开会期间，美国把原子弹投到了长崎。
下午两点半召开了内阁会议。东乡外相提出按受公告只以护持国体作为条件，阿南陆相坚决主张如不接受四项条件就抗战到底，各位大臣先后都发表了意见。傍晚休息之后，继续举行内阁会议。晚上十点半已过，仍末作出任何决定而再次休会。
接着铃木首相上奏，根据破例召开御前会议的奏请，当天深夜11时50分起，在皇宫内的防空掩蔽部的一间屋子里召开了有天皇出席的最高战争指导会议，平沼抠密院议长也出席了会议。首相提出一个议案：“我们在了解到三国公告所列举的条件中，不包括要求改变天皇在国法上的地位的情况下，日本政府应予接受。”陆相和两统帅部总长坚决反对，他们认为，要接受公告，至少必须具备四项条体因而会议仍末取得—致意见。于是，铃木首相于10日上午2时30分要求天皇圣断。天皇同意接受波茨坦公合并说：“陆海军统帅部的计划，过去常发生错误，丧失了时机．说是要进行本土决战何以阻击敌人呢，空袭在猛烈进行，我不忍看到国民陷入更深的涂炭之苦境，使文化遭到破坏，给人类招致不幸。现在难忍也得忍。今天我当以明治天皇在三国干涉时的感情定下决心。”于是将上述议案作了若干字句上的修改之后作为此次会议的决议。在作出这一圣断之前，．水户内大臣作为天皇的宠信起了很大的作用。·
但是，围绕四国对日本打算接受被茨坦公告的通告作出的答复，再次发生争执，在12日的内阁会议和13日的最高战争指导会议上进行了再三的争论。为此在14日上午快到10点的时候，天皇命令全体大臣和两总长、枢密院议长、书记长、综合计划局长官、陆海军两军务局长于十时半进宫晋见天皇。另一方面，天皇召见杉山元、烟俊六、永野修身三位元帅向他们表示了结束战争的决心，并要求军队服从这一决定。
完全出乎意外地被天皇召见的首脑们，急忙赶拄皇宫，参加了最后的御前会议。铃木首相提出，由于在最高战争指导会议和内阁会议上全体人员意见不一致，希望天皇作出圣断。天皇在听取反对者的意见之后，作出了结束战争的最后决定。由此便决定了以日本投降来结束太平洋战争的结局。
15日发布了结束战争的诏书。
根据同盟国最高司令官的指令，大本营于9月12日解教。参谋部、军令部也于10月15日撤销。
附录：历任大臣、总长：
陆军大臣：1885.12大山岩、1891.5高岛柄之助、1892.8大山岩、1894.10西乡从道、1895.3山县有朋、1895.5大山岩、1896.9高岛柄之助、1898.1桂太郎、1900.12儿玉源太郎、1902.3寺内正毅、1911.8石本新六、1912.4上原勇作、1912.12木越安纲、1913.6楠濑幸彦、1914.4冈市之助、1916.8大岛健一、1918.9田中义一、1921.6山梨半造、1923.9田中义一、1924.1宇垣一成、1927.4白川义则、1929.7宇垣一成、1931.4南次郎、1932.12荒木贞夫、1934.1林铣十郎、1935.9川岛义之、1936.3寺内寿一、1937.2中村孝太郎、1937.2杉山元、1938.6板垣政四郎、1939.9细俊六、1940.7东条英机、1944.7杉山元、1945.4阿南维几、1945.8捻彦亲王、1945.8下村定。
海军大臣：1885.12西乡从道、1890.5桦山资纪、1892.8仁礼景范、1893.8西乡从道、1898.11山本权兵卫、1906.1斋藤实、1914.4八代六郎、1915.8加藤友三郎、1923.5财部彪、1927.4冈田启介、1929.7财部彪、1930.5安保清种、1931.12大角岑生、1932.5冈田启介、1933.3大角岑生、1936.3永野修身、1937.2米内光政、1939.8吉田善吾、1940.7及川古治郎、1941.10鸠田繁太郎、1944.7野村直邦、1944.7米内光政。
参谋总长：1885.12参谋长炽仁亲王、1898.5参军炽仁亲王、1889.3参谋总长炽仁亲王、1895.1彰仁亲王、1898.1川上操六、1905.12大山岩、1906.4儿玉源太郎、1909.7奥保巩、1912.1长谷川好道、1915.12上原勇作、1923.3河合操、1930.5金谷范三、1931.12载仁亲王、1940.10杉山元、1944.2东条英机、1944.7梅津美治郎。
军令部总长：1886.3参谋部副参谋长仁礼景范、1888.5参谋长仁礼景范、1889.3参谋部长伊藤携吉、1889.5参谋长有地品之允、1891.6参谋长井上良馨、1892.12参谋长中牟田仓之助、1894.7军令部长桦山资纪、1895.3军令部长伊东佑亨、1905.12军令部长东乡平八郎、1909.12伊集院五郎、1914.4军令部长岛村速雄、1920.12军令部长山下源太郎、1925.4军令部长铃木贯太郎、1929.1军令部长加藤宽治、1930.6军令部长谷口尚真、1932.2军令部长博恭亲王、1933.10军令部总长博恭亲王、1941.4永野修身、1944.2鸠田繁太郎、1944.3及川古治郎、1945.5丰田副武。