【纯口胡】真剧情のCOD无双

肯尼迪遇刺后，CIA SOG干掉了克夫拉琴科，斯坦纳在被抓获后向美军投诚。德拉格维奇失去了左膀右臂成了孤家寡人，这时候冒出来个超级中二死妹控梅内德斯。俩人一合计，错的不是我错的是世界，于是兵合一路，在日本屋岛地下秘密建立基地，企图报复世界。
德拉科维奇和梅内德斯将共同建立的组织命名为“超兵”，专门培养各种强化人士兵，并进行各种先进兵器系统的研发工作。但截至苏联解体前，实质性进展不大。到了苏联解体以后，德拉科维奇的老下级扎卡耶夫对时局不满，于是找到了德拉科维奇，“超兵”由此具备了物质基础和人力基础。
但对于这个敲反骨的玩意，美英两国从来都是看不惯的。早在苏联没解体之前，美英就联合向日本政府施压，要求日本政府交出屋岛。日本政府夹在两边中间不是人，哪个都不好惹。最后日本政府作出决定：屋岛地下部分管不了，只将地面部分交给了美英联军。
美英联军在获得屋岛的开发权之后，集中力量建设了代号“学园都市”的要塞防卫城市。为了对抗“超兵”的强化人士兵，又在东京以培养武装侦探为名建立了特种兵专科高校。在教官亚历山大·梅森的调教下，首批队员从东京武侦高毕业，一共58人，编为Task Force 141特别部队，其中包括英军王牌约翰·普莱斯和美军王牌大卫·梅森。此两人是王牌中的王牌，在同步率测试中达到500%。
在“超兵”对于美英两国进行一系列试探性攻击之后，双方矛盾终于到了总爆发的边缘。某年月日，“超兵”在自认为实力足够强大的德拉科维奇的直接指挥下，派出了“雷天使”系统对屋岛学园都市进行破坏性打击。Task Force 141毫不示弱，派出狙击教官麦克米伦秘密潜入双子山，在助手仲村由里的掩护下使用巴菲特狙击步枪八百里外一枪打穿了“雷天使”，“超兵”首次攻击就此罢手。
德拉科维奇非常生气，又秘密命令“超兵”的科研机构阿纳海姆公司研制了“能天使”、“权天使”、“德天使”、“力天使”兵器系统。但此事被秘密潜入在“超兵”内部的Task Force 141特工山姆·费舍尔获知，并迅速回报给了美英联合司令部。
美英联军对此大为紧张，立刻要求军工企业安布雷拉公司研制性能更高的兵器系统与之对抗。由于时间紧张，最终安布雷拉只制造了两架试制型机体，分别命名为“强袭自由”和“无限正义”。至此，一场王牌间的较量即将开始！
在此后的半年里，双方心照不宣地停止了对对方的攻击行动，集中力量为新出厂的兵器系统培育机师。但由于新一代兵器系统性能过于优越，一般士兵难以驾驭，最终“超兵”派出了人称“天启四骑士”的扎卡耶夫、小扎卡耶夫、阿拉萨德和马卡洛夫的全教官阵容，而Task Force 141自然选择了同步率最高的约翰·普莱斯和大卫·梅森。又过了三个月，“天启四骑士”分别驾驶“能天使”、“权天使”、“德天使”、“力天使”对学园都市再次发动攻击，此时美英联军司令五星上将詹姆斯下士正在学园都市视察，形势相当危急。在此情况下，约翰·普莱斯和大卫·梅森分别驾驶“强袭自由”和“无限正义”主动出击，在数量不占优势的情况下，两人充分发挥了高同步率的优势，以默契的配合一举击破此前在西方谈之色变的“天启四骑士”，五星上将詹姆斯下士的专机得以成功脱离。
此战之后，“超兵”损兵折将元气大伤，德拉科维奇和梅内德斯一个气绝身亡，另一个决定洗手不干了。而此时唯一有权利接管“超兵”的，只剩下屋岛天使坠落作战中幸存的种子教官马卡洛夫。在马卡洛夫接手超兵之后，鉴于组织长期低迷的实际情况，马卡洛夫决定养兵蓄锐。他所做的第一件事，是来到黑暗森林附近的山谷中，建立了装甲兵训练学校。该学校被按照所在地命名为“黑森峰装甲兵学校”，专门培养各类装甲精锐兵力。
而在培育装甲王牌的同时，马卡洛夫也没忘记在网络空间兴风作浪。经过“超兵”网络战部队的不懈努力，建立了名为“矩阵”的超算系统，该系统的核心是一台名为“圣杯”的超级服务器。据称这台服务器具有某些不为人知的特殊性能，但包括美英联军在内，世界上没有人真正了解它的实际能力。
同时，对于“超兵”经营多年的“天使”系列兵器系统，马卡洛夫也没放弃后续计划。这次，他建造了名为“大天使”号的太空巡洋舰，并将其送到了近地轨道。美英联军对此深感不安，于是命令安布雷拉公司研发了与之对抗的太空战舰。由于该舰在日本被送上近地轨道，被命名为“宇宙战舰大和号”。
对于“矩阵”系统，美英联军也没有掉以轻心。联军司令五星上将詹姆斯下士亲自下达命令执行代号“适格者”的计划，培养顶尖黑客，无论如何也要攻破“矩阵”。经过层层选拔，最终两名黑客脱颖而出。此二人分别名为劳拉·克劳馥和阿尔托利亚·潘德拉贡，虽然同为“适格者”计划的关键人物，但二人关系并不融洽，各干各的基本没有交集。然而奇迹的是，二人竟然在最后同时攻破了“矩阵”，并同时触及了“圣杯”的核心部分。
但在此时，麻烦发生了。就在劳拉和阿尔托利亚同时触及到“圣杯”后，二人突然被传送到了异次元空间。原来，这是马卡洛夫精心设计的一个骗局，“矩阵”超算系统实际上是一个名为“迪拉克之海”的虚拟空间发生器，而设计该虚拟空间的目的正是网罗、搜捕美英联军的高级人才。
面对着身穿着长袍的马卡洛夫，两人决定抛弃前嫌共同对抗强敌。此时，马卡洛夫说：“和我签下契约，成为超兵少女吧！”二人不从。马卡洛夫掏出一支银白色M1911A1逼迫二人，二人仍不从。马卡洛夫怒了，掏出魔杖高喊咒语“乌拉板载一马斯密达”，一道闪电劈晕了劳拉。阿尔托利亚也怒了，掏出魔杖高喊“嗨希特勒阿胡克巴”，击退了马卡洛夫的魔法进攻。眼见施展魔法不成，马卡洛夫掏出一把光束军刀对着阿尔托利亚就要砍；阿尔托利亚不让毫分，掏出一把西斯光剑与马卡洛夫展开肉搏。经过一番恶战，阿尔托利亚成功击退了马卡洛夫，异次元空间“迪拉克之海”也被毁灭。
回到“超兵”基地的马卡洛夫恼羞成怒，决定对学园都市发起总攻。但就在“超兵”准备发起攻击时，麻烦又来了。马卡洛夫身边前后出现了两个敲反骨的家伙，第一个名叫尤里，这家伙施展大精神控制术，想阻止马卡洛夫的攻击行动；第二个名叫艾伦，这家伙被识破了美英联军卧底的身份。然而马卡洛夫岂能善罢甘休，他施展闪电系魔法，成功克制了尤里的大精神控制术。艾伦眼看事情不好，高喊一声：“赐给我力量吧！”变成了巨人。马卡洛夫以一记雷光枪将艾伦打成半残，从此再也没人出来阻止马卡洛夫。
在消灭全部阻碍后，马卡洛夫命令黑森峰装甲兵学校出动精锐兵力秘密潜伏到双子山山谷，准备对学园都市发起闪电战。某年月日清晨，黑森峰装甲兵学校校长小林隼人亲自驾驶59改从双子山上冲下，目击到小林隼人攻击行动的学园都市哨兵惊呼“59！59从山上冲下来了！”学园都市慌乱中紧急展开反击。作为学园都市仅有的装甲兵精锐，装甲王牌西住美穗亲自驾驶一辆61式战车，与小林隼人的59改决一死战。虽然61式战车性能不如59改，但由于双管炮火力在射速上具有优势，双方打得不可开交。
眼看59改的炮弹即将耗光，小林隼人高呼一声“汽车人，变身”，西住美穗目瞪口呆地看着59改变成了擎天柱。在连续数次对擎天柱发起攻击无效后，西住美穗气急败坏地拿起无线电高叫一声：“我们未能穿透他们的装甲！”要求美英联军给予支援。得到消息后，美英联军紧急命令在日本海上航行的“基德”号驱逐舰开火还击。“基德”号舰长上条当麻高呼一声“Only my railgun”亲自操纵某科学的超电磁炮，一炮命中擎天柱，小林隼人只得暂时撤退。
虽然黑森峰装甲兵的袭击未对学院都市造成沉重打击，但“超兵”的再度崛起仍然令世界各国心有余悸。在不久后的20国集团峰会上，美英两国元首表示了对“超兵”势力甚嚣尘上的担忧，其他各国元首也纷纷表示“超兵”不好惹。此时，中国国家主席金杰一拍桌子：“小小寰球，有捣蛋分子几个！”众人瞩目金杰，不知其意欲何为。金杰继续说道：“吾有上将赵天，可斩马贼！”众人闻之，精神大振。于是美英联军决定与PLA联合行动对抗“超兵”，与会各国决定成立全球防御联盟（GlobalDefense Initiative，简称GDI） 。原来隶属美英联军的Task Force 141被划入GDI麾下作为机动兵力。随后，GDI为在对“超兵”的军事行动中夺取先机，决定成立“国际变量性干预与反击中心”（NatiaonalEngage Resistance of Variablity，简称NERV），并在月面城市哥白尼市内设立基地。
某年月日，金杰的特使、少林寺驻武当山首席大神父王喇嘛代表中国政府出访NERV月面基地，并且与NERV月面基地首席科学家斯坦纳进行会谈，少林寺驻武当山首席大神父王喇嘛说：“贫僧自东土大唐而来，前往NERV月面基地求取死海文书。”并与斯坦纳谈笑风生，笑称“超兵那帮孙子too young too simple，sometime naive”，并警告马卡洛夫“不要总想搞个大新闻”。此举果然奏效，在少林寺驻武当山首席大神父王喇嘛携带死海文书回国后不久，被激怒的马卡洛夫即宣布准备对GDI各成员国进行袭击。随即，GDI各国迅速加强战备，Task Force 141更是摩拳擦掌随时准备出击。
随后，美英联军部署在近地轨道的宇宙战舰大和号发回侦察照片显示，马卡洛夫手下的“台风”级改进型“红色十月”号核潜艇秘密离开屋岛基地，潜行至太平洋深处。由于艇上携带有26枚威力巨大的SS-N-20弹道导弹，且根据GDI潜伏特工山姆·费舍尔传回的情报显示“超兵”的秘密部队“伊幽”也部署在该艇之上，对GDI各成员国威胁相当严重，GDI决定先发制人对该艇进行打击。
为对抗实力强大的“红色十月”号，GDI执行了代号为“黑科技”的秘密计划（Black Technology，简称BT计划），建造了名为Tuatha De Danaan（简称TDD-1）的超级核潜艇。TDD-1艇上除了常规武器系统外，更部署有为Task Force 141队员根据“强袭自由”和“无限正义”为技术储备建造的高机动型兵器ARX-7。对此，GDI信心满满，认为使用ARX-7的TaskForce 141有能力对“红色十月”号进行毁灭性打击。然而，GDI所不知道的是，“超兵”也在战后利用“天使”系列的技术资料秘密研发了新一代机动兵器系统Type-1R“无赖”，并将其部署在“红色十月”号上作为“伊幽”的秘密武器。
当Task Force 141完成战备后，已经升任TaskForce 141指挥官的约翰·普莱斯指挥由约翰·马克塔维什、西蒙·莱利、加里·桑德森、保罗·杰克逊组成的精干力量，驾驶四架ARX-7组成编队对“红色十月”号发动突袭。当“红色十月”号发现Task Force141的攻击行动后，指挥官紧急命令“伊幽”出击，由罗宾·峰·理子、维尔·克拉克、贞德·达尔克和远山加奈驾驶的四架Type-1R与Task Force 141四机展开搏杀打得不可开交。
就在双方精锐机队打得难解难分时，马卡洛夫的一个命令直接改变了战场局势。他命令“红色十月”号发射SS-N-20弹道导弹，并在近地轨道将其引爆。此举一石二鸟，不但摧毁了宇宙战舰大和号，而且利用核爆产生的EMP效应将Task Force 141四机全部击坠。由于“伊幽”在出发之前在Type-1R机体上安装了反电磁辐射系统，所以Task Force 141四机全坠之后，“伊幽”四机居然毫发无损地返回了“红色十月”号。
就在GDI正在为Task Force 141遭受重大损失之事焦头烂额时，从月面城市哥白尼突然传来消息：NERV月面基地遭到“超兵”袭击，而这次带队的，竟然是隐藏多年的“兄弟会”头目、有红色彗星之称的夏亚。此人是驾驶高机动型兵器系统的专家，对于夏亚与马卡洛夫的联手，GDI始料不及，NERV月面基地危在旦夕。而若NERV月面基地落入“超兵”之手，不仅GDI的多年经营将毁于一旦，更将让“超兵”具备从月球向地球发动攻击的能力。经GDI各国紧急商讨，最终各国决定不惜一切代价守住月面城市哥白尼。
由于美英联军无力再派出更多的精锐兵力牵制“超兵”的特攻部队，PLA承担了月面城市哥白尼的保卫任务。赵天将军亲自坐镇，派出了第08MS部队，俗称“八路军”。第08MS部队队长王京虎表现非凡，他驾驶神龙高达在由庄焱驾驶的僚机飞龙高达支援下，一路过关斩将，干掉“超兵”无数，最终与夏亚遭遇。虽然夏亚驾驶的红色有角三倍速特制型扎古集合了“超兵”和“兄弟会”的先进技术且夏亚本人实力超群，但在同样拥有超群实力的王京虎驾驶的性能更加优越的神龙高达压制下，夏亚在惊呼一句“共军的MS是怪物吗”之后不顾被第08MS部队打得节节败退的“超兵”落荒而逃。马卡洛夫在得知自己被夏亚背叛后，怒骂道“夏亚你算计我”，亲自率领“大天使”号太空巡洋舰进攻月面城市哥白尼。为防止第08MS陷入被动，美英联军派出装甲兵对月面城市哥白尼进行合围。但由于“大天使”号船坚炮利很难对付，战局陷入僵持。
就在此时，突然从远处一道激光把“大天使”号打了个措手不及。人们吃惊地发现，GDI竟然有一艘和“大天使”号完全相同的太空巡洋舰。原来，在神出鬼没的王牌特工山姆·费舍尔的运作之下，GDI获得了“大天使”号的全部技术资料，并建造了一艘同级舰“主天使”号。“主天使”号的出现扭转了战场势态，由于“大天使”号长途奔袭且独撑战场耗费了大量燃料和弹药，很快就在与“主天使”号的交锋中败下阵来。气急败坏的马卡洛夫驾驶“狱天使”继续与GDI部队战斗，随后“主天使”号降落在哥白尼城内放出了数辆M1A2。看到GDI的登陆兵力，马卡洛夫不屑一顾。然而就在此时，M1A2变身为M1异端，将马卡洛夫团团围住。自知已经无望逃离的马卡洛夫在绝望中选择自爆，“超兵”的残余力量眼看头领已经挂了，或投降或自杀或逃跑，曾经不可一世的“超兵”就此终于被团灭。由于王京虎驾驶的神龙高达在此次战争中的汗马功劳，故后世有诗曰：“哥白尼下马贼垮，千里驰援有夏亚。非我见死不相救，奈何共军有高达。”
按说在“超兵”覆灭以后，世界局势趋向缓和，人类似乎看到了和平的曙光。但偏偏这个时候，却又发生了让人意想不到的情况。一天，一封绝密级别的情报被紧急送交金杰审阅，金杰看过之后大发雷霆。原来，根据总参9处对由少林寺驻武当山首席大神父王喇嘛取回的死海文书的破译，包括“超兵”和美英联军的军事行动、GDI的建立和夏亚的搅局早就被写入了死海文书，美英联军不过是借助中方的力量消灭反对势力。而根据死海文书的记载，美英联军的下一步动作竟然是执行“人类补完计划”消灭美英联军以外的其他力量。
深感自己被玩弄了的金杰在GDI元首会议上对美英首脑狠狠地斥责了一顿，要求其解释此事。而美英两国都表示对比毫不知情，并称金杰是在“无理取闹”。然而，虽然美英联军对死海文书记载的内容矢口否认，却有越来越多的情报现实美英联军正在积极扩军备战随时准备打击下一个目标。此种情况之下，在中国与俄罗斯、印度分享该情报后，三国决定退出GDI并建立“战略防御联盟”（Strategic Defense Coalition，简称SDC）。
随后，中国国务院的陈总理出访日本，此人身高八尺腰围也是八尺，故江湖人称“陈八尺”。在出访期间，陈八尺要求日本方面交出包括学院都市和“超兵”地下基地在内的屋岛全部空间的使用权，并分享从“超兵”科研机构缴获的科研资料。面对中方的强大实力，日本不得不答应陈八尺提出的条件。最终，日方代表与陈八尺签订了著名的《八尺协定》，同意中方提出的全部要求。
对于日本的卖队友行为，美英联军看在眼里恨在心里，却又因中国近水楼台而无可奈何。眼看中国在军事竞争中日渐处于上风，美英联军决定加速进行“人类补完计划”。一年后，美英联军以GDI名义正式公开“人类补完计划”，宣布将淘汰旧人种、培育新人类（New Type），矛头直指SDC。作为回应，第三次SDC首脑峰会上，中俄印三国首脑宣布将把“超兵”关于人类转基因的研究资料公开化，并声称将利用这些资料培育与新人类对抗的调整者（Coordinator）。因SDC国家致力于人类的革新进步，故三国首脑一致决定将SDC改组为更高层次的人类革新联盟（Human Reform League，简称HRL）。HRL建立后，陆续又有30多个亚太国家加入，并签署了《中央安全防卫条约》（Zhongyang Anquan Fangwei Tiaoyue，简称ZAFT）建立统一军事力量。作为回应，GDI扩编了NERV，将其升级为统合水平更高的防卫组织。由此GDI与HRL两大阵营对峙的局面正式形成。
随后，GDI和HRL两大集团开始加速备战，各种擦枪但不走火的行动屡屡发生，全世界都闻到了一股浓浓的火药味。任何人都知道，战争再次到来已经不可避免。为报复日本政府的卖队友行为，GDI派出已划归NERV的TaskForce 141精英队员马洛、雷德福德、哈格、斯威瓦特组成的“叛逆连队”秘密潜入日本境内，绑架了接手了“超兵”的人类转基因技术资料的日本皇家科学院首席科学家赤木律子的妹妹赤木晴子，以此要挟日本政府停止与HRL合作并交出关于调整者的机密技术资料。无奈之下，日本政府私下向中国求援，要求中方根据《八尺协定》内容给予支援。随后，ZAFT特战精锐026部队派出由强军、戴劲、阮啸尘、牛猛组成的“影子部队”进入日本境内准备营救人质。随后，叛逆连队与影子部队大打出手，最终虽然赤木晴子被成功营救，但叛逆连队和影子部队两败俱伤。此事成为GDI与HRL开战的导火索。
随后，GDI派出TDD-1前往东海海域进行挑衅，HRL紧急采取反制措施。王京虎驾驶L-7“重犀”前去侦察，不料与TDD-1上的由相良宗介、克鲁兹·威巴、梅丽莎·毛驾驶的三架ARX-8遭遇并展开激战。虽然王京虎技艺高超战力爆表，奈何好虎架不住群狼，最终王京虎驾驶的L-7“重犀”被击落，王京虎被TDD-1活捉。由于王京虎的特殊身份，TDD-1指挥官泰莎·泰丝塔罗莎劝说王京虎加入TDD-1，并且委以新型装备λ-Driver测试员的重任。王京虎表面上归顺TDD-1，实际上却通过潜伏在TDD-1的俄罗斯特工安德烈·赛格维奇·加里宁向国内回传关于λ-Driver的技术资料，并暗中制定叛逃计划。
虽然王京虎计划缜密，但仍在最后一刻被心思细腻的泰莎发现，王京虎本人则被TDD-1上的SRT小组追得走投无路。无奈之下，王京虎将泰莎劫持上搭载有λ-Driver的ARX-9原型机，以此换取逃生机会。SRT眼睁睁地看着王京虎将泰莎劫走却无可奈何，只能让相良宗介、克鲁兹·威巴、梅丽莎·毛三人再次出动拦截王京虎。但ARX-8本来性能就不如ARX-9，且王京虎的机体上还搭载有革命性的λ-Driver系统，最终王京虎成功脱逃，TDD-1只能铩羽而归。在被王京虎劫持登上ARX-9之后，泰莎的内心陷入了深深的矛盾之中。一方面，泰莎对王京虎辜负了自己的信任怀恨在心；另一方面，泰莎又深陷于王京虎的个人魅力不能自拔。两种感情纠葛在一起，最终使泰莎因恨生爱，追随王京虎来到了中国。
回国后，王京虎和泰莎将λ-Driver及TDD-1的技术资料交给了PLA。赵天将军大喜过望，命令将这些技术资料迅速转化为实际应用。PLA技术部门将λ-Driver与“工农”高能粒子（Gong-Nong High Energy Particle,简称GN粒子）相结合，成功研发了新型动力系统GN Driver，俗称“太阳炉”。鉴于王京虎在λ-Driver系统情报工作上的突出贡献以及其对该系统的了解程度，他成为GNDriver工程的负责人和首席测试官，泰莎受邀担任其助手。在专为王京虎设计的神龙高达的改进型双头龙高达上面，GNDriver在测试过程中虽然出现了一系列问题，但仍然很快实现实用化。随后，简化量产型GN Driver“拟太阳炉”被安装在J-10“猛龙”战术机上，成为PLA主战型装备。
由于TDD-1的资料被HRL获取，HRL一方面积极研发与之对抗的新型潜艇，另一方面制定作战计划，打算一举歼灭TDD-1。中国与俄罗斯联合研制了“东方”号新型核潜艇，并委任PLA海军王牌舰长石国泉担任该艇艇长。TDD-1在东海遭受失去指挥官的损失后，被GDI派往日本打算突袭屋岛并夺回学园都市，不料被日本方面发现。日本海自紧急派出最新型的I-401号潜艇拦截，却因为性能差距过大拦截失败。无奈之下，日本海自向PLA求援，石国泉指挥“东方”号果断出击，首发鱼雷即击伤了TDD-1。为保存实力，TDD-1被迫加速逃离战场。
为报TDD-1被击伤的一箭之仇，GDI又派出以“奥巴马”号航母为旗舰的舰队来东海耀武扬威。因“奥巴马”号搭载有GDI最新锐的FFR-31“仙女”战术机，HRL高度重视，派出大编队J-10战术机进行拦截。本来搭载有“拟太阳炉”系统的J-10足以压制FFR-31，但就在FFR-31机群被打得抬不起头时，GDI空战王牌一条辉将J-10击落大半。眼看局势即将逆转，关键时刻，王京虎驾驶双头龙高达火速赶往战场，一条辉冷笑道“只有一机，太小看人了”，率领数架FFR-31前去合围。眼看双头龙高达即将被包围，王京虎果断开启GN Driver：“GN粒子散布，准备武力介入！”瞬间数道金光狂闪，周围的FFR-31武器系统全部失灵，深为震惊的一条辉怕遭受更严重的损失，带领FFR-31撤回“奥巴马”号航母。王京虎笑道：“这，就是原版太阳炉的力量！”
由于在海上冲突中不占便宜，GDI开始考虑暂缓军事行动。但此时，山姆·费舍尔传回的一封情报再次改变了GDI的部署。原来，在山姆·费舍尔前往上海进行侦察时，他窃听到中国军方的一次秘密会议，会上PLA高级将领商讨研制部署一种新型大规模杀伤性武器“因果律”系统。负责该系统的张将军称，只要该武器使用一次，便能造成一连串的连锁反应，并对敌方特定目标进行大规模杀伤。由于该武器的杀伤效果过于巨大，被称之为“地图炮”。为刺探“因果律”武器系统的情报，GDI派出“幽灵”小组潜入上海近郊某个被伪装成废弃工厂的HRL基地准备对“因果律”系统进行调查，不料却被HRL设下圈套全军覆没。GDI将军谢泼德怒不可遏，派出三万身穿纳米服的海军陆战队登陆上海，准备一鼓作气夺下“因果律”实验基地，不料却被张将军的“地图炮”团灭。故后世有诗曰：淞沪沦陷半壁凋,老谢甘为天下笑。奈何纳米化灰烬,难挡共军地图炮!
眼看海上、陆上不占优势，GDI又把目光投向了高边疆。在哥白尼保卫战中起到关键作用的“主天使”号太空巡洋舰再次出征，准备攻击HRL太空基地“万年炎黄”号。驻守“万年炎黄”号的ZAFT与“主天使”号上的NERV再度开片，双方分别驾驶新型机动兵器系统MSJ-06 “铁人”式和SVMS-01“旗帜”式投入战斗。“主天使”号和“万年炎黄”号也投入战斗，激光、舰炮、导弹互射不亦乐乎。但由于双方一个能攻一个善守，此仗打得难解难分。在兵力消耗严重、继续作战没有任何意义的情况下，双方不约而同停止了此次作战。
随后，GDI和HRL进入了休战期，但谁也不敢妄言战争已经结束。就在双方养精蓄锐，气氛剑拔弩张之时，一天，“万年炎黄”号和“主天使”号同时监测到一个目标，经过信号识别竟然是夏亚的红色扎古。HRL和GDI不敢懈怠，分别派出兵力抵近监视。但让双方没有想到的是，来人竟然不是夏亚，而是一名红发少女。她自称是夏亚的养女和学生露娜玛利亚·霍克，作为“兄弟会”的信使带来了夏亚给HRL和GDI的私人信函。
随后，夏亚的私人信被上交给两大集团各成员国首脑，信中呼吁HRL和GDI停止军事对抗，并宣布兄弟会放弃武力，将致力于推动世界和平发展。该信函内容被媒体公开后，受到世界人民一致拥护，反对战争呼吁和平的声音此起彼伏。同时，以夏亚为首的兄弟会东奔西走，在交战各国间不断“搅局”。最终，在兄弟会的斡旋之下，HRL和GDI签订和平协议，世界终于迎来了久违的和平。
故事说到最后，让我们再来看看那些战场上曾经的风云人物战后的生活：
麦克米伦辞去了Task Force 141狙击教官的职务，并利用黄金巴菲特大炮狙击步枪的技术研发了新型狙击武器系统，成立了麦克米伦武器公司。后来相良宗介也携带“波太君”警用防暴武器系统的资料加盟麦克米伦公司，二人联合研制了狙击型“波太君”系统。
约翰·普莱斯退役后出版了回忆录《战斗秘辛日记》，为了促销前100名订购者赠送兄弟连限量版银白色M1911A1，前1000名可以与作者合影留念。但后来据说此活动涉嫌散步大规模杀伤性武器，被有关部门紧急叫停了。
山姆·费舍尔后来创办了一家实验室，并且根据多年进行间谍活动的经验自行研制了一堆用于刑事侦查的工具。后来这些工具被他送给一名名叫江户川柯南的小学生，并且帮助他成立了一个名为“少年侦探团”的组织到处招摇撞骗，据说他们走到哪里哪里就会有人去见上帝。
夏亚继续经营“兄弟会”，在与HRL和GDI签署和平协议后成为安全承包商，其在红色扎古基础上研制的赤红风暴曾在太平洋沿岸用于侦察和歼灭不明生物“开菊兽”。后来夏亚将红色扎古交给露娜玛利亚·霍克，自己退居二线不再露面。
一条辉凭借在军中的声望逐步成为了GDI高级将领，并且与美女歌手米娅·坎贝尔结婚。他与老对手王京虎握手言和，后来他曾经邀请王京虎参加米娅·坎贝尔在“太空堡垒”号上举办的演唱会。
而关于王京虎和泰莎的去向，外界众说纷纭。坊间传闻两人厌倦了打打杀杀的生活，躲到某个不被人注意的地方过自己的日子去了，不久以后有了一个女儿，三口之家的生活甚是幸福。似乎是印证这个说法，据说二十多年后，有人在华盛顿看到了一名中文名叫王留美，英文名叫艾达·王的中国留学生。这个女孩长相酷似年轻时的泰莎，而黄皮肤黑眼睛和眉宇中与王京虎的神似，似乎在向世人揭示着什么。肯尼迪遇刺后，CIA SOG干掉了克夫拉琴科，斯坦纳在被抓获后向美军投诚。德拉格维奇失去了左膀右臂成了孤家寡人，这时候冒出来个超级中二死妹控梅内德斯。俩人一合计，错的不是我错的是世界，于是兵合一路，在日本屋岛地下秘密建立基地，企图报复世界。
德拉科维奇和梅内德斯将共同建立的组织命名为“超兵”，专门培养各种强化人士兵，并进行各种先进兵器系统的研发工作。但截至苏联解体前，实质性进展不大。到了苏联解体以后，德拉科维奇的老下级扎卡耶夫对时局不满，于是找到了德拉科维奇，“超兵”由此具备了物质基础和人力基础。
但对于这个敲反骨的玩意，美英两国从来都是看不惯的。早在苏联没解体之前，美英就联合向日本政府施压，要求日本政府交出屋岛。日本政府夹在两边中间不是人，哪个都不好惹。最后日本政府作出决定：屋岛地下部分管不了，只将地面部分交给了美英联军。
美英联军在获得屋岛的开发权之后，集中力量建设了代号“学园都市”的要塞防卫城市。为了对抗“超兵”的强化人士兵，又在东京以培养武装侦探为名建立了特种兵专科高校。在教官亚历山大·梅森的调教下，首批队员从东京武侦高毕业，一共58人，编为Task Force 141特别部队，其中包括英军王牌约翰·普莱斯和美军王牌大卫·梅森。此两人是王牌中的王牌，在同步率测试中达到500%。
在“超兵”对于美英两国进行一系列试探性攻击之后，双方矛盾终于到了总爆发的边缘。某年月日，“超兵”在自认为实力足够强大的德拉科维奇的直接指挥下，派出了“雷天使”系统对屋岛学园都市进行破坏性打击。Task Force 141毫不示弱，派出狙击教官麦克米伦秘密潜入双子山，在助手仲村由里的掩护下使用巴菲特狙击步枪八百里外一枪打穿了“雷天使”，“超兵”首次攻击就此罢手。
德拉科维奇非常生气，又秘密命令“超兵”的科研机构阿纳海姆公司研制了“能天使”、“权天使”、“德天使”、“力天使”兵器系统。但此事被秘密潜入在“超兵”内部的Task Force 141特工山姆·费舍尔获知，并迅速回报给了美英联合司令部。
美英联军对此大为紧张，立刻要求军工企业安布雷拉公司研制性能更高的兵器系统与之对抗。由于时间紧张，最终安布雷拉只制造了两架试制型机体，分别命名为“强袭自由”和“无限正义”。至此，一场王牌间的较量即将开始！
在此后的半年里，双方心照不宣地停止了对对方的攻击行动，集中力量为新出厂的兵器系统培育机师。但由于新一代兵器系统性能过于优越，一般士兵难以驾驭，最终“超兵”派出了人称“天启四骑士”的扎卡耶夫、小扎卡耶夫、阿拉萨德和马卡洛夫的全教官阵容，而Task Force 141自然选择了同步率最高的约翰·普莱斯和大卫·梅森。又过了三个月，“天启四骑士”分别驾驶“能天使”、“权天使”、“德天使”、“力天使”对学园都市再次发动攻击，此时美英联军司令五星上将詹姆斯下士正在学园都市视察，形势相当危急。在此情况下，约翰·普莱斯和大卫·梅森分别驾驶“强袭自由”和“无限正义”主动出击，在数量不占优势的情况下，两人充分发挥了高同步率的优势，以默契的配合一举击破此前在西方谈之色变的“天启四骑士”，五星上将詹姆斯下士的专机得以成功脱离。
此战之后，“超兵”损兵折将元气大伤，德拉科维奇和梅内德斯一个气绝身亡，另一个决定洗手不干了。而此时唯一有权利接管“超兵”的，只剩下屋岛天使坠落作战中幸存的种子教官马卡洛夫。在马卡洛夫接手超兵之后，鉴于组织长期低迷的实际情况，马卡洛夫决定养兵蓄锐。他所做的第一件事，是来到黑暗森林附近的山谷中，建立了装甲兵训练学校。该学校被按照所在地命名为“黑森峰装甲兵学校”，专门培养各类装甲精锐兵力。
而在培育装甲王牌的同时，马卡洛夫也没忘记在网络空间兴风作浪。经过“超兵”网络战部队的不懈努力，建立了名为“矩阵”的超算系统，该系统的核心是一台名为“圣杯”的超级服务器。据称这台服务器具有某些不为人知的特殊性能，但包括美英联军在内，世界上没有人真正了解它的实际能力。
同时，对于“超兵”经营多年的“天使”系列兵器系统，马卡洛夫也没放弃后续计划。这次，他建造了名为“大天使”号的太空巡洋舰，并将其送到了近地轨道。美英联军对此深感不安，于是命令安布雷拉公司研发了与之对抗的太空战舰。由于该舰在日本被送上近地轨道，被命名为“宇宙战舰大和号”。
对于“矩阵”系统，美英联军也没有掉以轻心。联军司令五星上将詹姆斯下士亲自下达命令执行代号“适格者”的计划，培养顶尖黑客，无论如何也要攻破“矩阵”。经过层层选拔，最终两名黑客脱颖而出。此二人分别名为劳拉·克劳馥和阿尔托利亚·潘德拉贡，虽然同为“适格者”计划的关键人物，但二人关系并不融洽，各干各的基本没有交集。然而奇迹的是，二人竟然在最后同时攻破了“矩阵”，并同时触及了“圣杯”的核心部分。
但在此时，麻烦发生了。就在劳拉和阿尔托利亚同时触及到“圣杯”后，二人突然被传送到了异次元空间。原来，这是马卡洛夫精心设计的一个骗局，“矩阵”超算系统实际上是一个名为“迪拉克之海”的虚拟空间发生器，而设计该虚拟空间的目的正是网罗、搜捕美英联军的高级人才。
面对着身穿着长袍的马卡洛夫，两人决定抛弃前嫌共同对抗强敌。此时，马卡洛夫说：“和我签下契约，成为超兵少女吧！”二人不从。马卡洛夫掏出一支银白色M1911A1逼迫二人，二人仍不从。马卡洛夫怒了，掏出魔杖高喊咒语“乌拉板载一马斯密达”，一道闪电劈晕了劳拉。阿尔托利亚也怒了，掏出魔杖高喊“嗨希特勒阿胡克巴”，击退了马卡洛夫的魔法进攻。眼见施展魔法不成，马卡洛夫掏出一把光束军刀对着阿尔托利亚就要砍；阿尔托利亚不让毫分，掏出一把西斯光剑与马卡洛夫展开肉搏。经过一番恶战，阿尔托利亚成功击退了马卡洛夫，异次元空间“迪拉克之海”也被毁灭。
回到“超兵”基地的马卡洛夫恼羞成怒，决定对学园都市发起总攻。但就在“超兵”准备发起攻击时，麻烦又来了。马卡洛夫身边前后出现了两个敲反骨的家伙，第一个名叫尤里，这家伙施展大精神控制术，想阻止马卡洛夫的攻击行动；第二个名叫艾伦，这家伙被识破了美英联军卧底的身份。然而马卡洛夫岂能善罢甘休，他施展闪电系魔法，成功克制了尤里的大精神控制术。艾伦眼看事情不好，高喊一声：“赐给我力量吧！”变成了巨人。马卡洛夫以一记雷光枪将艾伦打成半残，从此再也没人出来阻止马卡洛夫。
在消灭全部阻碍后，马卡洛夫命令黑森峰装甲兵学校出动精锐兵力秘密潜伏到双子山山谷，准备对学园都市发起闪电战。某年月日清晨，黑森峰装甲兵学校校长小林隼人亲自驾驶59改从双子山上冲下，目击到小林隼人攻击行动的学园都市哨兵惊呼“59！59从山上冲下来了！”学园都市慌乱中紧急展开反击。作为学园都市仅有的装甲兵精锐，装甲王牌西住美穗亲自驾驶一辆61式战车，与小林隼人的59改决一死战。虽然61式战车性能不如59改，但由于双管炮火力在射速上具有优势，双方打得不可开交。
眼看59改的炮弹即将耗光，小林隼人高呼一声“汽车人，变身”，西住美穗目瞪口呆地看着59改变成了擎天柱。在连续数次对擎天柱发起攻击无效后，西住美穗气急败坏地拿起无线电高叫一声：“我们未能穿透他们的装甲！”要求美英联军给予支援。得到消息后，美英联军紧急命令在日本海上航行的“基德”号驱逐舰开火还击。“基德”号舰长上条当麻高呼一声“Only my railgun”亲自操纵某科学的超电磁炮，一炮命中擎天柱，小林隼人只得暂时撤退。
虽然黑森峰装甲兵的袭击未对学院都市造成沉重打击，但“超兵”的再度崛起仍然令世界各国心有余悸。在不久后的20国集团峰会上，美英两国元首表示了对“超兵”势力甚嚣尘上的担忧，其他各国元首也纷纷表示“超兵”不好惹。此时，中国国家主席金杰一拍桌子：“小小寰球，有捣蛋分子几个！”众人瞩目金杰，不知其意欲何为。金杰继续说道：“吾有上将赵天，可斩马贼！”众人闻之，精神大振。于是美英联军决定与PLA联合行动对抗“超兵”，与会各国决定成立全球防御联盟（GlobalDefense Initiative，简称GDI） 。原来隶属美英联军的Task Force 141被划入GDI麾下作为机动兵力。随后，GDI为在对“超兵”的军事行动中夺取先机，决定成立“国际变量性干预与反击中心”（NatiaonalEngage Resistance of Variablity，简称NERV），并在月面城市哥白尼市内设立基地。
某年月日，金杰的特使、少林寺驻武当山首席大神父王喇嘛代表中国政府出访NERV月面基地，并且与NERV月面基地首席科学家斯坦纳进行会谈，少林寺驻武当山首席大神父王喇嘛说：“贫僧自东土大唐而来，前往NERV月面基地求取死海文书。”并与斯坦纳谈笑风生，笑称“超兵那帮孙子too young too simple，sometime naive”，并警告马卡洛夫“不要总想搞个大新闻”。此举果然奏效，在少林寺驻武当山首席大神父王喇嘛携带死海文书回国后不久，被激怒的马卡洛夫即宣布准备对GDI各成员国进行袭击。随即，GDI各国迅速加强战备，Task Force 141更是摩拳擦掌随时准备出击。
随后，美英联军部署在近地轨道的宇宙战舰大和号发回侦察照片显示，马卡洛夫手下的“台风”级改进型“红色十月”号核潜艇秘密离开屋岛基地，潜行至太平洋深处。由于艇上携带有26枚威力巨大的SS-N-20弹道导弹，且根据GDI潜伏特工山姆·费舍尔传回的情报显示“超兵”的秘密部队“伊幽”也部署在该艇之上，对GDI各成员国威胁相当严重，GDI决定先发制人对该艇进行打击。
为对抗实力强大的“红色十月”号，GDI执行了代号为“黑科技”的秘密计划（Black Technology，简称BT计划），建造了名为Tuatha De Danaan（简称TDD-1）的超级核潜艇。TDD-1艇上除了常规武器系统外，更部署有为Task Force 141队员根据“强袭自由”和“无限正义”为技术储备建造的高机动型兵器ARX-7。对此，GDI信心满满，认为使用ARX-7的TaskForce 141有能力对“红色十月”号进行毁灭性打击。然而，GDI所不知道的是，“超兵”也在战后利用“天使”系列的技术资料秘密研发了新一代机动兵器系统Type-1R“无赖”，并将其部署在“红色十月”号上作为“伊幽”的秘密武器。
当Task Force 141完成战备后，已经升任TaskForce 141指挥官的约翰·普莱斯指挥由约翰·马克塔维什、西蒙·莱利、加里·桑德森、保罗·杰克逊组成的精干力量，驾驶四架ARX-7组成编队对“红色十月”号发动突袭。当“红色十月”号发现Task Force141的攻击行动后，指挥官紧急命令“伊幽”出击，由罗宾·峰·理子、维尔·克拉克、贞德·达尔克和远山加奈驾驶的四架Type-1R与Task Force 141四机展开搏杀打得不可开交。
就在双方精锐机队打得难解难分时，马卡洛夫的一个命令直接改变了战场局势。他命令“红色十月”号发射SS-N-20弹道导弹，并在近地轨道将其引爆。此举一石二鸟，不但摧毁了宇宙战舰大和号，而且利用核爆产生的EMP效应将Task Force 141四机全部击坠。由于“伊幽”在出发之前在Type-1R机体上安装了反电磁辐射系统，所以Task Force 141四机全坠之后，“伊幽”四机居然毫发无损地返回了“红色十月”号。
就在GDI正在为Task Force 141遭受重大损失之事焦头烂额时，从月面城市哥白尼突然传来消息：NERV月面基地遭到“超兵”袭击，而这次带队的，竟然是隐藏多年的“兄弟会”头目、有红色彗星之称的夏亚。此人是驾驶高机动型兵器系统的专家，对于夏亚与马卡洛夫的联手，GDI始料不及，NERV月面基地危在旦夕。而若NERV月面基地落入“超兵”之手，不仅GDI的多年经营将毁于一旦，更将让“超兵”具备从月球向地球发动攻击的能力。经GDI各国紧急商讨，最终各国决定不惜一切代价守住月面城市哥白尼。
由于美英联军无力再派出更多的精锐兵力牵制“超兵”的特攻部队，PLA承担了月面城市哥白尼的保卫任务。赵天将军亲自坐镇，派出了第08MS部队，俗称“八路军”。第08MS部队队长王京虎表现非凡，他驾驶神龙高达在由庄焱驾驶的僚机飞龙高达支援下，一路过关斩将，干掉“超兵”无数，最终与夏亚遭遇。虽然夏亚驾驶的红色有角三倍速特制型扎古集合了“超兵”和“兄弟会”的先进技术且夏亚本人实力超群，但在同样拥有超群实力的王京虎驾驶的性能更加优越的神龙高达压制下，夏亚在惊呼一句“共军的MS是怪物吗”之后不顾被第08MS部队打得节节败退的“超兵”落荒而逃。马卡洛夫在得知自己被夏亚背叛后，怒骂道“夏亚你算计我”，亲自率领“大天使”号太空巡洋舰进攻月面城市哥白尼。为防止第08MS陷入被动，美英联军派出装甲兵对月面城市哥白尼进行合围。但由于“大天使”号船坚炮利很难对付，战局陷入僵持。
就在此时，突然从远处一道激光把“大天使”号打了个措手不及。人们吃惊地发现，GDI竟然有一艘和“大天使”号完全相同的太空巡洋舰。原来，在神出鬼没的王牌特工山姆·费舍尔的运作之下，GDI获得了“大天使”号的全部技术资料，并建造了一艘同级舰“主天使”号。“主天使”号的出现扭转了战场势态，由于“大天使”号长途奔袭且独撑战场耗费了大量燃料和弹药，很快就在与“主天使”号的交锋中败下阵来。气急败坏的马卡洛夫驾驶“狱天使”继续与GDI部队战斗，随后“主天使”号降落在哥白尼城内放出了数辆M1A2。看到GDI的登陆兵力，马卡洛夫不屑一顾。然而就在此时，M1A2变身为M1异端，将马卡洛夫团团围住。自知已经无望逃离的马卡洛夫在绝望中选择自爆，“超兵”的残余力量眼看头领已经挂了，或投降或自杀或逃跑，曾经不可一世的“超兵”就此终于被团灭。由于王京虎驾驶的神龙高达在此次战争中的汗马功劳，故后世有诗曰：“哥白尼下马贼垮，千里驰援有夏亚。非我见死不相救，奈何共军有高达。”
按说在“超兵”覆灭以后，世界局势趋向缓和，人类似乎看到了和平的曙光。但偏偏这个时候，却又发生了让人意想不到的情况。一天，一封绝密级别的情报被紧急送交金杰审阅，金杰看过之后大发雷霆。原来，根据总参9处对由少林寺驻武当山首席大神父王喇嘛取回的死海文书的破译，包括“超兵”和美英联军的军事行动、GDI的建立和夏亚的搅局早就被写入了死海文书，美英联军不过是借助中方的力量消灭反对势力。而根据死海文书的记载，美英联军的下一步动作竟然是执行“人类补完计划”消灭美英联军以外的其他力量。
深感自己被玩弄了的金杰在GDI元首会议上对美英首脑狠狠地斥责了一顿，要求其解释此事。而美英两国都表示对比毫不知情，并称金杰是在“无理取闹”。然而，虽然美英联军对死海文书记载的内容矢口否认，却有越来越多的情报现实美英联军正在积极扩军备战随时准备打击下一个目标。此种情况之下，在中国与俄罗斯、印度分享该情报后，三国决定退出GDI并建立“战略防御联盟”（Strategic Defense Coalition，简称SDC）。
随后，中国国务院的陈总理出访日本，此人身高八尺腰围也是八尺，故江湖人称“陈八尺”。在出访期间，陈八尺要求日本方面交出包括学院都市和“超兵”地下基地在内的屋岛全部空间的使用权，并分享从“超兵”科研机构缴获的科研资料。面对中方的强大实力，日本不得不答应陈八尺提出的条件。最终，日方代表与陈八尺签订了著名的《八尺协定》，同意中方提出的全部要求。
对于日本的卖队友行为，美英联军看在眼里恨在心里，却又因中国近水楼台而无可奈何。眼看中国在军事竞争中日渐处于上风，美英联军决定加速进行“人类补完计划”。一年后，美英联军以GDI名义正式公开“人类补完计划”，宣布将淘汰旧人种、培育新人类（New Type），矛头直指SDC。作为回应，第三次SDC首脑峰会上，中俄印三国首脑宣布将把“超兵”关于人类转基因的研究资料公开化，并声称将利用这些资料培育与新人类对抗的调整者（Coordinator）。因SDC国家致力于人类的革新进步，故三国首脑一致决定将SDC改组为更高层次的人类革新联盟（Human Reform League，简称HRL）。HRL建立后，陆续又有30多个亚太国家加入，并签署了《中央安全防卫条约》（Zhongyang Anquan Fangwei Tiaoyue，简称ZAFT）建立统一军事力量。作为回应，GDI扩编了NERV，将其升级为统合水平更高的防卫组织。由此GDI与HRL两大阵营对峙的局面正式形成。
随后，GDI和HRL两大集团开始加速备战，各种擦枪但不走火的行动屡屡发生，全世界都闻到了一股浓浓的火药味。任何人都知道，战争再次到来已经不可避免。为报复日本政府的卖队友行为，GDI派出已划归NERV的TaskForce 141精英队员马洛、雷德福德、哈格、斯威瓦特组成的“叛逆连队”秘密潜入日本境内，绑架了接手了“超兵”的人类转基因技术资料的日本皇家科学院首席科学家赤木律子的妹妹赤木晴子，以此要挟日本政府停止与HRL合作并交出关于调整者的机密技术资料。无奈之下，日本政府私下向中国求援，要求中方根据《八尺协定》内容给予支援。随后，ZAFT特战精锐026部队派出由强军、戴劲、阮啸尘、牛猛组成的“影子部队”进入日本境内准备营救人质。随后，叛逆连队与影子部队大打出手，最终虽然赤木晴子被成功营救，但叛逆连队和影子部队两败俱伤。此事成为GDI与HRL开战的导火索。
随后，GDI派出TDD-1前往东海海域进行挑衅，HRL紧急采取反制措施。王京虎驾驶L-7“重犀”前去侦察，不料与TDD-1上的由相良宗介、克鲁兹·威巴、梅丽莎·毛驾驶的三架ARX-8遭遇并展开激战。虽然王京虎技艺高超战力爆表，奈何好虎架不住群狼，最终王京虎驾驶的L-7“重犀”被击落，王京虎被TDD-1活捉。由于王京虎的特殊身份，TDD-1指挥官泰莎·泰丝塔罗莎劝说王京虎加入TDD-1，并且委以新型装备λ-Driver测试员的重任。王京虎表面上归顺TDD-1，实际上却通过潜伏在TDD-1的俄罗斯特工安德烈·赛格维奇·加里宁向国内回传关于λ-Driver的技术资料，并暗中制定叛逃计划。
虽然王京虎计划缜密，但仍在最后一刻被心思细腻的泰莎发现，王京虎本人则被TDD-1上的SRT小组追得走投无路。无奈之下，王京虎将泰莎劫持上搭载有λ-Driver的ARX-9原型机，以此换取逃生机会。SRT眼睁睁地看着王京虎将泰莎劫走却无可奈何，只能让相良宗介、克鲁兹·威巴、梅丽莎·毛三人再次出动拦截王京虎。但ARX-8本来性能就不如ARX-9，且王京虎的机体上还搭载有革命性的λ-Driver系统，最终王京虎成功脱逃，TDD-1只能铩羽而归。在被王京虎劫持登上ARX-9之后，泰莎的内心陷入了深深的矛盾之中。一方面，泰莎对王京虎辜负了自己的信任怀恨在心；另一方面，泰莎又深陷于王京虎的个人魅力不能自拔。两种感情纠葛在一起，最终使泰莎因恨生爱，追随王京虎来到了中国。
回国后，王京虎和泰莎将λ-Driver及TDD-1的技术资料交给了PLA。赵天将军大喜过望，命令将这些技术资料迅速转化为实际应用。PLA技术部门将λ-Driver与“工农”高能粒子（Gong-Nong High Energy Particle,简称GN粒子）相结合，成功研发了新型动力系统GN Driver，俗称“太阳炉”。鉴于王京虎在λ-Driver系统情报工作上的突出贡献以及其对该系统的了解程度，他成为GNDriver工程的负责人和首席测试官，泰莎受邀担任其助手。在专为王京虎设计的神龙高达的改进型双头龙高达上面，GNDriver在测试过程中虽然出现了一系列问题，但仍然很快实现实用化。随后，简化量产型GN Driver“拟太阳炉”被安装在J-10“猛龙”战术机上，成为PLA主战型装备。
由于TDD-1的资料被HRL获取，HRL一方面积极研发与之对抗的新型潜艇，另一方面制定作战计划，打算一举歼灭TDD-1。中国与俄罗斯联合研制了“东方”号新型核潜艇，并委任PLA海军王牌舰长石国泉担任该艇艇长。TDD-1在东海遭受失去指挥官的损失后，被GDI派往日本打算突袭屋岛并夺回学园都市，不料被日本方面发现。日本海自紧急派出最新型的I-401号潜艇拦截，却因为性能差距过大拦截失败。无奈之下，日本海自向PLA求援，石国泉指挥“东方”号果断出击，首发鱼雷即击伤了TDD-1。为保存实力，TDD-1被迫加速逃离战场。
为报TDD-1被击伤的一箭之仇，GDI又派出以“奥巴马”号航母为旗舰的舰队来东海耀武扬威。因“奥巴马”号搭载有GDI最新锐的FFR-31“仙女”战术机，HRL高度重视，派出大编队J-10战术机进行拦截。本来搭载有“拟太阳炉”系统的J-10足以压制FFR-31，但就在FFR-31机群被打得抬不起头时，GDI空战王牌一条辉将J-10击落大半。眼看局势即将逆转，关键时刻，王京虎驾驶双头龙高达火速赶往战场，一条辉冷笑道“只有一机，太小看人了”，率领数架FFR-31前去合围。眼看双头龙高达即将被包围，王京虎果断开启GN Driver：“GN粒子散布，准备武力介入！”瞬间数道金光狂闪，周围的FFR-31武器系统全部失灵，深为震惊的一条辉怕遭受更严重的损失，带领FFR-31撤回“奥巴马”号航母。王京虎笑道：“这，就是原版太阳炉的力量！”
由于在海上冲突中不占便宜，GDI开始考虑暂缓军事行动。但此时，山姆·费舍尔传回的一封情报再次改变了GDI的部署。原来，在山姆·费舍尔前往上海进行侦察时，他窃听到中国军方的一次秘密会议，会上PLA高级将领商讨研制部署一种新型大规模杀伤性武器“因果律”系统。负责该系统的张将军称，只要该武器使用一次，便能造成一连串的连锁反应，并对敌方特定目标进行大规模杀伤。由于该武器的杀伤效果过于巨大，被称之为“地图炮”。为刺探“因果律”武器系统的情报，GDI派出“幽灵”小组潜入上海近郊某个被伪装成废弃工厂的HRL基地准备对“因果律”系统进行调查，不料却被HRL设下圈套全军覆没。GDI将军谢泼德怒不可遏，派出三万身穿纳米服的海军陆战队登陆上海，准备一鼓作气夺下“因果律”实验基地，不料却被张将军的“地图炮”团灭。故后世有诗曰：淞沪沦陷半壁凋,老谢甘为天下笑。奈何纳米化灰烬,难挡共军地图炮!
眼看海上、陆上不占优势，GDI又把目光投向了高边疆。在哥白尼保卫战中起到关键作用的“主天使”号太空巡洋舰再次出征，准备攻击HRL太空基地“万年炎黄”号。驻守“万年炎黄”号的ZAFT与“主天使”号上的NERV再度开片，双方分别驾驶新型机动兵器系统MSJ-06 “铁人”式和SVMS-01“旗帜”式投入战斗。“主天使”号和“万年炎黄”号也投入战斗，激光、舰炮、导弹互射不亦乐乎。但由于双方一个能攻一个善守，此仗打得难解难分。在兵力消耗严重、继续作战没有任何意义的情况下，双方不约而同停止了此次作战。
随后，GDI和HRL进入了休战期，但谁也不敢妄言战争已经结束。就在双方养精蓄锐，气氛剑拔弩张之时，一天，“万年炎黄”号和“主天使”号同时监测到一个目标，经过信号识别竟然是夏亚的红色扎古。HRL和GDI不敢懈怠，分别派出兵力抵近监视。但让双方没有想到的是，来人竟然不是夏亚，而是一名红发少女。她自称是夏亚的养女和学生露娜玛利亚·霍克，作为“兄弟会”的信使带来了夏亚给HRL和GDI的私人信函。
随后，夏亚的私人信被上交给两大集团各成员国首脑，信中呼吁HRL和GDI停止军事对抗，并宣布兄弟会放弃武力，将致力于推动世界和平发展。该信函内容被媒体公开后，受到世界人民一致拥护，反对战争呼吁和平的声音此起彼伏。同时，以夏亚为首的兄弟会东奔西走，在交战各国间不断“搅局”。最终，在兄弟会的斡旋之下，HRL和GDI签订和平协议，世界终于迎来了久违的和平。
故事说到最后，让我们再来看看那些战场上曾经的风云人物战后的生活：
麦克米伦辞去了Task Force 141狙击教官的职务，并利用黄金巴菲特大炮狙击步枪的技术研发了新型狙击武器系统，成立了麦克米伦武器公司。后来相良宗介也携带“波太君”警用防暴武器系统的资料加盟麦克米伦公司，二人联合研制了狙击型“波太君”系统。
约翰·普莱斯退役后出版了回忆录《战斗秘辛日记》，为了促销前100名订购者赠送兄弟连限量版银白色M1911A1，前1000名可以与作者合影留念。但后来据说此活动涉嫌散步大规模杀伤性武器，被有关部门紧急叫停了。
山姆·费舍尔后来创办了一家实验室，并且根据多年进行间谍活动的经验自行研制了一堆用于刑事侦查的工具。后来这些工具被他送给一名名叫江户川柯南的小学生，并且帮助他成立了一个名为“少年侦探团”的组织到处招摇撞骗，据说他们走到哪里哪里就会有人去见上帝。
夏亚继续经营“兄弟会”，在与HRL和GDI签署和平协议后成为安全承包商，其在红色扎古基础上研制的赤红风暴曾在太平洋沿岸用于侦察和歼灭不明生物“开菊兽”。后来夏亚将红色扎古交给露娜玛利亚·霍克，自己退居二线不再露面。
一条辉凭借在军中的声望逐步成为了GDI高级将领，并且与美女歌手米娅·坎贝尔结婚。他与老对手王京虎握手言和，后来他曾经邀请王京虎参加米娅·坎贝尔在“太空堡垒”号上举办的演唱会。
而关于王京虎和泰莎的去向，外界众说纷纭。坊间传闻两人厌倦了打打杀杀的生活，躲到某个不被人注意的地方过自己的日子去了，不久以后有了一个女儿，三口之家的生活甚是幸福。似乎是印证这个说法，据说二十多年后，有人在华盛顿看到了一名中文名叫王留美，英文名叫艾达·王的中国留学生。这个女孩长相酷似年轻时的泰莎，而黄皮肤黑眼睛和眉宇中与王京虎的神似，似乎在向世人揭示着什么。